NA ----> NA

Intron 1 ATTTAGATCT ... TAACGGGCAC

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.19	24	15	23
A2	45.76	16	9	18
A3	43.66	20	11	20
A4	44.9	27	20	24
A5	40	3	2	2
A6	45.45	3	2	3
A7	45.88	23	17	22
A8	44.68	39	24	39
A9	50	7	7	7
A10	40.38	31	17	25

>TRINITY_DN128647_c4_g3_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

AAATTTAATAATGGTTGATTTTTTTAGTTTTATTATTATTATTTTATTTTTATTGTTAATTCTTTTTAGTTTTCTAAATTTAATATTGGTTGAATTTACATATGTATTAATTTTTAGTTCTATTATTTTATGTCAATTTTCCTAAGCCCGTATATTTGGCAAACGAAGGCTTATTTAGTAACTGAACTACTTGATTTTTG
TATGCATACTAAATTTATATCATCTAAGAACAGCTAATCTTACACGGGATTTTATTGAGCGAAGCGAGCCATCCCTGAACCACGAGCCCTTGGGTGTAGGCCGGACTGGCTTTTCTAAGGCGTACATGGAACTGTGTATTAGAGCTTTTCCTAGATTGATTCGTTCTGTTTGCAGTATCGAATGCAACTAACCGGATTCG
TTCTGTTTCCAGTAGCTGCATGCAACTAATCAGTAGCTGCCAGGTGGAATGCAAGTAACCAGATTCCTTTTGTTTCCAGTAGCAGGTGATTAGTACGTGATATACACACAACTGGATTAATCTATATGTTATTAGGACGTTAGATAGGTTTAGAGGGTTAGAGAAGCTATATAGATAATAAATAATAAGTAAGAAAAAAT
TAGTTTAAGATATTTAGGTTTAATGCGTTGCTTTCTTTTTATTTACTACTGGTTCTCCATTTATAATGTGAATAATAAGTAGGAAAAAATTAATGGGTTGCTTTCTTTTTATTTACTACTTGTCCTCTATTTATAATGTGGTTTTCATGCCTTTTTTGTTTGTGACAGTTATTCTGTGTTTTCTTGATATATTTAGGTTG
GGTTATTTTTCATTTTGTTTGATGTATTTTAGTTGGATTTGTTTTTCACATTGTTTTAAATTGTTTTTAAGATTTATTTCTCCTTATTTGATTGGAATAGAGAAATGGTGTATTTCTCCATATTTAATTGGAATAGAGAAATGATGTAGTTTAAATGAAATGGGCTTTCTTGGTGACATTGTTTGTAACCTTGTTGTGAG
ATTCTATCGACATTTCTTCACTTTGTTTTATATTGTTTTTTAGGTTTATTTTTCTTTACTTAATTGGAATAGAGATGAGATGATGGGTGGATTATTAAAAAAGGAAGCTAGCCAAATTAAGAGAAAGTAGTATGTATGATTTCATTTGGACGTTGTGTTCTGTAGGTGTGCATGAAAACTTGGTTATGTTATGAAGTAGT
TGTTTTTGAAGTGCATGACAAATAAAGATGATTAAGGTAAATGATGTGGAGGATGCTTTGACAAAGAATGACACACATTAAAAGAAAGATGAGAATGCTTCTTATGTGAAGAAGAAAAAGCAAATGGAGAATACTTGAGGAATTGATGAGAATTCAACCTCATTTTTAAATTGTAAATTAGATTATGGTGTTTTATGTAA
CACTGCAAACAAATATATTAATAAAATTATCATTTTTTTTTAGAGAAAGG

>TRINITY_DN128647_c4_g3_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AAATTTAATAATGGTTGATTTTTTTAGTTTTATTATTATTATTTTATTTTTATTGTTAATTCTTTTTAGTTTTCTAAATTTAATATTGGTTGAATTTACATATGTATTAATTTTTAGTTCTATTATTTTATGTCAATTTTCCTAAGCCCGTATATTTGGCAAACGAAGGCTTATTTAGTAACTGAACTACTTGATTTTTG
TATGCATACTAAATTTATATCATCTAAGAACAGCTAATCTTACACGGGATTTTATTGAGCGAAGCGAGCCATCCCTGAACCACGAGCCCTTGGGTGTAGGCCGGACTGGCTTTTCTAAGGCGTACATGGAACTGTGTatttagatcttttaacgggcacATTAGAGCTTTTCCTAGATTGATTCGTTCTGTTTGCAGTAT
CGAATGCAACTAACCGGATTCGTTCTGTTTCCAGTAGCTGCATGCAACTAATCAGTAGCTGCCAGGTGGAATGCAAGTAACCAGATTCCTTTTGTTTCCAGTAGCAGGTGATTAGTACGTGATATACACACAACTGGATTAATCTATATGTTATTAGGACGTTAGATAGGTTTAGAGGGTTAGAGAAGCTATATAGATAA
TAAATAATAAGTAAGAAAAAATTAGTTTAAGATATTTAGGTTTAATGCGTTGCTTTCTTTTTATTTACTACTGGTTCTCCATTTATAATGTGAATAATAAGTAGGAAAAAATTAATGGGTTGCTTTCTTTTTATTTACTACTTGTCCTCTATTTATAATGTGGTTTTCATGCCTTTTTTGTTTGTGACAGTTATTCTGTG
TTTTCTTGATATATTTAGGTTGGGTTATTTTTCATTTTGTTTGATGTATTTTAGTTGGATTTGTTTTTCACATTGTTTTAAATTGTTTTTAAGATTTATTTCTCCTTATTTGATTGGAATAGAGAAATGGTGTATTTCTCCATATTTAATTGGAATAGAGAAATGATGTAGTTTAAATGAAATGGGCTTTCTTGGTGACA
TTGTTTGTAACCTTGTTGTGAGATTCTATCGACATTTCTTCACTTTGTTTTATATTGTTTTTTAGGTTTATTTTTCTTTACTTAATTGGAATAGAGATGAGATGATGGGTGGATTATTAAAAAAGGAAGCTAGCCAAATTAAGAGAAAGTAGTATGTATGATTTCATTTGGACGTTGTGTTCTGTAGGTGTGCATGAAAA
CTTGGTTATGTTATGAAGTAGTTGTTTTTGAAGTGCATGACAAATAAAGATGATTAAGGTAAATGATGTGGAGGATGCTTTGACAAAGAATGACACACATTAAAAGAAAGATGAGAATGCTTCTTATGTGAAGAAGAAAAAGCAAATGGAGAATACTTGAGGAATTGATGAGAATTCAACCTCATTTTTAAATTGTAAAT
TAGATTATGGTGTTTTATGTAACACTGCAAACAAATATATTAATAAAATTATCATTTTTTTTTAGAGAAAGG

Intron 2 GTGATTAGTA ... TGTTCTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	83.33	5.7	22	31
A2	71.7	6.7	12	19
A3	88.24	2	12	18
A4	71.77	6	22	8
A5	60	2	3	3
A6	64.71	9	4	29
A7	70.53	18	18	68
A8	68.09	30.7	45	85.3
A9	65.59	8.7	13	20
A10	81.75	6.3	7	48.7

>TRINITY_DN104172_c2_g4_i1 from sample A4 / Example spliced isoform

TTTTTTAGTTTTATTATTATTATTTTATTTTTATTGTTAATTCTTTTTAGTTTTCTAAATTTAATATTGGTTGAATTTACATATGTATTAATTTTTAGTTCTATTATTTTATGTCAATTTTCCTAAGCCCGTATATTTGGCAAACGAAGGCTTATTTAGTAACTGAACTACTTGATTTTTGTATGCATACTAAATTTATA
TCATCTAAGAACAGCTAATCTTACACGGGATTTTATTGAGCGAAGCGAGCCATCCCTGAACCACGAGCCCTTGGGTGTAGGCCGGACTGGCTTTTCTAAGGCGTACATGGAACTGTGTATTAGAGCTTTTCCTAGATTGATTCGTTCTGTTTGCAGTATCGAATGCAACTAACCGGATTCGTTCTGTTTCCAGTAGCTGC
ATGCAACTAATCAGTAGCTGCCAGGTGGAATGCAAGTAACCAGATTCCTTTTGTTTCCAGTAGCAGGTGTGCATGAAAACTTGGTTATGTTATGAAGTAGTTGTTTTTGAAGTGCATGACAAATAAAGATGATTAAGGTAAATGATGTGGAGGATGCTTTGACAAAGAATCACACATGAAAAGAAAGATGGAGAATGCTT
TGACAAAGAATCACCAACCTGAAAAGAAAGATGGAGAATGCTTCTTCAATATGTGACTGCTTCAACAATATATGAAAAAGAAAAAGCAAATGGAGACTACTTGAAAGAATTGATGAGAATTCAAAGTTGTTTTTAAATTGTAAATTATATAATAGTTTTTTATGTAACACTGCAA

>TRINITY_DN104172_c2_g4_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TTTTTTAGTTTTATTATTATTATTTTATTTTTATTGTTAATTCTTTTTAGTTTTCTAAATTTAATATTGGTTGAATTTACATATGTATTAATTTTTAGTTCTATTATTTTATGTCAATTTTCCTAAGCCCGTATATTTGGCAAACGAAGGCTTATTTAGTAACTGAACTACTTGATTTTTGTATGCATACTAAATTTATA
TCATCTAAGAACAGCTAATCTTACACGGGATTTTATTGAGCGAAGCGAGCCATCCCTGAACCACGAGCCCTTGGGTGTAGGCCGGACTGGCTTTTCTAAGGCGTACATGGAACTGTGTATTTAGATCTTTTAACGGGCACATTAGAGCTTTTCCTAGATTGATTCGTTCTGTTTGCAGTATCGAATGCAACTAACCGGAT
TCGTTCTGTTTCCAGTAGCTGCATGCAACTAATCAGTAGCTGCCAGGTGGAATGCAAGTAACCAGATTCCTTTTGTTTCCAGTAGCAGgtgattagtacgtgatatacacacaactggattaatctatatgttattaggacgttagataggtttagagggttagagaagctatatagataataaataataagtaagaaaa
aattagtttaagatatttaggtttaatgcgttgctttctttttatttactactggttctccatttataatgtgaataataagtaggaaaaaattaatgggttgctttctttttatttactacttgtcctctatttataatgtggttttcatgccttttttgtttgtgacagttattctgtgttttcttgatatatttagg
ttgggttatttttcattttgtttgatgtattttagttggatttgtttttcacattgttttaaattgtttttaagatttatttctccttatttgattggaatagagaaatggtgtatttctccatatttaattggaatagagaaatgatgtagtttaaatgaaatgggctttcttggtgacattgtttgtaaccttgttgt
gagattctatcgacatttcttcactttgttttatattgttttttaggtttatttttctttacttaattggaatagagatgagatgatgggtggattattaaaaaaggaagctagccaaattaagagaaagtagtatgtatgatttcatttggacgttgtgttctgtagGTGTGCATGAAAACTTGGTTATGTTATGAAGT
AGTTGTTTTTGAAGTGCATGACAAATAAAGATGATTAAGGTAAATGATGTGGAGGATGCTTTGACAAAGAATCACACATGAAAAGAAAGATGGAGAATGCTTTGACAAAGAATCACCAACCTGAAAAGAAAGATGGAGAATGCTTCTTCAATATGTGACTGCTTCAACAATATATGAAAAAGAAAAAGCAAATGGAGACT
ACTTGAAAGAATTGATGAGAATTCAAAGTTGTTTTTAAATTGTAAATTATATAATAGTTTTTTATGTAACACTGCAA

Intron 3 GTGTGCATGA ... GATGATTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	1	2
A2	100	0	2	5
A3	60	1	2	1
A4	63.64	2	4	3
A5	100	0	2	3
A6	90.91	1	9	11
A7	75.44	7	16	27
A8	85.92	5	26	35
A9	91.67	1	8	14
A10	71.43	5	9	16

>TRINITY_DN46393_c0_g1_i4 from sample A10 / Example spliced isoform

GAATTTCAAGATTGCCTGCTACTGAATATCAATATCAAATTTCGTTGAATTTCATGATCACCGTAGCTGCATGCAACTAATCAGTAGCTGCCAGGTGGAATGCAAGTAACCAGATTCCTTTTGTTTCCAGTAGCAGGTAAATGATGTGGAGGATGCTTTGACAAAGAATCACACATGAAAAGAAAGATGGAGAATGCTTT
GACAAAGAATCACCAACCTGAAAAGAAA

>TRINITY_DN46393_c0_g1_i2 from sample A10 / Example unspliced isoform:

GAATTTCAAGATTGCCTGCTACTGAATATCAATATCAAATTTCGTTGAATTTCATGATCACCGTAGCTGCATGCAACTAATCAGTAGCTGCCAGGTGGAATGCAAGTAACCAGATTCCTTTTGTTTCCAGTAGCAGgtgtgcatgaaaacttggttatgttatgaagtagttgtttttgaagtgcatgacaaataaagat
gattaagGTAAATGATGTGGAGGATGCTTTGACAAAGAATCACACATGAAAAGAAAGATGGAGAATGCTTTGACAAAGAATCACCAACCTGAAAAGAAA

Intron 4 GTGATTAGTA ... GATGATTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	22	14
A2	100	0	12	13
A3	89.47	1	12	5
A4	86.67	2	22	4
A5	100	0	3	3
A6	93.1	1	4	23
A7	82.05	7	18	46
A8	91.87	5	45	68
A9	93.55	1	13	16
A10	84.38	5	7	47

>TRINITY_DN46393_c0_g1_i4 from sample A10 / Example spliced isoform

GAATTTCAAGATTGCCTGCTACTGAATATCAATATCAAATTTCGTTGAATTTCATGATCACCGTAGCTGCATGCAACTAATCAGTAGCTGCCAGGTGGAATGCAAGTAACCAGATTCCTTTTGTTTCCAGTAGCAGGTAAATGATGTGGAGGATGCTTTGACAAAGAATCACACATGAAAAGAAAGATGGAGAATGCTTT
GACAAAGAATCACCAACCTGAAAAGAAA

>TRINITY_DN46393_c0_g1_i1 from sample A10 / Example unspliced isoform:

AAATTTAATAATGGTTGATTTTTTTAGTTTTATTATTATTATTTTATTTTTATTGTTAATTCTTTTTAGTTTTCTAAATTTAATATTGGTTGAATTTACATATGTATTAATTTTTAGTTCTATTATTTTATGTCAATTTTCCTAAGCCCGTATATTTGGCAAACGAAGGCTTATTTAGTAACTGAACTACTTGATTTTTG
TATGCATACTAAATTTATATCATCTAAGAACAGCTAATCTTACACGGGATTTTATTGAGCGAAGCGAGCCATCCCTGAACCACGAGCCCTTGGGTGTAGGCCGGACTGGCTTTTCTAAGGCGTACATGGAACTGTGTATTTAGATCTTTTAACGGGCACATTAGAGCTTTTCCTAGATTGATTCGTTCTGTTTGCAGTAT
CGAATGCAACTAACCGGATTCGTTCTGTTTCCAGTAGCTGCATGCAACTAATCAGTAGCTGCCAGGTGGAATGCAAGTAACCAGATTCCTTTTGTTTCCAGTAGCAGgtgattagtacgtgatatacacacaactggattaatctatatgttattaggacgttagataggtttagagggttagagaagctatatagataa
taaataataagtaagaaaaaattagtttaagatatttaggtttaatgcgttgctttctttttatttactactggttctccatttataatgtgaataataagtaggaaaaaattaatgggttgctttctttttatttactacttgtcctctatttataatgtggttttcatgccttttttgtttgtgacagttattctgtg
ttttcttgatatatttaggttgggttatttttcattttgtttgatgtattttagttggatttgtttttcacattgttttaaattgtttttaagatttatttctccttatttgattggaatagagaaatggtgtatttctccatatttaattggaatagagaaatgatgtagtttaaatgaaatgggctttcttggtgaca
ttgtttgtaaccttgttgtgagattctatcgacatttcttcactttgttttatattgttttttaggtttatttttctttacttaattggaatagagatgagatgatgggtggattattaaaaaaggaagctagccaaattaagagaaagtagtatgtatgatttcatttgggtgttgtgttatgtaggtgtgcatgaaaa
cttggttatgttatgaagtagttgtttttgaagtgcatgacaaataaagatgattaagGTAAATGATGTGGAGGATGCTTTGACAAAGAATCACACATGAAAAGAAAGATGGAGAATGCTTTGACAAAGAATCACCAACCTGAAAAGAAA