sp|Q9FZF1|PX11A_ARATH ----> Peroxisomal membrane protein 11A

Intron 1 GTGAGGTCAT ... TGGCTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70.84	2	0	5
A2	100	0	4	1
A3	100	0	2	7
A4	80	2	1	8
A5	100	0	0	2
A6	76.92	6	1	20
A7	70.59	10	5	24
A8	63.64	4	4	7
A9	76.92	6	9	20
A10	82.76	5	10	24

>TRINITY_DN40305_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

AAAAAACCAAAAGTGCCCTGCCACAAAAATGCATAACCCCATCCATTATCCATTCGTTGAGCGAACTAGCCTGCCTTAACTCAAGATTTGTCTCGCTTATGCGAGCATGTGATTGATGTCTATAATTGCCCTTTTTCATGATTGCGTTTGTTAGGCCTTCTATATTTGGCGTGGAGCATATGATAGCATGGGAGCTTTTG
TTTGGACAAAAGAGCTTTGAATCCAAACCTATATTTCTCCGTTTAAGAGATCTATCTTTTAAAGAGGATTTGGAAGGATGGAAATGCAGAAGCCCTCTGCAAATCCAGAGACAGTGACAGAGACATCTACAGGCACAGGCACCGTTGCTAAAAGCATTAATATCAATACAAGTGTCAGTGCCAATAATCTGCAAAGGCAA
AAGAAAGGCAGAGATTTTTCAGAGCGTTTGGAAGCTTATTTAGCAAAAAGGGATGGCGTTGACAAGGTTCTGAAGATTGCTAGGTACTCTGCCAAGATAATTCTGGCTTCCTCTGTTGTCTCTAAGGATGCCCTTTTGGCCAAAAGGCTTAAAGATTTCGATACAAGTGTTGGAGTAAGCAGAAAAGCGTTCAGACTGGG
TAAGTTTATACAGGATTACAATGCACTAAAGAAAGTTTCTTTGGATTCAAAAGAAGGTATATTAGAAATTGTGGCCTACGGAGGTGACGGTATTTACTATTTTGTGGAGCAATTCACCTGGCTGATCAAAACTGGTCTAATTGACCAGCGCTACTCTGCCAAATTGCAGATGATCAGTGCTTGGACTGAATTGATAGGTT
ATTGTGGAAGTATTGCTGTGAAGGGCTTGCAGATATCTGCCCTCAGGGAAAAGGAATCTATTCTCGCATCCAAATCCAAAATTTCTAGCGTGACTAGAGAAGCACAGGTTTCAGACAAGTATGCTGCAGAGATTTGCCAGTTACGAGAGAAGCAGGTCCTAAAGGTAGTCTCCATCATACAAGACCTTGCTGATGGTTTG
CTGGCTTTGGCTGACATTCGCGATGGAAAAGGAACCTTGTCAAATCCTCTTCTCCTTGCGAGTGCAGGATTGCTTTCTGCTCTTATCAGTGCACAAAAAAATTGGTCAGCCTCCTAATCTTGATGTCAGATCGAGGTGATCCTTGCCTTGAGTTTTCTGGTAATTACTGTTATCTATCATACTGCAGTGGCATATCCCCT
GATGGGATTTCGTTTCACTAATACCTACTTCCTTGCTCCTTCACTATTGATTACACTTGTAACTTTCGAATTTTAGTTTGTACTAGTTGTTTTAGATGACATTATTTACTGGTAAATGAGGAATTGGAAAAAAATCATTTTCAGCACTAGATTGAAAAGGATATTTGTTTAAACAGCTGCACTTCATTTCTCTGATTCAT
ATCTTAAAGAGTTATAGATTATTTTTGAAGAGCGATATGGATAATTATAAAAATACCTGTTCTTATAATTACCACATAAGACATGGTCCTTTTTCTGCCTTGCAAAATGAAGATGTAATATGATACACGTTTTGAATGCCTATAATTATATTTAATATATGTCAAA

>TRINITY_DN40305_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

AAAAAACCAAAAGTGCCCTGCCACAAAAATGCATAACCCCATCCATTATCCATTCGTTGAGCGAACTAGCCTGCCTTAACTCAAGATTTGTCTCGCTTATGCGAGCATGTGATTGATGTCTATAATTGCCCTTTTTCATGATTGCGTTTGTTAGGCCTTCTATATTTGGCGTGgtgaggtcatcaaagtttactttctac
acgatacctgcgagattccagttttgcccatttcaaatactttggatcaatcaatggcttacagGAGCATATGATAGCATGGGAGCTTTTGTTTGGACAAAAGAGCTTTGAATCCAAACCTATATTTCTCCGTTTAAGAGATCTATCTTTTAAAGAGGATTTGGAAGGATGGAAATGCAGAAGCCCTCTGCAAATCCAGA
GACAGTGACAGAGACATCTACAGGCACAGGCACCGTTGCTAAAAGCATTAATATCAATACAAGTGTCAGTGCCAATAATCTGCAAAGGCAAAAGAAAGGCAGAGATTTTTCAGAGCGTTTGGAAGCTTATTTAGCAAAAAGGGATGGCGTTGACAAGGTTCTGAAGATTGCTAGGTACTCTGCCAAGATAATTCTGGCTT
CCTCTGTTGTCTCTAAGGATGCCCTTTTGGCCAAAAGGCTTAAAGATTTCGATACAAGTGTTGGAGTAAGCAGAAAAGCGTTCAGACTGGGTAAGTTTATACAGGATTACAATGCACTAAAGAAAGTTTCTTTGGATTCAAAAGAAGGTATATTAGAAATTGTGGCCTACGGAGGTGACGGTATTTACTATTTTGTGGAG
CAATTCACCTGGCTGATCAAAACTGGTCTAATTGACCAGCGCTACTCTGCCAAATTGCAGATGATCAGTGCTTGGACTGAATTGATAGGTTATTGTGGAAGTATTGCTGTGAAGGGCTTGCAGATATCTGCCCTCAGGGAAAAGGAATCTATTCTCGCATCCAAATCCAAAATTTCTAGCGTGACTAGAGAAGCACAGGT
TTCAGACAAGTATGCTGCAGAGATTTGCCAGTTACGAGAGAAGCAGGTCCTAAAGGTAGTCTCCATCATACAAGACCTTGCTGATGGTTTGCTGGCTTTGGCTGACATTCGCGATGGAAAAGGAACCTTGTCAAATCCTCTTCTCCTTGCGAGTGCAGGATTGCTTTCTGCTCTTATCAGTGCACAAAAAAATTGGTCAG
CCTCCTAATCTTGATGTCAGATCGAGGTGATCCTTGCCTTGAGTTTTCTGGTAATTACTGTTATCTATCATACTGCAGTGGCATATCCCCTGATGGGATTTCGTTTCACTAATACCTACTTCCTTGCTCCTTCACTATTGATTACACTTGTAACTTTCGAATTTTAGTTTGTACTAGTTGTTTTAGATGACATTATTTAC
TGGTAAATGAGGAATTGGAAAAAAATCATTTTCAGCACTAGATTGAAAAGGATATTTGTTTAAACAGCTGCACTTCATTTCTCTGATTCATATCTTAAAGAGTTATAGATTATTTTTGAAGAGCGATATGGATAATTATAAAAATACCTGTTCTTATAATTACCACATAAGACATGGTCCTTTTTCTGCCTTGCAAAATG
AAGATGTAATATGATACACGTTTTGAATGCCTATAATTATATTTAATATATGTCAAA

Intron 2 GCGTGGTGAG ... TGGCTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75	2	0	6
A2	100	0	4	1
A3	100	0	2	7
A4	80	2	1	8
A5	100	0	0	2
A6	76.92	6	1	20
A7	70.59	10	5	24
A8	63.64	4	4	7
A9	76.92	6	8	20
A10	82.76	5	10	24

>TRINITY_DN41797_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

GAAAAAACGGTGTCGAGAAGGAAAAAAACCAAAAGTGCCCTGCCACAAAAATGCATAACCCCATCCATTATCCATTCGTTGAGCGAACTAGCCTGCCTTAACTCAAGATTTGTCTCGCTTATGCGAGCATGTGATTGATGTCTATAATTGCCCTTTTTCATGATTGCGTTTGTTAGGCCTTCTATATTTGGCGTGGAGCA
TATGATAGCATGGGAGCTTTTGTTTGGACAAAAGAGCTTTGAATCCAAACCTATATTTCTCCGTTTAAGAGATCTATCTTTTAAAGAGGATTTGGAAGGATGGAAATGCAGAAGCCCTCTGCAAATCCAGAGACAGTGACAGAGACATCTACAGGCACAGGCACCGTTGCTAAAAGCATTAATATCAATACAAGTGTCAG
TGCCAATAATCTGCAAATGCAAAAGAAAGGCAGAGATTTTTCAGAGCGTTTGGAAGCTTATTTAGCAAAAAGGGATGGCGTTGACAAGGTTCTGAAGATTGCTAGGTACTCTGCCAAGATAATTCTGGCTTCCTCTGTTGTCTCTAAGGATGCCCTTTTGGCCAAAAGGCTTAAAGATTTCGATACAAGTGTTGGAGTAA
GCAGAAAAGCGTTCAGACTGGGTAAGTTTATACAGGATTACAATGCACTAAAGAAAGTTTCTTTGGATTCAAAAGAAGGTATATTAGAAATTGTGGCCTACGGAGGTGACGGTATTTACTATTTTGTGGAGCAATTCACCTGGCTGATCAAAACTGGTCTAATTGACCAGCGCTACTCTGCCAAATTGCAGATGATCAGT
GCTTGGACTGAATTGATAGGTTATTGTGGAAGTATTGCTGTGAAGGGCTTGCAGATATCTGCCCTCAGGGAAAAGGAATCTATTCTCGCATCCAAATCCAAAATTTCTAGCGTGACTAGAGAAGCACAGGTTTCAGACAAGTATGCTGCAGAGATTTGCCAGTTACGAGAGAAGCAGGTCCTAAAGGTAGTCTCCATCAT
ACAAGACCTTGCTGATGGTTTGCTGGCTTTGGCTGACATTCGCGATGGAAAAGGAACCTTGTCAAATCCTCTTCTCCTTGCGAGTGCAGGATTGCTTTCTGCTCTTATCAGTGCACAAAAAAATTGGTCAGCCTCCTAATCTTGATGTCAGATCGAGGTGATCCTTGCCTTGAGTTTTCTGGTAATTACTGTTATCTATC
ATACTGCAGTGGCATATCCCCTGATGGGATTTCGTTTCACTAATACCTACTTCCTTGCTCCTTCACTATTGATTACACTTGTAACTTTCGAATTTTAGTTTGTACTAGTTGTTTTAGATGACATTATTTACTGGTAAATGAGGAATTGGAAAAAAATCATTTTCAGCACTAGATTGAAAAGGATATTTGTTTAAACAGCT
GCACTTCATTTCTCTGATTCATATCTTAAAGAGTTATAGATTATTTTTGAAGAGCGATATGGATAATTATAAAAATACCTGTTCTTATAATTACCACATAAGACATGGTCCTTTTTCTGCCTTGCAAAATGAAGATGTAATATGATACACGTTTTGAATGCCTATAATTATATTTAATATATGTCAAATTCTATTTCTCC

>TRINITY_DN41797_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GAAAAAACGGTGTCGAGAAGGAAAAAAACCAAAAGTGCCCTGCCACAAAAATGCATAACCCCATCCATTATCCATTCGTTGAGCGAACTAGCCTGCCTTAACTCAAGATTTGTCTCGCTTATGCGAGCATGTGATTGATGTCTATAATTGCCCTTTTTCATGATTGCGTTTGTTAGGCCTTCTATATTTGGCGTGgcgtg
gtgaggtcatcaaagtttattttgtacacgatacctgcgagattccagttttgcccatttcaaatactttggatcaatcaatggcttacagGAGCATATGATAGCATGGGAGCTTTTGTTTGGACAAAAGAGCTTTGAATCCAAACCTATATTTCTCCGTTTAAGAGATCTATCTTTTAAAGAGGATTTGGAAGGATGGA
AATGCAGAAGCCCTCTGCAAATCCAGAGACAGTGACAGAGACATCTACAGGCACAGGCACCGTTGCTAAAAGCATTAATATCAATACAAGTGTCAGTGCCAATAATCTGCAAATGCAAAAGAAAGGCAGAGATTTTTCAGAGCGTTTGGAAGCTTATTTAGCAAAAAGGGATGGCGTTGACAAGGTTCTGAAGATTGCTA
GGTACTCTGCCAAGATAATTCTGGCTTCCTCTGTTGTCTCTAAGGATGCCCTTTTGGCCAAAAGGCTTAAAGATTTCGATACAAGTGTTGGAGTAAGCAGAAAAGCGTTCAGACTGGGTAAGTTTATACAGGATTACAATGCACTAAAGAAAGTTTCTTTGGATTCAAAAGAAGGTATATTAGAAATTGTGGCCTACGGA
GGTGACGGTATTTACTATTTTGTGGAGCAATTCACCTGGCTGATCAAAACTGGTCTAATTGACCAGCGCTACTCTGCCAAATTGCAGATGATCAGTGCTTGGACTGAATTGATAGGTTATTGTGGAAGTATTGCTGTGAAGGGCTTGCAGATATCTGCCCTCAGGGAAAAGGAATCTATTCTCGCATCCAAATCCAAAAT
TTCTAGCGTGACTAGAGAAGCACAGGTTTCAGACAAGTATGCTGCAGAGATTTGCCAGTTACGAGAGAAGCAGGTCCTAAAGGTAGTCTCCATCATACAAGACCTTGCTGATGGTTTGCTGGCTTTGGCTGACATTCGCGATGGAAAAGGAACCTTGTCAAATCCTCTTCTCCTTGCGAGTGCAGGATTGCTTTCTGCTC
TTATCAGTGCACAAAAAAATTGGTCAGCCTCCTAATCTTGATGTCAGATCGAGGTGATCCTTGCCTTGAGTTTTCTGGTAATTACTGTTATCTATCATACTGCAGTGGCATATCCCCTGATGGGATTTCGTTTCACTAATACCTACTTCCTTGCTCCTTCACTATTGATTACACTTGTAACTTTCGAATTTTAGTTTGTA
CTAGTTGTTTTAGATGACATTATTTACTGGTAAATGAGGAATTGGAAAAAAATCATTTTCAGCACTAGATTGAAAAGGATATTTGTTTAAACAGCTGCACTTCATTTCTCTGATTCATATCTTAAAGAGTTATAGATTATTTTTGAAGAGCGATATGGATAATTATAAAAATACCTGTTCTTATAATTACCACATAAGAC
ATGGTCCTTTTTCTGCCTTGCAAAATGAAGATGTAATATGATACACGTTTTGAATGCCTATAATTATATTTAATATATGTCAAATTCTATTTCTCC