NA ----> NA

Intron 1 GTTCAGCAAA ... TTCATTCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	13	13	2
A2	-1	0	0	0
A3	66.67	1	2	0
A4	85.71	1	6	0
A5	100	0	2	2
A6	46.15	21	18	8
A7	52.54	28	31	11
A8	58.93	23	33	11
A9	50	35	35	10
A10	45.16	17	14	2

>TRINITY_DN44287_c2_g7_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

TGCTGGATGAGCATCATAATTTCAGATTATGTTATGATTCTCGAGAGTTGGGATTAGCTGTAACGGGGATTGGGAGATCCTTTCGGGAAGTTGGATAGTGTGTTCTTACAACCCCATTAGCTCGGGGGTTCGGGGTGAAGGAGAGTAACCCCAATACGGTAAGGTGGTCAACCGAGGGGCTGTCGGTATCTTCGTCAACG
CTGGACTACTTCGGACAGTTGATTCAACCACTACTCAACGGTTTCAAGCTCGACACCCAGAAATCAGATTTCTGGTGAAGTGTGGGGATAATAGATCCGAATCTCTATATCTTTTTTTTTATTCAGCATCTCCAGAATTGATTGGTTGGAGTAGATCTATTCCCCAAGACTTAAAACTGTGTCTGCATTATAATTTCGGT
TCCATAATAGATAATTTCTGTTCTTCAGAGATGTAAACTCTGTTCGTATCATGATATCGGATCCAGGATTGAGAGTTGCAATCGATCTAACTTTGGAGACATTAAACTATTGTAGATTCACTATTCCTTTGAAAATCTACCTTGTTTGTATAAAATTCTTCGAAATCTTGTGGGAGTGACCAGATCGTGGCTCTGCCTTC
AGTTTTTATGTAACCCTTGAATTTATTGTGAAGGTATAGTGATTCAGTTACTGCGAATCTTAAACTCTGTATTGTTTTTATAAATTTTGGATGTAAGGACCCCAGATCCGAA

>TRINITY_DN44287_c2_g7_i9 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TGCTGGATGAGCATCATAATTTCAGATTATGTTATGATTCTCGAGAGTTGGGATTAGCTGTAACGGGGATTGGGAGATCCTTTCGGGAAGTTGGATAGTGTGTTCTTACAACCCCATTAGCTCGGGGGTTCGGGGTGAAGGAGAGTAACCCCAATACGGTAAGGTGGTCAACCGAGGGGCTGTCGGTATCTTCGTCAACG
CTGGACTACTTCGGACAGTTGATTCAACCACTACTCAACGGTTTCAAGCTCGACACCCAGAAATCAGgttcagcaaattattattttgtttagttatttttttatatatatgaggatgaaatcagagtaatgttatgaggaccaatctggttttgtaaattataaacccggttttcttaatgcatatgtatttctgaaat
tttatgaatatggggagaaattatgaacaaagtagaatctgaatataattcttgttatctttaactaagacttcattatcaatttatttcacaaatcctctagtagcgtcgatccgaactcttgggataacttgactctgttttctttgttattttcattctagATTTCTGGTGAAGTGTGGGGATAATAGATCCGAATC
TCTATATCTTTTTTTTTATTCAGCATCTCCAGAATTGATTGGTTGGAGTAGATCTATTCCCCAAGACTTAAAACTGTGTCTGCATTATAATTTCGGTTCCATAATAGATAATTTCTGTTCTTCAGAGATGTAAACTCTGTTCGTATCATGATATCGGATCCAGGATTGAGAGTTGCAATCGATCTAACTTTGGAGACATT
AAACTATTGTAGATTCACTATTCCTTTGAAAATCTACCTTGTTTGTATAAAATTCTTCGAAATCTTGTGGGAGTGACCAGATCGTGGCTCTGCCTTCAGTTTTTATGTAACCCTTGAATTTATTGTGAAGGTATAGTGATTCAGTTACTGCGAATCTTAAACTCTGTATTGTTTTTATAAATTTTGGATGTAAGGACCCC
AGATCCGAA

Intron 2 GTTCAGCAAA ... ATGTTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52	12	13	1
A2	-1	0	0	1
A3	66.67	1	2	2
A4	85.71	1	6	0
A5	100	0	2	0
A6	72	7	18	1
A7	64.58	17	31	0
A8	71.74	13	33	2
A9	59.32	24	35	3
A10	48.28	15	14	2

>TRINITY_DN47496_c1_g8_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

CTCTTGCTCCCTAATGCTGGATGAGCATCATAATTTCAGATTATGTTATGATTCTCGAGAGTTGGGATTAGCTGTAACGGGGATTGGGAGATCCTTTCGGGAAGTTGGATAGTGTGTTCTTACAACCCCATTAGCTCGGGGGTTCGGGGTGAAGGAGAGTAACCCCAATACGGTAAGGTGGTCAACCGAGGGGCTGTCGG
TATCTTCGTCAACGCTGGACTACTTCGGACAGTTGATTCAACCACTACTCAACGGTTTCAAGCTCGACACCCAGAAATCAGAAGCGCATTGGCATACCAGTCTCGATTGTTTCTCTGCATTTTCTTACAGTTCATGGGGGTTTGACATATGAAATCCCAAATTGATTTCCTTTCTGCGTCTTCTTTACCGCTCATGCTCA
TGTGTTCGACATATGAAAAGCTCTCAGATCCATTTCCTCCTCTGCGTTTTCTTGAAGTTACTGGTGATTGACATTTCGCTTTTTCCAGAATCAACTTACTGTTTACATAAATCTCTGTGTTTCCAAATCAATGCTGCTGGACGTTTTCCTAAATGGGTATTTGTCTATTTTAATATCTCTATGTCCTACTTTAAAAACTC
GATTGAGGTTGTGCCTGAATTCGTACGACGAATTGTAAATTGGGATTATGAAATATATATATTTTTTGATATTCGCATTGCATCTCCAGTATTTAGATTAGTATTACACCTTGCTTCTCCCTCAAACCTGAACGG

>TRINITY_DN47496_c1_g8_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTCTTGCTCCCTAATGCTGGATGAGCATCATAATTTCAGATTATGTTATGATTCTCGAGAGTTGGGATTAGCTGTAACGGGGATTGGGAGATCCTTTCGGGAAGTTGGATAGTGTGTTCTTACAACCCCATTAGCTCGGGGGTTCGGGGTGAAGGAGAGTAACCCCAATACGGTAAGGTGGTCAACCGAGGGGCTGTCGG
TATCTTCGTCAACGCTGGACTACTTCGGACAGTTGATTCAACCACTACTCAACGGTTTCAAGCTCGACACCCAGAAATCAGgttcagcaaattattattttgtttagttatttttttatatatatgaggatgaaatcagagtaatgttatgaggaccaatctggttttgtaaattataaacccggttttcttaatgcata
tgtatttctgaaattttatgaatatggggagaaattatgaacaaagtagaatctgaatataattcttgttatctttaactaagacttcattatcaatttatttcacaaatcctctagtagcgtcgatccgaactcttgggataacttgactctgttttctttgttattttcattctagatttctggtgaagtgtggggat
aatagatccgaatctctatatctttttttttattcagcatctccagaattgattggttggagtagatctattccccaagacttaaaactgtgtctgcattataatttcggttccataatagataatttctgttcttcagagatgtaaactctgttcgtatcatgatatcggatccaggattgagagttgcaatcgatcta
actttggagacattaaactattgtagattcactattcctttgaaaatctaccttgtttgtataaaattcttcgaaatcttgtgggagtgaccagatcgtggctctgccttcagtttttatgtaacccttgaatttattgtgaaggtatagtgattcagttactgcgaatcttaaactctgtattgtttttataaattttg
gatgtaaggaccccagatccgatctaccttgattttatttaaatttctaatgtcgttttacaaattcttttgataactctctgtaaacacattggtatttcctagacccgaatcacaagggcgtttaacttttcaactctgtgtcttaactttttcacagaaatctgtgtgtcttaactcaccatatggggagacgctaa
gggtaatcgccttattccatttccatttcttgaattgatgtttccagAAGCGCATTGGCATACCAGTCTCGATTGTTTCTCTGCATTTTCTTACAGTTCATGGGGGTTTGACATATGAAATCCCAAATTGATTTCCTTTCTGCGTCTTCTTTACCGCTCATGCTCATGTGTTCGACATATGAAAAGCTCTCAGATCCATT
TCCTCCTCTGCGTTTTCTTGAAGTTACTGGTGATTGACATTTCGCTTTTTCCAGAATCAACTTACTGTTTACATAAATCTCTGTGTTTCCAAATCAATGCTGCTGGACGTTTTCCTAAATGGGTATTTGTCTATTTTAATATCTCTATGTCCTACTTTAAAAACTCGATTGAGGTTGTGCCTGAATTCGTACGACGAATT
GTAAATTGGGATTATGAAATATATATATTTTTTGATATTCGCATTGCATCTCCAGTATTTAGATTAGTATTACACCTTGCTTCTCCCTCAAACCTGAACGG