sp|Q9LFS4|NIK1_ARATH ----> Protein NSP-INTERACTING KINASE 1

Intron 1 GTTTGTTCAA ... GGGCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.39	38	4.2	8
A2	7.69	24	1.6	2
A3	22.22	35	3.4	10
A4	35.48	20	1	11
A5	13.33	13	0.2	2
A6	20	36	0.4	9
A7	25	36	2.2	12
A8	29.69	45	1.4	19
A9	17.74	51	3.8	11
A10	22.81	44	5.2	13

>TRINITY_DN117626_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

CGCTCAGCATCCTCACCCATGTAACATGGATCATAGGAGGCCATTTGAGAGATTGGGGAGGGCTAGTGAGTCTGACATGTGGCAGACCCAGGCCCACAGAGTGATAATAACTAGGTAGTGAAAACACCTTCGCATGGTTTAGCTTTTAGCTTAGGGCAGTGTGCAGCTTGCTACACTTCCTCTTACAATCATCACCGCTT
GAAATGAATGGGAATTAAATGCCTGCATTCACTGCTTGAAGCGGATTGGAGTATAGGGTTTCTGCAATAATGGAATACAAGTTCGAATGTCCCATTCTCGTTGCCTCTTTAATGCTGTTCATTCTTATTACTAGCACCACAGCATCCCTGTCTCCAAATGGGATCAACTATGAAGTGGTAGCATTAATGTCAATAAAGAA
CCAGCTGAATGACCCAAACAATGCATTGGAGGCGTGGGATGCAAACTCGGTGGACCCTTGCAGTTGGAGCATGGTCACTTGTTCGCCAGACGGATCTGTTACTGCAATGGGAATCCCCAGCCAGAAGTTGTCTGGTACTCTCTCTCGAGGCATTGGGAACTTGACAAATCTTCAGTCTTTGCTATTACAGAACAACGATA
TATCAGGTGCGATTCCAGTTGAATTAGGGAAGCTGGAAAACCTTCAAACTCTTGACCTTTCAGGGAATCAATTTAGTGGTTGGATACCGAGTTCATTGGGTCAGCTGGTGAACTTAAAGTACTTGCGACTCAACAACAACAATATTTCTGGACCGTTTCCTGGATCACTGGCAAACCTTTCAGGCCTGACTTTGTTGGAA
TTATCCTACAATAATCTCAGTGGTCCTATACCAAGAATTCTGGCCAAATCGTACAATATGGCAGGAAATCCCTTTCTGTGCGAGAGGGTGAAGAATTGTCCTGTTGATTCCCACACACCCCTTTCGGTTACTCTCGATACAGATAAAAGTAATCCACTCACCTGAGCTGACTATATATTGCCTTTTAATCCAGGCTTGAC
AAATTTTCTTTGCAAACTCATGCAATATGTGTTATTGCATCCAGATACAGTGCCCTCCAGATGGCATAAGAGTCAGAAGGTGGCTATTGCTCTTGGTGCGAGTTTTGGTTTTCTAGCTGTGTTTATACTTTCCATTGGACTTGTCCTTTGGTGGCGGAAGAAACATAATAACCTTGTATTCTTTTCTGCCAATGAACAGC

TTGATGCTGAAGTATGTCTGGGGAATCTGAGGAGGTTCTCATTTCGAGAGCTCCAAGCTGCCACCAGTAATTTTAATGCAAAAAAAATTTTAGGCCAAGGAGGGTTTGGAATTGTGTACAAAGGAATCCTAAAAGATGGTACTCTGGTAGCTGTGAAAAGATTGAAAGACACCAGTGCTGCTGGTGGCGAAGTCCAATTT
CAGACAGAGGTAGAAATGATCAGCTTGGCTGTGCATAGGAACTTGTTACGGTTATATGGATTTTGCATGACTTGCACAGAGAGACTGCTGGTGTATCCATACATGCCAAATGGAAGTGTGGCCTATCGTCTAAGAGATAATATTGGGGGGAAACCAGCTTTGGATTGGTACATGCGCAAACGGATAGCACTTGGAGCAGC
AAGGGGACTTTTGTATTTGCATGACCAATGTGACCCCAAGATAATTCACCGTGACGTTAAAGCAGCAAACATATTACTGGATGAAGATTTTGAAGCCATTGTAGGAGACTTTGGATTGGCAAAGCTTTTAGACCAGAGGGATTCGCATGTCACTACTGCTGTTCGTGGTACTGTAGGACACATAGCCCCAGAATACCTTT
CAACAGGACAGTCATCAGAGAAAACCGATGTATTTGGCTTTGGCATACTGCTGTTGGAACTTATAACTGGACAGAGAGCTCTGGACTTCGGTAATGATTCCAAGCAGAAAGGGGTAATGCTTGATTGGGTTAAAAAGGTATATCAGGAGAAGAAGTTGGACCTTATTGTAGATAAAGATCTTAAAGGTTTTTTTGATAGA
GTTGAACTTGAGGAGATGGTGCAAGTGGCCTTATTATGTACCCAGTTTCATCCAGCACATCGCCCTAAAATGTCTGAAGTGGTGAGAATGTTAGAAGGAGATGGGCTGGCAGAACGATGGGAGGCATCACAGAAAACTGAAACTCCTAGCTACAGAAGGGTTGAATCAATACCGAGGAAGTATTCTGATTTCATGGAAGA
TACTTCCTTTGCTGTACAACCTATGGAACTTTCTGGACCACGATGATTCCACTGGCATGTTGACGGCATTAAATATTCACTGCTGGTTACTATTCAGAACGAGTCATTATACTAGTTTACCAGAGGCAAAGGGACAGCATTTTGCATATGATTAAATTGTGGGTGGTTTCCAGTGTAATATTATTGGTCAGAAGTGATGA
GCATGGCCATTGTATTGTTATTGTAAAGTAATGTTGTATAGATTTGATATAATCTTTTTGCTGTACAATGCTTCAGCATTGTGTATCTCCAATCACAATGTTTTCTCAATGGTAGAACTTTAATTGCCACCGTTACTAATCATTTGTTATGAACC

>TRINITY_DN117626_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CCTTGTATTCTTTTCTGCCAATGgtttgttcaatatctcagaaacaaagaatgtagtgatttttgtgtcactgaaagagacatatttgaaggtatagagtggcttcttatactttgtagtggttgggcttgcagAACAGCTTGATGCTGAAGTATGTCTGGGGAATCTGAGGAGGTTCTCATTTCGAGAGCTCCAAGCTG
CCACCAGTAATTTTAATGCAAAAAAAATTTTAGGCCAAGGAGGGTTTGGAATTGTGTACAAAGGAATCCTAAAAGATGGTACTCTGGTAGCTGTGAAAAGATTGAAAGACACCAGTGCTGCTGGTGGCGAAGTCCAATTTCAGACAGAGGTAGAAATGATCAGCTTGGCTGTGCATAGGAACTTGTTACGGTTATATGGA
TTTTGCATGACTTGCACAGAGAGACTGCTGGTGTATCCATACATGCCAAATGGAAGTGTGGCCTATCGTCTAAGAGATAATATTGGGGGGAAACCAGCTTTGGATTGGTACATGCGCAAACGGATAGCACTTGGAGCAGCAAGGGGACTTTTGTATTTGCATGACCAATGTGACCCCAAGATAATTCACCGTGACGTTAA
AGCAGCAAACATATTACTGGATGAAGATTTTGAAGCCATTGTAGGAGACTTTGGATTGGCAAAGCTTTTAGACCAGAGGGATTCGCATGTCACTACTGCTGTTCGTGGTACTGTAGGACACATAGCCCCAGAATACCTTTCAACAGGACAGTCATCAGAGAAAACCGATGTATTTGGCTTTGGCATACTGCTGTTGGAAC
TTATAACTGGACAGAGAGCTCTGGACTTCGGTAATGATTCCAAGCAGAAAGGGGTAATGCTTGATTGGGTTAAAAAGGTATATCAGGAGAAGAAGTTGGACCTTATTGTAGATAAAGATCTTAAAGGTTTTTTTGATAGAGTTGAACTTGAGGAGATGGTGCAAGTGGCCTTATTATGTACCCAGTTTCATCCAGCACAT
CGCCCTAAAATGTCTGAAGTGGTGAGAATGTTAGAAGGAGATGGGCTGGCAGAACGATGGGAGGCATCACAGAAAACTGAAACTCCTAGCTACAGAAGGGTTGAATCAATACCGAGGAAGTATTCTGATTTCATGGAAGATACTTCCTTTGCTGTACAACCTATGGAACTTTCTGGACCACGATGATTCCACTGGCATGT
TGACGGCATTAAATATTCACTGCTGGTTACTATTCAGAACGAGTCATTATACTAGTTTACCAGAGGCAAAGGGACAGCATTTTGCATATGATTAAATTGTGGGTGGTTTCCAGTGTAATATTATTGGTCAGAAGTGATGAGCATGGCCATTGTATTGTTATTGTAAAGTAATGTTGTATAGATTTGATATAATCTTTTTG
CTGTACAATGCTTCAGCATTGTGTATCTCCAATCACAATGTTTTCTCAATGGTAGAACTTTAATTGCCACCGTTACTAATCATTTGTTATGAACC

Intron 2 GTAAGAATTT ... AGTTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	12.68	31	2	7
A2	17.07	34	6	8
A3	23.33	23	7	7
A4	21.1	43	3	20
A5	14.29	6	0	2
A6	22.11	37	14	7
A7	14.5	56	8	11
A8	27.27	12	6	3
A9	12.12	29	3	5
A10	16.42	28	5	6

>TRINITY_DN101243_c0_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

CTGGGTTTTCATTTTTTCCGGTATCCACTTCATTTTTACTGATACCCAATTTTCCTGTTGCAGTGGTAGCATTAATGTCAATAAAGAACCAGCTGAATGACCCAAACAATGCATTGGAGGCGTGGGATGCAAACTCGGTGGACCCTTGCAGTTGGAGCATGGTCACTTGTTCGCCAGACGGATCTGTTACTGCAATGTCG
AACAACGATATATCAGGTGCGATTCCAGTTGAATTAGGGAAGCTGGAAAACCTTCAAACTCTTGACCTTTCAGGGAATCAATTTAGTGGTTGGATACCGAGTTCATTGGGTCAGCTGGTGAACTTAAAGTACTTGCGACTCAACAACAACAATATTTCTGGACCGTTTCCTGGATCACTGGCAAACCTTTCAGGCCTGAC
TTTGTTGGAATTATCCTACAATAATCTCAGTGGTCCTATACCAAGAATTCTGGCCAAGTCGTACAATATGGCAGGAAATCCCTTTCTGTGCGAGAGGGTGAAGAATTGTCCTGTTGATTCCCACACACCCCTTTCGGTTACTCTCGATACAGATAAAAATACAGTGCCCTCCAGATGGCATAAGAGTCAGAAGGTGGCTA
TTGCTCTTGGTGCGAGTTTTGGTTTTCTAGCTGTGTTTATACTTTCCATTGGACTTGTCCTTTGGTGGCGGAAGAAACATAATAACCTTGTATTCTTTTCTGCCAATGAACAGCTTGATGCTGAAGTATGTCTGGGGAATCTGAGGAGGTTCTCATTTCGAGAGCTCCAAGCTGCCACCAGTAATTTTAATGCAAAAAAA
ATTTTAGGCCAAGGAGGGTTTGGAATTGTGTACAAAGGAATCCTAAAAGATGGTACTCTGGTAGCTGTGAAAAGATTGAAAGACACCAGTGCTGCTGGTGGCGAAGTCCAATTTCAGACAGAGGTAGAAATGATCAGCTTGGCTGTGCATAGGAACTTGTTACGGTTATATGGATTTTGCATGACTTGCACAGAGAGACT
GCTGGTGTATCCATACATGCCAAATGGAAGTGTGGCCTATCGTCTAAGAGATAATATTGGGGGGAAACCAGCTTTGGATTGGTACATGCGCAAACGGATAGCACTTGGAGCAGCAAGGGGACTTTTGTATTTGCATGACCAATGTGACCCCAAGATAATTCACCGTGACGTTAAAGCAGCAAACATATTACTGGATGAAG
ATTTTGAAGCCATTGTAGGAGACTTTGGATTGGCAAAGCTTTTAGACCAGAGGGATTCGCATGTCACTACTGCTGTTCGTGGTACTGTAGGACACATAGCCCCAGAATACCTTTCAACAGGACAGTCATCAGAGAAAACCGATGTATTTGGCTTTGGCATACTGCTGTTGGAACTTATAACTGGACAGAGAGCTCTGGAC
TTCGGTAATGATTCCAAGCAGAAAGGGGTAATGCTTGATTGGGTTAAAAAGGTATATCAGGAGAAGAAGTTGGACCTTATTGTAGATAAAGATCTTAAAGGTTTTTTTGATAGAGTTGAACTTGAGGAGATGGTGCAAGTGGCCTTATTATGTACCCAGTTTCATCCAGCACATCGCCCTAAAATGTCTGAAGTGGTGAG
AATGTTAGAAGGAGATGGGCTGGCAGAACGATGGGAGGCATCACAGAAAACTGAAACTCCTAGCTACAGAAGGGTTGAATCAATACCGAGGAAGTATTCTGATTTCATTGAAGATACTTCCTTTGCTGTACAACCTATGGAACTTTCTGGACCACGATGATTCCACTGGCATGTTGACGGCATTAAATATTCACTGCTGG
TTACTATTCAGAACGAGTCATTATACTAGTTTACCAGAGGCAAAGGGACAGCATTTTGCATATGATTAAATTGTGGGTGGTTTCCAGTGTAATATTATTGGTCAGAAGTGATGAGCATGGCCATTGTATTGTTATTGTAAAGTAATGTTGTATAGATTTGATATAATCTTTTTGCTGTACAATGCTTCAGCATTGTGTAT
CTCCAATCACAATGTTTTCTCAATGGTAGAACTTTAATTGCCACCG

>TRINITY_DN101243_c0_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GTGGTTACTGGTTACCGTTTGCCCATTGTCAATGACATACTAACGTGACCCGTCCTCCAAAAAAAAGTTGGAGTTCGTAACATCATATTTCAGGTCAAAAAAGGAGTTTGCAAGCTGTAACATCATATTGCAGACAAACATCATATGGTTGGCCACGAGGGCATTATCACATACCGCCATTAAATACCAAGTGGAGCCCG
CTCAGCATCCTCACCCATGTAACATGGATCATAGGAGGCCATTTGAGAGATTGGGGAGGGCTAGTGAGTCTGACATGTGGCAGACCCAGGCCCACAGAGTGATAATAACTAGGTAGTGAAAACACCTTCGCATGGTTTAGCTTTTAGCTTAGGGCAGTGTGCAGCTTGCTACACTTCCTCTTACAATCATCACCGCTTGA
AATGAATGGGAATTAAATGCCTGCATTCACTGCTTGAAGCGGATTGGAGTATAGGGTTTCTGCAATAATGGAATACAAGTTCGAATGTCCCATTCTCGTTGCCTCTTTAATGCTGTTCATTCTTATTACTAGCACCACAGCATCCCTGTCTCCAAATGGGATCAACTATGAAGTGGTAGCATTAATGTCAATAAAGAACC
AGCTGAATGACCCAAACAATGCATTGGAGGCGTGGGATGCAAACTCGGTGGACCCTTGCAGTTGGAGCATGGTCACTTGTTCGCCAGACGGATCTGTTACTGCAATGGGAATCCCCAGCCAGAAGTTGTCTGGTACTCTCTCTCGAGGCATTGGGAACTTGACAAATCTTCAGTCTTTGCTATTACAGAACAACGATATA
TCAGGTGCGATTCCAGTTGAATTAGGGAAGCTGGAAAACCTTCAAACTCTTGACCTTTCAGGGAATCAATTTAGTGGTTGGATACCGAGTTCATTGGGTCAGCTGGTGAACTTAAAGTACTTGCGACTCAACAACAACAATATTTCTGGACCGTTTCCTGGATCACTGGCAAACCTTTCAGGCCTGACTTTGTTGGAATT
ATCCTACAATAATCTCAGTGGTCCTATACCAAGAATTCTGGCCAAGTCGTACAAgtaagaattttgataagataagtcagatttgccaacttggatgtgcctctttgttagtcttttggataactttatcgagtcgaatgatgtgaactgatggttatgaacttataattctgttgctgagttgtgcagTATGGCAGGAA
ATCCCTTTCTGTGCGAGAGGGTGAAGAATTGTCCTGTTGATTCCCACACACCCCTTTCGGTTACTCTCGATACAGATAAAAATACAGTGCCCTCCAGATGGCATAAGAGTCAGAAGGTGGCTATTGCTCTTGGTGCGAGTTTTGGTTTTCTAGCTGTGTTTATACTTTCCATTGGACTTGTCCTTTGGTGGCGGAAGAAA
CATAATAACCTTGTATTCTTTTCTGCCAATGAACAGCTTGATGCTGAAGTATGTCTGGGGAATCTGAGGAGGTTCTCATTTCGAGAGCTCCAAGCTGCCACCAGTAATTTTAATGCAAAAAAAATTTTAGGCCAAGGAGGGTTTGGAATTGTGTACAAAGGAATCCTAAAAGATGGTACTCTGGTAGCTGTGAAAAGATT
GAAAGACACCAGTGCTGCTGGTGGCGAAGTCCAATTTCAGACAGAGGTAGAAATGATCAGCTTGGCTGTGCATAGGAACTTGTTACGGTTATATGGATTTTGCATGACTTGCACAGAGAGACTGCTGGTGTATCCATACATGCCAAATGGAAGTGTGGCCTATCGTCTAAGAGATAATATTGGGGGGAAACCAGCTTTGG
ATTGGTACATGCGCAAACGGATAGCACTTGGAGCAGCAAGGGGACTTTTGTATTTGCATGACCAATGTGACCCCAAGATAATTCACCGTGACGTTAAAGCAGCAAACATATTACTGGATGAAGATTTTGAAGCCATTGTAGGAGACTTTGGATTGGCAAAGCTTTTAGACCAGAGGGATTCGCATGTCACTACTGCTGTT
CGTGGTACTGTAGGACACATAGCCCCAGAATACCTTTCAACAGGACAGTCATCAGAGAAAACCGATGTATTTGGCTTTGGCATACTGCTGTTGGAACTTATAACTGGACAGAGAGCTCTGGACTTCGGTAATGATTCCAAGCAGAAAGGGGTAATGCTTGATTGGGTTAAAAAGGTATATCAGGAGAAGAAGTTGGACCT
TATTGTAGATAAAGATCTTAAAGGTTTTTTTGATAGAGTTGAACTTGAGGAGATGGTGCAAGTGGCCTTATTATGTACCCAGTTTCATCCAGCACATCGCCCTAAAATGTCTGAAGTGGTGAGAATGTTAGAAGGAGATGGGCTGGCAGAACGATGGGAGGCATCACAGAAAACTGAAACTCCTAGCTACAGAAGGGTTG
AATCAATACCGAGGAAGTATTCTGATTTCATTGAAGATACTTCCTTTGCTGTACAACCTATGGAACTTTCTGGACCACGATGATTCCACTGGCATGTTGACGGCATTAAATATTCACTGCTGGTTACTATTCAGAACGAGTCATTATACTAGTTTACCAGAGGCAAAGGGACAGCATTTTGCATATGATTAAATTGTGGG
TGGTTTCCAGTGTAATATTATTGGTCAGAAGTGATGAGCATGGCCATTGTATTGTTATTGTAAAGTAATGTTGTATAGATTTGATATAATCTTTTTGCTGTACAATGCTTCAGCATTGTGTATCTCCAATCACAATGTTTTCTCAATGGTAGAACTTTAATTGCCACCG

Intron 3 GTAATCCACT ... TTGCATCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	8.33	22	4	2
A2	12.5	28	2.5	4
A3	26.92	19	3	7
A4	6.52	43	5	3
A5	7.69	12	1.5	1
A6	17.5	33	4	7
A7	10.81	33	6	4
A8	29.63	19	2	8
A9	13.33	26	0.5	4
A10	7.5	37	2.5	3

>TRINITY_DN117626_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

CGCTCAGCATCCTCACCCATGTAACATGGATCATAGGAGGCCATTTGAGAGATTGGGGAGGGCTAGTGAGTCTGACATGTGGCAGACCCAGGCCCACAGAGTGATAATAACTAGGTAGTGAAAACACCTTCGCATGGTTTAGCTTTTAGCTTAGGGCAGTGTGCAGCTTGCTACACTTCCTCTTACAATCATCACCGCTT
GAAATGAATGGGAATTAAATGCCTGCATTCACTGCTTGAAGCGGATTGGAGTATAGGGTTTCTGCAATAATGGAATACAAGTTCGAATGTCCCATTCTCGTTGCCTCTTTAATGCTGTTCATTCTTATTACTAGCACCACAGCATCCCTGTCTCCAAATGGGATCAACTATGAAGTGGTAGCATTAATGTCAATAAAGAA
CCAGCTGAATGACCCAAACAATGCATTGGAGGCGTGGGATGCAAACTCGGTGGACCCTTGCAGTTGGAGCATGGTCACTTGTTCGCCAGACGGATCTGTTACTGCAATGGGAATCCCCAGCCAGAAGTTGTCTGGTACTCTCTCTCGAGGCATTGGGAACTTGACAAATCTTCAGTCTTTGCTATTACAGAACAACGATA
TATCAGGTGCGATTCCAGTTGAATTAGGGAAGCTGGAAAACCTTCAAACTCTTGACCTTTCAGGGAATCAATTTAGTGGTTGGATACCGAGTTCATTGGGTCAGCTGGTGAACTTAAAGTACTTGCGACTCAACAACAACAATATTTCTGGACCGTTTCCTGGATCACTGGCAAACCTTTCAGGCCTGACTTTGTTGGAA
TTATCCTACAATAATCTCAGTGGTCCTATACCAAGAATTCTGGCCAAATCGTACAATATGGCAGGAAATCCCTTTCTGTGCGAGAGGGTGAAGAATTGTCCTGTTGATTCCCACACACCCCTTTCGGTTACTCTCGATACAGATAAAAATACAGTGCCCTCCAGATGGCATAAGAGTCAGAAGGTGGCTATTGCTCTTGG
TGCGAGTTTTGGTTTTCTAGCTGTGTTTATACTTTCCATTGGACTTGTCCTTTGGTGGCGGAAGAAACATAATAACCTTGTATTCTTTTCTGCCAATGAACAGCTTGATGCTGAAGTATGTCTGGGGAATCTGAGGAGGTTCTCATTTCGAGAGCTCCAAGCTGCCACCAGTAATTTTAATGCAAAAAAAATTTTAGGCC
AAGGAGGGTTTGGAATTGTGTACAAAGGAATCCTAAAAGATGGTACTCTGGTAGCTGTGAAAAGATTGAAAGACACCAGTGCTGCTGGTGGCGAAGTCCAATTTCAGACAGAGGTAGAAATGATCAGCTTGGCTGTGCATAGGAACTTGTTACGGTTATATGGATTTTGCATGACTTGCACAGAGAGACTGCTGGTGTAT
CCATACATGCCAAATGGAAGTGTGGCCTATCGTCTAAGAGATAATATTGGGGGGAAACCAGCTTTGGATTGGTACATGCGCAAACGGATAGCACTTGGAGCAGCAAGGGGACTTTTGTATTTGCATGACCAATGTGACCCCAAGATAATTCACCGTGACGTTAAAGCAGCAAACATATTACTGGATGAAGATTTTGAAGC
CATTGTAGGAGACTTTGGATTGGCAAAGCTTTTAGACCAGAGGGATTCGCATGTCACTACTGCTGTTCGTGGTACTGTAGGACACATAGCCCCAGAATACCTTTCAACAGGACAGTCATCAGAGAAAACCGATGTATTTGGCTTTGGCATACTGCTGTTGGAACTTATAACTGGACAGAGAGCTCTGGACTTCGGTAATG
ATTCCAAGCAGAAAGGGGTAATGCTTGATTGGGTTAAAAAGGTATATCAGGAGAAGAAGTTGGACCTTATTGTAGATAAAGATCTTAAAGGTTTTTTTGATAGAGTTGAACTTGAGGAGATGGTGCAAGTGGCCTTATTATGTACCCAGTTTCATCCAGCACATCGCCCTAAAATGTCTGAAGTGGTGAGAATGTTAGAA
GGAGATGGGCTGGCAGAACGATGGGAGGCATCACAGAAAACTGAAACTCCTAGCTACAGAAGGGTTGAATCAATACCGAGGAAGTATTCTGATTTCATGGAAGATACTTCCTTTGCTGTACAACCTATGGAACTTTCTGGACCACGATGATTCCACTGGCATGTTGACGGCATTAAATATTCACTGCTGGTTACTATTCA
GAACGAGTCATTATACTAGTTTACCAGAGGCAAAGGGACAGCATTTTGCATATGATTAAATTGTGGGTGGTTTCCAGTGTAATATTATTGGTCAGAAGTGATGAGCATGGCCATTGTATTGTTATTGTAAAGTAATGTTGTATAGATTTGATATAATCTTTTTGCTGTACAATGCTTCAGCATTGTGTATCTCCAATCAC
AATGTTTTCTCAATGGTAGAACTTTAATTGCCACCGTTACTAATCATTTGTTATGAACC

>TRINITY_DN117626_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CGCTCAGCATCCTCACCCATGTAACATGGATCATAGGAGGCCATTTGAGAGATTGGGGAGGGCTAGTGAGTCTGACATGTGGCAGACCCAGGCCCACAGAGTGATAATAACTAGGTAGTGAAAACACCTTCGCATGGTTTAGCTTTTAGCTTAGGGCAGTGTGCAGCTTGCTACACTTCCTCTTACAATCATCACCGCTT
GAAATGAATGGGAATTAAATGCCTGCATTCACTGCTTGAAGCGGATTGGAGTATAGGGTTTCTGCAATAATGGAATACAAGTTCGAATGTCCCATTCTCGTTGCCTCTTTAATGCTGTTCATTCTTATTACTAGCACCACAGCATCCCTGTCTCCAAATGGGATCAACTATGAAGTGGTAGCATTAATGTCAATAAAGAA
CCAGCTGAATGACCCAAACAATGCATTGGAGGCGTGGGATGCAAACTCGGTGGACCCTTGCAGTTGGAGCATGGTCACTTGTTCGCCAGACGGATCTGTTACTGCAATGGGAATCCCCAGCCAGAAGTTGTCTGGTACTCTCTCTCGAGGCATTGGGAACTTGACAAATCTTCAGTCTTTGCTATTACAGAACAACGATA
TATCAGGTGCGATTCCAGTTGAATTAGGGAAGCTGGAAAACCTTCAAACTCTTGACCTTTCAGGGAATCAATTTAGTGGTTGGATACCGAGTTCATTGGGTCAGCTGGTGAACTTAAAGTACTTGCGACTCAACAACAACAATATTTCTGGACCGTTTCCTGGATCACTGGCAAACCTTTCAGGCCTGACTTTGTTGGAA
TTATCCTACAATAATCTCAGTGGTCCTATACCAAGAATTCTGGCCAAATCGTACAATATGGCAGGAAATCCCTTTCTGTGCGAGAGGGTGAAGAATTGTCCTGTTGATTCCCACACACCCCTTTCGGTTACTCTCGATACAGATAAAAgtaatccactcacctgagctgactatatattgccttttaatccaggcttgac
aaattttctttgcaaactcatgcaatatgtgttattgcatccagATACAGTGCCCTCCAGATGGCATAAGAGTCAGAAGGTGGCTATTGCTCTTGGTGCGAGTTTTGGTTTTCTAGCTGTGTTTATACTTTCCATTGGACTTGTCCTTTGGTGGCGGAAGAAACATAATAACCTTGTATTCTTTTCTGCCAATGAACAGC
TTGATGCTGAAGTATGTCTGGGGAATCTGAGGAGGTTCTCATTTCGAGAGCTCCAAGCTGCCACCAGTAATTTTAATGCAAAAAAAATTTTAGGCCAAGGAGGGTTTGGAATTGTGTACAAAGGAATCCTAAAAGATGGTACTCTGGTAGCTGTGAAAAGATTGAAAGACACCAGTGCTGCTGGTGGCGAAGTCCAATTT
CAGACAGAGGTAGAAATGATCAGCTTGGCTGTGCATAGGAACTTGTTACGGTTATATGGATTTTGCATGACTTGCACAGAGAGACTGCTGGTGTATCCATACATGCCAAATGGAAGTGTGGCCTATCGTCTAAGAGATAATATTGGGGGGAAACCAGCTTTGGATTGGTACATGCGCAAACGGATAGCACTTGGAGCAGC
AAGGGGACTTTTGTATTTGCATGACCAATGTGACCCCAAGATAATTCACCGTGACGTTAAAGCAGCAAACATATTACTGGATGAAGATTTTGAAGCCATTGTAGGAGACTTTGGATTGGCAAAGCTTTTAGACCAGAGGGATTCGCATGTCACTACTGCTGTTCGTGGTACTGTAGGACACATAGCCCCAGAATACCTTT
CAACAGGACAGTCATCAGAGAAAACCGATGTATTTGGCTTTGGCATACTGCTGTTGGAACTTATAACTGGACAGAGAGCTCTGGACTTCGGTAATGATTCCAAGCAGAAAGGGGTAATGCTTGATTGGGTTAAAAAGGTATATCAGGAGAAGAAGTTGGACCTTATTGTAGATAAAGATCTTAAAGGTTTTTTTGATAGA
GTTGAACTTGAGGAGATGGTGCAAGTGGCCTTATTATGTACCCAGTTTCATCCAGCACATCGCCCTAAAATGTCTGAAGTGGTGAGAATGTTAGAAGGAGATGGGCTGGCAGAACGATGGGAGGCATCACAGAAAACTGAAACTCCTAGCTACAGAAGGGTTGAATCAATACCGAGGAAGTATTCTGATTTCATGGAAGA
TACTTCCTTTGCTGTACAACCTATGGAACTTTCTGGACCACGATGATTCCACTGGCATGTTGACGGCATTAAATATTCACTGCTGGTTACTATTCAGAACGAGTCATTATACTAGTTTACCAGAGGCAAAGGGACAGCATTTTGCATATGATTAAATTGTGGGTGGTTTCCAGTGTAATATTATTGGTCAGAAGTGATGA
GCATGGCCATTGTATTGTTATTGTAAAGTAATGTTGTATAGATTTGATATAATCTTTTTGCTGTACAATGCTTCAGCATTGTGTATCTCCAATCACAATGTTTTCTCAATGGTAGAACTTTAATTGCCACCGTTACTAATCATTTGTTATGAACC

Intron 4 GTCGGTTAGC ... TAAATGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	6.9	27	6.2	2
A2	24.14	22	1.6	7
A3	8	23	0.8	2
A4	6.25	30	4.8	2
A5	5	19	6.6	1
A6	0	29	2	0
A7	0	30	4.8	0
A8	0	14	0.8	0
A9	0	35	3.2	0
A10	0	32	1.6	0

>TRINITY_DN117626_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

CGCTCAGCATCCTCACCCATGTAACATGGATCATAGGAGGCCATTTGAGAGATTGGGGAGGGCTAGTGAGTCTGACATGTGGCAGACCCAGGCCCACAGAGTGATAATAACTAGGTAGTGAAAACACCTTCGCATGGTTTAGCTTTTAGCTTAGGGCAGTGTGCAGCTTGCTACACTTCCTCTTACAATCATCACCGCTT
GAAATGAATGGGAATTAAATGCCTGCATTCACTGCTTGAAGCGGATTGGAGTATAGGGTTTCTGCAATAATGGAATACAAGTTCGAATGTCCCATTCTCGTTGCCTCTTTAATGCTGTTCATTCTTATTACTAGCACCACAGCATCCCTGTCTCCAAATGGGATCAACTATGAAGTGGTAGCATTAATGTCAATAAAGAA
CCAGCTGAATGACCCAAACAATGCATTGGAGGCGTGGGATGCAAACTCGGTGGACCCTTGCAGTTGGAGCATGGTCACTTGTTCGCCAGACGGATCTGTTACTGCAATGGGAATCCCCAGCCAGAAGTTGTCTGGTACTCTCTCTCGAGGCATTGGGAACTTGACAAATCTTCAGTCTTTGCTATTACAGAACAACGATA
TATCAGGTGCGATTCCAGTTGAATTAGGGAAGCTGGAAAACCTTCAAACTCTTGACCTTTCAGGGAATCAATTTAGTGGTTGGATACCGAGTTCATTGGGTCAGCTGGTGAACTTAAAGTACTTGCGACTCAACAACAACAATATTTCTGGACCGTTTCCTGGATCACTGGCAAACCTTTCAGGCCTGACTTTGTTGGAA
TTATCCTACAATAATCTCAGTGGTCCTATACCAAGAATTCTGGCCAAATCGTACAATATGGCAGGAAATCCCTTTCTGTGCGAGAGGGTGAAGAATTGTCCTGTTGATTCCCACACACCCCTTTCGGTTACTCTCGATACAGATAAAAGTAATCCACTCACCTGAGCTGACTATATATTGCCTTTTAATCCAGGCTTGAC
AAATTTTCTTTGCAAACTCATGCAATATGTGTTATTGCATCCAGATACAGTGCCCTCCAGATGGCATAAGAGTCAGAAGGTGGCTATTGCTCTTGGTGCGAGTTTTGGTTTTCTAGCTGTGTTTATACTTTCCATTGGACTTGTCCTTTGGTGGCGGAAGAAACATAATAACCTTGTATTCTTTTCTGCCAATGAACAGC
TTGATGCTGAAGTATGTCTGGGGAATCTGAGGAGGTTCTCATTTCGAGAGCTCCAAGCTGCCACCAGTAATTTTAATGCAAAAAAAATTTTAGGCCAAGGAGGGTTTGGAATTGTGTACAAAGGAATCCTAAAAGATGGTACTCTGGTAGCTGTGAAAAGATTGAAAGACACCAGTGCTGCTGGTGGCGAAGTCCAATTT
CAGACAGAGGTAGAAATGATCAGCTTGGCTGTGCATAGGAACTTGTTACGGTTATATGGATTTTGCATGACTTGCACAGAGAGACTGCTGGTGTATCCATACATGCCAAATGGAAGTGTGGCCTATCGTCTAAGAGATAATATTGGGGGGAAACCAGCTTTGGATTGGTACATGCGCAAACGGATAGCACTTGGAGCAGC
AAGGGGACTTTTGTATTTGCATGACCAATGTGACCCCAAGATAATTCACCGTGACGTTAAAGCAGCAAACATATTACTGGATGAAGATTTTGAAGCCATTGTAGGAGACTTTGGATTGGCAAAGCTTTTAGACCAGAGGGATTCGCATGTCACTACTGCTGTTCGTGGTACTGTAGGACACATAGCCCCAGAATACCTTT
CAACAGGACAGTCATCAGAGAAAACCGATGTATTTGGCTTTGGCATACTGCTGTTGGAACTTATAACTGGACAGAGAGCTCTGGACTTCGGTAATGATTCCAAGCAGAAAGGGGTAATGCTTGATTGGGTTAAAAAGGTATATCAGGAGAAGAAGTTGGACCTTATTGTAGATAAAGATCTTAAAGGTTTTTTTGATAGA
GTTGAACTTGAGGAGATGGTGCAAGTGGCCTTATTATGTACCCAGTTTCATCCAGCACATCGCCCTAAAATGTCTGAAGTGGTGAGAATGTTAGAAGGAGATGGGCTGGCAGAACGATGGGAGGCATCACAGAAAACTGAAACTCCTAGCTACAGAAGGGTTGAATCAATACCGAGGAAGTATTCTGATTTCATGGAAGA
TACTTCCTTTGCTGTACAACCTATGGAACTTTCTGGACCACGATGATTCCACTGGCATGTTGACGGCATTAAATATTCACTGCTGGTTACTATTCAGAACGAGTCATTATACTAGTTTACCAGAGGCAAAGGGACAGCATTTTGCATATGATTAAATTGTGGGTGGTTTCCAGTGTAATATTATTGGTCAGAAGTGATGA
GCATGGCCATTGTATTGTTATTGTAAAGTAATGTTGTATAGATTTGATATAATCTTTTTGCTGTACAATGCTTCAGCATTGTGTATCTCCAATCACAATGTTTTCTCAATGGTAGAACTTTAATTGCCACCGTTACTAATCATTTGTTATGAACC

>TRINITY_DN117626_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

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