sp|Q01593|ABI3_ARATH ----> B3 domain-containing transcription factor ABI3

Intron 1 GTAAGCATTC ... TAACACGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.33	2	0	2
A2	100	0	5	0
A3	66.67	1	3	1
A4	-1	0	0	0
A5	-1	0	0	0
A6	57.89	4	6	5
A7	42.31	30	14	30
A8	43.93	30	9	38
A9	43.33	17	5	21
A10	52.38	15	17	16

>TRINITY_DN47500_c0_g1_i10 from sample A7 / Example spliced isoform

GTTAATTTTTCACTTTTCTACTGTAGTAATCCATTAAGATTATGTTGATATTTTATGTAGCTTTTAGTAAGAAAATATTATAAGTTATTCTAATTAATGGCTAGCCATAAATCAATTTACACTCAAGCTTGTTAGGTTGTTTAACCTTCTAGATTAAGTAGATAGGCTTACTTATGGTATTTCTATCATAAGTCGACTTC
ATCCATAACTTGTAATCATCACCATTATGCTCGTCAAGCTTCATGTATTGTAAACCAAGTGTTTGTAAACCCCTTAACTTCATATGGGATATGCCATAGTATATATAATTATTCACACTTTATCTAACATAACCCAATATATATAAGGATTCACACTTTATATAGTATATAATAATATAATGAAATCTAAACAATCCAAC
GTATGGTTAATAACCATTGTATAATTATTCAAACTTCATGTATCAAATGCTAATGTAATGAAATATAACCAAACCAATGTATGGCTAGTAGCCAATATAAAAACTATGCATACATCCTACACATGCTCTTTCGAGCTTACCAACCCAAAGGTTATGAGCTTATGCGTAAACTATGGAATTCATACAATGTATGAATGCGA
CCGTATGAAACTCGGCTTGCCTATGTTTATGCTATGGTTACGGGGTTCATTGCCATGAATAAGTAATTCGAATCCCAAGCTTACAGTTGTAATGCATAACGAGGATCCGTAATGTTGTTTAATCATATCTTGTATTTATTCGAAATATCTATGCATTAACTATGATATAGTCCCAGCATTAATGTGTCTCATGTCTTGGT
TGTCACAGGACCACTCGAGATTGCCAACTCTGCTAAAAGTAGGTGAGGCCATGTGATGGCTTAATCACCGTAACATGTACTCGCTGAGCCTCCCTTGCGTGGCAATGCTAGGAGCGTTGATCACAATCCTCGAGATCATAACGGGTTTCCATGAGGGTTTAGTTGAGCTGCGAGGTAAGTTGTTGTTCATTTATTCTTCG
ACGGTGCAACGTTATGATGCTGCGATGAGGGTGGCTCTGCGTAGAGGTCTCCCATCCCTGCTATCGCCATGGTGAAGTGTAACAGGTTTAAAGCCTGTTATGACCTCCTTCTATGGAGTGCTTATGAGAGCTTTCCCTCAAGGTCTTTGGTGCTCAGTGTTTGTCTTTGTGATTTTCGCTTGTTAAGCATTTGGGTGTTT
TGGGCTCTCTTTGACGGGTTAAGAGTTTACTCTTGAATCCCGGTGGGATTGTAATGTTGGAAGCAAATGGTGAGAGAGAGCATGGAGGCTCAGCTCTCGCCATCTCTCTTTGTTCTTCAGGGTAAGTAACGAAATATTAAACCCTTAATACTTTATGTAGTAAACGAAGATGTTATTTGTAACTTGTCTTTCACAGAGTT
TTTGCTTTAAAGTTAGGTATATATTTATAATATAACCATACTGATATTATTTATGTGTTTTGGTAGGTATATACTCACTACGTCGTTGATTAAGGGGACATGACGGCCACCATAACTCTCTCGGAAAGACTTCTACCTGAGTACATTAATTGCTTCATGTTTCAAGATTTCGCGTGGCTGAAATAGCCACTGCGATTTCA
TTAACGAATTACTTGTTAATTATCAAGACAGTCGTCTCTCTTATCTATTTACAAGATTATTAATAAAGAAAGCCTATCGGCTCTGTTCCAGTTATTGTGTTTAA

>TRINITY_DN47500_c0_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCGGATCGTAACAGCAATATTTGCTGCAGTGTAGCCATGATAGGACCACTCGAGATTGCCAACTCTGCTAAAAGTAGGTGAGGCCATGTGATGGCTTAATCACCGTAACATGTACTCGCTGAGCCTCCCTTGCGTGGCAATGCTAGGAGCGTTGATCACAATCCTCGAGATCATAACGGGTTTCCATGAGGGTTTAGTTG
AGCTGCGAGGTAAGTTGTTGTTCATTTATTCTTCGACGGTGCAACGTTATGATGCTGCGATGAGGGTGGCTCTGCGTAGAGGTCTCCCATCCCTGCTATCGCCATGGTGAAGTGTAACAGGTTTAAAGCCTGTTATGACCTCCTTCTATGGAGTGCTTATGAGAGCTTTCCCTCAAGGTCTTTGGTGCTCAGTGTTTGTC
TTTGTGATTTTCGCTTGTTAAGCATTTGGGTGTTTTGGGCTCTCTTTGACGGGTTAAGAGTTTACTCTTGAATCCCGGTGGGATTGTAATGTTGGAAGCAAATGGTGAGAGAGAGCATGGAGGCTCAGCTCTCGCCATCTCTCTTTGTTCTTCAGGGTAAGTAACGAAATATTAAACCCTTAATACTTTATGTAGTAAAC
GAAGATGTTATTTGTAACTTGTCTTTCACAGAGTTTTTGCTTTAAAGTTAGGTATATATTTATAATATAACCATACTGATATTATTTATGTGTTTTGGTAGGTATATACTCACTACGTCGTTGATTAAGGGGACATGACGGCCACCATAACTCTCgtaagcattctcccactatcttattatggtttgtttaattcccat
taatatttaaaccctaactactcgtcaatacttgcttgcacgtggtcttgtggacatggctatcgtttgggtgattaacctgataacacgcagTCGGAAAGACTTCTACCTGAGTACATTAATTGCTTCATGTTTCAAGATTTCGCGTGGCTGAAATAGCCACTGCGATTTCATTAACGAATTACTTGTTAATTATCAAG
ACAGTCGTCTCTCTTATCTATTTACAAGATTATTAATAAAGAAAGCCTATCGGCTCTGTTCCAGTTATTGTGTTTAA

Intron 2 GTAAGTAACG ... GTTTTGGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.33	1	1	0
A2	100	0	1	0.7
A3	44.44	1	1	1
A4	100	0	2	0
A5	0	2	0	0
A6	52.63	4	5	4
A7	50.85	29	31	29
A8	49.47	16	11	20.3
A9	33.33	12	5	7
A10	61.65	12	15	23.7

>TRINITY_DN47500_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

CCGGATCGTAACAGCAATATTTGCTGCAGTGTAGCCATGATAGGACCACTCGAGATTGCCAACTCTGCTAAAAGTAGGTGAGGCCATGTGATGGCTTAATCACCGTAACATGTACTCGCTGAGCCTCCCTTGCGTGGCAATGCTAGGAGCGTTGATCACAATCCTCGAGATCATAACGGGTTTCCATGAGGGTTTAGTTG
AGCTGCAAGGTAAGTTCTTGTTCATTTATTCTTCGACGGTGCAACGTTATGATGCTGCGATGAGGGTGGCTCTGCGTAGAGGTCTCCCATCCCTGCTATCGCCATGGTGAAGTGTAACAGGTTTAAAGCCTGTTATGACCTCCTTCTATGGAGTGCTTATGAGAGCTTTCCCTCAAGGTCTTTGGTGCTCAGTGTTTGTC
TTTCTGATTTTCGCTTGTTAAGCATTTGGGTGTTTTGGGCTCTCTTTGACGGGTTAAGAGTTTACTCTTGAATCCCGGTGGGATTGTAATGTTGGAAGCAAATGGTGAGAGAGAGCATGGAGGCTCAGCTCTCGCCATCTCTCTTTGTTCTTCAGGGTATATACTCACTACGTTGTTCATTAAGGGGACATGACGGCCAC
C

>TRINITY_DN47500_c0_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCGGATCGTAACAGCAATATTTGCTGCAGTGTAGCCATGATAGGACCACTCGAGATTGCCAACTCTGCTAAAAGTAGGTGAGGCCATGTGATGGCTTAATCACCGTAACATGTACTCGCTGAGCCTCCCTTGCGTGGCAATGCTAGGAGCGTTGATCACAATCCTCGAGATCATAACGGGTTTCCATGAGGGTTTAGTTG
AGCTGCGAGGTAAGTTGTTGTTCATTTATTCTTCGACGGTGCAACGTTATGATGCTGCGATGAGGGTGGCTCTGCGTAGAGGTCTCCCATCCCTGCTATCGCCATGGTGAAGTGTAACAGGTTTAAAGCCTGTTATGACCTCCTTCTATGGAGTGCTTATGAGAGCTTTCCCTCAAGGTCTTTGGTGCTCAGTGTTTGTC
TTTGTGATTTTCGCTTGTTAAGCATTTGGGTGTTTTGGGCTCTCTTTGACGGGTTAAGAGTTTACTCTTGAATCCCGGTGGGATTGTAATGTTGGAAGCAAATGGTGAGAGAGAGCATGGAGGCTCAGCTCTCGCCATCTCTCTTTGTTCTTCAGGgtaagtaacgaaatattaaacccttaatactttatgtagtaaac
gaagatgttatttgtaacttgtctttcacagagtttttgctttaaagttaggtatatatttataatataaccatactgatattatttatgtgttttggtagGTATATACTCACTACGTCGTTGATTAAGGGGACATGACGGCCACCATAACTCTCGTAAGCATTCTCCCACTATCTTATTATGGTTTGTTTAATTCCCAT
TAATATTTAAACCCTAACTACTCGTCAATACTTGCTTGCACGTGGTCTTGTGGACATGGCTATCGTTTGGGTGATTAACCTGATAACACGCAGTCGGAAAGACTTCTACCTGAGTACATTAATTGCTTCATGTTTCAAGATTTCGCGTGGCTGAAATAGCCACTGCGATTTCATTAACGAATTACTTGTTAATTATCAAG
ACAGTCGTCTCTCTTATCTATTTACAAGATTATTAATAAAGAAAGCCTATCGGCTCTGTTCCAGTTATTGTGTTTAA