sp|F4JNX3|CMKMT_ARATH ----> Calmodulin-lysine N-methyltransferase

Intron 1 GTAAGTACCA ... TACTTGATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.27	37.3	11	17
A2	28.57	55	14	30
A3	23.23	38	2	21
A4	20.41	39	4	16
A5	21.31	24	3	10
A6	24.14	44	8	20
A7	25.15	128	26	60
A8	25.79	59	11	30
A9	23.48	88	17	37
A10	24.56	86	11	45

>TRINITY_DN135290_c2_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoform

CTTCTTTTGATTTTAATGTTCTTTTGAATAATATGTGGGTTTCACATGCTTGCTTGATAACATGAGAGGTTAGGAGGTTGGATTACTAGCAATATCATCCATTCATTAATATGCTTGTTTTAGGTTTAACAAATTCCAACTATTGGATGGCAGGTTGGATGCGGTGCTGGAAATACTATCTTTCCCCTTCTATCAACATT
TCCTGATGTGTTTATGTATGCATGTGATTTCTCTCCACGTGCCATCAACCTGGTTAAGACTCACAAAGATTACAAGGAAGATCGCGTACATGCATTTGTGTGTGATGCGACTGTAGATGACCTTGCAGCTGAAATTCCTCCAGCTTCAGTTGACATTGTGACCTTGATTTTTGTTTTGTCTGCAGTGTCACCTGAGAAAA
TGTCCCAGGCATTGCAAAATATTGTGCATGTTTTAAAGCCAAATGGACATGTACTTGTGCGAGACTATGCTACTGGTGACCTTGCACAGGAAAGATTTACCAGCAAGGAACAAAAGATCAGTGATAATTTCTACGTTAGAGGGGATGGGACTCGAGCATTTTACTTTTCTGAAGAAGTCTTAACAAGCCTTTTTATAAAG
AATGGCTTTACTTCTGAGAAAATTGGAGTTCACTATAAAAGAGTGGAGAATCGCTCTAAAGGATTGGTGATGGATCGGCGTTGGATTCAAGGAGAATTTTGCTTCAATGTTGGCATTACCCCTCTTCATTTAGATGTTAAGAAGAACAAAGAAGAATCTAGGAGATATAAAGTTCCATTTTGTGATGATCGCGAGCAAAC
AGGTCTTTGTAAACCCTTAGAAGATTCTAATGATGGAGTTGAAGTTGATCTTTCTGAAAGCATTGGCATGATACTTGGAGATGTTCCTGCTGCTAATGAAGTAATTGATATTTTGATTGGAGATCAAACATTCACCTTGAAGTGCCTGTCGAAGGAGTATCAACACACATGCAAAGCCACAGGTCTTGTGCTTTGGGAAT
CAGCTCGGATGTTAGCGCCGCTACTGGCCACAAACCTGGATATTGTTGCTGGGAAAACTGTTCTTGAACTTGGTTGTGGTTCTGCTGGGATCTGCTCTATGGTTGCAGCTAAAGTTTCGGATCTTGTAGTTGCTACTGATGGTGATCCAGTAGTCTTGAATTTGTTAAATGAAAACATCCAGTCAAATTCCCAACACTTG
ACTTCAAACAACTTGGTTTGTGAGAGATTAGAATGGGGAAACAACGAGCATGTAAACAACATTAGGAGTTTAAATACTCGTGGGTTTGATGTGATTATAGGAACAGACGTGATGTACGTGGCAGATGCTATTATACCTTTGTTTGAAACCGCCAGAGCACTGTTTTCAACTGTGGAAATTGGTAAGCATAAAGCTGCTCT
TATTCTTTGCCACATAATTCGACACGTAGATGAAGGATACATCTTATCAGCTGCAAGTCAGTGTGGTTTCTATCTTGAAGATAAATGGCCTTCCGATACAGATGGAAGTGCACACAAGAGTCTTATCGGATCATGGTTTTCTAACGATATTCATAAACTCCAATTTTCGCAGAGTGCATTAAGAATCATGTATTTTCAAG
CTTAGCATAGAGGTTATTTTTTAATTTTCTATTTTAATCACAGAAAAATATCAATGAATGTATTTTTTCACTCTGGAATTTATCCTTCTTTGATATCTTTATTTGTTCGCAAGATTTCGGTTGGCACTCTAGTTAAGCATGAATTTGAAGAAAGAGTTATTGTTATATACTATTACTTGGTAATATATAAATATTTGTCT
CAAAC

>TRINITY_DN135290_c2_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTGACAAGGAGAATTCCATGTACTCCTAAGGGTTTAATGCCAATCCCCATAGATACACGACCTTGGATGGCAATGCATACAATCATTCATCCAATTAGGGCCAAGGAGTCGCTAATTTACTTTTATGAAAATGGCACTTGGAGGTTTCAGATCTCTCTCTACGCCCATCTTCTGAATATTACGTGTAATAGGGGTTTCT
TTGATATTTTCATGCTAAAAGAGAGCCATGGCGTCCAGCGAGAACAAGAATGGCTGTGAACAGAAGCCGAAAATACAAATTTATTCCGCACCCACAGACGTCATTCCCACCTTCTGGAAAGACAAATATGAAAGGGATGCCAAGAAGTACTGGGACATATTCTACAAACGCCATGAAAACAGATTCTTTAAGGATCGGCA
TTACTTAGACAAGGAGTGGGGACGTTATTTTTCTATGCATGGTGGGGATCAACTCGATTCCTCTGATGCTTCAACTGCCGGGGCCATATCCAGAAAGAAGGTTGTTTTGGAGGTTGGATGCGGTGCTGGAAATACTATCTTTCCCCTTCTATCAACATTTCCTGATGTGTTTATGTATGCATGTGATTTCTCTCCACGTG
CCATCAACCTGGTTAAGACTCACAAAGATTACAAGGAAGATCGCGTACATGCATTTGTGTGTGATGCGACTGTAGATGACCTTGCAGCTGAAATTCCTCCAGCTTCAGTTGACATTGTGACCTTGTGTCACCTGAGAAAATGTCCCAGGCATTGCAAAATATTGTGCATGTTTTAAAGCCAAATGGACATGTACTTGTGC
GAGACTATGCTACTGGTGACCTTGCACAGGAAAGATTTACCAGCAAGGAACAAAAGATCAGTGATAATTTCTACGTTAGAGGGGATGGGACTgtaagtaccataaattgaattagagtttgtcattttcagtatttagtatttcattatcttctgcctcaggcttatttgcatttttctgtatttgtgtactattgaaat
atctatctttctttgtttacttgatagCGAGCATTTTACTTTTCTGAAGAAGTCTTAACAAGCCTTTTTATAAAGAATGGCTTTACTTCTGAGAAAATTGGAGTTCACTATAAAAGAGTGGAGAATCGCTCTAAAGGATTGGTGATGGATCGGCGTTGGATTCAAGGAGAATTTTGCTTCAATGTTGGCATTACCCCTCT
TCATTTAGATGTTAAGAAGAACAAAGAAGAATCTAGGAGATATAAAGTTCCATTTTGTGATGATCGCGAGCAAACAGGTCTTTGTAAACCCTTAGAAGATTCTAATGATGGAGTTGAAGTTGATCTTTCTGAAAGCATTGGCATGATACTTGGAGATGTTCCTGCTGCTAATGAAGTAATTGATATTTTGATTGGAGATC
AAACATTCACCTTGAAGTGCCTGTCGAAGGAGTATCAACACACATGCAAAGCCACAGGTCTTGTGCTTTGGGAATCAGCTCGGATGTTAGCGCCGCTACTGGCCACAAACCTGGATATTGTTGCTGGGAAAACTGTTCTTGAACTTGGTTGTGGTTCTGCTGGGATCTGCTCTATGGTTGCAGCTAAAGTTTCGGATCTT
GTAGTTGCTACTGATGGTGATCCAGTAGTCTTGAATTTGTTAAATGAAAACATCCAGTCAAATTCCCAACACTTGACTTCAAACAACTTGGTTTGTGAGAGATTAGAATGGGGAAACAACGAGCATGTAAACAACATTAGGAGTTTAAATACTCGTGGGTTTGATGTGATTATAGGAACAGACGTGATGTACGTGGCAGA
TGCTATTATACCTTTGTTTGAAACCGCCAGAGCACTGTTTTCAACTGTGGAAATTGGTAAGCATAAAGCTGCTCTTATTCTTTGCCACATAATTCGACACGTAGATGAAGGATACATCTTATCAGCTGCAAGTCAGTGTGGTTTCTATCTTGAAGATAAATGGCCTTCCGATACAGATGGAAGTGCACACAAGAGTCTTA
TCGGATCATGGTTTTCTAACGATATTCATAAACTCCAATTTTCGCAGAGTGCATTAAGAATCATGTATTTTCAAGCTTAGCATAGAGGTTATTTTTTAATTTTCTATTTTAATCACAGAAAAATATCAATGAATGTATTTTTTCACTCTGGAATTTATCCTTCTTTGATATCTTTATTTGTTCGCAAGATTTCGGTTGGC
ACTCTAGTTAAGCATGAATTTGAAGAAAGAGTTATTGTTATATACTATTACTTGGTAATATATAAATATTTGTCTCAAAC

Intron 2 GTGAGTAGTC ... TATATTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.81	23	4	14.3
A2	6.12	46	3	9
A3	20	48	12	7.3
A4	18.37	40	9	9.3
A5	21.74	18	5	2.3
A6	8.62	53	5	6.7
A7	14.43	83	14	7.7
A8	6	47	3	3
A9	12.12	87	12	8.7
A10	14.16	97	16	11.3

>TRINITY_DN135290_c2_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

ATTGACAAGGAGAATTCCATGTACTCCTAAGGGTTTAATGCCAATCCCCATAGATACACGACCTTGGATGGCAATGCATACAATCATTCATCCAATTAGGGCCAAGGAGTCGCTAATTTACTTTTATGAAAATGGCACTTGGAGGTTTCAGATCTCTCTCTACGCCCATCTTCTGAATATTACGTGTAATAGGGGTTTCT
TTGATATTTTCATGCTAAAAGAGAGCCATGGCGTCCAGCGAGAACAAGAATGGCTGTGAACAGAAGCCGAAAATACAAATTTATTCCGCACCCACAGACGTCATTCCCACCTTCTGGAAAGACAAATATGAAAGGGATGCCAAGAAGTACTGGGACATATTCTACAAACGCCATGAAAACAGATTCTTTAAGGATCGGCA
TTACTTAGACAAGGAGTGGGGACGTTATTTTTCTATGCATGGTGGGGATCAACTCGATTCCTCTGATGCTTCAACTGCCGGGGCCATATCCAGAAAGAAGGTTGTTTTGGAGGTTGGATGCGGTGCTGGAAATACTATCTTTCCCCTTCTATCAACATTTCCTGATGTGTTTATGTATGCATGTGATTTCTCTCCACGTG
CCATCAACCTGGTTAAGGTTGATCTCTTTTTCCTGTTATCAGAGTGAAGCATGGAGTGGAGCAGTAAATGTGTTTTATAAGTTTTGTAGTGTACTATCGACTTTCTGAATGTGCTAATTTTATTCGATTTGCCAGAATTTGAGTTATTACCAATTGTTTAAAACTTGAATTATTATTGGGTGAA

>TRINITY_DN135290_c2_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTGACAAGGAGAATTCCATGTACTCCTAAGGGTTTAATGCCAATCCCCATAGATACACGACCTTGGATGGCAATGCATACAATCATTCATCCAATTAGGGCCAAGGAGTCGCTAATTTACTTTTATGAAAATGGCACTTGGAGGTTTCAGATCTCTCTCTACGCCCATCTTCTGAATATTACGTGTAATAGGGGTTTCT
TTGATATTTTCATGCTAAAAGAGAGCCATGGCGTCCAGCGAGAACAAGAATGGCTGTGAACAGAAGCCGAAAATACAAATTTATTCCGCACCCACAGACGTCATTCCCACCTTCTGGAAAGACAAATATGAAAGGGATGCCAAGAAGTACTGGGACATATTCTACAAACGCCATGAAAACAGATTCTTTAAGGATCGGCA
TTACTTAGACAAGGAGTGGGGACGTTATTTTTCTgtgagtagtcctcctttctgttctgatattttttgttgctttttgttttatacaaataaataaatagactcgcttgtttatttgcataaataatgcaatttaagatttatattttagATGCATGGTGGGGATCAACTCGATTCCTCTGATGCTTCAACTGCCGGGG
CCATATCCAGAAAGAAGGTTGTTTTGGAGGTAAGTTTCAACTTATTTTGTCATGTTGATGGGTTTTGGACATTATTAAGCAACTAGTTTGAAGACCTTGGGTTTTGAAAATTTTGGAACGTGTTATCTGATTTCAATTTTGAGTTGGTGAAGAACAGGGCTCAAACATAACTCTCTACTTATCAGGTACACACTGTCCAT
TGGTTGAGAGGGCTACATTGACCGTATATAGGTGTCATGCCTTATTACTGTCAAGAAGTTGGAGGCCATATGGGTGTAACTTGTTTTTTCTTCTGTGCATGTAAGGGTGAACTATTAGTCTCATACTGTGTACATAGTACTTTTACAGTAGGCAATTTGGAGTACACTGCATGTCCCATGCCATTGACTTGTTATACACA
TCAGTGTGGTGAGAACACATGGACATAGTAAGTGTAGAGTCGTGTTTGAGCAGTAAGTCTCACCAG