NA ----> NA
Intron 1 GTGAGTGTTA ... ATTTTTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 38.46 | 12 | 9 | 6 |
| A2 | 71.43 | 1 | 1 | 4 |
| A3 | 25 | 9 | 0 | 6 |
| A4 | 8.33 | 11 | 0 | 2 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 20 | 4 | 0 | 2 |
| A7 | 28.57 | 5 | 1 | 3 |
| A8 | 0 | 3 | 0 | 0 |
| A9 | 20 | 14 | 2 | 5 |
| A10 | 0 | 8 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN118305_c3_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoformTGCAATATTTGTCTTTGCAGATTCTATCATTGATCTTGCAGCACCCGGACTGTTGGCTTCAGGAAACCATGGCCAGTTAATTAGAGATATGGCTATCGTCCAGCTAAAGATTATGACTCCATGCATTTTGTTTGCTGGACCTATAGGAGTCGGATTTGGGTGCCTCAATGCTGTGAGGATTTATCACATTCCCTCATTCA
GCCCAGCACTTTCCAGTGTGGCAATTATTTTTGCTGTTGTTTTATACTGTTCAATGTTTGGATCTAATGCTCATGCTTCACAGGTGCCTTTATCTGGGGCTCTGGCACAATGGTTAGTCCAGGCCATTGCTCAGCGAAAGGCAGGTTTTAGCATACTAAGGATTTGTTGGACAAATCCTTTTGAGAATGCAGAAATGCGC
AAGTTTTTTTTCAGTGATGCTACCTGCGATGGTTGGATCGGGCATGCTTCAAATTGCTACATTTACCGACCTTTATTTTGCATCTTTCATTCCTGGTGCTGCTGCGAGTATCTCTTATGCAAATCTTTTAGCTATGGCCCCATTGGGCATACTGTCTAGTTCATTATTGCTGCCACTGTTGCCTATTTTATCTGAGCTTT
CAAAGCCGAGTCTCTGGCCAAGATTAAATGAGCGCTTGAAAGAAGCAGTGATCCTGTGCATGGTTGTGACACTTCCTTTAATTGCAATCATACTTCCATTAGCAAAGCCTATTGTTGAAGTCCTATTTCAAAGATTTGCCTTTGATGCATATGCAACTGCAACGGTTTCATCTCTTTTAGTCTGTTGTAAGTATCACCAC
CAGCTTCTCTTAAGGACAAATTGATCACCTTAAT
>TRINITY_DN118305_c3_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:TATAAGTGATAAGGCTAATCTTGGATGATTTCCATCAAAATTGTCTTCTTTGCGAGGGAAATTTATGGTACTTTTCTTTTAATCTTTCAGCTAAAGATTATGACTCCATGCATTTTGTTTGCTGGACCTATAGGAGTCGGATTTGGGTGCCTCAAgtgagtgttaaataagccttttcaggttatgtacatgacctctga
tataaatattttgtttttgttcattacgatgtcactgaagcctgacttttctaccttgttgtgatttaatttttccagTGCTGTGAGGATTTATCACATTCCCTCATTCAGCCCAGCACTTTCCAGTGTGGCAATTATTTTTGCTGTTGTTTTATACTGTTCAATGTTTGGATCTAATGCTCATGCTTCACAGGTGCCTT
TATCTGGGGCTCTGGCACAATGGTTAGTCCAGG
Intron 2 GTAGGCATGC ... CTAGTTGCAG
Found issues: Low number of reads
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50 | 1 | 1 | 1 |
| A2 | 60 | 2 | 1 | 5 |
| A3 | 0 | 4 | 0 | 0 |
| A4 | 100 | 0 | 4 | 2 |
| A5 | 0 | 2 | 0 | 0 |
| A6 | 14.29 | 6 | 2 | 0 |
| A7 | 23.08 | 5 | 3 | 0 |
| A8 | 20 | 4 | 0 | 2 |
| A9 | 75 | 1 | 1 | 5 |
| A10 | 100 | 0 | 2 | 0 |
>TRINITY_DN103126_c0_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoformATTTTTGCTGTAAGTCGATGTTATAAAACATATGGCTGATGTTTGATTGCATTGGAGGATTTTTTATAGGAAACATTTACAGCCAGACTTGATCCTGGATTGTCTCTGTTAACTACAGGTTGTTTTATACTGTTCAATGTTTGGATCTAATGCTCATGCTTCACAGGTGCCTTTATCTGGTGGCGTTCTTCTTGCATGTG
GGGCTTCTATAGGGGCTCTGGCACAATGGTTAGTCCAGGCCATTGCTCAGCGAAAGGCAGGTTTTAGCATACTAAGGATTTGTTGGACAAATCCTTTTGAGAATGCAGAAATGCGCAAGTTTTTTTCAGTGATGCTACCTGCGATGGTTGGATCGGGCATGCTTCAAATTGCTACATTTACCGACCTTTATTTTGCATCT
TTCATTCCTGGTGCTGCTGCGAGTATCTCTTATGCAAATCTTTTAGCTATGGCCCCATTGGGCATACTGTCTAGTTCATTATTGCTGCCACTGTTGCCTATTTTATCTGAGCTTTCAAAGCCGAGTCTCTGGCCAAGATTAAATGAGCGCTTGAAAGAAGCAGTGATCCTGTGCATGGTTGTGACACTTCCTTTAATTGC
AATCATACTTCCATTAGCAAAGCCTATTGTTGAAGTCCTATTTCAAAGATTTGCCTTTGATGCATATGCAACTGCAACGGTTTCATCTCTTTTAGTCTGTTATATTTTAGGTGCCCCCTTTTATCTAGTACGGGACCTGATTATCAGGGTGTTTTATGCACTTGATGATGGCCAAACGCCATTTCAGATCAGTATTGTGG
CAGTTGTTATGAATGCTTTGTTAGACTGGCTATTCATCTCAAAGATGAGCTTTGGTGCTGAAGGTCTGGTACTTGCAACATCATTGGTAAATGTTGTGTCCATGGTTACACTCCTGATTTTGCTTTCTAAGAAGATTGGAGGCTTGAACTTTACAAAATGGACTACACCGTGCCTTTTGCTTACTGCACTTTGTCTCTTG
TCAACAATAACCACTGCGTTAGTTCACATGGGGCTGTGCCTTATGTTCTCTTATAACTTATCAGTAAGGTCCAATTGGATTTCAAAATTGCTTTCAATATTATTTGCTAGTGGCATTGGTGTCTTGGCTTTTTTTCCTCCCTCTCTGGTGGCTTCAGTTACAGGGATTTGTGCTAATTAAGAATATAAACCGAACGGATT
AATTTTTAAATTCTTTGCAGCTTATCATCCTAGCAGTTTCCACAAGGCTCACCACAGATGAAATTTTTCCGAGTCTTGGTCAAACTAGTCTAGTCTTAATGAGCCTGATTAGATTTGTCCAAATTTGACCCAAACGAGCAAACTTGGTTCATTTCAGAGCTTTGCCGAG
>TRINITY_DN103126_c0_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:ATTTTTGCTGTAAGTCGATGTTATAAAACATATGGCTGATGTTTGATTGCATTGGAGGATTTTTTATAGGAAACATTTACAGCCAGACTTGATCCTGGATTGTCTCTGTTAACTACAGGTTGTTTTATACTGTTCAATGTTTGGATCTAATGCTCATGCTTCACAGGTGCCTTTATCTGgtaggcatgctgaactcaatc
aactaacctgattgtggatactcagtacttctagtagtgttgcttgttaatagctacggctttcatcacccaattctttttctcctgtttttgtaaatctattattattttttcttagcccctatgatttccattggtgacaaaatttgtgctatggggacttgccacaattcagttagatacaagtccaatgaaaaaag
tttcagaacttgtgagttaagatactagttgcagGTGGCGTTCTTCTTGCATGTGGGGCTTCTATAGGGGCTCTGGCACAATGGTTAGTCCAGGTAGTGCTTTCTTATTAAATATCTTTATACCTGGTATTTTCTTTGTAGAAAAGTTCCTGCTTTCTTTGGTTGCCTTTGTCACAGATATCCTGGCCATTGATTTATCT
TACATTGCAGCTATTTTTTTATAACTGGAAAATATAGGCCATTGCTCAGCGAAAGGCAGGTTTTAGCATACTAAGGATTTGTTGGACAAATCCTTTTGAGAATGCAGAAATGCGCAAGTTTTTTTCAGTGATGCTACCTGCGATGGTTGGATCGGGCATGCTTCAAATTGCTACATTTACCGACCTTTATTTTGCATCTT
TCATTCCTGGTGCTGCTGCGAGTATCTCTTATGCAAATCTTTTAGCTATGGCCCCATTGGGCATACTGTCTAGTTCATTATTGCTGCCACTGTTGCCTATTTTATCTGAGCTTTCAAAGCCGAGTCTCTGGCCAAGATTAAATGAGCGCTTGAAAGAAGCAGTGATCCTGTGCATGGTTGTGACACTTCCTTTAATTGCA
ATCATACTTCCATTAGCAAAGCCTATTGTTGAAGTCCTATTTCAAAGATTTGCCTTTGATGCATATGCAACTGCAACGGTTTCATCTCTTTTAGTCTGTTATATTTTAGGTGCCCCCTTTTATCTAGTACGGGACCTGATTATCAGGGTGTTTTATGCACTTGATGATGGCCAAACGCCATTTCAGATCAGTATTGTGGC
AGTTGTTATGAATGCTTTGTTAGACTGGCTATTCATCTCAAAGATGAGCTTTGGTGCTGAAGGTCTGGTACTTGCAACATCATTGGTAAATGTTGTGTCCATGGTTACACTCCTGATTTTGCTTTCTAAGAAGATTGGAGGCTTGAACTTTACAAAATGGACTACACCGTGCCTTTTGCTTACTGCACTTTGTCTCTTGT
CAACAATAACCACTGCGTTAGTTCACATGGGGCTGTGCCTTATGTTCTCTTATAACTTATCAGTAAGGTCCAATTGGATTTCAAAATTGCTTTCAATATTATTTGCTAGTGGCATTGGTGTCTTGGCTTTTTTTCCTCCCTCTCTGGTGGCTTCAGTTACAGGGATTTGTGCTAATTAAGAATATAAACCGAACGGATTA
ATTTTTAAATTCTTTGCAGCTTATCATCCTAGCAGTTTCCACAAGGCTCACCACAGATGAAATTTTTCCGAGTCTTGGTCAAACTAGTCTAGTCTTAATGAGCCTGATTAGATTTGTCCAAATTTGACCCAAACGAGCAAACTTGGTTCATTTCAGAGCTTTGCCGAG
Intron 3 GTAGTGCTTT ... GAAAATATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 36.72 | 6.3 | 1 | 6.3 |
| A2 | 56.81 | 5 | 12 | 1 |
| A3 | 28.89 | 5.3 | 0 | 4 |
| A4 | 48.57 | 1.7 | 1 | 2 |
| A5 | 65.56 | 2.3 | 7 | 1 |
| A6 | 0 | 4.3 | 0 | 0 |
| A7 | 10.03 | 18.3 | 0 | 4 |
| A8 | 30.26 | 16.7 | 1 | 13 |
| A9 | 38.35 | 11.7 | 4 | 10.3 |
| A10 | 33.2 | 7.3 | 0 | 7 |
>TRINITY_DN118305_c3_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoformTGCAATATTTGTCTTTGCAGATTCTATCATTGATCTTGCAGCACCCGGACTGTTGGCTTCAGGAAACCATGGCCAGTTAATTAGAGATATGGCTATCGTCCAGCTAAAGATTATGACTCCATGCATTTTGTTTGCTGGACCTATAGGAGTCGGATTTGGGTGCCTCAATGCTGTGAGGATTTATCACATTCCCTCATTCA
GCCCAGCACTTTCCAGTGTGGCAATTATTTTTGCTGTTGTTTTATACTGTTCAATGTTTGGATCTAATGCTCATGCTTCACAGGTGCCTTTATCTGGGGCTCTGGCACAATGGTTAGTCCAGGCCATTGCTCAGCGAAAGGCAGGTTTTAGCATACTAAGGATTTGTTGGACAAATCCTTTTGAGAATGCAGAAATGCGC
AAGTTTTTTTTCAGTGATGCTACCTGCGATGGTTGGATCGGGCATGCTTCAAATTGCTACATTTACCGACCTTTATTTTGCATCTTTCATTCCTGGTGCTGCTGCGAGTATCTCTTATGCAAATCTTTTAGCTATGGCCCCATTGGGCATACTGTCTAGTTCATTATTGCTGCCACTGTTGCCTATTTTATCTGAGCTTT
CAAAGCCGAGTCTCTGGCCAAGATTAAATGAGCGCTTGAAAGAAGCAGTGATCCTGTGCATGGTTGTGACACTTCCTTTAATTGCAATCATACTTCCATTAGCAAAGCCTATTGTTGAAGTCCTATTTCAAAGATTTGCCTTTGATGCATATGCAACTGCAACGGTTTCATCTCTTTTAGTCTGTTGTAAGTATCACCAC
CAGCTTCTCTTAAGGACAAATTGATCACCTTAAT
>TRINITY_DN118305_c3_g1_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:TACTCAGTACTTCTAGTAGTGTTGCTTGTTAATAGCTACGGCTTTCATCACCCAATTCTTTTTCTCCTGTTTTTGTAAATCTATTATTATTTTTTCTTAGCCCCTATGATTTCCATTGGTGACAAAATTTGTGCTATGGGGACTTGCCACAATTCAGTTAGATACAAGTCCAATGAAAAAAGTTTCAGAACTTGTGAGTT
AAGATACTAGTTGCAGGTGGCGTTCTTCTTGCATGTGGGGCTTCTATAGGGGCTCTGGCACAATGGTTAGTCCAGgtagtgctttcttattaaatatctttatacctggtattttctttgtagaaaagttcctgctttctttggttgcctttgtcacagatatcctggccattgatttatcttacattgcagctattttt
ttataactggaaaatatagGCCATTGCTCAGCGAAAGGCAGGTTTTAGCATACTAAGGATTTGTTGGACAAATCCTTTTGAGAATGCAGAAATGCGCAAGTTTTTTTTCAGTGATGCTACCTGCGATGGTTGGATCGGGCATGCTTCAAATTGCTACATTTACCGACCTTTATTTTGCATCTTTCATTCCTGGTGCTGCT
GCGAGTATCTCTTATGCAAATCTTTTAGCTATGGCCCCATTGGGCATACTGTCTAGTTCATTATTGCTGCCACTGTTGCCTATTTTATCTGAGCTTTCAAAGCCGAGTCTCTGGCCAAGATTAAATGAGCGCTTGAAAGAAGCAGTGATCCTGTGCATGGTTGTGACACTTCCTTTAATTGCAATCATACTTCCATTAGC
AAAGCCTATTGTTGAAGTCCTATTTCAAAGATTTGCCTTTGATGCATATGCAACTGCAACGGTTTCATCTCTTTTAGTCTGTTATATTTTAGGTGCCCCCTTTTATCTAGTACGGGACCTGATTATCAGGGTGTTTTATGCACTTGATGATGGCCAAACGCCATTTCAGATCAGTATTGTGGCAGTTGTTATGAATGCTT
TGTTAGACTGGCTATTCATCTCAAAGATGAGCTTTGGTGCTGAAGGTCTGGTACTTGCAACATCATTGGTAAATGTTGTGTCCATGGTTACACTCCTGATTTTGCTTTCTAAGAAGATTGGAGGCTTGAACTTTACAAAATGGACTACACCGTGCCTTTTGCTTACTGCACTTTGTCTCTTGTCAACAATAACCACTGCG
TTAGTTCACATGGGGCTGTGCCTTATGTTCTCTTATAACTTATCAGTAAGGTCCAATTGGATTTCAAAATTGCTTTCAATATTATTTGCTAGTGGCATTGGTGTCTTGGCTTTTTTCCTCCCTCTCTGGTGGCTTCAGTTACAGGGATTTGTGCTAATTAAGAATATAAACCGAACGGATTAATTTTTAAATTCTTTGCA
GCTTATCATCCTAGCAGTTTCCACAAGGCTCACCACAGATGAAATTTTTCCGAGTCTTGGTCAAACTAGTCTAGTCTTAATGAGCCTGATTAGATTTGTCCAAATTTGACCCAAACGAGCAAACTTGGTTCATTTCAGAGCTTTGCCGAGCAGACTCTCCCAAATACTCAACATCGTCATTGAAAATTAGCAGGGATTTA
CATGTATTTTACTGTTTTTGCCATCAGAAAACATGAAGAAAAAAAATTGAAGACAGTACATGTGACTTGAAGCTTTAAAAATTGATATAGTAGAAAGATATTTATATACATATTATCCACTTAAAAAACACGCAATGTATCAAAATTTATTGCCCATAAA
Intron 4 GTACGTATTT ... TTCTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 33.33 | 10 | 5 | 4 |
| A2 | 27.27 | 8 | 3 | 0 |
| A3 | 75 | 1 | 3 | 0 |
| A4 | 40 | 3 | 2 | 0 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 0 | 9 | 0 | 0 |
| A7 | 14.29 | 12 | 2 | 0 |
| A8 | 27.27 | 24 | 9 | 3 |
| A9 | 14.29 | 6 | 1 | 0 |
| A10 | 42.86 | 4 | 3 | 0 |
>TRINITY_DN118305_c3_g1_i13 from sample A1 / Example spliced isoformTACTCAGTACTTCTAGTAGTGTTGCTTGTTAATAGCTACGGCTTTCATCACCCAATTCTTTTTCTCCTGTTTTTGTAAATCTATTATTATTTTTTCTTAGCCCCTATGATTTCCATTGGTGACAAAATTTGTGCTATGGGGACTTGCCACAATTCAGTTAGATACAAGTCCAATGAAAAAAGTTTCAGAACTTGTGAGTT
AAGATACTAGTTGCAGGTGGCGTTCTTCTTGCATGTGGGGCTTCTATAGGGGCTCTGGCACAATGGTTAGTCCAGGTAGTGCTTTCTTATTAAATATCTTTATACCTGGTATTTTCTTTGTAGAAAAGTTCCTGCTTTCTTTGGTTGCCTTTGTCACAGATATCCTGGCCATTGATTTATCTTACATTGCAGCTATTTTT
TTATAACTGGAAAATATAGGCCATTGCTCAGCGAAAGGCAGGTTTTAGCATACTAAGGATTTGTTGGACAAATCCTTTTGAGAATGCAGAAATGCGCAAGTTTTTTTTCAGTGATGCTACCTGCGATGGTTGGATCGGGCATGCTTCAAATTGCTACATTTACCGACCTTTATTTTGCATCTTTCATTCCTGGTGCTGCT
GCGAGTATCTCTTATGCAAATCTTTTAGCTATGGCCCCATTGGGCATACTGTCTAGTTCATTATTGCTGCCACTGTTGCCTATTTTATCTGAGCTTTCAAAGCCGAGTCTCTGGCCAAGATTAAATGAGCGCTTGAAAGAAGCAGTGATCCTGTGCATGGTTGTGACACTTCCTTTAATTGCAATCATACTTCCATTAGC
AAAGCCTATTGTTGAAGTCCTATTTCAAAGATTTGCCTTTGATGCATATGCAACTGCAACGGTTTCATCTCTTTTAGTCTGTTATATTTTAGGTGCCCCCTTTTATCTAGTACGGGACCTGATTATCAGGGTGTTTTATGCACTTGATGATGGCCAAACGCCATTTCAGATCAGTATTGTGGCAGTTGTTATGAATGCTT
TGTTAGACTGGCTATTCATCTCAAAGATGAGCTTTGGTGCTGAAGGTCTGGTACTTGCAACATCATTGGTAAATGTTGTGTCCATGGTTACACTCCTGATTTTGCTTTCTAAGAAGATTGGAGGCTTGAACTTTACAAAATGGACTACACCGTGCCTTTTGCTTACTGCACTTTGTCTCTTGTCAACAATAACCACTGCG
TTAGTTCACATGGGGCTGTGCCTTATGTTCTCTTATAACTTATCAGTAAGGTCCAATTGGATTTCAAAATTGCTTTCAATATTATTTGCTAGTGGCATTGGTGTCTTGGCTTTTTTCCTCCCTCTCTGGTGGCTTCAGTTACAGGGATTTGTGCTAATTAAGAATATAAACCGAACGGATTAATTTTTAAATTCTTTGCA
GCTTATCATCCTAGCAGTTTCCACAAGGCTCACCACAGATGAAATTTTTCCGAGTCTTGGTCAAACTAGTCTAGTCTTAATGAGCCTGATTAGATTTGTCCAAATTTGACCCAAACGAGCAAACTTGGTTCATTTCAGAGCTTTGCCGAGCAGACTCTCCCAAATACTCAACATCGTCATTGAAAATTAGCAGGGATTTA
CATGTATTTTACTGTTTTTGCCATCAGAAAACATGAAGAAAAAAAATTGAAGACAGTACATGTGACTTGAAGCTTTAAAAATTGATATAGTAGAAAGATATTTATATACATATTATCCACTTAAAAAACACGCAATGTATCAAAATTTATTGCCCATAAA
>TRINITY_DN118305_c3_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:AACTAATACAATTTTCGGTCCAAACAGAAAGCTTGCCCAGCATGTTTCATATATTATATGCACTCAAACAGTTTGTGTTATTGTGGTAACGGACAGAACATTGTAGCATGAAATAAATTATTTACTTACATGCTATTCATGCACGTGACTGCTTATCTATCGTAATTGTATGGGACAGATATTTTAGGTGCCCCCTTTTA
TCTAGTACGGGACCTGATTATCAGGGTGTTTTATGCACTTGATGATGGCCAAACGCCATTTCAGATCAGTATTGTGGCAGTTGTTATGAATGCTTTGTTAGACTGGCTATTCATCTCAAAGATGAGCTTTGGTGCTGAAGGTCTGgtacgtattttaatcatctgcattgctattttctgttaggtaagtaccatcgtta
ttgacagaattctatttccaacattttctgatagtaatcactttctttgcagGTACTTGCAACATCATTGGTAAATGTTGTGTCCATGGTTACACTCCTGATTTTGCTTTCTAAGAAGATTGGAGGTATGCTATTCCAACTTGAAAATCAAATATATGTTTTCAAATTGATTTCCTAACTATACTCCCCGG