sp|Q66GM8|PAE10_ARATH ----> Pectin acetylesterase 10

Intron 1 GTGACCTTTG ... TGGTCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.71	104	10	20.6
A2	4.88	67.4	9.6	4
A3	14.19	71.8	9.4	12.8
A4	12.04	75.4	8	10.8
A5	26	20.4	2.2	7.4
A6	8.53	181.8	18.8	19.2
A7	8.28	209.4	20.8	21.8
A8	12.21	214	16.8	33.6
A9	7.93	210.6	24	21.2
A10	8.08	172.8	21.2	16.4

>TRINITY_DN119386_c9_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

AATCTCTCCTCTTGTCCATTCAGTGTTAGTCTTGCAGTGGGGACTCGTCCAAAAGTTGTCTGCACACTGTCTTTTCAAGTCTTTTCTTTTTCCATGGACATCTCTCGTCTTGTCGATTCAGTGTTACTCTCGCAGTGTTCTATTCACTCAGTAGTTTTCCAAACACCACCTGAGAATTTTGGTTAGTACTTATGTAGAAA
AATGATGGTATATTCTCATACGTTGTCTATGGTTGTAAGAGTATCTATTTTTATAGTATTTCAATTTTGCATATTGCCTTTTTAATCATGTGAGATTTTGTAATGTTGAGAATGTCCTTGTAAATTTAACCGTCATATCTCATCTTCATCCTCGTCTTGAAATGTGCCATTTAGATGCCATTTATACAAAAATTTGGACA
TGCTTCTAATGTATTATGACAGTAAATATTTTTTGACTTCTAAAGTTTTGTTCTGGCAAACGTGTAGCTCTCTATGTTCATATTTACTTGTAGTGTGGATAGTTTCTTGGTGTAAAAATGATAAAAAAACAGTCACTCATAGAATTCATGTATGGCATTTGTATTTCCTTAATTTCTTTAGTCCTACTCATATCTTAATT
GACATCATCAATTACAATTGTTTATATATCAGAAAAAATATTTATTTCTCTATACTGATTTCCTAGAGCATATATGTAACAGATTTCTATAAGTGGAATCGAGTCAAGGTTCGATATTGTGATGGAGCATCATTTTTTGGAGATGTGAAGGATGAAATCAAGGAATACAAGATGTACTTCAGAGGCCAAAGAATTTGGCA
AGCTATCATGCGTGACCTCATAGCCAAGGGAATGGATAAAGCTGATCAGGGTCTTCTTTCTGGATGCTCTGCTGGTGGTTTGGCATCATTTCTTCATTGTGATAATTTCCGAGATCATTTCAACAGACATGCTAGAGTCAAATGCCTTGGAGATGCTGGTTTTTTCATTGATATGAAGGATATATCTGGAGCATATCACA
TGAGGTCTTTCTACAATGAGTTGATCATGACACAGGGAATTGGGAATCACTTACCAAAGTCTTGTACTTCACAAATGGATCCAACATGGTGTTTTTTCCCACAGTATCTGCTGCCTCACATACAGACTCCAGTTTTTGTTTTAAATCCAGCTTATGATTCCTGGCAGATTCAAAACATTTTGGCACCAGCTGTAGCGGAT
CCTCGTGGCCAATGGAAAAAATGCAAGCTCAATATAAAATACTGTACTCCAAGTCAATTGGAAAAACTCCAAGAATATAGAACTCAAATGCTTAACACATTGCAAGTGTTCAATGGCTCAAGATCGGGAGGCATGTTTATCAACTCATGCTTCACACATTGTCAAACTGAGATGCAAATGACATGGTTTTCACCCCACTC
TCCAAGGTTAAATAACAAGACCATTGCAGAGGCTGTAGGAGATTGGTACTTTGATCGAAAGGTGACGAAGGATATAGATTGCCCATACCCATGCGATTCTAGTTGTCACCACCTTACATTTAAAGAATGAGTGAAACAAACTTATTGTTGCATATTTACTAACATTGTAAAAGATGGCGTAGTTTGTTCCATTATATTGA
CATGTCTATGAGGTAGACATGTATTCTTTGAAAATTCTTGAACAAACTTCTTGTTGCATTTTTACATGCAACAAAGCTGACATGTCCTTGCGAACATTGTAAAAGATTCGGTAGGTAGTTCCTCAAGGACATGCAACAAAGCTGTAGAAGTTTCCATCATTGGCGTGTATGAGGACATGTCTATGAGGTAGACATGATTG
AGATGTATTTCTCTTTATTTTTTCCAACCAATGTAAAATTAAATATTCATTCATTATTGACATGTCTACGAGGTAGACATGATTGAGATGTATCTCTATATTTTTTCCAACCAACGTCAAATTAAATATTCATTTAGAAGAGAAAACAAAA

>TRINITY_DN119386_c9_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATCCAGCTTATGATTCCTGGCAGgtgacctttgttgtgccctttgagatgtgttttaagtctctctttctttgagtggtgcaatttttacatttgcaaacatcttgaatggtctgcagATTCAAAACATTTTGGCACCAGCTGTAGCGGATCCTCGTGGCCAATGGAAAAAATGCAAGCTCAATATAAAATACTGTACTC
CAAGTCAATTGGAAAAACTCCAAGGTTTTCTCTCACAACATTTGTCCTTTTAATGCTTTTCTGCAGACTTTGAGGTTGAAAAGAAAGAGTTTCTTAGATATGGAGTCTTGTCAATAAAATAATTAATTGCAGTCCAGTTCGGTTGTCATCTTGAAAATTATGTGAAAATAAGATTAGTTTTTAAATATTTTCATGATTAG
CAAGTGATTGCTCACGCAATAAAC

Intron 2 GTATAAATTC ... TGAATGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.46	97	20	33
A2	22.28	75	20	23
A3	15.97	100	26	12
A4	16.87	101	23	18
A5	22.73	34	17	3
A6	18.04	184	47	34
A7	19.95	325	97	65
A8	17.25	259	62	46
A9	19.09	286	77	58
A10	19.55	253	67	56

>TRINITY_DN119386_c9_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

AATCTCTCCTCTTGTCCATTCAGTGTTAGTCTTGCAGTGGGGACTCGTCCAAAAGTTGTCTGCACACTGTCTTTTCAAGTCTTTTCTTTTTCCATGGACATCTCTCGTCTTGTCGATTCAGTGTTACTCTCGCAGTGTTCTATTCACTCAGTAGTTTTCCAAACACCACCTGAGAATTTTGGTTAGTACTTATGTAGAAA
AATGATGGTATATTCTCATACGTTGTCTATGGTTGTAAGAGTATCTATTTTTATAGTATTTCAATTTTGCATATTGCCTTTTTAATCATGTGAGATTTTGTAATGTTGAGAATGTCCTTGTAAATTTAACCGTCATATCTCATCTTCATCCTCGTCTTGAAATGTGCCATTTAGATGCCATTTATACAAAAATTTGGACA
TGCTTCTAATGTATTATGACAGTAAATATTTTTTGACTTCTAAAGTTTTGTTCTGGCAAACGTGTAGCTCTCTATGTTCATATTTACTTGTAGTGTGGATAGTTTCTTGGTGTAAAAATGATAAAAAAACAGTCACTCATAGAATTCATGTATGGCATTTGTATTTCCTTAATTTCTTTAGTCCTACTCATATCTTAATT
GACATCATCAATTACAATTGTTTATATATCAGAAAAAATATTTATTTCTCTATACTGATTTCCTAGAGCATATATGTAACAGATTTCTATAAGTGGAATCGAGTCAAGGTTCGATATTGTGATGGAGCATCATTTTTTGGAGATGTGAAGGATGAAATCAAGGAATACAAGATGTACTTCAGAGGCCAAAGAATTTGGCA
AGCTATCATGCGTGACCTCATAGCCAAGGGAATGGATAAAGCTGATCAGGGTCTTCTTTCTGGATGCTCTGCTGGTGGTTTGGCATCATTTCTTCATTGTGATAATTTCCGAGATCATTTCAACAGACATGCTAGAGTCAAATGCCTTGGAGATGCTGGTTTTTTCATTGATATGAAGGATATATCTGGAGCATATCACA
TGAGGTCTTTCTACAATGAGTTGATCATGACACAGGGAATTGGGAATCACTTACCAAAGTCTTGTACTTCACAAATGGATCCAACATGGTGTTTTTTCCCACAGTATCTGCTGCCTCACATACAGACTCCAGTTTTTGTTTTAAATCCAGCTTATGATTCCTGGCAGATTCAAAACATTTTGGCACCAGCTGTAGCGGAT
CCTCGTGGCCAATGGAAAAAATGCAAGCTCAATATAAAATACTGTACTCCAAGTCAATTGGAAAAACTCCAAGAATATAGAACTCAAATGCTTAACACATTGCAAGTGTTCAATGGCTCAAGATCGGGAGGCATGTTTATCAACTCATGCTTCACACATTGTCAAACTGAGATGCAAATGACATGGTTTTCACCCCACTC
TCCAAGGTTAAATAACAAGACCATTGCAGAGGCTGTAGGAGATTGGTACTTTGATCGAAAGGTGACGAAGGATATAGATTGCCCATACCCATGCGATTCTAGTTGTCACCACCTTACATTTAAAGAATGAGTGAAACAAACTTATTGTTGCATATTTACTAACATTGTAAAAGATGGCGTAGTTTGTTCCATTATATTGA
CATGTCTATGAGGTAGACATGTATTCTTTGAAAATTCTTGAACAAACTTCTTGTTGCATTTTTACATGCAACAAAGCTGACATGTCCTTGCGAACATTGTAAAAGATTCGGTAGGTAGTTCCTCAAGGACATGCAACAAAGCTGTAGAAGTTTCCATCATTGGCGTGTATGAGGACATGTCTATGAGGTAGACATGATTG
AGATGTATTTCTCTTTATTTTTTCCAACCAATGTAAAATTAAATATTCATTCATTATTGACATGTCTACGAGGTAGACATGATTGAGATGTATCTCTATATTTTTTCCAACCAACGTCAAATTAAATATTCATTTAGAAGAGAAAACAAAA

>TRINITY_DN119386_c9_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTACCGTTAAATCTTATGCATAAACTCTTCAAACAAATTTGTTATCCATCACTCGTCTGCTTGAGGACAACCAGTTTTACCAGGGCACGCGGTAAGGTTTTCTATCAGGCGATGAGCTCCCGTTTTGTGGGGTTGAGGGGCTTTTGACGAGTAGTTATTGTGGGTTTCGAAAGGAGTGCACACGAGGATGAATTGGAGGA
GAATCGGGATACAGTGGGCGCGTATGGAATACAGCCTTGCTGTAGTTGGGCTTGTGATAATTGCTGTCAGGGTTTTCTATCAGCGGACGAGCTCCCGTTTTGTGGAATTTACGGGTTTTTGACGAGTGGTTATTGTGGGTTTTGAAAAGAGTGCACACGAGGATGATTCAGATGGCTATTGGAATGAAAGGGGGGCGTAT
GAAATGCAGACTTGCTGTAATTGGGTTTATGATAATTGCTGGGACAGTGCTGGTAGCAATGCCTTCACAGCATATACCCAATGTTTTGAAATTCTGGGCAACAGAGGGACCAAGGGAGGTTGTCATAACCTCTGACGCTCCCCTCTTTGTGGACCTTACCCTCGTCGAGTCCGCGGCACTGGAAGGAGCCGTTTGCTTGG
ATGGAACGCTTCCAGGGTACCATCTAGATCGAGGTTTTGGGTCAGGATCAAATAGTTGGCTCATTCACCTTGAGGGGGGGGCGTGGTGCAAGGATATAACGTCATGTGCCATGCGCAAAAGAACACATTTGGGTTCGTCTCTCTATATGGAAAGACAAATCGTATTTGCAGGCATTTTAAGCAACAAGCCTGTTGAAAAT
CCAGATTTCTATAAGTGGAATCGAGTCAAGGTTCGATATTGTGATGGAGCATCATTTTTTGGAGATGTGAAGGATGAAATCAAGGAATACAAGATGTACTTCAGAGGCCAAAGAATTTGGCAAGCTATCATGCGTGACCTCATAGCCAAGGGAATGGATAAAGCTGATCAGGGTCTTCTTTCTGGATGCTCTGCTGGTGG
TTTGGCATCATTTCTTCATTGTGATAATTTCCGAGATCATTTCAACAGACATGCTAGAGTCAAATGCCTTGGAGATGCTGGTTTTTTCATTGATATGAAGGATATATCTGGAGCATATCACATGAGGTCTTTCTACAATGAGTTGATCATGACACAGGGAATTGGGAATCACTTACCAAAGTCTTGTACTTCACAAATGG
ATCCAACATGGgtataaattcagttggtgtttatgatcattatttatttatctcctttgatagatctgtacaagcatccactttaatcttttgtagtatttgacacaatataagcttgaatggcagTGTTTTTTCCCACAGTATCTGCTGCCTCACATACAGACTCCAGTTTTTGTTTTAAATCCAGCTTATGATTCCTG
GCAGATTCAAAACATTTTGGCACCAGCTGTAGCGGATCCTCGTGGCCAATGGAAAAAATGCAAGCTCAATATAAAATACTGTACTCCAAGTCAATTGGAAAAACTCCAAGAATATAGAACTCAAATGCTTAACACATTGCAAGTGTTCAATGGCTCAAGATCGGGAGGCATGTTTATCAACTCATGCTTCACACATTGTC
AAACTGAGATGCAAATGACATGGTTTTCACCCCACTCTCCAAGGTTAAATAACAAGACCATTGCAGAGGCTGTAGGAGATTGGTACTTTGATCGAAAGGTGACGAAGGATATAGATTGCCCATACCCATGCGATTCTAGTTGTCACCACCTTACATTTAAAGAATGAGTGAAACAAACTTATTGTTGCATATTTACTAAC
ATTGTAAAAGATGGCGTAGTTTGTTCCATTATATTGACATGTCTATGAGGTAGACATGTATTCTTTGAAAATTCTTGAACAAACTTCTTGTTGCATTTTTACATGCAACAAAGCTGACATGTCCTTGCGAACATTGTAAAAGATTCGGTAGGTAGTTCCTCAAGGACATGCAACAAAGCTGTAGAAGTTTCCATCATTGG
CGTGTATGAGGACATGTCTATGAGGTAGACATGATTGAGATGTATTTCTCTTTATTTTTTCCAACCAATGTAAAATTAAATATTCATTCATTATTGACATGTCTACGAGGTAGACATGATTGAGATGTATCTCTATATTTTTTCCAACCAACGTCAAATTAAATATTCATTTAGAAGAGAAAACAAAA

Intron 3 GTATAAATTC ... TTTCCCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.39	113	20	49
A2	23.5	83	20	31
A3	18.22	110	26	23
A4	18.86	114	23	30
A5	23.91	35	17	5
A6	20.77	206	47	61
A7	21.43	341	97	89
A8	19.61	287	62	78
A9	20.85	298	77	80
A10	20.6	266	67	71

>TRINITY_DN113555_c5_g5_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

GTTAAATCTTATGCATAAACTCTTCAAACAAATTTGTTATCCATCACTCGTCTGCTTGAGGACAACCAGTTTTACCAGGGCACGCGGTAAGGTTTTCTATCAGGCGATGAGCTCCCGTTTTGTGGGGTTGAGGGGCTTTTGACGAGTAGTTATTGTGGGTTTCGAAAGGAGTGCACACGAGGATGAATTGGAGGAGAATC
GGGATACAGTGGGCGCGTATGGAATACAGCCTTGCTGTAGTTGGGCTTGTGATAATTGCTGTCAGGGTTTTCTATCAGCGGACGAGCTCCCGTTTTGTGGAATTTACGGGTTTTTGACGAGTGGTTATTGTGGGTTTTGAAAAGAGTGCACACGAGGATGATTCAGATGGCTATTGGAATGAAAGGGGGGCGTATGAAAT
GCAGACTTGCTGTAATTGGGTTTATGATAATTGCTGGGACAGTGCTGGTAGCAATGCCTTCACAGCATATACCCAATGTTTTGAAATTCTGGGCAACAGAGGGACCAAGGGAGGTTGTCATAACCTCTGACGCTCCCCTCTTTGTGGACCTTACCCTCGTCGAGTCCGCGGCACTGGAAGGAGCCGTTTGCTTGGATGGA
ACGCTTCCAGGGTACCATCTAGATCGAGGTTTTGGGTCAGGATCAAATAGTTGGCTCATTCACCTTGAGGGGGGGGCGTGGTGCAAGGATATAACGTCATGTGCCATGCGCAAAAGAACACATTTGGGTTCGTCTCTCTATATGGAAAGACAAATCGTATTTGCAGGCATTTTAAGCAACAAGCCTGTTGAAAATCCAGA
TTTCTATAAGTGGAATCGAGTCAAGGTTCGATATTGTGATGGAGCATCATTTTTTGGAGATGTGAAGGATGAAATCAAGGAATACAAGATGTACTTCAGAGGCCAAAGAATTTGGCAAGCTATCATGCGTGACCTCATAGCCAAGGGAATGGATAAAGCTGATCAGGGTCTTCTTTCTGGATGCTCTGCTGGTGGTTTGG
CATCATTTCTTCATTGTGATAATTTCCGAGATCATTTCAACAGACATGCTAGAGTCAAATGCCTTGGAGATGCTGGTTTTTTCATTGATATGAAGGATATATCTGGAGCATATCACATGAGGTCTTTCTACAATGAGTTGATCATGACACAGGGAATTGGGAATCACTTACCAAAGTCTTGTACTTCACAAATGGATCCA

ACATGGTATCTGCTGCCTCACATACAGACTCCAGTTTTTGTTTTAAATCCAGCTTATGATTCCTGGCAGATTCAAAACATTTTGGCACCAGCTGTAGCGGATCCTCGTGGCCAATGGAAAAAATGCAAGCTCAATATAAAATACTGTACTCCAAGTCAATTGGAAAAACTCCAAGAATATAGAACTCAAATGCTTAACAC
ATTGCAAGTGTTCAATGGCTCAAGATCGGGAGGCATGTTTATCAACTCATGCTTCACACATTGTCAAACTGAGATGCAAATGACATGGTTTTCACCCCACTCTCCAAGGTTAAATAACAAGACCATTGCAGAGGCTGTAGGAGATTGGTACTTTGATCGAAAGGTGACGAAGGATATAGATTGCCCATACCCATGCGATT
CTAGTTGTCACCACCTTACATTTAAAGAATGAGTGAAACAAACTTATTGTTGCATATTTACTAACATTGTAAAAGATGGCGTAGTTTGTTCCATTATATTGACATGTCTATGAGGTAGACATGTATTCTTTGAAAATTCTTGAACAAACTTCTTGTTGCATTTTTACATGCAACAAAGCTGACATGTCCTTGCGAACATT
GTAAAAGATTCGGTAGGTAGTTCCTCAAGGACATGCAACAAAGCTGTAGAAGTTTCCATCATTGGCGTGTATGAGGACATGTCTATGAGGTAGACATGATTGAGATGTATTTCTCTTTATTTTTTCCAACCAATGTAAAATTAAATATTCATTCATTATTGACATGTCTACGAGGTAGACATGATTGAGATGTATCTCTA
TATTTTTTCCAACCAACGTCAAATTAAATATTCATTTAGAAGAGAAAACCATTTTTTAGTTGACACTTTAAGATGGTATATTGTTTTCTGTATTCT

>TRINITY_DN113555_c5_g5_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GTTAAATCTTATGCATAAACTCTTCAAACAAATTTGTTATCCATCACTCGTCTGCTTGAGGACAACCAGTTTTACCAGGGCACGCGGTAAGGTTTTCTATCAGGCGATGAGCTCCCGTTTTGTGGGGTTGAGGGGCTTTTGACGAGTAGTTATTGTGGGTTTCGAAAGGAGTGCACACGAGGATGAATTGGAGGAGAATC
GGGATACAGTGGGCGCGTATGGAATACAGCCTTGCTGTAGTTGGGCTTGTGATAATTGCTGTCAGGGTTTTCTATCAGCGGACGAGCTCCCGTTTTGTGGAATTTACGGGTTTTTGACGAGTGGTTATTGTGGGTTTTGAAAAGAGTGCACACGAGGATGATTCAGATGGCTATTGGAATGAAAGGGGGGCGTATGAAAT
GCAGACTTGCTGTAATTGGGTTTATGATAATTGCTGGGACAGTGCTGGTAGCAATGCCTTCACAGCATATACCCAATGTTTTGAAATTCTGGGCAACAGAGGGACCAAGGGAGGTTGTCATAACCTCTGACGCTCCCCTCTTTGTGGACCTTACCCTCGTCGAGTCCGCGGCACTGGAAGGAGCCGTTTGCTTGGATGGA
ACGCTTCCAGGGTACCATCTAGATCGAGGTTTTGGGTCAGGATCAAATAGTTGGCTCATTCACCTTGAGGGGGGGGCGTGGTGCAAGGATATAACGTCATGTGCCATGCGCAAAAGAACACATTTGGGTTCGTCTCTCTATATGGAAAGACAAATCGTATTTGCAGGCATTTTAAGCAACAAGCCTGTTGAAAATCCAGA
TTTCTATAAGTGGAATCGAGTCAAGGTTCGATATTGTGATGGAGCATCATTTTTTGGAGATGTGAAGGATGAAATCAAGGAATACAAGATGTACTTCAGAGGCCAAAGAATTTGGCAAGCTATCATGCGTGACCTCATAGCCAAGGGAATGGATAAAGCTGATCAGGGTCTTCTTTCTGGATGCTCTGCTGGTGGTTTGG
CATCATTTCTTCATTGTGATAATTTCCGAGATCATTTCAACAGACATGCTAGAGTCAAATGCCTTGGAGATGCTGGTTTTTTCATTGATATGAAGGATATATCTGGAGCATATCACATGAGGTCTTTCTACAATGAGTTGATCATGACACAGGGAATTGGGAATCACTTACCAAAGTCTTGTACTTCACAAATGGATCCA

ACATGGgtataaattcagttggtgtttatgatcattatttatttatctcctttgatagatctgtacaagcatccactttaatcttttgtagtatttgacacaatataagcttgaatggcagtgttttttcccacagTATCTGCTGCCTCACATACAGACTCCAGTTTTTGTTTTAAATCCAGCTTATGATTCCTGGCAGA
TTCAAAACATTTTGGCACCAGCTGTAGCGGATCCTCGTGGCCAATGGAAAAAATGCAAGCTCAATATAAAATACTGTACTCCAAGTCAATTGGAAAAACTCCAAGAATATAGAACTCAAATGCTTAACACATTGCAAGTGTTCAATGGCTCAAGATCGGGAGGCATGTTTATCAACTCATGCTTCACACATTGTCAAACT
GAGATGCAAATGACATGGTTTTCACCCCACTCTCCAAGGTTAAATAACAAGACCATTGCAGAGGCTGTAGGAGATTGGTACTTTGATCGAAAGGTGACGAAGGATATAGATTGCCCATACCCATGCGATTCTAGTTGTCACCACCTTACATTTAAAGAATGAGTGAAACAAACTTATTGTTGCATATTTACTAACATTGT
AAAAGATGGCGTAGTTTGTTCCATTATATTGACATGTCTATGAGGTAGACATGTATTCTTTGAAAATTCTTGAACAAACTTCTTGTTGCATTTTTACATGCAACAAAGCTGACATGTCCTTGCGAACATTGTAAAAGATTCGGTAGGTAGTTCCTCAAGGACATGCAACAAAGCTGTAGAAGTTTCCATCATTGGCGTGT
ATGAGGACATGTCTATGAGGTAGACATGATTGAGATGTATTTCTCTTTATTTTTTCCAACCAATGTAAAATTAAATATTCATTCATTATTGACATGTCTACGAGGTAGACATGATTGAGATGTATCTCTATATTTTTTCCAACCAACGTCAAATTAAATATTCATTTAGAAGAGAAAACCATTTTTTAGTTGACACTTTA
AGATGGTATATTGTTTTCTGTATTCT