sp|Q9SJ20|RIR1_ARATH ----> Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit

Intron 1 GTATTTGGTT ... TTGTTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.44	85	19.3	29
A2	24.67	59	14.7	19.3
A3	23.53	65	13	20
A4	34.67	49	12	26
A5	40	30	6.3	20
A6	29.63	19	2	8
A7	28.24	61	6.7	24
A8	27.59	21	3.3	8
A9	26.42	39	10	14
A10	22.54	55	6.7	16

>TRINITY_DN115499_c0_g3_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

ATCTTTATATTTGAATAACATTGTTAGCGGGAATTTTGAAGCCAGGCATAGGCGGGACATTAGAGTCTTCAATACTATTTAAGGCTCCCACCCAAACCCAAAGATTCATGCGAGAGACAGACCTGAATTCCTTTCTGAACAAAGGATTCGTTGCATGCCAATCCTTGATTACCCAAATCCTCTCAGGGATTTTTTGCATT
GAAAAAACTTCATAATCCAATTTCTCTGAGGTTTCTATAGTCAAATCTTAAATACCCGTCTGTCGTTTACGCAGTTTCTGATTGGTTTCAGCCCTGCAAAATGTATGTTATCAAGCGAGATGGCAGACCTGAGGCTGTGCATTTTGATAAGATCACAGCCAGATTGAAGAAACTCAGCTATGGACTCAACGCTGATCACT
GTGATCCTGTGCTGGTTGCACAGAAGGTTTGCACAGGGGTTTACAAGGGGGTCACTACGAGTCAGCTTGATGAGTTGGCTGCTGAGACTGCGGCTGCCATGACTGCAAATCATCCGGACTATGCTCTGTTGGCTGCAAGGATCGCTGTCTCAAACCTCCATAAAAACACCAAGAAATCATTTTCTGAAACAATCAAGGAC
ATGTATGCTCATGTGAACGTGAGATCTGGTCAGGCCTCCCCTTTGATAGCAGATGATGTTTATGATATCATCTTGAAGAATGCTGCTCGGTTGGATAGTGAAATAATCTATGATAGGGATTTTGACTATGACTACTTTGGCTTCAAGACATTGGAGAGGTCCTACTTGTTGAAATTGAACGGGGTTGTTGTGGAGAGGCC
TCAACATATGTTGATGAGGGTTTCAGTGGGAATTCATAAGGATGACATTGAATCTGCTATCAGGACTTATCATTTGATGTCACAGCGTTGGTGTACCCATGCTTCTCCAACTCTGTTTAATGGTGGAACTCCAAGGCCCCAGTTAAGTAGCTGCTTCCTTATCTGTATGAAGGATGATAGCATAGAAGGTATTTATGATA
CCCTCAAAGAATGTGCTGTGATTAGCAAATCAGCAGGAGGTATTGGAGTTTCAATCCATAATATTCGTTCAACAAATAGTTACATACGTGGAACAAATGGCACATCAAATGGTATTGTGCCAATGTTGCGCGTGTTTAATGATACTGCTCGCTATGTAGATCAAGGAGGAGGCAAGAGAAAAGGTGCTTTTGCTGTGTAC
TTGGAGCCATGGCATGCTGATATTTTTGACTTTTTGGATTTGAGAAAGAACCACGGGAAGGAAGAAAACAGGGCAAGGGATTTGTTCTATGGTCTATGGGTTCCAGATCTCTTTATGAAGAGAGTCCAGGACAATGCTACTTGGTCATTGTTCTGTTCCAATGAGTCTCCTGGTTTAGCAGATTGTTGGGGTGAAGAGTT
TGATAATCTGTACCTCAAATATGAGCAGCAGGGTAAGGCAAAGAAGGTCGTGCAAGCTCAGAAGCTTTGGTTTGCAATTTTGGAATCTCAGATAGAAACTGGCAATCCTTATATGTTGTACAAGGACTCATGCAACAGGAAGAGCAATCAGCAGAATTTGGGAACAATCAAATCTTCTAATCTTTGCACGGAAATTATTG
AGTACACTAGCCCAACAGAAAGTGCAGTTTGTAATTTGGCATCGCTTGCTCTACCGAGATTTGTAAGAGAAAAGGGTGTTCCTATTGAGTCTCATCCTTCTAAGCTTGTTGGGAGCATGGGTTCTAAGAACCGCTACTTTGATTTTGACAAGCTAGGAGAGGTCACATCAATAGTTACCGAAAACCTGAACAAAATCATT
GATGTGAACTACTATCCTGTAGAAACTGCAAAACGGTCAAATATGCGTCATAGACCTATTGGCATTGGTGTTCAGGGCCTTGCTGATACATTTATCTTGCTTGGTATGCCATTTGACTCACAAGAGGCTCAGAAGTTGAACTCTGAGATTTTTGAGACAATATATTATCATGCCCTTAAGGCATCCTCTGAACTTTCTGC
CAAGGAGTGTCCTTATGAAACCTATGCTGGGAGTCCTGTAAGCAAGGGAATACTTCAGCCAGACATGTGGGGAGTTACACCTTCAAATCGTTGGGATTGGGCTGCCTTGAGGCAAAAGGTTGCAAAAAATGGTGTGAGAAATTCTCTCCTTGTTGCTCCTATGCCAACAGCATCAACTAGTCAAATTCTTGGGAACAATG
AGTGCTTTGAGCCGTACACATCAAATATTTATAGCAGGAGAGTGTTAAGTGGTGAATTTGTGGTGGTGAACAAGCATCTTCTTCATGATTTAACTGATGCTGGGCTCTGGAATCCTGATCTGAAGAATAAGATCATTTATCACAATGGCTCAGTTCAAAACATCAGTGAGATTTCTGATGAATTGAAGGCTATATACAAG
ACAGTATGGGAGATCAAGCAACGTGTAATCGTTGATATGGCTGCTGATCGTGGTTGCTATATAGATCAGAGCCAAAGCCTTAACATTCACATGGACCAACCTAATTTTGGGAAGCTAACTTCCCTTCATTTTTACACTTGGTCAAAGGGATTGAAAACTGGAATGTACTATTTAAGGTCTCGGGCTGCAGCAGATGCTAT
CAAGTTTACAGTGGATGCTACAAGTATAAAGGACAAGCCCAAGTTAGAAACTGAGGACGAGGATACAAAATTGGCGCAGATGGTGTGCTCATTGGAGAATAAGGATGCATGCCTATCTTGTGGGAGCTAAATAGGAGGAATGTTCCTGTTGTTGGTCAGGCATCATCAGGCATCTCACTATATAGTGGCTTTGCTAAAAA
AATAAATTGGTTGTTATATAGAGGTTGCAAAGGCCCATGCCTTCAATAGTGGTTCTGTTGTAAATTGTCTACATCTTGATCATCTCCTAAGCTTCTGGGTTGGAATTGGAATTAAATAGTGTGATCAGATCAATGATGAGTGCATTATGGTATTGCATGGCATCGTTTTATTCAGTTTAAACCAAAGGTTGTGTATCCAG
GGGATGTTGATGGTCTTAATAGCCCACACAGACCTTGTGCATGAATGTGAAGCTTAAATCACAGTCCATGTGGGATTATCGATCTGGAGGTAACTGTAATTTAAGTATTTGATGAATAATATTGTTTCTGGCATGTTATGGCATGTTTTTTTACATGCCTTAGCCTGATATCTATGATTTTTGTTGCAAGTTTAAGCAAG
GCTTGATAAACGTAGGATGCAT

>TRINITY_DN115499_c0_g3_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TTTGAGAAAGAACCACGGGAAGgtatttggttgtgcattttgaggattcttattgtagctagggtaaggggataaaattaattggtactgggggtcttgtggattgttaacagGAAGAAAACAGGGCAAGGGATTTGTTCTATGGTCTATGGGTTCCAGATCTCTTTATGAAGAGAGTCCAGGACAATGCTACTTGGTCA
TTGTTCTGTTCCAATGAGTCTCCTGGTTTAGCAGATTGTTGGGGTGAAGAGTTTGATAATCTGTACCTGAAATATGAGCAGCAGGGTAAGGCAAAGAAGGTCGTGCAAGCTCAGAAGCTTTGGTTTGCAATTTTGGAATCTCAGATAGAAACTGGCAATCCTTATATGTTGTACAAGGACTCATGCAACAGGAAGAGCAA
TCAGCAGAATTTGGGAACAATCAAATCTTCTAATCTTTGCACGGAAATTATTGAGTACACTAGCCCAACAGAAAGTGCAGTTTGTAATTTGGCATCGCTTGCTCTACCGAGATTTGTAAGAGAAAAGGGTGTTCCTATTGAGTCTCATCCTTCTAAGCTTGTTGGGAGCATGGGTTCTAAGAACCGCTACTTTGATTTTG
ACAAGCTAGGAGAGGTCACATCAATAGTTACCGAAAACCTGAACAAAATCATTGATGTGAACTACTATCCTGTAGAAACTGCAAAACGGTCAAATATGCGTCATAGACCTATTGGCATTGGTGTTCAGGGCCTTGCTGATACATTTATCTTGCTTGGTATGCCATTTGACTCACAAGAGGCTCAGAAGTTGAACTCTGAG
ATTTTTGAGACAATATATTATCATGCCCTTAAGGCATCCTCTGAACTTTCTGCCAAGGAGTGTCCTTATGAAACCTATGCTGGGAGTCCTGTAAGCAAGGGAATACTTCAGCCAGACATGTGGGGAGTTACACCTTCAAATCGTTGGGATTGGGCTGCCTTGAGGCAAAAGGTTGCAAAAAATGGTGTGAGAAATTCTCT
CCTTGTTGCTCCTATGCCAACAGCATCAACTAGTCAAATTCTTGGGAACAATGAGTGCTTTGAGCCGTACACATCAAATATTTATAGCAGGAGAGTGTTAAGTGGTGAATTTGTGGTGGTGAACAAGCATCTTCTTCATGATTTAACTGATGCTGGGCTCTGGAATCCTGATCTGAAGAATAAGATCATTTATCACAATG
GCTCAGTTCAAAACATCAGTGAGATTTCTGATGAATTGAAGGCTATATACAAGACAGTATGGGAGATCAAGCAACGTGTAATCGTTGATATGGCTGCTGATCGTGGTTGCTATATAGATCAGAGCCAAAGCCTTAACATTCACATGGACCAACCTAATTTTGGGAAGCTAACTTCCCTTCATTTTTACACTTGGTCAAAG
GGATTGAAAACTGGAATGTACTATTTAAGGTCTCGGGCTGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACAGTGGATGCTACAAGTATAAAGGACAAGCCCAAGTTAGAAACTGAGGACGAGGATACAAAATTGGCGCAGATGGTGTGCTCATTGGAGAATAAGGATGCATGCCTATCTTGTGGGAGCTAAATAGGAGGAATGTTCCT
GTTGTTGGTCAGGCATCATCAGGCATCTCACTATATAGTGGCTTTGCTAAAAAAATAAATTGGTTGTTATATAGAGGTTGCAAAGGCCCATGCCTTCAATAGTGGTTCTGTTGTAAATTGTCTACATCTTGATCATCTCCTAAGCTTCTGGGTTGGAATTGGAATTAAATAGTGTGATCAGATCAATGATGAGTGCATTA
TGGTATTGCATGGCATCGTTTTATTCAGTTTAAACCAAAGGTTGTGTATCCAGGGGATGTTGATGGTCTTAATAGCCCACACAGACCTTGTGCATGAATGTGAAGCTTAAATCACAGTCCATGTGGGATTATCGATCTGGAGGTAACTGTAATTTAAGTATTTGATGAATAATATTGTTTCTGGCATGTTATGGCATGTT
TTTTTACATGCCTTAGCCTGATATCTATGATTTTTGTTGCAAGTTTAAGCAAGGCTTGATAAACGTAGGATGCAT

Intron 2 GTGCTTTATT ... TGCTGCGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	7.74	48.5	4	4.3
A2	7.74	38.2	1	4.3
A3	6.67	47.7	0	4.3
A4	6.06	32.7	0	2.7
A5	8.33	20.8	0	2.7
A6	9.11	89.7	2	10.7
A7	7.31	106.7	2	11.3
A8	6.47	101.2	2	9
A9	6.8	104.5	2.7	10
A10	7.72	60.8	0.7	6

>TRINITY_DN128167_c1_g3_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

CGGGAATTTTGAAGCCAGGCATAGGCGGGACATTAGAGTCTTCAATACTATTTAAGGCTCCCACCCAAACCCAAAGATTCATGCGAGAGACAGACCTGAATTCCTTTCTGAACAAAGGATTCGTTGCATGCCAATCCTTGATTACCCAAATCCTCTCAGGGATTTTTTGCATTGAAAAAACTTCATGATCCAATTTCTCT
GAGGTTTTCTATAGTCAAATCTTAAATACCCGTCTGTCGTTTACGCAGTTTCTGATTGGTTTCAGCCCTGCAAAATGTATGTTATCAAGCGAGATGGCAGACCTGAGGCTGTGCATTTTGATAAGATCACAGCCAGATTGAAGAAACTCAGCTATGGACTCAACGCTGATCACTGTGATCCTGTGCTGGTTGCACAGAAG
GTTTGCACAGGGGTTTACAAGGGGGTCACTACGAGTCAGCTTGATGAGTTGGCTGCTGAGACTGCGGCTGCCATGACTGCAAATCATCCGGACTATGCTCTGTTGGCTGCAAGGATCGCTGTCTCAAACCTCCATAAAAACACCAAGAAATCATTTTCTGAAACAATCAAGGACATGTATGCTCATGTGAACGTGAGATC
TGGTCAGGCCTCCCCTTTGATAGCAGATGATGTTTATGATATCATCTTGAAGAATGCTGCTCGGTTGGATAGTGAAATAATCTATGATAGGGATTTTGACTATGACTACTTTGGCTTCAAGACATTGGAGAGGTCCTACTTGTTGAAATTGAACGGGGTTGTTGTGGAGAGGCCTCAACATATGTTGATGAGGGTTTCAG
TGGGAATTCATAAGGATGACATTGAATCTGCTATCAGGACTTATCATTTGATGTCACAGCGTTGGTGTACCCATGCTTCTCCAACTCTGTTTAATGGTGGAACTCCAAGGCCCCAGTTAAGTAGCTGCTTCCTTATCTGTATGAAGGATGATAGCATAGAAGGTATTTATGATACCCTCAAAGAATGTGCTGTGATTAGC
AAATCAGCAGGAGGTATTGGAGTTTCAATCCATAATATTCGTTCAACAAATAGTTACATACGTGGAACAAATGGCACATCAAATGGTATTGTGCCAATGTTGCGCGTGTTTAATGATACTGCTCGCTATGTAGATCAAGGAGGAGGCAAGAGAAAGGGTGCTTTTGCTGTGTACTTGGAGCCATGGCATGCTGATATTTT
TGACTTTTTGGATTTGAGAAAGAACCACGGGAAGGAAGAAAACAGGGCAAGGGATTTGTTCTATGGTCTATGGGTTCCAGATCTCTTTATGAAGAGAGTCCAGGACAATGCTACTTGGTCATTGTTCTGTTCCAATGAGTCTCCTGGTTTAGCAGATTGTTGGGGTGAAGAGTTTGATAATCTGTACCTCAAATATGAGC
AGCAGGGTAAGGCAAAGAAGGTCGTGCAAGCTCAGAAGCTTTGGTTTGCAATTTTGGAATCTCAGATAGAAACTGGCAATCCTTATATGTTGTACAAGGACTCATGCAACAGGAAGAGCAATCAGCAGAATTTGGGAACAATCAAATCTTCTAATCTTTGCACGGAAATTATTGAGTACACTAGCCCAACAGAAAGTGCA
GTTTGTAATTTGGCATCGCTTGCTCTACCGAGATTTGTAAGAGAAAAGGGTGTTCCTATTGAGTCTCATCCTTCTAAGCTTGTTGGGAGCATGGGTTCTAAGAACCGCTACTTTGATTTTGACAAGCTAGGAGAGGTCACATCAATAGTTACTGAAAACCTGAACAAAATCATTGATGTGAACTACTATCCTGTAGAAAC
TGCAAAACGGTCAAATATGCGTCATAGACCTATTGGCATTGGTGTTCAGGGCCTTGCTGATACATTTATCTTGCTTGGTATGCCATTTGACTCACAAGAGGCTCAGAAGTTGAACTCTGAGATTTTTGAGACAATATATTATCATGCCCTTAAGGCATCCTCTGAACTTTCTGCCAAGGAGGGTCCTTATGAAACCTATG
CTGGGAGTCCTGTAAGCAAGGGAATACTTCAGCCAGACATGTGGGGAGTTACACCTTCAAATCGTTGGGATTGGGCTGCCTTGAGGCAAAAGGTTGCAAAAAATGGTGTGAGAAATTCTCTCCTTGTTGCTCCTATGCCAACAGCATCAACTAGTCAAATTCTTGGGAACAATGAGTGCTTTGAGCCGTACACATCAAAT
ATTTATAGCAGGAGAGTGTTAAGTGGTGAATTTGTGGTGGTGAACAAGCATCTTCTTCATGATTTAACTGATGCTGGGCTCTGGAATCCTGATCTGAAGAATAAGATCATTTATCACAATGGCTCAGTTCAAAACATCAGTGAGATTTCTGATGAATTGAAGGCTATATACAAGACAGTATGGGAGATCAAGCAACGTGT
AATCGTTGATATGGCTGCTGATCGTGGTTGCTATATAGATCAGAGCCAAAGCCTTAACATTCACATGGACCAACCTAATTTTGGGAAGCTAACTTCCCTTCATTTTTACACTTGGTCAAAGGGATTGAAAACTGGAATGTACTATTTAAGGTCTCGGGCTGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACAGTGGATGCTACAAGTA
TAAAGGACAAGCCCAAGTTAGAAACTGAGGACGAGGATACAAAATTGGCGCAGATGGTGTGCTCATTGGAGAATAAGGATGCATGCCTATCTTGTGGGAGCTAAATAGGAGGAATGTTCCTGTTGTTGGTCAGGCATCATCAGGCATCTCACTATATAGTGGCTTTGCTAAAAAAATAAATTGGTTGTTATATAGAGGTT
GCAAAGGCCCATGCCTTCAATAGTGGTTCTGTTGTAAATTGTCTACATCTTGATCATCTCCTAAGCTTCTGGGTTGGAATTGGAATTAAATAGTGTGATCAGATCAATGATGAGTGCATTATGGTATTGCATGGCATCGTTTTATTCAGTTTAAACCAAAGGTTGTGTATCCAGGGGATGTTGATGGTCTTAATAGCCCA
CACAGACCTTGTGCATGAATGTGAAGCTTAAATCACAGTCCATGTGGGATTATCGATCTGGAGGTAACTGTAATTTAAGTATTTGATGAATAATATTGTTTCTGGCATGTTATGGCATGTTTTTTTACATGCCTTAGCCTGATATCTATGATTTTTGTTGCAAGTTTAAGCAAGGCTC

>TRINITY_DN128167_c1_g3_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTTTCATTCTCATTAATCTTTCATTTGTTTAATATATCATTGCAAATAACAGTTAACTAATTATTGCAAATAACATTTAACTATATGATGTTCATCTTCTACTATGCCGTTATTGTATTGCTTGCAAATATAATTGATATTCAATTGACTTGCTGGATGCCTTTTCATCAGGGATTGAAAACTGGAATGTACTATTTAAG
GTCTCGGGCTGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACAGTGGATGCTACAAGTATAAAGgtgctttattataagtattcaaatgcccactgggtatcgcaggtattgggtgtttttattcagtacaaaaatatgcagttctaatattcttgtactgctgcgcagGACAAGCCCAAGTTAGAAACCGAGGACGAGGATACAAAAT
TGTCACAGATGGTGTGCTCATTGGAGAATAAGGATGCATGCCTATCTTGTGGGAGCTAAATAGGAGGAATGTTCCTGTTGTTGGTCAGGCATCATCAGGCATCTCACTATATAGTGGCTTTGCTAAAAAAATAAATTGGTTGTTATATAGAGGTTGCAAAGGCCCATGCCTTCAATAGTGGTTCTGTTGTAAATTGTCTA
CATCTTGATCATCTCCTAAGCTTCTGGGTTGGAATTGGAATTAAATAGTGTGATCAGATCAATGATGAGTGCATTATGGTATTGCATGGCATCGTTTTATTCAGTTTAAACCAAAGGTTGTGTATCCAGGGGATGTTGATGGTCTTAATAGCCCACACAGACCTTGTGCATGAATGTGAAGCTTAAATCACAGTCCATGT
GGGATTATCGATCTGGAGGTAACTGTAATTTAAGTATTTGATGAATAATATTGTTTCTGGCATGTTATGGCATGTTTTTTTACATGCCTTAGCCTGATATCTATGATTTTTGTTGCAAGTTTAAGCAAGGCTC

Intron 3 GTTGAGTACC ... ATGCAAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.61	34	16	14
A2	27.73	43	25	8
A3	28.17	51	27	13
A4	29.33	53	27	17
A5	31.91	16	9	6
A6	26.05	88	41	21
A7	26.74	100	63	10
A8	21.82	129	40	32
A9	31.01	99	61	28
A10	23.71	111	61	8

>TRINITY_DN128167_c1_g3_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

CGGGAATTTTGAAGCCAGGCATAGGCGGGACATTAGAGTCTTCAATACTATTTAAGGCTCCCACCCAAACCCAAAGATTCATGCGAGAGACAGACCTGAATTCCTTTCTGAACAAAGGATTCGTTGCATGCCAATCCTTGATTACCCAAATCCTCTCAGGGATTTTTTGCATTGAAAAAACTTCATGATCCAATTTCTCT
GAGGTTTTCTATAGTCAAATCTTAAATACCCGTCTGTCGTTTACGCAGTTTCTGATTGGTTTCAGCCCTGCAAAATGTATGTTATCAAGCGAGATGGCAGACCTGAGGCTGTGCATTTTGATAAGATCACAGCCAGATTGAAGAAACTCAGCTATGGACTCAACGCTGATCACTGTGATCCTGTGCTGGTTGCACAGAAG
GTTTGCACAGGGGTTTACAAGGGGGTCACTACGAGTCAGCTTGATGAGTTGGCTGCTGAGACTGCGGCTGCCATGACTGCAAATCATCCGGACTATGCTCTGTTGGCTGCAAGGATCGCTGTCTCAAACCTCCATAAAAACACCAAGAAATCATTTTCTGAAACAATCAAGGACATGTATGCTCATGTGAACGTGAGATC
TGGTCAGGCCTCCCCTTTGATAGCAGATGATGTTTATGATATCATCTTGAAGAATGCTGCTCGGTTGGATAGTGAAATAATCTATGATAGGGATTTTGACTATGACTACTTTGGCTTCAAGACATTGGAGAGGTCCTACTTGTTGAAATTGAACGGGGTTGTTGTGGAGAGGCCTCAACATATGTTGATGAGGGTTTCAG
TGGGAATTCATAAGGATGACATTGAATCTGCTATCAGGACTTATCATTTGATGTCACAGCGTTGGTGTACCCATGCTTCTCCAACTCTGTTTAATGGTGGAACTCCAAGGCCCCAGTTAAGTAGCTGCTTCCTTATCTGTATGAAGGATGATAGCATAGAAGGTATTTATGATACCCTCAAAGAATGTGCTGTGATTAGC
AAATCAGCAGGAGGTATTGGAGTTTCAATCCATAATATTCGTTCAACAAATAGTTACATACGTGGAACAAATGGCACATCAAATGGTATTGTGCCAATGTTGCGCGTGTTTAATGATACTGCTCGCTATGTAGATCAAGGAGGAGGCAAGAGAAAGGGTGCTTTTGCTGTGTACTTGGAGCCATGGCATGCTGATATTTT
TGACTTTTTGGATTTGAGAAAGAACCACGGGAAGGAAGAAAACAGGGCAAGGGATTTGTTCTATGGTCTATGGGTTCCAGATCTCTTTATGAAGAGAGTCCAGGACAATGCTACTTGGTCATTGTTCTGTTCCAATGAGTCTCCTGGTTTAGCAGATTGTTGGGGTGAAGAGTTTGATAATCTGTACCTCAAATATGAGC
AGCAGGGTAAGGCAAAGAAGGTCGTGCAAGCTCAGAAGCTTTGGTTTGCAATTTTGGAATCTCAGATAGAAACTGGCAATCCTTATATGTTGTACAAGGACTCATGCAACAGGAAGAGCAATCAGCAGAATTTGGGAACAATCAAATCTTCTAATCTTTGCACGGAAATTATTGAGTACACTAGCCCAACAGAAAGTGCA
GTTTGTAATTTGGCATCGCTTGCTCTACCGAGATTTGTAAGAGAAAAGGGTGTTCCTATTGAGTCTCATCCTTCTAAGCTTGTTGGGAGCATGGGTTCTAAGAACCGCTACTTTGATTTTGACAAGCTAGGAGAGGTCACATCAATAGTTACTGAAAACCTGAACAAAATCATTGATGTGAACTACTATCCTGTAGAAAC
TGCAAAACGGTCAAATATGCGTCATAGACCTATTGGCATTGGTGTTCAGGGCCTTGCTGATACATTTATCTTGCTTGGTATGCCATTTGACTCACAAGAGGCTCAGAAGTTGAACTCTGAGATTTTTGAGACAATATATTATCATGCCCTTAAGGCATCCTCTGAACTTTCTGCCAAGGAGGGTCCTTATGAAACCTATG
CTGGGAGTCCTGTAAGCAAGGGAATACTTCAGCCAGACATGTGGGGAGTTACACCTTCAAATCGTTGGGATTGGGCTGCCTTGAGGCAAAAGGTTGCAAAAAATGGTGTGAGAAATTCTCTCCTTGTTGCTCCTATGCCAACAGCATCAACTAGTCAAATTCTTGGGAACAATGAGTGCTTTGAGCCGTACACATCAAAT
ATTTATAGCAGGAGAGTGTTAAGTGGTGAATTTGTGGTGGTGAACAAGCATCTTCTTCATGATTTAACTGATGCTGGGCTCTGGAATCCTGATCTGAAGAATAAGATCATTTATCACAATGGCTCAGTTCAAAACATCAGTGAGATTTCTGATGAATTGAAGGCTATATACAAGACAGTATGGGAGATCAAGCAACGTGT
AATCGTTGATATGGCTGCTGATCGTGGTTGCTATATAGATCAGAGCCAAAGCCTTAACATTCACATGGACCAACCTAATTTTGGGAAGCTAACTTCCCTTCATTTTTACACTTGGTCAAAGGGATTGAAAACTGGAATGTACTATTTAAGGTCTCGGGCTGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACAGTGGATGCTACAAGTA
TAAAGGACAAGCCCAAGTTAGAAACTGAGGACGAGGATACAAAATTGGCGCAGATGGTGTGCTCATTGGAGAATAAGGATGCATGCCTATCTTGTGGGAGCTAAATAGGAGGAATGTTCCTGTTGTTGGTCAGGCATCATCAGGCATCTCACTATATAGTGGCTTTGCTAAAAAAATAAATTGGTTGTTATATAGAGGTT
GCAAAGGCCCATGCCTTCAATAGTGGTTCTGTTGTAAATTGTCTACATCTTGATCATCTCCTAAGCTTCTGGGTTGGAATTGGAATTAAATAGTGTGATCAGATCAATGATGAGTGCATTATGGTATTGCATGGCATCGTTTTATTCAGTTTAAACCAAAGGTTGTGTATCCAGGGGATGTTGATGGTCTTAATAGCCCA
CACAGACCTTGTGCATGAATGTGAAGCTTAAATCACAGTCCATGTGGGATTATCGATCTGGAGGTAACTGTAATTTAAGTATTTGATGAATAATATTGTTTCTGGCATGTTATGGCATGTTTTTTTACATGCCTTAGCCTGATATCTATGATTTTTGTTGCAAGTTTAAGCAAGGCTC

>TRINITY_DN128167_c1_g3_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AAATGTTTAGTTTGATTCTATTTATTTGTTTGATAGACCTTGTTTGTATTGGAGGACGGTAAATAATAAATATCATCATCACCATAGCTAATTATGGCAATTTTCATAATCATGATGTTCTAATGATTATGCTTGTTTGTGCTTTTCTGTGGGTTCAGAATGCTGCTCGGTTGGATAGTGAAATAATCTATGATAGGGAT
TTTGACTATGACTACTTTGGCTTCAAGACATTGGAGAGGTCCTACTTGTTGAAATTGAACGGGGTTGTTGTGGAGAGGCCTCAACATATGTTGATGAGGGTTTCAGTGGGAATTCATAAGGATGACATTGAATCTGCTATCAGGACTTATCATTTGATGTCACAGCGTTGGTGTACCCATGCTTCTCCAACTCTGTTTAA
TGGTGGAACTCCAAGGCCCCAGTTAAGTAGCTGCTTCCTTATCTGTATGAAGGATGATAGCATAGAAGGTATTTATGATACCCTCAAAGAATGTGCTGTGATTAGCAAATCAGCAGGAGGTATTGGAGTTTCAATCCATAATATTCGTTCAACAAATAGTTACATACGTGGAACAAATGGCACATCAAATGGTATTGTGC
CAATGTTGCGCGTGTTTAATGATACTGCTCGCTATGTAGATCAAGGAGGAGGCAAGAGAAAGGGTGCTTTTGCTGTGTACTTGGAGCCATGGCATGCTGATATTTTTGACTTTTTGGATTTGAGAAAGAACCACGGGAAGGAAGAAAACAGGGCAAGGGATTTGTTCTATGGTCTATGGGTTCCAGATCTCTTTATGAAG
AGAGTCCAGGACAATGCTACTTGGTCATTGTTCTGTTCCAATGAGTCTCCTGGTTTAGCAGATTGTTGGGGTGAAGAGTTTGATAATCTGTACCTCAAATATGAGCAGCAGGGTAAGGCAAAGAAGGTCGTGCAAGCTCAGAAGCTTTGGTTTGCAATTTTGGAATCTCAGATAGAAACTGGCAATCCTTATATGTTGTA
CAAGGACTCATGCAACAGGAAGAGCAATCAGCAGAATTTGGGAACAATCAAATCTTCTAATCTTTGCACGGAAATTATTGAGTACACTAGCCCAACAGAAAGTGCAGTTTGTAATTTGGCATCGCTTGCTCTACCGAGATTTGTAAGAGAAAAGGGTGTTCCTATTGAGTCTCATCCTTCTAAGCTTGTTGGGAGCATGG
GTTCTAAGAACCGCTACTTTGATTTTGACAAGCTAGGAGAGGTCACATCAATAGTTACTGAAAACCTGAACAAAATCATTGATGTGAACTACTATCCTGTAGAAACTGCAAAACGGTCAAATATGCGTCATAGACCTATTGGCATTGGTGTTCAGGGCCTTGCTGATACATTTATCTTGCTTGGTATGCCATTTGACTCA
CAAGAGGCTCAGAAGTTGAACTCTGAGATTTTTGAGACAATATATTATCATGCCCTTAAGGCATCCTCTGAACTTTCTGCCAAGGAGGGTCCTTATGAAACCTATGCTGGGAGTCCTGTAAGCAAGGGAATACTTCAGCCAGACATGTGGGGAGTTACACCTTCAAATCGTTGGGATTGGGCTGCCTTGAGGCAAAAGGT
TGCAAAAAATGGTGTGAGAAATTCTCTCCTTGTTGCTCCTATGCCAACAGCATCAACTAGTCAAATTCTTGGGAACAATGAGTGCTTTGAGCCGTACACATCAAATATTTATAGCAGGAGAGTGTTAAGTGGTGAATTTGTGGTGGTGAACAAGCATCTTCTTCATGATTTAACTGATGCTGGGCTCTGGAATCCTGATC
TGAAGAATAAGATCATTTATCACAATGGCTCAGTTCAAAACATCAGTGAGATTTCTGATGAATTGAAGGCTATATACAAgttgagtaccgtaccaatatcctaataagttttgttttttgttaggctttttgacaatttctgaagtgcactgggtatgcttgtatgcaaacagGACAGTATGGGAGATCAAGCAACGTGT
AATCGTTGATATGGCTGCTGATCGTGGTTGCTATATAGATCAGAGCCAAAGCCTTAACATTCACATGGACCAACCTAATTTTGGGAAGCTAACTTCCCTTCATTTTTACACTTGGTCAAAGGGATTGAAAACTGGAATGTACTATTTAAGGTCTCGGGCTGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACAGTGGATGCTACAAGTA
TAAAGGACAAGCCCAAGTTAGAAACCGAGGACGAGGATACAAAATTGTCACAGATGGTGTGCTCATTGGAGAATAAGGATGCATGCCTATCTTGTGGGAGCTAAATAGGAGGAATGTTCCTGTTGTTGGTCAGGCATCATCAGGCATCTCACTATATAGTGGCTTTGCTAAAAAAATAAATTGGTTGTTATATAGAGGTT
GCAAAGGCCCATGCCTTCAATAGTGGTTCTGTTGTAAATTGTCTACATCTTGATCATCTCCTAAGCTTCTGGGTTGGAATTGGAATTAAATAGTGTGATCAGATCAATGATGAGTGCATTATGGTATTGCATGGCATCGTTTTATTCAGTTTAAACCAAAGGTTGTGTATCCAGGGGATGTTGATGGTCTTAATAGCCCA
CACAGACCTTGTGCATGAATGTGAAGCTTAAATCACAGTCCATGTGGGATTATCGATCTGGAGGTAACTGTAATTTAAGTATTTGATGAATAATATTGTTTCTGGCATGTTATGGCATGTTTTTTTACATGCCTTAGCCTGATATCTATGATTTTTGTTGCAAGTTTAAGCAAGGCTC

Intron 4 GTATGCTTGT ... TATTTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.47	25	7	11
A2	24.64	26	14	3
A3	20	28	2	12
A4	20.39	41	14	7
A5	33.33	9	5	4
A6	20.99	32	7	10
A7	20	42	9	12
A8	23.64	21	10	3
A9	11.36	39	7	3
A10	14.53	50	7	10

>TRINITY_DN44159_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

GAAAATATTTTTGGGTTTTTTCTGATCTCCTATTTCATGTTTTGATATTGGTGCAGTTAAGTAGCTGCTTCCTTATCTGTATGAAGGATGATAGCATAGAAGGTATTTATGATACCCTCAAAGAATGTGCTGTGATTAGCAAATCAGCAGGAGGTATTGGAGTTTCAATCCATAATATTCGTTCAACAAATAGTTACATA
CGTGGAACAAATGGCACATCAAATGGTATTGTGCCAATGTTGCGCGTGTTTAATGATACTGCTCGCTATGTAGATCAAGGAGGAGGCAAGAGAAAGGGTGCTTTTGCTGTGTACTTGGAGCCATGGCATGCTGATATTTTTGACTTTTTGGATTTGAGAAAGAACCACGGGAAGGAAGAAAACAGGGCAAGGGATTTGTT
CTATGGTCTATGGGTTCCAGATCTCTTTATGAAGAGAGTCCAGGACAATGCTACTTGGTCATTGTTCTGTTCCAATGAGTCTCCTGGTTTAGCAGATTGTTGGGGTGAAGAGTTTGATAATCTGTACCTCAAATATGAGCAGCAGGGTAAGGCAAAGAAGGTCGTGCAAGCTCAGAAGCTTTGGTTTGCAATTTTGGAAT
CTCAGATAGAAACTGGCAATCCTTATATGTTGTACAAGGACTCATGCAACAGGAAGAGCAATCAGCAGAATTTGGGAACAATCAAATCTTCTAATCTTTGCACGGAAATTATTGAGTACACTAGCCCAACAGAAAGTGCAGTTTGTAATTTGGCATCGCTTGCTCTACCGAGATTTGTAAGAGAAAAGGGTGTTCCTATT
GAGTCTCATCCTTCTAAGCTTGTTGGGAGCATGGGTTCTAAGAACCGCTACTTTGATTTTGACAAGCTAGGAGAGGTCACATCAATAGTTACCGAAAACCTGAACAAAATCATTGATGTGAACTACTATCCTGTAGAAACTGCAAAACGGTCAAATATGCGTCATAGACCTATTGGCATTGGTGTTCAGGGCCTTGCTGA
TACATTTATCTTGCTTGGTATGCCATTTGACTCACAAGAGGCTCAGAAGTTGAACTCTGAGATTTTTGAGACAATATATTATCATGCCCTTAAGGCATCCTCTGAACTTTCTGCCAAGGAGTGTCCTTATGAAACCTATGCTGGGAGTCCTGTAAGCAAGGGAATACTTCAGCCAGACATGTGGGGAGTTACACCTTCAA
ATCGTTGGGATTGGGCTGCCTTGAGGCAAAAGGTTGCAAAAAATGGTGTGAGAAATTCTCTCCTTGTTGCTCCTATGCCAACAGCATCAACTAGTCAAATTCTTGGGAACAATGAGTGCTTTGAGCCGTACACATCAAATATTTATAGCAGGAGAGTGTTAAGTGGTGAATTTGTGGTGGTGAACAAGCATCTTCTTCAT
GATTTAACTGATGCTGGGCTCTGGAATCCTGATCTGAAGAATAAGATCATTTATCACAATGGCTCAGTTCAAAACATCAGTGAGATTTCTGATGAATTGAAGGCTATATACAAGACAGTATGGGAGATCAAGCAACGTGTAATCGTTGATATGGCTGCTGATCGTGGTTGCTATATAGATCAGAGCCAAAGCCTTAACAT
TCACATGGACCAACCTAATTTTGGGAAGCTAACTTCCCTTCATTTTTACACTTGGTCAAAGGGGTTGAAAACTGGAATGTACTATTTAAGGTCTCGGGCTGCAGCAGATGCTATCAAGTTTACAGTGGATGCTACAAGTATAAAGGACAAGCCCAAGTTAGAAACTGAGGACGAGGATACAAAATTGGCGCAGATGGTGT
GCTCATTGGAGAATAAGGATGCATGCCTGTCTTGTGGGAGCTAAATAGGAGGAACGTTCCTGTTGTTGGTCAGGCATCATCAGGCATCTCACTATATAGTGGCTTTGCTAAAAAAATAAATTGGTTGTTATATAGAGGTTGCAAAGGCCCTTGCCTTCAATAGTGGTTCTGTTGTAAATTGTCTACATCTTGATCATCTC
CTAAGCTTCTGGGTTGGAATTGGAATTAAATAGTGTGATCAGATCAATGATCAGTGCATTATGGTATTGCATGGCATCGTTTTATTCAGTTTAAACCAAAGGTTGTGTATCCAGGGGATGTTGATGGTCTTAATAGCCCACACAGACCTTGTGCATGAATGTGAAGCTTAAATCACAGTCCATGTGGGATTATCGATCTG
GAGGT

>TRINITY_DN44159_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TTTTGAGTTTGTTATTTTTGAAACAGTCTTTGAATGTTTTTTGGACTTCAGGACTCATGCAACAGGAAGAGCAATCAGCAGAATTTGGGAACAATCAAATCTTCTAATCTTTGCACGGAAATTATTGAGTACACTAGCCCAACAGAAAGTGCAGTTTGTAATTTGGCATCGCTTGCTCTACCGAGATTTGTAAGAGAAAA
GgtatgcttgttgaaagttattcttgttgcaattttaagcttaaggtaaagacttggaaaatgattatatctatattttgtagGGTGTTCCTATTGAGTCTCATCCTTCTAAGCTTGTTGGGAGCATGGGTTCTAAGAACCGCTACTTTGATTTTGACAAGCTAGGAGAGGTCACATCAATAGTTACCGAAAACCTGAAC
AAAATCATTGATGTGAACTACTATCCTGTAGAAACTGCAAAACGGTCAAATATGCGTCATAGACCTATTGGCATTGGTGTTCAGGGCCTTGCTGATACATTTATCTTGCTTGGTATGCCATTTGACTCACAAGAGGCTCAGAAGTTGAACTCTGAGATTTTTGAGACAATATATTATCATGCCCTTAAGGCATCCTCTGA
ACTTTCTGCCAAGGAGTGTCCTTATGAAACCTATGCTGGGAGTCCTGTAAGCAAGGGAATACTTCAGCCAGACATGTGGGGAGTTACACCTTCAAATCGTTGGGATTGGGCTGCCTTGAGGCAAAAGGTTGCAAAAAATGGTGTGAGAAATTCTCTCCTTGTTGCTCCTATGCCAACAGCATCAACTAGTCAAATTCTTG
GGAACAATGAGTGCTTTGAGCCGTACACATCAAATATTTATAGCAGGAGAGTGTTAAGTGGTGAATTTGTGGTGGTGAACAAGCATCTTCTTCATGATTTAACTGATGCTGGGCTCTGGAATCCTGATCTGAAGAATAAGATCATTTATCACAATGGCTCAGTTCAAAACATCAGTGAGATTTCTGATGAATTGAAGGCT
ATATACAAGACAGTATGGGAGATCAAGCAACGTGTAATCGTTGATATGGCTGCTGATCGTGGTTGCTATATAGATCAGAGCCAAAGCCTTAACATTCACATGGACCAACCTAATTTTGGGAAGCTAACTTCCCTTCATTTTTACACTTGGTCAAAGGGGTTGAAAACTGGAATGTACTATTTAAGGTCTCGGGCTGCAGC
AGATGCTATCAAGTTTACAGTGGATGCTACAAGTATAAAGGACAAGCCCAAGTTAGAAACTGAGGACGAGGATACAAAA

Intron 5 GTAAGCCAAA ... TGGGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	0	53.7	0	0
A2	7.82	59.3	0	5
A3	0	37.3	0	0
A4	0	37.3	0	0
A5	0	29.7	0	0
A6	0	5	0	0
A7	0	11.7	0	0
A8	0	11	0	0
A9	0	18.3	0	0
A10	0	11.3	0	0

>TRINITY_DN119061_c0_g2_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

CTTAATATTTGAATAACATTGTTAGCGGGAATTTTGAAGCCAGGCATAGGCGGGACATTAGAGTCTTCAATACTATTTAAGGCTCCCACCCAAAACCCAAAGATTCATGCGAGAGACAGACCTGAATTCCTTTCTGAACAAAGGATTCGTTGCATGCCAATCCTTGATTACCCAAATCCTCTCAGGGATTTTTTGCATTG
AAAAAACTTCATAATCCAATTTCTCTGAGGTTTCTATAGTCAAATCTTAAATACCCGTCTGTCGTTTTCGCAGTTTCTGATTGGTTTCAGCACTGCAAAATGTATGTTATCAAGCGAGATGGCAGACCTGAGGCTGTGCATTTTGATAAGATCACAGCCAGATTGAAGAAACTCAGCTATGGACTCAACGCTGATCACTG
TGATCCTGTGCTGGTTGCACAGAAGGTTTGCACAGGGGTTTACAAGGGGGTCACTACGAGTCAGCTTGATGAGTTGGCTGCTGAGACTGCGGCTGCCATGACTGCAAATCATCCGGACTATGCTCTGTTGGCTGCAAGGATCGCTGTCTCAAACCTCCATAAAAACACCAAGAAATCATTTTCTGAAACAATCAAGGACA
TGTATGCTCATGTGAACGTGAGATCTGGTCAGGCCTCCCCTTTGATAGCAGATGATGTTTATGATATCATCTTGAAGAATGCTGCTCGGTTGGATAGTGAAATAATCTATGATAGGGATTTTGACTATGACTACTTTGGCTTCAAGACATTGGAGAGGTCCTACTTGTTGAAATTGAACGGGGTTGTTGTGGAGAGGCCT
CAACATATGTTGATGAGGGTTTCAGTGGGAATTCATAAGGATGACATTGAATCTGCTATCAGGACTTATCATTTGATGTCACAGCGTTGGTGTACCCATGCTTCTCCAACTCTGTTTAATGGTGGAACTCCAAGGCCCCAGTTAAGTAGCTGCTTCCTTATCTGTATGAAGGATGATAGCATAGAAGGTATTTATGATAC
CCTCAAAGAATGTGCTGTGATTAGCAAATCAGCAGGAGGTATTGGAGTTTCAATCCATAATATTCGTTCAACAAATAGTTACATACGTGGAACAAATGGCACATCAAATGGTATTGTGCCAATGTTGCGCGTGTTTAATGATACTGCTCGCTATGTAGATCAAGGAGGAGGCAAGAGAAAAGGTGCTTTTGCTGTGTACT
TGGAGCCATGGCATGCTGATATTTTTGACTTTTTGGATTTGAGAAAGAACCACGGGAAGGAAGAAAACAGGGCAAGGGATTTGTTCTATGGTCTATGGGTTCCAGATCTCTTTATGAAGAGAGTCCAGGACAATGCTACTTGGTCATTGTTCTGTTCCAATGAGTCTCCTGGTTTAGCAGATTGTTGGGGTGAAGAGTTT
GATAATCTGTACCTCAAATATGAGCAGCAGGGTAAGGCAAAGAAGGTCGTGCAAGCTCAGAAGCTTTGGTTTGCAATTTTGGAATCTCAGATAGAAACTGGCAATCCTTATATGTTGTACAAGGACTCATGCAACAGGAAGAGCAATCAGCAGAATTTGGGAACAATCAAATCTTCTAATCTTTGCACGGAAATTATTGA
GTACACTAGCCCAACAGAAAGTGCAGTTTGTAATTTGGCATCGCTTGCTCTACCGAGATTTGTAAGAGAAAAGGGTGTTCCTATTGAGTCTCATCCTTCTAAGCTTGTTGGGAGCATGGGTTCTAAGAACCGCTACTTTGATTTTGACAAGCTAGGAGAGGTCACATCAATAGTTACCGAAAACCTGAACAAAATCATTG
ATGTGAACTACTATCCTGTAGAAACTGCAAAACGGTCAAATATGCGTCATAGACCTATTGGCATTGGTGTTCAGGGCCTTGCTGATACATTTATCTTGCTTGGTATGCCATTTGACTCACAAGAGGCTCAGAAGTTGAACTCTGAGATTTTTGAGACAATATATTATCATGCCCTTAAGGCATCCTCTGAACTTTCTGCC
AAGGAGGGTCCTTATGAAACCTATGCTGGGAGTCCTGTAAGCAAGGGAATACTTCAGCCAGACATGTGGGGAGTTACACCTTCAAATCGTTGGGATTGGGCTGCCTTGAGGCAAAAGGTTGCAAAAAATGGTGTGAGAAATTCTCTCCTTGTTGCTCCTATGCCAACAGCATCAACTAGTCAAATTCTTGGGAACAATGA
GTGCTTTGAGCCGTACACATCAAATATTTATAGCAGGAGAGTGTTAAGTGGTGAATTTGTGGTGGTGAACAAGCATCTTCTTCATGATTTAACTGATGCTGGGCTCTGGAATCCTGATCTGAAGAATAAGATCATTTATCACAATGGCTCAGTTCAAAACATCAGTGAGATTTCTGATGAATTGAAGGCTATATACAAGA
CAGTATGGGAGATCAAGCAACGTGTAATCGTTGATATGGCTGCTGATCGTGGTTGCTATATAGATCAGAGCCAAAGCCTTAACATTCACATGGACCAACCTAATTTTGGGAAGCTAACTTCCCTTCATTTTTACACTTGGTCAAAGGGATTGAAAACTGGAATGTACTATTTAAGGTCTCGGGCTGCAGCAGATGCTATC
AAGTTTACAGTGGATGCTACAAGTATAAAGGACAAGCCCAAGTTAGAAACCGAGGACGAGGATACAAAATTGTCACAGATGGTGTGCTCATTGGAGAATAAGGATGCATGCCTATCTTGTGGGAGCTAAATAGGAGGAATGTTCCTGTTGTTGGTCAGGCATCATCAGGCATCTCACTATATAGTGGCTTTGCTAAAAAA
ATAAATTGGTTGTTATATAGAGGTTGCAAAGGCCCATGCCTTCAATAGTGGTTCTGTTGTAAATTGTCTACATCTTGATCATCTCCTAAGCTTCTGGGTTGGAATTGGAATTAAATAGTGTGATCAGATCAATGATGAGTGCATTATGGTATTGCATGGCATCGTTTTATTCAGTTTAAACCAAAGGTTGTGTATCCAGG
GGATGTTGATGGTCTTAATAGCCCACACAGACCTTGTGCATGAATGTGAAGCTTAAATCACAGTCCATGTGGGATTATCGATCTGGAGGTAACTGTAATTTAAGTATTTGATGAATAATATTGTTTCTGGCATGTTATGGCATGTTTTTTTACATGCCTTAGCCTGATATCTATGATTTTTGTTGCAAGTTTTAAAAAA

>TRINITY_DN119061_c0_g2_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CAAATCATCCGGACTATGCTCTGgtaagccaaagagttcatgtctgtatatccctttagatttcaatggtttgcacagacattgaaatcatgattgctctcaagatttatttgattgacgtgttttgttgttttctggatgtgggttgcagTTGGCTGCAAGGATCGCTGTCTCAAACCTCCATAAAAACACCAAGAAAT
CATTTTCTGAAACGTGAGTTGTCTTATATACATGTGCATTGTGCATTCAGTACAATTATAATTCTTCTGTATCTCATGTAAGCTTAGTGCC