sp|Q9FJE6|PP437_ARATH ----> Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g59900
Intron 1 GTTATCTCTT ... GCATCTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 61.19 | 26 | 50 | 32 |
| A2 | 65.66 | 17 | 37 | 28 |
| A3 | 64.41 | 21 | 46 | 30 |
| A4 | 71.43 | 15 | 33 | 42 |
| A5 | 56.25 | 7 | 8 | 10 |
| A6 | 42.86 | 2 | 1 | 2 |
| A7 | 69.7 | 5 | 9 | 14 |
| A8 | 60 | 1 | 1 | 2 |
| A9 | 57.58 | 7 | 8 | 11 |
| A10 | 50 | 13 | 5 | 21 |
>TRINITY_DN114536_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformGACAAAACCATGGGCTAACCGTGAATCCTTGAAGAGCTAACCGTTCCCCCACAATTAAAATGACACACCAGAGCTCAGCTATCTTCGTCATCCACGACAAACTCCTACCTCTATGCAGAACTTCGTTTCAAGTCTACTAAAAAATCGCCTTTAACAAGAATGAAGATCCACTGGCTTTCAATACAAGTTACCCGGGCCAG
GGTTTCATCAGTGGCGGGGCTGAGCACAAGGCTGAGATCCGACTTGTCCGGAAACAGAAACCCACTAGAAGAATCGCGCGACGAAGACGATGCATTTGTAAACACCCTCTGCGATTTGGTGAGGGGAAAAGAAAGCTGGAAATATTCATTGTCGAACAACAGAATGCTGGACAGATTGGCGTCCAACCATGTAGAGAAAG
TTCTGCTAAAATCAAGCGACGATCCCAGGCAATGATGACTTTGCGTGGTCTCGAGGTGTTTAATTTGATGAGGAAATTGAATTTAATGCCCTCATTGAGGTCTTGTCATGGAATTTTGGATGGACTAGTGAAGGTTTATAAGTTTGAGACTGCATGGGAGGTTTATGGAGTTATGCTTCAATCTGGGATTATCCCGGATC
TATTTATTTACAATACCATGATACTTGCCTGCTGCAAGGAAGAGAAAATGGAGAAGGCAAACGGATTGATTGTTGAAATGGAAGAAGGAGGTTTGAGTCCTAGCATCGTGACTTATAATATATTGATTCATGGGTTGTGCAGAAGTGAGAGGATTGGTGAGGCTTTTGAGGTCAAGAGTAAGGTTATGAAGAAGGGCTTG
AGGCCAAATGTTATTACTTATAGTACCCTTATTCAAGGCTTTTGTAAGGTTGGCAAGATCAGCGAGGCAGGTGACTTATTGAAGGAAATGCAGGAAATAGGTTTAGTTCCAAATGAGATTACTTATACGACGTTAGTTGATGGGTTCTGTAGGGTGGGGAAGACTGGGGAGGCTTTTGACTTGGTGGAACGTGGAGTTGT
GCAGAATGCTTTTACTATCAATGCACTTATTAAGGGTCTCTGCAAGGAAGGGAAGTTGGAGGAGGCGAAGGTTCTGTTGAAGAAAATGGGGAAAGGGGGCTTGTCACCCAATGATGTTACTTACAGCATTCTGATTGATAGATTCTGTAAGGCAGCACGTTTAAGAGAAGCTTTTGACTTGCGAGATGAAATGTTGAAGA
GAGGTATCGTGGCAAGTGTGTTCACTTATGGTGCTTTAATTCATGGCTGCTGCAAGGCGGGGCAAATGGAAGAGGCAAATGCTTTGTTTAAGGAAATGTTGGAGAAGGGCTTGGCACCAAATTGTATCACCTACACTACATTGATAAGTGGGCATTGCAGGCAAGGAAATTTTGAAGAAGCATTTATGCTCCGGGATGAA
ATGTTGGAGAGAGGTATTGCCCCAGACACTGTTACGTACACTGCAATTATCAGTGGTCTTTGTCAGGCAAATAAAATGGCTGAGGCAAATACCGTTTTGAATGAAATGCGGGAACGAGGCTTGTTACCAAATTTAGTTACCTACAATGCAATGATTGATGGTCATTGCAAGGAAGGTAATATAGTAAAAGCCTTTGAGCT
ACGAGATGAACTGGTGGATAAGGGCATGGTTATGGACGTTTATACATACAATGCACTTATCAATGGCCTATGCAAGGCAGGCAGAACGCAGGAAGCCAGGGATCTAATGAAGGAAATGCTTGGAAAGCATTTGAAGCCCAACGAGTTTTGTTACAGCTCTCTTATTAGTGGATATTGTAATGAAGGAAACATAGAGGAAG
CTTTTAACATTTACAATGAAATTGTGAAGAAAGGAATTGAGCCAGATATTGTAACCTACAGTGTGCTTATTCATGGTCTGTGTAAGGCAGGCAAAATGCAGGCCTCACATGCACTTCTGAATGAAGTGCCGGATAAGGGATTGATCCCTGACAATGTTACATTTACCACACTGATTGATGGATACTGCAAGCAAGGAAAC
AGCTCAGAAGCATTTAAGTTGTACGATCAAATGGTTGATAAAGGTTGTGCCCCAAATGTTGTGACCTATACCTCACTTATCAGTGGCATGTGCAAAGCAGGTAAAACAGAAGAGGCTGGCATACTTTTAAAAGAAATGTCCAGTAAGGATTTAGTACCAAATGAACTAACTTACAGTGTATTAATCTATGGACACGTCAA
TATAAGGGATATGGAGGGTGCTTTCAAGGTGTGTGATGAAATGGTGAAAGCCGGATTTATGCCCAATGTTGTCATATACAATACTTTAATCTTGGGTCTCTGTAAGACTGGGAGGATGTCAGAAGCTATTGGATTATTCGAAGAGATGCAGAATAATAGTTTGTTACCCGATGATGTTACTTATACCACACTTATTGATG
GATACTGCAAGAAGGGTGATTTGCTGGAAGCTTTCAAATGGTGGGATGAGATGTTGTATAACAATTTGAAACCAGATGTTGTTACTTACAATGCACTACTATATGGATTTTGCATTGAAGGTAGCTTGTTGGAGGCTATCGAACTTCGTGATGAAATGGTGCAGAAAGGTATTTTGCCTAATGTGATCACTTACAATACT
CTTGTGCATGGCTTCTGCATGGCAGGTCAAATGCAGGAAGTAACCAATCTGTTGGATGAAATGATAGGGAAGGGAGTGGAACCAGATCGCATCACTTACACTACTGCAATTTGGGCTCACTGCAAAGCTGGCAATATGCATGAAGCACATAGGATCCAGAAGGAAATGATAGAAAGAATATCAGAGTAAATGAAGGCACA
GGAGAGGATTGGGACCTCACTGCATTGCTTACATTGCTATAATTATGGGTCACTGCAAAGCTGGCAATATGCATGGAGTGTACAGGATTCAGAAGGAAATTACAGAAAGAATATCATGGAGTATATGAAGGCACAGGAGAGTATTGTGAGCTCACAGCATTCTTTACATTGCTGCAATTACCGGTCAATGGAAAGCTGGC
TATACAATTCAGAAACAAATGGCAGAAAGACTATCATGGAGTAAATGAATGCACATAAGGGTGTTGGAACTAGATCACATCACTTACTCTATTGCAATTAATGGTCTCTGCAAAGATGGCAACGTGCATGAGATTCTCACACTCTAAAAAAGATGGCAGAAAGCTTATCTCAGAGAATGAAGGTACACAATGTGGAAAGT
TCAACGAAAAGAGTGCTGTTTTTCATGGATCAGGTTATTTTTGAAGTGCTTGAAATCAAGATAATTTAGAATGCTCAATGAATATTCTATTCCAAGGGTGCTTTTTTCTGCTGGATGTGGTCTTTTATCAGTCACCAGTGGTGTCTTCCTAGAAAAGACCCGTTGTGCTCAAAATCAAAGTATACAGGGATGCCTCAGTA
TATAGTAACGTTTGGATCTGGAAGGTTGCTATTTATTTTCTTATTTTTCGCAAGTGACAAACTCTTTTTGCCCTCAACACTGCACAGCTTTGATTCGCATCTGTCTCCCATTGTCAATAAAGCAATTTTTCCCTATCATGCAAATGTGGGAGTAGATTGATTAACAGAGGGACTTCTGACACAAGTCTTCTTACTTGTCA
GTACTGGTCTTGTTTCAATAATCTGCAAGAGCAATTCTCACTGAAAGATCATAATTACAGTCACTTGGGATGGCAGCATGGGCCTATAGCCATCCTTTGCTTGTGCCATTAAGGCTTATTCTTTGAAGGTGAACACGACTGTAGCCCTGGAATTAGAGCGAAAATGCATTCGCTCCCAATTTCCAAATATATGTTTCTAT
GAAAGAACTAATTTGATGAAAAACAAGGGAAGATCTGAGAGATATAAGCCTAAAGCAAACATTGGATAACAAAGGTTGCAGGGTCAAACAAAGATTGAGATGTACTTGACGTTTCAACATCTATTTCCAAATATTCAAAGGAAGGGTGAAAATACTTGATTCAATAAAAGTTGAAATGTTGTCAGTACATTCTCTTGTCC
TAAATATGATTAATGTTATTAGTATGGATGCTTTCACAGAGAAATAACAGTGAATCATTTTCTCAATCATGTTGTAGTGTTCATTTTATTGCCATTTTCTTGGTTTTGGTGTATACGTTATTTATTCTTAACCCTTAAAATTATTGGGGTTGATGCTTTTGGTTGGTTATGCAATGGAGGAAGCAAGTGTGGTGGGATCA
TGTCCTCACTAGTGTCCAGATGTCCTTTTAATTTTTGCATGCCGGTCTGAGTTGTCAACCTTGCCTATTCGACCTTAAGCCATTGTTGGTTGAATGTTACTTTCTTGTTCTCCTTGCATATCAACCTTAGGATTACTATTTGATAATCTTCGTCACATTGTCTGAGAGAAGCATATTTAATATCTTCTTTTCTTTTTTCA
ACTCCCTATCTTTGGCTTTGCAAAAGTCCTGTTTCCTCTTGTAGATTGTTTTGGGTACTGCTAAGCATTCCTTTTCACATACCTTTTATTATCTCACTATCCACCATTTATTAGGGTTACGAATTCATTGAAAGTTTCAGTTTGATCTTGCTATTAGCTGTTGTGTGCATCTAGCCAAGGCTATCAACGAGGGGTATGAT
ACACTTAGGTCATGGATAGAGACCTTGCTAAGAAGGGTTTCTAGGGCTCAATAAGCAAGTGCTTGCGACAATCTTGGTTTGATATGAATGTGGAATGCTTTGGTTCCTTAATGCTTGTTGAGATAATGTGGAGCTAATGCCGTTGGTTAAGGCTTGCCTCTCCTTAGGGCATGCAATTGTGAGCTGCTCAACTTTTCCTC
ATCTTAGAGAAGATGCTTTTGAGCATGCCTTGGGTCATTGGAAATGAAGGCAGAGTAAATGACAGAATATTACAGAAAGAAACGACAAAAAGAATATTACAGAGTAGATGAAGGCACAGGAGAGGATTGGGACCTCACCACATTGCTTACGTTGCTATAATTATGGGTCACTGCAAAGCTGGCAATATGCATGAAGCGTA
TAGGATTCAGAAAGAAATGACAGAAAAAATATCAGAGAGTAAATTAAGGCAGAGGAGAGGATTGGGACCTCAATTCATTGACTACATTGCTGTAATTACTGGTCACTGCCAAGCTGGCTATACGATTTAGAAAAAATGACAGAAAGAATATCACAGAGTTAATGAATGCACAGAAAGGGATTGGAACTAGATGACATCAC
TACTCTATTGCAATTAATGGTCACTGCAAAGATGGCAACATGCACAAAATTCTCACACTCAAATAGAATGGCAGGAATGAAAGTACACAAGGTGGAAGGTCCACTGAAAAATGTGCTGTTTTTCATGGATCAGGTCTTTTCTGGAGAGCTTGAAAATGCTTAATCAATATTCCATTGCATGGGTGCTTTTTCTGTCGGAT
GTGGTCTTGTATCAGTCAACAGTGGTGGCTGCCCAGAATAGACCTGTTGTGCTCAAAATCAAAGTATAGAGGGGATGCCACATAATAATGCTTGGATATGGAAGGTTGGTATTCTCATATTCGCACAAGTAACAAAATCTTTTTGTCCTTTTCCACTGCAGATTTGATTTGCATCTGTCTCAGTGTCCAGAAATAAATTT
TGCCCTATCCTGAAAATGAGAGAGTAGATTGATCAACAGAGGGACTTCTGACACAGTTCTTGTTACTTGTCAATACTGGTGTTGTTTTAATAATCAGCAAGAGCAATTCTTACTGAAAGACCATAATTACAGACTTTTTCACTCTTAATTGTTGCATGGGCCTATAGCCATCCTTCTTTGCTTGTGCCATTAAGGCTTAT
TGCTTTGAAGGTGGACATGAGTGTAGCCCTGGAATTAGAGGGAAAATGCATTCACTCCCGATTTCCAAGTATAGGTTTGTACGAAAGAACTTATTTGATGAAAATCCAGGGAACAAAGGATGCAGGGTCAAACATCGATTGAGATGTACTTGACATTTGAACAACCTATCTCCAAATTTTCAAAAGGAAGGTTGTAAATA
CTTGAT
>TRINITY_DN114536_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:GACAAAACCATGGGCTAACCGTGAATCCTTGAAGAGCTAACCGTTCCCCCACAATTAAAATGACACACCAGAGCTCAGCTATCTTCGTCATCCACGACAAACTCCTACCTCTATGCAGAACTTCGTTTCAAGTCTACTAAAAAATCGCCTTTAACAAGAATGAAGATCCACTGGCTTTCAATACAAGTTACCCGGGCCAG
GGTTTCATCAGTGGCGGGGCTGAGCACAAGGCTGAGATCCGACTTGTCCGGAAACAGAAACCCACTAGAAGAATCGCGCGACGAAGACGATGCATTTGTAAACACCCTCTGCGATTTGGTGAGGGGAAAAGAAAGCTGGAAATATTCATTGTCGAACAACAGAATGCTGGACAGATTGGCGTCCAACCATGTAGAGAAAG
TTCTGCTAAAATCAAGCGACGATCCCAGgttatctcttaggttttttaattggctagggttacatcagggttttaaacatagtactcgaagttattgcattctcgttcacattttagctcgagctaagttgcactggccttgttcctctgttattcagagcttgcttcagcaggttccaaactctagggaaatatttgaa
accctagtttcgacctctgaaccttttggtttttcttctttggcatttgatttactaattcaagcgcatcttcagGCAATGATGACTTTGCGTGGTCTCGAGGTGTTTAATTTGATGAGGAAATTGAATTTAATGCCCTCATTGAGGTCTTGTCATGGAATTTTGGATGGACTAGTGAAGGTTTATAAGTTTGAGACTGC
ATGGGAGGTTTATGGAGTTATGCTTCAATCTGGGATTATCCCGGATCTATTTATTTACAATACCATGATACTTGCCTGCTGCAAGGAAGAGAAAATGGAGAAGGCAAACGGATTGATTGTTGAAATGGAAGAAGGAGGTTTGAGTCCTAGCATCGTGACTTATAATATATTGATTCATGGGTTGTGCAGAAGTGAGAGGA
TTGGTGAGGCTTTTGAGGTCAAGAGTAAGGTTATGAAGAAGGGCTTGAGGCCAAATGTTATTACTTATAGTACCCTTATTCAAGGCTTTTGTAAGGTTGGCAAGATCAGCGAGGCAGGTGACTTATTGAAGGAAATGCAGGAAATAGGTTTAGTTCCAAATGAGATTACTTATACGACGTTAGTTGATGGGTTCTGTAGG
GTGGGGAAGACTGGGGAGGCTTTTGACTTGGTGGAACGTGGAGTTGTGCAGAATGCTTTTACTATCAATGCACTTATTAAGGGTCTCTGCAAGGAAGGGAAGTTGGAGGAGGCGAAGGTTCTGTTGAAGAAAATGGGGAAAGGGGGCTTGTCACCCAATGATGTTACTTACAGCATTCTGATTGATAGATTCTGTAAGGC
AGCACGTTTAAGAGAAGCTTTTGACTTGCGAGATGAAATGTTGAAGAGAGGTATCGTGGCAAGTGTGTTCACTTATGGTGCTTTAATTCATGGCTGCTGCAAGGCGGGGCAAATGGAAGAGGCAAATGCTTTGTTTAAGGAAATGTTGGAGAAGGGCTTGGCACCAAATTGTATCACCTACACTACATTGATAAGTGGGC
ATTGCAGGCAAGGAAATTTTGAAGAAGCATTTATGCTCCGGGATGAAATGTTGGAGAGAGGTATTGCCCCAGACACTGTTACGTACACTGCAATTATCAGTGGTCTTTGTCAGGCAAATAAAATGGCTGAGGCAAATACCGTTTTGAATGAAATGCGGGAACGAGGCTTGTTACCAAATTTAGTTACCTACAATGCAATG
ATTGATGGTCATTGCAAGGAAGGTAATATAGTAAAAGCCTTTGAGCTACGAGATGAACTGGTGGATAAGGGCATGGTTATGGACGTTTATACATACAATGCACTTATCAATGGCCTATGCAAGGCAGGCAGAACGCAGGAAGCCAGGGATCTAATGAAGGAAATGCTTGGAAAGCATTTGAAGCCCAACGAGTTTTGTTA
CAGCTCTCTTATTAGTGGATATTGTAATGAAGGAAACATAGAGGAAGCTTTTAACATTTACAATGAAATTGTGAAGAAAGGAATTGAGCCAGATATTGTAACCTACAGTGTGCTTATTCATGGTCTGTGTAAGGCAGGCAAAATGCAGGCCTCACATGCACTTCTGAATGAAGTGCCGGATAAGGGATTGATCCCTGACA
ATGTTACATTTACCACACTGATTGATGGATACTGCAAGCAAGGAAACAGCTCAGAAGCATTTAAGTTGTACGATCAAATGGTTGATAAAGGTTGTGCCCCAAATGTTGTGACCTATACCTCACTTATCAGTGGCATGTGCAAAGCAGGTAAAACAGAAGAGGCTGGCATACTTTTAAAAGAAATGTCCAGTAAGGATTTA
GTACCAAATGAACTAACTTACAGTGTATTAATCTATGGACACGTCAATATAAGGGATATGGAGGGTGCTTTCAAGGTGTGTGATGAAATGGTGAAAGCCGGATTTATGCCCAATGTTGTCATATACAATACTTTAATCTTGGGTCTCTGTAAGACTGGGAGGATGTCAGAAGCTATTGGATTATTCGAAGAGATGCAGAA
TAATAGTTTGTTACCCGATGATGTTACTTATACCACACTTATTGATGGATACTGCAAGAAGGGTGATTTGCTGGAAGCTTTCAAATGGTGGGATGAGATGTTGTATAACAATTTGAAACCAGATGTTGTTACTTACAATGCACTACTATATGGATTTTGCATTGAAGGTAGCTTGTTGGAGGCTATCGAACTTCGTGATG
AAATGGTGCAGAAAGGTATTTTGCCTAATGTGATCACTTACAATACTCTTGTGCATGGCTTCTGCATGGCAGGTCAAATGCAGGAAGTAACCAATCTGTTGGATGAAATGATAGGGAAGGGAGTGGAACCAGATCGCATCACTTACACTACTGCAATTTGGGCTCACTGCAAAGCTGGCAATATGCATGAAGCACATAGG
ATCCAGAAGGAAATGATAGAAAGAATATCAGAGTAAATGAAGGCACAGGAGAGGATTGGGACCTCACTGCATTGCTTACATTGCTATAATTATGGGTCACTGCAAAGCTGGCAATATGCATGGAGTGTACAGGATTCAGAAGGAAATTACAGAAAGAATATCATGGAGTATATGAAGGCACAGGAGAGTATTGTGAGCTC
ACAGCATTCTTTACATTGCTGCAATTACCGGTCAATGGAAAGCTGGCTATACAATTCAGAAACAAATGGCAGAAAGACTATCATGGAGTAAATGAATGCACATAAGGGTGTTGGAACTAGATCACATCACTTACTCTATTGCAATTAATGGTCTCTGCAAAGATGGCAACGTGCATGAGATTCTCACACTCTAAAAAAGA
TGGCAGAAAGCTTATCTCAGAGAATGAAGGTACACAATGTGGAAAGTTCAACGAAAAGAGTGCTGTTTTTCATGGATCAGGTTATTTTTGAAGTGCTTGAAATCAAGATAATTTAGAATGCTCAATGAATATTCTATTCCAAGGGTGCTTTTTTCTGCTGGATGTGGTCTTTTATCAGTCACCAGTGGTGTCTTCCTAGA
AAAGACCCGTTGTGCTCAAAATCAAAGTATACAGGGATGCCTCAGTATATAGTAACGTTTGGATCTGGAAGGTTGCTATTTATTTTCTTATTTTTCGCAAGTGACAAACTCTTTTTGCCCTCAACACTGCACAGCTTTGATTCGCATCTGTCTCCCATTGTCAATAAAGCAATTTTTCCCTATCATGCAAATGTGGGAGT
AGATTGATTAACAGAGGGACTTCTGACACAAGTCTTCTTACTTGTCAGTACTGGTCTTGTTTCAATAATCTGCAAGAGCAATTCTCACTGAAAGATCATAATTACAGTCACTTGGGATGGCAGCATGGGCCTATAGCCATCCTTTGCTTGTGCCATTAAGGCTTATTCTTTGAAGGTGAACACGACTGTAGCCCTGGAAT
TAGAGCGAAAATGCATTCGCTCCCAATTTCCAAATATATGTTTCTATGAAAGAACTAATTTGATGAAAAACAAGGGAAGATCTGAGAGATATAAGCCTAAAGCAAACATTGGATAACAAAGGTTGCAGGGTCAAACAAAGATTGAGATGTACTTGACGTTTCAACATCTATTTCCAAATATTCAAAGGAAGGGTGAAAAT
ACTTGATTCAATAAAAGTTGAAATGTTGTCAGTACATTCTCTTGTCCTAAATATGATTAATGTTATTAGTATGGATGCTTTCACAGAGAAATAACAGTGAATCATTTTCTCAATCATGTTGTAGTGTTCATTTTATTGCCATTTTCTTGGTTTTGGTGTATACGTTATTTATTCTTAACCCTTAAAATTATTGGGGTTGA
TGCTTTTGGTTGGTTATGCAATGGAGGAAGCAAGTGTGGTGGGATCATGTCCTCACTAGTGTCCAGATGTCCTTTTAATTTTTGCATGCCGGTCTGAGTTGTCAACCTTGCCTATTCGACCTTAAGCCATTGTTGGTTGAATGTTACTTTCTTGTTCTCCTTGCATATCAACCTTAGGATTACTATTTGATAATCTTCGT
CACATTGTCTGAGAGAAGCATATTTAATATCTTCTTTTCTTTTTTCAACTCCCTATCTTTGGCTTTGCAAAAGTCCTGTTTCCTCTTGTAGATTGTTTTGGGTACTGCTAAGCATTCCTTTTCACATACCTTTTATTATCTCACTATCCACCATTTATTAGGGTTACGAATTCATTGAAAGTTTCAGTTTGATCTTGCTA
TTAGCTGTTGTGTGCATCTAGCCAAGGCTATCAACGAGGGGTATGATACACTTAGGTCATGGATAGAGACCTTGCTAAGAAGGGTTTCTAGGGCTCAATAAGCAAGTGCTTGCGACAATCTTGGTTTGATATGAATGTGGAATGCTTTGGTTCCTTAATGCTTGTTGAGATAATGTGGAGCTAATGCCGTTGGTTAAGGC
TTGCCTCTCCTTAGGGCATGCAATTGTGAGCTGCTCAACTTTTCCTCATCTTAGAGAAGATGCTTTTGAGCATGCCTTGGGTCATTGGAAATGAAGGCAGAGTAAATGACAGAATATTACAGAAAGAAACGACAAAAAGAATATTACAGAGTAGATGAAGGCACAGGAGAGGATTGGGACCTCACCACATTGCTTACGTT
GCTATAATTATGGGTCACTGCAAAGCTGGCAATATGCATGAAGCGTATAGGATTCAGAAAGAAATGACAGAAAAAATATCAGAGAGTAAATTAAGGCAGAGGAGAGGATTGGGACCTCAATTCATTGACTACATTGCTGTAATTACTGGTCACTGCCAAGCTGGCTATACGATTTAGAAAAAATGACAGAAAGAATATCA
CAGAGTTAATGAATGCACAGAAAGGGATTGGAACTAGATGACATCACTACTCTATTGCAATTAATGGTCACTGCAAAGATGGCAACATGCACAAAATTCTCACACTCAAATAGAATGGCAGGAATGAAAGTACACAAGGTGGAAGGTCCACTGAAAAATGTGCTGTTTTTCATGGATCAGGTCTTTTCTGGAGAGCTTGA
AAATGCTTAATCAATATTCCATTGCATGGGTGCTTTTTCTGTCGGATGTGGTCTTGTATCAGTCAACAGTGGTGGCTGCCCAGAATAGACCTGTTGTGCTCAAAATCAAAGTATAGAGGGGATGCCACATAATAATGCTTGGATATGGAAGGTTGGTATTCTCATATTCGCACAAGTAACAAAATCTTTTTGTCCTTTTC
CACTGCAGATTTGATTTGCATCTGTCTCAGTGTCCAGAAATAAATTTTGCCCTATCCTGAAAATGAGAGAGTAGATTGATCAACAGAGGGACTTCTGACACAGTTCTTGTTACTTGTCAATACTGGTGTTGTTTTAATAATCAGCAAGAGCAATTCTTACTGAAAGACCATAATTACAGACTTTTTCACTCTTAATTGTT
GCATGGGCCTATAGCCATCCTTCTTTGCTTGTGCCATTAAGGCTTATTGCTTTGAAGGTGGACATGAGTGTAGCCCTGGAATTAGAGGGAAAATGCATTCACTCCCGATTTCCAAGTATAGGTTTGTACGAAAGAACTTATTTGATGAAAATCCAGGGAACAAAGGATGCAGGGTCAAACATCGATTGAGATGTACTTGA
CATTTGAACAACCTATCTCCAAATTTTCAAAAGGAAGGTTGTAAATACTTGAT
Intron 2 GCACAGGAGA ... GTAAATTAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 77.27 | 10 | 44 | 24 |
| A2 | 93.22 | 2 | 20 | 35 |
| A3 | 92.11 | 3 | 25 | 45 |
| A4 | 78.67 | 8 | 24 | 35 |
| A5 | 86.67 | 1 | 10 | 3 |
| A6 | 70.67 | 11 | 23 | 30 |
| A7 | 81.21 | 14 | 72 | 49 |
| A8 | 61.54 | 20 | 30 | 34 |
| A9 | 78.38 | 12 | 44 | 43 |
| A10 | 68.35 | 25 | 56 | 52 |
>TRINITY_DN46880_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoformCGACAAACTCCTACCTCTATGCAGAACTTCGTTTCAAGTCTACTAAAAAATCGCCTTTAACAAGAATGAAGATCCACTGGCTTTCAATACAAGTTACCCGGGCCAGGGTTTCATCAGTGGCGGGGCTGAGCACAAGGCTGAGATCCGACTTGTCCGGAAACAGAAACCCACTAGAAGAATCGCGCGACGAAGACGATGCA
TTTGTAAACACCCTCTGCGATTTGGTGAGGGGAAAAGAAAGCTGGAAATATTCATTGTCGAACAACAGAATGCTGGACAGATTGGCGTCCAACCATGTAGAGAAAGTTCTGCTAAAATCAAGCGACGATCCCAGGTTATCTCTTAGGTTTTTTAATTGGCTAGGGTTACATCAGGGTTTTAAACATAGTACTCGAAGTTA
TTGCATTCTCGTTCACATTTTAGCTCGAGCTAAGTTGCACTGGCCTTGTTCCTCTGTTATTCAGAGCTTGCTTCAGCAGGTTCCAAACTCTAGGGAAATATTTGAAACCCTAGTTTCGACCTCTGAACCTTTTGGTTTTTCTTCTTTGGCATTTGATTTACTAATTCAAGCGCATCTTCAGGCAATGATGACTTTGCGTG
GTCTCGAGGTGTTTAATTTGATGAGGAAATTGAATTTAATGCCCTCATTGAGGTCTTGTCATGGAATTTTGGATGGACTAGTGAAGGTTTATAAGTTTGAGACTGCATGGGAGGTTTATGGAGTTATGCTTCAATCTGGGATTATCCCGGATCTATTTATTTACAATACCATGATACTTGCCTGCTGCAAGGAAGAGAAA
ATGGAGAAGGCAAACGGATTGATTGTTGAAATGGAAGAAGGAGGTTTGAGTCCTAGCATCGTGACTTATAATATATTGATTCATGGGTTGTGCAGAAGTGAGAGGATTGGTGAGGCTTTTGAGGTCAAGAGTAAGGTTATGAAGAAGGGCTTGAGGCCAAATGTTATTACTTATAGTACCCTTATTCAAGGCTTTTGTAA
GGTTGGCAAGATCAGCGAGGCAGGTGACTTATTGAAGGAAATGCAGGAAATAGGTTTAGTTCCAAATGAGATTACTTATACGACGTTAGTTGATGGGTTCTGTAGGGTGGGGAAGACTGGGGAGGCTTTTGACTTGGTGGAACGTGGAGTTGTGCAGAATGCTTTTACTATCAATGCACTTATTAAGGGTCTCTGCAAGG
AAGGGAAGTTGGAGGAGGCGAAGGTTCTGTTGAAGAAAATGGGGAAAGGGGGCTTGTCACCCAATGATGTTACTTACAGCATTCTGATTGATAGATTCTGTAAGGCAGCACGTTTAAGAGAAGCTTTTGACTTGCGAGATGAAATGTTGAAGAGAGGTATCGTGGCAAGTGTGTTCACTTATGGTGCTTTAATTCATGGC
TGCTGCAAGGCGGGGCAAATGGAAGAGGCAAATGCTTTGTTTAAGGAAATGTTGGAGAAGGGCTTGGCACCAAATTGTATCACCTACACTACATTGATAAGTGGGCATTGCAGGCAAGGAAATTTTGAAGAAGCATTTATGCTCCGGGATGAAATGTTGGAGAGAGGTATTGCCCCAGACACTGTTACGTACACTGCAAT
TATCAGTGGTCTTTGTCAGGCAAATAAAATGGCTGAGGCAAATACCGTTTTGAATGAAATGCGGGAACGAGGCTTGTTACCAAATTTAGTTACCTACAATGCAATGATTGATGGTCATTGCAAGGAAGGTAATATAGTAAAAGCCTTTGAGCTACGAGATGAACTGGTGGATAAGGGCATGGTTATGGACGTTTATACAT
ACAATGCACTTATCAATGGCCTATGCAAGGCAGGCAGAACGCAGGAAGCCAGGGATCTAATGAAGGAAATGCTTGGAAAGCATTTGAAGCCCAACGAGTTTTGTTACAGCTCTCTTATTAGTGGATATTGTAATGAAGGAAACATAGAGGAAGCTTTTAACATTTACAATGAAATTGTGAAGAAAGGAATTGAGCCAGAT
ATTGTAACCTACAGTGTGCTTATTCATGGTCTGTGTAAGGCAGGCAAAATGCAGGCCTCACATGCACTTCTGAATGAAGTGCCGGATAAGGGATTGATCCCTGACAATGTTACATTTACCACACTGATTGATGGATACTGCAAGCAAGGAAACAGCTCAGAAGCATTTAAGTTGTACGATCAAATGGTTGATAAAGGTTG
TGCCCCAAATGTTGTGACCTATACCTCACTTATCAGTGGCATGTGCAAAGCAGGTAAAACAGAAGAGGCTGGCATACTTTTAAAAGAAATGTCCAGTAAGGATTTAGTACCAAATGAACTAACTTACAGTGTATTAATCTATGGACACGTCAATATAAGGGATATGGAGGGTGCTTTCAAGGTGTGTGATGAAATGGTGA
AAGCCGGATTTATGCCCAATGTTGTCATATACAATACTTTAATCTTGGGTCTCTGTAAGACTGGGAGGATGTCAGAAGCTATTGGATTATTCGAAGAGATGCAGAATAATAGTTTGTTACCCGATGATGTTACTTATACCACACTTATTGATGGATACTGCAAGAAGGGTGATTTGCTGGAAGCTTTCAAATGGTGGGAT
GAGATGTTGTATAACAATTTGAAACCAGATGTTGTTACTTACAATGCACTACTATATGGATTTTGCATTGAAGGTAGCTTGTTGGAGGCTATCGAACTTCGTGATGAAATGGTGCAGAAAGGTATTTTGCCTAATGTGATCACTTACAATACTCTTGTGCATGGCTTCTGCATGGCAGGTCAAATGCAGGAAGTAACCAA
TCTGTTGGATGAAATGATAGGGAAGGGAGTGGAACCAGATCGCATCACTTACACTACTGCAATTTGGGCTCACTGCAAAGCTGGCAATATGCATGAAGCACATAGGATCCAGAAGGAAATGATAGAAAGAATATCAGAGTAAATGAAGGCACAGGAGAGGATTGGGACCTCACTGCATTGCTTACATTGCTATAATTATG
GGTCACTGCAAAGCTGGCAATATGCATGGAGTGTACAGGATTCAGAAGGAAATTACAGAAAGAATATCATGGAGTATATGAAGGCACAGGAGAGTATTGTGAGCTCACAGCATTCTTTACATTGCTGCAATTACCGGTCAATGGAAAGCTGGCTATACAATTCAGAAACAAATGGCAGAAAGACTATCATGGAGTAAATG
AATGCACATAAGGGTGTTGGAACTAGATCACATCACTTACTCTATTGCAATTAATGGTCTCTGCAAAGATGGCAACGTGCATGAGATTCTCACACTCTAAAAAAGATGGCAGAAAGCTTATCTCAGAGAATGAAGGTACACAATGTGGAAAGTTCAACGAAAAGAGTGCTGTTTTTCATGGATCAGGTTATTTTTGAAGT
GCTTGAAATCAAGATAATTTAGAATGCTCAATGAATATTCTATTCCAAGGGTGCTTTTTTCTGCTGGATGTGGTCTTTTATCAGTCACCAGTGGTGTCTTCCTAGAAAAGACCCGTTGTGCTCAAAATCAAAGTATACAGGGATGCCTCAGTATATAGTAACGTTTGGATCTGGAAGGTTGCTATTTATTTTCTTATTTT
TCGCAAGTAACAAACTCTTTTTGCCCTCAACACTGCACAGCTTTGATTCGCATCTGTCTCCCATTGTCAATAAAGCAATTTTTCCCTATCATGCAAATGTGGGAGTAGATTGATTAACAGAGGGACTTCTGACACAAGTCTTCTTACTTGTCAGTACTGGTCTTGTTTCAATAATCTGCAAGAGCAATTCTCACTGAAAG
ATCATAATTACAGTCACTTGGGATGGCAGCATGGGCCTATAGCCATCCTTTGCTTGTGCCATTAAGGCTTATTCTTTGAAGGTGAACACGACTGTAGCCCTGGAATTAGAGCGAAAATGCATTCGCTCCCAATTTCCAAATATATGTTTCTATGAAAGAACTAATTTGATGAAAAACAAGGGAAGATCTGAGAGATATAA
GCCTAAAGCAAACATTGGATAACAAAGGTTGCAGGGTCAAACAAAGATTGAGATGTACTTGACGTTTCAACATCTATTTCCAAATATTCAAAGGAAGGGTGAAAATACTTGATTCAATAAAAGTTGAAATGTTGTCAGTACATTCTCTTGTCCTAAATATGATTAATGTTATTAGTATGGATGCTTTCACAGAGAAATAA
CAGTGAATCATTTTCTCAATCATGTTGTAGTGTTCATTTTATTGCCATTTTCTTGGTTTTGGTGTATACGTTATTTATTCTTAACCCTTAAAATTATTGGGGTTGATGCTTTTGGTTGGTTATGCAATGGAGGAAGCAAGTGTGGTGGGATCATGTCCTCACTAGTGTCCAGATGTCCTTTTAATTTTTGCATGCCGGTC
TGAGTTGTCAACCTTGCCTATTCGACCTTAAGCCATTGTTGGTTGAATGTTACTTTCTTGTTCTCCTTGCATATCAACCTTAGGATTACTATTTGATAATCTTCGTCACATTGTCTGAGAGAAGCATATTTAATATCTTCTTTTCTTTTTTCAACTCCCTATCTTTGGCTTTGCAAAAGTCCTGTTTCCTCTTGTAGATT
GTTTTGGGTACTGCTAAGCATTCCTTTTCACATACCTTTTATTATCTCACTATCCACCATTTATTAGGGTTACGAATTCATTGAAAGTTTCAGTTTGATCTTGCTATTAGCTGTTGTGTGCATCTAGCCAAGGCTATCAACGAGGGGTATGATACACTTAGGTCATGGATAGAGACCTTGCTAAGAAGGGTTTCTAGGGC
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>TRINITY_DN46880_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:CGACAAACTCCTACCTCTATGCAGAACTTCGTTTCAAGTCTACTAAAAAATCGCCTTTAACAAGAATGAAGATCCACTGGCTTTCAATACAAGTTACCCGGGCCAGGGTTTCATCAGTGGCGGGGCTGAGCACAAGGCTGAGATCCGACTTGTCCGGAAACAGAAACCCACTAGAAGAATCGCGCGACGAAGACGATGCA
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