sp|P25209|NFYB_MAIZE ----> Nuclear transcription factor Y subunit B

Intron 1 GTGTGTTTGA ... ATCGAATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	63.92	64.8	114.5	56
A2	65.79	57.8	97.3	48.3
A3	64.37	56.8	87.3	47.8
A4	66.27	29.8	51	29.3
A5	60.56	21.3	42	25
A6	58.3	317	514.8	268.3
A7	65.29	199.3	386	222.3
A8	64.45	205.8	403	241
A9	63.3	207.5	379.3	206.3
A10	65.12	144	280	158.8

>TRINITY_DN135675_c1_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoform

GCTGTGTCTGCCGTGGGCCAACGTCGCCATAATAATGAATAAAGCGTTGGTGCAGCAGGGCGTGACGTGCGTTGGTGCAGCGGTGGCCCAAGATTTGAGGGAGCCGATGTAGCAGTGCCTTAAAAAATTCATCCGTTTTATCAGCCATGTGGCGTAGACTAAGAGCGTCTCAGACAACCGCAAGTCTATTGGCGGCGATG
ATTTGTTATGGGCACTGCAAGCTTTTGGTTTGAATTCTGAAAACATTGACTCTACCTCGTCAGCACGCGG

>TRINITY_DN135675_c1_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCTGTGTCTGCCGTGGGCCAACGTCGCCATAATAATGAATAAAGCGTTGGTGCAGCAGGGCGTGACGTGCGTTGGTGCAGCGGTGGCCCAAGATTTGAGGGAGCCGATGTAGCAGTGCCTTAAAAAATTCATCCGTTTTATCAGCCATGTGGCGTAGACTAAGAGCGTCTCAGACAACCGCAAGTCTATTGGCGGCGATG
ATTTGTTATGGGCACTGCAAGCTTTTGGTTTGAATTCTGAAAACATTGgtgtgtttgaattctgattatcgaattagACTCTACCTCGTCAGCACGCGGATTGCCGGAGTTTTAAGCTCGTCGTTGTAGGCAATGGAGGAACAGGTGCGATATAAATAGGG

Intron 2 GTATTCATCC ... ACCTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	72.94	49.9	132.5	32
A2	75.75	41.4	128.1	47
A3	82.13	28.8	130.5	39
A4	78.51	28.5	102.3	17
A5	70.01	39.8	92.1	19
A6	79.82	536.9	2088.5	590.5
A7	79.19	254.5	939	287
A8	81.09	262.1	1091.1	381.1
A9	80.22	267.9	1049.1	304.4
A10	80.5	108.5	438.5	136.1

>TRINITY_DN135675_c1_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoform

ATTATGTTAGTTTGTTAGATTCTCAAGTTCTAGACCTTGTTATTAATTAATAAGTTCATAATGCGCAGTTGGTATAAGGCATTGATATTATTATATTATGTTAGTTTGTTAGATTCTCAAGTTCTAGACCTTGTTATTAATTAATAAGTTCATAATGCGCAGTTGGTGTAAGGCATTCATATTATTATATTATGTTAGTT
TGTTAGATTCTTCGATTTCAAGTTCTGTTAGTCTGTTTGATTCCTCGATTTCAAATTCTATGTGTTATATATATTTTTCAATTTTAAATTCTATTTTGTAGATTAGATTTCTCAAGTTCTAAGTTTATGTCTATTTTGTTAGTTTGCTAGATTTCTCGATTTCAAGTTCAGTTAGTCTGTTTGATTTCTCAATTCCAAAT
TTTTCAATTTAAAATTCTCTTTTAATAATTAGATTTCTGAATTTCAGTAATTTTATGTCTATTTTGTTTCATTTCTCGATTCCGAGTTCTGTAACTCTGTTTCATTTCTCCATTCCAACTTCTATTTGTTATTTATATTTTTCAATTTCAAATTCTATTTTCTTAGTTAAATTTCTCAATTTCAATAGTTTTATGTCTAT
TTTGTTAGTTTGTTAGATTTCCCGATTTCAAATTCCGTTAGTTTGTTAGATTTTTTCAAATTCTGTTTTGTTAATTTGTTAGATTTCTCGATTTCAAATTTTGTTAGTTTGTTAGATTTTTTGAAATTCTGTTTGTGGATTACAAATTCTCAATTTCAAATTGTCTTTGTTAACTAGATTTCTCATTAGTTTTCTGTAGG
TGAGAATCGCCATTCTGTCTGTTCGTTGGATTTCTCAATTGCAATGGCCGATGGGAACTGCTCCGGATCAACTGAACAGAAGAACAACCCCAATGAGGAGCTGTGTCTGCCGTAGAACAACATCATCATGATAATGAAGAAAGGGTTGGTGCAGCAGGGCGTGAGGTGCGCGGTGGCGCAAGATTTGAGCGAGCCGATGC
AGCAGTGCCTTAAAGAGTTCATCCGTTTTATCAACCATGTGGCGTGGAGTAAGAGCGTCTCAGACAACCGCAAGTCTATTGGCGGCGATGATTTGTTATGGGCACTGGAAGCTGCTGGGTTTACGGACTACATCGCTCCTCTAAGAAAGTATTTACAGAAAGAAGCTGCTCGTGCGCAGACATTCAATCACGAGCAGCTT
AGTTAAAATGGGATTGGATTGCCTTATTTTTGGTAAAAGGAAAGTATACGACATTTAAATTTTTGTAAGACAATAATTTCAATTCTTGAGTATTTTCATCTCGCTGCATTTGTTTCGAGGACACCGCTCTGTTGCACCAGAATTCGTTTCAACATCATATCAGTACATTGTTATGCTTCCAGAGAATTTAGGTGCTTGTT
AAATATTACATGGATGGGATATACCTTAATGTATAATCTTGAATCTCACTTGTTTATGATATAACTATAAAAAAACACTGTAGAGTTATTCTGATGAATCTCACTTGCCACGAATTCAATATTTGTGAGGTTATTCTAGATTTCTTCAAGATTTTTCAGAAATGCTCGAACCCAACTTCTTTACCAATGTACCTCTATAC
CAAGAGGCTTAGATCCGACATCTGCAACAATGTTAAAGAACAGATTCTATAATTTCCAATTCCAATAGCTGTGTTTTTTCATTTCCCTTGTTACTTTCAATTCCCG

>TRINITY_DN135675_c1_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTATGTTAGTTTGTTAGATTCTCAAGTTCTAGACCTTGTTATTAATTAATAAGTTCATAATGCGCAGTTGGTATAAGGCATTGATATTATTATATTATGTTAGTTTGTTAGATTCTCAAGTTCTAGACCTTGTTATTAATTAATAAGTTCATAATGCGCAGTTGGTGTAAGGCATTCATATTATTATATTATGTTAGTT
TGTTAGATTCTTCGATTTCAAGTTCTGTTAGTCTGTTTGATTCCTCGATTTCAAATTCTATGTGTTATATATATTTTTCAATTTTAAATTCTATTTTGTAGATTAGATTTCTCAAGTTCTAAGTTTATGTCTATTTTGTTAGTTTGCTAGATTTCTCGATTTCAAGTTCAGTTAGTCTGTTTGATTTCTCAATTCCAAAT
TTTTCAATTTAAAATTCTCTTTTAATAATTAGATTTCTGAATTTCAGTAATTTTATGTCTATTTTGTTAGATTTCTCGATTCCAAGTTCTGTTAGTTTGTTTCGTTTGTTTCGTTTCTCGATTCCGAGTTCTGTAACTCTGTTTCATTTCTCCATTCCAACTTCTATTTGTTATTTATATTTTTCAATTTCAAATTCTAT
TTTCTTAGTTAAATTTCTCAATTTCAATAGTTTTATGTCTATTTTGTTAGTTTGTTAGATTTCCCGATTTCAAATTCCGTTAGTTTGTTAGATTTTTTCAAATTCTGTTTTGTTAATTTGTTAGATTTCTCGATTTCAAATTTTGTTAGTTTGTTAGATTTTTTGAAATTCTGTTTGTGGATTACAAATTCTCAATTTCA
AATTGTCTTTGTTAACTAGATTTCTCATTAGTTTTCTGTAGGTGAGAATCGCCATTCTGTCTGTTCGTTGGATTTCTCAATTGCAATGGCCGATGGGAACTGCTCCGGATCAACTGAACAGAAGAACAACCCCAATGAGGAGCTGTGTCTGCCGTAGAACAACATCATCATGATAATGAAGAAAGGGTTGGTGCAGCAGG
GCGTGAGGTGCGCGGTGGCGCAAGATTTGAGCGAGCCGATGCAGCAGTGCCTTAAAGAGTTCATCCGTTTTATCAACCATGTGGCGTGGAGTAAGAGCGTCTCAGACAACCGCAAGTCTATTGGCGGCGATGATTTGTTATGGGCACTGGAAGCTGCTGGGTTTACGGACTACATCGCTCCTCTAAGAAAGTATTTACAG
AAAGAAGCTGCTCGTGCGCAGACATTCAATCACGAGCAGCTTAGTTAAAATGGGATTGGATTGCCTTATTTTTGGTAAAAGGAAAGTATACGACATTTAAATTTTTGTAAGgtattcatcctctctaccaatattttctattttctggttggttaatcaatttttttgtaagatcttttaaagaggctcggatccaacct
ctgcaccaatgtccaagaacagattcttcaattttcaattgatccatagccgagtttaatcatgtaccttgttaccttttcagACAATAATTTCAATTCTTGAGTATTTTCATCTCGCTGCATTTGTTTCGAGGACACCGCTCTGTTGCACCAGAATTCGTTTCAACATCATATCAGTACATTGTTATGCTTCCAGAGAA
TTTAGGTGCTTGTTAAATATTACATGGATGGGATATACCTTAATGTATAATCTTGAATCTCACTTGTTTATGATATAACTATAAAAAAACACTGTAGAGTTATTCTGATGAATCTCACTTGCCACGAATTCAATATTTGTGAGGTTATTCTAGATTTCTTCAAGATTTTTCAGAAATGCTCGAACCCAACTTCTTTACCA
ATGTACCTCTATACCAAGAGGCTTAGATCCGACATCTGCAACAATGTTAAAGAACAGATTCTATAATTTCCAATTCCAATAGCTGTGTTTTTTCATTTCCCTTGTTACTTTCAATTCCCG

Intron 3 GTTAGATTTC ... TTTTGTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66	51	1	99
A2	58.71	83	0	118
A3	60.73	86	1	133
A4	65.63	55	0	105
A5	58.62	60	0	85
A6	58.26	675	11	942
A7	64.1	191	6	341
A8	63.92	188	8	333
A9	60.08	287	5	432
A10	62.68	131	4	220

>TRINITY_DN48146_c0_g3_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

GTTAAATTTCTCAATTTCAATAGTTTTATGTCTATTTTGTTAGTTGGTGAGCATTGCTATTCTGTCTGTAATTTGTTGGATTTCTCAACTGCAATGGCCGATAGGAACTGCTCCGGATCAACTGAACAGAAGAACAACCCCAATGAGGAACTGTGTCTGCCGTGGAACATCATCATGATAATGAAGAAAGGATTGGTGCA
GGTGCAGCAGGGCGTGAGGTGCGCGGTGGCGCAAGATTTGAGGGAGCCGATGTAGCAGTGCCTTAAAGAGTTCATCCGTTTTATCAGCCATGTGGCGTGGAGTAAGAGCGTCTCAGACAACCGCAAGTCTATTGGCGGCGATGATTTGTTATGGGCACTGCAAGCTACTGGTTTTACGGACTACATCGCTCCTCTCACAA
AGTATTTACAGAAATACAGGGAATCGGAGGAGCAGAAGAAAGAAGTTGCTCGTGCGCAGGAATATAATTTGATCAGGAAATATCTTAATTGAATCTCAAAACGATCAAAGGCATTCAATTTTTTTGTGATTAATTGAAATGGGATTGGATTGCCTTATTTTTGGTAAAAGGAAAATACAGGACATTTAAATTTTTCTAAG
GTTAATTCATCCTCTCTACAAATATTTTCTGTGAGGTTAATCAAATTTTTGTAAGATCTTTTAAAGAGGATCAGATCCAACCTATTCCCCCAATGCTCAAGAACAGATTCTTTAATTTTCAATTCCATAGCTGAGTTTTTTCATGTCCCTTGTTACCTTTTCACACAATAAAATAATTGCAATTCCTCAGG

>TRINITY_DN48146_c0_g3_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GTTAAATTTCTCAATTTCAATAGTTTTATGTCTATTTTGTTAGTTGgttagatttctcgattccaaattttgttagttttttttcaaattctgttagatttttggattacaaattcttaatttcaaattgtctttgttagttagatttctcaattccaatagttttgtgtagGTGAGCATTGCTATTCTGTCTGTAATTT
GTTGGATTTCTCAACTGCAATGGCCGATAGGAACTGCTCCGGATCAACTGAACAGAAGAACAACCCCAATGAGGAACTGTGTCTGCCGTGGAACATCATCATGATAATGAAGAAAGGATTGGTGCAGGTGCAGCAGGGCGTGAGGTGCGCGGTGGCGCAAGATTTGAGGGAGCCGATGTAGCAGTGCCTTAAAGAGTTCA
TCCGTTTTATCAGCCATGTGGCGTGGAGTAAGAGCGTCTCAGACAACCGCAAGTCTATTGGCGGCGATGATTTGTTATGGGCACTGCAAGCTACTGGTTTTACGGACTACATCGCTCCTCTCACAAAGTATTTACAGAAATACAGGGAATCGGAGGAGCAGAAGAAAGAAGTTGCTCGTGCGCAGGAATATAATTTGATC
AGGAAATATCTTAATTGAATCTCAAAACGATCAAAGGCATTCAATTTTTTTGTGATTAATTGAAATGGGATTGGATTGCCTTATTTTTGGTAAAAGGAAAATACAGGACATTTAAATTTTTCTAAGGTTAATTCATCCTCTCTACAAATATTTTCTGTGAGGTTAATCAAATTTTTGTAAGATCTTTTAAAGAGGATCAG
ATCCAACCTATTCCCCCAATGCTCAAGAACAGATTCTTTAATTTTCAATTCCATAGCTGAGTTTTTTCATGTCCCTTGTTACCTTTTCACACAATAAAATAATTGCAATTCCTCAGG