NA ----> NA

Intron 1 GTTCAGCAAT ... TCGAATCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	9.09	5	1	0
A2	0	2	0	0
A3	-1	0	0	0
A4	-1	0	0	0
A5	0	1	0	0
A6	30.23	15	1	12
A7	28	18	11	3
A8	62.16	7	12	11
A9	34.62	17	8	10
A10	43.75	9	8	6

>TRINITY_DN45077_c1_g2_i8 from sample A7 / Example spliced isoform

CTTGCTAGTGTGTTCTTACGACCCCATTAGCTCGGGGGTTCAGGGTGAAGGAGAGTAACCCCGATACGGTAGGGTGGTCAACCGAGGGGCTGTCGATATCTACGTCAACGCTGGACAGCTCTAGATAGCCGATTCAGCCACTACTTCAACGGTTTTTCAAGCTCGACGCCCAAAAATCAGCATTAGTTGTTGCTGTTGAT
CAAATAAATCTGAGATCTCGAATGCTGTGGTATTGTGATTACCAATTCCAGTGTGAATTGGTTGCAGAGGATCTTTCTTCTGAGGGTGGTTTTGATCTTTAAGGATCTGAGAAAAAAATTCCGTGTTTCATTATGAATTGGCATTTCCAGATCAAGGGTGTATTTGAAAGCCGGTCCATTAAAATAAAAATCTTTGTGTT
CAACACGGCTTGATATTTTTCTAAATGGTAATTCGAACTGTATTTAATTCCTTCAAAACCTCCAAACCGGCGTCGCTTCTCCAGAATTTGCAAACATTTGAATTAGATATTGATTTCAATTTCTGTGGCTTATTTCAAAAATCAACTTGATTCTTAAATTTTAATGTTGATCTAAACTGCCGAACATTTCCAGAATTCGT
TGTACAGTGCAATGTCGATTTCTGTTTCCCTCTAAATTGTTCAAAATTTTAGTTACGTTCTAAAATCTTAAAGCAAAATGTAATTCGAACCCTCTGTAAATTTTAGCGTGGAAATTTACCTTGACACAGAGTTTGATGTGAAATGCAAATTTTAATAAATGTCTCCTATCCTTCCTTATAATTTCTTGTATTCCTTTTCG
TAGGAAATACCTCGGAG

>TRINITY_DN45077_c1_g2_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TGGTCAACCGAGGGGCTGTCGATATCTACGTCAACGCTGGACAGCTCTAGATAGCCGATTCAGCCACTACTTCAACGGTTTTTCAAGCTCGACGCCCAAAAATCAGgttcagcaatttatttctttgtctgtgatgttgatatttgaataatgatttggaaatcgatctggtcgataaaattataaattccgttatcttt
attatatgatatatatgcattacgaatgcttgtgaaggcatagagatttttggatctagtttcttaaaagttaaactctgccctttttaaatttatgtacccgaatccatgtgaacgcagagatagttgttggatctaatgtctttaaagattaactctgtattttataaatttatataccgattccaagaaaaacgtag
agatagataggatctagtttctttaaagttaaactctgcccttttttaaatttatgtacccgaatccatgtgaaacgcagagacagttattggatctggtttcttaaaggcttaaccctgtctttaataagtttataccccaaatccatgcgaaacacagaattagacattcgatctggtttccataaagtttttaactc
tattctcataattctgcgcattctgaatctctataattcttttaactcggcacttccggagttgattgcttaaccgatctatttttcttgagaccttaaaccctgtctttattataatttgattccagaattgttgattgaagtcgactcatcatctgagatttaaacttgcttgcattataattacaatttatggattg
attattattgttttaaaaaaaaccgtaagttcatccttttgaggtcgatctgagccagggagcgatcaacgctcaggattagtctatatcacattccattaaattcaaaattttatcagagttgcttgttggattcgacccttcttatgagatttaaagtttcgttgtttgttattttgactccagatttaattgtggaa
atcgatctactttccaagatctaaaaactttgtctattatttgatttcgtttccagatcaattgtggaaatcgatctacttccaggattttcaaaactctgtctattatttgatttcgattctagaacaatttgtagaaatcgatcttttattctgagatatatttaaatttgttgttttatggtttcgaatccagCATT
AGTTGTTGCTGTTGATCAAATAAATCTGAGATCTCGAATGCTGTGGTATTGTGATTACCAATTCCAGTGTGAATTGGTTGCAGAGGATCTTTCTTCTGAGGGTGGTTTTGATCTTTAAGGATCTGAGAAAAAAATTCCGTGTTTCATTATGAATTGGCATTTCCAGATCAAGGGTGTATTTGAAAGCCGGTCCATTAAAA
TAAAAATCTTTGTGTTCAACACGGCTTGATATTTTTCTAAATGGTAATTCGAACTGTATTTAATTCCTTCAAAACCTCCAAACCGGCGTCGCTTCTCCAGAATTTGCAAACATTTGAATTAGATATTGATTTCAATTTCTGTGGCTTATTTCAAAAATCAACTTGATTCTTAAATTTTAATGTTGATCTAAACTGCCGAA
CATTTCCAGAATTCGTTGTACAGTGCAATGTCGATTTCTGTTTCCCTCTAAATTGTTCAAAATTTTAGTTACGTTCTAAAATCTTAAAGCAAAATGTAATTCGAACCCTCTGTAAATTTTAGCGTGGAAATTTACCTTGACACAGAGTTTGATGTGAAATGCAAATTTTAATAAATGTCTCCTATCCTTCCTTATAATTT
CTTGTATTCCTTTTCGTAGGAAATACCTCGGAG

Intron 2 GTTCAGCAAT ... TCGTTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.5	5	6	0
A2	25	3	2	0
A3	100	0	0	2
A4	-1	0	0	0
A5	20	2	1	0
A6	34.78	15	10	6
A7	45.83	13	17	5
A8	54.39	13	14	17
A9	40.98	18	17	8
A10	54.55	10	10	14

>TRINITY_DN43810_c3_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

GAGAAAAGGATTTCTTGCTCCCTAGTGCTGGATGGGCACCAGAATCAAGAATTGATTTATGGTTCTTGTGAGTTGAGCTTAGCTTGACCGGGGATTGGGAGATCCCAACGGGAAGCTTCATAGTGTGTTCTTACGACCCCATTAGCTCGGGGGTTCAGGGTGAAGGAGAGTAACCCCGATACGGTAGGGTGGTCAACCGA
GGGGCTGTCGATATCTACGTCAACGCTGGACAGCTCTAGATAGCCGATTCAGCCACTACTTCAACGGTTTTTCAAGCTCGACGCCCAAAAATCAGATCAATTGTGGAAATCGATCTACTTCCAGGATTTTCAAAACTCTGTCTATTATTTGATTTCGATTCTAGAACAATTTGTAGAAATCGATCTTTTATTCTGAGATA
TATTTAAATTTGTTGTTTTATGGTTTCGAATCCAGCATTAGTTGTTGCTGTTGATCAAATAAATCTGAGATCTCGAATGCTGTGGTATTGTGATTACCAATTCCAGTGTGAATTGGTTGCAGAGGATCTTTCTTCTGAGGGTGGTTTTGATCTTTAAGGATCTGAGAAAAAAATTCCGTGTTTCATTATGAATTGGCATT
TCCAGATCAAGGGTGTATTTGAAAGCCGGTCCATTAAAATAAAAATCTTTGTGTTCAACACGGCTTGATATTTTTCTAAATGGTAATTCGAACTGTATTTAATTCCTTCAAAACCTCCAAACCGGCGTCGCTTCTCCAGAATTTGCAAACATTTGAATTAGATATTGATTTCAATTTCTGTGGCTTATTTCAAAAATCAA
CTTGATTCTTAAATTTTAATGTTGATCTAAACTGCCGAACATTTCCAG

>TRINITY_DN43810_c3_g1_i11 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GAGAAAAGGATTTCTTGCTCCCTAGTGCTGGATGGGCACCAGAATCAAGAATTGATTTATGGTTCTTGTGAGTTGAGCTTAGCTTGACCGGGGATTGGGAGATCCCAACGGGAAGCTTCATAGTGTGTTCTTACGACCCCATTAGCTCGGGGGTTCAGGGTGAAGGAGAGTAACCCCGATACGGTAGGGTGGTCAACCGA
GGGGCTGTCGATATCTACGTCAACGCTGGACAGCTCTAGATAGCCGATTCAGCCACTACTTCAACGGTTTTTCAAGCTCGACGCCCAAAAATCAGgttcagcaatttatttctttgtctgtgatgttgatatttgaataatgatttggaaatcgatctggtcgataaaattataaattccgttatctttattatatgata
tatatgcattacgaatgcttgtgaaggcatagagatttttggatctagtttcttaaaagttaaactctgccctttttaaatttatgtacccgaatccatgtgaacgcagagatagttgttggatctaatgtctttaaagattaactctgtattttataaatttatataccgattccaagaaaaacgtagagatagatagg
atctagtttctttaaagttaaactctgcccttttttaaatttatgtacccgaatccatgtgaaacgcagagacagttattggatctggtttcttaaaggcttaaccctgtctttaataagtttataccccaaatccatgcgaaacacagaattagacattcgatctggtttccataaagtttttaactctattctcataa
ttctgcgcattctgaatctctataattcttttaactcggcacttccggagttgattgcttaaccgatctatttttcttgagaccttaaaccctgtctttattataatttgattccagaattgttgattgaagtcgactcatcatttgagatttaaacttgcttgcattataattacaatttatggattgattattattgt
tttaaaaaaaaccgtaagttcatccttttgaggtcgatctgagccagggagcgatcaacgctcaggattagtctatatcacattccattaaattcaaaattttatcagagttgcttgttggattcgacccttcttatgagatttaaagtttcgttgtttgttattttgactccagatttaattgtggaaatcgatctact
ttccaagatctaaaaactttgtctattatttgatttcgtttccagATCAATTGTGGAAATCGATCTACTTCCAGGATTTTCAAAACTCTGTCTATTATTTGATTTCGATTCTAGAACAATTTGTAGAAATCGATCTTTTATTCTGAGATATATTTAAATTTGTTGTTTTATGGTTTCGAATCCAGCATTAGTTGTTGCTG
TTGATCAAATAAATCTGAGATCTCGAATGCTGTGGTATTGTGATTACCAATTCCAGTGTGAATTGGTTGCAGAGGATCTTTCTTCTGAGGGTGGTTTTGATCTTTAAGGATCTGAGAAAAAAATTCCGTGTTTCATTATGAATTGGCATTTCCAGATCAAGGGTGTATTTGAAAGCCGGTCCATTAAAATAAAAATCTTT
GTGTTCAACACGGCTTGATATTTTTCTAAATGGTAATTCGAACTGTATTTAATTCCTTCAAAACCTCCAAACCGGCGTCGCTTCTCCAGAATTTGCAAACATTTGAATTAGATATTGATTTCAATTTCTGTGGCTTATTTCAAAAATCAACTTGATTCTTAAATTTTAATGTTGATCTAAACTGCCGAACATTTCCAG