NA ----> NA

Intron 1 GTGATCTAGG ... AGCATGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.4	43.5	47	45
A2	47.69	34	29	33
A3	48.36	63	60	58
A4	51.35	18	17	21
A5	54.55	5	5	7
A6	-1	0	0	0
A7	100	0	1	1
A8	-1	0	0	0
A9	-1	0	0	0
A10	33.33	2	2	0

>TRINITY_DN136213_c1_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

TGGTGGCTAATAGAACACACCCACGCAATTATTAATTGAAGGTACTGTTGAATTTATTACACCCCTAACGTTGATGATGAGGTTTCCATAAATAAATTCCAAAATAATATTAAACCCCATATGGGCATGCCATCTAAGCCTTTGCGGGCATCCCTCTCAACATTGCTACGAGCTTGAAGAAGACCACGTGGATTGGTATG
AAGACCACGTGGATGTGGTAAGAAAGACCAAAATTAAATATACCTTTTTTATTGAAGAAAACATGGAAACCAAAATACATTTTGACAAGTCGGCTTAATGATGAAAATATTGGGATAAAATTAATGTTATTTGAATTAAAATAATTGACATGTCGGCCTCCCTTAAATCTGGAAAAGCACTTGTATAAAAAAGAAGAGAG
ATTACGTTGTTTGTTAAAGAAGAAGTGTAAGGAGAGGTTCGCATAGTTCAGGAGGGACAGTTCGTTGGTGTAAGCAGGAGCAACTGCAGCAACATAATTTTAGACATGAAGATGATGACGCTGGCAGCTTGCTAATGGACAGAATTTGTTGAGGTTGGACAGAACAATTTCCAGGACTATTTGCTGATAGGTTTGGGGGC
ACATATGAAGGACTAAATGTTGCTGGACATGACTGTTTTGAGGGCAGTTCGTTGTGAAGTGAGAGCTTTGATTTCGGGACTATTAATGAGCAGCATTAAAGGCATTTATGTTGATGTTCCTCTCTGAAATTTCGTGGATCCAGACTGAGGCAAATTCGTGGGTAAAACAGGAGCAGTATATCTCTGTCTAGGGCATCAAA
TCAGCAGCATACATTTTGTATATGTTCAAGCTATGTTTTGGGGTTTGATTTCGGGCTATAGCCTGGCATAATCAACATTAAATGCTTGAGTCTTTTGTGGAAGGTAGCAGCTCCTTGCGAAGATAATGAACCTCTTTTCATTGTCTTAATCTCTTGCTATTCAAGACATCTGAAAAAGTCAAGCATACCTCAGCAGTTAA
CCCAGGCAACTATAGCAGAGGGATTCTTGATTTTTCTCAGTAGCAGCAGACCTGAATTCTTAAGACAAGGGATGGTC

>TRINITY_DN136213_c1_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGGTGGCTAATAGAACACACCCACGCAATTATTAATTGAAGGTACTGTTGAATTTATTACACCCCTAACGTTGATGATGAGGTTTCCATAAATAAATTCCAAAATAATATTAAACCCCATATGGGCATGCCATCTAAGCCTTTGCGGGCATCCCTCTCAACATTGCTACGAGCTTGAAGAAGACCACGTGGATTGGTATG
AAGACCACGTGGATGTGGTAAGAAAGACCAAAATTAAATATACCTTTTTTATTGAAGAAAACATGGAAACCAAAATACATTTTGACAAGTCGGCTTAATGATGAAAATATTGGGATAAAATTAATGTTATTTGAATTAAAATAATTGACATGTCGGCCTCCCTTAAATCTGGAAAAGCACTTGTATAAAAAAGAAGAGAG
ATTACGTTGTTTGTTAAAGAAGAAGTGTAAGGAGAGGTTCGCATAGTTCAGGAGGGACAGTTCGTTGGTGTAAGCAGGAGCAACTGCAGCAACATAATTTTAGACATGAAGATGATGACGCTGGCAGCTTGCTAATGGACAGAATTTGTTGAGGTTGGACAGAACAATTTCCAGGACTATTTGCTGATAGGTTTGGGGGC
ACATATGAAGGACTAAATGgtgatctagggcagcatgacagTTGCTGGACATGACTGTTTTGAGGGCAGTTCGTTGTGAAGTGAGAGCTCTGATTTCGGGACTATTAATGAGCAGCATTAAAGGCATTTATGTTGATGTTCCTCTCTGAAATTTCGTGGATCCAGATTGAGGCAAATTCGTGGGTAAAACAGGAGCAGTG
TATCTCTATCTAGGGCATAAAATCAGCAGCATACATTTTGTATATGTTCAAGCTATGTTTTGGGGTTTGATTTCGGGCTATAGCCTGGCATAATCAACATTAAATGCTTGAGTCTTTTGTGGAAGGTAGCAGCTCCTTGCGAAGATAATGAACCTCTTTTCATTGTCTTAATCTCTTGCTATTCAAGACATCTGAAAAAG
TCAAGCATACCTCAGCAGTTAACCCAGGCAACTATAGCAGAGGGATTCTTGATTTTTCTCAGTAGCAGCAGACCTGAATTCTTAAGACAAGGGATGGTC