sp|Q941L3|BON1_ARATH ----> Protein BONZAI 1
Intron 1 GTCTGGATGC ... TTCCTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.32 | 168.1 | 9 | 54 |
| A2 | 14.03 | 141 | 6 | 23 |
| A3 | 19.12 | 148.1 | 10.5 | 35 |
| A4 | 15.23 | 133.6 | 11.5 | 24 |
| A5 | 10.17 | 70.7 | 6 | 8 |
| A6 | 11.45 | 162.3 | 4.5 | 21 |
| A7 | 14.76 | 303.5 | 10.5 | 52.5 |
| A8 | 17.06 | 204.2 | 4.5 | 42 |
| A9 | 14.85 | 292.7 | 11 | 51 |
| A10 | 13.19 | 230.4 | 8.5 | 35 |
>TRINITY_DN119500_c5_g2_i8 from sample A1 / Example spliced isoformCCGAGTGTATGATGTTGATAGCACGTTTCACAATGTACCAACCAAGGTAGTTCATGGCATTTTTCCATCTACATTCTTGTGGTTTTACCACTTCTGTGGAATTTTACTTATTATCCACTTCACAGGAATCTTTTAGAAATGCAGCTAGTCATGTCTAAGTTTTCATTTTGGGATAATTATATTGTTTGCAGTTTTGGCAA
GGAAAACTAGCAGTATTTAACTGTTTACTTTCTTGTTCTTTTGCCAATATTACCAGACTCAGAATTGGCAAAAACCCAGTAAGACAAAAGTGTGAAGAGTTTGAACTGGATTGGGAAAAATCAAGAAAAAATCGGTAAATACAGAAAAAAACCCTGCTGTTTTCGATGCCCTAGATGTCCAGCAGCATCAGTGGATGGCC
TGAGATGGATTACTTTGTCCTCCTGTAGCTCAGTTTGTCACTGTTGGTAACTTGGCAGAGGGGAAACCAGCTCAAACAGACATGTAAAAATGAATGAAAACCCACAAAAACTGCTTTTTAAAGACAAACTCTGGGGCCCAATCCAATTTGAAGCATGAGTCAATGTTGCGAACCTGATTTCAAAACATGATTTTGACTAG
GTTGACTGAGTCAAACTCGGTCAATTTGAGTTTGACTCAGGAAGGTTTGTCTTGGCTTGTTTGAGGGCTGATCTGATTCAAAATTGTGATTTTCTGGTTTGAATTGTGATTCTTGTTTCACTGGCTTTTACCACTTTTGTGGAGTTTTACTTTTTATCCACTGGACGGGAATCTTTTCAAAATGCTGCTAGTCATGTTCA
AGTTCTCCTCCTGGCATAATTCTATTGTTTGCAGTTTCAGCAAGAAAAATTAGCAGCCAGAAATCAGTGATTCAATAAGGCAGAAACTACCATTCTTGGAAAATTCCTTCAGTGGATTACAATTTTTTTGCAACCTGATGTAAAAATATATACAGCCATCACAGACTGGCATTTAAATTTTCTACTTTGCATAATGAGTT
TCCATTGAATGACCATTATTAGCCACACAGATTATTTTCATATTGTAATACTGTGGATGACTATTTAGAGCAAAGGAGAAGAGAACGTCTGTGAAGAGTGATAGGAAAACATGGGATTAAGCTGTTCCTTAGATGGAGGATGGAGTATCTGCTGTGAAGGAGTAATATTGGAAATGTTGATTCTCTAGTGTCATCATTTG
ATTGGGAATGCCTTCAATGCTGCTTTTTATAACCTAGTTGCAAATGATATGCAAATCAGTGAACAATTACAGAAGTAAGAAATACTAAAAGGCTAGTTTGTCAGATAAACAAAAGAGATTTATGCTGTATAGAAAAGTATCTCCTTAAGCTTTTGTAGGTTCTAAAACTCTTGGTAATGATGGTATCATGGTACTGTTAA
TCTGTGACTTCTAAATGAAATTGTTATAGTCATGGCCAGAATCCATTGAAACAACTGGCCGAAAGGAAGCACTGGCTGGCAGGATAATAGACTTATAGCCAACCTGGTATTCTACTGTTCGATTCCAACTGACATTCTTTCCCAATTTACTAGAGTTTATATATTTTCATATCAGCTTTTCATATACTCTTCAGCTGATC
TTAACCTTCAAATTGACCTATGAATGCACCTGTTCTTGGGAAATTTACTGCACTCAAAGGTATACTTGTCCTCGAAGTGAACTTCTCAGCCCGAGAAGTAAACCCACACTGCTCAGACTTAAAGAGAAGCATTATGATTATATTCAAATCACCAAATTTGTAAATCACGGCCAAGGTGGTGGTTTGATTGAGTAAGCATC
TGTCAGATCATTTTGAAATTTGTAATAGTACAAGTGTTCAAGGTGGCAATGCAATCTTTCAATAGACTTATACTTTACTATATGCAAGTAAAATTAATAATCATAGTGCAGGATAGAATGCGTGTTAAATTTTTTCTTTCTTATATCATTACGCAACTGTTTGCAAACAGGGAAGTGTCACATCAAATAGTATCCTTTCA
TGGATACAGTTGTGTTTAAGATTTGAGATAGCTATATACACTGAGCAGATCTCAAAATCTCACAAAGAAATGGATATAAATTGCATCGCAGATGTGGGGAATCTGTTCTCTCATAGTGATTTAAGTAACATCATGCTCTCATGATAACACTTTATAGTACTAAATCTTATTTACCAGCTCCATATTAATCAGTCCGAGTG
GTCACATCCTTTATAACAGTAAATGTAAGCCTCAAAACTACAGTTCATTATTACTAGATGCCAAAAGCATGTGGCCTTTATTGAATAAGTTTTGATCTTCTGCATAAATTATTCAGCTAGACATTCGTTGCATCTGTTCAACTAGTTCAGAACTGTGGCACATTCTATCTGAATTTGTAATACGTGATTAGAAATTCTCA
AAGTCGTTATAGCTGTTAATGTATGATCTTCTCGGTCTTTGTGTAGACGCTTCGTTTGGATGAACAACAACTTCTTGGGGAGGCAGAATGTTTTCTGTCACAGATAGTGACAAAACGAGGTGGAAATATGACCCTCCCACTCAGACAAGGAACTGAACACAAAGGACCAGTCCCACGGGTGCAAAAATTTGGAGAGCTAA
CTCTACAAGTGGAGGAAACAATTGATTCAAAAACTACGGTTGAGATGGTTTTCCGCTGTTCTGATCTTCCAAACAAGGATCTCTTCTCCAAAAGTGACCCTTTTTTAAAGATATTCAAACCGGTAGAAAATGGGCGTTTTGTTCCAGTGTGTAAGACAGAGGTTAAAATGAACGACCTCAATCCACAATGGAAACCATTG
ACTTTGAGCATACAACAGATTGGGAGTAAGGATAACCCGTTAATGATTGATTGCTATAATTTCAACAATAGTGGGAATCATGAATTGATTGGAAGGATGCAAAAGTCGTTGGTTGACCTTGAGAAGCTTTCAATAAGCAATAGTGGAGAAAATTTCTATTTACCAACAGGCAGTAGTAATCATCATAACAAGATATTGAA
GGGCCAGTTATTTGTAGATAAGTTCTCAGCAAGCACAAAACATAGTTTCTTGGACTACATTGCCAATGGGTACGAGTTAAACTTCGTGGTGGCTATAGATTTTACAGCTTCAAATGGGAATCCACGATTACCAGATTCTTTGCACTATCTGGACCCCTCGGGGCGGTCTAACGCATATCAGCGAGCAATCTGGTCAGTTG
GTGAAGTTCTGGAGTTTTATGACACTGATAAACGGTTTACTGCATGGGGCTTTGGAGGCAGACCAATTGATGGGCCAGTTTCTCATTGTTTCAATTTGAATGGAAGTGGTAGCAATGCTGAGGTTGAAGGAATAAATGGTATTATGTCTGCATATGCAAGTGCCTTGCGTAATGTCTCACTTGCCGGACCAACTTTATTT
GGAAAAGTGATCAATTCTGCAGCTGAAATTGCTGATTTAAATGCAGGACAGCGGAAATACTATGTCCTCCTTATCATCACGGATGGAGTCATTACTGATCTTCAAGAAACAAAGGATGCTATCGTCAGGGCTTCAGATCTGCCTCTTTCAGTTCTTATTGTGGGTGTTGGTGGGGCAGATTTTAAAGAAATGGATATCCT
GGATGCAGATAAAGGTGA
>TRINITY_DN119500_c5_g2_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:AATTGATTGGGTAAATGCCAATTGGAGTGGATGTGTCACTTCATTGTTTGCAATCACTTTACTGTTAATTATGAGTCTTTACAATACTTCTGAGTTCTTTACTCTCCTTTTATCTTCTGTAGAAGGATGCAAAAGTCGTTGGTTGACCTTGAGAAGCTTTCAATAAGCAATAGTGGAGAAAATTTCTATTTACCAACAGG
CAGTAGTAATCATCATAACAAGgtctggatgcaatgagatatccacaagtttagattcacactgaattgttaaagttgattatcacacaatcagcttagagttctgacatctttctgtggccctgatacttcctttcagATATTGAAGGGCCAGTTATTTGTAGATAAGTTCTCAGCAAGCACAAAACATAGTTTCTTGG
ACTACATTGCCAATGGGTACGAGTTAAACTTCGTGGTGGCTATAGATTTTACAGCTTCAAATGGGAATCCACGATTACCAGATTCTTTGCACTATCTGGACCCCTCGGGGCGGTCTAACGCATATCAGCGAGCAATCTGGTCAGTTGGTGAAGTTCTGGAGTTTTATGACACTGATAAACGGTTTACTGCATGGGGCTTT
GGAGGCAGACCAATTGATGGGCCAGTTTCTCATTGTTTCAATTTGAATGGAAGTGGTAGCAATGCTGAGGT
Intron 2 GTGAGAAGTT ... CCAATGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.13 | 201 | 45 | 44 |
| A2 | 14.19 | 133 | 28 | 16 |
| A3 | 16.9 | 177 | 39 | 33 |
| A4 | 12.46 | 123 | 19 | 16 |
| A5 | 16.18 | 101 | 19 | 20 |
| A6 | 15.5 | 259 | 48 | 47 |
| A7 | 11.66 | 394 | 60 | 44 |
| A8 | 16.12 | 268 | 52 | 51 |
| A9 | 15.88 | 347 | 89 | 42 |
| A10 | 11.17 | 330 | 46 | 37 |
>TRINITY_DN110967_c0_g2_i10 from sample A2 / Example spliced isoformCAAATTGAATCGGCAATAATTATTATGCGCCATGGCTATCCTTTTCAGATCTACATCACGAGTTTATTTCATTCGTCTTGCTCGAAAATTCGAGCGAAGCGATGGGGTGCTGTTTCTCAGACATCACCGGCGGGCAGCAGGCGGTGGGGGGCGTCAATGCGGACAAATACACGGTGGGAGCCAATGAGGCTTACACTGCA
GTTCAAAATTTTATGCAATCCCGCGGTGTTCAGGCCCTTTCATATCAAATAGAGGTAACCAAATGCGAAAATATCATCTTGTTTGCTTACTTTTGTCTTTTCCTTCCCTGAAACCCCTCCGATGATTTGCGGGCTACGGTGGCATTCTAGATTTGAGGTTCTATTAACCCCGCGTGTACAGTTTTTTCTCCAAGTTTAGC
CTATGTTTGGCTTTTTTGTATATACAGGTGAATCTTTAAATTTTTTTAGGAAATATATAAATGAAGCCAGCGGGCGGCTGGAATCTCAGTAATAGAGCGAAAGGTCCAAATTAGGGCACTCATACCATTTTGTTTTTGTTTAGTATGACAGCAGAATTACTCTACAATCAAATTTCCAATCTAAATATTAAAAAATCAAT
GTTCGGAAGCAAAACTACAAAGAAAAAGCAAGGATGAGATAACTAGAGGGCTAGTCCATTATCATCCTCACATGTACCCAATTTTACAGTTAGCTTATGGATGTAATTAATGAACTGTTTCAGCTCGTTGCATCGGCAACCAATTTGGTATTTAACTTTATGTCTTTAATTGTGAAATTTTTCCCAAAGTAGAGCATGGC
CAAATTTCCATTTTCTCAGGTGGTAATCTTAAAGATTTAGAGACAGACGGACACACATGTGAGGAAGTAAACCAAAACCAGGAAGCATGGCTCAGCATTTTTTTTTGCGCCTGATATGTTATCATTGTCTGCTTCTAATCTGCGTGATCGGGATGTGCTTTCCAAGAGTGATCCTATGGCTGTTGTATATACAAAGAAAC
AAGATGGATCACTTGAAGAACTAGGTCGTACTGAAGTAATTCTAAATTCTTTGGATCCTGTCTGGATAACAAAACAAAGAATCATATACTTTTTTGAGATTCTCCAGCCATTACTTTTCCGAGTGTATGATGTTGATAGCAAGTTTCACAATGTACCAACCAAGACGCTTCGTTTGGATGAACAACAACTTCTTGGGGAG
GCAGAATGTTTTCTGTCACAGATAGTGACAAAACGAGGTGGAAATATGACCCTCCCACTCAGACAAGGAACTGAACACAAAGGACCAGTCCCACGGGTGCAAAAATTTGGAGAGCTAACTCTACAAGTGGAGGAAACAATTGATTCAAAAACTACGGTTGAGATGGTTTTCCGCTGTTCTGATCTTCCAAACAAGGATCT
CTTCTCCAAAAGTGACCCTTTTTTAAAGATATTCAAACCGGTAGAAAATGGGCGTTTTGTTCCAGTGTGTAAGACAGAGGTTAAAATGAACGACCTCAATCCACAATGGAAACCATTGACTTTGAGCATACAACAGATTGGGAGTAAGGATAACCCGTTAATGATTGATTGCTATAATTTCAACAATAGTGGGAATCATG
AATTGATTGGAAGGATGCAAAAGTCGTTGGTTGACCTTGAGAAGCTTTCAATAAGCAATAGTGGAGAAAATTTCTATTTACCAACAGGCAGTAGTAATCATCATAACAAGATATTGAAGGGCCAGTTATTTGTAGATAAGTTCTCAGCAAGCACAAAACATAGTTTCTTGGACTACATTGCCAATGGGTACGAGTTAAAC
TTCGTGGTGGCTATAGATTTTACAGCTTCAAATGGGAATCCACGATTACCAGATTCTTTGCACTATCTGGACCCCTCGGGGCGGTCTAACGCATATCAGCGAGCAATCTGGTCAGTTGGTGAAGTTCTGGAGTTTTATGACACTGATAAACGGTTTACTGCATGGGGCTTTGGAGGCAGACCAATTGATGGGCCAGTTTC
TCATTGTTTCAATTTGAATGGAAGTGGTAGCAATGCTGAGGTTGAAGGAATAAATGGTATTATGTCTGCATATGCAAGTGCCTTGCGTAATGTCTCACTTGCCGGACCAACTTTATTTGGAAAAGTGATCAATTCTGCAGCTGAAATTGCTGATTTAAATGCAGGACAGCGGAAATACTATGTCCTCCTTATCATCACGG
ATGGAGTCATTACTGATCTTCAAGAAACAAAGGATGCTATCGTCAGGGCTTCAGATCTGCCTCTTTCAGTTCTTATTGTGGGTGTTGGTGGGGCAGATTTTAAAGAAATGGATATCCTGGATGCAGATAAAGGTGAACCATTAGAAAGTTCCACTGGACGAGTTGCAACACGTGATATAGTGCAATTTGTTCCCCTGCGG
AATTTGCCGAGTGAAGAAACAGTTGCACAATCACTGTTAGCTGAACTGCCCATGCAATTTTTGAGTTACATGAAGAGCAGAAATATAGAACCTGCTGGCTAGAGAGTTATTCCTCAAGCTGCAGTTTTGACAGATATTGTATTGATCACTTTGGAGCTGGTTTTACCGAATAGCCCTATTCCAGTGTGCTACACCTCTGA
CAGGACTGGTTAAGGAAAGTGTTTCTCTTTGTACTAGTTTCTTTCATGTACAGAAAGAATATTTTTTGGGCAATGCAAGCATTTTATAGTCTGAAATAATATTCTTATTTAACTATGACCCCTATGCAAAACAAGCAGGAAGATATGATGGACAGTGTATTCATTACCCATTTCTGTGAGATCAAGTAAAATGTTTATTG
ATGTAAATTACTGTAATAATAAAGTTTAAACAGTCTCCTTTTTCCCCATTGAAAAGGAAATGTGATCTTTAATGGATCCTACCCATCATGTTTTTCTCTACCCCTTGTTCACTGTAGTCACTCTTGCTGGAAAGATTGAAGTAGCATTCAAGTTGAGACATGGAGTTACACTCGAATCTGTTAAGACAACAATTTCCACC
GACTTAATTGGGTTTACCACAACAATTTCTCTAGGTCAGATATATATGGCGAGTTGGTTTTAAGATCCTAAATATATTAGAATGGAAAGTATCTCTAGTCCAATATAAGATATACGGTGAACTCATGGATTTAAGGTGTCTTTATTATGATTCTAAAATGTGGATTGTTCTTTGACATTATCATAGATCCCTTTAAAGCC
GGGCTTCTTTAAAGATGATTATGTGAATATAATTACAAAAGTTTGTTGCTGCA
>TRINITY_DN110967_c0_g2_i14 from sample A2 / Example unspliced isoform:CCCGAATTGAACGGAAATATTAATTATGGGGCGTGGTTCTACTTCTACCCATTTCTTGATTTGAAGACTGAAGTGAAGCAAAATGGGGTGCTGTTTCTCGGACACAGCGGGCGGACAGCAGGCAGTGGATGGCACTGGCGTCAACGCGGAGAAAAATCCGATCACTCACGCTTCTCCTGATGATGCCAATCGCGAGGCCT
CTGCCGCAGTCCAAGATTTCATGCAATCCCGGGGATATAATGGGCTCTCATCACAACTCGAGTTATCATTGTCTGCTTCTAATCTGCGTGATCGGGATGTGCTTTCCAAGAGTGATCCTATGGCTGTTGTATATACAAAGAAACAAGATGGATCACTTGAAGAACTAGGTCGTACTGAAGTAATTCTAAATTCTTTGGAT
CCTGTCTGGATAACAAAACAAAGAATCATATACTTTTTTGAGATTCTCCAGCCATTACTTTTCCGAGTGTATGATGTTGATAGCAAGTTTCACAATGTACCAACCAAGACGCTTCGTTTGGATGAACAACAACTTCTTGGGGAGGCAGAATGTTTTCTGTCACAGATAGTGACAAAACGAGGTGGAAATATGACCCTCCC
ACTCAGACAAGGAACTGAACACAAAGGACCAGTCCCACGGGTGCAAAAATTTGGAGAGCTAACTCTACAAGTGGAGGAAACAATTGATTCAAAAACTACGGTTGAGATGGTTTTCCGCTGTTCTGATCTTCCAAACAAGGATCTCTTCTCCAAAAGTGACCCTTTTTTAAAGATATTCAAACCGGTAGAAAATGGGCGTT
TTGTTCCAGTGTGTAAGACAGAGGTTAAAATGAACGACCTCAATCCACAATGGAAACCATTGACTTTGAGCATACAACAGATTGGGAGTAAGGATAACCCGTTAATGATTGATTGCTATAATTTCAACAATAGTGGGAATCATGAATTGATTGGAAGGATGCAAAAGTCGTTGGTTGACCTTGAGAAGCTTTCAATAAGC
AATAGTGGAGAAAATTTCTATTTACCAACAGGCAGTAGTAATCATCATAACAAGATATTGAAGGGCCAGTTATTTGTAGATAAGTTCTCAGCAAGCACAAAACATAGTTTCTTGGACTACATTGCCAATGGGTACGAGTTAAACTTCGTGGTGGCTATAGATTTTACAGCTTCAAATGGGAATCCACGATTACCAGATTC
TTTGCACTATCTGGACCCCTCGGGGCGGTCTAACGCATATCAGCGAgtgagaagttacttcatttcttgcaggtttttgatgaaatggaaaattttcgttattattcaacatgcatctgttggcttccttcatatggggtgggtttggcagtaattgaaatagatattgaatcgtatattcacaccaatggcagGCAATC
TGGTCAGTTGGTGAAGTTCTGGAGTTTTATGACACTGATAAACGGTTTACTGCATGGGGCTTTGGAGGCAGACCAATTGATGGGCCAGTTTCTCATTGTTTCAATTTGAATGGAAGTGGTAGCAATGCTGAGGTGAAGGATTATACTTCTATTTTCTGTCACGTGTGGTGTGCTAATTGCACTTATAATTGTTGAATGTT
GAAACTATAATGCACTGAGTAGGCACACCTTCATTGTATTTTTTCTTTAGAATACCTGATTTCATATCCAATGGCAGGTTGAAGGAATAAATGGTATTATGTCTGCATATGCAAGTGCCTTGCGTAATGTCTCACTTGCCGGACCAACTTTATTTGGAAAAGTGATCAATTCTGCAGCTGAAATTGCTGATTTAAATGCA
GGACAGCGGAAATACTATGTCCTCCTTATCATCACGGATGGAGTCATTACTGATCTTCAAGAAACAAAGGATGCTATCGTCAGGGCTTCAGATCTGCCTCTTTCAGTTCTTATTGTGGGTGTTGGTGGGGCAGATTTTAAAGAAATGGAT
Intron 3 GTGAAGGATT ... CCAATGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.15 | 181 | 59 | 44 |
| A2 | 24.64 | 185 | 67 | 54 |
| A3 | 23.37 | 223 | 76 | 60 |
| A4 | 19.57 | 164 | 45.8 | 34 |
| A5 | 24.53 | 80 | 31 | 21 |
| A6 | 20.19 | 393 | 112.9 | 86 |
| A7 | 19.73 | 612 | 160.9 | 140 |
| A8 | 21.42 | 398 | 103 | 114 |
| A9 | 19.63 | 501 | 138.7 | 106 |
| A10 | 19.35 | 521 | 131.9 | 118 |
>TRINITY_DN119500_c5_g2_i8 from sample A1 / Example spliced isoformCCGAGTGTATGATGTTGATAGCACGTTTCACAATGTACCAACCAAGGTAGTTCATGGCATTTTTCCATCTACATTCTTGTGGTTTTACCACTTCTGTGGAATTTTACTTATTATCCACTTCACAGGAATCTTTTAGAAATGCAGCTAGTCATGTCTAAGTTTTCATTTTGGGATAATTATATTGTTTGCAGTTTTGGCAA
GGAAAACTAGCAGTATTTAACTGTTTACTTTCTTGTTCTTTTGCCAATATTACCAGACTCAGAATTGGCAAAAACCCAGTAAGACAAAAGTGTGAAGAGTTTGAACTGGATTGGGAAAAATCAAGAAAAAATCGGTAAATACAGAAAAAAACCCTGCTGTTTTCGATGCCCTAGATGTCCAGCAGCATCAGTGGATGGCC
TGAGATGGATTACTTTGTCCTCCTGTAGCTCAGTTTGTCACTGTTGGTAACTTGGCAGAGGGGAAACCAGCTCAAACAGACATGTAAAAATGAATGAAAACCCACAAAAACTGCTTTTTAAAGACAAACTCTGGGGCCCAATCCAATTTGAAGCATGAGTCAATGTTGCGAACCTGATTTCAAAACATGATTTTGACTAG
GTTGACTGAGTCAAACTCGGTCAATTTGAGTTTGACTCAGGAAGGTTTGTCTTGGCTTGTTTGAGGGCTGATCTGATTCAAAATTGTGATTTTCTGGTTTGAATTGTGATTCTTGTTTCACTGGCTTTTACCACTTTTGTGGAGTTTTACTTTTTATCCACTGGACGGGAATCTTTTCAAAATGCTGCTAGTCATGTTCA
AGTTCTCCTCCTGGCATAATTCTATTGTTTGCAGTTTCAGCAAGAAAAATTAGCAGCCAGAAATCAGTGATTCAATAAGGCAGAAACTACCATTCTTGGAAAATTCCTTCAGTGGATTACAATTTTTTTGCAACCTGATGTAAAAATATATACAGCCATCACAGACTGGCATTTAAATTTTCTACTTTGCATAATGAGTT
TCCATTGAATGACCATTATTAGCCACACAGATTATTTTCATATTGTAATACTGTGGATGACTATTTAGAGCAAAGGAGAAGAGAACGTCTGTGAAGAGTGATAGGAAAACATGGGATTAAGCTGTTCCTTAGATGGAGGATGGAGTATCTGCTGTGAAGGAGTAATATTGGAAATGTTGATTCTCTAGTGTCATCATTTG
ATTGGGAATGCCTTCAATGCTGCTTTTTATAACCTAGTTGCAAATGATATGCAAATCAGTGAACAATTACAGAAGTAAGAAATACTAAAAGGCTAGTTTGTCAGATAAACAAAAGAGATTTATGCTGTATAGAAAAGTATCTCCTTAAGCTTTTGTAGGTTCTAAAACTCTTGGTAATGATGGTATCATGGTACTGTTAA
TCTGTGACTTCTAAATGAAATTGTTATAGTCATGGCCAGAATCCATTGAAACAACTGGCCGAAAGGAAGCACTGGCTGGCAGGATAATAGACTTATAGCCAACCTGGTATTCTACTGTTCGATTCCAACTGACATTCTTTCCCAATTTACTAGAGTTTATATATTTTCATATCAGCTTTTCATATACTCTTCAGCTGATC
TTAACCTTCAAATTGACCTATGAATGCACCTGTTCTTGGGAAATTTACTGCACTCAAAGGTATACTTGTCCTCGAAGTGAACTTCTCAGCCCGAGAAGTAAACCCACACTGCTCAGACTTAAAGAGAAGCATTATGATTATATTCAAATCACCAAATTTGTAAATCACGGCCAAGGTGGTGGTTTGATTGAGTAAGCATC
TGTCAGATCATTTTGAAATTTGTAATAGTACAAGTGTTCAAGGTGGCAATGCAATCTTTCAATAGACTTATACTTTACTATATGCAAGTAAAATTAATAATCATAGTGCAGGATAGAATGCGTGTTAAATTTTTTCTTTCTTATATCATTACGCAACTGTTTGCAAACAGGGAAGTGTCACATCAAATAGTATCCTTTCA
TGGATACAGTTGTGTTTAAGATTTGAGATAGCTATATACACTGAGCAGATCTCAAAATCTCACAAAGAAATGGATATAAATTGCATCGCAGATGTGGGGAATCTGTTCTCTCATAGTGATTTAAGTAACATCATGCTCTCATGATAACACTTTATAGTACTAAATCTTATTTACCAGCTCCATATTAATCAGTCCGAGTG
GTCACATCCTTTATAACAGTAAATGTAAGCCTCAAAACTACAGTTCATTATTACTAGATGCCAAAAGCATGTGGCCTTTATTGAATAAGTTTTGATCTTCTGCATAAATTATTCAGCTAGACATTCGTTGCATCTGTTCAACTAGTTCAGAACTGTGGCACATTCTATCTGAATTTGTAATACGTGATTAGAAATTCTCA
AAGTCGTTATAGCTGTTAATGTATGATCTTCTCGGTCTTTGTGTAGACGCTTCGTTTGGATGAACAACAACTTCTTGGGGAGGCAGAATGTTTTCTGTCACAGATAGTGACAAAACGAGGTGGAAATATGACCCTCCCACTCAGACAAGGAACTGAACACAAAGGACCAGTCCCACGGGTGCAAAAATTTGGAGAGCTAA
CTCTACAAGTGGAGGAAACAATTGATTCAAAAACTACGGTTGAGATGGTTTTCCGCTGTTCTGATCTTCCAAACAAGGATCTCTTCTCCAAAAGTGACCCTTTTTTAAAGATATTCAAACCGGTAGAAAATGGGCGTTTTGTTCCAGTGTGTAAGACAGAGGTTAAAATGAACGACCTCAATCCACAATGGAAACCATTG
ACTTTGAGCATACAACAGATTGGGAGTAAGGATAACCCGTTAATGATTGATTGCTATAATTTCAACAATAGTGGGAATCATGAATTGATTGGAAGGATGCAAAAGTCGTTGGTTGACCTTGAGAAGCTTTCAATAAGCAATAGTGGAGAAAATTTCTATTTACCAACAGGCAGTAGTAATCATCATAACAAGATATTGAA
GGGCCAGTTATTTGTAGATAAGTTCTCAGCAAGCACAAAACATAGTTTCTTGGACTACATTGCCAATGGGTACGAGTTAAACTTCGTGGTGGCTATAGATTTTACAGCTTCAAATGGGAATCCACGATTACCAGATTCTTTGCACTATCTGGACCCCTCGGGGCGGTCTAACGCATATCAGCGAGCAATCTGGTCAGTTG
GTGAAGTTCTGGAGTTTTATGACACTGATAAACGGTTTACTGCATGGGGCTTTGGAGGCAGACCAATTGATGGGCCAGTTTCTCATTGTTTCAATTTGAATGGAAGTGGTAGCAATGCTGAGGTTGAAGGAATAAATGGTATTATGTCTGCATATGCAAGTGCCTTGCGTAATGTCTCACTTGCCGGACCAACTTTATTT
GGAAAAGTGATCAATTCTGCAGCTGAAATTGCTGATTTAAATGCAGGACAGCGGAAATACTATGTCCTCCTTATCATCACGGATGGAGTCATTACTGATCTTCAAGAAACAAAGGATGCTATCGTCAGGGCTTCAGATCTGCCTCTTTCAGTTCTTATTGTGGGTGTTGGTGGGGCAGATTTTAAAGAAATGGATATCCT
GGATGCAGATAAAGGTGA
>TRINITY_DN119500_c5_g2_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATATGTTTTTTGCAGTTAATTTATCTTTTAATACTTTTTTTAATCCAAATTGATCATCGAAAATATTCTTTTCTTGACTGCAGCTTCAAATGGGAATCCACGATTACCAGATTCTTTGCACTATCTGGACCCCTCGGGGCGGTCTAACGCATATCAGCGAGCAATCTGGTCAGTTGGTGAAGTTCTGGAGTTTTATGACA
CTGATAAACGGTTTACTGCATGGGGCTTTGGAGGCAGACCAATTGATGGGCCAGTTTCTCATTGTTTCAATTTGAATGGAAGTGGTAGCAATGCTGAGgtgaaggattatacttctattttctgtcacgtgtggtgtgctaattgcacttataattgttgaatgttgaaactataatgcactgagtaggcacaccttcat
tgtattttttctttagaatacctgatttcatatccaatggcagGTTGAAGGAATAAATGGTATTATGTCTGCATATGCAAGTGCCTTGCGTAATGTCTCACTTGCCGGACCAACTTTATTTGGAAAAGTGATCAATTCTGCAGCTGAAATTGCTGATTTAAATGCAGGACAGCGGAAATACTATGTCCTCCTTATCATCA
CGGATGGAGTCATTACTGATCTTCAAGAAACAAAGGATGCTATCGTCAGGGCTTCAGATCTGCCTCTTTCAGTTCTTATTGTGGGTGTTGGTGGGGCAGATTTTAAAGAAATGGATATCCTGGATGCAGATAAAGGTGA
Intron 4 GTAAGAATCC ... TTCATGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.83 | 195 | 54 | 0 |
| A2 | 28.09 | 140 | 54 | 1 |
| A3 | 21.33 | 176.3 | 47 | 5 |
| A4 | 22.11 | 159.3 | 45 | 6 |
| A5 | 18.19 | 63.8 | 14 | 1 |
| A6 | 23.94 | 115 | 36 | 0 |
| A7 | 21.92 | 231.3 | 63 | 0 |
| A8 | 19.09 | 91.8 | 21 | 0 |
| A9 | 20.14 | 190.8 | 47 | 0 |
| A10 | 17.3 | 190.3 | 39 | 0 |
>TRINITY_DN109525_c9_g2_i7 from sample A3 / Example spliced isoformGTCGGGGATCACGAGTTTATTTCATTCGTCTTGCTCGAAAATTCGAGCGAAGCGATGGGGTGCTGTTTCTCAGACATCACCGGCGGGCAGCAGGCGGTGGGGGGCGTCAATGCGGACAAATACACGGTGGGAGCCAATGAGGCTTACACTGCAGTTCAAAATTTTATGCAATCCCGCGGTGTTCAGGCCCTTTCATATCA
AATAGAGTTATCATTGTCTGCTTCTAATCTGCGTGATCGGGATGTGCTTTCCAAGAGTGATCCTATGGCTGTTGTATATACAAAGAAACAAGATGGATCACTTGAAGAACTAGGTCGTACTGAAGTAATTCTAAATTCTTTGGATCCTGTCTGGATAACAAAACAAAGAATCATATACTTTTTTGAGATTCTCCAGCCAT
TACTTTTCCGAGTGTATGATGTTGATAGCAAGTTTCACAATGTACCAACCAAGACGCTTCGTTTGGATGAACAACAACTTCTTGGGGAGGCAGAATGTTTTCTGTCACAGATAGTGACAAAACGAGGTGGAAATATGACCCTCCCACTCAGACAAGGAACTGAACACAAAGGACCAGTCCCACGGGTGCAAAAATTTGGA
GAGCTAACTCTACAAGTGGAGGAAACAATTGATTCAAAAACTACGGTTGAGATGGTTTTCCGCTGTTCTGATCTTCCAAACAAGGATCTCTTCTCCAAAAGTGACCCTTTTTTAAAGATATTCAAACCGGTAGAAAATGGGCGTTTTGTTCCAGTGTGTAAGACAGAGGTTAAAATGAACGACCTCAATCCACAATGGAA
ACCATTGACTTTGAGCATACAACAGATTGGGAGTAAGGATAACCCGTTAATGATTGATTGCTATAATTTCAACAATAGTGGGAATCATGAATTGATTGGAAGGATGCAAAAGTCGTTGGTTGACCTTGAGAAGCTTTCAATAAGCAATAGTGGAGAAAATTTCTATTTACCAACAGGCAGTAGTAATCATCATAACAAGA
TATTGAAGGGCCAGTTATTTGTAGATAAGTTCTCAGCAAGCACAAAACATAGTTTCTTGGACTACATTGCCAATGGGTACGAGTTAAACTTCGTGGTGGCTATAGATTTTACAGCTTCAAATGGGAATCCACGATTACCAGATTCTTTGCACTATCTGGACCCCTCGGGGCGGTCTAACGCATATCAGCGAGCAATCTGG
TCAGTTGGTGAAGTTCTGGAGTTTTATGACACTGATAAACGGTTTACTGCATGGGGCTTTGGAGGCAGACCAATTGATGGGCCAGTTTCTCATTGTTTCAATTTGAATGGAAGTGGTAGCAATGCTGAGGTTGAAGGAATAAATGGTATTATGTCTGCATATGCAAGTGCCTTGCGTAATGTCTCACTTGCCGGACCAAC
TTTATTTGGAAAAGTGATCAATTCTGCAGCTGAAATTGCTGATTTAAATGCAGGACAGCGGAAATACTATGTCCTCCTTATCATCACGGATGGAGTCATTACTGATCTTCAAGAAACAAAGGATGCTATCGTCAGGGCTTCAGATCTGCCTCTTTCAGTTCTTATTGTGGGTGTTGGTGGGGCAGATTTTAAAGAAATGG
ATGTAAACTCCTCTCCTCATAACTTCCATTCAATAACCATAATTAATTTTGCCGGGATAAAACATTTCGCATTTTCTCTTTTTGTCATGCACAGATGTAAATTTTCTTCTACATATGCATAATTATATTTTGCTAAAAGATGGAGTTTAATTGATGATTTCTATAAATGTTATATAAAACTTGGCTGATTCAGACTGGTT
TTTTACCAAAGTCAGTAGGACTTGGACAAGAGTCTGAGTCAGTATTTGACTCGGTTGATTCAGCAAAATTAAAACCTAGCTTGATTGAGTCAGACATGGTTTTGCTGATTTGGCGTTAGCTAACATGTGAACCTACTAGCAGGGCCTATGCTTAAAGAAAAGAAAAAAAATGGGAAAAAAAGAGAATTATATGAGGAATT
TTTGTAATGCTGATTCTTAAAGTTAATATTTTAATTCTTAACCTTTAATGATAATTGTTAAAATCAATAAATGAATTAGATTTCGACCTTAAAAGTTAAAGGAAATACCTAATTCCAAGAGGTTTGGTAGTGTATTCAAACCCATCAGAACTCACATGAAGGAGATCGAGTTTGGATATATTTCCAGCTTAACAACATTT
TAAACTTCCAATATAAATAGAAAGCAGAATCTTCTAAATCCCAAAGTGCAGTCTATCTATTGTAATCAAACTGGATGGATTGGAAAACCCTGTAAACTCTGGAAGATGACTTCATCTAGGTGGACTTGAAGCCGCTTAACCCAGTGGGGTAGATGAGGTTTCAACCAATATTGATGATCATGAGTCTTGGGATGGGTGAC
CTCTCGGTGCCTGGTTACCAGGTGCAAGTCCTGGAAGTGATGATTGATGCTATGTGATTCATTTTGCTGGTCTCAATCCCACTTCTTACCCTTGTGAGCATCACCTGATGCAATGAGTACTAAGTGGAATATTAAAAAACTATGAGAAATTGGTCAGTTGCAACTCTACTCATGGGATATGGGTCATAGATTAATTACTC
ACATTAACCACATGATCTCAAAAATGA
>TRINITY_DN109525_c9_g2_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:CATTATTTAAGAAGATTTTCCATGCAAAGATAAGATTTGGCGTCTTTGATATGGATATATACCTTTGTCCTTCTGGGAAAAAATCAACCCTTGCATTCCCGTATGGCATAAATTGTTGTGAATGACTTGCATTATGCACACTATCCAAGTTCTTTTTGCAAGGAATGGAACAAAACCTGAAATTATCCAGTGTACTTCAT
GTATCTTTCATATAGGCCCTTAGTCTCAGTGCAGAGCATAATATAAAATTGTCTATTTGATACAAATCTTCAGATTACTGATTGCCCTCATTTTTCCAGATTGTTAGTTAGGTAATTAAGGTAAGATAAGATAATTTTATTGATTGCTTACAGGGTTCTTTAAATTTCCATCTTCTATCTTTGCTAACTCATTTTCAATT
CATGCAGAGTGATCCTATGGCTGTTGTATATACAAAGAAACAAGATGGATCACTTGAAGAACTAGGTCGTACTGAAGTAATTCTAAATTCTTTGGATCCTGTCTGGATAACAAAACAAAGAATCATATACTTTTTTGAGATTCTCCAGCCATTACTgtaagaatcctatttcagttcctagaaattttttactatacatg
aaagaagatttttcttcacttttcactagactcctgtatttgtttgcttttgtgttgactgtagcgttattccagtacctaatatttatattatttgtgaatgtcttttcatggcagTTTCCGAGTGTATGATGTTGATAGCAAGTTTCACAATGTACCAACCAAGGTAGTTCATGGCATTTTTCCATCTACATTCTTGT
GGTTTTACCACTTCTGTGGAATTTTACTTATTATCCACTTCACAGGAATCTTTTAGAAATGCAGCTAGTCATGTCTAAGTTTTCATTTTGGGATAATTATATTGTTTGCAGTTTTGGCAAGGAAAACTAGCAGTATTTAACTGTTTACTTTCTTGTTCTTTTGCCAATATTACCAGACTCAGAATTGGCAAAAACCCAGT
AAGACAAAAGTGTGAAGAGTTTGAACTGGATTGGGAAAAATCAAGAAAAAATCGGTAAATACAGAAAAAAACCCTGCTGTTTTCGATGCCCTAGATGTCCAGCAGCATCAGTGGATGGC
Intron 5 GTATGACATT ... TTTTTTAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.15 | 156 | 1 | 47 |
| A2 | 20.98 | 113 | 1 | 30 |
| A3 | 18.92 | 180 | 1 | 42 |
| A4 | 19.13 | 148 | 0 | 35 |
| A5 | 13.16 | 66 | 0 | 10 |
| A6 | 23.84 | 131 | 0 | 41 |
| A7 | 20.34 | 278 | 0 | 71 |
| A8 | 17.16 | 111 | 0 | 23 |
| A9 | 22.46 | 252 | 0 | 73 |
| A10 | 17.67 | 247 | 0 | 53 |
>TRINITY_DN119500_c5_g2_i6 from sample A1 / Example spliced isoformCGAGTTTATTTCATTCGTCTTGCTCGAAAATTCGAGCGAAGCGATGGGGTGCTGTTTCTCAGACATCACCGGCGGGCAGCAGGCGGTGGGGGGCGTCAATGCGGACAAATACACGGTGGGAGCCAATGAGGCTTACACTGCAGTTCAAAATTTTATGCAATCCCGCGGTGTTCAGGCCCTTTCATATCAAATAGAGTTAT
CATTGTCTGCTTCTAATCTGCGTGATCGGGATGTGCTTTCCAAGAGTGATCCTATGGCTGTTGTATATACAAAGAAACAAGATGGATCACTTGAAGAACTAGGTCGTACTGAAGTAATTCTAAATTCTTTGGATCCTGTCTGGATAACAAAACAAAGAATCATATACTTTTTTGAGATTCTCCAGCCATTACTTTTCCGA
GTGTATGATGTTGATAGCAAGTTTCACAATGTACCAACCAAGACGCTTCGTTTGGATGAACAACAACTTCTTGGGGAGGCAGAATGTTTTCTGTCACAGATAGTGACAAAACGAGGTGGAAATATGACCCTCCCACTCAGACAAGGAACTGAACACAAAGGACCAGTCCCACGGGTGCAAAAATTTGGAGAGCTAACTCT
ACAAGTGGAGGAAACAATTGATTCAAAAACTACGGTTGAGATGGTTTTCCGCTGTTCTGATCTTCCAAACAAGGATCTCTTCTCCAAAAGTATATTCAAACCGGTAGAAAATGGGCGTTTTGTTCCAGTGTGTAAGACAGAGGTTAAAATGAACGACCTCAATCCACAATGGAAACCATTGACTTTGAGCATACAACAGA
TTGGGAGTAAGGATAACCCGTTAATGATTGATTGCTATAATTTCAACAATAGTGGGAATCATGAATTGATTGGAAGGATGCAAAAGTCGTTGGTTGACCTTGAGAAGCTTTCAATAAGCAATAGTGGAGAAAATTTCTATTTACCAACAGGCAGTAGTAATCATCATAACAAGATATTGAAGGGCCAGTTATTTGTAGAT
AAGTTCTCAGCAAGCACAAAACATAGTTTCTTGGACTACATTGCCAATGGGTACGAGTTAAACTTCGTGGTGGCTATAGATTTTACAGCTTCAAATGGGAATCCACGATTACCAGATTCTTTGCACTATCTGGACCCCTCGGGGCGGTCTAACGCATATCAGCGAGCAATCTGGTCAGTTGGTGAAGTTCTGGAGTTTTA
TGACACTGATAAACGGTTTACTGCATGGGGCTTTGGAGGCAGACCAATTGATGGGCCAGTTTCTCATTGTTTCAATTTGAATGGAAGTGGTAGCAATGCTGAGGTTGAAGGAATAAATGGTATTATGTCTGCATATGCAAGTGCCTTGCGTAATGTCTCACTTGCCGGACCAACTTTATTTGGAAAAGTGATCAATTCTG
CAGCTGAAATTGCTGATTTAAATGCAGGACAGCGGAAATACTATGTCCTCCTTATCATCACGGATGGAGTCATTACTGATCTTCAAGAAACAAAGGATGCTATCGTCAGGGCTTCAGATCTGCCTCTTTCAGTTCTTATTGTGGGTGTTGGTGGGGCAGATTTTAAAGAAATGGATATCCTGGATGCAGATAAAGGTGA
>TRINITY_DN119500_c5_g2_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAAGGATCTCTTCTCCAAAAGTgtatgacattatgcacagatttttattgagacatattgttcttattcattttttctttttgatgtttcaactgtaaatgaatggtaaataagaagttgtttcatgctttgattctttttttacctctgtaggacccttttttaaagATATTCAAACCGGTAGAAAATGGGCGTTTTGT
TCCAGTGTGTAAGACAGAGGTTAAAATGAACGACCTCAATCCACAATGGAAACCATTGACTTTGAGCATACAACAGATTGGGAGTAAGGATAACCCGTTAATGATTGATTGCTATAATTTCAACAATAGTGGGAATCATGAATTGATTGGAAGGATGCAAAAGTCGTTGGTTGACCTTGAGAAGCTTTCAATAAGCAATA
GTGGAGAAAATTTCTATTTACCAACAGGCAGTAGTAATCATCATAACAAGATATTGAAGGGCCAGTTATTTGTAGATAAGTTCTCAGCAAGCACAAAACATAGTTTCTTGGACTACATTGCCAATGGGTACGAGTTAAACTTCGTGGTGGCTATAGATTTTACAGCTTCAAATGGGAATCCACGATTACCAGATTCTTTG
CACTATCTGGACCCCTCGGGGCGGTCTAACGCATATCAGCGAGCAATCTGGTCAGTTGGTGAAGTTCTGGAGTTTTATGACACTGATAAACGGTTTACTGCATGGGGCTTTGGAGGCAGACCAATTGATGGGCCAGTTTCTCATTGTTTCAATTTGAATGGAAGTGGTAGCAATGCTGAGGTTGAAGGAATAAATGGTAT
TATGTCTGCATATGCAAGTGCCTTGCGTAATGTCTCACTTGCCGGACCAACTTTATTTGGAAAAGTGATCAATTCTGCAGCTGAAATTGCTGATTTAAATGCAGGACAGCGGAAATACTATGTCCTCCTTATCATCACGGATGGAGTCATTACTGATCTTCAAGAAACAAAGGATGCTATCGTCAGGGCTTCAGATCTGC
CTCTTTCAGTTCTTATTGTGGGTGTTGGTGGGGCAGATTTTAAAGAAATGGATATCCTGGATGCAGATAAAGGTGA
Intron 6 GTTTTTGATG ... CCAATGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 14.8 | 167 | 14 | 44 |
| A2 | 10.94 | 114 | 12 | 16 |
| A3 | 14.55 | 141 | 15 | 33 |
| A4 | 11.97 | 103 | 12 | 16 |
| A5 | 15.34 | 80 | 9 | 20 |
| A6 | 13.69 | 208 | 19 | 47 |
| A7 | 9.47 | 325 | 24 | 44 |
| A8 | 15.25 | 225 | 30 | 51 |
| A9 | 12.73 | 257 | 33 | 42 |
| A10 | 9.09 | 260 | 15 | 37 |
>TRINITY_DN110967_c0_g2_i11 from sample A2 / Example spliced isoformCCCGAATTGAACGGAAATATTAATTATGGGGCGTGGTTCTACTTCTACCCATTTCTTGATTTGAAGACTGAAGTGAAGCAAAATGGGGTGCTGTTTCTCGGACACAGCGGGCGGACAGCAGGCAGTGGATGGCACTGGCGTCAACGCGGAGAAAAATCCGATCACTCACGCTTCTCCTGATGATGCCAATCGCGAGGCCT
CTGCCGCAGTCCAAGATTTCATGCAATCCCGGGGATATAATGGGCTCTCATCACAACTCGAGTTATCATTGTCTGCTTCTAATCTGCGTGATCGGGATGTGCTTTCCAAGAGTGATCCTATGGCTGTTGTATATACAAAGAAACAAGATGGATCACTTGAAGAACTAGGTCGTACTGAAGTAATTCTAAATTCTTTGGAT
CCTGTCTGGATAACAAAACAAAGAATCATATACTTTTTTGAGATTCTCCAGCCATTACTTTTCCGAGTGTATGATGTTGATAGCAAGTTTCACAATGTACCAACCAAGACGCTTCGTTTGGATGAACAACAACTTCTTGGGGAGGCAGAATGTTTTCTGTCACAGATAGTGACAAAACGAGGTGGAAATATGACCCTCCC
ACTCAGACAAGGAACTGAACACAAAGGACCAGTCCCACGGGTGCAAAAATTTGGAGAGCTAACTCTACAAGTGGAGGAAACAATTGATTCAAAAACTACGGTTGAGATGGTTTTCCGCTGTTCTGATCTTCCAAACAAGGATCTCTTCTCCAAAAGTGACCCTTTTTTAAAGATATTCAAACCGGTAGAAAATGGGCGTT
TTGTTCCAGTGTGTAAGACAGAGGTTAAAATGAACGACCTCAATCCACAATGGAAACCATTGACTTTGAGCATACAACAGATTGGGAGTAAGGATAACCCGTTAATGATTGATTGCTATAATTTCAACAATAGTGGGAATCATGAATTGATTGGAAGGATGCAAAAGTCGTTGGTTGACCTTGAGAAGCTTTCAATAAGC
AATAGTGGAGAAAATTTCTATTTACCAACAGGCAGTAGTAATCATCATAACAAGATATTGAAGGGCCAGTTATTTGTAGATAAGTTCTCAGCAAGCACAAAACATAGTTTCTTGGACTACATTGCCAATGGGTACGAGTTAAACTTCGTGGTGGCTATAGATTTTACAGCTTCAAATGGGAATCCACGATTACCAGATTC
TTTGCACTATCTGGACCCCTCGGGGCGGTCTAACGCATATCAGCGAGTGAGAAGTTACTTCATTTCTTGCAGGCAATCTGGTCAGTTGGTGAAGTTCTGGAGTTTTATGACACTGATAAACGGTTTACTGCATGGGGCTTTGGAGGCAGACCAATTGATGGGCCAGTTTCTCATTGTTTCAATTTGAATGGAAGTGGTAG
CAATGCTGAGGTGAAGGATTATACTTCTATTTTCTGTCACGTGTGGTGTGCTAATTGCACTTATAATTGTTGAATGTTGAAACTATAATGCACTGAGTAGGCACACCTTCATTGTATTTTTTCTTTAGAATACCTGATTTCATATCCAATGGCAGGTTGAAGGAATAAATGGTATTATGTCTGCATATGCAAGTGCCTTG
CGTAATGTCTCACTTGCCGGACCAACTTTATTTGGAAAAGTGATCAATTCTGCAGCTGAAATTGCTGATTTAAATGCAGGACAGCGGAAATACTATGTCCTCCTTATCATCACGGATGGAGTCATTACTGATCTTCAAGAAACAAAGGATGCTATCGTCAGGGCTTCAGATCTGCCTCTTTCAGTTCTTATTGTGGGTGT
TGGTGGGGCAGATTTTAAAGAAATGGAT
>TRINITY_DN110967_c0_g2_i14 from sample A2 / Example unspliced isoform:CCCGAATTGAACGGAAATATTAATTATGGGGCGTGGTTCTACTTCTACCCATTTCTTGATTTGAAGACTGAAGTGAAGCAAAATGGGGTGCTGTTTCTCGGACACAGCGGGCGGACAGCAGGCAGTGGATGGCACTGGCGTCAACGCGGAGAAAAATCCGATCACTCACGCTTCTCCTGATGATGCCAATCGCGAGGCCT
CTGCCGCAGTCCAAGATTTCATGCAATCCCGGGGATATAATGGGCTCTCATCACAACTCGAGTTATCATTGTCTGCTTCTAATCTGCGTGATCGGGATGTGCTTTCCAAGAGTGATCCTATGGCTGTTGTATATACAAAGAAACAAGATGGATCACTTGAAGAACTAGGTCGTACTGAAGTAATTCTAAATTCTTTGGAT
CCTGTCTGGATAACAAAACAAAGAATCATATACTTTTTTGAGATTCTCCAGCCATTACTTTTCCGAGTGTATGATGTTGATAGCAAGTTTCACAATGTACCAACCAAGACGCTTCGTTTGGATGAACAACAACTTCTTGGGGAGGCAGAATGTTTTCTGTCACAGATAGTGACAAAACGAGGTGGAAATATGACCCTCCC
ACTCAGACAAGGAACTGAACACAAAGGACCAGTCCCACGGGTGCAAAAATTTGGAGAGCTAACTCTACAAGTGGAGGAAACAATTGATTCAAAAACTACGGTTGAGATGGTTTTCCGCTGTTCTGATCTTCCAAACAAGGATCTCTTCTCCAAAAGTGACCCTTTTTTAAAGATATTCAAACCGGTAGAAAATGGGCGTT
TTGTTCCAGTGTGTAAGACAGAGGTTAAAATGAACGACCTCAATCCACAATGGAAACCATTGACTTTGAGCATACAACAGATTGGGAGTAAGGATAACCCGTTAATGATTGATTGCTATAATTTCAACAATAGTGGGAATCATGAATTGATTGGAAGGATGCAAAAGTCGTTGGTTGACCTTGAGAAGCTTTCAATAAGC
AATAGTGGAGAAAATTTCTATTTACCAACAGGCAGTAGTAATCATCATAACAAGATATTGAAGGGCCAGTTATTTGTAGATAAGTTCTCAGCAAGCACAAAACATAGTTTCTTGGACTACATTGCCAATGGGTACGAGTTAAACTTCGTGGTGGCTATAGATTTTACAGCTTCAAATGGGAATCCACGATTACCAGATTC
TTTGCACTATCTGGACCCCTCGGGGCGGTCTAACGCATATCAGCGAGTGAGAAGTTACTTCATTTCTTGCAGgtttttgatgaaatggaaaattttcgttattattcaacatgcatctgttggcttccttcatatggggtgggtttggcagtaattgaaatagatattgaatcgtatattcacaccaatggcagGCAATC
TGGTCAGTTGGTGAAGTTCTGGAGTTTTATGACACTGATAAACGGTTTACTGCATGGGGCTTTGGAGGCAGACCAATTGATGGGCCAGTTTCTCATTGTTTCAATTTGAATGGAAGTGGTAGCAATGCTGAGGTGAAGGATTATACTTCTATTTTCTGTCACGTGTGGTGTGCTAATTGCACTTATAATTGTTGAATGTT
GAAACTATAATGCACTGAGTAGGCACACCTTCATTGTATTTTTTCTTTAGAATACCTGATTTCATATCCAATGGCAGGTTGAAGGAATAAATGGTATTATGTCTGCATATGCAAGTGCCTTGCGTAATGTCTCACTTGCCGGACCAACTTTATTTGGAAAAGTGATCAATTCTGCAGCTGAAATTGCTGATTTAAATGCA
GGACAGCGGAAATACTATGTCCTCCTTATCATCACGGATGGAGTCATTACTGATCTTCAAGAAACAAAGGATGCTATCGTCAGGGCTTCAGATCTGCCTCTTTCAGTTCTTATTGTGGGTGTTGGTGGGGCAGATTTTAAAGAAATGGAT
Intron 7 GTAAAACATA ... TGTATTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 11.86 | 137.2 | 21.3 | 18.4 |
| A2 | 13.39 | 131.3 | 22.5 | 12 |
| A3 | 9.74 | 218.5 | 26.5 | 14.4 |
| A4 | 10.29 | 111.8 | 14.5 | 8.5 |
| A5 | 16.87 | 61.1 | 14 | 5.2 |
| A6 | 10.17 | 355.1 | 45 | 16.4 |
| A7 | 7.55 | 480.6 | 43 | 27.4 |
| A8 | 7.69 | 384.1 | 35 | 35.4 |
| A9 | 8.06 | 407.1 | 39 | 31 |
| A10 | 6.72 | 337.3 | 26.3 | 15 |
>TRINITY_DN110967_c0_g2_i13 from sample A2 / Example spliced isoformCAAATTGAATCGGCAATAATTATTATGCGCCATGGCTATCCTTTTCAGATCTACATCACGAGTTTATTTCATTCGTCTTGCTCGAAAATTCGAGCGAAGCGATGGGGTGCTGTTTCTCAGACATCACCGGCGGGCAGCAGGCGGTGGGGGGCGTCAATGCGGACAAATACACGGTGGGAGCCAATGAGGCTTACACTGCA
GTTCAAAATTTTATGCAATCCCGCGGTGTTCAGGCCCTTTCATATCAAATAGAGTTATCATTGTCTGCTTCTAATCTGCGTGATCGGGATGTGCTTTCCAAGAGTGATCCTATGGCTGTTGTATATACAAAGAAACAAGATGGATCACTTGAAGAACTAGGTCGTACTGAAGTAATTCTAAATTCTTTGGATCCTGTCTG
GATAACAAAACAAAGAATCATATACTTTTTTGAGATTCTCCAGCCATTACTTTTCCGAGTGTATGATGTTGATAGCAAGTTTCACAATGTACCAACCAAGACGCTTCGTTTGGATGAACAACAACTTCTTGGGGAGGCAGAATGTTTTCTGTCACAGATAGTGACAAAACGAGGTGGAAATATGACCCTCCCACTCAGAC
AAGGAACTGAACACAAAGGACCAGTCCCACGGGTGCAAAAATTTGGAGAGCTAACTCTACAAGTGGAGGAAACAATTGATTCAAAAACTACGGTTGAGATGGTTTTCCGCTGTTCTGATCTTCCAAACAAGGATCTCTTCTCCAAAAGTGACCCTTTTTTAAAGATATTCAAACCGGTAGAAAATGGGCGTTTTGTTCCA
GTGTGTAAGACAGAGGTTAAAATGAACGACCTCAATCCACAATGGAAACCATTGACTTTGAGCATACAACAGATTGGGAGTAAGGATAACCCGTTAATGATTGATTGCTATAATTTCAACAATAGTGGGAATCATGAATTGATTGGAAGGATGCAAAAGTCGTTGGTTGACCTTGAGAAGCTTTCAATAAGCAATAGTGG
AGAAAATTTCTATTTACCAACAGGCAGTAGTAATCATCATAACAAGATATTGAAGGGCCAGTTATTTGTAGATAAGTTCTCAGCAAGCACAAAACATAGTTTCTTGGACTACATTGCCAATGGGTACGAGTTAAACTTCGTGGTGGCTATAGATTTTACAGCTTCAAATGGGAATCCACGATTACCAGATTCTTTGCACT
ATCTGGACCCCTCGGGGCGGTCTAACGCATATCAGCGAGCAATCTGGTCAGTTGGTGAAGTTCTGGAGTTTTATGACACTGATAAACGGTTTACTGCATGGGGCTTTGGAGGCAGACCAATTGATGGGCCAGTTTCTCATTGTTTCAATTTGAATGGAAGTGGTAGCAATGCTGAGGTTGAAGGAATAAATGGTATTATG
TCTGCATATGCAAGTGCCTTGCGTAATGTCTCACTTGCCGGACCAACTTTATTTGGAAAAGTGATCAATTCTGCAGCTGAAATTGCTGATTTAAATGCAGGACAGCGGAAATACTATGTCCTCCTTATCATCACGGATGGAGTCATTACTGATCTTCAAGAAACAAAGGATGCTATCGTCAGGGCTTCAGATCTGCCTCT
TTCAGTTCTTATTGTGGGTGTTGGTGGGGCAGATTTTAAAGAAATGGATGTAAACTCCTCTCCTCATAACTTCCATTCAATAACCATAATTAATTTTGCCGGGATAAAACATTTCGCATTTTCTCTTTTTGTCATGCACAGATGTAAATTTTCTTCTACATATGCATAATTATATTTTGCTAAAAGATGGAGTTTAATTG
ATGATTTCTATAAATGTTATATAAAACTTGGCTGATTCAGACTGGTTTTTTACCAAAGTCAGTAGGACTTGGACAAGAGTCTGAGTCAGTATTTGACTCGGTTGATTCAGCAAAATTAAAACCTAGCTTGATTGAGTCAGACATGGTTTTGCTGATTTGGCGTTAGCTAACATGTGAACCTACTAGCAGGGCCTATGCTT
AAAGAAAAGAAAAAAAATGGGAAAAAAAGAGAATTATATGAGGAATTTTTGTAATGCTGATTCTTAAAGTTAATATTTTAATTCTTAACCTTTAATGATAATTGTTAAAATCAATAAATGAATTAGATTTCGACCTTAAAAGTTAAAGGAAATACCTAATTCCAAGAGGTTTGGTAGTGTATTCAAACCCATCAGAACTC
ACATGAAGGAGATCGAGTTTGGATATATTTCCAGCTTAACAACATTTTAAACTTCCAATATAAATAGAAAGCAGAATCTTCTAAATCCCAAAGTGCAGTCTATCTATTGTAATCAAACTGGATGGATTGGAAAACCCTGTAAACTCTGGAAGATGACTTCATCTAGGTGGACTTGAAGCCGCTTAACCCAGTGGGGTAGA
TGAGGTTTCAACCAATATTGATGATCATGAGTCTTGGGATGGGTGACCTCTCGGTGCCTGGTTACCAGGTGCAAGTCCTGGAAGTGATGATTGATGCTATGTGAGTC
>TRINITY_DN110967_c0_g2_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:CTATGTCCTCCTTATCATCACGgtaaaacatataaagattagttatgtgacatatgttagccagttaactttttctttgtaactttgagaatttgtatttcagGATGGAGTCATTACTGATCTTCAAGAAACAAAGGATGCTATCGTCAGGGCTTCAGATCTGCCTCTTTCAGTTCTTATTGTGGGTGTTGGTGGGGCAG
ATTTTAAAGAAATGGATGTAAACTCCTCTCCTCATAACTTCCATTCAATAACCATAATTAATTTTGCCGGGATAAAACATTTCGCATTTTCTCTTTTTGTCATGCACAGATGTAAATTTTCTTCTACATATGCATAATTATATTTTGCTAAAAGATGGAGTTTAATTGATGATTTCTATAAATGTTATATAAAACTTGGC
TGATTCAGACTGGTTTTTTACCAAAGTCAGTAGGACTTGGACAAGAGTCTGAGTCAGTATTTGACTCGGTTGATTCAGCAAAATTAAAACCTAGCTTGATTGAGTCAGACATGGTTTTGCTGATTTGGCGTTAGCTAACATGTGAACCTACTAGCAGGGCCTATGCTTAAAGAAAAGAAAAAAAATGGGAAAAAAAGAGA
ATTATATGAGGAATTTTTGTAATGCTGATTCTTAAAGTTAATATTTTAATTCTTAACCTTTAATGATAATTGTTAAAATCAATAAATGAATTAGATTTCGACCTTAAAAGTTAAAGGAAATACCTAATTCCAAGAGGTTTGGTAGTGTATTCAAACCCATCAGAACTCACATGAAGGAGATCGAGTTTGGATATATTTCC
AGCTTAACAACATTTTAAACTTCCAATATAAATAGAAAGCAGAATCTTCTAAATCCCAAAGTGCAGTCTATCTATTGTAATCAAACTGGATGGATTGGAAAACCCTGTAAACTCTGGAAGATGACTTCATCTAGGTGGACTTGAAGCCGCTTAACCCAGTGGGGTAGATGAGGTTTCAACCAATATTGATGATCATGAGT
CTTGGGATGGGTGACCTCTCGGTGCCTGGTTACCAGGTGCAAGTCCTGGAAGTGATGATTGATGCTATGTGAGTC
Intron 8 GTGAGAAGTT ... TTTCTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 44.63 | 201 | 157 | 167 |
| A2 | 46.69 | 133 | 119 | 114 |
| A3 | 43.81 | 177 | 135 | 141 |
| A4 | 44.59 | 123 | 95 | 103 |
| A5 | 43.26 | 101 | 74 | 80 |
| A6 | 43.63 | 259 | 193 | 208 |
| A7 | 44.93 | 394 | 318 | 325 |
| A8 | 44.22 | 268 | 200 | 225 |
| A9 | 43.3 | 347 | 273 | 257 |
| A10 | 43.93 | 330 | 257 | 260 |
>TRINITY_DN110967_c0_g2_i10 from sample A2 / Example spliced isoformCAAATTGAATCGGCAATAATTATTATGCGCCATGGCTATCCTTTTCAGATCTACATCACGAGTTTATTTCATTCGTCTTGCTCGAAAATTCGAGCGAAGCGATGGGGTGCTGTTTCTCAGACATCACCGGCGGGCAGCAGGCGGTGGGGGGCGTCAATGCGGACAAATACACGGTGGGAGCCAATGAGGCTTACACTGCA
GTTCAAAATTTTATGCAATCCCGCGGTGTTCAGGCCCTTTCATATCAAATAGAGGTAACCAAATGCGAAAATATCATCTTGTTTGCTTACTTTTGTCTTTTCCTTCCCTGAAACCCCTCCGATGATTTGCGGGCTACGGTGGCATTCTAGATTTGAGGTTCTATTAACCCCGCGTGTACAGTTTTTTCTCCAAGTTTAGC
CTATGTTTGGCTTTTTTGTATATACAGGTGAATCTTTAAATTTTTTTAGGAAATATATAAATGAAGCCAGCGGGCGGCTGGAATCTCAGTAATAGAGCGAAAGGTCCAAATTAGGGCACTCATACCATTTTGTTTTTGTTTAGTATGACAGCAGAATTACTCTACAATCAAATTTCCAATCTAAATATTAAAAAATCAAT
GTTCGGAAGCAAAACTACAAAGAAAAAGCAAGGATGAGATAACTAGAGGGCTAGTCCATTATCATCCTCACATGTACCCAATTTTACAGTTAGCTTATGGATGTAATTAATGAACTGTTTCAGCTCGTTGCATCGGCAACCAATTTGGTATTTAACTTTATGTCTTTAATTGTGAAATTTTTCCCAAAGTAGAGCATGGC
CAAATTTCCATTTTCTCAGGTGGTAATCTTAAAGATTTAGAGACAGACGGACACACATGTGAGGAAGTAAACCAAAACCAGGAAGCATGGCTCAGCATTTTTTTTTGCGCCTGATATGTTATCATTGTCTGCTTCTAATCTGCGTGATCGGGATGTGCTTTCCAAGAGTGATCCTATGGCTGTTGTATATACAAAGAAAC
AAGATGGATCACTTGAAGAACTAGGTCGTACTGAAGTAATTCTAAATTCTTTGGATCCTGTCTGGATAACAAAACAAAGAATCATATACTTTTTTGAGATTCTCCAGCCATTACTTTTCCGAGTGTATGATGTTGATAGCAAGTTTCACAATGTACCAACCAAGACGCTTCGTTTGGATGAACAACAACTTCTTGGGGAG
GCAGAATGTTTTCTGTCACAGATAGTGACAAAACGAGGTGGAAATATGACCCTCCCACTCAGACAAGGAACTGAACACAAAGGACCAGTCCCACGGGTGCAAAAATTTGGAGAGCTAACTCTACAAGTGGAGGAAACAATTGATTCAAAAACTACGGTTGAGATGGTTTTCCGCTGTTCTGATCTTCCAAACAAGGATCT
CTTCTCCAAAAGTGACCCTTTTTTAAAGATATTCAAACCGGTAGAAAATGGGCGTTTTGTTCCAGTGTGTAAGACAGAGGTTAAAATGAACGACCTCAATCCACAATGGAAACCATTGACTTTGAGCATACAACAGATTGGGAGTAAGGATAACCCGTTAATGATTGATTGCTATAATTTCAACAATAGTGGGAATCATG
AATTGATTGGAAGGATGCAAAAGTCGTTGGTTGACCTTGAGAAGCTTTCAATAAGCAATAGTGGAGAAAATTTCTATTTACCAACAGGCAGTAGTAATCATCATAACAAGATATTGAAGGGCCAGTTATTTGTAGATAAGTTCTCAGCAAGCACAAAACATAGTTTCTTGGACTACATTGCCAATGGGTACGAGTTAAAC
TTCGTGGTGGCTATAGATTTTACAGCTTCAAATGGGAATCCACGATTACCAGATTCTTTGCACTATCTGGACCCCTCGGGGCGGTCTAACGCATATCAGCGAGCAATCTGGTCAGTTGGTGAAGTTCTGGAGTTTTATGACACTGATAAACGGTTTACTGCATGGGGCTTTGGAGGCAGACCAATTGATGGGCCAGTTTC
TCATTGTTTCAATTTGAATGGAAGTGGTAGCAATGCTGAGGTTGAAGGAATAAATGGTATTATGTCTGCATATGCAAGTGCCTTGCGTAATGTCTCACTTGCCGGACCAACTTTATTTGGAAAAGTGATCAATTCTGCAGCTGAAATTGCTGATTTAAATGCAGGACAGCGGAAATACTATGTCCTCCTTATCATCACGG
ATGGAGTCATTACTGATCTTCAAGAAACAAAGGATGCTATCGTCAGGGCTTCAGATCTGCCTCTTTCAGTTCTTATTGTGGGTGTTGGTGGGGCAGATTTTAAAGAAATGGATATCCTGGATGCAGATAAAGGTGAACCATTAGAAAGTTCCACTGGACGAGTTGCAACACGTGATATAGTGCAATTTGTTCCCCTGCGG
AATTTGCCGAGTGAAGAAACAGTTGCACAATCACTGTTAGCTGAACTGCCCATGCAATTTTTGAGTTACATGAAGAGCAGAAATATAGAACCTGCTGGCTAGAGAGTTATTCCTCAAGCTGCAGTTTTGACAGATATTGTATTGATCACTTTGGAGCTGGTTTTACCGAATAGCCCTATTCCAGTGTGCTACACCTCTGA
CAGGACTGGTTAAGGAAAGTGTTTCTCTTTGTACTAGTTTCTTTCATGTACAGAAAGAATATTTTTTGGGCAATGCAAGCATTTTATAGTCTGAAATAATATTCTTATTTAACTATGACCCCTATGCAAAACAAGCAGGAAGATATGATGGACAGTGTATTCATTACCCATTTCTGTGAGATCAAGTAAAATGTTTATTG
ATGTAAATTACTGTAATAATAAAGTTTAAACAGTCTCCTTTTTCCCCATTGAAAAGGAAATGTGATCTTTAATGGATCCTACCCATCATGTTTTTCTCTACCCCTTGTTCACTGTAGTCACTCTTGCTGGAAAGATTGAAGTAGCATTCAAGTTGAGACATGGAGTTACACTCGAATCTGTTAAGACAACAATTTCCACC
GACTTAATTGGGTTTACCACAACAATTTCTCTAGGTCAGATATATATGGCGAGTTGGTTTTAAGATCCTAAATATATTAGAATGGAAAGTATCTCTAGTCCAATATAAGATATACGGTGAACTCATGGATTTAAGGTGTCTTTATTATGATTCTAAAATGTGGATTGTTCTTTGACATTATCATAGATCCCTTTAAAGCC
GGGCTTCTTTAAAGATGATTATGTGAATATAATTACAAAAGTTTGTTGCTGCA
>TRINITY_DN110967_c0_g2_i11 from sample A2 / Example unspliced isoform:CCCGAATTGAACGGAAATATTAATTATGGGGCGTGGTTCTACTTCTACCCATTTCTTGATTTGAAGACTGAAGTGAAGCAAAATGGGGTGCTGTTTCTCGGACACAGCGGGCGGACAGCAGGCAGTGGATGGCACTGGCGTCAACGCGGAGAAAAATCCGATCACTCACGCTTCTCCTGATGATGCCAATCGCGAGGCCT
CTGCCGCAGTCCAAGATTTCATGCAATCCCGGGGATATAATGGGCTCTCATCACAACTCGAGTTATCATTGTCTGCTTCTAATCTGCGTGATCGGGATGTGCTTTCCAAGAGTGATCCTATGGCTGTTGTATATACAAAGAAACAAGATGGATCACTTGAAGAACTAGGTCGTACTGAAGTAATTCTAAATTCTTTGGAT
CCTGTCTGGATAACAAAACAAAGAATCATATACTTTTTTGAGATTCTCCAGCCATTACTTTTCCGAGTGTATGATGTTGATAGCAAGTTTCACAATGTACCAACCAAGACGCTTCGTTTGGATGAACAACAACTTCTTGGGGAGGCAGAATGTTTTCTGTCACAGATAGTGACAAAACGAGGTGGAAATATGACCCTCCC
ACTCAGACAAGGAACTGAACACAAAGGACCAGTCCCACGGGTGCAAAAATTTGGAGAGCTAACTCTACAAGTGGAGGAAACAATTGATTCAAAAACTACGGTTGAGATGGTTTTCCGCTGTTCTGATCTTCCAAACAAGGATCTCTTCTCCAAAAGTGACCCTTTTTTAAAGATATTCAAACCGGTAGAAAATGGGCGTT
TTGTTCCAGTGTGTAAGACAGAGGTTAAAATGAACGACCTCAATCCACAATGGAAACCATTGACTTTGAGCATACAACAGATTGGGAGTAAGGATAACCCGTTAATGATTGATTGCTATAATTTCAACAATAGTGGGAATCATGAATTGATTGGAAGGATGCAAAAGTCGTTGGTTGACCTTGAGAAGCTTTCAATAAGC
AATAGTGGAGAAAATTTCTATTTACCAACAGGCAGTAGTAATCATCATAACAAGATATTGAAGGGCCAGTTATTTGTAGATAAGTTCTCAGCAAGCACAAAACATAGTTTCTTGGACTACATTGCCAATGGGTACGAGTTAAACTTCGTGGTGGCTATAGATTTTACAGCTTCAAATGGGAATCCACGATTACCAGATTC
TTTGCACTATCTGGACCCCTCGGGGCGGTCTAACGCATATCAGCGAgtgagaagttacttcatttcttgcagGCAATCTGGTCAGTTGGTGAAGTTCTGGAGTTTTATGACACTGATAAACGGTTTACTGCATGGGGCTTTGGAGGCAGACCAATTGATGGGCCAGTTTCTCATTGTTTCAATTTGAATGGAAGTGGTAG
CAATGCTGAGGTGAAGGATTATACTTCTATTTTCTGTCACGTGTGGTGTGCTAATTGCACTTATAATTGTTGAATGTTGAAACTATAATGCACTGAGTAGGCACACCTTCATTGTATTTTTTCTTTAGAATACCTGATTTCATATCCAATGGCAGGTTGAAGGAATAAATGGTATTATGTCTGCATATGCAAGTGCCTTG
CGTAATGTCTCACTTGCCGGACCAACTTTATTTGGAAAAGTGATCAATTCTGCAGCTGAAATTGCTGATTTAAATGCAGGACAGCGGAAATACTATGTCCTCCTTATCATCACGGATGGAGTCATTACTGATCTTCAAGAAACAAAGGATGCTATCGTCAGGGCTTCAGATCTGCCTCTTTCAGTTCTTATTGTGGGTGT
TGGTGGGGCAGATTTTAAAGAAATGGAT
Intron 9 GTATGACATT ... ACCTCTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.16 | 151 | 1 | 43 |
| A2 | 18.32 | 107 | 1 | 24 |
| A3 | 18.72 | 178 | 1 | 41 |
| A4 | 17.34 | 143 | 0 | 30 |
| A5 | 13.16 | 66 | 0 | 10 |
| A6 | 22.94 | 131 | 0 | 39 |
| A7 | 19.83 | 275 | 0 | 68 |
| A8 | 16.15 | 109 | 0 | 21 |
| A9 | 21.74 | 252 | 0 | 70 |
| A10 | 17.01 | 244 | 0 | 50 |
>TRINITY_DN119500_c5_g2_i8 from sample A1 / Example spliced isoformCCGAGTGTATGATGTTGATAGCACGTTTCACAATGTACCAACCAAGGTAGTTCATGGCATTTTTCCATCTACATTCTTGTGGTTTTACCACTTCTGTGGAATTTTACTTATTATCCACTTCACAGGAATCTTTTAGAAATGCAGCTAGTCATGTCTAAGTTTTCATTTTGGGATAATTATATTGTTTGCAGTTTTGGCAA
GGAAAACTAGCAGTATTTAACTGTTTACTTTCTTGTTCTTTTGCCAATATTACCAGACTCAGAATTGGCAAAAACCCAGTAAGACAAAAGTGTGAAGAGTTTGAACTGGATTGGGAAAAATCAAGAAAAAATCGGTAAATACAGAAAAAAACCCTGCTGTTTTCGATGCCCTAGATGTCCAGCAGCATCAGTGGATGGCC
TGAGATGGATTACTTTGTCCTCCTGTAGCTCAGTTTGTCACTGTTGGTAACTTGGCAGAGGGGAAACCAGCTCAAACAGACATGTAAAAATGAATGAAAACCCACAAAAACTGCTTTTTAAAGACAAACTCTGGGGCCCAATCCAATTTGAAGCATGAGTCAATGTTGCGAACCTGATTTCAAAACATGATTTTGACTAG
GTTGACTGAGTCAAACTCGGTCAATTTGAGTTTGACTCAGGAAGGTTTGTCTTGGCTTGTTTGAGGGCTGATCTGATTCAAAATTGTGATTTTCTGGTTTGAATTGTGATTCTTGTTTCACTGGCTTTTACCACTTTTGTGGAGTTTTACTTTTTATCCACTGGACGGGAATCTTTTCAAAATGCTGCTAGTCATGTTCA
AGTTCTCCTCCTGGCATAATTCTATTGTTTGCAGTTTCAGCAAGAAAAATTAGCAGCCAGAAATCAGTGATTCAATAAGGCAGAAACTACCATTCTTGGAAAATTCCTTCAGTGGATTACAATTTTTTTGCAACCTGATGTAAAAATATATACAGCCATCACAGACTGGCATTTAAATTTTCTACTTTGCATAATGAGTT
TCCATTGAATGACCATTATTAGCCACACAGATTATTTTCATATTGTAATACTGTGGATGACTATTTAGAGCAAAGGAGAAGAGAACGTCTGTGAAGAGTGATAGGAAAACATGGGATTAAGCTGTTCCTTAGATGGAGGATGGAGTATCTGCTGTGAAGGAGTAATATTGGAAATGTTGATTCTCTAGTGTCATCATTTG
ATTGGGAATGCCTTCAATGCTGCTTTTTATAACCTAGTTGCAAATGATATGCAAATCAGTGAACAATTACAGAAGTAAGAAATACTAAAAGGCTAGTTTGTCAGATAAACAAAAGAGATTTATGCTGTATAGAAAAGTATCTCCTTAAGCTTTTGTAGGTTCTAAAACTCTTGGTAATGATGGTATCATGGTACTGTTAA
TCTGTGACTTCTAAATGAAATTGTTATAGTCATGGCCAGAATCCATTGAAACAACTGGCCGAAAGGAAGCACTGGCTGGCAGGATAATAGACTTATAGCCAACCTGGTATTCTACTGTTCGATTCCAACTGACATTCTTTCCCAATTTACTAGAGTTTATATATTTTCATATCAGCTTTTCATATACTCTTCAGCTGATC
TTAACCTTCAAATTGACCTATGAATGCACCTGTTCTTGGGAAATTTACTGCACTCAAAGGTATACTTGTCCTCGAAGTGAACTTCTCAGCCCGAGAAGTAAACCCACACTGCTCAGACTTAAAGAGAAGCATTATGATTATATTCAAATCACCAAATTTGTAAATCACGGCCAAGGTGGTGGTTTGATTGAGTAAGCATC
TGTCAGATCATTTTGAAATTTGTAATAGTACAAGTGTTCAAGGTGGCAATGCAATCTTTCAATAGACTTATACTTTACTATATGCAAGTAAAATTAATAATCATAGTGCAGGATAGAATGCGTGTTAAATTTTTTCTTTCTTATATCATTACGCAACTGTTTGCAAACAGGGAAGTGTCACATCAAATAGTATCCTTTCA
TGGATACAGTTGTGTTTAAGATTTGAGATAGCTATATACACTGAGCAGATCTCAAAATCTCACAAAGAAATGGATATAAATTGCATCGCAGATGTGGGGAATCTGTTCTCTCATAGTGATTTAAGTAACATCATGCTCTCATGATAACACTTTATAGTACTAAATCTTATTTACCAGCTCCATATTAATCAGTCCGAGTG
GTCACATCCTTTATAACAGTAAATGTAAGCCTCAAAACTACAGTTCATTATTACTAGATGCCAAAAGCATGTGGCCTTTATTGAATAAGTTTTGATCTTCTGCATAAATTATTCAGCTAGACATTCGTTGCATCTGTTCAACTAGTTCAGAACTGTGGCACATTCTATCTGAATTTGTAATACGTGATTAGAAATTCTCA
AAGTCGTTATAGCTGTTAATGTATGATCTTCTCGGTCTTTGTGTAGACGCTTCGTTTGGATGAACAACAACTTCTTGGGGAGGCAGAATGTTTTCTGTCACAGATAGTGACAAAACGAGGTGGAAATATGACCCTCCCACTCAGACAAGGAACTGAACACAAAGGACCAGTCCCACGGGTGCAAAAATTTGGAGAGCTAA
CTCTACAAGTGGAGGAAACAATTGATTCAAAAACTACGGTTGAGATGGTTTTCCGCTGTTCTGATCTTCCAAACAAGGATCTCTTCTCCAAAAGTGACCCTTTTTTAAAGATATTCAAACCGGTAGAAAATGGGCGTTTTGTTCCAGTGTGTAAGACAGAGGTTAAAATGAACGACCTCAATCCACAATGGAAACCATTG
ACTTTGAGCATACAACAGATTGGGAGTAAGGATAACCCGTTAATGATTGATTGCTATAATTTCAACAATAGTGGGAATCATGAATTGATTGGAAGGATGCAAAAGTCGTTGGTTGACCTTGAGAAGCTTTCAATAAGCAATAGTGGAGAAAATTTCTATTTACCAACAGGCAGTAGTAATCATCATAACAAGATATTGAA
GGGCCAGTTATTTGTAGATAAGTTCTCAGCAAGCACAAAACATAGTTTCTTGGACTACATTGCCAATGGGTACGAGTTAAACTTCGTGGTGGCTATAGATTTTACAGCTTCAAATGGGAATCCACGATTACCAGATTCTTTGCACTATCTGGACCCCTCGGGGCGGTCTAACGCATATCAGCGAGCAATCTGGTCAGTTG
GTGAAGTTCTGGAGTTTTATGACACTGATAAACGGTTTACTGCATGGGGCTTTGGAGGCAGACCAATTGATGGGCCAGTTTCTCATTGTTTCAATTTGAATGGAAGTGGTAGCAATGCTGAGGTTGAAGGAATAAATGGTATTATGTCTGCATATGCAAGTGCCTTGCGTAATGTCTCACTTGCCGGACCAACTTTATTT
GGAAAAGTGATCAATTCTGCAGCTGAAATTGCTGATTTAAATGCAGGACAGCGGAAATACTATGTCCTCCTTATCATCACGGATGGAGTCATTACTGATCTTCAAGAAACAAAGGATGCTATCGTCAGGGCTTCAGATCTGCCTCTTTCAGTTCTTATTGTGGGTGTTGGTGGGGCAGATTTTAAAGAAATGGATATCCT
GGATGCAGATAAAGGTGA
>TRINITY_DN119500_c5_g2_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAAGGATCTCTTCTCCAAAAGTgtatgacattatgcacagatttttattgagacatattgttcttattcattttttctttttgatgtttcaactgtaaatgaatggtaaataagaagttgtttcatgctttgattctttttttacctctgtagGACCCTTTTTTAAAGATATTCAAACCGGTAGAAAATGGGCGTTTTGT
TCCAGTGTGTAAGACAGAGGTTAAAATGAACGACCTCAATCCACAATGGAAACCATTGACTTTGAGCATACAACAGATTGGGAGTAAGGATAACCCGTTAATGATTGATTGCTATAATTTCAACAATAGTGGGAATCATGAATTGATTGGAAGGATGCAAAAGTCGTTGGTTGACCTTGAGAAGCTTTCAATAAGCAATA
GTGGAGAAAATTTCTATTTACCAACAGGCAGTAGTAATCATCATAACAAGATATTGAAGGGCCAGTTATTTGTAGATAAGTTCTCAGCAAGCACAAAACATAGTTTCTTGGACTACATTGCCAATGGGTACGAGTTAAACTTCGTGGTGGCTATAGATTTTACAGCTTCAAATGGGAATCCACGATTACCAGATTCTTTG
CACTATCTGGACCCCTCGGGGCGGTCTAACGCATATCAGCGAGCAATCTGGTCAGTTGGTGAAGTTCTGGAGTTTTATGACACTGATAAACGGTTTACTGCATGGGGCTTTGGAGGCAGACCAATTGATGGGCCAGTTTCTCATTGTTTCAATTTGAATGGAAGTGGTAGCAATGCTGAGGTTGAAGGAATAAATGGTAT
TATGTCTGCATATGCAAGTGCCTTGCGTAATGTCTCACTTGCCGGACCAACTTTATTTGGAAAAGTGATCAATTCTGCAGCTGAAATTGCTGATTTAAATGCAGGACAGCGGAAATACTATGTCCTCCTTATCATCACGGATGGAGTCATTACTGATCTTCAAGAAACAAAGGATGCTATCGTCAGGGCTTCAGATCTGC
CTCTTTCAGTTCTTATTGTGGGTGTTGGTGGGGCAGATTTTAAAGAAATGGATATCCTGGATGCAGATAAAGGTGA
Intron 10 GTAGTTCATG ... CTTTGTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.61 | 154 | 2 | 45 |
| A2 | 16.8 | 104 | 1 | 21 |
| A3 | 18.48 | 150 | 5 | 34 |
| A4 | 21.79 | 140 | 1 | 39 |
| A5 | 28.89 | 64 | 2 | 26 |
| A6 | 15.31 | 88.5 | 0 | 16 |
| A7 | 19.52 | 235 | 0 | 57 |
| A8 | 22.4 | 97 | 0 | 28 |
| A9 | 19.59 | 197 | 0 | 48 |
| A10 | 21.57 | 200 | 0 | 55 |
>TRINITY_DN119500_c5_g2_i6 from sample A1 / Example spliced isoformCGAGTTTATTTCATTCGTCTTGCTCGAAAATTCGAGCGAAGCGATGGGGTGCTGTTTCTCAGACATCACCGGCGGGCAGCAGGCGGTGGGGGGCGTCAATGCGGACAAATACACGGTGGGAGCCAATGAGGCTTACACTGCAGTTCAAAATTTTATGCAATCCCGCGGTGTTCAGGCCCTTTCATATCAAATAGAGTTAT
CATTGTCTGCTTCTAATCTGCGTGATCGGGATGTGCTTTCCAAGAGTGATCCTATGGCTGTTGTATATACAAAGAAACAAGATGGATCACTTGAAGAACTAGGTCGTACTGAAGTAATTCTAAATTCTTTGGATCCTGTCTGGATAACAAAACAAAGAATCATATACTTTTTTGAGATTCTCCAGCCATTACTTTTCCGA
GTGTATGATGTTGATAGCAAGTTTCACAATGTACCAACCAAGACGCTTCGTTTGGATGAACAACAACTTCTTGGGGAGGCAGAATGTTTTCTGTCACAGATAGTGACAAAACGAGGTGGAAATATGACCCTCCCACTCAGACAAGGAACTGAACACAAAGGACCAGTCCCACGGGTGCAAAAATTTGGAGAGCTAACTCT
ACAAGTGGAGGAAACAATTGATTCAAAAACTACGGTTGAGATGGTTTTCCGCTGTTCTGATCTTCCAAACAAGGATCTCTTCTCCAAAAGTATATTCAAACCGGTAGAAAATGGGCGTTTTGTTCCAGTGTGTAAGACAGAGGTTAAAATGAACGACCTCAATCCACAATGGAAACCATTGACTTTGAGCATACAACAGA
TTGGGAGTAAGGATAACCCGTTAATGATTGATTGCTATAATTTCAACAATAGTGGGAATCATGAATTGATTGGAAGGATGCAAAAGTCGTTGGTTGACCTTGAGAAGCTTTCAATAAGCAATAGTGGAGAAAATTTCTATTTACCAACAGGCAGTAGTAATCATCATAACAAGATATTGAAGGGCCAGTTATTTGTAGAT
AAGTTCTCAGCAAGCACAAAACATAGTTTCTTGGACTACATTGCCAATGGGTACGAGTTAAACTTCGTGGTGGCTATAGATTTTACAGCTTCAAATGGGAATCCACGATTACCAGATTCTTTGCACTATCTGGACCCCTCGGGGCGGTCTAACGCATATCAGCGAGCAATCTGGTCAGTTGGTGAAGTTCTGGAGTTTTA
TGACACTGATAAACGGTTTACTGCATGGGGCTTTGGAGGCAGACCAATTGATGGGCCAGTTTCTCATTGTTTCAATTTGAATGGAAGTGGTAGCAATGCTGAGGTTGAAGGAATAAATGGTATTATGTCTGCATATGCAAGTGCCTTGCGTAATGTCTCACTTGCCGGACCAACTTTATTTGGAAAAGTGATCAATTCTG
CAGCTGAAATTGCTGATTTAAATGCAGGACAGCGGAAATACTATGTCCTCCTTATCATCACGGATGGAGTCATTACTGATCTTCAAGAAACAAAGGATGCTATCGTCAGGGCTTCAGATCTGCCTCTTTCAGTTCTTATTGTGGGTGTTGGTGGGGCAGATTTTAAAGAAATGGATATCCTGGATGCAGATAAAGGTGA
>TRINITY_DN119500_c5_g2_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCGAGTGTATGATGTTGATAGCACGTTTCACAATGTACCAACCAAGgtagttcatggcatttttccatctacattcttgtggttttaccacttctgtggaattttacttattatccacttcacaggaatcttttagaaatgcagctagtcatgtctaagttttcattttgggataattatattgtttgcagttttggcaa
ggaaaactagcagtatttaactgtttactttcttgttcttttgccaatattaccagactcagaattggcaaaaacccagtaagacaaaagtgtgaagagtttgaactggattgggaaaaatcaagaaaaaatcggtaaatacagaaaaaaaccctgctgttttcgatgccctagatgtccagcagcatcagtggatggcc
tgagatggattactttgtcctcctgtagctcagtttgtcactgttggtaacttggcagaggggaaaccagctcaaacagacatgtaaaaatgaatgaaaacccacaaaaactgctttttaaagacaaactctggggcccaatccaatttgaagcatgagtcaatgttgcgaacctgatttcaaaacatgattttgactag
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agttctcctcctggcataattctattgtttgcagtttcagcaagaaaaattagcagccagaaatcagtgattcaataaggcagaaactaccattcttggaaaattccttcagtggattacaatttttttgcaacctgatgtaaaaatatatacagccatcacagactggcatttaaattttctactttgcataatgagtt
tccattgaatgaccattattagccacacagattattttcatattgtaatactgtggatgactatttagagcaaaggagaagagaacgtctgtgaagagtgataggaaaacatgggattaagctgttccttagatggaggatggagtatctgctgtgaaggagtaatattggaaatgttgattctctagtgtcatcatttg
attgggaatgccttcaatgctgctttttataacctagttgcaaatgatatgcaaatcagtgaacaattacagaagtaagaaatactaaaaggctagtttgtcagataaacaaaagagatttatgctgtatagaaaagtatctccttaagcttttgtaggttctaaaactcttggtaatgatggtatcatggtactgttaa
tctgtgacttctaaatgaaattgttatagtcatggccagaatccattgaaacaactggccgaaaggaagcactggctggcaggataatagacttatagccaacctggtattctactgttcgattccaactgacattctttcccaatttactagagtttatatattttcatatcagcttttcatatactcttcagctgatc
ttaaccttcaaattgacctatgaatgcacctgttcttgggaaatttactgcactcaaaggtatacttgtcctcgaagtgaacttctcagcccgagaagtaaacccacactgctcagacttaaagagaagcattatgattatattcaaatcaccaaatttgtaaatcacggccaaggtggtggtttgattgagtaagcatc
tgtcagatcattttgaaatttgtaatagtacaagtgttcaaggtggcaatgcaatctttcaatagacttatactttactatatgcaagtaaaattaataatcatagtgcaggatagaatgcgtgttaaattttttctttcttatatcattacgcaactgtttgcaaacagggaagtgtcacatcaaatagtatcctttca
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gtcacatcctttataacagtaaatgtaagcctcaaaactacagttcattattactagatgccaaaagcatgtggcctttattgaataagttttgatcttctgcataaattattcagctagacattcgttgcatctgttcaactagttcagaactgtggcacattctatctgaatttgtaatacgtgattagaaattctca
aagtcgttatagctgttaatgtatgatcttctcggtctttgtgtagACGCTTCGTTTGGATGAACAACAACTTCTTGGGGAGGCAGAATGTTTTCTGTCACAGATAGTGACAAAACGAGGTGGAAATATGACCCTCCCACTCAGACAAGGAACTGAACACAAAGGACCAGTCCCACGGGTGCAAAAATTTGGAGAGCTAA
CTCTACAAGTGGAGGAAACAATTGATTCAAAAACTACGGTTGAGATGGTTTTCCGCTGTTCTGATCTTCCAAACAAGGATCTCTTCTCCAAAAGTGACCCTTTTTTAAAGATATTCAAACCGGTAGAAAATGGGCGTTTTGTTCCAGTGTGTAAGACAGAGGTTAAAATGAACGACCTCAATCCACAATGGAAACCATTG
ACTTTGAGCATACAACAGATTGGGAGTAAGGATAACCCGTTAATGATTGATTGCTATAATTTCAACAATAGTGGGAATCATGAATTGATTGGAAGGATGCAAAAGTCGTTGGTTGACCTTGAGAAGCTTTCAATAAGCAATAGTGGAGAAAATTTCTATTTACCAACAGGCAGTAGTAATCATCATAACAAGATATTGAA
GGGCCAGTTATTTGTAGATAAGTTCTCAGCAAGCACAAAACATAGTTTCTTGGACTACATTGCCAATGGGTACGAGTTAAACTTCGTGGTGGCTATAGATTTTACAGCTTCAAATGGGAATCCACGATTACCAGATTCTTTGCACTATCTGGACCCCTCGGGGCGGTCTAACGCATATCAGCGAGCAATCTGGTCAGTTG
GTGAAGTTCTGGAGTTTTATGACACTGATAAACGGTTTACTGCATGGGGCTTTGGAGGCAGACCAATTGATGGGCCAGTTTCTCATTGTTTCAATTTGAATGGAAGTGGTAGCAATGCTGAGGTTGAAGGAATAAATGGTATTATGTCTGCATATGCAAGTGCCTTGCGTAATGTCTCACTTGCCGGACCAACTTTATTT
GGAAAAGTGATCAATTCTGCAGCTGAAATTGCTGATTTAAATGCAGGACAGCGGAAATACTATGTCCTCCTTATCATCACGGATGGAGTCATTACTGATCTTCAAGAAACAAAGGATGCTATCGTCAGGGCTTCAGATCTGCCTCTTTCAGTTCTTATTGTGGGTGTTGGTGGGGCAGATTTTAAAGAAATGGATATCCT
GGATGCAGATAAAGGTGA