NA ----> NA

Intron 1 GTAAGATCAT ... CGTTTAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61.11	7	11	2
A2	100	0	17	0
A3	80	2	8	8
A4	100	0	7	0
A5	75	1	3	0
A6	83.58	11	56	3
A7	67.5	13	27	2
A8	91.43	3	32	0
A9	90.48	2	19	0
A10	88.24	2	15	0

>TRINITY_DN39811_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

CGAGAATTCATATTTATATGGGCATGACAAAGGAGAACAGCAGTTTTCATCTTCATTAAGAAACACCAATTTATATCCATGTTTGTTTCTTCTCCACCCTCGCCTGTTGTGTTCATGGATTGTGGTTGCAGAGCTTTTGTGAATACAAGAACAATGCTTATGCCGGGACAGTTAACCCCAGATCAAAACGAGGGCGTGAA
TAATAATAAGAAACTACTGAACAGAAGAAGAATTGCGTTGACAACACCCGCGGATTATGCTCACAGATTGACTAACCTCCTACAGCGACAAGGCGCAGAGACCCTCTGGTGTCCCACGGTTGTGGTGGAATTTACAGATGACACAAGAAAAAACGTGACAGAAACCATATGGGAGGGCACCCAATCCTTATTGGATCTCT
ACTCAGCCATTGCATTTACATCTCGTGCAGGAATCACAGCACTTGCACAAGCTCTGGAAGAGCGTAAAGGTGCCCCTCTCACCACAGAAGGAGACCCATTTGTCGTAGGAGCTCTGGGAAGGGATGCCCAATTGCTCAAGGACTTGAGAATTTGCAGAGAGAATCCTAGAGTGAAAACATTGGTGCCCTCCGTAGCCACC
CCTCAGGCTCTAGTTGATGAATTGGGAAATGGATCCGGGCGCAAAATTTTGTGCCCCGTGCCCCTTGTATTGGGTCTAGACGAGCCTCCAGTTGTTCCCCATTTTTTAAGTGCCTTACGAGCTAAGGGCTGGGATGTGGTGCGCCTTAATGCATATGTCACTAGGTGGGCTGGTCCAGATTGTGCTCAGAGTCTGCTTGG
TATGGAGGGGATCGATGCAATTGTGTTTACGAGCACAGCAGAGGTTCAGGGTCTGCTGAAGAGCCTCCATGCCTTGGGTACAGACTGGAAAATGTTCAGGGATCAGCATCCTCGGCTTCTGGTGGCTGCACATGGGCCTGTTACAGCATCTGGAGCGCATCGGCTTGGGGTTGAAATTGATGTTGTTGGTAAAGAATTCA
ACAGTTTTAGTGGTGTTATTGATGCACTTGCATTGAATTTGAGATCCAATTCAGAAAAACAATGAGTAAGTTGAGATGCAAAGGAAGCCAGAGTGCCTCATTCCATGCATAAATGCTACTTTTGGGTGCCGAAGTGCGGCTTTGATTTGATGGACTAAAGTTGGGATTTGGCACAGAGGAGCTGTTACTGGCTTTTGATG
ATTTGAATGTATTGCCTGGTTGCACTTTAAAACCTACTACAGGTTTTAGGAGTTTGGAGATATTGAAAACAAGTTTATAAATGGAAAACCTGTCTGGCTGTAAATGTTTTGTGAAATGCTTTGAAAGAGGATATATATATTTAATGATGGATTAATTTTTTTATGTCTTTGCAACGAGTCAGTTTGTTGTGCATAGGACC
TCAATTAGTGTTAAAAGATCTTTGGTGGCTTTCCAGTTTAGCCTGTCAGCTTTAGAGCAAGTAGATGCTAGCATATGGC

>TRINITY_DN39811_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CGAGAATTCATATTTATATGGGCATGACAAAGGAGAACAGCAGTTTTCATCTTCATTAAGAAACACCAATTTATATCCATGTTTGTTTCTTCTCCACCCTCGCCTGTTGTGTTCATGGATTGTGGTTGCAGAGCTTTTGTGAATACAAGAACAATGCTTATGCCGGGACAGTTAACCCCAGATCAAAACGAGGGCGTGAA
TAATAATAAGAAACTACTGAACAGAAGAAGAATTGCGTTGACAACACCCGCGGATTATGCTCACAGATTGACTAACCTCCTACAGCGACAAGGCGCAGAGACCCTCTGGTGTCCCACGGTTGTGGTGGAATTTACAGATGACACAAGAAAAAACGTGACAGAAACCATATGGGAGGGCACCCAATCCTTATTGGATCTCT
ACTCAGCCATTGCATTTACATCTCGTGCAGGAATCACAGCACTTGCACAAGCTCTGGAAGAGCGTAAAGGTGCCCCTCTCACCACAGAAGGAGACCCATTTGTCGTAGGAGCTCTGGGAAGGGATGCCCAATTGCTCAAGGACTTGAGAATTTGCAGAGAGAATCCTAGAGTGAAAACATTGGTGCCCTCCGTAGCCACC
CCTCAGGCTCTAGTTGATGAATTGGGAAATGGATCCGGGCGCAAAATTTTGTGCCCCGTGCCCCTTGTATTGGGTCTAGACGAGCCTCCAGTTGTTCCCCATTTTTTAAGTGCCTTACGAGCTAAGGGCTGGGATGTGGTGCGCCTTAATGCATATGTCACTAGGTGGGCTGGTCCAGATTGTGCTCAGAGTCTGCTTGG
TATGGAGGGGATCGATGCAATTGTGTTTACGAGCACAGCAGAGGTTCAGGGTCTGCTGAAGAGCCTCCATGCCTTGGGTACAGACTGGAAAATGTTCAGGGATCAGCATCCTCGGCTTCTGGTGGCTGCACATGGGCCTGTTACAGCATCTGGAGCGCATCGGCTTGGGGTTGAAATTGATGTTGTTGGTAAAGAATTCA
ACAGTTTTAGTGGTGTTATTGATGCACTTGCATTGAATTTGAGATCCAATTCAGAAAAACAATGAGTgtaagatcatgcttatgtttactttttaacatcatttcatacctttctggtttataggacctcttctcttagaactaaaatttagaatagaataaaaatagaatttagaattaacatggaaggcgttgggttt
atcgtttcggacctttctagtttataccatatatggcctcttctcttggatttaaaagatagaaaggactttcattgaggatatggtcaactgtgttgggtttaaatctcgtttttatggccggtcagctccgttgtgaatttggttgtattttgtgggttagaatatcttggagcgaattacattgcattggtgagggt
gtttattcatttggatctaactgccaatttctggattctgaagactgtttttttgtcaatatgagcgaattctctggtgggctgttggtttcattgcactgcaaatgttgaatagttttgtatggtttcggagttcattgaaatttctgtaagatgttggccatgtttttgggaggtgcccatttggtaaggaggtctgg
acttggaaacatagccttttaacaggtacgtttacgccctacctctactggtggactttccttctcggagatccttgatgttgtcgtaaatctatctgcagcgtttagcagAAGTTGAGATGCAAAGGAAGCCAGAGTGCCTCATTCCATGCATAAATGCTACTTTTGGGTGCCGAAGTGCGGCTTTGATTTGATGGACT
AAAGTTGGGATTTGGCACAGAGGAGCTGTTACTGGCTTTTGATGATTTGAATGTATTGCCTGGTTGCACTTTAAAACCTACTACAGGTTTTAGGAGTTTGGAGATATTGAAAACAAGTTTATAAATGGAAAACCTGTCTGGCTGTAAATGTTTTGTGAAATGCTTTGAAAGAGGATATATATATTTAATGATGGATTAAT
TTTTTTATGTCTTTGCAACGAGTCAGTTTGTTGTGCATAGGACCTCAATTAGTGTTAAAAGATCTTTGGTGGCTTTCCAGTTTAGCCTGTCAGCTTTAGAGCAAGTAGATGCTAGCATATGGC

Intron 2 GTGAGTTATT ... GGAATATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55.56	2	1	4
A2	33.33	2	1	1
A3	-1	0	0	0
A4	-1	0	0	0
A5	33.33	3	3	0
A6	37.5	5	0	6
A7	33.33	5	4	1
A8	47.83	6	0	11
A9	45.45	3	4	1
A10	-1	0	0	0

>TRINITY_DN35259_c0_g2_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

TCTTCTTTGGCTGTAAAATCGTACAAGGAAGGAATCAATCTATTTCAGCATGGTGGGCTGGATGATGCATTTACTGAGCTTCTGAAATTTAGGCATTCTTTTGATCAGCAAAATGTTCAGGAATTTGTTTTGTTAGGTTTGGTTCTACTTAATAATTTGAGACTGCACAGGAAATGCAACCGACAAAGAGTTTGTTGGAA
TGATAGTGTTGAGACTGCTAACTAAGAAAGAAGTGGAGCCAGTTTATGGCATAAATCAGAAGTGCTGCCTTTTGTTTTTGCTATTGCTACAAACTTAGGCAGCAAACTCAATTCTCTGCTTTTCCTCATGCAAACCTTGTATATGTTACAGAAGTTGAGATGCAAAGGAAGCCAGAGTGCCTCATTCCATGCATAAATGC
TACTTTTGGGTGCCGAAGTGCGGCTTTGATTTGATGGACTAAAGTTGGGATTTGGCACAGAGGAGCTGTTACTGGCTTTTGATGATTTGAATGTATTGCCTGGTTGCACTTTAAAACCTACTACAGGTTTTAGGAGTTTGGAGATATTGAAAACAAGTTTATAAATGGAAAACCTGTCTGGCTGTAAATGTTTTGTGAAA
TGCTTTGAAAGAGGATATATATATTTAATGATGGA

>TRINITY_DN35259_c0_g2_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TCTTCTTTGGCTGTAAAATCGTACAAGGAAGGAATCAATCTATTTCAGCATGGTGGGCTGGATGATGCATTTACTGAGCTTCTGAAATTTAGGCATTCTTTTGATCAGCAAAATGTTCAGGAATTTGTTTTGTTAGGTTTGGTTCTACTTAATAATTTGAGACTGCACAGGAAATGCAACCGACAAAGAGTTTGTTGGAA
TGATAGTGTTGAGACTGCTAACTAAGAAAGAAGTGGAGCCAGTTTATGGCATAAATCAGAAGTGCTGCCTTTTGTTTTTGCTATTGCTACAAACTTAGGCAGCAAACTCAATTCTCTGCTTTTCCTCATGCAAACCTTGTATATGTTACAGAAGTTGAGATGCAAAGGAAGCCAGAGTGCCTCATTCCATGCATAAATGC
TACTTTTGGGTGCCGAAgtgagttattttggtcatcgtttgatacatatgttactattatagtataactaatataaaacatttcaagaaagcaaccactgaagcaacaaagttgcaaatatatttctggaatatcagGTGCGGCTTTGATTTGATGGACTAAAGTTGGGATTTGGCACAGAGGAGCTGTTACTGGCTTTT
GATGATTTGAATGTATTGCCTGGTTGCACTTTAAAACCTACTACAGGTTTTAGGAGTTTGGAGATATTGAAAACAAGTTTATAAATGGAAAACCTGTCTGGCTGTAAATGTTTTGTGAAATGCTTTGAAAGAGGATATATATATTTAATGATGGA