NA ----> NA

Intron 1 GTAAAGTCCT ... TAAAAAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.11	11	14	9
A2	46.67	8	11	3
A3	53.85	12	20	8
A4	47.37	5	7	2
A5	50	3	4	2
A6	54.77	83	140	61
A7	57.58	42	80	34
A8	50.97	101	175	35
A9	54.74	62	109	41
A10	52.59	32	52	19

>TRINITY_DN40408_c0_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

CAGGTAAAATGGTACTGGATGCATTCAGAAGGTTCTGACGTGATATCTCATTTGATTGATAATTTTATTGTCTAAATAGGAGGGCATTACCAGTTACCAATAGGACATTCTTAAAAATCTAAATGTGGCATTATTTACCTCATGGAAGGCTCTGAAAAGATCTTTATCTGCCTTTCATGCTAGAATGTGAATAGCTTTGG
GATGTCCTCTTCATAATTGTTCATACAAAAACCGTGTTTGGGAATTCTTTCTTCCATGGTCAGAAGGTATGAGATATCGGAAAGAGGTCGTTGATACCTTCCCTGGAGATATTGCCATACTGTTGTGGCTGGTTCTCAAGGTCATTGTATTGATCTGATTGTTCCTGCATTATTTGCCTTTGTGACACTTGAAAGCTGAA
ATTCAGTTGTATCTGTTGGTGATTCTCCCCCAACAAATCCAGTGTTCTAATTTCCTCGTATTAACAGGCAAAGATGTATGCACATTGGTGATATTGATTGATACTCTACTTCAAACAGTGTTTTAAAACTTCGGATATACGGAAAATAAGCAGAATGGCTTAATTTGGAGTGAAGTTGATAAGCATGTTATACTTCTTCA
TAACACAATCGGTTGTTGCATGCAAGGAAACCCCAGGAGGGGAAAGACACCCTGAATAAATAGTAGTTGGAAGCAGAGGCTCCTCACTGGCTTGACATTTTGTTAACTTTGTAAATCCTTGATTGCCCAGAGACTTTGTATTGTTAGAATAAAAGAAAATGTTTTTATAAACTAGCAAGTCACCTTATATTATGAATAAA
AATTCATAAGTGACTGTTGTGGATCTCCCAAGCCAAGGTGAGAGCATGGGTACTTTTGCATGAAGTTATCTTTTAGCCCCAAAGCTTTGCCAGCTCAAAATGAAAATGAAATGCATTGTATGCTGGTGAAAGGCTACTTTTGTCTATGTAACTATGTTGTATAATCTGCACAAGAAAGCACCCCATAGTTGATTGAGCAC
TGGAGTTCGTGAAGAGCAAAGCTTACTTTAACAACGGAACCCAAGAATTGTGAAATATAAGTTGTACAATTGTTGTTTCAAGTTTCTAAAAAC

>TRINITY_DN40408_c0_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TATTTTTTCTGTTCAGGGTTTGTCACTGAGAGTATATCATTCAATGTTGTTTATAAAAGCTGTTATATTAAACTAATCTGTTGTCGGCATTGTGGGGACTTGTTTTTGCAGGTAAAATGGTACTGGATGCATTCAGAAGGTTCTGACGTGATATCTCATTTGATTGATAATTTTATTGTCTAAATAGGAGGGCATTACCA
GTTACCAATAGGACATTCTTAAAAATCTAAATGTGGCATTATTTACCTCATGGAAGGCTCTGAAAAGATCTTTATCTGCCTTTCATGCTAGAATGTGAATAGCTTTGGGATGTCCTCTTCATAATTGTTCATACAAAAACCGTGTTTGGGAATTCTTTCTTCCATGGTCAGAAGGTATGAGATATCGGAAAGAGGTCGTT
GATACCTTCCCTGGAGATATTGCCATACTGTTGTGGCTGGTTCTCAAGGTCATTGTATTGATCTGATTGTTCCTGCATTATTTGCCTTTGTGACACTTGAAAGCTGAAATTCAGTTGTATCTGTTGGTGATTCTCCCCCAACAAATCCAGTGTTCTAATTTCCTCGTATTAACAGGCAAAgtaaagtcctcactcgatgt
aattgccattgacatttatgtatttcaatgtacttgtattgaatgttggattgttaatcagtcccctatacgtcatgtataaaaagcagGATGTATGCACATTGGTGATATTGATTGATACTCTACTTCAAACAGTGTTTTAAAACTTCGGATATACGGAAAATAAGCAGAATGGCTTAATTTGGAGTGAAGTTGATAAG
CATGTTATACTTCTTCATAACACAATCGGTTGTTGCATGCAAGGAAACCCCAGGAGGGGAAAGACACCCTGAATAAATAGTAGTTGGAAGCAGAGGCTCCTCACTGGCTTGACATTTTGTTAACTTTGTAAATCCTTGATTGCCCAGAGACTTTGTATTGTTAGAATAAAAGAAAATGTTTTTATAAACTAGCAAGTCAC
CTTATATTATGAATAAAAATTCATAAGTGACTGTTGTGGATCTCCCAAGCCAAGGTGAGAGCATGGGTACTTTTGCATGAAGTTATCTTTTAGCCCCAAAGCTTTGCCAGCTCAAAATGAAAATGAAATGCATTGTATGCTGGTGAAAGGCTACTTTTGTCTATGTAACTATGTTGTATAATCTGCACAAGAAAGCACCC
CATAGTTGATTGAGCACTGGAGTTCGTGAAGAGCAAAGCTTACTTTAACAACGGAACCCAAGAATTGTGAAATATAAGTTGTACAATTGTTGTTTCAAGTTTCTAAAAAC