sp|Q69VR7|PPT1_ORYSJ ----> Phosphoenolpyruvate/phosphate translocator 1, chloroplastic

Intron 1 GTGAGTAACT ... AACATGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.79	134	2	31
A2	17.27	91	0	19
A3	18.11	104	1	23
A4	18.12	122	0	27
A5	15.52	49	0	9
A6	16.67	530	0	106
A7	18.01	478	0	105
A8	16.52	465	0	92
A9	16.84	464.5	0	94
A10	14.29	330	0	55

>TRINITY_DN118370_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

CAATTTTTTTGTCTGATTAAACTGGCTGTTTAACTTACAAAGCTACAATACATGCTATTTATCTCTTACAAACAAATGTGTGTCCTTTTAATAAAGTCTAAGGTACCTAATGATGTTTGCTTGGACTTACAGGTACCAAATCCATGGGTTGTTGCTTCTCTTGCACCTATTGTTGGTGGAGTAGCATTGGCTTCTCTCAC
AGAAGCTTCTTTTAACTGGGCAGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATTTGACATTTCAGTCTCGTAATGTGCTCAGCAAGAAATTGATGGTGAAAAAAGAGGAATCTCTGGACAACATAAACTTGTTCTCAATAATAACGATTATGTCGTTTTTCCTACTTGCTCCAGCAACTCTTTTCTTTGAAGGTGTTAAGTTCA
CACCTGCTTACCTGCAGTCTGTGGGCTTAGATGTGAATGTAATAGCTTTTAGAGCTTTGGTGGCAGGGATTTGCTTTCATGCATATCAACAGGTATCATACATGATACTTCAAAGGGTATCCCCAGTTACACATTCTGTGGGAAACTGTGTAAAGCGAGTTGTCGTAATAGTGGCCTCAGTTCTTTTCTTCAGGACACAA
GTTTCTTCTATTAATGCACTTGGAACTAGTATTGCACTTGCTGGAGTCTTTGGATACTCAAGGACAAAGCAACTGAAATCAAAGCCCAAATCAAAGGCAGATTAAGGCTTGCTCAAGGTAGTAGAGAGCTTATTAGCTTTTGGGCGTTTGAGGTTGAGCACTAAGAAATCGGGCATGGGAATTTGTACTTCTTTGTATCT
GGAATGCAAAGTAATATTGCTTCTGGAATATAGCAATACTTTCTGCCATTTATATTCTAAAAGAGGTACTGCACATTCATGTAAATCATTTTGTGTCAGATATTCTTTGATAGTTACCCTTGTTCCATTTTTATCTTACTGATTACATTTCCTGTTTTTGAATATTTGTTTTAGCAGAGGACTTTCTTATTCAATCACAA
TTGAATGTCATATTGTTACTTGTTTGAACAAAACTATAAGTAGTGACTTTTAAGTATTGTAACACTGGTATTTGAACATTTCAATTTAGCTTGCTGTGAATTCCTTCAGATTGGGTGGGAACGAGCATGTGATATTGCAGGTTTGCAATCATAAAGACTGCATGCTGAAAGGTCAATGATCGAATCTGTTTCAAGATGAG
AGGGGGC

>TRINITY_DN118370_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTGCTTACCTGCAGTCTGTGgtgagtaactatctaatcaacttcagttttcttgttcttgatatgtactaatggtcaggtgccaaacctaatctttttaacagtgttctttatatttatttagtggcttttggttgactattttaacatggcagGGCTTAGATGTGAATGTAATAGCTTTTAGAGCTTTGGTGGCAGGGA
TTTGCTTTCATGCATATCAACAGGTATCATACATGATACTTCAAAGGGTATCCCCAGTTACACATTCTGTGGGAAACTGTGTAAAGCGAGTTGTCGTAATAGTGGCCTCAGTTCTTTTCTTCAGGACACAAGTTTCTTCTATTAATGCACTTGGAACTAGTATTGCACTTGCTGGAGTCTTTGGATACTCAAGGACAAAG
CAACTGAAATCAAAGCCCAAATCAAAGGCAGATTAAGGCTTGCTCAAGGTAGTAGAGAGCTTATTAGCTTTTGGGCGTTTGAGGTTGAGCACTAAGAAATCGGGCATGGGAATTTGTACTTCTTTGTATCTGGAATGCAAAGTAATATTGCTTCTGGAATATAGCAATACTTTCTGCCATTTATATTCTAAAAGAGGTAC
TGCACATTCATGTAAATCATTTTGTGTCAGATATTCTTTGATAGTTACCCTTGTTCCATTTTTATCTTACTGATTACATTTCCTGTTTTTGAATATTTGTTTTAGCAGAGGACTTTCTTATTCAATCACAATTGAATGTCATATTGTTACTTGTTTGAACAAAACTATAAGTAGTGACTTTTAAGTATTGTAACACTGGT
ATTTGAACATTTCAATTTAGCTTGCTGTGAATTCCTTCAGATTGGGTGGGAACGAGCATGTGATATTGCAGGTTTGCAATCATAAAGACTGCATGCTGAAAGGTCAATGATCGAATCTGTTTCAAGATGAGAGGGGG

Intron 2 GTAAGTTTCT ... TGAACACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.14	174	40	27
A2	19.61	125	38	23
A3	16.84	121	18	31
A4	15.36	135	23	26
A5	14.29	54	12	6
A6	21.27	757	153	256
A7	20.42	610	129	184
A8	19.62	721	139	213
A9	20.8	651	136	206
A10	18.76	394	74	108

>TRINITY_DN31960_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

AGGAATTCTTCGCTGGTTAGTTGAATCGCGTCATATATGTCCTTCAATTCTCAGCACTCGTATTTTTGTCCACTCAATTTTTTCTTTGCCAAACTCTTATGGTGTTCGTGGTCTGATATTGTGGGCATTTCAGACCAACCCACGAAAATGCAGTGCGCTGCTGCTCTAAGCTACCCAGGGAAGGTCGGCGTATATGGGGG
TGGATCCATCAAGCCCAGCCCTCGTTCACGGCCCCTCTTCTTACTCTCTAATGTGCCCATTCGCCCAAATCTCAATTCAAAGCCCGAGCTCTCCATTAGCCCTTCTCAAAGGGCTGGATTGAGGCAATGGCCACTCTTGGCCTCAGCTTCCAACTATGGAAGTTATCAGAAGGGCATCAGAAGAGATGTTTGTGGAAAAA
CGAGCGCAGCACAGAACGATGGGGCTATACAAGCAGACGAGGCCGATAATGATTCGAAAAAGCTTATGAAGACTTTGCTGTTGGGATCTCTGTTTGGGCTTTGGTATCTGTTCAATGTCTTTTTCAACATCTATAATAAGCAGGTTTTGAAAGTTTTTCCCTGGCCAATTACAATCACAAATTTTCAGTTTGCTGTTGGA
ACTGTGGTTGTATTGTTGATGTGGTCTACTAGATTGTATAAGAGTCCTAAAATAACAGGTTCACAGCTTTTGGCAGTTTTGCCGCTGGCATGTGTTCACACTCTGGGAAATCTTTTCACTAACATGAGCCTTGGAAAAGTTGCAGTTTCCTTCACACATACAATTAAAGCTATGGAACCTTTTTTTTCTGTCCTTCTATC
AGCATTATTTTTGGGGGAGGTACCAAATCCATGGGTTGTTGCTTCTCTTGCACCTATTGTTGGTGGAGTAGCATTGGCTTCTCTCACAGAAGCTTCTTTTAACTGGGCAGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATTTGACATTTCAGTCTCGTAATGTGCTCAGCAAGAAATTGATGGTGAAAAAAGAGGAATCTCTGG
ACAACATAAACTTGTTCTCAATAATAACGATTATGTCGTTTTTCCTACTTGCTCCAGCAACTCTTTTCTTTGAAGGTGTTAAGTTCACACCTGCTTACCTGCAGTCTGTGGGCTTAGATGTGAATGTAATAGCTTTTAGAGCTTTGGTGGCAGGGATTTGCTTTCATGCATATCAACAGGTATCATACATGATACTTCAA
AGGGTATCCCCAGTTACACATTCTGTGGGAAACTGTGTAAAGCGAGTTGTCGTAATAGTGGCCTCAGTTCTTTTCTTCAGGACACAAGTTTCTTCTATTAATGCACTTGGAACTAGTATTGCACTTGCTGGAGTCTTTGGATACTCAAGGACAAAGCAACTGAAATCAAAGCCCAAATCAAAGGCAGATTAAGGCTTGCT
CAAGGTAGTAGAGAGCTTATTAGCTTTTGGGCGTTTGAGGTTGAGCACTAAGAAATCGGGCATGGGAATTTGTACTTCTTTGTATCTGGAATGCAAAGTAATATTGCTTCTGGAATATAGCAATACTTTCTGCCATTTATATTCTAAAAGAGGTACTGCACATTCATGTAAATCATTTTGTGTCAGATATTCTTTGATAG
TTACCCTTGTTCCATTTTTATCTTACTGATTACATTTCCTGTTTTTGAATATTTGTTTTAGCAGAGGACTTTCTTATTCAATCACAATTGAATGTCATATTGTTACTTGTTTGAACAAAACTATAAGTAGTGACTTTTAAGTATTGTAACACTGGTATTTGAACATTTCAATTTAGCTTGCTGTGAATTCCTTCAGATTG
GGTGGGAACGAGCATGTGATATTGCAGGTTTGCAATCATAAAGACTGCATGCTGAAAGGTCAATGATCGAATCTGTTTCAAGATGAGAGGGGGTCTAGAAAACACAAAAATTTCAACAGTAATGTTTTTAATATGTTGAGATAACATCAACTTCAGAGTCCCATAGTGTTCATTTGGACTGGCTATTCAAACAATTAATA
TAGCCTAAAACTGACACATTTTTTACTTCATGTCTGGAAGAACTCTATAATTTAAGGTGTAGTACATGTCTTCTAAAAATAGCATTACTTTCGTTCCAATTTCTTGGCTCATTTTGTAAGCCTTTGCAATTTGGTAAAAACTATACATATTGAAATGCCTGTTAAGCTGATTTGCTGTACAAGATGGTGACTGTTCTAAT
GTATTTCTG

>TRINITY_DN31960_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AGGAATTCTTCGCTGGTTAGTTGAATCGCGTCATATATGTCCTTCAATTCTCAGCACTCGTATTTTTGTCCACTCAATTTTTTCTTTGCCAAACTCTTATGGTGTTCGTGGTCTGATATTGTGGGCATTTCAGACCAACCCACGAAAATGCAGTGCGCTGCTGCTCTAAGCTACCCAGGGAAGGTCGGCGTATATGGGGG
TGGATCCATCAAGCCCAGCCCTCGTTCACGGCCCCTCTTCTTACTCTCTAATGTGCCCATTCGCCCAAATCTCAATTCAAAGCCCGAGCTCTCCATTAGCCCTTCTCAAAGGGCTGGATTGAGGCAATGGCCACTCTTGGCCTCAGCTTCCAACTATGGAAGTTATCAGAAGGGCATCAGAAGAGATGTTTGTGGAAAAA
CGAGCGCAGCACAGAACGATGGGGCTATACAAGCAGACGAGGCCGATAATGATTCGAAAAAGCTTATGAAGACTTTGCTGTTGGGATCTCTGTTTGGGCTTTGGTATCTGTTCAATGTCTTTTTCAACATCTATAATAAGCAGGTTTTGAAAGTTTTTCCCTGGCCAATTACAATCACAAATTTTCAGTTTGCTGTTGGA
ACTGTGGTTGTATTGTTGATGTGGTCTACTAGATTGTATAAGAGTCCTAAAATAACAGGTTCACAGCTTTTGGCAGTTTTGCCGCTGGCATGTGTTCACACTCTGGGAAATCTTTTCACTAACATGAGCCTTGGAAAAGTTGCAGTTTCCTTCACACATACAATTAAAGCTATGGAACCTTTTTTTTCTGTCCTTCTATC
AGCATTATTTTTGGGGGAGGTACCAAATCCATGGGTTGTTGCTTCTCTTGCACCTATTGTTGGTGGAGTAGCATTGGCTTCTCTCACAGAAGCTTCTTTTAACTGGGCAGGATTTTGGAGTGCAATGGCTTCAAATTTGACATTTCAGTCTCGTAATGTGCTCAGCAAGAAATTGATGGTGAAAAAAGAGGAATCTCTGG
ACAACATAAACTTGTTCTCAATAATAACGATTATGTCGTTTTTCCTACTTGCTCCAGCAACTCTTTTCTTTGAAGGTGTTAAGTTCACACCTGCTTACCTGCAGTCTGTGGGCTTAGATGTGAATGTAATAGCTTTTAGAGCTTTGGTGGCAGGGATTTGCTTTCATGCATATCAACAGGTATCATACATGATACTTCAA
AGGGTATCCCCAGTTACACATTCTGTGGGAAACTGTGTAAAGCGAGTTGTCGTAATAGTGGCCTCAGTTCTTTTCTTCAGGACACAAGTTTCTTCTATTAATGCACTTGgtaagtttctttgttctaatattcacctcattaaagaagatgacttgagcagtttttctaaaagaccaatattttagaaattattaccagg
cagtggaaaactgaagtttttaatgaacaccagGAACTAGTATTGCACTTGCTGGAGTCTTTGGATACTCAAGGACAAAGCAACTGAAATCAAAGCCCAAATCAAAGGCAGATTAAGGCTTGCTCAAGGTAGTAGAGAGCTTATTAGCTTTTGGGCGTTTGAGGTTGAGCACTAAGAAATCGGGCATGGGAATTTGTACT
TCTTTGTATCTGGAATGCAAAGTAATATTGCTTCTGGAATATAGCAATACTTTCTGCCATTTATATTCTAAAAGAGGTACTGCACATTCATGTAAATCATTTTGTGTCAGATATTCTTTGATAGTTACCCTTGTTCCATTTTTATCTTACTGATTACATTTCCTGTTTTTGAATATTTGTTTTAGCAGAGGACTTTCTTA
TTCAATCACAATTGAATGTCATATTGTTACTTGTTTGAACAAAACTATAAGTAGTGACTTTTAAGTATTGTAACACTGGTATTTGAACATTTCAATTTAGCTTGCTGTGAATTCCTTCAGATTGGGTGGGAACGAGCATGTGATATTGCAGGTTTGCAATCATAAAGACTGCATGCTGAAAGGTCAATGATCGAATCTGT
TTCAAGATGAGAGGGGGTCTAGAAAACACAAAAATTTCAACAGTAATGTTTTTAATATGTTGAGATAACATCAACTTCAGAGTCCCATAGTGTTCATTTGGACTGGCTATTCAAACAATTAATATAGCCTAAAACTGACACATTTTTTACTTCATGTCTGGAAGAACTCTATAATTTAAGGTGTAGTACATGTCTTCTAA
AAATAGCATTACTTTCGTTCCAATTTCTTGGCTCATTTTGTAAGCCTTTGCAATTTGGTAAAAACTATACATATTGAAATGCCTGTTAAGCTGATTTGCTGTACAAGATGGTGACTGTTCTAATGTATTTCTG