NA ----> NA

Intron 1 GTATGATCCC ... TTTCCGCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	77.78	1	4	3
A2	60	1	2	1
A3	72.09	3	8	7
A4	100	0	1	1
A5	-1	0	0	0
A6	67.16	11.5	30	17
A7	61.7	9	17	12
A8	47.74	17	16	15
A9	54.8	16.5	23	17
A10	80.65	3	18	7

>TRINITY_DN40817_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

GAAAACTATACTTATGGGCATTTAAGAGGGGTTTTTCATTGACAGTTTTTATTCAATAATCAAAGGAGCAGATTGTTGCACATTTGGCTAATTTTGCCTGAATGTCTTGGATCTATTCCTCGACTGCATAACAGAGTCAAATGAAAAACTTGTTGAATTTGGAGCTGCTGGCATATGTAACTGTTCTCCTGACCCAGCAA
ATGCTGCAGTTATTGCTAAAAATGGCGGTATCAGTCTTATGATATCTTGTTTGTCCAGTCCAGTGCAGAATACAGTTCTCTCAACAATTGCGGCTCTCTATTACCTATGTACTCCATCAACAAAGGCAGAGATCTTAACACCAGAAGTTATTGAAGTTATGAGGAAATATGAAGCTGCTAGATCAATCAATGCCAGGTTT
AGTAATCTAGCAAAGGCTTTTTTGGATAAACATGTTAAAAGTTGATCTAGTCTTTCAACATTTTGTCCCAGCATTCCAGACTCTAATCTCTCTTGTACTAGCAACATATCTATGTTAAATTTGTATAGCTACTAGGGGAATTCCTTTTAAATTATAATGTGATCATTGTTTTACTTAGTTATTTTGACTATATGAATTAT
ATTGATGCTAAGTCATAGGAACTTTACGCACATCTTAAGAATGGATATAAAGATCTGAAACAAGAAAAAAATTCGAGAGTTTGCGTGCTACAGTTTTAACCTTTGGTGGCAACTAATCAACAGATGCAAC

>TRINITY_DN40817_c0_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CAAAGATTGGAGACCCTTCGAAAGCTCAACTTCGCTGTGTCGTATATTGATCCCACCGCGAGGATGTTCACCAATGAAGAGAGGCAGAAACAGCGCACTGGCAAGTATGGTACCCCGAGGGAACAATACCTGCAGGAATTGGTGACTGAGTTTCAGAAGACACCAAATGAGGAATCAAAGGAGCAGATTGTTGCACATTT
GGCTAATTTTGCgtatgatccctacaactataattttttccgcaagCTGAATGTCTTGGATCTATTCCTCGACTGCATAACAGAGTCAAATGAAAAACTTGTTGAATTTGGAGCTGCTGGCATATGTAACTGTTCTCCTGACCCAGCAAATGCTGCAGTTATTGCTAAAAATGGCGGTATCAGTCTTATGATATCTTGTT
TGTCCAGTCCAGTGCAGAATACAGTTCTCTCAACAATTGCGGCTCTCTATTACCTATGTACTCCATCAACAAAGGCAGAGATCTTAACACCAGAAGTTATTGAAGTTATGAGGAAATATGAAGCTGCTAGATCAATCAATGCCAGGTTTAGTAATCTAGCAAAGGCTTTTTTGGATAAACATGTTAAAAGTTGATCTAGT
CTTTCAACATTTTGTCCCAGCATTCCAGACTCTAATCTCTCTTGTACTAGCAACATATCTATGTTAAATTTGTATAGCTACTAGGGGAATTCCTTTTAAATTATAATGTGATCATTGTTTTACTTAGTTATTTTGACTATATGAATTATATTGATGCTAAGTCATAGGAACTTTACGCACATCTTAAGAATGGATATAAA
GATCTGAAACAAGAAAAAAATTCGAGAGTTTGCGTGCTACAGTTTTAACCTTTGGTGGCAACTAATCAACAGATGCAAC

Intron 2 GCAAGTATGG ... ATACCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	3	5
A2	100	0	16	16
A3	100	0	8	10
A4	100	0	2	3
A5	100	0	2	2
A6	100	0	49	55
A7	91.21	4	39	44
A8	100	0	39	43
A9	100	0	46	53
A10	100	0	30	31

>TRINITY_DN40817_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

GAGAGGCAGAAACAGCGCACTGGAATTGGTGACTGAGTTTCAGAAGACACCAAATGAGGCTGAATGTCTTGGATCTATTCCTCGACTGCATAACAGAGTCAAATGAAAAACTTGTTGAATTTGGAGCTGCTGGCATATGTAACTGTTCTCCTGACCCAGCAAATGCTGCAGTTATTGCTAAAAATGGCGGTATCAGTCTT
ATGATATCTTGTTTGTCCAGTCCAGTGCAGAATACAGTTCTCTCAACAATTGCGGCTCTCTATTACCTATGTACTCCATCAACAAAGGCAGAGATCTTAACACCAGAAGTTATTGAAGTTATGAGGAAATATGAAGCTGCTAGATCAATCAATGCCAGGTTTAGTAATCTAGCAAAGGCTTTTTTGGATAAACATGTTAA
AAGTTGATCTAGTCTTTCAACATTTTGTCCCAGCATTCCAGACTCTAATCTCTCTTGTACTAGCAACATATCTATGTTAAATTTGTATAGCTACTAGGGGAATTCCTTTTAAATTATAATGTGATCATTGTTTTACTTAGTTATTTTGACTATATGAATTATATTGATGCTAAGTCATAGGAACTTTACGCACATCTTAA
GAATGGATATAAAGATCTGAAACAAGAAAAAAATTCGAGAGTTTGCGTGCTACAGTTTTAACCTTTGGTGGCAACTAATCAACAGATGCAAC

>TRINITY_DN40817_c0_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CAAAGATTGGAGACCCTTCGAAAGCTCAACTTCGCTGTGTCGTATATTGATCCCACCGCGAGGATGTTCACCAATGAAGAGAGGCAGAAACAGCGCACTGgcaagtatggtaccccgagggaacaatacctgcagGAATTGGTGACTGAGTTTCAGAAGACACCAAATGAGGAATCAAAGGAGCAGATTGTTGCACATTT
GGCTAATTTTGCGTATGATCCCTACAACTATAATTTTTTCCGCAAGCTGAATGTCTTGGATCTATTCCTCGACTGCATAACAGAGTCAAATGAAAAACTTGTTGAATTTGGAGCTGCTGGCATATGTAACTGTTCTCCTGACCCAGCAAATGCTGCAGTTATTGCTAAAAATGGCGGTATCAGTCTTATGATATCTTGTT
TGTCCAGTCCAGTGCAGAATACAGTTCTCTCAACAATTGCGGCTCTCTATTACCTATGTACTCCATCAACAAAGGCAGAGATCTTAACACCAGAAGTTATTGAAGTTATGAGGAAATATGAAGCTGCTAGATCAATCAATGCCAGGTTTAGTAATCTAGCAAAGGCTTTTTTGGATAAACATGTTAAAAGTTGATCTAGT
CTTTCAACATTTTGTCCCAGCATTCCAGACTCTAATCTCTCTTGTACTAGCAACATATCTATGTTAAATTTGTATAGCTACTAGGGGAATTCCTTTTAAATTATAATGTGATCATTGTTTTACTTAGTTATTTTGACTATATGAATTATATTGATGCTAAGTCATAGGAACTTTACGCACATCTTAAGAATGGATATAAA
GATCTGAAACAAGAAAAAAATTCGAGAGTTTGCGTGCTACAGTTTTAACCTTTGGTGGCAACTAATCAACAGATGCAAC

Intron 3 GTATGGTACC ... ATACCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	3	5
A2	100	0	16	16
A3	75	3	8	10
A4	100	0	2	3
A5	100	0	2	2
A6	98.11	1	49	55
A7	93.26	3	39	44
A8	87.23	6	39	43
A9	92.52	4	46	53
A10	100	0	30	31

>TRINITY_DN37194_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

CAAAGATTGGAGTCCCTTCGATAGCTCAACTTCGCTGTGTCGTATATTGATCCCACCGCGAGGATGTTCACCAATGAAGAGAGGCAGAAACAGCGCACTGGCAAGAATTGGTGACTGAGTTTCAGAAGACACCAAATGAGGAATCAAAGGAGCAGATTGTTGCACATTTGGCTAATTTTGCCTGAATGTCTTGGATCTAT
TCCTCGACTGCATAACAGAGTCAAATGAAAAACTTGTTGAATTTGGAGCTGCTGGCATATGTAACTGTTCTCCTGACCCAGCAAATGCTGCAGTTATTGCTAAAAATGGCGGTATCAGTCTTATGATATCTTGTTTGTCCAGTCCAGTGCAGAATACAGTTCTCTCAACAATTGCGGCTCTCTATTACCTATGTACTCCA
TCAACAAAGGCAGAGATCTTAACACCAGAAGTTATTGAAGTTATGAGGAAATATGAAGCTGCTAGATCAATCAATGCCAGGTTTAGTAATCTAGCAAAGGCTTTTTTGGATAAACATGTTAAAAGTTGATCTAGTCTTTCAACATTTTGTCCCAGCATTCCAGACTCTAATCTCTCTTGTACTAGCAACATATCTATGTT
AAATTTGTATAGCTACTAGGGGAATTCCTTTTAAATTATAATGTGATCATTGTTTTACTTAGTTATTTTGACTATATGAATTATATTGATGCTAAGTCATAGGAACTTTACGCACATCTTAAGAATGGATATAAAGATCTGAAACAAGAAAAAAATTCGAGAGTTTGCGTGCTACAGTTTTAACCTTTGGTGGCAACTAA
TCAACAGATGCAATAATGCC

>TRINITY_DN37194_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CAAAGATTGGAGTCCCTTCGATAGCTCAACTTCGCTGTGTCGTATATTGATCCCACCGCGAGGATGTTCACCAATGAAGAGAGGCAGAAACAGCGCACTGGCAAgtatggtaccccgagggaacaatacctgcagGAATTGGTGACTGAGTTTCAGAAGACACCAAATGAGGAATCAAAGGAGCAGATTGTTGCACATTT
GGCTAATTTTGCGTATGATCCCTACAACTATAATTTTTTCCGCAAGCTGAATGTCTTGGATCTATTCCTCGACTGCATAACAGAGTCAAATGAAAAACTTGTTGAATTTGGAGCTGCTGGCATATGTAACTGTTCTCCTGACCCAGCAAATGCTGCAGTTATTGCTAAAAATGGCGGTATCAGTCTTATGATATCTTGTT
TGTCCAGTCCAGTGCAGAATACAGTTCTCTCAACAATTGCGGCTCTCTATTACCTATGTACTCCATCAACAAAGGCAGAGATCTTAACACCAGAAGTTATTGAAGTTATGAGGAAATATGAAGCTGCTAGATCAATCAATGCCAGGTTTAGTAATCTAGCAAAGGCTTTTTTGGATAAACATGTTAAAAGTTGATCTAGT
CTTTCAACATTTTGTCCCAGCATTCCAGACTCTAATCTCTCTTGTACTAGCAACATATCTATGTTAAATTTGTATAGCTACTAGGGGAATTCCTTTTAAATTATAATGTGATCATTGTTTTACTTAGTTATTTTGACTATATGAATTATATTGATGCTAAGTCATAGGAACTTTACGCACATCTTAAGAATGGATATAAA
GATCTGAAACAAGAAAAAAATTCGAGAGTTTGCGTGCTACAGTTTTAACCTTTGGTGGCAACTAATCAACAGATGCAATAATGCC