sp|Q940G0|TMN1_ARATH ----> Transmembrane 9 superfamily member 1

Intron 1 GTGTGTCCTC ... GCTGTATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.68	378.3	7.5	81
A2	20.02	316.5	8	79
A3	17.34	354	6	74
A4	18.72	339.3	4	78
A5	15.59	179.3	4	33
A6	16.04	484	2	92
A7	17.03	552.5	5.5	113
A8	18.43	279.5	3	63
A9	21.55	510.8	3	140
A10	19	428.8	1	100

>TRINITY_DN116136_c4_g4_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

CAAAATTGACATCAAATTTGGAAGTAAGTCTATTTTATTCCTCGGCTTTTTTCTCAATGTTAAATCTCTTTCTGTTGAATTCATTTACTCTAATTGAAGTTTTCTGTAAATCCTGCTTGTTGCTTCTATTGAATATCCAATGCTACATGCTGTGGTGGGCCTGGCTTTGAAACAGGACTGCAATGCTATTAGTTAATATT
GTCTTGTTTCTTATTGATACAAAGATATTTTAGGGATTGAATCCTATCAAGCAACAGAGATCACAATTAAAATTCTGATGATCCAAATTTCTTGCTCTGATAGATGTTGTTTTGTGGCAGAAAATGTTGAGAAAAGTCCGATATGCACAATTGAGCTTGATGCCACCAAAGTGAAACAATTGAAGGAAGCTATTGAAAAC
GCTTACTGGTTTGAATTCTTCATGGATGATCTACCTCTTTGGGGGTTTGTTGGTGAAATTCTTCCAGACAAGAGTGATGATCAGAAGCATTTGCTATACACACACAAGAATATTATTGTGAAATACAATAATGACCAAATAATTCATGTCAACCTCACTCAGCAGAATCCAAAGCCGCTTGTTACTGGGAAGACACTAGA
GCTTACCTATTCAGTCAATTGGGTTGCCACCAATATAACCTTTGCCAGGCGCTTTGATGTCTACTTAGATTATCCTTTCTTTGAACATCAGGTAAAAAACAAAGGAATTAGAATTGCAGTTGCTCCAGAGTTGTGTTGTCAACATTAATGGATGCATTGATTATTCAAAAATCACTGTTTTTCTGATCTCTCCAACCCTT
TAAACATAAGTTGCCTACAATTCTGTTGTGTAATATACATTGGTAAAAAGCATATCAAAGCAAATAAGTACTTAGAAAAATATAAACATATTTCTTTGTCTTTTTGAAAGACAAAATGCGGCATGAATTTTGATTCCCAAAGTTTGTATTTATGCCAAAGAGCAGATATACTGAGTTTTTCTGCCATAAACAGATCCATT
GGTTCTCCATCTTCAATTCATTTATGATGGTTATTTTTCTCACGGGTTTAGTCTCAATGATCCTGATGCGGACTCTGAGAAATGACTATGCAAAGTATGCACGAGAAGAAGATGATTTGGAAAGCCTGGAGAGGGATGTTAGTGAAGAGTCGGGTTGGAAGCTTGTTCATGGTGATGTCTTCCGAACACCACGAAGCTTG
GTCTTGCTGTCAGCGTTAGTGGGCACCGGTGCACAACTTGCGATGCTTGTGCTTCTTGTGATCTTGCTGGCAATTGTTGGCATGTTATATATTGGGCGTGGGGCTATTGTCACAACTTTTATTGTCTGCTATGCACTTACCTCATTTATATCTGGCTATGTGAGTGGAGGATTGTATTCGCGTAATGATGGCAAGCACTG
GATAAAGTCAATGGTTCTTACGGCATCTCTTTTCCCATTTATGTGCTTTGGCATTGGATTTGTACTGAACATCATTGCCATATTCTATGGTTCTCTGGCAGCTATTCCTTTTGGCACTATGGTGGTTGTCTTTATAATCTGGGCATTTATTTCTTTCCCTCTAGC

>TRINITY_DN116136_c4_g4_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CAAAATTGACATCAAATTTGGAAGTAAGTCTATTTTATTCCTCGGCTTTTTTCTCAATGTTAAATCTCTTTCTGTTGAATTCATTTACTCTAATTGAAGTTTTCTGTAAATCCTGCTTGTTGCTTCTATTGAATATCCAATGCTACATGCTGTGGTGGGCCTGGCTTTGAAACAGGACTGCAATGCTATTAGTTAATATT
GTCTTGTTTCTTATTGATACAAAGATATTTTAGGGATTGAATCCTATCAAGCAACAGAGATCACAATTAAAATTCTGATGATCCAAATTTCTTGCTCTGATAGATGTTGTTTTGTGGCAGAAAATGTTGAGAAAAGTCCGATATGCACAATTGAGCTTGATGCCACCAAAGTGAAACAATTGAAGGAAGCTATTGAAAAC
GCTTACTGGTTTGAATTCTTCATGGgtgtgtcctctttgttcagatgtcatgcttcttagatatcactcttaatatttagaaggttgaataattttcattttctatttgtgtttcttctaaaccaagtctttcctaacttaacttttgttttaatggatggatggatggtgctttgtatggctgtatcagATGATCTACC
TCTTTGGGGGTTTGTTGGTGAAATTCTTCCAGACAAGAGTGATGATCAGAAGCATTTGCTATACACACACAAGAATATTATTGTGAAATACAATAATGACCAAATAATTCATGTCAACCTCACTCAGCAGAATCCAAAGCCGCTTGTTACTGGGAAGACACTAGAGCTTACCTATTCAGTCAATTGGGTTGCCACCAATA
TAACCTTTGCCAGGCGCTTTGATGTCTACTTAGATTATCCTTTCTTTGAACATCAG

Intron 2 GTAAAAAACA ... CCATAAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.69	347	90	49
A2	16.79	285	53	62
A3	15.67	339	61	65
A4	15.6	330	62	60
A5	17.47	163	36	33
A6	17.21	505	79	131
A7	19.39	557	112	156
A8	17.73	290	48	77
A9	18.84	502	103	130
A10	17.07	493	61	142

>TRINITY_DN116136_c4_g4_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

GTATCGTGCAAATGACCCTGTTACCCTATGGGTGAACAAAGTTGGCCCCTACAATAATCCTCAAGAAACGTATAACTACTATAGTCTTCCGTTCTGCCATCCAGGTAAAAACCCCACACATAAGTGGGGTGGGCTTGGTGAAGTTCTGGGTGGAAATGAGCTCATAGATAGCAAAATTGACATCAAATTTGGAAAAAATG
TTGAGAAAAGTCCGATATGCACAATTGAGCTTGATGCCACCAAAGTGAAACAATTGAAGGAAGCTATTGAAAACGCTTACTGGTTTGAATTCTTCATGGATGATCTACCTCTTTGGGGGTTTGTTGGTGAAATTCTTCCAGACAAGAGTGATGATCAGAAGCATTTGCTATACACACACAAGAATATTATTGTGAAATAC
AATAATGACCAAATAATTCATGTCAACCTCACTCAGCAGAATCCAAAGCCGCTTGTTACTGGGAAGACACTAGAGCTTACCTATTCAGTCAATTGGGTTGCCACCAATATAACCTTTGCCAGGCGCTTTGATGTCTACTTAGATTATCCTTTCTTTGAACATCAGATCCATTGGTTCTCCATCTTCAATTCATTTATGAT
GGTTATTTTTCTCACGGGTTTAGTCTCAATGATCCTGATGCGGACTCTGAGAAATGACTATGCAAAGTATGCACGAGAAGAAGATGATTTGGAAAGCCTGGAGAGGGATGTTAGTGAAGAGTCGGGTTGGAAGCTTGTTCATGGTGATGTCTTCCGAACACCACGAAGCTTGGTCTTGCTGTCAGCGTTAGTGGGCACCG
GTGCACAACTTGCGATGCTTGTGCTTCTTGTGATCTTGCTGGCAATTGTTGGCATGTTATATATTGGGCGTGGGGCTATTGTCACAACTTTTATTGTCTGCTATGCACTTACCTCATTTATATCTGGCTATGTGAGTGGAGGATTGTATTCGCGTAATGATGGCAAGCACTGGATAAAGTCAATGGTTCTTACGGCATCT
CTTTTCCCATTTATGTGCTTTGGCATTGGATTTGTACTGAACATCATTGCCATATTCTATGGTTCTCTGGCAGCTATTCCTTTTGGCACTATGGTGGTTGTCTTTATAATCTGGGCATTTATTTCTTTCCCTCTAGC

>TRINITY_DN116136_c4_g4_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CAAAATTGACATCAAATTTGGAAGTAAGTCTATTTTATTCCTCGGCTTTTTTCTCAATGTTAAATCTCTTTCTGTTGAATTCATTTACTCTAATTGAAGTTTTCTGTAAATCCTGCTTGTTGCTTCTATTGAATATCCAATGCTACATGCTGTGGTGGGCCTGGCTTTGAAACAGGACTGCAATGCTATTAGTTAATATT
GTCTTGTTTCTTATTGATACAAAGATATTTTAGGGATTGAATCCTATCAAGCAACAGAGATCACAATTAAAATTCTGATGATCCAAATTTCTTGCTCTGATAGATGTTGTTTTGTGGCAGAAAATGTTGAGAAAAGTCCGATATGCACAATTGAGCTTGATGCCACCAAAGTGAAACAATTGAAGGAAGCTATTGAAAAC
GCTTACTGGTTTGAATTCTTCATGGATGATCTACCTCTTTGGGGGTTTGTTGGTGAAATTCTTCCAGACAAGAGTGATGATCAGAAGCATTTGCTATACACACACAAGAATATTATTGTGAAATACAATAATGACCAAATAATTCATGTCAACCTCACTCAGCAGAATCCAAAGCCGCTTGTTACTGGGAAGACACTAGA
GCTTACCTATTCAGTCAATTGGGTTGCCACCAATATAACCTTTGCCAGGCGCTTTGATGTCTACTTAGATTATCCTTTCTTTGAACATCAGgtaaaaaacaaaggaattagaattgcagttgctccagagttgtgttgtcaacattaatggatgcattgattattcaaaaatcactgtttttctgatctctccaaccctt
taaacataagttgcctacaattctgttgtgtaatatacattggtaaaaagcatatcaaagcaaataagtacttagaaaaatataaacatatttctttgtctttttgaaagacaaaatgcggcatgaattttgattcccaaagtttgtatttatgccaaagagcagatatactgagtttttctgccataaacagATCCATT
GGTTCTCCATCTTCAATTCATTTATGATGGTTATTTTTCTCACGGGTTTAGTCTCAATGATCCTGATGCGGACTCTGAGAAATGACTATGCAAAGTATGCACGAGAAGAAGATGATTTGGAAAGCCTGGAGAGGGATGTTAGTGAAGAGTCGGGTTGGAAGCTTGTTCATGGTGATGTCTTCCGAACACCACGAAGCTTG
GTCTTGCTGTCAGCGTTAGTGGGCACCGGTGCACAACTTGCGATGCTTGTGCTTCTTGTGATCTTGCTGGCAATTGTTGGCATGTTATATATTGGGCGTGGGGCTATTGTCACAACTTTTATTGTCTGCTATGCACTTACCTCATTTATATCTGGCTATGTGAGTGGAGGATTGTATTCGCGTAATGATGGCAAGCACTG
GATAAAGTCAATGGTTCTTACGGCATCTCTTTTCCCATTTATGTGCTTTGGCATTGGATTTGTACTGAACATCATTGCCATATTCTATGGTTCTCTGGCAGCTATTCCTTTTGGCACTATGGTGGTTGTCTTTATAATCTGGGCATTTATTTCTTTCCCTCTAGC

Intron 3 GTAAGTCTAT ... TTTGTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.51	400	12	53.5
A2	10.88	301	3	39.5
A3	9.64	382	3	43
A4	9.76	341	0	39.5
A5	9.67	245	3	28
A6	8.8	515	0	53.5
A7	6.91	672	0	52.5
A8	11.03	254	3	34
A9	6.67	531	0	40.5
A10	6.17	517	0	36

>TRINITY_DN116136_c4_g4_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

GTATCGTGCAAATGACCCTGTTACCCTATGGGTGAACAAAGTTGGCCCCTACAATAATCCTCAAGAAACGTATAACTACTATAGTCTTCCGTTCTGCCATCCAGGTAAAAACCCCACACATAAGTGGGGTGGGCTTGGTGAAGTTCTGGGTGGAAATGAGCTCATAGATAGCAAAATTGACATCAAATTTGGAAAAAATG

TTGAGAAAAGTCCGATATGCACAATTGAGCTTGATGCCACCAAAGTGAAACAATTGAAGGAAGCTATTGAAAACGCTTACTGGTTTGAATTCTTCATGGATGATCTACCTCTTTGGGGGTTTGTTGGTGAAATTCTTCCAGACAAGAGTGATGATCAGAAGCATTTGCTATACACACACAAGAATATTATTGTGAAATAC
AATAATGACCAAATAATTCATGTCAACCTCACTCAGCAGAATCCAAAGCCGCTTGTTACTGGGAAGACACTAGAGCTTACCTATTCAGTCAATTGGGTTGCCACCAATATAACCTTTGCCAGGCGCTTTGATGTCTACTTAGATTATCCTTTCTTTGAACATCAGATCCATTGGTTCTCCATCTTCAATTCATTTATGAT
GGTTATTTTTCTCACGGGTTTAGTCTCAATGATCCTGATGCGGACTCTGAGAAATGACTATGCAAAGTATGCACGAGAAGAAGATGATTTGGAAAGCCTGGAGAGGGATGTTAGTGAAGAGTCGGGTTGGAAGCTTGTTCATGGTGATGTCTTCCGAACACCACGAAGCTTGGTCTTGCTGTCAGCGTTAGTGGGCACCG
GTGCACAACTTGCGATGCTTGTGCTTCTTGTGATCTTGCTGGCAATTGTTGGCATGTTATATATTGGGCGTGGGGCTATTGTCACAACTTTTATTGTCTGCTATGCACTTACCTCATTTATATCTGGCTATGTGAGTGGAGGATTGTATTCGCGTAATGATGGCAAGCACTGGATAAAGTCAATGGTTCTTACGGCATCT
CTTTTCCCATTTATGTGCTTTGGCATTGGATTTGTACTGAACATCATTGCCATATTCTATGGTTCTCTGGCAGCTATTCCTTTTGGCACTATGGTGGTTGTCTTTATAATCTGGGCATTTATTTCTTTCCCTCTAGC

>TRINITY_DN116136_c4_g4_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CAAAATTGACATCAAATTTGGAAgtaagtctattttattcctcggcttttttctcaatgttaaatctctttctgttgaattcatttactctaattgaagttttctgtaaatcctgcttgttgcttctattgaatatccaatgctacatgctgtggtgggcctggctttgaaacaggactgcaatgctattagttaatatt
gtcttgtttcttattgatacaaagatattttagggattgaatcctatcaagcaacagagatcacaattaaaattctgatgatccaaatttcttgctctgatagatgttgttttgtggcagAAAATGTTGAGAAAAGTCCGATATGCACAATTGAGCTTGATGCCACCAAAGTGAAACAATTGAAGGAAGCTATTGAAAAC
GCTTACTGGTTTGAATTCTTCATGGATGATCTACCTCTTTGGGGGTTTGTTGGTGAAATTCTTCCAGACAAGAGTGATGATCAGAAGCATTTGCTATACACACACAAGAATATTATTGTGAAATACAATAATGACCAAATAATTCATGTCAACCTCACTCAGCAGAATCCAAAGCCGCTTGTTACTGGGAAGACACTAGA
GCTTACCTATTCAGTCAATTGGGTTGCCACCAATATAACCTTTGCCAGGCGCTTTGATGTCTACTTAGATTATCCTTTCTTTGAACATCAGGTAAAAAACAAAGGAATTAGAATTGCAGTTGCTCCAGAGTTGTGTTGTCAACATTAATGGATGCATTGATTATTCAAAAATCACTGTTTTTCTGATCTCTCCAACCCTT
TAAACATAAGTTGCCTACAATTCTGTTGTGTAATATACATTGGTAAAAAGCATATCAAAGCAAATAAGTACTTAGAAAAATATAAACATATTTCTTTGTCTTTTTGAAAGACAAAATGCGGCATGAATTTTGATTCCCAAAGTTTGTATTTATGCCAAAGAGCAGATATACTGAGTTTTTCTGCCATAAACAGATCCATT
GGTTCTCCATCTTCAATTCATTTATGATGGTTATTTTTCTCACGGGTTTAGTCTCAATGATCCTGATGCGGACTCTGAGAAATGACTATGCAAAGTATGCACGAGAAGAAGATGATTTGGAAAGCCTGGAGAGGGATGTTAGTGAAGAGTCGGGTTGGAAGCTTGTTCATGGTGATGTCTTCCGAACACCACGAAGCTTG
GTCTTGCTGTCAGCGTTAGTGGGCACCGGTGCACAACTTGCGATGCTTGTGCTTCTTGTGATCTTGCTGGCAATTGTTGGCATGTTATATATTGGGCGTGGGGCTATTGTCACAACTTTTATTGTCTGCTATGCACTTACCTCATTTATATCTGGCTATGTGAGTGGAGGATTGTATTCGCGTAATGATGGCAAGCACTG
GATAAAGTCAATGGTTCTTACGGCATCTCTTTTCCCATTTATGTGCTTTGGCATTGGATTTGTACTGAACATCATTGCCATATTCTATGGTTCTCTGGCAGCTATTCCTTTTGGCACTATGGTGGTTGTCTTTATAATCTGGGCATTTATTTCTTTCCCTCTAGC