sp|A9QM73|SMG7_ARATH ----> Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG7

Intron 1 GTATGTGCTT ... TTTTTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.44	405	79	142
A2	17.67	233	36	64
A3	18.68	296	53	83
A4	21.31	240	52	78
A5	18.11	156	28	41
A6	20.04	912	166	291
A7	19.6	874	152	274
A8	21.15	1012	194	349
A9	19.67	817	155	245
A10	17.53	562	91	148

>TRINITY_DN126987_c2_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

CGGTCTGTTCTTTGTTCTTGTTTACTCTGTCTGAGTTTATTGTATACTACCTTTGAAGTAACTGGACACATTTTGGTTATATTACTGCAGCACCTATTCTAGGATGAGTTTATCTTTGAACTGTTAAATCATGTCAGTAGGAAACTATTTGCCAATATACAGTTATAGTATTTTCATCTAATATCCTCTCATTTTGTGGT
TTGTGGTTTCCAGCTTGCAATACTGGCAACATACATGGGGGATGAACTGGTTGCAGTCTATCGGTATTTTCGAAGCTTGGCAGTTGAAATTCCATTCTCAACAGCAAGAGACAATTTGATTATTATATTTGATAAGAATCGTCAGCATTATTCTCAGTTGCTGCCTGAGATGGAAGTATCTGCAACCAAGCAGACCCTCA
CAAAAAGTGGCGGTGGGAGAGGGAGAGGCAGAGGGGATGCAAGGTTTAAGGAACAGAAACAAGGGTCAGCAATAGCGAAGAGAAAACAGGTCAATATTTCAGAGCTTAACAAGGCTTTTCGAATTCGTTTTGTTCGCCTAAATGGGATTCTCTTTACACGCACAAGCCTTGAGATATTCGATGAAGTTTGTTCTTCTGCT
ATAAATGAATTTGAGGAGCTTCTCACACCTGGACCTAATTCAGAGATGGGGATTGGTTTGGATACATTGGTCAATGGTTCCACTGTTAGTGGACTCCTGGTTCTCCAGATTGTGTCAATTCTAATATTTACAGTTCATAACATTAGCGAAACTGAAAACAGAAGTCTGTCTTATGCGGAAATTTTGCAGCGATCTGTCCT
GCTTCAGAATGCTTTCACTGCTGCCTTTGACTTTGCAGGGCACATAATTAGAAAATGCGAGAGTACAGAGGATGTTTCATCTAGCCCATTTTTGCCAGCGACACTCATTTTTATAGAATGGCTGGCCTGCAGACCAGATATTGTAACTTCTAACGATGTTAAAGAGAAGCAAGCCAGAGCAAGATCATCTTTTTGGAGTC
ACTGTGTTATTTTCCTTAACAAACTTTTGCTATTTGAATATCTTCACGAAGACTCAAATGGAGGTAGAGTGGAAGGTGAGATTGCATTCACTACTCTTAAGAGTTATAACGAGGAGGAAGCAAGAGGAGGTGGTGTTGCATTGTGGGAGGATTTTGAACTGAGGGGATTTCTGCCATTGGCCCCAGCACAACTTGCTTTA
GATTTCTCCAAGCGACATTCTTACAATGGGTTTGGTGGAAAGAAAGAAAAGAATGTTCGGGTCCAAAGAATTCTGGCAGCTGCAAAGGCTATTGCAAATTCAGTAGAAGATAGAAGGTATGGAATATGTTTTGATGCAGACTCGATGAAATTTTGTATTGCTGGAGAGGTTCCTGAAAGAAAGATTGAAGACCAGTCAGA
AGCTGTCAAGCTCAAAGTCTCTAATGCCATGAATACATTTGATAATGTTTTTCGAGACACTGTATCCAATTGTGCAAAGCAGGAAGCTTCTTCATTTGAAAAGCCTGTGTTATGTGCTTCAGGAATTACTACTGCGAAGGCAGATTCAGATAAAGAAGAAGAAGAAGATGAGGTAATTGTCTTTAAACCCACTGCAGTAG
AAAAACATTCCGAGTTAAATACTACTTCAAATTCACAACAGAACCCAGCTGCATCTGCAAGTATTCAGAATCTGACCCCATTGTCTCTACCTCAAGAGCCTCGGCAAAGCTTCTTAAATTTCCCCCCTTCAACTGAATTGCCTGTACAGATTTCTGGGTATTCTTCAACATTGACAACTGGAACAGACAATTCTGTGGGG
GCATATACAACTCCCCATGAAGTTTCTCAATTATTTGCAAGTTCTGCAAGTTCTGCTGATCACTGGTCAACTGGTATTGGAATGTCTACTGTTGGGCTAACCAGTTGTCTTGAAAGTTGGGGCCCAAAAAATTATGCTGGGCCATTTTTGAATAGTCATGCAGGTGTCACCAGCTTCGGAGATTTTAGTCAACAGCCTGC
TCAGCAGATAAATCAACTCAATCCTGCATGGTACAGAGATGACAAAGCACTTGTTTTCAATGGGATGACAAACTTGAATCTCAGTCGTCGTTTTCAAGAAAATGGATCTTTATTCAAGTCGGAGCTTCCTGCCAGTACTATGGGGAAAGTTGAGTCTGTTTCCACAAATTCAAATTGGATTCCTTCTCAAAGTTTGTATT
CATCAACTCCACTTGTTAGTGGAGTCTCTGTCAGTATGGATGTTGCTGGCATGCCAGAGAAGACACTTTCAGATGATCGTTCTTTGGCCATGGTTCAGGCAAACTCCTGTCAGCCAAAAGTTTCCACGGAACCTTACCTAACAAACTCTGAATTATCGTCACTGTCCAAGGTTGATACATCAACTATCAAAACTGGTTTA
ACTGCCAATCCGATCAACACCCCTAAACTAAGCGTTAAAAAAGGACATGTGAGTAGACCTGTTCGCCATTTTGGACCCCCACCTGGATTTGGTCCTGTACCTTCAAGACTGCCAGATAGTTCCAAGCCTGATTTAGCACATGCTAATCCTGGAGCTACCTGTGTAAGTGAACAGATGGTTCAGAGCAATGAACAGCCCCA
AATGGATGACTACAGCTGGTTGGATGGATACACATCATCAAATGATGGAGAGAAAAATGATTTACGTATTTCTCAGCCAAACTATCCTCTTTTGCCGACAAGTGACAATCTAATGAGTGCTGCTGCAAAGTTTCCTTTTCCAGGCAAGCAGGTACCAAGTCTGCAGATGTGCCAAGATCAGCAGGACTTCCATTTGAAGC
AGCAGCTTCAATACGAGGCACAACAACAGCAGCAACATAAAGCTCAGGTGCTTTTGCCAAAACATCAGCAACAGCAGTCTTTGTGGTCTGGGCGGTTCTTTGGTTGATATCCGTAGGTTCTATAAAGACAATTCTAGGAATGAAACGGATGCCATCAGGAGATGCTTGTTGCAGTAAGGGTTACTCATGGTTACGCATCA
AAGCTTTGACCTTGGCTCTTGTTCTCTATTGAAAACGTATGCTTGCTTTGTGGCCTTGCCTGAGCTATAAGTATTTTCCATCAGTGCCCTACAGACCAGGCACAGTCAGTGGGCTTTTCCTTGACTTTGTCTACCTCATGACCATTATGCACTATATATCTAGATAAAGCTTGATTTGTCATATCTGACATTTCACCTGG
AATTTGCTGGTTTGACTGGTCTTTAAGTGCTTTTATTCTGCAGAGGCTTAGCAAAAACCAGAGGTGGATATTACCTCCAAAATGAATTCAAGTTGATCCGTAAATTTTGAACTGGAGGTATTTGTATTTGGGTGGATTATTGAACAAAGTGCAGTGTAAGGTTCATTAGTGTCCTCGTTCCTTGTTTCACCACTGTTTCA
GAGATTATGAAGAATAGTGTCATTGCAGTTGAGATTTTGAGCTGCAGATGTGAGAATGAATGATCTACACAGTCGTCCTTGGATAATATCAGGAGGACTACTTTCAGCATTCACCTGGACTCTTAATTCTACTTGGGCTTGTGAAGGAATCCAATTTCGTGGGCAAAAATGTTTTTGTTGTCTGTTTTGCTTTAATAACA
AGGATTTCAATCCAGGGAAATGCTTCAACATAGTATTTGATGCCTGGGTTTCTTCTACTTCTGATTATCAGTGCTAGTAATGCTTTCATTGAACCCAGGCACAAGTTTTGTATTAAGGATTTGTTGATAAGCTTTCCTGGTGGTATGCACCTACTATCTTTCATGAAAATGGTTGTAACCAGATGTTGACAATATTTCTC
AGTTCTGTTTTAACAGGTTTTGTGGGGATATTGATACTAAGAGACATATTTCTAATAAGCAGCATGGTTTTCATTATTGATAGTTGTCTATATTTTAGTATTTTGTTGATCCTTGTTGTATTGGTTATTACTGTTGAATATTTGTTATTTATTTCATCGCTCTTCTGCAAAAGAAGTCTTTTGTATGTAATAAACATGCA
TATGCTGAAGTAG

>TRINITY_DN126987_c2_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCAATTCATTATTTTTGGCTTGTGCGCTCAGGGGCTGGAGCAAACCCTCTGCCTTGCAGCGCAAGGACTCTTCAAGAATCGTGTTATAATTTATTCATGTACAATATACAAATTTCAATTCTATTTATTCCCAATCCTTCCATGACCCACCAAATTCCTGCTCAGATTTGGCGGGTGTTGAGACTGTAATTGGTGGAGGG
AGTTTTCGGCTAGCGGATTCGAATCCTGTACAGGTTTACAGTTTGGTTGATCAGGGGTTTAGCTACAGCAGATTTGTTCCCAGTTTTATTGGAGAACACCACAAAATTGCCTATTAGAATCCTTGTTATGCTTGAGATTTATGGACAATGACTGTCCCTATGGAGAATTTGCCTACTCAAACGACAAAGGATGCAGTTCA
GCGCCGCTATAATAAGGCCATTGAATTGGAACAAAGGCTGAGGAATTCGATCCAGGCGAAGACCCCTTCTGATCCTAATATTTGGGGTCAGATGCGTGAGAATTATGAAGCTATAATACTTGAAGACCATGATTTTTCTGAAGCTCATGAAATTGAGCATGCACTTTGGCACTTACATTATAAGCGAATTGAGGAATTCA
GAGCTCGGATGCGAAGTGCTGCAATGGCAGCTAATAGTAACATCCCATCACAGGGAGGGAAAAGTGTAGTGAGGCGAGATCAAATTCATAAAATTCGATCTATTTTCAAAAGTTTTCTTTCCGAGGCAACTGGATTTTATCATGAGTTAATTTTAAAGATCAGAGCCAGATACAGATTCCCAGTTGACTATTTCACTCAT
CAAGGTGAAGACTATTTGGGATCAATAGATGATAAAACCAAGTGTGTTGATTTGAGGAAAGCTCAAGTCTCTTGTCATCGTTGCTTGATATACTTGGGTGATCTTGCTCGCTATAAGGAACTCTATGGAGAAGGGGAATCTTCTGGCCGTGATTTTTCAGTCGCAGCAAGCTATTATGTGCAGGCTGCCTCACTTTGGCC
ATCAAGTGGAAATCCCCATCATCAGCTTGCAATACTGGCAACATACATGGGGGATGAACTGGTTGCAGTCTATCGGTATTTTCGAAGCTTGGCAGTTGAAATTCCATTCTCAACAGCAAGAGACAATTTGATTATTATATTTGATAAGAATCGTCAGCATTATTCTCAGTTGCTGCCTGAGATGGAAGTATCTGCAACCA
AGCAGACCCTCACAAAAAGTGGCGGTGGGAGAGGGAGAGGCAGAGGGGATGCAAGGTTTAAGGAACAGAAACAAGGGTCAGCAATAGCGAAGAGAAAACAGGTCAATATTTCAGAGCTTAACAAGGCTTTTCGAATTCGTTTTGTTCGCCTAAATGGGATTCTCTTTACACGCACAAGCCTTGAGATATTCGATGAAGTT
TGTTCTTCTGCTATAAATGAATTTGAGGAGCTTCTCACACCTGGACCTAATTCAGAGATGGGGATTGGTTTGGATACATTGGTCAATGGTTCCACTGTTAGTGGACTCCTGGTTCTCCAGATTGTGTCAATTCTAATATTTACAGTTCATAACATTAGCGAAACTGAAAACAGAAGTCTGTCTTATGCGGAAATTTTGCA
GCGATCTGTCCTGCTTCAGAATGCTTTCACTGCTGCCTTTGACTTTGCAGGGCACATAATTAGAAAATGCGAGAGTACAGAGGATGTTTCATCTAGCCCATTTTTGCCAGCGACACTCATTTTTATAGAATGGCTGGCCTGCAGACCAGATATTGTAACTTCTAACGATGTTAAAGAGAAGCAAGCCAGAGCAAGATCAT
CTTTTTGGAGTCACTGTGTTATTTTCCTTAACAAACTTTTGCTATTTGAATATCTTCACGAAGACTCAAATGGAGGTAGAGTGGAAGGTGAGATTGCATTCACTACTCTTAAGAGTTATAACGAGGAGGAAGCAAGAGGAGGTGGTGTTGCATTGTGGGAGGATTTTGAACTGAGGGGATTTCTGCCATTGGCCCCAGCA
CAACTTGCTTTAGATTTCTCCAAGCGACATTCTTACAATGGGTTTGGTGGAAAGAAAGAAAAGAATGTTCGGGTCCAAAGAATTCTGGCAGCTGCAAAGGCTATTGCAAATTCAGTAGAAGATAGAAGGTATGGAATATGTTTTGATGCAGACTCGATGAAATTTTGTATTGCTGGAGAGGTTCCTGAAAGAAAGATTGA
AGACCAGTCAGAAGCTGTCAAGCTCAAAGTCTCTAATGCCATGAATACATTTGATAATGTTTTTCGAGACACTGTATCCAATTGTGCAAAGCAGGAAGCTTCTTCATTTGAAAAGCCTGTGTTATGTGCTTCAGGAATTACTACTGCGAAGGCAGATTCAGATAAAGAAGAAGAAGAAGATGAGGTAATTGTCTTTAAAC
CCACTGCAGTAGAAAAACATTCCGAGTTAAATACTACTTCAAATTCACAACAGAACCCAGCTGCATCTGCAAGTATTCAGAATCTGACCCCATTGTCTCTACCTCAAGAGCCTCGGCAAAGCTTCTTAAATTTCCCCCCTTCAACTGAATTGCCTGTACAGATTTCTGGGTATTCTTCAACATTGACAACTGGAACAGAC
AATTCTGTGGGGGCATATACAACTCCCCATGAAGTTTCTCAATTATTTGCAAGTTCTGCAAGTTCTGCTGATCACTGGTCAACTGGTATTGGAATGTCTACTGTTGGGCTAACCAGTTGTCTTGAAAGTTGGGGCCCAAAAAATTATGCTGGGCCATTTTTGAATAGTCATGCAGGTGTCACCAGCTTCGGAGATTTTAG
TCAACAGCCTGCTCAGCAGATAAATCAACTCAATCCTGCATGGTACAGAGATGACAAAGCACTTGTTTTCAATGGGATGACAAACTTGAATCTCAGTCGTCGTTTTCAAGAAAATGGATCTTTATTCAAGTCGGAGCTTCCTGCCAGTACTATGGGGAAAGTTGAGTCTGTTTCCACAAATTCAAATTGGATTCCTTCTC
AAAGTTTGTATTCATCAACTCCACTTGTTAGTGGAGTCTCTGTCAGTATGGATGTTGCTGGCATGCCAGAGAAGACACTTTCAGATGATCGTTCTTTGGCCATGGTTCAGGCAAACTCCTGTCAGCCAAAAGTTTCCACGGAACCTTACCTAACAAACTCTGAATTATCGTCACTGTCCAAGGTTGATACATCAACTATC
AAAACTGGTTTAACTGCCAATCCGATCAACACCCCTAAACTAAGCGTTAAAAAAGGACATGTGAGTAGACCTGTTCGCCATTTTGGACCCCCACCTGGATTTGGTCCTGTACCTTCAAGACTGCCAGATAGTTCCAAGCCTGATTTAGCACATGCTAATCCTGGAGCTACCTGTGTAAGTGAACAGATGGTTCAGAGCAA
TGAACAGCCCCAAATGGATGACTACAGCTGGTTGGATGGATACACATCATCAAATGATGGAGAGAAAAATGATTTACGTATTTCTCAGCCAAACTATCCTCTTTTGCCGACAAGTGACAATCTAATGAGTGCTGCTGCAAAGTTTCCTTTTCCAGGCAAGCAGGTACCAAGTCTGCAGATGTGCCAAGATCAGCAGGACT
TCCATTTGAAGCAGCAGCTTCAATACGAGGCACAACAACAGCAGCAACATAAAGCTCAGGTGCTTTTGCCAAAACATCAGCAACAGCAGTCTTTGTGGTCTGGGCGGTTCTTTGGTTGATATCCGTAGGTTCTATAAAGACAATTCTAGGAATGAAACGgtatgtgcttttgatatgatgatagtgctgttagtttgcct
tatctacatgtatgtttgcaaataatggaatttgccaagtgattttatttttgattttttttcttctgaaattacaattaggcaatgcatctctttatctcattagattatatatcttctaccctagattgtatatgcatgaacctttgattttaatatcttgttttgtaaaagggtagataattcaggtcttggacatg
aattgaagagttttcaattgcttttggttttttttgacagGATGCCATCAGGAGATGCTTGTTGCAGTAAGGGTTACTCATGGTTACGCATCAAAGCTTTGACCTTGGCTCTTGTTCTCTATTGAAAACGTATGCTTGCTTTGTGGCCTTGCCTGAGCTATAAGTATTTTCCATCAGTGCCCTACAGACCAGGCACAGTC
AGTGGGCTTTTCCTTGACTTTGTCTACCTCATGACCATTATGCACTATATATCTAGATAAAGCTTGATTTGTCATATCTGACATTTCACCTGGAATTTGCTGGTTTGACTGGTCTTTAAGTGCTTTTATTCTGCAGAGGCTTAGCAAAAACCAGAGGTGGATATTACCTCCAAAATGAATTCAAGTTGATCCGTAAATTT
TGAACTGGAGGTATTTGTATTTGGGTGGATTATTGAACAAAGTGCAGTGTAAGGTTCATTAGTGTCCTCGTTCCTTGTTTCACCACTGTTTCAGAGATTATGAAGAATAGTGTCATTGCAGTTGAGATTTTGAGCTGCAGATGTGAGAATGAATGATCTACACAGTCGTCCTTGGATAATATCAGGAGGACTACTTTCAG
CATTCACCTGGACTCTTAATTCTACTTGGGCTTGTGAAGGAATCCAATTTCGTGGGCAAAAATGTTTTTGTTGTCTGTTTTGCTTTAATAACAAGGATTTCAATCCAGGGAAATGCTTCAACATAGTATTTGATGCCTGGGTTTCTTCTACTTCTGATTATCAGTGCTAGTAATGCTTTCATTGAACCCAGGCACAAGTT
TTGTATTAAGGATTTGTTGATAAGCTTTCCTGGTGGTATGCACCTACTATCTTTCATGAAAATGGTTGTAACCAGATGTTGACAATATTTCTCAGTTCTGTTTTAACAGGTTTTGTGGGGATATTGATACTAAGAGACATATTTCTAATAAGCAGCATGGTTTTCATTATTGATAGTTGTCTATATTTTAGTATTTTGTT
GATCCTTGTTGTATTGGTTATTACTGTTGAATATTTGTTATTTATTTCATCGCTCTTCTGCAAAAGAAGTCTTTTGTATGTAATAAACATGCATATGCTGAAGTAG

Intron 2 GTATGTTCTG ... TTATTGCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.61	487	159	38
A2	25.58	509	175	43
A3	22.64	615	180	41
A4	23.11	469	141	45
A5	25.48	310	106	30
A6	24.12	195	62	12
A7	22.87	452	134	38
A8	22.94	131	39	15
A9	23.95	327	103	15
A10	22.96	453	135	25

>TRINITY_DN98174_c0_g2_i2 from sample A5 / Example spliced isoform

GCGCTCAGGGGCTGGAGCAAACCCTCTGCCTTGCAGCGCAAGGACTCTTCAAGAATCGTGTTATAATTTATTCATGTACAATATACAAATTTCAATTCTATTTATTCCCAATCCTTCCATGACCCACCAAATTCCTGCTCAGATTTGGCGGGTGTTGAGACTGTAATTGGTGGAGGGAGTTTTCGGCTAGCGGATTCGAA
TCCTGTACAGGTTTACAGTTTGGTTGATCAGGGGTTTAGCTACAGCAGATTTGTTCCCAGTTTTATTGGAGAACACCACAAAATTGCCTATTAGAATCCTTGTTATGCTTGAGATTTATGGACAATGACTGTCCCTATGGAGAATTTGCCTACTCAAACGACAAAGGATGCAGTTCAGCGCCGCTATAATAAGGCCATTG
AATTGGAACAAAGGCTGAGGAATTCGATCCAGGCGAAGACCCCTTCTGATCCTAATATTTGGGGTCAGATGCGTGAGAATTATGAAGCTATAATACTTGAAGACCATGATTTTTCTGAAGCTCATGAAATTGAGCATGCACTTTGGCACTTACATTATAAGCGAATTGAGGAATTCAGAGCTCGGATGCGAAGTGCTGCA
ATGGCAGCTAATAGTAACATCCCATCACAGGGAGGGAAAAGTGTAGTGAGGCGAGATCAAATTCATAAAATTCGATCTATTTTCAAAAGTTTTCTTTCCGAGGCAACTGGATTTTATCATGAGTTAATTTTAAAGATCAGAGCCAGATACAGATTCCCAGTTGACTATTTCACTCATCAAGGTGAAGACTATTTGGGATC
AATAGATGATAAAACCAAGTGTGTTGATTTGAGGAAAGCTCAAGTCTCTTGTCATCGTTGCTTGATATACTTGGGTGATCTTGCTCGCTATAAGGAACTCTATGGAGAAGGGGAATCTTCTGGCCGTGATTTTTCAGTCGCAGCAAGCTATTATGTGCAGGCTGCCTCACTTTGGCCATCAAGTGGAAATCCCCATCATC
AGCTTGCAATACTGGCAACATACATGGGGGATGAACTGGTTGCAGTCTATCGGTATTTTCGAAGCTTGGCAGTTGAAATTCCATTCTCAACAGCAAGAGACAATTTGATTATTATATTTGATAAGAATCGTCAGCATTATTCTCAGTTGCTGCCTGAGATGGAAGTATCTGCAACCAAGCAGACCCTCACAAAAAGTGGC
GGTGGGAGAGGGAGAGGCAGAGGGGATGCAAGGTTTAAGGAACAGAAACAAGGGTCAGCAATAGCGAAGAGAAAACAGGTCAATATTTCAGAGCTTAACAAGGCTTTTCGAATTCGTTTTGTTCGCCTAAATGGGATTCTCTTTACACGCACAAGCCTTGAGATATTCGATGAAGTTTGTTCTTCTGCTATAAATGAATT
TGAGGAGCTTCTCACACCTGGACCTAATTCAGAGATGGGGATTGGTTTGGATACATTGGTCAATGGTTCCACTGTTAGTGGACTCCTGGTTCTCCAGATTGTGTCAATTCTAATATTTACAGTTCATAACATTAGCGAAACTGAAAACAGAAGTCTGTCTTATGCGGAAATTTTGCAGCGATCTGTCCTGCTTCAGAATG
CTTTCACTGCTGCCTTTGACTTTGCAGGGCACATAATTAGAAAATGCGAGAGTACAGAGGATGTTTCATCTAGCCCATTTTTGCCAGCGACACTCATTTTTATAGAATGGCTGGCCTGCAGACCAGATATTGTAACTTCTAACGATGTTAAAGAGAAGCAAGCCAGAGCAAGATCATCTTTTTGGAGTCACTGTGTTATT
TTCCTTAACAAACTTTTGCTATTTGAATATCTTCACGAAGACTCAAATGGAGGTAGAGTGGAAGGTGAGATTGCATTCACTACTCTTAAGAGTTATAACGAGGAGGAAGCAAGAGGAGGTGGTGTTGCATTGTGGGAGGATTTTGAACTGAGGGGATTTCTGCCATTGGCCCCAGCACAACTTGCTTTAGATTTCTCCAA
GCGACATTCTTACAATGGGTTTGGTGGAAAGAAAGAAAAGAATGTTCGGGTCCAAAGAATTCTGGCAGCTGCAAAGGCTATTGCAAATTCAGTAGAAGATAGAAGGTATGGAATATGTTTTGATGCAGACTCGATGAAATTTTGTATTGCTGGAGAGGTTCCTGAAAGAAAGATTGAAGACCAGTCAGAAGCTGTCAAGC
TCAAAGTCTCTAATGCCATGAATACATTTGATAATGTTTTTCGAGACACTGTATCCAATTGTGCAAAGCAGGAAGCTTCTTCATTTGAAAAGCCTGTGTTATGTGCTTCAGGAATTACTACTGCGAAGGCAGATTCAGATAAAGAAGAAGAAGAAGATGAGGTAATTGTCTTTAAACCCACTGCAGTAGAAAAACATTCC
GAGTTAAATACTACTTCAAATTCACAACAGAACCCAGCTGCATCTGCAAGTATTCAGAATCTGACCCCGTTGTCTCTACCTCAAGAGCCTCGGCAAAGCTTCTTAAATTTCCCCCCTTCAACTGAATTGCCTGTACAGATTTCTGGGTATTCTTCAACATTGACAACTGGAACAGACAATTCTGTGGGGGCATATACAAC
TCCCCATGAAGTTTCTCAATTATTTGCAAGTTCTGCAAGTTCTGCTGATCACTGGTCAACTGGTATTGGAATGTCTACTGTTGGGCTAACCAGTTGTCTTGAAAGTTGGGGCCCAAAAAATTATGCTGGGCCATTTTTGAATAGTCATGCAGGTGTCACCAGCTTCGGAGATTTTAGTCAACAGCCTGCTCAGCAGATAA
ATCAACTCAATCCTGCATGGTACAGAGATGACAAAGCACTTGTTTTCAATGGGATGACAAACTTGAATCTCAGTCGTCGTTTTCAAGAAAATGGATCTTTATTCAAGTCGGAGCTTCCTGCCAGTACTATGGGGAAAGTTGAGTCTGTTTCCACAAATTCAAATTGGATTCCTTCTCAAAGTTTGTATTCATCAACTCCA
CTTGTTAGTGGAGTCTCTGTCAGTATGGATGTTGCTGGCATGCCAGAGAAGACACTTTCAGATGATCGTTCTTTGGCCATGGTTCAGGCAAACTCCTGTCAGCCAAAAGTTTCCACGGAACCTTACCTAACAAACTCTGAATTATCGTCACTGTCCAAGGTTGATACATCAACTATCAAAACTGGTTTAACTGCCAATCC
GATCAACACCCCTAAACTAAGCGTTAAAAAAGGACATGTGAGTAGACCTGTTCGCCATTTTGGACCCCCACCTGGATTTGGTCCTGTACCTTCAAGACTGCCAGATAGTTCCAAGCCTGATTTAGCACATGCTAATCCTGGAGCTACCTGTGTAAGTGAACAGATGGTTCAGAGCAATGAACAGCCCCAAATGGATGACT
ACAGCTGGTTGGATGGATACACATCATCAAATGATGGAGAGAAAAATGATTTACGTATTTCTCAGCCAAACTATCCTCTTTTGCCGACAAGTGACAATCTAATGAGTGCTGCTGCAAAGTTTCCTTTTCCAGGCAAGCAGGTACCAAGTCTGCAGATGTGCCAAGATCAGCAGGACTTCCATTTGAAGCAGCAGCTTCAA
TACGAGGCACAACAACAGCAGCAACATAAAGCTCAGGTGCTTTTGCCAAAACATCAGCAACAGCAGTCTTTGTGGTCTGGGCGGTTCTTTGGTTGATATCCGTAGGTTCTATAAAGACAATTCTAGGAATGAAACGGATGCCATCAGGAGATGCTTGTTGCAGTAAGGGTTACTCATGGTTACGCATCAAAGCTTTGACC
TTGGCTCTTGTTCTCTATTGAAAACGTATGCTTGCTTTGTGGCCTTGCCTGAGCTATAAGTATTTTCCATCAGTGCCCTACAGACCAGGCACAGTCAGTGGGCTTTTCCTTGACTTTGTCTACCTCATGACCATTATGCACTATATATCTAGATAAAGCTTGATTTGTCATATCTGACATTTCACCTGGAATTTGCTGGT
TTGACTGGTCTTTAAGTGCTTTTATTCTGCAGAGGCTTAGCAAAAACCAGAGGTGGATATTACCTCCAAAATGAATTCAAGTTGATCCGTAAATTTTGAACTGGAGGTATTTGTATTTGGGTGGATTATTGAACAAAGTGCAGTGTAAGGTTCATTAGTGTCCTCGTTCCTTGTTTCACCACTGTTTCAGAGATTATGAA
GAATAGTGTCATTGCAGTTGAGATTTTGAGCTGCAGATGTGAGAATGAATGATCTACACAGTCGTCCTTGGATAATATCAGGAGGACTACTTTCAGCATTCACCTGGACTCTTAATTCTACTTGGGCTTGTGAAGGAATCCAATTTCGTGGGCAAAAATGTTTTTGTTGTCTGTTTTGCTTTAATAACAAGGATTTCAAT
CCAGGGAAATGCTTCAACATAGTATTTGATGCCTGGGTTTCTTCTACTTCTGATTATCAGTGCTAGTAATGCTTTCATTGAACCCAGGCACAAGTTTTGTATTAAGGATTTGTTGATAAGCTTTCCTGGTGGTATGCACCTACTATCTTTCATGAAAATGGTTGTAACCAGATGTTGACAATATTTCTCAGTTCTGTTTT
AACAGGTTTTGTGGGGATATTGATACTAAGAGACATATTTCTAATAAGCAGCATGGC

>TRINITY_DN98174_c0_g2_i1 from sample A5 / Example unspliced isoform:

GCGCTCAGGGGCTGGAGCAAACCCTCTGCCTTGCAGCGCAAGGACTCTTCAAGAATCGTGTTATAATTTATTCATGTACAATATACAAATTTCAATTCTATTTATTCCCAATCCTTCCATGACCCACCAAATTCCTGCTCAGATTTGGCGGGTGTTGAGACTGTAATTGGTGGAGGGAGTTTTCGGCTAGCGGATTCGAA
TCCTGTACAGGTTTACAGTTTGGTTGATCAGGGGTTTAGCTACAGCAGATTTGTTCCCAGTTTTATTGGAGAACACCACAAAATTGCCTATTAGAATCCTTGTTATGCTTGAGATTTATGGACAATGACTGTCCCTATGGAGAATTTGCCTACTCAAACGACAAAGGATGCAGTTCAGCGCCGCTATAATAAGGCCATTG
AATTGGAACAAAGGCTGAGGAATTCGATCCAGGCGAAGACCCCTTCTGATCCTAATATTTGGGGTCAGATGCGTGAGAATTATGAAGCTATAATACTTGAAGACCATGATTTTTCTGAAGCTCATGAAATTGAGCATGCACTTTGGCACTTACATTATAAGCGAATTGAGGAATTCAGAGCTCGGATGCGAAGTGCTGCA
ATGGCAGCTAATAGTAACATCCCATCACAGGGAGGGAAAAGTGTAGTGAGGCGAGATCAAATTCATAAAATTCGATCTATTTTCAAAAGTTTTCTTTCCGAGGCAACTGGATTTTATCATGAGTTAATTTTAAAGATCAGAGCCAGATACAGATTCCCAGTTGACTATTTCACTCATCAAGGTGAAGACTATTTGGGATC
AATAGATGATAAAACCAAGTGTGTTGATTTGAGGAAAGCTCAAGTCTCTTGTCATCGTTGCTTGATATACTTGGGTGATCTTGCTCGCTATAAGGAACTCTATGGAGAAGGGGAATCTTCTGGCCGTGATTTTTCAGTCGCAGCAAGCTATTATGTGCAGGCTGCCTCACTTTGGCCATCAAGTGGAAATCCCCATCATC
AGCTTGCAATACTGGCAACATACATGGGGGATGAACTGGTTGCAGTCTATCGGTATTTTCGAAGCTTGGCAGTTGAAATTCCATTCTCAACAGCAAGAGACAATTTGATTATTATATTTGATAAGAATCGTCAGCATTATTCTCAGTTGCTGCCTGAGATGGAAGTATCTGCAACCAAGCAGACCCTCACAAAAAGTGGC
GGTGGGAGAGGGAGAGGCAGAGGGGATGCAAGGTTTAAGGAACAGAAACAAGGGTCAGCAATAGCGAAGAGAAAACAGGTCAATATTTCAGAGCTTAACAAGGCTTTTCGAATTCGTTTTGTTCGCCTAAATGGGATTCTCTTTACACGCACAAGgtatgttctgtttcaaactttcaagttagttttggcattgtgttt
ggtgttttcctaattcagagatgcccctttacttataaaatttgaaatttttttattgccagCCTTGAGATATTCGATGAAGTTTGTTCTTCTGCTATAAATGAATTTGAGGAGCTTCTCACACCTGGACCTAATTCAGAGATGGGGATTGGTTTGGATACATTGGTCAATGGTTCCACTGTTAGTGGACTCCTGGTTCT
CCAGATTGTGTCAATTCTAATATTTACAGTTCATAACATTAGCGAAACTGAAAACAGAAGTCTGTCTTATGCGGAAATTTTGCAGCGATCTGTCCTGCTTCAGAATGCTTTCACTGCTGCCTTTGACTTTGCAGGGCACATAATTAGAAAATGCGAGAGTACAGAGGATGTTTCATCTAGCCCATTTTTGCCAGCGACAC
TCATTTTTATAGAATGGCTGGCCTGCAGACCAGATATTGTAACTTCTAACGATGTTAAAGAGAAGCAAGCCAGAGCAAGATCATCTTTTTGGAGTCACTGTGTTATTTTCCTTAACAAACTTTTGCTATTTGAATATCTTCACGAAGACTCAAATGGAGGTAGAGTGGAAGGTGAGATTGCATTCACTACTCTTAAGAGT
TATAACGAGGAGGAAGCAAGAGGAGGTGGTGTTGCATTGTGGGAGGATTTTGAACTGAGGGGATTTCTGCCATTGGCCCCAGCACAACTTGCTTTAGATTTCTCCAAGCGACATTCTTACAATGGGTTTGGTGGAAAGAAAGAAAAGAATGTTCGGGTCCAAAGAATTCTGGCAGCTGCAAAGGCTATTGCAAATTCAGT
AGAAGATAGAAGGTATGGAATATGTTTTGATGCAGACTCGATGAAATTTTGTATTGCTGGAGAGGTTCCTGAAAGAAAGATTGAAGACCAGTCAGAAGCTGTCAAGCTCAAAGTCTCTAATGCCATGAATACATTTGATAATGTTTTTCGAGACACTGTATCCAATTGTGCAAAGCAGGAAGCTTCTTCATTTGAAAAGC
CTGTGTTATGTGCTTCAGGAATTACTACTGCGAAGGCAGATTCAGATAAAGAAGAAGAAGAAGATGAGGTAATTGTCTTTAAACCCACTGCAGTAGAAAAACATTCCGAGTTAAATACTACTTCAAATTCACAACAGAACCCAGCTGCATCTGCAAGTATTCAGAATCTGACCCCGTTGTCTCTACCTCAAGAGCCTCGG
CAAAGCTTCTTAAATTTCCCCCCTTCAACTGAATTGCCTGTACAGATTTCTGGGTATTCTTCAACATTGACAACTGGAACAGACAATTCTGTGGGGGCATATACAACTCCCCATGAAGTTTCTCAATTATTTGCAAGTTCTGCAAGTTCTGCTGATCACTGGTCAACTGGTATTGGAATGTCTACTGTTGGGCTAACCAG
TTGTCTTGAAAGTTGGGGCCCAAAAAATTATGCTGGGCCATTTTTGAATAGTCATGCAGGTGTCACCAGCTTCGGAGATTTTAGTCAACAGCCTGCTCAGCAGATAAATCAACTCAATCCTGCATGGTACAGAGATGACAAAGCACTTGTTTTCAATGGGATGACAAACTTGAATCTCAGTCGTCGTTTTCAAGAAAATG
GATCTTTATTCAAGTCGGAGCTTCCTGCCAGTACTATGGGGAAAGTTGAGTCTGTTTCCACAAATTCAAATTGGATTCCTTCTCAAAGTTTGTATTCATCAACTCCACTTGTTAGTGGAGTCTCTGTCAGTATGGATGTTGCTGGCATGCCAGAGAAGACACTTTCAGATGATCGTTCTTTGGCCATGGTTCAGGCAAAC
TCCTGTCAGCCAAAAGTTTCCACGGAACCTTACCTAACAAACTCTGAATTATCGTCACTGTCCAAGGTTGATACATCAACTATCAAAACTGGTTTAACTGCCAATCCGATCAACACCCCTAAACTAAGCGTTAAAAAAGGACATGTGAGTAGACCTGTTCGCCATTTTGGACCCCCACCTGGATTTGGTCCTGTACCTTC
AAGACTGCCAGATAGTTCCAAGCCTGATTTAGCACATGCTAATCCTGGAGCTACCTGTGTAAGTGAACAGATGGTTCAGAGCAATGAACAGCCCCAAATGGATGACTACAGCTGGTTGGATGGATACACATCATCAAATGATGGAGAGAAAAATGATTTACGTATTTCTCAGCCAAACTATCCTCTTTTGCCGACAAGTG
ACAATCTAATGAGTGCTGCTGCAAAGTTTCCTTTTCCAGGCAAGCAGGTACCAAGTCTGCAGATGTGCCAAGATCAGCAGGACTTCCATTTGAAGCAGCAGCTTCAATACGAGGCACAACAACAGCAGCAACATAAAGCTCAGGTGCTTTTGCCAAAACATCAGCAACAGCAGTCTTTGTGGTCTGGGCGGTTCTTTGGT
TGATATCCGTAGGTTCTATAAAGACAATTCTAGGAATGAAACGGATGCCATCAGGAGATGCTTGTTGCAGTAAGGGTTACTCATGGTTACGCATCAAAGCTTTGACCTTGGCTCTTGTTCTCTATTGAAAACGTATGCTTGCTTTGTGGCCTTGCCTGAGCTATAAGTATTTTCCATCAGTGCCCTACAGACCAGGCACA
GTCAGTGGGCTTTTCCTTGACTTTGTCTACCTCATGACCATTATGCACTATATATCTAGATAAAGCTTGATTTGTCATATCTGACATTTCACCTGGAATTTGCTGGTTTGACTGGTCTTTAAGTGCTTTTATTCTGCAGAGGCTTAGCAAAAACCAGAGGTGGATATTACCTCCAAAATGAATTCAAGTTGATCCGTAAA
TTTTGAACTGGAGGTATTTGTATTTGGGTGGATTATTGAACAAAGTGCAGTGTAAGGTTCATTAGTGTCCTCGTTCCTTGTTTCACCACTGTTTCAGAGATTATGAAGAATAGTGTCATTGCAGTTGAGATTTTGAGCTGCAGATGTGAGAATGAATGATCTACACAGTCGTCCTTGGATAATATCAGGAGGACTACTTT
CAGCATTCACCTGGACTCTTAATTCTACTTGGGCTTGTGAAGGAATCCAATTTCGTGGGCAAAAATGTTTTTGTTGTCTGTTTTGCTTTAATAACAAGGATTTCAATCCAGGGAAATGCTTCAACATAGTATTTGATGCCTGGGTTTCTTCTACTTCTGATTATCAGTGCTAGTAATGCTTTCATTGAACCCAGGCACAA
GTTTTGTATTAAGGATTTGTTGATAAGCTTTCCTGGTGGTATGCACCTACTATCTTTCATGAAAATGGTTGTAACCAGATGTTGACAATATTTCTCAGTTCTGTTTTAACAGGTTTTGTGGGGATATTGATACTAAGAGACATATTTCTAATAAGCAGCATGGC

Intron 3 GTATGTGCTT ... TTTTTGACAG

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>TRINITY_DN38078_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

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AATCCTGTACAGGTTTACAGTTTGGTTGATCAGGGGTTTAGCTACAGCAGATTTGTTCCCAGTTTTATTGGAGAACACCACAAAATTGCCTATTAGAATCCTTGTTATGCTTGAGATTTATGGACAATGACTGTCCCTATGGAGAATTTGCCTACTCAAACGACAAAGGATGCAGTTCAGCGCCGCTATAATAAGGCCAT
TGAATTGGAACAAAGGCTGAGGAATTCGATCCAGGCGAAGACCCCTTCTGATCCTAATATTTGGGGTCAGATGCGTGAGAATTATGAAGCTATAATACTTGAAGACCATGATTTTTCTGAAGCTCATGAAATTGAGCATGCACTTTGGCACTTACATTATAAGCGAATTGAGGAATTCAGAGCTCGGATGCGAAGTGCTG
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TTTGAGGAGCTTCTCACACCTGGACCTAATTCAGAGATGGGGATTGGTTTGGATACATTGGTCAATGGTTCCACTGTTAGTGGACTCCTGGTTCTCCAGATTGTGTCAATTCTAATATTTACAGTTCATAACATTAGCGAAACTGAAAACAGAAGTCTGTCTTATGCGGAAATTTTGCAGCGATCTGTCCTGCTTCAGAA
TGCTTTCACTGCTGCCTTTGACTTTGCAGGGCACATAATTAGAAAATGCGAGAGTACAGAGGATGTTTCATCTAGCCCATTTTTGCCAGCGACACTCATTTTTATAGAATGGCTGGCCTGCAGACCAGATATTGTAACTTCTAACGATGTTAAAGAGAAGCAAGCCAGAGCAAGATCATCTTTTTGGAGTCACTGTGTTA
TTTTCCTTAACAAACTTTTGCTATTTGAATATCTTCACGAAGACTCAAATGGAGGTAGAGTGGAAGGTGAGATTGCATTCACTACTCTTAAGAGTTATAACGAGGAGGAAGCAAGAGGAGGTGGTGTTGCATTGTGGGAGGATTTTGAACTGAGGGGATTTCTGCCATTGGCCCCAGCACAACTTGCTTTAGATTTCTCC
AAGCGACATTCTTACAATGGGTTTGGTGGAAAGAAAGAAAAGAATGTTCGGGTCCAAAGAATTCTGGCAGCTGCAAAGGCTATTGCAAATTCAGTAGAAGATAGAAGGTATGGAATATGTTTTGATGCAGACTCGATGAAATTTTGTATTGCTGGAGAGGTTCCTGAAAGAAAGATTGAAGACCAGTCAGAAGCTGTCAA
GCTCAAAGTCTCTAATGCCATGAATACATTTGATAATGTTTTTCGAGACACTGTATCCAATTGTGCAAAGCAGGAAGCTTCTTCATTTGAAAAGCCTGTGTTATGTGCTTCAGGAATTACTACTGCGAAGGCAGATTCAGATAAAGAAGAAGAAGAAGATGAGGTAATTGTCTTTAAACCCACTGCAGTAGAAAAACATT
CCGAGTTAAATACTACTTCAAATTCACAACAGAACCCAGCTGCATCTGCAAGTATTCAGAATCTGACCCCGTTGTCTCTACCTCAAGAGCCTCGGCAAAGCTTCTTAAATTTCCCCCCTTCAACTGAATTGCCTGTACAGATTTCTGGGTATTCTTCAACATTGACAACTGGAACAGACAATTCTGTGGGGGCATATACA
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CCGATCAACACCCCTAAACTAAGCGTTAAAAAAGGACATGTGAGTAGACCTGTTCGCCATTTTGGACCCCCACCTGGATTTGGTCCTGTACCTTCAAGACTGCCAGATAGTTCCAAGCCTGATTTAGCACATGCTAATCCTGGAGCTACCTGTGTAAGTGAACAGATGGTTCAGAGCAATGAACAGCCCCAAATGGATGA
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TTAACAGGTTTTGTGGGGATATTGATACTAAGAGACATATTCCTAATAAGCAGCATGGTTTTCATTATTGATAGTTGTCTAAAAA

>TRINITY_DN38078_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

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atgcatgaacctttgattttaatatcttgttttgtaaaagggtagataattcaggtcttggacatgaattgaagagttttcaattgcttttggttttttttgacagGATGCCATCAGGAGATGCTTGTTGCAGTAAGGGTTACTCATGGTTACGCATCAAAGCTTTGACCTTGGCTCTTGTTCTCTATTGAAAACGTATG
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GCCTGGGTTTCTTCTACTTCTGATTATCAGTGCTAGTAATGCTTTCATTGAACCCAGGCACAAGTTTTGTATTAAGGATTTGTTGATAAGCTTTCCTGGTGGTATGCACCTACTATCTTTCATGAAAATGGTTGTAACCAGATGTTGACAATATTTCTCAGTTCTGTTTTAACAGGTTTTGTGGGGATATTGATACTAAG
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