sp|Q9FMG4|SC35_ARATH ----> Serine/arginine-rich splicing factor SC35

Intron 1 GTAAGTATTT ... TTGCCTTGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	34.42	101	53	13
A2	27.7	107	41	13
A3	34.25	96	50	7
A4	32.77	80	39	14
A5	25.81	23	8	7
A6	33.68	126	64	11
A7	29.76	203	86	10
A8	26.57	105	38	17
A9	28.42	204	81	22
A10	24.73	140	46	13

>TRINITY_DN120109_c6_g3_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

ACCACATCTCATTTTAATCTCTTCGATTTTTTATACTCCATTTAACTCTGTCCGCGTACTTAAAAGAACACACCCTACCACATCTCATTTTAATCTCTTCGATTTTTTATACTCCATTTAACTCTGTCCGCGTACTTAAAAGAACACACCCTACCACATCTCATTTTAATCTCTTTGATTTTTTATATCAGCCCCCTTGA
TTTAATCATCACAAGATTCTAGTGGATCTAGCGGGAGCTTGAAAGTGCTATAATCAGCATTAGGCTACCCTTTCTTCCTTAAACCCTCGGCATCTTTCCAGAGTCCATATCCGCTCATTCATTCCTTCTACAGCACAGGGTCCGTCTGATACTCTTCAGAAAGCATGTCGCACTTCGGCAGGTTTGGACCCCCCGACATC
AGGGATACATACTCCCTCCTTGTTCTCAATATCACTTTCCGCACAAGTGCAGATGACCTCTATCCACTTTTCGATCGATATGGGAAGGTTGTTGACATTTTCATTCCAAGAGATAAAAGGACTGGAGATTCTCGAGGTTTCGCATTTGTACGTTACAAATATGCTGATGAGGCTCAAAAGGCCATTGACAGGCTAGATGG
CAGGAATGTTGATGGAAGAAACATCATGGTTCAGTTTGCCAAATATGGTCCAAATGCAGAAGCAACTCAGAGAGGAAGGGTAACTGCAGAGAACTCAAAGAGAACACTCCGATCTAGGAGTCGCAGTCCTCGATCGTCTAGCAGAAGGAACCATGATGATTACGAAGATAGGAATTACAGGAAAGTTGATGATTATCGAG
ACAGAGATTACAGAAAAGGTGATGATTACAGAGATAGAGATTATAGACGACGGAGATCAAGTCGTGATAGCTATGAGAGCGACAGATATCGTGAAAGGTACAGGGGTCATCGTCGTCATAGTCCTAGTCGTAGTCGCAGCAGGAGTGCCAGTAGGACCAGACTAAATGATGAAGGGAAGCAAAGATCCAGGAGTCGTTCC
TTTGAAAGTCCACGATCGGCAGCCCGAGCTTCTTCTCCATTGCCTCGAAGTCCTTTACCTGCAAGGTCACCTGGTGTTGCAAGTCAGCCACCAAAAGATCGTACTCAATCTGCAAATTCTCGCAGTCAATCCCCAGAAAATCACAGTCAACCTGCAGATTCTCTCAGCCGCTCACAAGACTCGCGCAGTCGCTCACAAGA
TTCTCGCAGTCGCTCACGAGATACACGCAGTCGATCTGCAGATTCACACAGTCAATCCTAGGAGGCATTTTAGTCAAGCACTTCAGTATAGTACTGGTTAATATATCCATATTCATATTGTTGGGCCTTCTTTGTTTTTTGCAGGAACAGTAAACTAGGTGTGGTAGCTCTTATTCTTTCACCTGTGGAGTCTTGAATGT
GCTGTTATGTCAAGTACTCATCTTCCAGTGCTGGACAAGATTGGCACCTAAGCGGTTAGATATATCATATACTTGGATGTATTTTATGATTAGTCATACTTATTTTCCTTCACATCAAAGGACTAGAATATACACAGGTATGGGGTGTACAATTGGATTGATGCCGTCCATTTGTCAAGGGAGAATTATTATGCTCTCTG
CAATAAACACTTTGCTTGCAGAGTTTTCCTAGTTTAATCATGGATTAAATCTCTTACTGTTAATAGTTATGTATTTTAATGTAGGGCCTTGTTTGTTATGTTATCTATATCATAATTATGACTTATACTGGATCATGCCCTGCACTGTGATAGCATGTGGGGCCAGGGAAACCGAATGTAGCTGTGGTTGCTGTGATGGT
GGTCTGGTTCATGTATTCCTGTTTGTTGGTGATGCTGTGTAGCTGATGGGTGAAAATTGGACAAAGTTTTTGCTGTTCACTTTGATGCTGACCTTAAAATGTTGGTGTCCAATCTATGAGGCAAGGTTTCTTGAGGGGTGGGTTCAGCACAAAGGCTGGCGTGTTAAGCTTTTACATGATGTGGAGTAATGAGTACATTG
TAATATTTGTGATTTCATTGGATTATTATTTTAACTACAAACCATACCTTGTTGAAAATGCAGGAAAATTGAAGTTTAGGAGTTAAAGATTGTAGTGTCTTCCTAGTCTTTTAAAATCTTTGTGTTCTATATCTATGTTCTTATTCCTTTGCTTAGAATTTTGTCTGTAGAAGCTTTGTATATTCTATAAATGGTCTTCT
CCAAACTCGAACAGTTTTTAGTTGTATATCCTTGTATTTTCTTTATTATCTTTCCTGTCTTTCACCTTTGCCCTGAGCAAATGCTTTCCATTTAGA

>TRINITY_DN120109_c6_g3_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ACCACATCTCATTTTAATCTCTTCGATTTTTTATACTCCATTTAACTCTGTCCGCGTACTTAAAAGAACACACCCTACCACATCTCATTTTAATCTCTTCGATTTTTTATACTCCATTTAACTCTGTCCGCGTACTTAAAAGAACACACCCTACCACATCTCATTTTAATCTCTTTGATTTTTTATATCAGCCCCCTTGA
TTTAATCATCACAAGATTCTAGTGGATCTAGCGGGAGCTTGAAAGTGCTATAATCAGCATTAGGCTACCCTTTCTTCCTTAAACCCTCGGCATCTTTCCAGAGTCCATATCCGCTCATTCATTCCTTCTACAGCACAGGGTCCGTCTGATACTCTTCAGAAAGCATGTCGCACTTCGGCAGGTTTGGACCCCCCGACATC
AGGGATACATACTCCCTCCTTGTTCTCAATATCACTTTCCgtaagtattttatttcttcctcaagagtctctcacatggaatttcgcattggtttgccttgagGCACAAGTGCAGATGACCTCTATCCACTTTTCGATCGATATGGGAAGGTTGTTGACATTTTCATTCCAAGAGATAAAAGGACTGGAGATTCTCGAGG
TTTCGCATTTGTACGTTACAAATATGCTGATGAGGCTCAAAAGGCCATTGACAGGCTAGATGGCAGGAATGTTGATGGAAGAAACATCATGGTTCAGTTTGCCAAATATGGTCCAAATGCAGAAGCAACTCAGAGAGGAAGGGTAACTGCAGAGAACTCAAAGAGAACACTCCGATCTAGGAGTCGCAGTCCTCGATCGT
CTAGCAGAAGGAACCATGATGATTACGAAGATAGGAATTACAGGAAAGTTGATGATTATCGAGACAGAGATTACAGAAAAGGTGATGATTACAGAGATAGAGATTATAGACGACGGAGATCAAGTCGTGATAGCTATGAGAGCGACAGATATCGTGAAAGGTACAGGGGTCATCGTCGTCATAGTCCTAGTCGTAGTCGC
AGCAGGAGTGCCAGTAGGACCAGACTAAATGATGAAGGGAAGCAAAGATCCAGGAGTCGTTCCTTTGAAAGTCCACGATCGGCAGCCCGAGCTTCTTCTCCATTGCCTCGAAGTCCTTTACCTGCAAGGTCACCTGGTGTTGCAAGTCAGCCACCAAAAGATCGTACTCAATCTGCAAATTCTCGCAGTCAATCCCCAGA
AAATCACAGTCAACCTGCAGATTCTCTCAGCCGCTCACAAGACTCGCGCAGTCGCTCACAAGATTCTCGCAGTCGCTCACGAGATACACGCAGTCGATCTGCAGATTCACACAGTCAATCCTAGGAGGCATTTTAGTCAAGCACTTCAGTATAGTACTGGTTAATATATCCATATTCATATTGTTGGGCCTTCTTTGTTT
TTTGCAGGAACAGTAAACTAGGTGTGGTAGCTCTTATTCTTTCACCTGTGGAGTCTTGAATGTGCTGTTATGTCAAGTACTCATCTTCCAGTGCTGGACAAGATTGGCACCTAAGCGGTTAGATATATCATATACTTGGATGTATTTTATGATTAGTCATACTTATTTTCCTTCACATCAAAGGACTAGAATATACACAG
GTATGGGGTGTACAATTGGATTGATGCCGTCCATTTGTCAAGGGAGAATTATTATGCTCTCTGCAATAAACACTTTGCTTGCAGAGTTTTCCTAGTTTAATCATGGATTAAATCTCTTACTGTTAATAGTTATGTATTTTAATGTAGGGCCTTGTTTGTTATGTTATCTATATCATAATTATGACTTATACTGGATCATG
CCCTGCACTGTGATAGCATGTGGGGCCAGGGAAACCGAATGTAGCTGTGGTTGCTGTGATGGTGGTCTGGTTCATGTATTCCTGTTTGTTGGTGATGCTGTGTAGCTGATGGGTGAAAATTGGACAAAGTTTTTGCTGTTCACTTTGATGCTGACCTTAAAATGTTGGTGTCCAATCTATGAGGCAAGGTTTCTTGAGGG
GTGGGTTCAGCACAAAGGCTGGCGTGTTAAGCTTTTACATGATGTGGAGTAATGAGTACATTGTAATATTTGTGATTTCATTGGATTATTATTTTAACTACAAACCATACCTTGTTGAAAATGCAGGAAAATTGAAGTTTAGGAGTTAAAGATTGTAGTGTCTTCCTAGTCTTTTAAAATCTTTGTGTTCTATATCTATG
TTCTTATTCCTTTGCTTAGAATTTTGTCTGTAGAAGCTTTGTATATTCTATAAATGGTCTTCTCCAAACTCGAACAGTTTTTAGTTGTATATCCTTGTATTTTCTTTATTATCTTTCCTGTCTTTCACCTTTGCCCTGAGCAAATGCTTTCCATTTAGA

Intron 2 GTTAGATATA ... ACTGTGATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	71.17	16	48	31
A2	67.31	17	57	13
A3	60.33	24	50	23
A4	61.98	23	57	18
A5	72.73	6	24	8
A6	72.8	88	366	105
A7	73	91	360	132
A8	67.96	145	449	166
A9	69.36	108	370	119
A10	65.11	82	236	70

>TRINITY_DN40659_c0_g1_i1 from sample A10 / Example spliced isoform

CACCCTACCACATCTCATTTTAATCTCTTTGATTTTTTATATCAGCCCCCTTGATTTAATCATCACAAGATTCTAGTGGATCTAGCGGGAGCTTGAAAGTGCTATAATCAGCATTAGGCTACCCTTTCTTCCTTAAACCCTCGGCATCTTTCCAGAGTCCATATCCGCTCATTCATTCCTTCTACAGCACAGGGTCCGTC
TGATACTCTTCAGAAAGCATGTCGCACTTCGGCAGGTTTGGACCCCCCGACATCAGGGATACATACTCCCTCCTTGTTCTCAATATCACTTTCCGCACAAGTGCAGATGACCTCTATCCACTTTTCGATCGATATGGGAAGGTTGTTGACATTTTCATTCCAAGAGATAAAAGGACTGGAGATTCTCGAGGTTTCGCATT
TGTACGTTACAAATATGCTGATGAGGCTCAAAAGGCCATTGACAGGCTAGATGGCAGGAATGTTGATGGAAGAAACATCATGGTTCAGTTTGCCAAATATGGTCCAAATGCAGAAGCAACTCAGAGAGGAAGGGTAACTGCAGAGAACTCAAAGAGAACACTCCGATCTAGGAGTCGCAGTCCTCGATCGTCTAGCAGAA
GGAACCATGATGATTACGAAGATAGGAATTACAGGAAAGTTGATGATTATCGAGACAGAGATTACAGAAAAGGTGATGATTACAGAGATAGAGATTATAGACGACGGAGATCAAGTCGTGATAGCTATGAGAGCGACAGATATCGTGAAAGGTACAGGGGTCATCGTCGTCATAGTCCTAGTCGTAGTCGCAGCAGGAGT
GCCAGTAGGACCAGACTAAATGATGAAGGGAAGCAAAGATCCAGGAGTCGTTCCTTTGAAAGTCCACGATCGGCAGCCCGAGCTTCTTCTCCATTGCCTCGAAGTCCTTTACCTGCAAGGTCACCTGGTGTTGCAAGTCAGCCACCAAAAGATCGTACTCAATCTGCAAATTCTCGCAGTCAATCCCCAGAAAATCACAG
TCAACCTGCAGATTCTCGCAGCCGCTCACAAGACTCGCGCAGTCGCTCACAAGATTCTCGCAGTCGCTCACGAGATACACGCAGTCGATCTGCAGATTCACACAGTCAATCCTAGGAGGCATTTTAGTCAAGCACTTCAGTATAGTACTGGTTAATATATCCATATTCATATTGTTGGGCCTTCTTTGTTTTTTGCAGGA
ACAGTAAACTAGGTGTGGTAGCTCTTATTCTTTCACCTGTGGAGTCTTGAATGTGCTGTTATGTCAAGTACTCATCTTCCAGTGCTGGACAAGATTGGCACCTAAGCGCATGTGGGGCCAGGGAAACCGAATGTAGCTGTGGTTGCTGTGATGGTGGTCTGGTTCATGTATTCCTGTTTGTTGGTGATGCTGTGTAGCTG
ATGGGTGAAAATTGGACAAAGTTTTTGCTGTTCACTTTGATGCTGACCTTAAAATGTTGGTGTCCAATCTATGAGGCAAGGTTTCTTGAGGGGTGGGTTCAGCACAAAGGCTGGCGTGTTAAGCTTTTACATGATGTGGAGTAATGAGTACATTGTAATATTTGTGATTTCATTGGATTATTATTTTAACTACAAACCAT
ACCTTGTTGAAAATGCAGGAAAATTGAAGTTTAGGAGTTAAAGATTGTAGTGTCTTCCTAGTCTTTTAAAATCTTTGTGTTCTATATCTATGTTCTTATTCCTTTGCTTAGAATTTTGTCTGTAGAAGCTTTGTATATTCTATAAATGGTCTTCTCCAAACTCGAACAGTTTTTAGTT

>TRINITY_DN40659_c0_g1_i2 from sample A10 / Example unspliced isoform:

CACCCTACCACATCTCATTTTAATCTCTTTGATTTTTTATATCAGCCCCCTTGATTTAATCATCACAAGATTCTAGTGGATCTAGCGGGAGCTTGAAAGTGCTATAATCAGCATTAGGCTACCCTTTCTTCCTTAAACCCTCGGCATCTTTCCAGAGTCCATATCCGCTCATTCATTCCTTCTACAGCACAGGGTCCGTC
TGATACTCTTCAGAAAGCATGTCGCACTTCGGCAGGTTTGGACCCCCCGACATCAGGGATACATACTCCCTCCTTGTTCTCAATATCACTTTCCGCACAAGTGCAGATGACCTCTATCCACTTTTCGATCGATATGGGAAGGTTGTTGACATTTTCATTCCAAGAGATAAAAGGACTGGAGATTCTCGAGGTTTCGCATT
TGTACGTTACAAATATGCTGATGAGGCTCAAAAGGCCATTGACAGGCTAGATGGCAGGAATGTTGATGGAAGAAACATCATGGTTCAGTTTGCCAAATATGGTCCAAATGCAGAAGCAACTCAGAGAGGAAGGGTAACTGCAGAGAACTCAAAGAGAACACTCCGATCTAGGAGTCGCAGTCCTCGATCGTCTAGCAGAA
GGAACCATGATGATTACGAAGATAGGAATTACAGGAAAGTTGATGATTATCGAGACAGAGATTACAGAAAAGGTGATGATTACAGAGATAGAGATTATAGACGACGGAGATCAAGTCGTGATAGCTATGAGAGCGACAGATATCGTGAAAGGTACAGGGGTCATCGTCGTCATAGTCCTAGTCGTAGTCGCAGCAGGAGT
GCCAGTAGGACCAGACTAAATGATGAAGGGAAGCAAAGATCCAGGAGTCGTTCCTTTGAAAGTCCACGATCGGCAGCCCGAGCTTCTTCTCCATTGCCTCGAAGTCCTTTACCTGCAAGGTCACCTGGTGTTGCAAGTCAGCCACCAAAAGATCGTACTCAATCTGCAAATTCTCGCAGTCAATCCCCAGAAAATCACAG
TCAACCTGCAGATTCTCGCAGCCGCTCACAAGACTCGCGCAGTCGCTCACAAGATTCTCGCAGTCGCTCACGAGATACACGCAGTCGATCTGCAGATTCACACAGTCAATCCTAGGAGGCATTTTAGTCAAGCACTTCAGTATAGTACTGGTTAATATATCCATATTCATATTGTTGGGCCTTCTTTGTTTTTTGCAGGA
ACAGTAAACTAGGTGTGGTAGCTCTTATTCTTTCACCTGTGGAGTCTTGAATGTGCTGTTATGTCAAGTACTCATCTTCCAGTGCTGGACAAGATTGGCACCTAAGCGgttagatatatcatatacttggatgtattttatgattagtcatacttattttccttcacatcaaaggactagaatatacacaggtatggggt
gtacaattggattgatgccgtccatttgtcaagggagaattattatgctctctgcaataaacactttgcttgcagagttttcctagtttaatcatggattaaatctcttactgttaatagttatgtattttaatgtagggccttgtttgttatgttatctatatcataattatgacttatactggatcatgccctgcact
gtgatagCATGTGGGGCCAGGGAAACCGAATGTAGCTGTGGTTGCTGTGATGGTGGTCTGGTTCATGTATTCCTGTTTGTTGGTGATGCTGTGTAGCTGATGGGTGAAAATTGGACAAAGTTTTTGCTGTTCACTTTGATGCTGACCTTAAAATGTTGGTGTCCAATCTATGAGGCAAGGTTTCTTGAGGGGTGGGTTCA
GCACAAAGGCTGGCGTGTTAAGCTTTTACATGATGTGGAGTAATGAGTACATTGTAATATTTGTGATTTCATTGGATTATTATTTTAACTACAAACCATACCTTGTTGAAAATGCAGGAAAATTGAAGTTTAGGAGTTAAAGATTGTAGTGTCTTCCTAGTCTTTTAAAATCTTTGTGTTCTATATCTATGTTCTTATTC
CTTTGCTTAGAATTTTGTCTGTAGAAGCTTTGTATATTCTATAAATGGTCTTCTCCAAACTCGAACAGTTTTTAGTT

Intron 3 GTAAGTATTT ... GAGATAAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	80	13	53	51
A2	72.82	14	41	34
A3	73.72	18	50	51
A4	94.74	2	39	33
A5	76.47	4	8	18
A6	75.8	19	64	55
A7	73.06	33	86	93
A8	77.44	15	38	65
A9	69.96	38	81	96
A10	70.91	24	46	71

>TRINITY_DN120109_c6_g3_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

CTTGTTCTCAATATCACTTTCCGACTGGAGATTCTCGAGGTTTCGCATTTGTACGTTACAAATATGCTGATGAGGCTCAAAAGGCCATTGACAGGCTAGATGGCAGGAATGTTGATGGAAGAAACATCATGGTTCAGTTTGCCAAATATGGTCCAAATGCAGAAGCAACTCAGAGAGGAAGGGTAACTGCAGAGAACTCA
AAGAGAACACTCCGATCTAGGAGTCGCAGTCCTCGATCGTCTAGCAGAAGGAACCATGATGATTACGAAGATAGGAATTACAGGAAAGTTGATGATTATCGAGACAGAGATTACAGAAAAGGTGATGATTACAGAGATAGAGATTATAGACGACGGAGATCAAGTCGTGATAGCTATGAGAGCGACAGATATCGTGAAAG
GTACAGGGGTCATCGTCGTCATAGTCCTAGTCGTAGTCGCAGCAGGAGTGCCAGTAGGACCAGACTAAATGATGAAGGGAAGCAAAGATCCAGGAGTCGTTCCTTTGAAAGTCCACGATCGGCAGCCCGAGCTTCTTCTCCATTGCCTCGAAGTCCTTTACCTGCAAGGTCACCTGGTGTTGCAAGTCAGCCACCAAAAG
ATCGTACTCAATCTGCAAATTCTCGCAGTCAATCCCCAGAAAATCACAGTCAACCTGCAGATTCTCTCAGCCGCTCACAAGACTCGCGCAGTCGCTCACAAGATTCTCGCAGTCGCTCACGAGATACACGCAGTCGATCTGCAGATTCACACAGTCAATCCTAGGAGGCATTTTAGTCAAGCACTTCAGTATAGTACTGG
TTAATATATCCATATTCATATTGTTGGGCCTTCTTTGTTTTTTGCAGGAACAGTAAACTAGGTGTGGTAGCTCTTATTCTTTCACCTGTGGAGTCTTGAATGTGCTGTTATGTCAAGTACTCATCTTCCAGTGCTGGACAAGATTGGCACCTAAGCGGTTAGATATATCATATACTTGGATGTATTTTATGATTAGTCAT
ACTTATTTTCCTTCACATCAAAGGACTAGAATATACACAGGTATGGGGTGTACAATTGGATTGATGCCGTCCATTTGTCAAGGGAGAATTATTATGCTCTCTGCAATAAACACTTTGCTTGCAGAGTTTTCCTAGTTTAATCATGGATTAAATCTCTTACTGTTAATAGTTATGTATTTTAATGTAGGGCCTTGTTTGTT
ATGTTATCTATATCATAATTATGACTTATACTGGATCATGCCCTGCACTGTGATAGCATGTGGGGCCAGGGAAACCGAATGTAGCTGTGGTTGCTGTGATGGTGGTCTGGTTCATGTATTCCTGTTTGTTGGTGATGCTGTGTAGCTGATGGGTGAAAATTGGACAAAGTTTTTGCTGTTCACTTTGATGCTGACCTTAA
AATGTTGGTGTCCAATCTATGAGGCAAGGTTTCTTGAGGGGTGGGTTCAGCACAAAGGCTGGCGTGTTAAGCTTTTACATGATGTGGAGTAATGAGTACATTGTAATATTTGTGATTTCATTGGATTATTATTTTAACTACAAACCATACCTTGTTGAAAATGCAGGAAAATTGAAGTTTAGGAGTTAAAGATTGTAGTG
TCTTCCTAGTCTTTTAAAATCTTTGTGTTCTATATCTATGTTCTTATTCCTTTGCTTAGAATTTTGTCTGTAGAAGCTTTGTATATTCTATAAATGGTCTTCTCCAAACTCGAACAGTTTTTAGTTGTATATCCTTGTATTTTCTTTATTATCTTTCCTGTCTTTCACCTTTGCCCTGAGCAAATGCTTTCCATTTAGA

>TRINITY_DN120109_c6_g3_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ACCACATCTCATTTTAATCTCTTCGATTTTTTATACTCCATTTAACTCTGTCCGCGTACTTAAAAGAACACACCCTACCACATCTCATTTTAATCTCTTCGATTTTTTATACTCCATTTAACTCTGTCCGCGTACTTAAAAGAACACACCCTACCACATCTCATTTTAATCTCTTTGATTTTTTATATCAGCCCCCTTGA
TTTAATCATCACAAGATTCTAGTGGATCTAGCGGGAGCTTGAAAGTGCTATAATCAGCATTAGGCTACCCTTTCTTCCTTAAACCCTCGGCATCTTTCCAGAGTCCATATCCGCTCATTCATTCCTTCTACAGCACAGGGTCCGTCTGATACTCTTCAGAAAGCATGTCGCACTTCGGCAGGTTTGGACCCCCCGACATC
AGGGATACATACTCCCTCCTTGTTCTCAATATCACTTTCCgtaagtattttatttcttcctcaagagtctctcacatggaatttcgcattggtttgccttgaggcacaagtgcagatgacctctatccacttttcgatcgatatgggaaggttgttgacattttcattccaagagataaaagGACTGGAGATTCTCGAGG
TTTCGCATTTGTACGTTACAAATATGCTGATGAGGCTCAAAAGGCCATTGACAGGCTAGATGGCAGGAATGTTGATGGAAGAAACATCATGGTTCAGTTTGCCAAATATGGTCCAAATGCAGAAGCAACTCAGAGAGGAAGGGTAACTGCAGAGAACTCAAAGAGAACACTCCGATCTAGGAGTCGCAGTCCTCGATCGT
CTAGCAGAAGGAACCATGATGATTACGAAGATAGGAATTACAGGAAAGTTGATGATTATCGAGACAGAGATTACAGAAAAGGTGATGATTACAGAGATAGAGATTATAGACGACGGAGATCAAGTCGTGATAGCTATGAGAGCGACAGATATCGTGAAAGGTACAGGGGTCATCGTCGTCATAGTCCTAGTCGTAGTCGC
AGCAGGAGTGCCAGTAGGACCAGACTAAATGATGAAGGGAAGCAAAGATCCAGGAGTCGTTCCTTTGAAAGTCCACGATCGGCAGCCCGAGCTTCTTCTCCATTGCCTCGAAGTCCTTTACCTGCAAGGTCACCTGGTGTTGCAAGTCAGCCACCAAAAGATCGTACTCAATCTGCAAATTCTCGCAGTCAATCCCCAGA
AAATCACAGTCAACCTGCAGATTCTCTCAGCCGCTCACAAGACTCGCGCAGTCGCTCACAAGATTCTCGCAGTCGCTCACGAGATACACGCAGTCGATCTGCAGATTCACACAGTCAATCCTAGGAGGCATTTTAGTCAAGCACTTCAGTATAGTACTGGTTAATATATCCATATTCATATTGTTGGGCCTTCTTTGTTT
TTTGCAGGAACAGTAAACTAGGTGTGGTAGCTCTTATTCTTTCACCTGTGGAGTCTTGAATGTGCTGTTATGTCAAGTACTCATCTTCCAGTGCTGGACAAGATTGGCACCTAAGCGGTTAGATATATCATATACTTGGATGTATTTTATGATTAGTCATACTTATTTTCCTTCACATCAAAGGACTAGAATATACACAG
GTATGGGGTGTACAATTGGATTGATGCCGTCCATTTGTCAAGGGAGAATTATTATGCTCTCTGCAATAAACACTTTGCTTGCAGAGTTTTCCTAGTTTAATCATGGATTAAATCTCTTACTGTTAATAGTTATGTATTTTAATGTAGGGCCTTGTTTGTTATGTTATCTATATCATAATTATGACTTATACTGGATCATG
CCCTGCACTGTGATAGCATGTGGGGCCAGGGAAACCGAATGTAGCTGTGGTTGCTGTGATGGTGGTCTGGTTCATGTATTCCTGTTTGTTGGTGATGCTGTGTAGCTGATGGGTGAAAATTGGACAAAGTTTTTGCTGTTCACTTTGATGCTGACCTTAAAATGTTGGTGTCCAATCTATGAGGCAAGGTTTCTTGAGGG
GTGGGTTCAGCACAAAGGCTGGCGTGTTAAGCTTTTACATGATGTGGAGTAATGAGTACATTGTAATATTTGTGATTTCATTGGATTATTATTTTAACTACAAACCATACCTTGTTGAAAATGCAGGAAAATTGAAGTTTAGGAGTTAAAGATTGTAGTGTCTTCCTAGTCTTTTAAAATCTTTGTGTTCTATATCTATG
TTCTTATTCCTTTGCTTAGAATTTTGTCTGTAGAAGCTTTGTATATTCTATAAATGGTCTTCTCCAAACTCGAACAGTTTTTAGTTGTATATCCTTGTATTTTCTTTATTATCTTTCCTGTCTTTCACCTTTGCCCTGAGCAAATGCTTTCCATTTAGA

Intron 4 GCACAAGTGC ... GAGATAAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	86.17	13	101	61
A2	85.11	14	107	53
A3	82.61	18	96	75
A4	96.92	2	80	46
A5	85.71	4	23	25
A6	84.68	19	126	84
A7	83.5	33	203	131
A8	86.49	15	105	87
A9	81.99	38	204	142
A10	83.16	24	140	97

>TRINITY_DN120109_c6_g3_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

CTTGTTCTCAATATCACTTTCCGACTGGAGATTCTCGAGGTTTCGCATTTGTACGTTACAAATATGCTGATGAGGCTCAAAAGGCCATTGACAGGCTAGATGGCAGGAATGTTGATGGAAGAAACATCATGGTTCAGTTTGCCAAATATGGTCCAAATGCAGAAGCAACTCAGAGAGGAAGGGTAACTGCAGAGAACTCA
AAGAGAACACTCCGATCTAGGAGTCGCAGTCCTCGATCGTCTAGCAGAAGGAACCATGATGATTACGAAGATAGGAATTACAGGAAAGTTGATGATTATCGAGACAGAGATTACAGAAAAGGTGATGATTACAGAGATAGAGATTATAGACGACGGAGATCAAGTCGTGATAGCTATGAGAGCGACAGATATCGTGAAAG
GTACAGGGGTCATCGTCGTCATAGTCCTAGTCGTAGTCGCAGCAGGAGTGCCAGTAGGACCAGACTAAATGATGAAGGGAAGCAAAGATCCAGGAGTCGTTCCTTTGAAAGTCCACGATCGGCAGCCCGAGCTTCTTCTCCATTGCCTCGAAGTCCTTTACCTGCAAGGTCACCTGGTGTTGCAAGTCAGCCACCAAAAG
ATCGTACTCAATCTGCAAATTCTCGCAGTCAATCCCCAGAAAATCACAGTCAACCTGCAGATTCTCTCAGCCGCTCACAAGACTCGCGCAGTCGCTCACAAGATTCTCGCAGTCGCTCACGAGATACACGCAGTCGATCTGCAGATTCACACAGTCAATCCTAGGAGGCATTTTAGTCAAGCACTTCAGTATAGTACTGG
TTAATATATCCATATTCATATTGTTGGGCCTTCTTTGTTTTTTGCAGGAACAGTAAACTAGGTGTGGTAGCTCTTATTCTTTCACCTGTGGAGTCTTGAATGTGCTGTTATGTCAAGTACTCATCTTCCAGTGCTGGACAAGATTGGCACCTAAGCGGTTAGATATATCATATACTTGGATGTATTTTATGATTAGTCAT
ACTTATTTTCCTTCACATCAAAGGACTAGAATATACACAGGTATGGGGTGTACAATTGGATTGATGCCGTCCATTTGTCAAGGGAGAATTATTATGCTCTCTGCAATAAACACTTTGCTTGCAGAGTTTTCCTAGTTTAATCATGGATTAAATCTCTTACTGTTAATAGTTATGTATTTTAATGTAGGGCCTTGTTTGTT
ATGTTATCTATATCATAATTATGACTTATACTGGATCATGCCCTGCACTGTGATAGCATGTGGGGCCAGGGAAACCGAATGTAGCTGTGGTTGCTGTGATGGTGGTCTGGTTCATGTATTCCTGTTTGTTGGTGATGCTGTGTAGCTGATGGGTGAAAATTGGACAAAGTTTTTGCTGTTCACTTTGATGCTGACCTTAA
AATGTTGGTGTCCAATCTATGAGGCAAGGTTTCTTGAGGGGTGGGTTCAGCACAAAGGCTGGCGTGTTAAGCTTTTACATGATGTGGAGTAATGAGTACATTGTAATATTTGTGATTTCATTGGATTATTATTTTAACTACAAACCATACCTTGTTGAAAATGCAGGAAAATTGAAGTTTAGGAGTTAAAGATTGTAGTG
TCTTCCTAGTCTTTTAAAATCTTTGTGTTCTATATCTATGTTCTTATTCCTTTGCTTAGAATTTTGTCTGTAGAAGCTTTGTATATTCTATAAATGGTCTTCTCCAAACTCGAACAGTTTTTAGTTGTATATCCTTGTATTTTCTTTATTATCTTTCCTGTCTTTCACCTTTGCCCTGAGCAAATGCTTTCCATTTAGA

>TRINITY_DN120109_c6_g3_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ACCACATCTCATTTTAATCTCTTCGATTTTTTATACTCCATTTAACTCTGTCCGCGTACTTAAAAGAACACACCCTACCACATCTCATTTTAATCTCTTCGATTTTTTATACTCCATTTAACTCTGTCCGCGTACTTAAAAGAACACACCCTACCACATCTCATTTTAATCTCTTTGATTTTTTATATCAGCCCCCTTGA
TTTAATCATCACAAGATTCTAGTGGATCTAGCGGGAGCTTGAAAGTGCTATAATCAGCATTAGGCTACCCTTTCTTCCTTAAACCCTCGGCATCTTTCCAGAGTCCATATCCGCTCATTCATTCCTTCTACAGCACAGGGTCCGTCTGATACTCTTCAGAAAGCATGTCGCACTTCGGCAGGTTTGGACCCCCCGACATC
AGGGATACATACTCCCTCCTTGTTCTCAATATCACTTTCCgcacaagtgcagatgacctctatccacttttcgatcgatatgggaaggttgttgacattttcattccaagagataaaagGACTGGAGATTCTCGAGGTTTCGCATTTGTACGTTACAAATATGCTGATGAGGCTCAAAAGGCCATTGACAGGCTAGATGG
CAGGAATGTTGATGGAAGAAACATCATGGTTCAGTTTGCCAAATATGGTCCAAATGCAGAAGCAACTCAGAGAGGAAGGGTAACTGCAGAGAACTCAAAGAGAACACTCCGATCTAGGAGTCGCAGTCCTCGATCGTCTAGCAGAAGGAACCATGATGATTACGAAGATAGGAATTACAGGAAAGTTGATGATTATCGAG
ACAGAGATTACAGAAAAGGTGATGATTACAGAGATAGAGATTATAGACGACGGAGATCAAGTCGTGATAGCTATGAGAGCGACAGATATCGTGAAAGGTACAGGGGTCATCGTCGTCATAGTCCTAGTCGTAGTCGCAGCAGGAGTGCCAGTAGGACCAGACTAAATGATGAAGGGAAGCAAAGATCCAGGAGTCGTTCC
TTTGAAAGTCCACGATCGGCAGCCCGAGCTTCTTCTCCATTGCCTCGAAGTCCTTTACCTGCAAGGTCACCTGGTGTTGCAAGTCAGCCACCAAAAGATCGTACTCAATCTGCAAATTCTCGCAGTCAATCCCCAGAAAATCACAGTCAACCTGCAGATTCTCTCAGCCGCTCACAAGACTCGCGCAGTCGCTCACAAGA
TTCTCGCAGTCGCTCACGAGATACACGCAGTCGATCTGCAGATTCACACAGTCAATCCTAGGAGGCATTTTAGTCAAGCACTTCAGTATAGTACTGGTTAATATATCCATATTCATATTGTTGGGCCTTCTTTGTTTTTTGCAGGAACAGTAAACTAGGTGTGGTAGCTCTTATTCTTTCACCTGTGGAGTCTTGAATGT
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