sp|Q9SIB9|ACO3M_ARATH ----> Aconitate hydratase 3, mitochondrial
Intron 1 GTGACCTGCA ... TGAATTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 10.66 | 561.8 | 6 | 67 |
| A2 | 12.21 | 374 | 5 | 52 |
| A3 | 8.88 | 441.5 | 0 | 43 |
| A4 | 10.06 | 500.5 | 2 | 56 |
| A5 | 10.77 | 198.8 | 2 | 24 |
| A6 | 11.84 | 230.8 | 0 | 31 |
| A7 | 10.9 | 613.5 | 0 | 75 |
| A8 | 11.19 | 301.8 | 0 | 38 |
| A9 | 9.88 | 437.8 | 0 | 48 |
| A10 | 12.12 | 478.5 | 2 | 66 |
>TRINITY_DN132586_c0_g2_i1 from sample A1 / Example spliced isoformATTTTGATGACAAAAACCAAGTTTGACATCATCCCCCGGACCCCCACCTCAGTTGCACAGACTCCGCCAAGTCTAGAGTCCCCTTGAAAAGAAACAACCATTACGTTTTAAATAAGCGAACGCCTTCTCATCATCAATTTGTCTCCAAGCCTGTGCGATTAGCGGGCATTTTTCCGTATGGTGGTTGTGTGTCGTGCTTA
TCTATAGGCCAATATGCATATAATTGGCGCCACCGGCATCCTTAGAGCGACTCGAACCTCGTTCCACTCCTCCATATCTCGAGCTGTTTCGGCATCCTGTTTCTCTTCTGCGTCTTCGTCCGTTTCTCCTCGGTTTCAATCAGTCGCGGCCCTCCGAGGGTTTCCAAGCGGTTCCCCGGCCGTAAAATCTTTAAACACCT
CGTCGTTCCTAGGCGATCAGGTGCGGTTCCGGGGCCTGTTAGGTCTTCATCACTGGAGTTCGAATCACGGGCTCAGGGCGCACGCGAGGTCATCCGCTGCCGTTCTCAGCCCCGTCGAGCGGAAAATGTCCACCATGGCGACAGAGAATGCTTTCAAACATATTTTGACTAGCCTTCCTAAACCTGGTGGAGGAGAGTTT
GGAAAGTATTACAGCCTTGCAGCTCTCAATGATCCAAGAACAGATAAGCTCCCTTATTCTGTCAGGATTCTTCTCGAGTCAGCAATTCGCAACTGTGATAATTTTCAGGTCACGGAGAATGATGTGGAGAAGATTCTTGATTGGGAGAATACTTCACCAAAGCAAGTTGAAATTCCTTTTAAGCCTGCTCGTGTTATTCT
TCAGGATTTCACTGGTGTGCCAGCTGTTGTTGATCTTGCTAGCATGCGTGATGGTATGAAACGACTAGGTGGCGATGCTAATAAGATCAATCCTTTGGTACCTGTGGACCTTGTTGTTGATCACTCAGTACAGGTTGATGTAGCTAGATCTGAAAATGCATTGCATGCAAACATGGAGTTTGAATTTAATCGCAATAGGG
AGAGGTTTGGTTTTCTCAAGTGGGGCTCATCTGCATTTGAGAACATGCTTGTTGTTCCTCCAGGTTCTGGTATTGTACACCAGGTGAACTTGGAATATTTGGGAAGGGTGGTCTTCAATACCAATGGCCTACTTTATCCTGATAGTGTTGTTGGAACTGATTCCCACACAACTATGATAGATGGATTAGGTGTTGCTGGC
TGGGGAGTTGGAGGCATTGAAGCAGAAGCTGCTATGCTTGGTCAGCCAATGAGTATGGTTCTTCCTGGTGTTGTTGGTTTCAAATTAACTGGCAATCTGAACAATGGAGTGACAGCTACTGACTTGGTTCTAACGGTGACTCAAATCTTGCGAAAGCATGGCGTGGTTGGTAAATTTGTTGAGTTCTATGGTGATGGTAT
GGGTGAATTATCACTTGCCGATCGAGCAACTATTGCAAACATGTCTCCAGAGTATGGGGCAACCATGGGATTTTTCCCTGTGGATCATGTTACTCTGCAGTATTTGAGGTTAACAGGTCGTAGTGATGAGACAGTGAAGATGATTGAGGCGTACCTTCGTGCCAACAAAATGTTTGTGGACTATAATGAGCCACAAATAG
AGAGGTCTTATTCATCCTACCTGGAATTGGATCTTTCATCTGTTGAACCTTGCATATCAGGGCCAAAAAGACCCCATGATCGGGTTACTCTTAAGGAAATGAAAGCTGATTGGCATGCTTGCCTAGACAACAAGGTTGGGTTTAAGGGTTTTGCCATTCCAAAAGAAAAACAAGAAAAAGTTGTGAAGTTTACACACAAT
GGTGCACCTGCTGAACTAAGTCATGGTGATGTTGTTATAGCGGCTATCACCAGCTGCACAAACACATCAAACCCTAATGTTATGCTTGGGGCTGGCCTTGTTGCAAAGAAAGCTTGTGAATTAGGTCTGGAGGTCAAGCCATGGGTTAAGACTAGCCTTGCCCCGGGATCTGGAGTTGTTACCAAGTACTTGAAGGAGAG
TGGCCTGGATAAGTACTTAGATAAACAAGGCTTTCAGCTTGTTGGGTATGGATGTACTACATGTATTGGAAATTCGGGAGATCTTCATGAATCTGTGAGCTCTGCTATTGCAGAAAATGATTTAGTTGTGTCAGCTGTGCTGTCTGGCAACAGAAATTTTGAAGGACGTGTTCATCCTTTGACTCGGGCAAACTACCTTG
CTTCTCCTCCACTTGTAGTTGCATATGCTCTTGCTGGCACTGTTGACATTGATTTCGAGACGGAGCCTATTGGTACTGGAAAGGATGGGAAGAAAGTCTACTTCAGAGATATCTGGCCTTCGACTGAAGAAATAGCAGAGGTTGTGCAATCTGCTGTCCTACCAGACATGTTTAGGCAAACATATGAAGCAATAACAAAG
GGCAACCCAATGTGGAACCAGCTTCCTGTTCCAACTGGCACTTTGTATACGTGGGATCCAACATCCACTTACATACATGATCCTCCATATTTCAAAGAGATGACAATGACCCCTCCTGGTCCACATGGTGTGAAGGATGCATACTGTTTGCTTAACTTGGGAGATAGCATAACAACAGATCACATTTCTCCTGCAGGCAA
CATCCAAAAAGATAGTCCAGCTGCAAAGTATCTTATGGAACGTGGAGTTGATAGAAAAGATTTTAATTCCTATGGAAGCCGTCGAGGAAATGATGAAATCATGGCTAGAGGAACATTTGCAAATATCCGTTTGGTGAATAAGCTCTTGAATGGTGAAGTTGGGCCCAAAACCATACATATCCCCACTGGAGAGAAGTTAT
CTGTTTATGATGCAGCTATGAGGTACAAAAGTGCAGGGCATGATACAATTGTTCTTGCTGGAGCTGAATATGGCAGTGGAAGTTCTCGGGATTGGGCTGCAAAGGGTCCAATGTTGCAGGGTGTGAAAGCTGTTATTTCAAAAAGTTTTGAGCGCATTCATCGCAGCAATTTGGTTGGCATGGGCATTATTCCATTGTGT
TTCAAATCCGGTGAGGATGCTGAATCGCTTGGTCTAACAGGGCAGGAGAGATATTCAATAGATCTTCCTAATGATATCACCCAACTGAAGCCAGGCCAAGACATTACTGTTACAACAGACACTGGAAAATCGTTCACTTGTGTTGCGAGGTTTGATACACAGGTTGAATTGGAATACTTCAACCATGGAGGCATTCTTCC
TTACGTTATGAGGCAGCTGGTTGGAAATTAAAAGTAGGCTGGCTGTGTCATTGAATTATGCAGGAATCCTGTCGGATAGAATGATTTTTTATGCACAGTTTTTAAATACTTTTGAGTTGGAATAATGTGCATTAATTTGCACAATGGGTCCACCCGAGGGGACATTTTTGATGAGGCTATGCCGCCATTGGAATTCATGT
CTGTATTTGCAGTTTACAATATTCCTCTTATTTGTAAGAGAATAATGTCATAAAGTCCGTTGTGCACTTTCCAATTAATGTTTGTTCATGTGTCTAAATGGCTGGAGATTTTGGATTCCTTGCTAATGCCATTCAGATAGTCTAATTTGTTGCCTTTGGAGATGTTAACTAGAAAGACGACATTAGTCTAAATTAGTCTC
GGTGGATTGTAAGTAGTCTAAAACTGGGTTAATTCCTTAAATGTGAAATCTGGCCAGGAAGGTTGAATGTCTTAAGAAATATATTAGAAATAAATCATCACAGGATTATGTAGGAAGACGAGAG
>TRINITY_DN132586_c0_g2_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTTTGATGACAAAAACCAAGTTTGACATCATCCCCCGGACCCCCACCTCAGTTGCACAGACTCCGCCAAGTCTAGAGTCCCCTTGAAAAGAAACAACCATTACGTTTTAAATAAGCGAACGCCTTCTCATCATCAATTTGTCTCCAAGCCTGTGCGATTAGCGGGCATTTTTCCGTATGGTGGTTGTGTGTCGTGCTTA
TCTATAGGCCAATATGCATATAATTGGCGCCACCGGCATCCTTAGAGCGACTCGAACCTCGTTCCACTCCTCCATATCTCGAGCTGTTTCGGCATCCTGTTTCTCTTCTGCGTCTTCGTCCGTTTCTCCTCGGTTTCAATCAGTCGCGGCCCTCCGAGGGTTTCCAAGCGGTTCCCCGGCCGTAAAATCTTTAAACACCT
CGTCGTTCCTAGGCGATCAGGTGCGGTTCCGGGGCCTGTTAGGTCTTCATCACTGGAGTTCGAATCACGGGCTCAGGGCGCACGCGAGGTCATCCGCTGCCGTTCTCAGCCCCGTCGAGCGGAAAATGTCCACCATGGCGACAGAGAATGCTTTCAAACATATTTTGACTAGCCTTCCTAAACCTGGTGGAGGAGAGTTT
GGAAAGTATTACAGCCTTGCAGCTCTCAATGATCCAAGAACAGATAAGCTCCCTTATTCTGTCAGGATTCTTCTCGAGTCAGCAATTCGCAACTGTGATAATTTTCAGGTCACGGAGAATGATGTGGAGAAGATTCTTGATTGGGAGAATACTTCACCAAAGCAAGTTGAAATTCCTTTTAAGCCTGCTCGTGTTATTCT
TCAGGATTTCACTGGTGTGCCAGCTGTTGTTGATCTTGCTAGCATGCGTGATGGTATGAAACGACTAGGTGGCGATGCTAATAAGATCAATCCTTTGGTACCTGTGGACCTTGTTGTTGATCACTCAGTACAGGTTGATGTAGCTAGATCTGAAAATGCATTGCATGCAAACATGGAGTTTGAATTTAATCGCAATAGGG
AGAGGTTTGGTTTTCTCAAGTGGGGCTCATCTGCATTTGAGAACATGCTTGTTGTTCCTCCAGGTTCTGGTATTGTACACCAGGTGAACTTGGAATATTTGGGAAGGGTGGTCTTCAATACCAATGGCCTACTTTATCCTGATAGTGTTGTTGGAACTGATTCCCACACAACTATGATAGATGGATTAGGTGTTGCTGGC
TGGGGAGTTGGAGGCATTGAAGCAGAAGCTGCTATGCTTGGTCAGCCAATGAGTATGGTTCTTCCTGGTGTTGTTGGTTTCAAATTAACTGGCAATCTGAACAATGGAGTGACAGCTACTGACTTGGTTCTAACGGTGACTCAAATCTTGCGAAAGCATGGCGTGGTTGGTAAATTTGTTGAGTTCTATGGTGATGGTAT
GGGTGAATTATCACTTGCCGATCGAGCAACTATTGCAAACATGTCTCCAGAGTATGGGGCAACCATGGGATTTTTCCCTGTGGATCATGTTACTCTGCAGTATTTGAGGTTAACAGGTCGTAGTGATGAGACAGTGAGTATTTGTTATTCTCTGATTGCACTGTAAGTTAATTGCATTTGGCATTCTCTCTTCTGCTAAT
ACATTCTGGGGTCATCTGCAGGTGAAGATGATTGAGGCGTACCTTCGTGCCAACAAAATGTTTGTGGACTATAATGAGgtgacctgcactgtaatttttaaatttttgttggggattatatttgatgattttgtctcattaaatgcttgaattacagCCACAAATAGAGAGGACTTATTCATCCTACTTGGAATTGGATC
TTTCATCTGTTGAACCTTGTATATCAGGGCCAAAACGACCACATGATCGGGTTACTCTCAAGGAAATGAAAGCTGATTGGCATGCTTGCCTAGACAACAAGGTTGGGTTTAAGGGTTTTGCCATTCCAAGGGAAAAACAAGAAAAAATTGTGAAGTTTACACACAATGGTGCACCTGCTGAACTAAGACATGGTGATGTT
GTTATAGCGGCTATCACCAGCTGCACAAACACATCAAACCCTAATGTTATGCTTGGGGCTGGCCTTGTTGCAAAGAAAGCTTGTGAATTAGGTCTGGAGGTCAAGCCATGGGTTAAGACTAGCCTTGCCCCAGGATCTGGAGTTGTTACTAAGTACTTGAAGGAGAGTGGCTTGGATAAGTACTTAGATCAACAAGGCTT
TCAACTTGTTGGGTATGGATGTACTACTTGTATTGGAAACTCGGGAGATCTTCATGAATCTGTGAGCTCTGCTATTGCAGAAAATGATTTAGTTGTGTCAGCTGTGCTGTCTGGCAACAGAAATTTTGAAGGACGTGTTCATCCTTTGACTCGGGCAAACTACCTTGCTTCTCCTCCACTTGTAGTTGCATATGCTCTTG
CTGGCACTGTTGACATTGATTTCGAGACGGAGCCTATTGGTACTGGAAAGGATGGGAAGAAAGTCTACTTCAGAGATATCTGGCCTTCGACTGAAGAAATAGCAGAGGTTGTGCAATCTGCTGTCCTACCAGACATGTTTAGGCAAACATATGAAGCAATAACAAAGGGCAACCCAATGTGGAACCAGCTTCCTGTTCCA
ACTGGCACTTTGTATACGTGGGATCCAACATCCACTTACATACATGATCCTCCATATTTCAAAGAGATGACAATGACCCCTCCTGGTCCACATGGTGTGAAGGATGCATACTGTTTGCTTAACTTGGGAGATAGCATAACAACAGATCACATTTCTCCTGCAGGCAACATCCAAAAAGATAGTCCAGCTGCAAAGTATCT
TATGGAACGTGGAGTTGATAGAAAAGATTTTAATTCCTATGGAAGCCGTCGAGGAAATGATGAAATCATGGCTAGAGGAACATTTGCAAATATCCG
Intron 2 GTAGGTTTCA ... ATAAATTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.67 | 561 | 114 | 234 |
| A2 | 22.58 | 499 | 103 | 188 |
| A3 | 26.08 | 537 | 135 | 244 |
| A4 | 24.4 | 502 | 134 | 190 |
| A5 | 25.92 | 253 | 64 | 113 |
| A6 | 24.08 | 268 | 57 | 113 |
| A7 | 25.42 | 732 | 164 | 335 |
| A8 | 23.76 | 300 | 65 | 122 |
| A9 | 25.22 | 556 | 129 | 246 |
| A10 | 25.21 | 525.2 | 111 | 243 |
>TRINITY_DN109791_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoformTTATTTTAGTGGCGCCTTTAACAGGTGGAGTAAGGGGCGGTTTTAAATAAGCCGACGCCTTCTCATCATCAAATTTGTCTCCAAGCCTGGGTGACTAGTGGGGGGTTTCCTGGGGGTTGTTGTGTCTCGTGCTTATCCATGAGCCAATATGCATATAGTCGGCGCCACCGGTCTCCTTAGATCGACTCGAACCTCTTTCC
ACTCCTCCATAGCTCGAGCTGTTTCGGCATCCAGTTTCTCTTCTGCGTCTCCCTCCTGTTCTCCTCGGTTTCAATCCGTTGCAGCCCTCCGAGGGTTTTCAAACAGTACCCCGGCCATAAAATCTTTCCACACCTCGTCGTTCCTAGGTGATCAGCTGCGGTTTCGGAGCTTGTTAGGATTTCATCACTGGAGTTCGAAT
CACGGGATCAGGGCGCACACGAGGTCATCCGCCTCCGTTCTTAGCTCCGTCGAGCGGAAAATTTCCACCATGGCGACTGAGAATGCTTTCAAGCATATTTTAACTAGCCTTCCTAAACCTGGTGGAGGAGAGTTTGGAAAGTATTACAGCCTTGCAGCTCTGAATGATCCAAGGACAGATAAACTCCCTTATTCTGTCAG
AATTCTTCTCGAATCAGCAATTCGCAACTGTGATAATTTTCAGGTCACGGAGAATGATGTGGAGAAGATTCTTGATTGGGAGAATACTTCACCAAAGCAAGTTGAAATTCCTTTTAAACCTGCTCGTGTTATTCTTCAGGATTTCACTGGTGTGCCAGCTGTTGTTGATCTTGCTAGCATGCGTGATGGTATGAAACGAC
TAGGTGGCGATGCTAATAAGATCAATCCTTTGGTACCTGTGGACCTTGTTGTTGACCACTCAGTACAGGTTGATGTAGCTAGGTCTGAAAATGCATTGCATGCAAACATGGAGTTTGAATTTAATCGCAATAGGGAGAGGTTTGGTTTTCTCAAGTGGGGCTCATCTGCATTTGAGAACATGCTTGTTGTTCCTCCAGGT
TCTGGTATTGTACACCAGGTGAACTTGGAATATTTGGGAAGGGTGGTCTTCAATACCAATGGCCTACTTTATCCAGATAGTGTTGTTGGAACTGACTCCCACACAACTATGATAGATGGATTAGGTGTTGCTGGCTGGGGAGTTGGAGGCATTGAAGCAGAAGCTGCTATGCTTGGTCAGCCAATGAGTATGGTTCTTCC
TGGTGTTGTTGGTTTCAAATTAACTGGCAATCTGAACAATGGAGTGACAGCTACTGACTTGGTTCTAACGGTGACTCAAATCTTGCGAAAGCATGGCGTGGTTGGTAAATTTGTTGAGTTCTATGGTGATGGTATGGGTGAATTATCACTTGCCGATCGAGCAACTATTGCAAACATGTCTCCAGAGTATGGGGCAACCA
TGGGATTTTTCCCTGTGGATCATGTTACTCTGCAGTATTTGAGGTTAACAGGTCGTAGTGATGAGACAGTGAAGATGATTGAGGCGTACCTTCGTGCCAACAAAATGTTTGTGGACTATAATGAGCCACAAATAGAGAGGTCTTATTCATCCTACCTGGAATTGGATCTTTCATCTGTTGAACCTTGCATATCAGGGCCA
AAAAGACCCCATGATCGGGTTACTCTTAAGGAAATGAAAGCTGATTGGCATGCTTGCCTAGACAACAAGGTTGGGTTTAAGGGTTTTGCCATTCCAAAAGAAAAACAAGAAAAAGTTGTGAAGTTTACACACAATGGTGCACCTGCTGAACTAAGTCATGGTGATGTTGTTATAGCGGCTATCACCAGCTGCACAAACAC
ATCAAACCCTAATGTTATGCTTGGGGCTGGCCTTGTTGCAAAGAAAGCTTGTGAATTAGGTCTGGAGGTCAAGCCATGGGTTAAGACTAGCCTTGCCCCGGGATCTGGAGTTGTTACCAAGTACTTGAAGGAGAGTGGCCTGGATAAGTACTTAGATAAACAAGGCTTTCAGCTTGTTGGGTATGGATGTACTACATGTA
TTGGAAATTCGGGAGATCTTCATGAATCTGTGAGCTCTGCTATTGCAGAAAATGATTTAGTTGTGTCAGCTGTCCTGTCTGGCAACAGAAATTTTGAAGGACGTGTTCATCCTTTGACTCGGGCAAACTACCTTGCTTCTCCTCCACTTGTAGTTGCATATGCTCTTGCTGGCACTGTTGACATTGATTTCGAGACGGAG
CCTATTGGTACTGGAAAGGATGGGAAGAAAGTCTACTTCAGAGATATCTGGCCTTCGACTGAAGAAATAGCAGAGGTTGTGCAATCTGCTGTCCTACCAGACATGTTTAGGCAAACATATGAAGCAATAACAAAGGGCAACCCAATGTGGAACCAGCTTCCTGTTCCAACTGGCACTTTGTATACGTGGGATCCAACATC
CACTTACATACATGATCCTCCATATTTCAAAGAGATGACAATGACCCCTCCTGGTCCACATGGTGTGAAGGATGCATACTGTTTGCTTAACTTGGGAGATAGCATAACAACAGATCACATTTCTCCTGCAGGCAACATCCAAAAAGATAGTCCAGCTGCAAAGTATCTTATGGAACGTGGAGTTGATAGAAAAGATTTTA
ATTCCTATGGGAGCCGTCGAGGAAATGATGAAATCATGGCTAGAGGAACATTTGCAAATATCCGTTTGGTGAATAAGCTCTTGAATGGTGAAGTTGGGCCCAAAACCATACATATCCCCACTGGAGAGAAGTTATCTGTTTATGATGCAGCTATGAGGTACAAAAGTGCAGGGCATGATACAATTGTTCTTGCTGGAGCT
GAATATGGCAGTGGAAGTTCTCGGGATTGGGCTGCAAAGGGTCCAATGTTGCAGGGTGTGAAAGCTGTTATTTCAAAAAGTTTTGAGCGCATTCATCGCAGCAATTTGGTTGGCATGGGCATTATTCCATTGTGTTTCAAATCCGGTGAGGATGCCGAGTCGCTTGGCCTAACAGGGCATGAGAGATACTCAATAGATCT
TCCTAATGATATTACTCAACTGAAGCCAGGCCAAGACATTACTGTTACAACAGACACTGGAAAATCGTTCACTTGTGTTGCGAGGTTTGATACACAGGTTGAATTGGAATACTTTAACCATGGAGGCATTCTCCCTTACGTTATGAGGCAGCTGATTGGCAATCAAAAGTAGGCTGGCTGCATCATTGAATTACGCAGGA
ATGGCTGGCTGTGTCATGGACTTATGCAGTAATTCTGTCGGATAGAATGATTTTTATCCACAGATTATAAACAGTTTTGACTTGGAATAATGTGCATTAATTTATGCACAATGGGTAGACCTCGGGTGGACATTTTTTGATGAGGCCATGTCGCCAACTAATGCATAAGGGGTACACCCCGAGTGGACATTTTTTGATGA
GGCTATCTCGTCATTAGAATTCATGTCTGTATTTGCAGTTTACAATATTCCTGTTATTTTGTAAGAGGATAATGTCATAAAGTCCGTTATGCACTGTCCAGTTCATGTTTGTTCATGTCTCTAAATGGCAG
>TRINITY_DN109791_c0_g1_i14 from sample A4 / Example unspliced isoform:GGAAGTGTCAGTGAGGGGTTTACATTTTGCAGACTGGAATATTAAAGACGAACTAATTCTTTCCTCCAAGTTTTAGTTTTGGCTTTAAAGGTTTACAATCAATGATTTTATATTTTCAGACCTCTGAAAATATGGTTAGCTAAACAAAATTGTTGGTCCTGCAGGTGAACTTGGAATATTTGGGAAGGGTGGTCTTCAAT
ACCAATGGCCTACTTTATCCAGATAGTGTTGTTGGAACTGACTCCCACACAACTATGATAGATGGATTAGGTGTTGCTGGCTGGGGAGTTGGAGGCATTGAAGCAGAAGCTGCTATGCTTGGTCAGCCAATGAGTATGGTTCTTCCTGGTGTTGTTGGTTTCAAATTAACTGGCAATCTGAACAATGGAGTGACAGCTAC
TGACTTGGTTCTAACGGTGACTCAAATCTTGCGAAAGCATGGCGTGGTTGGTAAATTTGTTGAGTTCTATGgtaggtttcactgtgcaccttgggtgtgtctgcgccttctcctggtgttttcatggttgcaattctttgaagctctatgattagtgcttggtattactttacagaaaactttggaatttcttttctttg
cggcttattgccatcattgtataaatttagGTGATGGTATGGGTGAATTATCACTTGCCGATCGAGCAACTATTGCAAACATGTCTCCAGAGTATGGGGCAACCATGGGATTTTTCCCTGTGGATCATGTTACTCTGCAGTATTTGAGGTTAACAGGTCGTAGTGATGAGACAGTGAAGATGATTGAGGC
Intron 3 GTAAGTTTGT ... ACTTTCAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.04 | 504 | 122 | 85 |
| A2 | 15.67 | 409 | 93 | 59 |
| A3 | 19.34 | 442 | 128 | 84 |
| A4 | 19.52 | 299 | 96 | 49 |
| A5 | 17.57 | 129 | 25 | 30 |
| A6 | 18.62 | 826 | 219 | 159 |
| A7 | 18.34 | 1222 | 353 | 196 |
| A8 | 16.9 | 1249 | 294 | 214 |
| A9 | 17.69 | 1154 | 269 | 227 |
| A10 | 17.62 | 912 | 256 | 134 |
>TRINITY_DN132586_c0_g2_i3 from sample A1 / Example spliced isoformATTTTGATGACAAAAACCAAGTTTGACATCATCCCCCGGACCCCCACCTCAGTTGCACAGACTCCGCCAAGTCTAGAGTCCCCTTGAAAAGAAACAACCATTACGTTTTAAATAAGCGAACGCCTTCTCATCATCAATTTGTCTCCAAGCCTGTGCGATTAGCGGGCATTTTTCCGTATGGTGGTTGTGTGTCGTGCTTA
TCTATAGGCCAATATGCATATAATTGGCGCCACCGGCATCCTTAGAGCGACTCGAACCTCGTTCCACTCCTCCATATCTCGAGCTGTTTCGGCATCCTGTTTCTCTTCTGCGTCTTCGTCCGTTTCTCCTCGGTTTCAATCAGTCGCGGCCCTCCGAGGGTTTCCAAGCGGTTCCCCGGCCGTAAAATCTTTAAACACCT
CGTCGTTCCTAGGCGATCAGGTGCGGTTCCGGGGCCTGTTAGGTCTTCATCACTGGAGTTCGAATCACGGGCTCAGGGCGCACGCGAGGTCATCCGCTGCCGTTCTCAGCCCCGTCGAGCGGAAAATGTCCACCATGGCGACAGAGAATGCTTTCAAACATATTTTGACTAGCCTTCCTAAACCTGGTGGAGGAGAGTTT
GGAAAGTATTACAGCCTTGCAGCTCTCAATGATCCAAGAACAGATAAGCTCCCTTATTCTGTCAGGATTCTTCTCGAGTCAGCAATTCGCAACTGTGATAATTTTCAGGTCACGGAGAATGATGTGGAGAAGATTCTTGATTGGGAGAATACTTCACCAAAGCAAGTTGAAATTCCTTTTAAGCCTGCTCGTGTTATTCT
TCAGGATTTCACTGGTGTGCCAGCTGTTGTTGATCTTGCTAGCATGCGTGATGGTATGAAACGACTAGGTGGCGATGCTAATAAGATCAATCCTTTGGTACCTGTGGACCTTGTTGTTGATCACTCAGTACAGGTTGATGTAGCTAGATCTGAAAATGCATTGCATGCAAACATGGAGTTTGAATTTAATCGCAATAGGG
AGAGGTTTGGTTTTCTCAAGTGGGGCTCATCTGCATTTGAGAACATGCTTGTTGTTCCTCCAGGTTCTGGTATTGTACACCAGGTGAACTTGGAATATTTGGGAAGGGTGGTCTTCAATACCAATGGCCTACTTTATCCTGATAGTGTTGTTGGAACTGATTCCCACACAACTATGATAGATGGATTAGGTGTTGCTGGC
TGGGGAGTTGGAGGCATTGAAGCAGAAGCTGCTATGCTTGGTCAGCCAATGAGTATGGTTCTTCCTGGTGTTGTTGGTTTCAAATTAACTGGCAATCTGAACAATGGAGTGACAGCTACTGACTTGGTTCTAACGGTGACTCAAATCTTGCGAAAGCATGGCGTGGTTGGTAAATTTGTTGAGTTCTATGGTGATGGTAT
GGGTGAATTATCACTTGCCGATCGAGCAACTATTGCAAACATGTCTCCAGAGTATGGGGCAACCATGGGATTTTTCCCTGTGGATCATGTTACTCTGCAGTATTTGAGGTTAACAGGTCGTAGTGATGAGACAGTGAAGATGATTGAGGCGTACCTTCGTGCCAACAAAATGTTTGTGGACTATAATGAGCCACAAATAG
AGAGGTCTTATTCATCCTACCTGGAATTGGATCTTTCATCTGTTGAACCTTGCATATCAGGGCCAAAAAGACCCCATGATCGGGTTACTCTTAAGGAAATGAAAGCTGATTGGCATGCTTGCCTAGACAACAAGGTTGGGTTTAAGGGTTTTGCCATTCCAAAAGAAAAACAAGAAAAAGTTGTGAAGTTTACACACAAT
GGTGCACCTGCTGAACTAAGTCATGGTGATGTTGTTATAGCGGCTATCACCAGCTGCACAAACACATCAAACCCTAATGTTATGCTTGGGGCTGGCCTTGTTGCAAAGAAAGCTTGTGAATTAGGTCTGGAGGTCAAGCCATGGGTTAAGACTAGCCTTGCCCCGGGATCTGGAGTTGTTACCAAGTACTTGAAGGAGAG
TGGCCTGGATAAGTACTTAGATAAACAAGGCTTTCAGCTTGTTGGGTATGGATGTACTACATGTATTGGAAATTCGGGAGATCTTCATGAATCTGTGAGCTCTGCTATTGCAGAAAATGATTTAGTTGTGTCAGCTGTGCTGTCTGGCAACAGAAATTTTGAAGGACGTGTTCATCCTTTGACTCGGGCAAACTACCTTG
CTTCTCCTCCACTTGTAGTTGCATATGCTCTTGCTGGCACTGTTGACATTGATTTCGAGACGGAGCCTATTGGTACTGGAAAGGATGGGAAGAAAGTCTACTTCAGAGATATCTGGCCTTCGACTGAAGAAATAGCAGAGGTTGTGCAATCTGCTGTCCTACCAGACATGTTTAGGCAAACATATGAAGCAATAACAAAG
GGCAACCCAATGTGGAACCAGCTTCCTGTTCCAACTGGCACTTTGTATACGTGGGATCCAACATCCACTTACATACATGATCCTCCATATTTCAAAGAGATGACAATGACCCCTCCTGGTCCACATGGTGTGAAAGATGCATACTGTCTGCTTAACTTGGGGGACAGCATAACAACAGATCACATTTCTCCTGCAGGCAA
CATCCAGAAAGATAGTCCAGCGGCAAAGTATCTTATGGAACGTGGAGTTGATAGAAAAGATTTTAATTCCTATGGAAGCCGTCGAGGAAATGATGAAATCATGGCTAGAGGAACATTTGCAAATATCCGCTTGGTGAATAAGCTCTTGAAGGGTGAAGTTGGGCCCAAAACAATACATATCCCGACCGGAGAGAAGTTAT
CTGTGTATGATGCAGCTATGAGGTACAAAAGTGCGGGGCATGATACAATTGTTCTTGCTGGAGCTGAATATGGCAGTGGAAGTTCTCGGGATTGGGCTGCAAAGGGTCCAATGTTGCAGGGTGTGAAAGCTGTTATTTCAAAAAGTTTTGAGCGCATTCATCGCAGCAATTTGGTTGGCATGGGCATTATTCCATTGTGT
TTCAAATCCGGTGAGGATGCCGAGTCGCTTGGCCTAACAGGGCATGAGAGATACTCAATAGATCTTCCTAATGATATTACTCAACTGAAGCCAGGCCAAGACATTACTGTTACAACAGACACTGGAAAATCGTTCACTTGTGTTGCGAGGTTTGATACACAGGTTGAATTGGAATACTTTAACCATGGAGGCATTCTCCC
TTACGTTATGAGGCAGCTGATTGGCAATCAAAAGTAGGCTGGCTGCATCATTGAATTACGCAGGAATGGCTGGCTGTGTCATGGACTTATGCAGTAATTCTGTCGGATAGAATGATTTTTATCCACAGATTATAAACAGTTTTGACTTGGAATAATGTGCATTAATTTATGCACAATGGGTAGACCTCGGGTGGACATTT
TTTGATGAGGCCATGTCGCCAACTAATGCATAAGGGGTACACCCCGAGTGGACATTTTTTGATGAGGCTATCTCGTCATTAGAATTCATGTCTGTATTTGCAGTTTACAATATTCCTGTTATTTTGTAAGAGGATAATGTCATAAAGTCCGTTATGCACTGTCCAGTTCATGTTTGTTCATGTCTCTAAATGGCAGGAGA
TTTTGGATTCCTTGCAAACGCCATTCTGATGATGGTATAATTTGTTGCCTTTGGAGATGTTAACTAGAAAGACGACATTAGTCTAAATTAGTCTCGGTGGATTGTAAGTAGTCTAAAACTGGGTTAATTCCTTAAATGTGAAATCTGGCCAGGAAGGTTGAATGTCTTAAGAAATATATTAGAAATAAATCATCACAGGA
TTATGTAGGAAGACGAGAG
>TRINITY_DN132586_c0_g2_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTTTGATGACAAAAACCAAGTTTGACATCATCCCCCGGACCCCCACCTCAGTTGCACAGACTCCGCCAAGTCTAGAGTCCCCTTGAAAAGAAACAACCATTACGTTTTAAATAAGCGAACGCCTTCTCATCATCAATTTGTCTCCAAGCCTGTGCGATTAGCGGGCATTTTTCCGTATGGTGGTTGTGTGTCGTGCTTA
TCTATAGGCCAATATGCATATAATTGGCGCCACCGGCATCCTTAGAGCGACTCGAACCTCGTTCCACTCCTCCATATCTCGAGCTGTTTCGGCATCCTGTTTCTCTTCTGCGTCTTCGTCCGTTTCTCCTCGGTTTCAATCAGTCGCGGCCCTCCGAGGGTTTCCAAGCGGTTCCCCGGCCGTAAAATCTTTAAACACCT
CGTCGTTCCTAGGCGATCAGGTGCGGTTCCGGGGCCTGTTAGGTCTTCATCACTGGAGTTCGAATCACGGGCTCAGGGCGCACGCGAGGTCATCCGCTGCCGTTCTCAGCCCCGTCGAGCGGAAAATGTCCACCATGGCGACAGAGAATGCTTTCAAACATATTTTGACTAGCCTTCCTAAACCTGGTGGAGGAGAGTTT
GGAAAGTATTACAGCCTTGCAGCTCTCAATGATCCAAGAACAGATAAGCTCCCTTATTCTGTCAGGATTCTTCTCGAGTCAGCAATTCGCAACTGTGATAATTTTCAGGTCACGGAGAATGATGTGGAGAAGATTCTTGATTGGGAGAATACTTCACCAAAGCAAGTTGAAATTCCTTTTAAGCCTGCTCGTGTTATTCT
TCAGGATTTCACTGGTGTGCCAGCTGTTGTTGATCTTGCTAGCATGCGTGATGGTATGAAACGACTAGGTGGCGATGCTAATAAGATCAATCCTTTGGTACCTGTGGACCTTGTTGTTGATCACTCAGTACAGGTTGATGTAGCTAGATCTGAAAATGCATTGCATGCAAACATGGAGTTTGAATTTAATCGCAATAGGG
AGAGGTTTGGTTTTCTCAAGTGGGGCTCATCTGCATTTGAGAACATGCTTGTTGTTCCTCCAGGTTCTGGTATTGTACACCAGGTGAACTTGGAATATTTGGGAAGGGTGGTCTTCAATACCAATGGCCTACTTTATCCTGATAGTGTTGTTGGAACTGATTCCCACACAACTATGATAGATGGATTAGGTGTTGCTGGC
TGGGGAGTTGGAGGCATTGAAGCAGAAGCTGCTATGCTTGGTCAGCCAATGAGTATGGTTCTTCCTGGTGTTGTTGGTTTCAAATTAACTGGCAATCTGAACAATGGAGTGACAGCTACTGACTTGGTTCTAACGGTGACTCAAATCTTGCGAAAGCATGGCGTGGTTGGTAAATTTGTTGAGTTCTATGGTGATGGTAT
GGGTGAATTATCACTTGCCGATCGAGCAACTATTGCAAACATGTCTCCAGAGTATGGGGCAACCATGGGATTTTTCCCTGTGGATCATGTTACTCTGCAGTATTTGAGGTTAACAGGTCGTAGTGATGAGACAGTGAAGATGATTGAGGCGTACCTTCGTGCCAACAAAATGTTTGTGGACTATAATGAGCCACAAATAG
AGAGGTCTTATTCATCCTACCTGGAATTGGATCTTTCATCTGTTGAACCTTGCATATCAGGGCCAAAAAGACCCCATGATCGGGTTACTCTTAAGGAAATGAAAGCTGATTGGCATGCTTGCCTAGACAACAAGGTTGGGTTTAAGGGTTTTGCCATTCCAAAAGAAAAACAAGAAAAAGTTGTGAAGTTTACACACAAT
GGTGCACCTGCTGAACTAAGTCATGGTGATGTTGTTATAGCGGCTATCACCAGCTGCACAAACACATCAAACCCTAATGTTATGCTTGGGGCTGGCCTTGTTGCAAAGAAAGCTTGTGAATTAGGTCTGGAGGTCAAGCCATGGGTTAAGACTAGCCTTGCCCCGGGATCTGGAGTTGTTACCAAGTACTTGAAGGAGAG
TGGCCTGGATAAGTACTTAGATAAACAAGGCTTTCAGCTTGTTGGGTATGGATGTACTACATGTATTGGAAATTCGGGAGATCTTCATGAATCTGTGAGCTCTGCTATTGCAGAAAATGATTTAGTTGTGTCAGCTGTGCTGTCTGGCAACAGAAATTTTGAAGGACGTGTTCATCCTTTGACTCGGGCAAACTACCTTG
CTTCTCCTCCACTTGTAGTTGCATATGCTCTTGCTGGCACTGTTGACATTGATTTCGAGACGGAGCCTATTGGTACTGGAAAGGATGGGAAGAAAGTCTACTTCAGAGATATCTGGCCTTCGACTGAAGAAATAGCAGAGGTTGTGCAATCTGCTGTCCTACCAGACATGTTTAGGCAAACATATGAAGCAATAACAAAG
GGCAACCCAATGTGGAACCAGCTTCCTGTTCCAACTGGCACTTTGTATACGTGGGATCCAACATCCACTTACATACATGATCCTCCATATTTCAAAGAGATGACAATGACCCCTCCTGGTCCACATGGTGTGAAAGATGCATACTGTCTGCTTAACTTGGGGGACAGCATAACAACAGATCACATTTCTCCTGCAGGCAA
CATCCAGAAAGATAGTCCAGCGGCAAAGTATCTTATGGAACGTGGAGTTGATAGAAAAGATTTTAATTCCTATGGAAGCCGTCGAGGAAATGATGAAATCATGGCTAGAGGAACATTTGCAAATATCCGCTTGGTGAATAAGCTCTTGAAGGGTGAAGTTGGGCCCAAAACAATACATATCCCGACCGGAGAGAAGTTAT
CTGTGTATGATGCAGCTATGgtaagtttgtgagttgagtccattgtcagcagcatagtctttttgtttcttttacttgactcttcactatgcacgtactttcaaagAGGTACAAAAGTGCGGGGCATGATACAATTGTTCTTGCTGGAGCTGAATATGGCAGTGGAAGTTCTCGGGATTGGGCTGCAAAGGGTCCAATGT
TGCAGGGTGTGAAAGCTGTTATTTCAAAAAGTTTTGAGCGCATTCATCGCAGCAATTTGGTTGGCATGGGCATTATTCCATTGTGTTTCAAATCCGGTGAGGATGCCGAGTCGCTTGGCCTAACAGGGCATGAGAGATACTCAATAGATCTTCCTAATGATATTACTCAACTGAAGCCAGGCCAAGACATTACTGTTACA
ACAGACACTGGAAAATCGTTCACTTGTGTTGCGAGGTTTGATACACAGGTTGAATTGGAATACTTTAACCATGGAGGCATTCTCCCTTACGTTATGAGGCAGCTGATTGGCAATCAAAAGTAGGCTGGCTGCATCATTGAATTACGCAGGAATGGCTGGCTGTGTCATGGACTTATGCAGTAATTCTGTCGGATAGAATG
ATTTTTATCCACAGATTATAAACAGTTTTGACTTGGAATAATGTGCATTAATTTATGCACAATGGGTAGACCTCGGGTGGACATTTTTTGATGAGGCCATGTCGCCAACTAATGCATAAGGGGTACACCCCGAGTGGACATTTTTTGATGAGGCTATCTCGTCATTAGAATTCATGTCTGTATTTGCAGTTTACAATATT
CCTGTTATTTTGTAAGAGGATAATGTCATAAAGTCCGTTATGCACTGTCCAGTTCATGTTTGTTCATGTCTCTAAATGGCAGGAGATTTTGGATTCCTTGCAAACGCCATTCTGATGATGGTATAATTTGTTGCCTTTGGAGATGTTAACTAGAAAGACGACATTAGTCTAAATTAGTCTCGGTGGATTGTAAGTAGTCT
AAAACTGGGTTAATTCCTTAAATGTGAAATCTGGCCAGGAAGGTTGAATGTCTTAAGAAATATATTAGAAATAAATCATCACAGGATTATGTAGGAAGACGAGAG
Intron 4 GTAGGTTTCA ... ATCAATTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.47 | 561 | 112 | 232 |
| A2 | 22.4 | 499 | 102 | 186 |
| A3 | 25.83 | 537 | 135 | 239 |
| A4 | 24.57 | 502 | 134 | 193 |
| A5 | 26.02 | 253 | 65 | 113 |
| A6 | 23.97 | 268 | 57 | 112 |
| A7 | 25.08 | 732 | 159 | 331 |
| A8 | 24.05 | 300 | 69 | 121 |
| A9 | 24.86 | 556 | 123 | 245 |
| A10 | 24.89 | 525 | 108 | 240 |
>TRINITY_DN109791_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoformTTATTTTAGTGGCGCCTTTAACAGGTGGAGTAAGGGGCGGTTTTAAATAAGCCGACGCCTTCTCATCATCAAATTTGTCTCCAAGCCTGGGTGACTAGTGGGGGGTTTCCTGGGGGTTGTTGTGTCTCGTGCTTATCCATGAGCCAATATGCATATAGTCGGCGCCACCGGTCTCCTTAGATCGACTCGAACCTCTTTCC
ACTCCTCCATAGCTCGAGCTGTTTCGGCATCCAGTTTCTCTTCTGCGTCTCCCTCCTGTTCTCCTCGGTTTCAATCCGTTGCAGCCCTCCGAGGGTTTTCAAACAGTACCCCGGCCATAAAATCTTTCCACACCTCGTCGTTCCTAGGTGATCAGCTGCGGTTTCGGAGCTTGTTAGGATTTCATCACTGGAGTTCGAAT
CACGGGATCAGGGCGCACACGAGGTCATCCGCCTCCGTTCTTAGCTCCGTCGAGCGGAAAATTTCCACCATGGCGACTGAGAATGCTTTCAAGCATATTTTAACTAGCCTTCCTAAACCTGGTGGAGGAGAGTTTGGAAAGTATTACAGCCTTGCAGCTCTGAATGATCCAAGGACAGATAAACTCCCTTATTCTGTCAG
AATTCTTCTCGAATCAGCAATTCGCAACTGTGATAATTTTCAGGTCACGGAGAATGATGTGGAGAAGATTCTTGATTGGGAGAATACTTCACCAAAGCAAGTTGAAATTCCTTTTAAACCTGCTCGTGTTATTCTTCAGGATTTCACTGGTGTGCCAGCTGTTGTTGATCTTGCTAGCATGCGTGATGGTATGAAACGAC
TAGGTGGCGATGCTAATAAGATCAATCCTTTGGTACCTGTGGACCTTGTTGTTGACCACTCAGTACAGGTTGATGTAGCTAGGTCTGAAAATGCATTGCATGCAAACATGGAGTTTGAATTTAATCGCAATAGGGAGAGGTTTGGTTTTCTCAAGTGGGGCTCATCTGCATTTGAGAACATGCTTGTTGTTCCTCCAGGT
TCTGGTATTGTACACCAGGTGAACTTGGAATATTTGGGAAGGGTGGTCTTCAATACCAATGGCCTACTTTATCCAGATAGTGTTGTTGGAACTGACTCCCACACAACTATGATAGATGGATTAGGTGTTGCTGGCTGGGGAGTTGGAGGCATTGAAGCAGAAGCTGCTATGCTTGGTCAGCCAATGAGTATGGTTCTTCC
TGGTGTTGTTGGTTTCAAATTAACTGGCAATCTGAACAATGGAGTGACAGCTACTGACTTGGTTCTAACGGTGACTCAAATCTTGCGAAAGCATGGCGTGGTTGGTAAATTTGTTGAGTTCTATGGTGATGGTATGGGTGAATTATCACTTGCCGATCGAGCAACTATTGCAAACATGTCTCCAGAGTATGGGGCAACCA
TGGGATTTTTCCCTGTGGATCATGTTACTCTGCAGTATTTGAGGTTAACAGGTCGTAGTGATGAGACAGTGAAGATGATTGAGGCGTACCTTCGTGCCAACAAAATGTTTGTGGACTATAATGAGCCACAAATAGAGAGGTCTTATTCATCCTACCTGGAATTGGATCTTTCATCTGTTGAACCTTGCATATCAGGGCCA
AAAAGACCCCATGATCGGGTTACTCTTAAGGAAATGAAAGCTGATTGGCATGCTTGCCTAGACAACAAGGTTGGGTTTAAGGGTTTTGCCATTCCAAAAGAAAAACAAGAAAAAGTTGTGAAGTTTACACACAATGGTGCACCTGCTGAACTAAGTCATGGTGATGTTGTTATAGCGGCTATCACCAGCTGCACAAACAC
ATCAAACCCTAATGTTATGCTTGGGGCTGGCCTTGTTGCAAAGAAAGCTTGTGAATTAGGTCTGGAGGTCAAGCCATGGGTTAAGACTAGCCTTGCCCCGGGATCTGGAGTTGTTACCAAGTACTTGAAGGAGAGTGGCCTGGATAAGTACTTAGATAAACAAGGCTTTCAGCTTGTTGGGTATGGATGTACTACATGTA
TTGGAAATTCGGGAGATCTTCATGAATCTGTGAGCTCTGCTATTGCAGAAAATGATTTAGTTGTGTCAGCTGTCCTGTCTGGCAACAGAAATTTTGAAGGACGTGTTCATCCTTTGACTCGGGCAAACTACCTTGCTTCTCCTCCACTTGTAGTTGCATATGCTCTTGCTGGCACTGTTGACATTGATTTCGAGACGGAG
CCTATTGGTACTGGAAAGGATGGGAAGAAAGTCTACTTCAGAGATATCTGGCCTTCGACTGAAGAAATAGCAGAGGTTGTGCAATCTGCTGTCCTACCAGACATGTTTAGGCAAACATATGAAGCAATAACAAAGGGCAACCCAATGTGGAACCAGCTTCCTGTTCCAACTGGCACTTTGTATACGTGGGATCCAACATC
CACTTACATACATGATCCTCCATATTTCAAAGAGATGACAATGACCCCTCCTGGTCCACATGGTGTGAAGGATGCATACTGTTTGCTTAACTTGGGAGATAGCATAACAACAGATCACATTTCTCCTGCAGGCAACATCCAAAAAGATAGTCCAGCTGCAAAGTATCTTATGGAACGTGGAGTTGATAGAAAAGATTTTA
ATTCCTATGGGAGCCGTCGAGGAAATGATGAAATCATGGCTAGAGGAACATTTGCAAATATCCGTTTGGTGAATAAGCTCTTGAATGGTGAAGTTGGGCCCAAAACCATACATATCCCCACTGGAGAGAAGTTATCTGTTTATGATGCAGCTATGAGGTACAAAAGTGCAGGGCATGATACAATTGTTCTTGCTGGAGCT
GAATATGGCAGTGGAAGTTCTCGGGATTGGGCTGCAAAGGGTCCAATGTTGCAGGGTGTGAAAGCTGTTATTTCAAAAAGTTTTGAGCGCATTCATCGCAGCAATTTGGTTGGCATGGGCATTATTCCATTGTGTTTCAAATCCGGTGAGGATGCCGAGTCGCTTGGCCTAACAGGGCATGAGAGATACTCAATAGATCT
TCCTAATGATATTACTCAACTGAAGCCAGGCCAAGACATTACTGTTACAACAGACACTGGAAAATCGTTCACTTGTGTTGCGAGGTTTGATACACAGGTTGAATTGGAATACTTTAACCATGGAGGCATTCTCCCTTACGTTATGAGGCAGCTGATTGGCAATCAAAAGTAGGCTGGCTGCATCATTGAATTACGCAGGA
ATGGCTGGCTGTGTCATGGACTTATGCAGTAATTCTGTCGGATAGAATGATTTTTATCCACAGATTATAAACAGTTTTGACTTGGAATAATGTGCATTAATTTATGCACAATGGGTAGACCTCGGGTGGACATTTTTTGATGAGGCCATGTCGCCAACTAATGCATAAGGGGTACACCCCGAGTGGACATTTTTTGATGA
GGCTATCTCGTCATTAGAATTCATGTCTGTATTTGCAGTTTACAATATTCCTGTTATTTTGTAAGAGGATAATGTCATAAAGTCCGTTATGCACTGTCCAGTTCATGTTTGTTCATGTCTCTAAATGGCAG
>TRINITY_DN109791_c0_g1_i15 from sample A4 / Example unspliced isoform:TTATTTTAGTGGCGCCTTTAACAGGTGGAGTAAGGGGCGGTTTTAAATAAGCCGACGCCTTCTCATCATCAAATTTGTCTCCAAGCCTGGGTGACTAGTGGGGGGTTTCCTGGGGGTTGTTGTGTCTCGTGCTTATCCATGAGCCAATATGCATATAGTCGGCGCCACCGGTCTCCTTAGATCGACTCGAACCTCTTTCC
ACTCCTCCATAGCTCGAGCTGTTTCGGCATCCAGTTTCTCTTCTGCGTCTCCCTCCTGTTCTCCTCGGTTTCAATCCGTTGCAGCCCTCCGAGGGTTTTCAAACAGTACCCCGGCCATAAAATCTTTCCACACCTCGTCGTTCCTAGGTGATCAGCTGCGGTTTCGGAGCTTGTTAGGATTTCATCACTGGAGTTCGAAT
CACGGGATCAGGGCGCACACGAGGTCATCCGCCTCCGTTCTTAGCTCCGTCGAGCGGAAAATTTCCACCATGGCGACTGAGAATGCTTTCAAGCATATTTTAACTAGCCTTCCTAAACCTGGTGGAGGAGAGTTTGGAAAGTATTACAGCCTTGCAGCTCTGAATGATCCAAGGACAGATAAACTCCCTTATTCTGTCAG
AATTCTTCTCGAATCAGCAATTCGCAACTGTGATAATTTTCAGGTCACGGAGAATGATGTGGAGAAGATTCTTGATTGGGAGAATACTTCACCAAAGCAAGTTGAAATTCCTTTTAAACCTGCTCGTGTTATTCTTCAGGATTTCACTGGTGTACCGGCAGTTGTTGATCTTGCTAGCATGCGTGATGGTATGAAACGAC
TAGGTGGCGATGCGAATAGGATCAATCCTTTGGTACCTGTGGACCTTGTTGTTGACCACTCAGTACAGGTTGATGTAGCTAGGTCTGAAAATGCATTGCATGCAAACATGGAGTTTGAATTTAATCGCAATAGGGAAAGGTTTGCTTTCCTCAAGTGGGGCTCATCTGCATTTGAGAATATGCTCGTTGTTCCTCCAGGT
TCTGGTATTGTACACCAGGTGAACTTGGAATATCTGGGAAGGGTGGTATTCAATACCAATGGCCTACTTTATCCAGATAGTGTTGTTGGAACTGACTCCCACACAACTATGATAGATGGACTTGGTGTTGCTGGCTGGGGAGTTGGAGGCATTGAAGCAGAAGCTGCTATGCTTGGTCAGCCAATGAGTATGGTTCTTCC
TGGTGTTGTTGGTTTCAAATTAACTGGCAATCTGAACAATGGAGTGACAGCTACTGACTTGGTTCTAACGGTGACTCAAATCTTGCGAAAGCATGGCGTGGTTGGTAAATTTGTTGAGTTCTATGgtaggtttcactgtgttctttgggtgtgtctgcacttttcctggtgtttccatggtttcaattctttaaagctct
atgattagtgcttggtattacttcacagaaaactttagaagtttttttgtttgaggcttatttttatcgtcgtatcaatttagGTGATGGTATGGGTGAATTATCACTTGCCGATCGAGCAACTATTGCAAACATGTCTCCAGAGTATGGGGCAACCATGGGATTTTTCCCTGTGGATCATGTTACTCTGCAGTATTTGA
GGTTAACAGGTCGTAGTGATGAGACAGTGAAGATGATTGAGGC
Intron 5 GTGAGTATTT ... TCATCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.29 | 706 | 239 | 9 |
| A2 | 30.68 | 535.5 | 237 | 5 |
| A3 | 31.11 | 631 | 285 | 2 |
| A4 | 28.24 | 648 | 255 | 4 |
| A5 | 30.21 | 261 | 113 | 5 |
| A6 | 30.67 | 339 | 150 | 0 |
| A7 | 30.86 | 820 | 366 | 0 |
| A8 | 28.21 | 397 | 156 | 0 |
| A9 | 32.59 | 637 | 308 | 0 |
| A10 | 31.55 | 640.3 | 295 | 2 |
>TRINITY_DN132586_c0_g2_i1 from sample A1 / Example spliced isoformATTTTGATGACAAAAACCAAGTTTGACATCATCCCCCGGACCCCCACCTCAGTTGCACAGACTCCGCCAAGTCTAGAGTCCCCTTGAAAAGAAACAACCATTACGTTTTAAATAAGCGAACGCCTTCTCATCATCAATTTGTCTCCAAGCCTGTGCGATTAGCGGGCATTTTTCCGTATGGTGGTTGTGTGTCGTGCTTA
TCTATAGGCCAATATGCATATAATTGGCGCCACCGGCATCCTTAGAGCGACTCGAACCTCGTTCCACTCCTCCATATCTCGAGCTGTTTCGGCATCCTGTTTCTCTTCTGCGTCTTCGTCCGTTTCTCCTCGGTTTCAATCAGTCGCGGCCCTCCGAGGGTTTCCAAGCGGTTCCCCGGCCGTAAAATCTTTAAACACCT
CGTCGTTCCTAGGCGATCAGGTGCGGTTCCGGGGCCTGTTAGGTCTTCATCACTGGAGTTCGAATCACGGGCTCAGGGCGCACGCGAGGTCATCCGCTGCCGTTCTCAGCCCCGTCGAGCGGAAAATGTCCACCATGGCGACAGAGAATGCTTTCAAACATATTTTGACTAGCCTTCCTAAACCTGGTGGAGGAGAGTTT
GGAAAGTATTACAGCCTTGCAGCTCTCAATGATCCAAGAACAGATAAGCTCCCTTATTCTGTCAGGATTCTTCTCGAGTCAGCAATTCGCAACTGTGATAATTTTCAGGTCACGGAGAATGATGTGGAGAAGATTCTTGATTGGGAGAATACTTCACCAAAGCAAGTTGAAATTCCTTTTAAGCCTGCTCGTGTTATTCT
TCAGGATTTCACTGGTGTGCCAGCTGTTGTTGATCTTGCTAGCATGCGTGATGGTATGAAACGACTAGGTGGCGATGCTAATAAGATCAATCCTTTGGTACCTGTGGACCTTGTTGTTGATCACTCAGTACAGGTTGATGTAGCTAGATCTGAAAATGCATTGCATGCAAACATGGAGTTTGAATTTAATCGCAATAGGG
AGAGGTTTGGTTTTCTCAAGTGGGGCTCATCTGCATTTGAGAACATGCTTGTTGTTCCTCCAGGTTCTGGTATTGTACACCAGGTGAACTTGGAATATTTGGGAAGGGTGGTCTTCAATACCAATGGCCTACTTTATCCTGATAGTGTTGTTGGAACTGATTCCCACACAACTATGATAGATGGATTAGGTGTTGCTGGC
TGGGGAGTTGGAGGCATTGAAGCAGAAGCTGCTATGCTTGGTCAGCCAATGAGTATGGTTCTTCCTGGTGTTGTTGGTTTCAAATTAACTGGCAATCTGAACAATGGAGTGACAGCTACTGACTTGGTTCTAACGGTGACTCAAATCTTGCGAAAGCATGGCGTGGTTGGTAAATTTGTTGAGTTCTATGGTGATGGTAT
GGGTGAATTATCACTTGCCGATCGAGCAACTATTGCAAACATGTCTCCAGAGTATGGGGCAACCATGGGATTTTTCCCTGTGGATCATGTTACTCTGCAGTATTTGAGGTTAACAGGTCGTAGTGATGAGACAGTGAAGATGATTGAGGCGTACCTTCGTGCCAACAAAATGTTTGTGGACTATAATGAGCCACAAATAG
AGAGGTCTTATTCATCCTACCTGGAATTGGATCTTTCATCTGTTGAACCTTGCATATCAGGGCCAAAAAGACCCCATGATCGGGTTACTCTTAAGGAAATGAAAGCTGATTGGCATGCTTGCCTAGACAACAAGGTTGGGTTTAAGGGTTTTGCCATTCCAAAAGAAAAACAAGAAAAAGTTGTGAAGTTTACACACAAT
GGTGCACCTGCTGAACTAAGTCATGGTGATGTTGTTATAGCGGCTATCACCAGCTGCACAAACACATCAAACCCTAATGTTATGCTTGGGGCTGGCCTTGTTGCAAAGAAAGCTTGTGAATTAGGTCTGGAGGTCAAGCCATGGGTTAAGACTAGCCTTGCCCCGGGATCTGGAGTTGTTACCAAGTACTTGAAGGAGAG
TGGCCTGGATAAGTACTTAGATAAACAAGGCTTTCAGCTTGTTGGGTATGGATGTACTACATGTATTGGAAATTCGGGAGATCTTCATGAATCTGTGAGCTCTGCTATTGCAGAAAATGATTTAGTTGTGTCAGCTGTGCTGTCTGGCAACAGAAATTTTGAAGGACGTGTTCATCCTTTGACTCGGGCAAACTACCTTG
CTTCTCCTCCACTTGTAGTTGCATATGCTCTTGCTGGCACTGTTGACATTGATTTCGAGACGGAGCCTATTGGTACTGGAAAGGATGGGAAGAAAGTCTACTTCAGAGATATCTGGCCTTCGACTGAAGAAATAGCAGAGGTTGTGCAATCTGCTGTCCTACCAGACATGTTTAGGCAAACATATGAAGCAATAACAAAG
GGCAACCCAATGTGGAACCAGCTTCCTGTTCCAACTGGCACTTTGTATACGTGGGATCCAACATCCACTTACATACATGATCCTCCATATTTCAAAGAGATGACAATGACCCCTCCTGGTCCACATGGTGTGAAGGATGCATACTGTTTGCTTAACTTGGGAGATAGCATAACAACAGATCACATTTCTCCTGCAGGCAA
CATCCAAAAAGATAGTCCAGCTGCAAAGTATCTTATGGAACGTGGAGTTGATAGAAAAGATTTTAATTCCTATGGAAGCCGTCGAGGAAATGATGAAATCATGGCTAGAGGAACATTTGCAAATATCCGTTTGGTGAATAAGCTCTTGAATGGTGAAGTTGGGCCCAAAACCATACATATCCCCACTGGAGAGAAGTTAT
CTGTTTATGATGCAGCTATGAGGTACAAAAGTGCAGGGCATGATACAATTGTTCTTGCTGGAGCTGAATATGGCAGTGGAAGTTCTCGGGATTGGGCTGCAAAGGGTCCAATGTTGCAGGGTGTGAAAGCTGTTATTTCAAAAAGTTTTGAGCGCATTCATCGCAGCAATTTGGTTGGCATGGGCATTATTCCATTGTGT
TTCAAATCCGGTGAGGATGCTGAATCGCTTGGTCTAACAGGGCAGGAGAGATATTCAATAGATCTTCCTAATGATATCACCCAACTGAAGCCAGGCCAAGACATTACTGTTACAACAGACACTGGAAAATCGTTCACTTGTGTTGCGAGGTTTGATACACAGGTTGAATTGGAATACTTCAACCATGGAGGCATTCTTCC
TTACGTTATGAGGCAGCTGGTTGGAAATTAAAAGTAGGCTGGCTGTGTCATTGAATTATGCAGGAATCCTGTCGGATAGAATGATTTTTTATGCACAGTTTTTAAATACTTTTGAGTTGGAATAATGTGCATTAATTTGCACAATGGGTCCACCCGAGGGGACATTTTTGATGAGGCTATGCCGCCATTGGAATTCATGT
CTGTATTTGCAGTTTACAATATTCCTCTTATTTGTAAGAGAATAATGTCATAAAGTCCGTTGTGCACTTTCCAATTAATGTTTGTTCATGTGTCTAAATGGCTGGAGATTTTGGATTCCTTGCTAATGCCATTCAGATAGTCTAATTTGTTGCCTTTGGAGATGTTAACTAGAAAGACGACATTAGTCTAAATTAGTCTC
GGTGGATTGTAAGTAGTCTAAAACTGGGTTAATTCCTTAAATGTGAAATCTGGCCAGGAAGGTTGAATGTCTTAAGAAATATATTAGAAATAAATCATCACAGGATTATGTAGGAAGACGAGAG
>TRINITY_DN132586_c0_g2_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTTTGATGACAAAAACCAAGTTTGACATCATCCCCCGGACCCCCACCTCAGTTGCACAGACTCCGCCAAGTCTAGAGTCCCCTTGAAAAGAAACAACCATTACGTTTTAAATAAGCGAACGCCTTCTCATCATCAATTTGTCTCCAAGCCTGTGCGATTAGCGGGCATTTTTCCGTATGGTGGTTGTGTGTCGTGCTTA
TCTATAGGCCAATATGCATATAATTGGCGCCACCGGCATCCTTAGAGCGACTCGAACCTCGTTCCACTCCTCCATATCTCGAGCTGTTTCGGCATCCTGTTTCTCTTCTGCGTCTTCGTCCGTTTCTCCTCGGTTTCAATCAGTCGCGGCCCTCCGAGGGTTTCCAAGCGGTTCCCCGGCCGTAAAATCTTTAAACACCT
CGTCGTTCCTAGGCGATCAGGTGCGGTTCCGGGGCCTGTTAGGTCTTCATCACTGGAGTTCGAATCACGGGCTCAGGGCGCACGCGAGGTCATCCGCTGCCGTTCTCAGCCCCGTCGAGCGGAAAATGTCCACCATGGCGACAGAGAATGCTTTCAAACATATTTTGACTAGCCTTCCTAAACCTGGTGGAGGAGAGTTT
GGAAAGTATTACAGCCTTGCAGCTCTCAATGATCCAAGAACAGATAAGCTCCCTTATTCTGTCAGGATTCTTCTCGAGTCAGCAATTCGCAACTGTGATAATTTTCAGGTCACGGAGAATGATGTGGAGAAGATTCTTGATTGGGAGAATACTTCACCAAAGCAAGTTGAAATTCCTTTTAAGCCTGCTCGTGTTATTCT
TCAGGATTTCACTGGTGTGCCAGCTGTTGTTGATCTTGCTAGCATGCGTGATGGTATGAAACGACTAGGTGGCGATGCTAATAAGATCAATCCTTTGGTACCTGTGGACCTTGTTGTTGATCACTCAGTACAGGTTGATGTAGCTAGATCTGAAAATGCATTGCATGCAAACATGGAGTTTGAATTTAATCGCAATAGGG
AGAGGTTTGGTTTTCTCAAGTGGGGCTCATCTGCATTTGAGAACATGCTTGTTGTTCCTCCAGGTTCTGGTATTGTACACCAGGTGAACTTGGAATATTTGGGAAGGGTGGTCTTCAATACCAATGGCCTACTTTATCCTGATAGTGTTGTTGGAACTGATTCCCACACAACTATGATAGATGGATTAGGTGTTGCTGGC
TGGGGAGTTGGAGGCATTGAAGCAGAAGCTGCTATGCTTGGTCAGCCAATGAGTATGGTTCTTCCTGGTGTTGTTGGTTTCAAATTAACTGGCAATCTGAACAATGGAGTGACAGCTACTGACTTGGTTCTAACGGTGACTCAAATCTTGCGAAAGCATGGCGTGGTTGGTAAATTTGTTGAGTTCTATGGTGATGGTAT
GGGTGAATTATCACTTGCCGATCGAGCAACTATTGCAAACATGTCTCCAGAGTATGGGGCAACCATGGGATTTTTCCCTGTGGATCATGTTACTCTGCAGTATTTGAGGTTAACAGGTCGTAGTGATGAGACAgtgagtatttgttattctctgattgcactgtaagttaattgcatttggcattctctcttctgctaat
acattctggggtcatctgcagGTGAAGATGATTGAGGCGTACCTTCGTGCCAACAAAATGTTTGTGGACTATAATGAGGTGACCTGCACTGTAATTTTTAAATTTTTGTTGGGGATTATATTTGATGATTTTGTCTCATTAAATGCTTGAATTACAGCCACAAATAGAGAGGACTTATTCATCCTACTTGGAATTGGATC
TTTCATCTGTTGAACCTTGTATATCAGGGCCAAAACGACCACATGATCGGGTTACTCTCAAGGAAATGAAAGCTGATTGGCATGCTTGCCTAGACAACAAGGTTGGGTTTAAGGGTTTTGCCATTCCAAGGGAAAAACAAGAAAAAATTGTGAAGTTTACACACAATGGTGCACCTGCTGAACTAAGACATGGTGATGTT
GTTATAGCGGCTATCACCAGCTGCACAAACACATCAAACCCTAATGTTATGCTTGGGGCTGGCCTTGTTGCAAAGAAAGCTTGTGAATTAGGTCTGGAGGTCAAGCCATGGGTTAAGACTAGCCTTGCCCCAGGATCTGGAGTTGTTACTAAGTACTTGAAGGAGAGTGGCTTGGATAAGTACTTAGATCAACAAGGCTT
TCAACTTGTTGGGTATGGATGTACTACTTGTATTGGAAACTCGGGAGATCTTCATGAATCTGTGAGCTCTGCTATTGCAGAAAATGATTTAGTTGTGTCAGCTGTGCTGTCTGGCAACAGAAATTTTGAAGGACGTGTTCATCCTTTGACTCGGGCAAACTACCTTGCTTCTCCTCCACTTGTAGTTGCATATGCTCTTG
CTGGCACTGTTGACATTGATTTCGAGACGGAGCCTATTGGTACTGGAAAGGATGGGAAGAAAGTCTACTTCAGAGATATCTGGCCTTCGACTGAAGAAATAGCAGAGGTTGTGCAATCTGCTGTCCTACCAGACATGTTTAGGCAAACATATGAAGCAATAACAAAGGGCAACCCAATGTGGAACCAGCTTCCTGTTCCA
ACTGGCACTTTGTATACGTGGGATCCAACATCCACTTACATACATGATCCTCCATATTTCAAAGAGATGACAATGACCCCTCCTGGTCCACATGGTGTGAAGGATGCATACTGTTTGCTTAACTTGGGAGATAGCATAACAACAGATCACATTTCTCCTGCAGGCAACATCCAAAAAGATAGTCCAGCTGCAAAGTATCT
TATGGAACGTGGAGTTGATAGAAAAGATTTTAATTCCTATGGAAGCCGTCGAGGAAATGATGAAATCATGGCTAGAGGAACATTTGCAAATATCCG