sp|Q9FMR9|RIN1_ARATH ----> RuvB-like protein 1

Intron 1 GTACATTTAT ... TCCATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.66	170	48	46
A2	18.56	204	58	35
A3	20.61	208	75	33
A4	16.88	133	40	14
A5	18.92	60	16	12
A6	20.65	315	96	68
A7	21.04	469	159	91
A8	16.19	308	73	46
A9	19.3	441	127	84
A10	19.5	452	147	72

>TRINITY_DN116054_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

GAGCATACAATGCTTTACAAATCTAAGCTTCAGAAATGTGAAATAGGTAAGTAAGAGCTTAAGAGATTATGGTTATCGAGGTCAACACGGAGCTGCTTTTGTTTTCAATCCAAGGAACATTGAGTTTACATGGCAAGACCCTCTAAACTAGAGAGCATGCATTCACGTGTAAAGTGATGACAACTTATTTGGACCATACC
ATGGTGGTGATTCTGAATTATATTTCCAATACTTATCGTTGCTCAATAATGACATAAATTACTGGTCGTGATCAGCATTTGAAAATGAGCAGCAACAAGTTGTATTGAATTGCCTTAAACGATATCATTTTGGTGTGCCAAACATTCTTAGTTTTTGGATTGGCATGTTTCAATCTATTATCTGAAGTCTTTTCTTGGTT
TGTAGGTTCCTTTCTGTCCTATGGTGGGGTCAGAGGTGTACTCATCAGAAGTTAAGAAAACAGAGGTACTCATGGAGAACTTTCGGAGGGCTATTGGTCTTCGTATTAAGGAAAATAAGGAGGTGTTTGAAGGAGAGGTGACAGAACTTTCACCAGAGGAAACAGAGAGCACCACAGGCGGTTATGGAAAGAGTATCAGC
CATGTCATCATTGGGTTGAAAACAGTCAAAGGCACCAAACAACTAAAACTAGATCCAACTATTTATGATGCCTTGATAAAGGAAAAGGTGACAGCAGGAGATGTAATATACATAGAGGCAAACAGTGGTGCAGTTAAACGGGTAGGGAGAAGTGATGCATTTGCCACGGAATTTGATCTTGAAGCAGAAGAATATGTTCC
ATTACCAAAAGGTGAAGTCCACAAGAAGAAAGAGATAGTTCAGGATGTCACCCTGCAGGACTTAGATGCAGCAAATGCCCGACCTCAAGGAGGGCAAGATATACTCTCTTTAATGGGCCAGATGATGAAACCTAGAAAGACTGAAATCACGGATAAACTACGCCAAGAGATAAATAAGGTGGTTGATAGATACATAGATG
AAGGAGTTGCAGAGCTTGTTCCAGGTGTGCTTTTTATAGATGAGGTGCACATGCTCGATATGGAATGCTTTGCTTATCTTAATCGCGCTTTAGAGAGCTCGTTATCTCCAATAGTGATTTTTGCAACAAATAGAGGCATATGCAATATTCGAGGGACAGATATTAGTAGTCCACATGGTATGCCGATTGATTTGTTAGAC
CGTATTGTTATCATTCGCACTCTTCCTTACACTCCTTCAGAAATTGTACAGATTCTGGCAATTCGTGCACAGGTTGAAGCACTAACAATTGATGAAGAAAGTCTTGCATTCCTAGGACAGATAGGAGAACGTGCATCACTGAGGCATGCAGTCCAACTCTTATCACCTGCAAGTATTGTGGCTCGCACTAATGGTCGTGA
TCAAGTTTGCAAGGAAGACCTAGAAGATGTCAGTACATTGTTCCTTGATGCAAAGGCCTCAGCAAGACTTCTTCAAGAGCAGCCTGACAGATACATCTCACAATAAATCACTCTGGATTGTGTAGAAGTGTTATAAATTATACCCTTACAGAAATTTAGGGGTATTTATCCAGTGACAGTTTCAATATTCACTGGAAGTT
TTTTAACAATTGTACCTAAGATGACGGTGGATACCTTCAGTGAGTGTGTCTTGGGACAGGCGGATTTATGCTGCATTCTGTTGCACCAACCGTTATGGTTAAGTTTCCTTTGAATTTCAAACACTAGTGTGCATCTTTGTTTACATGCACACGCAATTTCAAGTTGTAAATTTTGTTGAGGGTTTAGAGTGTAGTTACTA
GTGAAGGTTGAGTCAGCTTTGGTGTTAGGGTTATGTACCATGTTGCTGAATGAAAATTCTGGGCATAGCTTGCTTGTTAGATACCAAGGTCACTGCTAGTATCATCTTGCTAAGTTGTCTGTTATTATCATTCAATTTTGGACACATTGATATTATCATGTTATTATAGTCTAAGTGCACTGCTGATAGCATGTTAGAAA
TTGTGTTGTTATTATGAAAACTTTGGACAACTTGTTTATTGTGAGATACCAAGTTGACTGTTATTATTATGAAAATTGTGTACATTGCTTGATTGGGAAAATAAAA

>TRINITY_DN116054_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CCTTTCTGTCCTATGGTGGGGTCAGAGGTGTACTCATCAGAAGTTAAGAAAACAGAGGTACTCATGGAGAACTTTCGGAGGGCTATTGGTCTTCGTATTAAGGAAAATAAGGAGGTGTTTGAAGGAGAGGTGACAGAACTTTCACCAGAGGAAACAGAGAGCACCACAGGCGGTTATGGAAAGAGTATCAGCCATGTCAT
CATTGGGTTGAAAACAGTCAAAGGCACCAAACAACTAAAACTAGATCCAACTATTTATGATGCCTTGATAAAGGAAAAGgtacatttatacctttagtatagagatttagaaacatagttgcatgggctcttctatcccccatcagttgcacagtggcacaccctttcctgctgcatccacatccagataacatccttct
ttacaaaggaaaatagccagactgttgcatctctagtttagaacgttttcacccttgctgcatctctagtttaaaaagtttttacttctgctgcacctgttcctgcattctctcccagttgcacccgtgtagactggtatgcaattattgtctatgatatgaaggctgatgattttggtatcatctgtagggtttgcata
tatttggcatcgaaattggaaagatatttattttcatatgtgctctttgtttgcacgatttcaaataatgtggtctaccaatccattgcagGTGACAGCAGGAGATGTAATATACATAGAGGCAAACAGTGGTGCAGTTAAACGGGTAGGGAGAAGTGATGCATTTGCCACGGAATTTGATCTTGAAGCAGAAGAATATG
TTCCATTACCAAAAGGTGAAGTCCACAAGAAGAAAGAGATAGTTCAGGTACATTTTTATCTCGCATATGTGTTTTTAAATTAGACACAGGAAAGTGGCTTTTTGTTGTT

Intron 2 GTTTTTCTAC ... ATTGTCGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.93	219	49	34
A2	15.61	219	42	39
A3	15.48	284	61	43
A4	16.26	206	30	50
A5	16.04	157	29	31
A6	14.93	607	82	131
A7	15.25	856	133	175
A8	13.49	587	72	111
A9	13.44	747	90	142
A10	13.89	651	75	135

>TRINITY_DN92973_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoform

CGGGGCATATGGTCCCTTTTAACTTCGTATTTTGCTATTTAAAATAACTACTAATGGTTACGTTCACCGGTTTGTTTTTGTTCATTCACTATTCAATGAAGGTGACAAACGACCGCAACTAATTTCAAATAGGGTCTGCGATTACGCAGTAAGGGCTTTAGCAGGTTTGTTTCCTCTTGTTTTCTCAGTGGCTGTGAAGG
CAAGCGTTCGAGTCATACAAACAAGAAAACAAGCAGGGAGCGAGAAATGAAGATCGAAGAAGTCCAGTCCACCTCAAAGAAGCAACGGATTGCAACGCACACGCACATCAAAGGCCTCGGGCTAAGGGAAGATGGCACTGCTTTGCCTTTGGCAGCTGGTTTTGTTGGGCAGGAGCAAGCGCGGGAAGCAGCCGGGATAG
TGGTCGATATGATTCGCCAGAAGAAGATGGCTGGCCGTGCCCTTCTTTTGGCAGGTGCTCCCGGAACGGGCAAAACTGCCCTTGCCCTTGGTATTTCTCAGGAGCTCGGAAGTAAGGTTCCTTTCTGTCCTATGGTGGGGTCAGAGGTGTACTCATCAGAAGTTAAGAAAACAGAGGTACTCATGGAGAACTTTCGGAGG
GCTATTGGTCTTCGTATTAAGGAAAATAAGGAGGTGTTTGAAGGAGAGGTGACAGAACTTTCACCAGAGGAAACAGAGAGCACCACAGGCGGTTATGGAAAGAGTATCAGCCATGTCATCATTGGGTTGAAAACAGTCAAAGGCACCAAACAACTAAAACTAGATCCAACTATTTATGATGCCTTGATAAAGGAAAAGGT
GACAGCAGGAGATGTAATATACATAGAGGCAAACAGTGGTGCAGTTAAACGGGTAGGGAGAAGTGATGCATTTGCCACGGAATTTGATCTTGAAGCAGAAGAATATGTTCCATTACCAAAAGGTGAAGTCCACAAGAAGAAAGAGATAGTTCAGGATGTCACCCTGCAGGACTTAGATGCAGCAAATGCCCGACCTCAAG
GAGGGCAAGATATACTCTCTTTAATGGGCCAGATGATGAAACCTAGAAAGACTGAAATCACGGATAAACTACGCCAAGAGATAAATAAGGTGGTTGATAGATACATAGATGAAGGAGTTGCAGAGCTTGTTCCAGGTGTGCTTTTTATAGATGAGGTGCACATGCTCGATATGGAATGCTTTGCTTATCTTAATCGCGCT
TTAGAGAGCTCGTTATCTCCAATAGTGATTTTTGCAACAAATAGAGGCATATGCAATATTCGAGGGACAGATATTAGTAGTCCACATGGTATGCCGATTGATTTGTTAGACCGTATTGTTATCATTCGCACTCTTCCTTACACTCCTTCAGAAATTGTACAGATTCTGGCAATTCGTGCACAGGTTGAAGCACTAACAAT
TGATGAAGAAAGTCTTGCATTCCTAGGACAGATAGGAGAACGTGCATCACTGAGGCATGCAGTCCAACTCTTATCACCTGCAAGTATTGTGGCTCGCACTAATGGTCGTGATCAAGTTTGCAAGGAAGACCTAGAAGATGTCAGTACATTGTTCCTTGATGCAAAGGCCTCAGCAAGACTTCTTCAAGAGCAGCCTGACA
GATACATCTCACAATAAATCACTCTGGATTGTGTAGAAGTGTTATAAATTATACCCTTACAGAAATTTAGGGGTATTTATCCAGTGACAGTTTCAATATTCACTGGAAGTTTTTTAACAATTGTACCTAAGATGACGGTGGATACCTTCAGTGAGTGTGTCTTGGGACAGGCGGATTTATGCTGCATTCTGTTGCACCAA
CCGTTATGGTTAAGTTTCCTTTGAATTTCAAACACTAGTGTGCATCTTTGTTTACATGCACACGCAATTTCAAGTTGTAAATTTTGTTGAGGGTTTAGAGTGTAGTTACTAGTGAAGGTTGAGTCAGCTTTGGTGTTAGGGTTATGTACCATGTTGCTGAATGAAAATTCTGGGCATAGCTTGCTTGTTAGATACCAAGG
TCACTGCTAGTATCATCTTGCTAAGTTGTCTGTTATTATCATTCAATTTTGGACACATTGATATTATCATGTTATTATAGTCTAAGTGCACTGCTGATAGCATGTTAGAAATTGTGTTGTTATTATGAAAACTTTGGACAACTTGTTTATTGTGAGATACCAAGTTGACTGTTAT

>TRINITY_DN92973_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TGACAGAACTTTCACCAGAGGAAACAGAGAGCACCACAGGCGGTTATGGAAAGAGTATCAGCCATGTCATCATTGGGTTGAAAACAGTCAAAGGCACCAAACAACTAAAACTAGATCCAACTATTTATGATGCCTTGATAAAGGAAAAGGTGACAGCAGGAGATGTAATATACATAGAGGCAAACAGTGGTGCAGTTAAA
CGGGTAGGGAGAAGTGATGCATTTGCCACGGAATTTGATCTTGAAGCAGAAGAATATGTTCCATTACCAAAAGGTGAAGTCCACAAGAAGAAAGAGATAGTTCAGGATGTCACCCTGCAGGACTTAGATGCAGCAAATGCCCGACCTCAAGGAGGGCAAGATATACTCTCTTTAATGGGCCAGATGATGAAACCTAGAAA
GACTGAAATCACGGATAAACTACGCCAAGAGATAAATAAGgtttttctactctggcttttaatactctactgatatgcattttcacctaaaagcttgtcagttgagtcaatgtgatttcattgtcgcagGTGGTTGATAGATACATAGATGAAGGAGTTGCAGAGCTTGTTCCAGGTGTGCTTTTTATAGATGAGGTGCA
CATGCTCGATATGGAATGCTTTGCTTATCTTAATCGCGCTTTAGAGAGCTCGTTATCTCCAATAGTGATTTTTGCAACAAATAGAGGCATATGCAATATTCGAGGGACAGATATTAGTAGTCCACATGGTATGCCGATTGATTTGTTAGACCGTATTGTTATCATTCGCACTCTTCCTTACACTCCTTCAGAAATTGTAC
AGATTCTGGCAATTCGTGCACAGGTTGAAGCACTAACAATTGATGAAGAAAGTCTTGCATTCCTAGGACAGATAGGAGAACGTGCATCACTGAGGCATGCAGTCCAACTCTTATCACCTGCAAGTATTGTGGCTCGCACTAATGGTCGTGATCAAGTTTGCAAGGAAGACCTAGAAGATGTCAGTACATTGTTCCTTGAT
GCAAAGGCCTCAGCAAGACTTCTTCAAGAGCAGCCTGACAGATACATCTCACAATAAATCACTCTGGATTGTGTAGAAGTGTTATAAATTATACCCTTACAGAAATTTAGGGGTATTTATCCAGTGACAGTTTCAATATTCACTGGAAGTTTTTTAACAATTGTACCTAAGATGACGGTGGATACCTTCAGTGAGTGTGT
CTTGGGACAGGCGGATTTATGCTGCATTCTGTTGCACCAACCGTTATGGTTAAGTTTCCTTTGAATTTCAAACACTAGTGTGCATCTTTGTTTACATGCACACGCAATTTCAAGTTGTAAATTTTGTTGAGGGTTTAGAGTGTAGTTACTAGTGAAGGTTGAGTCAGCTTTGGTGTTAGGGTTATGTACCATGTTGCTGA
ATGAAAATTCTGGGCATAGCTTGCTTGTTAGATACCAAGGTCACTGCTAGTATCATCTTGCTAAGTTGTCTGTTATTATCATTCAATTTTGGACACATTGATATTATCATGTTATTATAGTCTAAGTGCACTGCTGATAGCATGTTAGAAATTGTGTTGTTATTATGAAAACTTTGGACAACTTGTTTATTGTGAGATAC
CAAGTTGACTGTTAT

Intron 3 GTTTGTTACC ... TTGTTATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.26	187	63	32
A2	18.92	195	54	37
A3	16.5	253	59	41
A4	15.01	167	36	23
A5	20.98	113	29	31
A6	18.62	247	67	46
A7	19.06	429	118	84
A8	17.57	197	39	45
A9	16.6	407	85	77
A10	14.82	362	70	56

>TRINITY_DN105650_c0_g1_i7 from sample A2 / Example spliced isoform

TTCACCGGTTTGTTTTTGTTCATTCACTATTCAATGAAGGTGACAAACGACCGCAACTAATTTCAAATAGGGTCTGCGATTACGCAGTAAGGGCTTTAGCAGGTTTGTTTCCTCTTGTTTTCTCAGTGGCTGTGAAGGCAAGCGTTCGAGTCATACAAACAAGAAAACAAGCAGGGAGCGAGAAATGAAGATCGAAGAAG
TCCAGTCCACCTCAAAGAAGCAACGGATTGCAACGCACACGCACATCAAAGGCCTCGGGCTAAGGGAAGATGGCACTGCTTTGCCTTTGGCAGCTGGTTTTGTTGGGCAGGAGCAAGCGCGGGAAGCAGCCGGGATAGTGGTCGATATGATTCGCCAGAAGAAGATGGCTGGCCGTGCCCTTCTTTTGGCAGGTGCTCCC
GGAACGGGCAAAACTGCCCTTGCCCTTGGTATTTCTCAGGAGCTCGGAAGTAAGGTTCCTTTCTGTCCTATGGTGGGGTCAGAGGTGTACTCATCAGAAGTTAAGAAAACAGAGGTACTCATGGAGAACTTTCGGAGGGCTATTGGTCTTCGTATTAAGGAAAATAAGGAGGTGTTTGAAGGAGAGGTGACAGAACTTTC
ACCAGAGGAAACAGAGAGCACCACAGGCGGTTATGGAAAGAGTATCAGCCATGTCATCATTGGGTTGAAAACAGTCAAAGGCACCAAACAACTAAAACTAGATCCAACTATTTATGATGCCTTGATAAAGGAAAAGGTGACAGCAGGAGATGTAATATACATAGAGGCAAACAGTGGTGCAGTTAAACGGGTAGGGAGAA
GTGATGCATTTGCCACGGAATTTGATCTTGAAGCAGAAGAATATGTTCCATTACCAAAAGGTGAAGTCCACAAGAAGAAAGAGATAGTTCAGGTACATTTTTATCTCGCATATGTGTTTTTAAATTAGACACAGGAAAGTGGCTTTTTGTTGTTCCTA

>TRINITY_DN105650_c0_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TTCACCGGTTTGTTTTTGTTCATTCACTATTCAATGAAGGTGACAAACGACCGCAACTAATTTCAAATAGGGTCTGCGATTACGCAGTAAGGGCTTTAGCAGGTTTGTTTCCTCTTGTTTTCTCAGTGGCTGTGAAGGCAAGCGTTCGAGTCATACAAACAAGAAAACAAGCAGGGAGCGAGAAATGAAGATCGAAGAAG
TCCAGTCCACCTCAAAGAAGCAACGGATTGCAACGCACACGCACATCAAAGGCCTCGGGCTAAGGgtttgttacccactgcatttttctaaattcattcaaggggtttaagtcgttttttttttttacaacagttcctgcttgtttttgttatcagGAAGATGGCACTGCTTTGCCTTTGGCAGCTGGTTTTGTTGGGCA
GGAGCAAGCGCGGGAAGCAGCCGGGATAGTGGTCGATATGATTCGCCAGAAGAAGATGGCTGGCCGTGCCCTTCTTTTGGCAGGTGCTCCCGGAACGGGCAAAACTGCCCTTGCCCTTGGTATTTCTCAGGAGCTCGGAAGTAAGGTTCCTTTCTGTCCTATGGTGGGGTCAGAGGTGTACTCATCAGAAGTTAAGAAAA
CAGAGGTACTCATGGAGAACTTTCGGAGGGCTATTGGTCTTCGTATTAAGGAAAATAAGGAGGTGTTTGAAGGAGAGGTGACAGAACTTTCACCAGAGGAAACAGAGAGCACCACAGGCGGTTATGGAAAGAGTATCAGCCATGTCATCATTGGGTTGAAAACAGTCAAAGGCACCAAACAACTAAAACTAGATCCAACT
ATTTATGATGCCTTGATAAAGGAAAAGGTGACAGCAGGAGATGTAATATACATAGAGGCAAACAGTGGTGCAGTTAAACGGGTAGGGAGAAGTGATGCATTTGCCACGGAATTTGATCTTGAAGCAGAAGAATATGTTCCATTACCAAAAGGTGAAGTCCACAAGAAGAAAGAGATAGTTCAGGATGTCACCCTGCAGGA
CTTAGATGCAGCAAATGCCCGACCTCAAGGAGGGCAAGATATACTCTCTTTAATGGGCCAGATGATGAAACCTAGAAAGACTGAAATCACGGATAAACTACGCCAAGAGATAAATAAGGTGGTTGATAGATACATAGATGAAGGAGTTGCAGAGCTTGTTCCAGGTGTGCTTTTTATAGATGAGGTGCACATGCTCGATA
TGGAATGCTTTGCTTATCTTAATCGCGCTTTAGAGAGCTCGTTATCTCCAATAGTGATTTTTGCAACAAATAGAGGCATATGCAATATTCGAGGGACAGATATTAGTAGTCCACATGGTATGCCGATTGATTTGTTAGACCGTATTGTTATCATTCGCACTCTTCCTTACACTCCTTCAGAAATTGTACAGATTCTGGCA
ATTCGTGCACAGGTTGAAGCACTAACAATTGATGAAGAAAGTCTTGCATTCCTAGGACAGATAGGAGAACGTGCATCACTGAGGCATGCAGTCCAACTCTTATCACCTGCAAGTATTGTGGCTCGCACTAATGGTCGTGATCAAGTTTGCAAGGAAGACCTAGAAGATGTCAGTACATTGTTCCTTGATGCAAAGGCCTC
AGCAAGACTTCTTCAAGAGCAGCCTGACAGATACATCTCACAATAAATCACTCTGGATTGTGTAGAAGTGTTATAAATTATACCCTTACAGAAATTTAGGGGTATTTATCCAGTGACAGTTTCAATATTCACTGGAAGTTTTTTAACAATTGTACCTAAGATGACGGTGGATACCTTCAGTGAGTGTGTCTTGGGACAGG
CGGATTTATGCTGCATTCTGTTGCACCAACCGTTATGGTTAAGTTTCCTTTGAATTTCAAACACTAGTGTGCATCTTTGTTTACATGCACACGCAATTTCAAGTTGTAAATTTTGTTGAGGGTTTAGAGTGTAGTTACTAGTGAAGGTTGAGTCAGCTTTGGTGTTAGGGTTATGTACCATGTTGCTGAATGAAAATTCT
GGGCATAGCTTGCTTGTTAGATACCAAGGTCACTGCTAGTATCATCTTGCTAAGTTGTCTGTTATTATCATTCAATTTTGGACACATTGATATTATCATGTTATTATAGTCTAAGTGCACTGCTGATAGCATGTTAGAAATTGTGTTGTTATTATGAAAACTTTGGACA

Intron 4 GCAAGTTCCT ... CTGTGTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	2.77	273	8.5	68.3
A2	3.25	246	8.8	49.3
A3	1.99	347	7.5	78.8
A4	4.53	232	11.5	55
A5	1.68	153	2.8	33
A6	1.78	469	9	105
A7	1.73	890	16.5	210.8
A8	1.95	486	10.3	120.8
A9	2.21	681	16.5	159.8
A10	1.6	759	13	188.3

>TRINITY_DN105650_c0_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoform

TTCACCGGTTTGTTTTTGTTCATTCACTATTCAATGAAGGTGACAAACGACCGCAACTAATTTCAAATAGGGTCTGCGATTACGCAGTAAGGGCTTTAGCAGGTTTGTTTCCTCTTGTTTTCTCAGTGGCTGTGAAGGCAAGCGTTCGAGTCATACAAACAAGAAAACAAGCAGGGAGCGAGAAATGAAGATCGAAGAAG
TCCAGTCCACCTCAAAGAAGCAACGGATTGCAACGCACACGCACATCAAAGGCCTCGGGCTAAGGGTTTGTTACCCACTGCATTTTTCTAAATTCATTCAAGGGGTTTAAGTCGTTTTTTTTTTTTACAACAGTTCCTGCTTGTTTTTGTTATCAGGAAGATGGCACTGCTTTGCCTTTGGCAGCTGGTTTTGTTGGGCA
GGAGCAAGCGCGGGAAGCAGCCGGGATAGTGGTCGATATGATTCGCCAGAAGAAGATGGCTGGCCGTGCCCTTCTTTTGGCAGGTGCTCCCGGAACGGGCAAAACTGCCCTTGCCCTTGGTATTTCTCAGGAGCTCGGAAGTAAGGTTCCTTTCTGTCCTATGGTGGGGTCAGAGGTGTACTCATCAGAAGTTAAGAAAA
CAGAGGTACTCATGGAGAACTTTCGGAGGGCTATTGGTCTTCGTATTAAGGAAAATAAGGAGGTGTTTGAAGGAGAGGTGACAGAACTTTCACCAGAGGAAACAGAGAGCACCACAGGCGGTTATGGAAAGAGTATCAGCCATGTCATCATTGGGTTGAAAACAGTCAAAGGCACCAAACAACTAAAACTAGATCCAACT
ATTTATGATGCCTTGATAAAGGAAAAGGTGACAGCAGGAGATGTAATATACATAGAGGCAAACAGTGGTGCAGTTAAACGGGTAGGGAGAAGTGATGCATTTGCCACGGAATTTGATCTTGAAGCAGAAGAATATGTTCCATTACCAAAAGGTGAAGTCCACAAGAAGAAAGAGATAGTTCAGGATGTCACCCTGCAGGA
CTTAGATGCAGCAAATGCCCGACCTCAAGGAGGGCAAGATATACTCTCTTTAATGGGCCAGATGATGAAACCTAGAAAGACTGAAATCACGGATAAACTACGCCAAGAGATAAATAAGGTGGTTGATAGATACATAGATGAAGGAGTTGCAGAGCTTGTTCCAGGTGTGCTTTTTATAGATGAGGTGCACATGCTCGATA
TGGAATGCTTTGCTTATCTTAATCGCGCTTTAGAGAGCTCGTTATCTCCAATAGTGATTTTTGCAACAAATAGAGGCATATGCAATATTCGAGGGACAGATATTAGTAGTCCACATGGTATGCCGATTGATTTGTTAGACCGTATTGTTATCATTCGCACTCTTCCTTACACTCCTTCAGAAATTGTACAGATTCTGGCA
ATTCGTGCACAGGTTGAAGCACTAACAATTGATGAAGAAAGTCTTGCATTCCTAGGACAGATAGGAGAACGTGCATCACTGAGGCATGCAGTCCAACTCTTATCACCTGCAAGTATTGTGGCTCGCACTAATGGTCGTGATCAAGTTTGCAAGGAAGACCTAGAAGATGTCAGTACATTGTTCCTTGATGCAAAGGCCTC
AGCAAGACTTCTTCAAGAGCAGCCTGACAGATACATCTCACAATAAATCACTCTGGATTGTGTAGAAGTGTTATAAATTATACCCTTACAGAAATTTAGGGGTATTTATCCAGTGACAGTTTCAATATTCACTGGAAGTTTTTTAACAATTGTACCTAAGATGACGGTGGATACCTTCAGTGAGTGTGTCTTGGGACAGG
CGGATTTATGCTGCATTCTGTTGCACCAACCGTTATGGTTAAGTTTCCTTTGAATTTCAAACACTAGTGTGCATCTTTGTTTACATGCACACGCAATTTCAAGTTGTAAATTTTGTTGAGGGTTTAGAGTGTAGTTACTAGTGAAGGTTGAGTCAGCTTTGGTGTTAGGGTTATGTACCATGTTGCTGAATGAAAATTCT
GGGCATAGCTTGCTTGTTAGATACCAAGGTCACTGCTAGTATCATCTTGCTAAGTTGTCTGTTATTATCATTCAATTTTGGACACATTGATATTATCATGTTATTATAGTCTAAGTGCACTGCTGATAGCATGTTAGAAATTGTGTTGTTATTATGAAAACTTTGGACA

>TRINITY_DN105650_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AGGTGTTTGAAGGAGAGgcaagttccttaaatttttagaatgggttgcttttaggatatagtttgtaagtctttttttagctatatgctgccggccttttcatctcatctcagtctcttgttgttttttgaattcatacaattgaattatttttatcaaataatttgctgttttttctattctaaagttatattctgtgt
tcagGTGACAGAACTTTCACCAGAGGAAACAGAGAGCACCACAGGCGGTTATGGAAAGAGTATCAGCCATGTCATCATTGGGTTGAAAACAGTCAAAGGCACCAAACAACTAAAACTAGATCCAACTATTTATGATGCCTTGATAAAGGAAAAGGTGACAGCAGGAGATGTAATATACATAGAGGCAAACAGTGGTGCAG
TTAAACGGGTAGGGAGAAGTGATGCATTTGCCACGGAATTTGATCTTGAAGCAGAAGAATATGTTCCATTACCAAAAGGTGAAGTCCACAAGAAGAAAGAGATAGTTCAGGATGTCACCCTGCAGGACTTAGATGCAGCAAATGCCCGACCTCAAGGAGGGCAAGATATACTCTCTTTAATGGGCCAGATGATGAAACCT
AGAAAGACTGAAATCACGGATAAACTACGCCAAGAGATAAATAAGGTGGTTGATAGATACATAGATGAAGGAGTTGCAGAGCTTGTTCCAGGTGTGCTTTTTATAGATGAGGTGCACATGCTCGATATGGAATGCTTTGCTTATCTTAATCGCGCTTTAGAGAGCTCGTTATCTCCAATAGTGATTTTTGCAACAAATAG
AGGCATATGCAATATTCGAGGGACAGATATTAGTAGTCCACATGGTATGCCGATTGATTTGTTAGACCGTATTGTTATCATTCGCACTCTTCCTTACACTCCTTCAGAAATTGTACAGATTCTGGCAATTCGTGCACAGGTTGAAGCACTAACAATTGATGAAGAAAGTCTTGCATTCCTAGGACAGATAGGAGAACGTG
CATCACTGAGGCATGCAGTCCAACTCTTATCACCTGCAAGTATTGTGGCTCGCACTAATGGTCGTGATCAAGTTTGCAAGGAAGACCTAGAAGATGTCAGTACATTGTTCCTTGATGCAAAGGCCTCAGCAAGACTTCTTCAAGAGCAGCCTGACAGATACATCTCACAATAAATCACTCTGGATTGTGTAGAAGTGTTA
TAAATTATACCCTTACAGAAATTTAGGGGTATTTATCCAGTGACAGTTTCAATATTCACTGGAAGTTTTTTAACAATTGTACCTAAGATGACGGTGGATACCTTCAGTGAGTGTGTCTTGGGACAGGCGGATTTATGCTGCATTCTGTTGCACCAACCGTTATGGTTAAGTTTCCTTTGAATTTCAAACACTAGTGTGCA
TCTTTGTTTACATGCACACGCAATTTCAAGTTGTAAATTTTGTTGAGGGTTTAGAGTGTAGTTACTAGTGAAGGTTGAGTCAGCTTTGGTGTTAGGGTTATGTACCATGTTGCTGAATGAAAATTCTGGGCATAGCTTGCTTGTTAGATACCAAGGTCACTGCTAGTATCATCTTGCTAAGTTGTCTGTTATTATCATTC
AATTTTGGACACATTGATATTATCATGTTATTATAGTCTAAGTGCACTGCTGATAGCATGTTAGAAATTGTGTTGTTATTATGAAAACTTTGGACA