NA ----> NA
Intron 1 GTAAGATTTT ... TTATTGTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20 | 2 | 1 | 0 |
| A2 | 50 | 4 | 4 | 4 |
| A3 | 31.58 | 13 | 8 | 4 |
| A4 | 11.11 | 12 | 2 | 1 |
| A5 | 45.45 | 3 | 3 | 2 |
| A6 | 21.21 | 52 | 7 | 21 |
| A7 | 19.08 | 53 | 10 | 15 |
| A8 | 22.73 | 51 | 13 | 17 |
| A9 | 23.08 | 65 | 15 | 24 |
| A10 | 19.51 | 33 | 4 | 12 |
>TRINITY_DN33537_c0_g2_i2 from sample A8 / Example spliced isoformAGAATGGAGGCCCAATGCTTGCTCCTACCGCTAACACTGCGTCTGCCATGCATGCAACGCCAGATTGCCCATGTCTACACTCTACAAAGAAATCATTACCTCAAATACTCTCCGCGACCCTCTGCTTTTTGTTTCAAATGCAGGGCAAGGGCGAGGGAGATGTCGAAGGAGAAGGCGAAGGAGCCTGTACAGAATTGGAG
GAGCATTGGCCTCTCATTGTTTGGAGCAGGCTTTGTAATGGGTCCTCTCTTGGACGCCCTTCATTCACGTGTTCACCTACAAATTTATCGAAATGCCGCCATTCATATTGGACCACTTTACACAAACCTTTTGGTCCCTCCATTGTTGGGTGTGTTTTATAGCGTAGTGGGGCTGCTGATACTCTTTTTGGATCAACGAG
TCGCCCATAAATACAGAGCTCCCCAGGGAAGTTTACAGCAAACACTTATTTCTCTGATAACATTGGTGGCGTTCATAGAGTTGAGTGCAGAAATGTATGCGAACGGAGTTCCATCCAATATAGAAGCGTATATATTATTTGCTCTGGCAGAGTTGATATGGTTACTTTTGGATGGCACACGTCGGGGATTTGCTCTAGCT
TGCATTGTTGGAATGGGTTGCCCCTTGTCTGAGGTTCCTATCATGAAGTTATGGGATCTATGGTATTATCCCCAGGCTAATATAGAGGTCTTTGGTGAGGGTTTAATAACATGGACTGTTATGTGCTATTTTGTCTATACACCTTTCATAGGAAATTTATCACGATGGTTGAGAGAGAGCTTCAGGAATAAGAATCAAGA
GATAAGAAATTTAGATTAAGCTGAACCTGTACAAAATTGTAAATGCATTTGTATTATTGCTCCATCTTGTAAATGCAATTGGGAGGCACTCAAACATTTCGGGGGTAGACCAGGCACCATCTTATACCTTATTATTACCCCAGCAGAATTCTAGTCCCTTTTCATTGCATTTTTTAGTTAAGTTATTCTTCTATTATCAT
ACAGCTATTCCAGAGAAATTGTAATATCCATGTTGATTCAACTTTTATTGCATCTCTGAGACAGTATGACAAATCCTCGTACCAAATATTCCCAAACCCTTCCCTCACTAAACCGAAAAAGTAAAAATTGTTTTATGAAAAGGAATGCTTGCTTAGGGGCCCTCAAAAGAGGGAGTGTCTCGGTGAGCAGTTTATGTTCA
TGTCCAGCAATATAAGCTATTTATTGTATTTGTATTGTAAAGAAATTTTCTGAAATGGAAAAATTATATTTC
>TRINITY_DN33537_c0_g2_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:AGAATGGAGGCCCAATGCTTGCTCCTACCGCTAACACTGCGTCTGCCATGCATGCAACGCCAGATTGCCCATGTCTACACTCTACAAAGAAATCATTACCTCAAATACTCTCCGCGACCCTCTGCTTTTTGTTTCAAATGCAGGGCAAGGGCGAGGGAGATGTCGAAGGAGAAGGCGAAGGAGCCTGTACAGAATTGGAG
GAGCATTGGCCTCTCATTGTTTGGAGCAGGCTTTGTAATGGGTCCTCTCTTGGACGCCCTTCATTCACGTGTTCACCTACAAATTTATCGAAATGCCGCCATTCATATTGGACCACTTTACACAAACCTTTTGGTCCCTCCATTGTTGGGTGTGTTTTATAGCGTAGTGGGGCTGCTGATACTCTTTTTGGATCAACGAG
TCGCCCATAAATACAGAGCTCCCCAGGGAAGTTTACAGCAAACACTTATTTCTCTGATAACATTGGTGGCGTTCATAGAGTTGAGTGCAGAAATGTATGCGAACGGAGTTCCATCCAATATAGAAGCGTATATATTATTTGCTCTGGCAGAGTTGATATGGTTACTTTTGGATGGCACACGTCGGGGATTTGCTCTAGCT
TGCATTGTTGGAATGGGTTGCCCCTTGTCTGAGGTTCCTATCATGAAgtaagattttcgtttgatgaaatattagcaatattgttcacaggttttaagaaattgcaagtgttaatcattttcatttgaagcgattttgattttttgggtgttaataatttattgtcagGTTATGGGATCTATGGTATTATCCCCAGGCTA
ATATAGAGGTCTTTGGTGAGGGTTTAATAACATGGACTGTTATGTGCTATTTTGTCTATACACCTTTCATAGGAAATTTATCACGATGGTTGAGAGAGAGCTTCAGGAATAAGAATCAAGAGATAAGAAATTTAGATTAAGCTGAACCTGTACAAAATTGTAAATGCATTTGTATTATTGCTCCATCTTGTAAATGCAAT
TGGGAGGCACTCAAACATTTCGGGGGTAGACCAGGCACCATCTTATACCTTATTATTACCCCAGCAGAATTCTAGTCCCTTTTCATTGCATTTTTTAGTTAAGTTATTCTTCTATTATCATACAGCTATTCCAGAGAAATTGTAATATCCATGTTGATTCAACTTTTATTGCATCTCTGAGACAGTATGACAAATCCTCG
TACCAAATATTCCCAAACCCTTCCCTCACTAAACCGAAAAAGTAAAAATTGTTTTATGAAAAGGAATGCTTGCTTAGGGGCCCTCAAAAGAGGGAGTGTCTCGGTGAGCAGTTTATGTTCATGTCCAGCAATATAAGCTATTTATTGTATTTGTATTGTAAAGAAATTTTCTGAAATGGAAAAATTATATTTC
Intron 2 GTAATGTATA ... CGTTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25 | 3 | 1 | 1 |
| A2 | 16.67 | 5 | 1 | 1 |
| A3 | 19.15 | 19 | 3 | 6 |
| A4 | 25 | 9 | 5 | 1 |
| A5 | 33.33 | 5 | 2 | 3 |
| A6 | 16.67 | 60 | 12 | 12 |
| A7 | 19.21 | 61 | 15 | 14 |
| A8 | 14.29 | 48 | 6 | 10 |
| A9 | 17.33 | 62 | 10 | 16 |
| A10 | 17.95 | 32 | 11 | 3 |
>TRINITY_DN36153_c0_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoformGACTTTGGGTTAGCAAATGCACTTAGTATAAAAGGCATATGACTGGGATTTCCTTGTATTATGTGGAGGAGAATGGAGGCCCAATGCTTGCTCCTACCGCTAACACTGCGTCTGCCATGCATGCAACGCCAGATTGCCCATGTCTACACTCTACAAAGAAATCATTACCTCAAATACTCTCCGCGACCCTCTGCTTTTTG
TTTCAAATGCAGGGCAAGGGCGAGGGAGATGTCGAAGGAGAAGGCGAAGGAGCCTGTACAGAATTGGAGGAGCATTGGCCTCTCATTGTTTGGAGCAGGCTTTGTAATGGGTCCTCTCTTGGACGCCCTTCATTCACGTGTTCACCTACAAATTTATCGAAATGCCGCCATTCATATTGGACCACTTTACACAAACCTTT
TGGTCCCTCCATTGTTGGGTGTGTTTTATAGCGTAGTGGGGCTGCTGATACTCTTTTTGGATCAACGAGTCGCCCTTAAATACAGAGCTCCCCAGGGAAGTTTACAGCAAACACTTATTTCTCTGATAACATTGGTGGCGTTCATAGAGTTGAGTGCAGAAATGTATGCGAACGGAGTTCCATCCAATATAGAAGCGTAT
ATATTATTTGCTCTGGCAGAGTTGATATGGTTACTTTTGGATGGCACACGTCGGGGATTTGCTCTAGCTTGCATTGTTGGAATGGGTTGCCCCTTGTCTGAGGTTCCTATCATGAAGTTATGGGATCTATGGTATTATCCCCAGGCTAATATAGAGGTCTTTGGTGAGGGTTTAATAACATGGACTGTTATGTGCTATTT
TGTCTATACACCTTTCATAGGAAATTTATCACGATGGTTGAGAGAGAGCTTCAGGAATAAGAATCAAGAGATAAGAAATTTAGATTAAGCTGAACCTGTACAAAATTGTAAATGCATTTGTATTATTGCTCCATCTTGTAAATGCAATTGGGAGGCACTCAAACATTTCGGGGGTAGACCAGGCACCATCTTATACCTTA
TTATTACCCCAGCAGAATTCTAGTCCCTTTTCATTGCATTTTTTAGTTAAGTTATTCTTCTATTATCATACAGCTATTCCAGAGAAATTGTAATATCCATGTTGATTCAACTTTTATTGCATCTCTGAGACAGTATGACAAATCCTCGTACCAAATATTCCCAAACCCTTCCCTCACTAAACCGAAAAAGTAAAAATTGT
TTTATGAAAAGGAATGCTTGCTTAGGGGCCCTCAAAAGAGGGAGTGTCTCGGTGAGCAGTTTATGTTCATGTCCAGCAATATAAGCTATTTATTGTATTTGTATTGTAAAGAAATTTTCTGAAATGGAAAAATTATATTTCAC
>TRINITY_DN36153_c0_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:GACTTTGGGTTAGCAAATGCACTTAGTATAAAAGGCATATGACTGGGATTTCCTTGTATTATGTGGAGGAGAATGGAGGCCCAATGCTTGCTCCTACCGCTAACACTGCGTCTGCCATGCATGCAACGCCAGATTGCCCATGTCTACACTCTACAAAGAAATCATTACCTCAAATACTCTCCGCGACCCTCTGCTTTTTG
TTTCAAATGCAGGGCAAGGGCGAGGGAGATGTCGAAGGAGAAGGCGAAGGAGCCTGTACAGAATTGGAGGAGCATTGGCCTCTCATTGTTTGGAGCAGGCTTTGTAATGGGTCCTCTCTTGGACGCCCTTCATTCACGTGTTCACCTACAAATTTATCGAAATGCCGCCATTCATATTGGACCACTTTACACAAACCTTT
TGGTCCCTCCATTGTTGGGTGTGTTTTATAGCGTAGTGGGGCTGCTGATACTCTTTTTGGATCAACGAGTCGCCCTTAAATACAGAGCTCCCCAGGGAAGTTTACAGCAAACACTTATTTCTCTGATAACATTGGTGGCGTTCATAGAGTTGAGTGCAGAAATGTATGCGAACGGAGTTCCATCCAATATAGAAGCGTAT
ATATTATTTGCTCTGGCAGAGTTGATATGGTTACTTTTGGATGGCACACGTCGGGGATTTGCTCTAGCTTGCATTGTTGGAATGGGTTGCCCCTTGTCTGAGGTTCCTATCATGAAGTTATGGGATCTATGGTATTATCCCCAGGCTAATATAGAGGTCTTTGGTGAGgtaatgtataagaatgtagttcagagttccaa
gaaattttattccctgctcctttacatttctaatgcttgttttaaaagaacagaaacatgaatctcctcactatcatgctgaagaaataaagaatttcaagttaaaaaatcataaagttgaatgactggtcatttctcgttgtgcagGGTTTAATAACATGGACTGTTATGTGCTATTTTGTCTATACACCTTTCATAGG
AAATTTATCACGATGGTTGAGAGAGAGCTTCAGGAATAAGAATCAAGAGATAAGAAATTTAGATTAAGCTGAACCTGTACAAAATTGTAAATGCATTTGTATTATTGCTCCATCTTGTAAATGCAATTGGGAGGCACTCAAACATTTCGGGGGTAGACCAGGCACCATCTTATACCTTATTATTACCCCAGCAGAATTCT
AGTCCCTTTTCATTGCATTTTTTAGTTAAGTTATTCTTCTATTATCATACAGCTATTCCAGAGAAATTGTAATATCCATGTTGATTCAACTTTTATTGCATCTCTGAGACAGTATGACAAATCCTCGTACCAAATATTCCCAAACCCTTCCCTCACTAAACCGAAAAAGTAAAAATTGTTTTATGAAAAGGAATGCTTGC
TTAGGGGCCCTCAAAAGAGGGAGTGTCTCGGTGAGCAGTTTATGTTCATGTCCAGCAATATAAGCTATTTATTGTATTTGTATTGTAAAGAAATTTTCTGAAATGGAAAAATTATATTTCAC