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Intron 1 GTAAGCATAT ... GCAACTCAAG

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>TRINITY_DN134138_c3_g2_i7 from sample A1 / Example spliced isoform
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CGGTCACTAATCCCACGGACCCGTGTTCGAATCTCATTCCCGTTTTGGTCACCGCCTTCAGCGCTTTGCTGCAGCAGCACGAGGGTCCGGATCCTTGATTGGACGAGGCTGCTGCTTGCATTATACCCGTGGTGGCGGAAATAAAGTTGGTTTAGATTTCCTTAGGTTGTCAGTTTGCTTTTGTTTCTCGGAAGTTACAT
ATTATTGTCGTTTGTGATTCAATTTCACGATCTCCGAGGGGGTCGAAGCGTGAGGGCTTTTTAATTTTACAGCTTGCAAATGCTAGGAGTCGGCCCAGCTACATACAGATTAGGAGGAGGCTTTGTCAGGCGATTTGAACTTTGAATTCGTGGAATCAGTGAATGGATCAGCAGTACTGGTTTGAAGTTCTGAAGATAAC
AGCGGTGCATAAAGCTTCTGTAGAAAGTTATAAGCTTCGCGGGGATTTTGCTTTTGGTCGACAAATTGGAGCCTTTGAAATCGAGGTTTGAATTTCAGTCCGTGCTTTTAGATGATCGGGTTTTGCATTTCAAAAACGTTAGGATTTGAAAAAATGGCCTCTGGAACGATAAACTAAAGCTTCTTGAGAAATCTGTTTCA
AGTGATTTCGAACTCGAGGTAAATTAAAGCATCCAATGTCGATCTTTGGAATCATTGGTTTTCGCAGTGAAGAAGCGTCAGGGATTTCAAGAAAATTGGTCGCTGGGAAAAACAAATAAGACTCTTTGGTTAGTTTTATTTCATGTGAATTTGAACTTTGATAAATGAAAGCCTCCAAAGTCGACCTCTAAAATCAACGG
CTTCTTTCAGTTAAGAAGCGTCAGGAATATGTAGAAAATTGGCCACTGGAACACCAAACCAAAGCTTTCCTAAGCGGCAGGGATACGGATAAAATTGTCCGCTCGAACAACAAATCAAAGCTTCGTAAGCTTTTTGTTTTAAGAGAAGAAGCTAGACAAAACAAAGCCTTCAATGTCGTCCTTTAAATTTGATGGCTTTT
GCAGTGCAGAAGCGTCATGGATTTGAGGAAAGTCGGCCGCCGAGACAGCAAAATAAAGCTTATTCACAGATTTGTTTCAAGTGAATTTGAATTTTGTCTAATTAAAGCCTTCAATGCCAACCTTTAAAATCAATGCCATTTGCAGTGCAGAAGCGCCATGGATTCAAAGAGATTTTGATGCTGAGACAAGAAATTAGAAC
TTCATCAGAGGTTTGTTTCGAGTGCATTTGCAGACAAATTAGAGCTCCAAAGTCAACCTTTAATTCTCAGTCCCTGTTTTGGAAGCACAATTTTTTCCGACAGTTCAGAGGAAGTCAGGGGAAGTTCAGGCCTCAGAAAATTACTTCGCTTTAAATTGCAGCCAGGTTCGAGTTCCACGTCGCGGCGGTTTATAATGGAC
GACTTGTTAGTGTGGTTTTGGGGTTATTCGAGCTTTGAACCTCATCCTAATTAGTTTATTTCGCTGAAGGACAGGGAATCGGGTCTTGAATGTGCGCAGGATGCTGCGACCGGGCTCGGAGAATCTCAGCCGTCAATCCGATGGGTTCCCTCGACACGCAAATCCGTAGGTCGGAGTACATGCTGCTGAACCAGGTCCCC
GCCGATCTTCCTGCACGTCCCCCGCAGAATTGCGTTGCGGATTTCTTCAAAACTCGAAACATTTACCGCGCACAGCAGCTGGAACCACCGCTGCGTCAGCCAGTGCAGCACCATTCCCGACGCCATTCGAGCGCAGACAGGATCCTATATGAGAATGGACCCGGTGTCATTGATGACGATAGAATTGTTCACGAGGTTAG
CAATCTTGTTACTGCAGATAATGCTTCTTTCTCATCCAATAGCCACAGCAGAAATCTTTATTATGATGATCGGAGTGCCCGGGCGCCCGTTGAACACCCAATTGAAAACAAAAGCTTCCACGGGACTCCAAGAGATACAGAGTGGGCACCTCTGTACAAAAGATCGGGGCTTTATTCTGACAAGAAATCCTCATGCCGCT
CGGCTGACCATCTGATCTCAATCGACCACGGAATACCGGCTTTTTCTTCTTCTATGAATGATGTGGCCACAATTGATGTCAGAAATCCAGCTTACTCTTCGGTAGACCTTGGGAACGCAATCGACCACCACCGAAGGCAGACCTACTCCCTAACAGAGCATGCGCTGGTTGAGCAGGTAAAGTCATCTTATTCCCTCCCT
GAACATGTTGCTGTGAACGAGCAGATGCAACTGGCTGCTTCGACCGTGGACCATGTGAGTATCCTTGGTGAATGCGGTCTTCACAGGGTTAATGCCTGGCCTGGTGAGAGGAGCTCAAGTGGAAGTAACAGTTATGGAGGGCTAGTCCATAATCCGCCATTGACTGGACTGCAGAGGGAATCCAGTGGAAGCAGCTTTGC
AGACAGTCTTCGTTCCTGGGATTTTCCCCTTACCAACCACTCGCCCAGTGTGTCTCTGAATGTTAGTGATTCTGCCTTCCTCAATGCCTTTTATGATGAAGGATATAAATATGATGATACCGGGCAGAACGGTGAGTCTAAGAAGAACTGGGCACAACAGACTGAAGAGAGTTACAATTTGCAGCTTACTCTTGCTCTTC
GACTTACTGCGGAAGCTTCATTAGCAGAGGACCTTCATTTCCTTGGCAGACACGTTCAAGCAACGCCTAATATCTCGTGTACGGGTTCTGCTAAAAAGTCAGCTGTGGCTCTATCTCATCGTTTTTGGGTAAATGGTAGCTTGTCATATTATGACAAGATTCAAGATGGGTTTCATCATATATGGGGGATGAATCCCTAT
GTTTGGACAATGTGCAATCACGTAGAAGAAAGTGGCCAGATGCCATCATTGGAATCACTGCGATCCATTGATGCAACTGATTCACCAATAGAGGTGGTTTTGATAGATAAGCAGGAGGATTCACACTGGAGGGAACTTGAGAACAAGGCACTTGGACTGGCTTATGATTGTTCTAGCACAAAAGAAGTTGTTGAACAACT
TGGTAAACTTGTTTGCATGCTGATGGGGGGGACATATTTCACTGAGCATGGAGATCTAAAGATGCGCTGGAAAGTAAATAGTAAAATGCTGAAAGAATGTCTAAAGAGCGTTGTCCTCCCCATAGGTAGTATCTCTGTGGGTTTGTGCAGGCATCGAGCTTTGCTTTTTAAGGCCCTAGCTGATGTCATTGACTTACCTT
GTCGGATTGCTCAAGGTTGCAAGTACTGTGGGATGGCTGATGGGTCATCTTGTATGGTACAATGTGGTCTTGACAGGGAATACCTGGTTGATTTAATTGGGAAACCAGGAGAATTGTGTGACTCTTACATGAATGATATAGCTTCTTTGTCAATTGCTTCACCTATGCGTCTTCCAGAGTTCAAACCCTTACATATCACG
AACGAGGTTAGATCTTTGGCTAGGCAGTATGCCTCTGATAGCAAATTATTGGGCAGTTTGTTAAACATTACCACCTCACATCAAGTGGCAGGGCCAATGGAAGATAGCACTAGAGTCTCATTTACTTCCTCATCAAATCACATGGGCACTGCACCGGTGGTCTCCTCATGCATTATGTGCACACGCACTGAACCAAGTGC
AGAATGTTCTTATACTGCCAATTTTGCGGGCAACATGCCAGTGCAGAATGTTGCATTTCAATGTTTGAAGGAAGAGTTGAGAGGGACAGTGGATACAAATCAGGTTACCCATGAATGCATAATTCCCACTGACATAAATGGCACAAAATATCAGAATCTACCAGATCTGTCTGTAAATCTGGGTGGAGTGAAAGCGAACA
TACTTGTGAATTCCAAATCTAATGGTGATCATCTTCTGCAGAGGTCCTTGCAAGTGAACAAGAAAGAAGATGTACATGCAAAAACTAATATTGAAGAATCCTTTGAGCACAAATGCTTGGAGGGTCACAAACACAGAATTGAACATGGGGAAACTGGCAATACAGAATGCCTTCAGGAAACGGTGTTGCAGTCCTACAAG
CATATAGATGAGCAATCTAAGTTAAAAGACGGTCACCATAAAATCAATGACAAGAGACTTGAACAAGCTGGGGATGTGCTACAGAACAGATCAAATCTTGAGCTGTCATTGGCAATGGATGGTCTGGAAATTCCATGGGAGGATCTCATTTTGAAGGAACGGATTGGTGCTGGTTCTTTTGGAACAGTGCATCGTGCTGA
CTGGCATGGATCAGATGTTGCAGTGAAGATTCTCGTAGATCAAGAAATATACGAAGAACGACTCAAGGAGTTTCTTAGAGAGGTTTCTATCATGAAACGATTGCGACATCCGAATGTTGTTCTTTTCATGGGCGCTGTAACAAAGCATCCCAACTTGTCAATAGTGACCGAGTATTTACCAAGGGGTAGCTTGTACCGTA
TTATTCATAGAGCAGGTGCAAGGGAGTTGCTGGATGAAAGACGTCGCTTACGTATGGCACTTGATGTGGCCAAGGGAATAAATTATTTGCATCGGCTTAACCCTCCCATTGTTCATCGAGATCTAAAGTCTCCAAATTTGCTGGTTGACAAGACATGGACAGTGAAGGTTTGTGATTTTGGCTTATCACGATTCAAGGCA
AACACATTCATTTCCTCCAAGTCTGCAGCTGGAACGCCCGAATGGATGGCTCCTGAAGTACTCCGTGATGAGCCATCAAATGAGAAATCTGATGTCTATAGTTTTGGTGTAATTCTGTGGGAGCTTGTCACTATGCAACAACCATGGAGTGGCTTAAGTCCAGCACAGGTTGTTGGAGCTGTTGGCTTTCAAAACAGGAG
GCTTCCAATTCCAGAAGATATGAATCCCACGATAGCTTCTATAATAGAATCTTGTTGGGCTAATGACCCAAGACAGCGGTTATCATTTTCAAGCATTATGGGTTCTTTGAAGCCATTGGTAACCACAAAACCTCCATCCACACAACCCATACATGGCATGGATACGTCACTCTCATAAGGGATACACATGTCGAGGACAT
GTTTTTTTCCTTGATTATACTATCTGCAGGTTGTTTTCCTTTCTGACAGTTGGTAGTAGAATAGATCGAGATATTGGATTTGAAGACAATGATAGTTTATTTTGAGGTGGATAGCTTCTTGAAGTGCAGTAGCTTGTGTATTCGATAAAAGCATAGCAGAAAATGTAAATTAAAAAATCTATTTATTCTTTTGAACCATC
TTCCGGATATTTTCCAAGTGTACTCTGTATATATGGGAGTTCATACTATTGAAAGAACGGATTCAAGAGTGTTGGCTTGTTAGTTCAGAAACAACATGGAAGCTTTCATTACTTTTCTTTAAATTGTGATTAATATGGCTTTAAATTTAAAAAAAAAAGGTTATATTTGAAGCCTTTCTGGATTGTGTTTAGCTTAATTT
CTTGAAGGTGTATGATAACTGTAATTTTTGGTATTCTTGATTCATGACTTAAATTGGTTGGATTAGTC


>TRINITY_DN134138_c3_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATTTGCGTCAGGCCACGGCAAAATCGGCGGCGACAGGCACAGAGACAAATAGAAAACGCTTTCGTTGTATTATTTCTGCAATTCCAGGGCCGGCAAGTGACTTAAAATAAGGTCTGTACAGAATCGTGACGTCTTACAGGCAGCCGTTGGCAATTAGCTTTCTGGGTTTTGTTTTTGTTTGTATCAACCGTGGTTATTCG
CGGTCACTAATCCCACGGACCCGTGTTCGAATCTCATTCCCGTTTTGGTCACCGCCTTCAGCGCTTTGCTGCAGCAGCACGAGGGTCCGGATCCTTGATTGGACGAGGCTGCTGCTTGCATTATACCCGTGGTGGCGGAAATAAAGTTGGTTTAGATTTCCTTAGGTTGTCAGTTTGCTTTTGTTTCTCGGAAGTTACAT
ATTATTGTCGTTTGTGATTCAATTTCACGATCTCCGAGGGGGTCGAAGCGTGAGGGCTTTTTAATTTTACAGCTTGCAAATGCTAGGAGTCGGCCCAGCTACATACAGATTAGGAGGAGGCTTTGTCAGGCGATTTGAACTTTGAATTCGTGGAATCAGTGAATGGATCAGCAGTACTGGTTTGAAGTTCTGAAGATAAC
AGCGGTGCATAAAGCTTCTGTAGAAAGTTATAAGCTTCGCGGGGATTTTGCTTTTGGTCGACAAATTGGAGCCTTTGAAATCGAGGTTTGAATTTCAGTCCGTGCTTTTAGATGATCGGGTTTTGCATTTCAAAAACGTTAGGATTTGAAAAAATGGCCTCTGGAACGATAAACTAAAGCTTCTTGAGAAATCTGTTTCA
AGTGATTTCGAACTCGAGGTAAATTAAAGCATCCAATGTCGATCTTTGGAATCATTGGTTTTCGCAGTGAAGAAGCGTCAGGGATTTCAAGAAAATTGGTCGCTGGGAAAAACAAATAAGACTCTTTGGTTAGTTTTATTTCATGTGAATTTGAACTTTGATAAATGAAAGCCTCCAAAGTCGACCTCTAAAATCAACGG
CTTCTTTCAGTTAAGAAGCGTCAGGAATATGTAGAAAATTGGCCACTGGAACACCAAACCAAAGCTTTCCTAAGCGGCAGGGATACGGATAAAATTGTCCGCTCGAACAACAAATCAAAGCTTCGTAAGCTTTTTGTTTTAAGAGAAGAAGCTAGACAAAACAAAGCCTTCAATGTCGTCCTTTAAATTTGATGGCTTTT
GCAGTGCAGAAGCGTCATGGATTTGAGGAAAGTCGGCCGCCGAGACAGCAAAATAAAGCTTATTCACAGATTTGTTTCAAGTGAATTTGAATTTTGTCTAATTAAAGCCTTCAATGCCAACCTTTAAAATCAATGCCATTTGCAGTGCAGAAGCGCCATGGATTCAAAGAGATTTTGATGCTGAGACAAGAAATTAGAAC
TTCATCAGAGGTTTGTTTCGAGTGCATTTGCAGACAAATTAGAGCTCCAAAGTCAACCTTTAATTCTCAGTCCCTGTTTTGGAAGCACAATTTTTTCCGACAGTTCAGAGGAAGTCAGGGGAAGTTCAGGCCTCAGAAAATTACTTCGCTTTAAATTGCAGCCAGGTTCGAGTTCCACGTCGCGGCGGTTTATAATGGAC
GACTTGTTAGTGTGGTTTTGGGGTTATTCGAGCTTTGAACCTCATCCTAATTAGTTTATTTCGCTGAAGGACAGGGAATCGGGTCTTGAATGTGCGCAGGATGCTGCGACCGGGCTCGGAGAATCTCAGCCGTCAATCCGATGGGTTCCCTCGACACGCAAATCCGTAGGTCGGAGTACATGCTGCTGAACCAGGTCCCC
GCCGATCTTCCTGCACGTCCCCCGCAGAATTGCGTTGCGGATTTCTTCAAAACTCGAAACATTTACCGCGCACAGCAGCTGGAACCACCGCTGCGTCAGCCAGTGCAGCACCATTCCCGACGCCATTCGAGCGCAGACAGGATCCTATATGAGAATGGACCCGGTGTCATTGATGACGATAGAATTGTTCACGAGGTTAG
CAATCTTGTTACTGCAGATAATGCTTCTTTCTCATCCAATAGCCACAGCAGAAATCTTTATTATGATGATCGGAGTGCCCGGGCGCCCGTTGAACACCCAATTGAAAACAAAAGCTTCCACGGGACTCCAAGAGATACAGAGTGGGCACCTCTGTACAAAAGATCGGGGCTTTATTCTGACAAGAAATCCTCATGCCGCT
CGGCTGACCATCTGATCTCAATCGACCACGGAATACCGGCTTTTTCTTCTTCTATGAATGATGTGGCCACAATTGATGTCAGAAATCCAGCTTACTCTTCGGTAGACCTTGGGAACGCAATCGACCACCACCGAAGGCAGACCTACTCCCTAACAGAGCATGCGCTGGTTGAGCAGGTAAAGTCATCTTATTCCCTCCCT
GAACATGTTGCTGTGAACGAGCAGATGCAACTGGCTGCTTCGACCGTGGACCATGTGAGTATCCTTGGTGAATGCGGTCTTCACAGGGTTAATGCCTGGCCTGGTGAGAGGAGCTCAAGTGGAAGTAACAGTTATGGAGGGCTAGTCCATAATCCGCCATTGACTGGACTGCAGAGGGAATCCAGTGGAAGCAGCTTTGC
AGACAGTCTTCGTTCCTGGGATTTTCCCCTTACCAACCACTCGCCCAGTGTGTCTCTGAATGTTAGTGATTCTGCCTTCCTCAATGCCTTTTATGATGAAGGATATAAATATGATGATACCGGGCAGAACGGTGAGTCTAAGAAGAACTGGGCACAACAGACTGAAGAGAGTTACAATTTGCAGCTTACTCTTGCTCTTC
GACTTACTGCGGAAGCTTCATTAGCAGAGGACCTTCATTTCCTTGGCAGACACGTTCAAGCAACGCCTAATATCTCGTGTACGGGTTCTGCTAAAAAGTCAGCTGTGGCTCTATCTCATCGTTTTTGGGTAAATGGTAGCTTGTCATATTATGACAAGATTCAAGATGGGTTTCATCATATATGGGGGATGAATCCCTAT
GTTTGGACAATGTGCAATCACGTAGAAGAAAGTGGCCAGATGCCATCATTGGAATCACTGCGATCCATTGATGCAACTGATTCACCAATAGAGGTGGTTTTGATAGATAAGCAGGAGGATTCACACTGGAGGGAACTTGAGAACAAGGCACTTGGACTGGCTTATGATTGTTCTAGCACAAAAGAAGTTGTTGAACAACT
TGGTAAACTTGTTTGCATGCTGATGGGgtaagcatatatgatgcagtctgttagtggctgtaatatcttatatgcttagtttactttttctggctgacataaatctggttgcaactcaagGGGGACATATTTCACTGAGCATGGAGATCTAAAGATGCGCTGGAAAGTAAATAGTAAAATGCTGAAAGAATGTCTAAAGA
GCGTTGTCCTCCCCATAGGTAGTATCTCTGTGGGTTTGTGCAGGCATCGAGCTTTGCTTTTTAAGGCCCTAGC



Intron 2 GTTAGGAATG ... GCATTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A1201452
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A613.041030
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A1025622



>TRINITY_DN44451_c0_g2_i3 from sample A9 / Example spliced isoform
CTTGCCCACTCTCTCGCCCAGTATTTCTCTTAATGCTAGCGACTCTGCTTTCTTCAATGCCTTGTACGAGGAAGGATGGAAGCACAATGGGGAGGGAGGAGGGGCCAGGTTACTGATGCAGCAGCACAAGCAGGCGGAGGGCGCAGGTGGAAGCGGAGGCGGAGGCGGAGGGTCGTCGAGGTCCTCCTCCTCTTCGAGCT
TGTCCTCGTCGGGGGGTAAGAACTGGGCGCAGCAGACTGAAGAGAGTTACCATTTGCAGCTGGCACTCGCGCTCAGGGTTTCGGCGGAGGCCTCCTGCGCGGATGATCCTCATCTCCTTGCCACGCACTGCGACGAGCCCCGCGTCGGATCCGGCGGTGGATCTGCTCGGAAGCAAATTGAGGCCTTGTGTCATCGATTC
TGGGTAAATGGCTACTCATCTTATCATGACAAAATTCCGCATGGATTTTATCAACTTTCGGGGATGAATCCTTATGTATGGACAATGTGCAATGACTTTAGGGAATGTAGTCGAATGCCATCATTGGAATCACTGAAATCTGTTAATGCAAGTGATTCTTCATTGGAGGTCATTTTGATAGATAAGCGGGGGGATTCTCA
TCTAAGAGAACTTGAAAACAAGGCTGTAAGTCTCGCTCACGGTTGCAATAATAAAAAGGAAGTTGTTGAACAACTTGGCAATCTTGTTTGCAACCTGATGGGGGGTGCAGCTTCCACTGAGCATGGAGACCTAATGATGCGCTGGGATGCCAGCAGTAAGATGCTGAGAGAATGTTTAAATTCCATTGTTCTTCCAATAG
GAAGCCTTTCCGTGGGCCTCTGCAGGCATAGGGCTTTGCTATTCAAAGTATTAGCAGATACCGTTGACTTGCCCTGTCGTATTGCTCGTGGCTGTAGGTATTGTGGGAAGGATGATGGTTCATCATGTATTGTACAGTGTGGTGATGACAGGGAATACCTTGTGGATATAATTGGAAGACCAGGGGTTATGTCTGAGCCG
GATTCCTTCCTCAATGGTCCATCATCCATCTTAATTGCTTCTCCTTTGCGTCTTCCAGAGTTAAAATCTTCCTTGTTTACTTATGAATTCAGGTCTTTGGCCAAGGAGTATTTGACAAATTTCAAGTTTTTGGGTTCAGTGTTAGATAATGTCAGCCAAGTTCAAGTTGCTGACAGCACTATAAATTCAGAACCAGCAAC
TATTCCATCTGCTTCAGCATCCAGCATTACATTTACAGGCACTCAGCCACTTATAGAAACTTCAGACAAGAGCACCTTTCCAGCACAAGTTGCAATCAGATGTCTTATGGAAAGGTCTGTCAAGGCATTGAATGAAGTACATGCACCCGATCATTCCAAAATACCTATTGAAATTAAGAGCACGCATATTGATTCCATCT
TTCCAGTGGTTAAACCCAGTGATGAAGATTGCCTTCAGCAGAGATTTTTTCAAGGCTGCAAACAAAGAGATTTGCAGTCTAGATTTATCGAGGAAGAATGCCTTAATGAAAGATGGTCGAAGGCTCATAAACAAAAAGATTTACTCGTCAAAGTTAATGATGAAGATCGCCTTCAACAGAGGGTGACACACCCGCATAAA
GATGCACAGGCCATGTGGGAATTACCTCAAGGAACAAATAAAATGAAGGAAGGGAGACATGATGAGAAGGATATTCTGGTGTCAACGAAAGCAAACCTTGAACTATCTTTATCAATGGATGGTCTTGAAATTCCATGGAGTGATCTTGTTTTGAAAGAACGGATCGGAGCAGGTTCTTTCGGTACTGTGCATCATGCTGA
CTGGCATGGCTCGGATGTTGCTGTGAAGATTCTTATAGAACAAGACTTCCATGAAGAACGTCTGAAGGAGTTCTTAAGAGAGGTTGCAATTATGAAGCGATTACGACATCCGAATGTTGTTCTCTTCATGGGTGCTGTCCTATCTCGTCCCAACTTATCAATTGTGACAGAATATTTACCAAGGGGGAGCTTGTATCGTC
TTATACATAGACCAGGGACAAGAGAAATATTAGATGAAAGGCGCCGCTTGCGAATGGCACTTGATGTGGCGAAGGGGATGAATCATTTGCATCGGCTCAATCCTCCCATTGTTCATCGAGACCTCAAGTCTCCAAATTTGTTGGTTGACAAGACGTGGACAGTTAAGGTGTGTGATTTTGGTCTTTCACGGCTCAAGGCA
AACACATTTCTTTCTTCAAAGTCTGCTGCTGGAACTCCTGAATGGATGGCTCCAGAAGTTCTTCGGGATGAGCCATCAAATGAGAAGTCTGATGTCTATAGTTTTGGTGTGATTCTATGGGAGCTTATTACCCTGCAACAACCTTGGAGCGGGTTAAATGCAGCACAGGTTGTTGGAGCTGTTGGCTTTCAAAACAGAAG
GCTTCAGATTCCAAAAGATGTTAAGCCCGAGATAGCTGCTATAATTGAGTCTTGCTGGGCCAATGATCCACGGAAGCGGCCATCATTTGCAAGTATTATGGAATTGTTGAAGCCTTTAGTAAAACCTCCAACCTCACAACCAATCCGAGGGGTAACGCTGCCGCCATCTTGAAAGATGTTCTCATGAAAGATACCAAAAA
TCTGCTTACGTACTGTCTGAAATTGATGCTTTTGCTGATATTTGTTTTGTGAAGATAACTCCAGTGTACATTACGACTCTTCATAGATCTATAGTGTTTTTGACACAATTGTACGTTTTGAGGTGGATATATATTGACGAATTGCAATGATCTCATAGCTTAACCCAGTCGACCCAAAAATGTAAAATACATATTATATT
ACTTATTCTTTTGGCCTTGTGCTCATTGTAATGTATAGGTGGAAGCATACTCTTGAAGCAATAGATTCGAGAGAATTGGTTAGTGCAGCGCAGATGTGCTTGTTGTACACTGTTCTCTTTGTTAGGAAATGTCTGCCTTTGCAGATGTGGAGTTGCAGGGGGCTTTGAGTGTCATTGCGGTTGACTTTGGGGTTCTGTCT
CCTCGTGCTTCAGAGAGGATATTGAACTGCAAAACAACACCCCAGTTGTTTCTTTTGGCAGTATTGATTTTGGATCATTGGCCACATATCTGTGAGTACAATGTGGTTGTCTTCAACTAACTATTAAATTTGAACAATATAATCATTTACAACTAGAAGAATGTAGAAATCCTTCTAAACATTATGCATTTCTTGAAAGA
AATGTTGCCAATGATCCTAGAAAGTACAGTAAAGGGAATACATGTTCATAAGCTAACAACAGCTCCGAATTGAGTTTCTCCAGATGCCCGCAATAGTGTTTGTTTATTTGCAGCGCTATAGATGTATGGCTAATTTTCTGATAAATTGGCCTATATTTCTAAACTAGAATGATTTATTGCATATGGAGTGTTTTAATTGG
CGTTAAATACATCTGGCTAGCATTCAGGTTTCACTTGTTTGGTGAGAGTATTGATTACTTAGTTGCAAAGGTCTGTATGTGCATCTAGTAGAAGATTAAGATATCTGCATCTGGAAGGAAAGGAATTCACAATTTTGTTTAACTCAGTCATGTTAAAAT


>TRINITY_DN44451_c0_g2_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:
CTTGCCCACTCTCTCGCCCAGTATTTCTCTTAATGCTAGCGACTCTGCTTTCTTCAATGCCTTGTACGAGGAAGGATGGAAGCACAATGGGGAGGGAGGAGGGGCCAGGTTACTGATGCAGCAGCACAAGCAGGCGGAGGGCGCAGGTGGAAGCGGAGGCGGAGGCGGAGGGTCGTCGAGGTCCTCCTCCTCTTCGAGCT
TGTCCTCGTCGGGGGGTAAGAACTGGGCGCAGCAGACTGAAGAGAGTTACCATTTGCAGCTGGCACTCGCGCTCAGGGTTTCGGCGGAGGCCTCCTGCGCGGATGATCCTCATCTCCTTGCCACGCACTGCGACGAGCCCCGCGTCGGATCCGGCGGTGGATCTGCTCGGAAGCAAATTGAGGCCTTGTGTCATCGATTC
TGGGTAAATGGCTACTCATCTTATCATGACAAAATTCCGCATGGATTTTATCAACTTTCGGGGATGAATCCTTATGTATGGACAATGTGCAATGACTTTAGGGAATGTAGTCGAATGCCATCATTGGAATCACTGAAATCTGTTAATGCAAGTGATTCTTCATTGGAGGTCATTTTGATAGATAAGCGGGGGGATTCTCA
TCTAAGAGAACTTGAAAACAAGGCTGTAAGTCTCGCTCACGGTTGCAATAATAAAAAGGAAGTTGTTGAACAACTTGGCAATCTTGTTTGCAACCTGATGGGGGGTGCAGCTTCCACTGAGCATGGAGACCTAATGATGCGCTGGGATGCCAGCAGTAAGATGCTGAGAGAATGTTTAAATTCCATTGTTCTTCCAATAG
GAAGCCTTTCCGTGGGCCTCTGCAGGCATAGGGCTTTGCTATTCAAAGTATTAGCAGATACCGTTGACTTGCCCTGTCGTATTGCTCGTGGCTGTAGGTATTGTGGGAAGGATGATGGTTCATCATGTATTGTACAGTGTGGTGATGACAGGGAATACCTTGTGGATATAATTGGAAGACCAGGGGTTATGTCTGAGCCG
GATTCCTTCCTCAATGGTCCATCATCCATCTTAATTGCTTCTCCTTTGCGTCTTCCAGAGTTAAAATCTTCCTTGTTTACTTATGAATTCAGGTCTTTGGCCAAGGAGTATTTGACAAATTTCAAGTTTTTGGGTTCAGTGTTAGATAATGTCAGCCAAGTTCAAGTTGCTGACAGCACTATAAATTCAGAACCAGCAAC
TATTCCATCTGCTTCAGCATCCAGCATTACATTTACAGGCACTCAGCCACTTATAGAAACTTCAGACAAGAGCACCTTTCCAGCACAAGTTGCAATCAGATGTCTTATGGAAAGGTCTGTCAAGGCATTGAATGAAGTACATGCACCCGATCATTCCAAAATACCTATTGAAATTAAGAGCACGCATATTGATTCCATCT
TTCCAGTGGTTAAACCCAGTGATGAAGATTGCCTTCAGCAGAGATTTTTTCAAGGCTGCAAACAAAGAGATTTGCAGTCTAGATTTATCGAGGAAGAATGCCTTAATGAAAGATGGTCGAAGGCTCATAAACAAAAAGATTTACTCGTCAAAGTTAATGATGAAGATCGCCTTCAACAGAGGGTGACACACCCGCATAAA
GATGCACAGGCCATGTGGGAATTACCTCAAGGAACAAATAAAATGAAGGAAGGGAGACATGATGAGAAGGATATTCTGGTGTCAACGAAAGCAAACCTTGAACTATCTTTATCAATGGATGGTCTTGAAATTCCATGGAGTGATCTTGTTTTGAAAGAACGGATCGGAGCAGgttaggaatgatgcagggaattctgagc
aactggtcttcatgcatttgcagGTTCTTTCGGTACTGTGCATCATGCTGACTGGCATGGCTCGGATGTTGCTGTGAAGATTCTTATAGAACAAGACTTCCATGAAGAACGTCTGAAGGAGTTCTTAAGAGAGGTTGCAATTATGAAGCGATTACGACATCCGAATGTTGTTCTCTTCATGGGTGCTGTCCTATCTCGTC
CCAACTTATCAATTGTGACAGAATATTTACCAAGGGGGAGCTTGTATCGTCTTATACATAGACCAGGGACAAGAGAAATATTAGATGAAAGGCGCCGCTTGCGAATGGCACTTGATGTGGCGAAGGGGATGAATCATTTGCATCGGCTCAATCCTCCCATTGTTCATCGAGACCTCAAGTCTCCAAATTTGTTGGTTGAC
AAGACGTGGACAGTTAAGGTGTGTGATTTTGGTCTTTCACGGCTCAAGGCAAACACATTTCTTTCTTCAAAGTCTGCTGCTGGAACTCCTGAATGGATGGCTCCAGAAGTTCTTCGGGATGAGCCATCAAATGAGAAGTCTGATGTCTATAGTTTTGGTGTGATTCTATGGGAGCTTATTACCCTGCAACAACCTTGGAG
CGGGTTAAATGCAGCACAGGTTGTTGGAGCTGTTGGCTTTCAAAACAGAAGGCTTCAGATTCCAAAAGATGTTAAGCCCGAGATAGCTGCTATAATTGAGTCTTGCTGGGCCAATGATCCACGGAAGCGGCCATCATTTGCAAGTATTATGGAATTGTTGAAGCCTTTAGTAAAACCTCCAACCTCACAACCAATCCGAG
GGGTAACGCTGCCGCCATCTTGAAAGATGTTCTCATGAAAGATACCAAAAATCTGCTTACGTACTGTCTGAAATTGATGCTTTTGCTGATATTTGTTTTGTGAAGATAACTCCAGTGTACATTACGACTCTTCATAGATCTATAGTGTTTTTGACACAATTGTACGTTTTGAGGTGGATATATATTGACGAATTGCAATG
ATCTCATAGCTTAACCCAGTCGACCCAAAAATGTAAAATACATATTATATTACTTATTCTTTTGGCCTTGTGCTCATTGTAATGTATAGGTGGAAGCATACTCTTGAAGCAATAGATTCGAGAGAATTGGTTAGTGCAGCGCAGATGTGCTTGTTGTACACTGTTCTCTTTGTTAGGAAATGTCTGCCTTTGCAGATGTG
GAGTTGCAGGGGGCTTTGAGTGTCATTGCGGTTGACTTTGGGGTTCTGTCTCCTCGTGCTTCAGAGAGGATATTGAACTGCAAAACAACACCCCAGTTGTTTCTTTTGGCAGTATTGATTTTGGATCATTGGCCACATATCTGTGAGTACAATGTGGTTGTCTTCAACTAACTATTAAATTTGAACAATATAATCATTTA
CAACTAGAAGAATGTAGAAATCCTTCTAAACATTATGCATTTCTTGAAAGAAATGTTGCCAATGATCCTAGAAAGTACAGTAAAGGGAATACATGTTCATAAGCTAACAACAGCTCCGAATTGAGTTTCTCCAGATGCCCGCAATAGTGTTTGTTTATTTGCAGCGCTATAGATGTATGGCTAATTTTCTGATAAATTGG
CCTATATTTCTAAACTAGAATGATTTATTGCATATGGAGTGTTTTAATTGGCGTTAAATACATCTGGCTAGCATTCAGGTTTCACTTGTTTGGTGAGAGTATTGATTACTTAGTTGCAAAGGTCTGTATGTGCATCTAGTAGAAGATTAAGATATCTGCATCTGGAAGGAAAGGAATTCACAATTTTGTTTAACTCAGTC
ATGTTAAAAT



Intron 3 GTTAGTTTTA ... CTTCTTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A187.3974948
A296.6112433
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A6-1000
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>TRINITY_DN109850_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoform
CGGCAAAATCGGCGGCGACAGGCACAGAGACAAATAGAAAACGCTTTCGTTGTATTATTTCTGCAATTCCAGGGGCGGCAAGTGACTTAAAATAAGGTCTGTACAGAATCGTGACGTCTTACAGGCAGCCGTTGGCAATTAGCTTTCTGGGTTTTGTTTTTGATTGTATCATCCGTGGTTATTCGCGGTCACTAATCCCA
CGGACCCGTGTTCGAATCTCATTCCCGTTTTGGTCACCGCCTTCAGCGCTTTGCTGCAGCAGCACGAGGGTCCGGATCCTTGATTGGACGAGGCTGCTGCTTGCATTATACCCGTGGTGGCGGAAATAAAGTTGGTTTAGATTTCCTTAGGTTCTCAGTTTGCTTTTGTTTCTCGGAAGTTACATATTATTGTCGTTTGT
GATTCAATTTCACGATCTCCGAGGGGGTCGAAGCGTGAGGGCTTTTTAATTTTACAGCTTGCAGATGCCAGGAGTCGGCCCAGCGACATACAGATTAGGAGGAGGCTTTGTCAGGCGATTTGAACTTTGAATTCGTGGAATCAGTGAATGGATCAGCAGTACTGGTTTGAAGTTCTGAAGATAACAGCGGTGCATAAAGC
TTCTGTAGAAAGTTATAAGCTTCGCGGGGATTTTGCTTTTGGTCGACAAATTGGAGCCTTTGAAATCGAGTGAAGAAGCGTCAGGGATTTCAAGAAAATTGGTCGCTGGGAAAAACAAATAAGACTCTTTGTTAAGAAGCGTCAGGGATATGTAGAAAATTGGCCACTGGAACACCAAACCAAAGCTTTCCTAAGCGGCA
GCGATACGGATAAAATTGTCCGCTCGAACAACAAATCAAAGCTTCGTAAGCTTTTTGTTTTAAGAGAAGAAGCTAGACAAAACAAAGCCTTCAATGTCGTCCTTTAAATTTGATGGCTTTTGCAGTGCAGAAGCGTCATGGATTTGAGGAAAGTCGGCCGCCGAGACAGCAAAATAAAGCTTATTCACAGATTTGTTTCA
AGTGAATTTGAATTTTGTCTAATTAAAGCCTTCAATGCCAACCTTTAAAATCAATGCCATTTGCAGTGCAGAAGCGCCATGGATTCAAAGAGATTTTGATGCTGAGACAAGAAATTAGAACTTCATCAGAGGTTTGTTTCGAGTGCATTTGCAGACAAATTAGAGCTCCAAAGTCAACCTTTAATTCTCAGTCCCTGTTT
TGGAAGCACAATTTTTTCCGACAGTTCAGAGGAAGTCAGGGGAAGTTCAGGCCTCAGAAAATTACTTCGCTTTAAATTGCAGCCAGGTTCGAGTTCCACGTCGCGGCGGTTTATAATGGACGACTTGTTAGTGTGGTTTTGGGGTTATTCGAGCTTTGAACCTCATCCTAATTAGTTTATTTCGCTGAAGGACAGGGAAT
CGGGTCTTGAATGTGCGCAGGATGCTGCGACCGGGCTCGGAGAATCTCAGCCGTCAATCCGATGGGTTCCCTCGACACGCAAATCCGTAGGTCGGAGTACATGCTGCTGAACCAGGTCCCCGCCGATCTTCCTGCACGTCCCCCGCAGAATTGCGTTGCGGATTTCTTCAAAACTCGAAACATTTACCGCGCACAGCAGC
TGGAACCGCCGCTGCTTCAGCCAGTGCAGCACCATTCCCGACGCCATTCGAGCGCAGACAGGATCCTATATGAGAATGGACCCGGTGTCATTGATGACGATAGAATTGTTCACGAGGTTAGCAATCTTGTTACTGCAGATAATGCTTCTTTCTCATCCAATAGCCACAGCAGAAATCTTTATTATGATGATCGGAGTGCC
CGGGCGCCCGTTGAACACCCAATTGAAAACAAAAGCTTCCACGGGACTCCAAGAGATACAGAGTGGGCACCTCTGTACAAAAGATCGGGGCTTTATTCTGACAAGAAATCCTCATGCCGCTCGGCTGACCATCTGATCTCAATCGACCACGGAATACCGGCTTTTTCTTCTTCTATGAATGATGTGGCCACAATTGATGT
CAGAAATCCAGCTTACTCTTCGGTAGACCTTGGGAACGCAATCGACCACCACCGAAGGCAGACCTACTCCCTAACAGAGCATGCGCTGGTTGAGCAGGTAAAGTCATCTTATTCCCTCCCTGAACATGTTGCTGTGAACGAGCAGATGCAACTGGCTGCTTCGACCGTGGACCATGTCAGTATCCTTGGTGAATGCGGTC
TTCACAGGGTTAATGCCTGGCCTGGTGAGAGGAGCTCAAGTGGAAGTAACAGTTATGGAGGGCTAGTCCATAATCCGCCATTGACTGGACTGCAGAGGGAATCCAGTGGAAGCAGCTTTGCAGACAGTCTTCGTTCCTGGGATTTTCCCCTTACCAACCACTCGCCCAGTGTGTCTCTGAATGTTAGTGATTCTGCCTTC
CTCAATGCCTTTTATGATGAAGGATATAAATATGATGATACCGGGCAGAACGGTGAGTCTAAGAAGAACTGGGCACAACAGACTGAAGAGAGTTACAATTTGCAGCTTACTCTTGCTCTTCGACTTACTGCGGAAGCTTCATTAGCAGAGGACCTTCATTTCCTTGGCAGACACGTTCAAGCAACGCCTAATATCTCGTG
TACGGGTTCTGCTAAAAAGTCAGCTGTGGCTCTATCTCATCGTTTTTGGGTAAATGGTAGCTTGTCATATTATGACAAGATTCAAGATGGGTTTCATCATATATGGGGGATGAATCCCTATGTTTGGACAATGTGCAATCACGTAGAAGAAAGTGGCCAGATGCCATCATTGGAATCACTGCGATCCGTTGATGCAACTG
ATTCACCAATAGAGGTGGTTTTGATAGATAAGCAGGAGGATTCACACTGGAGGGAACTTGAGAACAAGGCACTTGGACTGGCTTATGATTGTTCTAGCACAAAAGAAGTTGTCGAACAACTTGGTAAACTTGTTTGCATGCTGATGGGGGGGACATATTTCACTGAGCATGGAGATCTAAAGATGCGCTGGAAAGTAAAT
AGTAAAATGCTGAAAGAATGTCTAAAGAGCGTTGTCCTCCCCATAGGTAGTATCTCTGTGGGTTTGTGCAGGCATCGAGCTTTGCTTTTTAAGGCCCTAGCCGATGTCATTGACTTACCTTGTCGGATTGCTCAAGGTTGCAAGTACTGTGGGATGGCTGATGGGTCATCTTGTATGGTACAATGTGGTCTTGACAGGGA
ATACCTGGTTGATTTAATTGGGAAACCAGGAGAATTGTGTGACTCTTACATGAATGATATAGCTTCTTTGTCAATTGCTTCACCTATGCGTCTTCCAGAGTTCAAACCCTTACATATCACGAACGAGGTTAGATCTTTGGCTAGGCAGTATGCCTCTGATAGCAAATTATTGGGCAGTTTGTTAAACATTGCCACCTCAC
ATCAAGTGGCAGGTGCAGGGCCAATGGAAGATAGCACTAGAGTCTCATTTACTTCCTCATCAAATCACATGGGCACTGCACCGGTGGTCTCCTCATGCATTATGTGCACACGCACTGAACCAAGTGCAGAATGTTCTTATACTGCCAATTTTGCGGGCAACATGCCAGTGCAGAATGTTGCATTTCAATGTTTGAAGGAA
GAGTTGAGAGGGACAGTGGATACAAATCAGGTTACCCATGAATGCATAATTCCCACTGACATAAATGGCACAAAATATCAGAATCTACCAGATCTGTCTGTAAATCTGGGTGGAGTGAAAGCGAACATACATGTGAATTCCAAATCTAATGGTGATCATCTTCTGCAGAGGTCCTTGCAAGTGAACAAGAAAGAAGATGT
ACATGCAAAAACTAATATTGAAGAATCCTTTGAGCACAAATGCTTGGAGGGTCACAAACACAGAATTGAACATGGGGAAACTGGCAATACAGAATGCCTTCAGGAAACGGTGTTGCAGTCCTACAAGCATATAGATGAGCAATCTAAGTTAAAAGACGGTCACCATAAAATCAATGACAAGAGACTTGAACAAGCTGGGG
ATGTGCTACAGAACAGATCAAATCTTGAGCTGTCATTGGCAATGGATGGTCTGGAAATTCCATGGGAGGATCTCATTTTGAAGGAACGGATTGGTGCTGGTTCTTTTGGAACAGTGCATCGTGCTGACTGGCATGGATCAG


>TRINITY_DN109850_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:
CGGCAAAATCGGCGGCGACAGGCACAGAGACAAATAGAAAACGCTTTCGTTGTATTATTTCTGCAATTCCAGGGGCGGCAAGTGACTTAAAATAAGGTCTGTACAGAATCGTGACGTCTTACAGGCAGCCGTTGGCAATTAGCTTTCTGGGTTTTGTTTTTGATTGTATCATCCGTGGTTATTCGCGGTCACTAATCCCA
CGGACCCGTGTTCGAATCTCATTCCCGTTTTGGTCACCGCCTTCAGCGCTTTGCTGCAGCAGCACGAGGGTCCGGATCCTTGATTGGACGAGGCTGCTGCTTGCATTATACCCGTGGTGGCGGAAATAAAGTTGGTTTAGATTTCCTTAGGTTCTCAGTTTGCTTTTGTTTCTCGGAAGTTACATATTATTGTCGTTTGT
GATTCAATTTCACGATCTCCGAGGGGGTCGAAGCGTGAGGGCTTTTTAATTTTACAGCTTGCAGATGCCAGGAGTCGGCCCAGCGACATACAGATTAGGAGGAGGCTTTGTCAGGCGATTTGAACTTTGAATTCGTGGAATCAGTGAATGGATCAGCAGTACTGGTTTGAAGTTCTGAAGATAACAGCGGTGCATAAAGC
TTCTGTAGAAAGTTATAAGCTTCGCGGGGATTTTGCTTTTGGTCGACAAATTGGAGCCTTTGAAATCGAGGTTTGAATTTCAGTCCGTGCTTTTAGATGATCGGGTTTTGCATTTCAAAAACGTTAGGATTTGAAAAAATGGCCTCTGGAACGATAAACTAAAGCTTCTTGAGAAATCTGTTTCAAGTGATTTCGAACTC
GAGGTAAATTAAAGCATCCAATGTCGATCTTTGGAATCATTGGTTTTCGCAGTGAAGAAGCGTCAGGGATTTCAAGAAAATTGGTCGCTGGGAAAAACAAATAAGACTCTTTGgttagttttatttcatgtgaatttgaactttgataaatgaaagcctccaaagtcgacctctaaaatcaacggcttctttcagTTAAG
AAGCGTCAGGGATATGTAGAAAATTGGCCACTGGAACACCAAACCAAAGCTTTCCTAAGCGGCAGCGATACGGATAAAATTGTCCGCTCGAACAACAAATCAAAGCTTCGTAAGCTTTTTGTTTTAAGAGAAGAAGCTAGACAAAACAAAGCCTTCAATGTCGTCCTTTAAATTTGATGGCTTTTGCAGTGCAGAAGCGT
CATGGATTTGAGGAAAGTCGGCCGCCGAGACAGCAAAATAAAGCTTATTCACAGATTTGTTTCAAGTGAATTTGAATTTTGTCTAATTAAAGCCTTCAATGCCAACCTTTAAAATCAATGCCATTTGCAGTGCAGAAGCGCCATGGATTCAAAGAGATTTTGATGCTGAGACAAGAAATTAGAACTTCATCAGAGGTTTG
TTTCGAGTGCATTTGCAGACAAATTAGAGCTCCAAAGTCAACCTTTAATTCTCAGTCCCTGTTTTGGAAGCACAATTTTTTCCGACAGTTCAGAGGAAGTCAGGGGAAGTTCAGGCCTCAGAAAATTACTTCGCTTTAAATTGCAGCCAGGTTCGAGTTCCACGTCGCGGCGGTTTATAATGGACGACTTGTTAGTGTGG
TTTTGGGGTTATTCGAGCTTTGAACCTCATCCTAATTAGTTTATTTCGCTGAAGGACAGGGAATCGGGTCTTGAATGTGCGCAGGATGCTGCGACCGGGCTCGGAGAATCTCAGCCGTCAATCCGATGGGTTCCCTCGACACGCAAATCCGTAGGTCGGAGTACATGCTGCTGAACCAGGTCCCCGCCGATCTTCCTGCA
CGTCCCCCGCAGAATTGCGTTGCGGATTTCTTCAAAACTCGAAACATTTACCGCGCACAGCAGCTGGAACCGCCGCTGCTTCAGCCAGTGCAGCACCATTCCCGACGCCATTCGAGCGCAGACAGGATCCTATATGAGAATGGACCCGGTGTCATTGATGACGATAGAATTGTTCACGAGGTTAGCAATCTTGTTACTGC
AGATAATGCTTCTTTCTCATCCAATAGCCACAGCAGAAATCTTTATTATGATGATCGGAGTGCCCGGGCGCCCGTTGAACACCCAATTGAAAACAAAAGCTTCCACGGGACTCCAAGAGATACAGAGTGGGCACCTCTGTACAAAAGATCGGGGCTTTATTCTGACAAGAAATCCTCATGCCGCTCGGCTGACCATCTGA
TCTCAATCGACCACGGAATACCGGCTTTTTCTTCTTCTATGAATGATGTGGCCACAATTGATGTCAGAAATCCAGCTTACTCTTCGGTAGACCTTGGGAACGCAATCGACCACCACCGAAGGCAGACCTACTCCCTAACAGAGCATGCGCTGGTTGAGCAGGTAAAGTCATCTTATTCCCTCCCTGAACATGTTGCTGTG
AACGAGCAGATGCAACTGGCTGCTTCGACCGTGGACCATGTCAGTATCCTTGGTGAATGCGGTCTTCACAGGGTTAATGCCTGGCCTGGTGAGAGGAGCTCAAGTGGAAGTAACAGTTATGGAGGGCTAGTCCATAATCCGCCATTGACTGGACTGCAGAGGGAATCCAGTGGAAGCAGCTTTGCAGACAGTCTTCGTTC
CTGGGATTTTCCCCTTACCAACCACTCGCCCAGTGTGTCTCTGAATGTTAGTGATTCTGCCTTCCTCAATGCCTTTTATGATGAAGGATATAAATATGATGATACCGGGCAGAACGGTGAGTCTAAGAAGAACTGGGCACAACAGACTGAAGAGAGTTACAATTTGCAGCTTACTCTTGCTCTTCGACTTACTGCGGAAG
CTTCATTAGCAGAGGACCTTCATTTCCTTGGCAGACACGTTCAAGCAACGCCTAATATCTCGTGTACGGGTTCTGCTAAAAAGTCAGCTGTGGCTCTATCTCATCGTTTTTGGGTAAATGGTAGCTTGTCATATTATGACAAGATTCAAGATGGGTTTCATCATATATGGGGGATGAATCCCTATGTTTGGACAATGTGC
AATCACGTAGAAGAAAGTGGCCAGATGCCATCATTGGAATCACTGCGATCCGTTGATGCAACTGATTCACCAATAGAGGTGGTTTTGATAGATAAGCAGGAGGATTCACACTGGAGGGAACTTGAGAACAAGGCACTTGGACTGGCTTATGATTGTTCTAGCACAAAAGAAGTTGTCGAACAACTTGGTAAACTTGTTTG
CATGCTGATGGGGGGGACATATTTCACTGAGCATGGAGATCTAAAGATGCGCTGGAAAGTAAATAGTAAAATGCTGAAAGAATGTCTAAAGAGCGTTGTCCTCCCCATAGGTAGTATCTCTGTGGGTTTGTGCAGGCATCGAGCTTTGCTTTTTAAGGCCCTAGCCGATGTCATTGACTTACCTTGTCGGATTGCTCAAG
GTTGCAAGTACTGTGGGATGGCTGATGGGTCATCTTGTATGGTACAATGTGGTCTTGACAGGGAATACCTGGTTGATTTAATTGGGAAACCAGGAGAATTGTGTGACTCTTACATGAATGATATAGCTTCTTTGTCAATTGCTTCACCTATGCGTCTTCCAGAGTTCAAACCCTTACATATCACGAACGAGGTTAGATCT
TTGGCTAGGCAGTATGCCTCTGATAGCAAATTATTGGGCAGTTTGTTAAACATTGCCACCTCACATCAAGTGGCAGGTGCAGGGCCAATGGAAGATAGCACTAGAGTCTCATTTACTTCCTCATCAAATCACATGGGCACTGCACCGGTGGTCTCCTCATGCATTATGTGCACACGCACTGAACCAAGTGCAGAATGTTC
TTATACTGCCAATTTTGCGGGCAACATGCCAGTGCAGAATGTTGCATTTCAATGTTTGAAGGAAGAGTTGAGAGGGACAGTGGATACAAATCAGGTTACCCATGAATGCATAATTCCCACTGACATAAATGGCACAAAATATCAGAATCTACCAGATCTGTCTGTAAATCTGGGTGGAGTGAAAGCGAACATACATGTGA
ATTCCAAATCTAATGGTGATCATCTTCTGCAGAGGTCCTTGCAAGTGAACAAGAAAGAAGATGTACATGCAAAAACTAATATTGAAGAATCCTTTGAGCACAAATGCTTGGAGGGTCACAAACACAGAATTGAACATGGGGAAACTGGCAATACAGAATGCCTTCAGGAAACGGTGTTGCAGTCCTACAAGCATATAGAT
GAGCAATCTAAGTTAAAAGACGGTCACCATAAAATCAATGACAAGAGACTTGAACAAGCTGGGGATGTGCTACAGAACAGATCAAATCTTGAGCTGTCATTGGCAATGGATGGTCTGGAAATTCCATGGGAGGATCTCATTTTGAAGGAACGGATTGGTGCTGGTTCTTTTGGAACAGTGCATCGTGCTGACTGGCATGG
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Intron 4 GTCAACTTAT ... GTGAATGCAG

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>TRINITY_DN109850_c0_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoform
CGGCAAAATCGGCGGCGACAGGCACAGAGACAAATAGAAAACGCTTTCGTTGTATTATTTCTGCAATTCCAGGGGCGGCAAGTGACTTAAAATAAGGTCTGTACAGAATCGTGACGTCTTACAGGCAGCCGTTGGCAATTAGCTTTCTGGGTTTTGTTTTTGATTGTATCATCCGTGGTTATTCGCGGTCACTAATCCCA
CGGACCCGTGTTCGAATCTCATTCCCGTTTTGGTCACCGCCTTCAGCGCTTTGCTGCAGCAGCACGAGGGTCCGGATCCTTGATTGGACGAGGCTGCTGCTTGCATTATACCCGTGGTGGCGGAAATAAAGTTGGTTTAGATTTCCTTAGGTTCTCAGTTTGCTTTTGTTTCTCGGAAGTTACATATTATTGTCGTTTGT
GATTCAATTTCACGATCTCCGAGGGGGTCGAAGCGTGAGGGCTTTTTAATTTTACAGCTTGCAGATGCCAGGAGTCGGCCCAGCGACATACAGATTAGGAGGAGGCTTTGTCAGGCGATTTGAACTTTGAATTCGTGGAATCAGTGAATGGATCAGCAGTACTGGTTTGAAGTTCTGAAGATAACAGCGGTGCATAAAGC
TTCTGTAGAAAGTTATAAGCTTCGCGGGGATTTTGCTTTTGGTCGACAAATTGGAGCCTTTGAAATCGAGGTTTGAATTTCAGTCCGTGCTTTTAGATGATCGGGTTTTGCATTTCAAAAACGTTAGGATTTGAAAAAATGGCCTCTGGAACGATAAACTAAAGCTTCTTGAGAAATCTGTTTCAAGTGATTTCGAACTC
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CATGGATTTGAGGAAAGTCGGCCGCCGAGACAGCAAAATAAAGCTTATTCACAGATTTGTTTCAAGTGAATTTGAATTTTGTCTAATTAAAGCCTTCAATGCCAACCTTTAAAATCAATGCCATTTGCAGTGCAGAAGCGCCATGGATTCAAAGAGATTTTGATGCTGAGACAAGAAATTAGAACTTCATCAGAGGTTTG
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TTTTGGGGTTATTCGAGCTTTGAACCTCATCCTAATTAGTTTATTTCGCTGAAGGACAGGGAATCGGGTCTTGAATGTGCGCAGGATGCTGCGACCGGGCTCGGAGAATCTCAGCCGTCAATCCGATGGGTTCCCTCGACACGCAAATCCGTAGGTCGGAGTACATGCTGCTGAACCAGGTCCCCGCCGATCTTCCTGCA
CGTCCCCCGCAGAATTGCGTTGCGGATTTCTTCAAAACTCGAAACATTTACCGCGCACAGCAGCTGGAACCGCCGCTGCTTCAGCCAGTGCAGCACCATTCCCGACGCCATTCGAGCGCAGACAGGATCCTATATGAGAATGGACCCGGTGTCATTGATGACGATAGAATTGTTCACGAGGTTAGCAATCTTGTTACTGC
AGATAATGCTTCTTTCTCATCCAATAGCCACAGCAGAAATCTTTATTATGATGATCGGAGTGCCCGGGCGCCCGTTGAACACCCAATTGAAAACAAAAGCTTCCACGGGACTCCAAGAGATACAGAGTGGGCACCTCTGTACAAAAGATCGGGGCTTTATTCTGACAAGAAATCCTCATGCCGCTCGGCTGACCATCTGA
TCTCAATCGACCACGGAATACCGGCTTTTTCTTCTTCTATGAATGATGTGGCCACAATTGATGTCAGAAATCCAGCTTACTCTTCGGTAGACCTTGGGAACGCAATCGACCACCACCGAAGGCAGACCTACTCCCTAACAGAGCATGCGCTGGTTGAGCAGGTAAAGTCATCTTATTCCCTCCCTGAACATGTTGCTGTG
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CTGGGATTTTCCCCTTACCAACCACTCGCCCAGTGTGTCTCTGAATGTTAGTGATTCTGCCTTCCTCAATGCCTTTTATGATGAAGGATATAAATATGATGATACCGGGCAGAACGGTGAGTCTAAGAAGAACTGGGCACAACAGACTGAAGAGAGTTACAATTTGCAGCTTACTCTTGCTCTTCGACTTACTGCGGAAG
CTTCATTAGCAGAGGACCTTCATTTCCTTGGCAGACACGTTCAAGCAACGCCTAATATCTCGTGTACGGGTTCTGCTAAAAAGTCAGCTGTGGCTCTATCTCATCGTTTTTGGGTAAATGGTAGCTTGTCATATTATGACAAGATTCAAGATGGGTTTCATCATATATGGGGGATGAATCCCTATGTTTGGACAATGTGC
AATCACGTAGAAGAAAGTGGCCAGATGCCATCATTGGAATCACTGCGATCCGTTGATGCAACTGATTCACCAATAGAGGTGGTTTTGATAGATAAGCAGGAGGATTCACACTGGAGGGAACTTGAGAACAAGGCACTTGGACTGGCTTATGATTGTTCTAGCACAAAAGAAGTTGTCGAACAACTTGGTAAACTTGTTTG
CATGCTGATGGGGGGGACATATTTCACTGAGCATGGAGATCTAAAGATGCGCTGGAAAGTAAATAGTAAAATGCTGAAAGAATGTCTAAAGAGCGTTGTCCTCCCCATAGGTAGTATCTCTGTGGGTTTGTGCAGGCATCGAGCTTTGCTTTTTAAGGCCCTAGCCGATGTCATTGACTTACCTTGTCGGATTGCTCAAG
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TTGGCTAGGCAGTATGCCTCTGATAGCAAATTATTGGGCAGTTTGTTAAACATTGCCACCTCACATCAAGTGGCAGGTGCAGGGCCAATGGAAGATAGCACTAGAGTCTCATTTACTTCCTCATCAAATCACATGGGCACTGCACCGGTGGTCTCCTCATGCATTATGTGCACACGCACTGAACCAAGTGCAGAATGTTC
TTATACTGCCAATTTTGCGGGCAACATGCCAGTGCAGAATGTTGCATTTCAATGTTTGAAGGAAGAGTTGAGAGGGACAGTGGATACAAATCAGGTTACCCATGAATGCATAATTCCCACTGACATAAATGGCACAAAATATCAGAATCTACCAGATCTGTCTGTAAATCTGGGTGGAGTGAAAGCGAACATACATGTGA
ATTCCAAATCTAATGGTGATCATCTTCTGCAGAGGTCCTTGCAAGTGAACAAGAAAGAAGATGTACATGCAAAAACTAATATTGAAGAATCCTTTGAGCACAAATGCTTGGAGGGTCACAAACACAGAATTGAACATGGGGAAACTGGCAATACAGAATGCCTTCAGGAAACGGTGTTGCAGTCCTACAAGCATATAGAT
GAGCAATCTAAGTTAAAAGACGGTCACCATAAAATCAATGACAAGAGACTTGAACAAGCTGGGGATGTGCTACAGAACAGATCAAATCTTGAGCTGTCATTGGCAATGGATGGTCTGGAAATTCCATGGGAGGATCTCATTTTGAAGGAACGGATTGGTGCTGGTTCTTTTGGAACAGTGCATCGTGCTGACTGGCATGG
ATCAGATGTTGCAGTGAAGATTCTCGTAGATCAAGAAATATACGAAGAACGACTCAAGGAGTTTCTTAGAGAGGTTTCTATCATGAAACGATTGCGACATCCGAATGTTGTTCTTTTCATGGGCGCTGTAACAAAGCATCCCAACTTGTCAATAGTGACCGAGTATTTACCAAGGGGTAGCTTGTACCGTATTATTCATA
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TCCAGAAGATATGAATCCCACGATAGCTTCTTTAATAGAATCTTGTTGGGCTAATGACCCAAGACAGCGGTTATCATTTTCAAGCATTATGGGTTCTTTGAAGCCATTGGTAACCACAAAACCTCCATCCACACAACCCATACATGGCATGGATACGTCACTCTCATAAGGGATACACATGTCGAGGACATGTTTTTTTC
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>TRINITY_DN109850_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:
TACCGTGACATTGTAATTTTCTTTATTGCCTTTTCACCACTGAAGACTGCATTATTTAATCTATCATTATCTTTATTAATTGCCACACTGTCTGGATTAGGGGTAGCTTGTACCGTATTATTCATAGAGCAGGTGCAAGGGAGTTGCTGGATGAAAGACGTCGCTTACGTATGGCACTTGATGTGGCCAAGGGAATAAAT
TATTTGCATCGGCTTAACCCTCCCATTGTTCATCGAGATCTAAAGTCTCCAAATTTGCTGGTTGACAAGACATGGACAGTGAAGgtcaacttatagattgaatttggtattttctttgctagggaaggtagctccctggtttagcagcaatggaagaaaagtgcggatgcaagttctcttagtatgcttttcttgataca
agcaatggccattaaatatgatttgtgaatgcagGTTTGTGATTTTGGCTTATCACGATTCAAGGCAAACACATTCATTTCCTCCAAGTCTGCAGCTGGAACGCCCGAATGGATGGCTCCTGAAGTACTCCGTGATGAGCCATCAAATGAGAAATCTGATGTCTATAGTTTTGGTGTAATTCTGTGGGAGCTTGTCACTA
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CCATCCACACAACCCATACATGGCATGGATACGTCACTCTCATAAGGGATACACATGTCGAGGACATGTTTTTTTCCTTGATTATACTATCTGCAGGTTGTTTTCCTTTCTGACAGTTGGTAGTAGAATAGATCGAGATATTGGATTTGAAGACAATGATAGTTTATTTTGAGGTGGATAGCTTCTTGAAGTGCAGTAGC
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TATGGC



Intron 5 GTTTCTATCA ... TGTAACAAAG

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>TRINITY_DN48355_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform
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CGTTCCTGGGATTTTCCCCTTACCAACCACTCGCCCAGTGTGTCTCTGAATGTTAGTGATTCTGCCTTCCTCAATGCCTTTTATGATGAAGGATATAAATATGATGATACCGGGCAGAACGGTGAGTCTAAGAAGAACTGGGCACAACAGACTGAAGAGAGTTACAATTTGCAGCTTACTCTTGCTCTTCGACTTACTGC
GGAAGCTTCATTAGCAGAGGACCTTCATTTCCTTGGCAGACACGTTCAAGCAACGCCTAATATCTCGTGTACGGGTTCTGCTAAAAAGTCAGCTGTGGCTCTATCTCATCGTTTTTGGGTAAATGGTAGCTTGTCATATTATGACAAGATTCAAGATGGGTTTTATCATATATGGGGGATGAATCCCTATGTTTGGACAA
TGTGCAATCACGTAGAAGAAAGTGGCCAGATGCCATCATTGGAATCACTGCGATCCATTGATGCAACTGATTCACCAATAGAGGTGGTTTTGATAGATAAGCAGGAGGATTCACACTGGAGGGAACTTGAGAACAAGGCACTTGGACTGGCTTATGATTGTTCTAGCACAAAAGAAGTTGTCGAACAACTTGGTAAACTT
GTTTGCATGCTGATGGGGGGGACATATTTCACTGAGCATGGAGATCTAAAGATGCGCTGGAAAGTAAATAGTAAAATGCTGAAAGAATGTCTAAAGAGCGTTGTCCTCCCCATAGGTAGTATCTCTGTGGGTTTGTGCAGGCATCGAGCTTTGCTTTTTAAGGCCCTAGCTGATGTCATTGACTTACCTTGTCGGATTGC
TCAAGGTTGCAAGTACTGTGGGATGGCTGATGGGTCATCTTGTATGGTACAATGTGGTCTTGACAGGGAATACCTGGTTGATTTAATTGGGAAACCAGGAGAATTGTGTGACTCTTACATGAATGATATAGCTTCTTTGTCAATTGCTTCACCTATGCGTCTTCCAGAGTTCAAACCCTTACATATCACGAACGAGGTTA
GATCTTTGGCTAGGCAGTATGCCTCTGATAGCAAATTATTGGGCAGTTTGTTAAACATTACCACCTCACATCAAGTGGCAGGGCCAATGGAAGATAGCACTAGAGTCTCATTTACTTCCTCATCAAATCACATGGGCACTGCACCGGTGGTCTCCTCATGCATTATGTGCACACGCACTGAACCAAGTGCAGAATGTTCT
TATACTGCCAATTTTGCGGGCAACATGCCAGTGCAGAATGTTGCATTTCAATGTTTGAAGGAAGAGTTGAGAGGGACAGTGGATACAAATCAGGTTACCCATGAATGCATAATTCCCACTGACATAAATGGCACAAAATATCAGAATCTACCAGATCTGTCTGTAAATCTGGGTGGAGTGAAAGCGAACATACATGTGAA
TTCCAAATCTAATGGTGATCATCTTCTGCAGAGGTCCTTGCAAGTGAACAAGAAAGGAGATGTACATGCAAAAACTAATATTGAAGAATCCTTTGAGCACAAATGCTTGGAGGGTCACAAACACAGAATTGAACATGGGGAAACTGGCAATACAGAATGCCTTCAGGAAACGGTGTTGCAGTCCTACAAGCATATAGATG
AGCAATCTAAGTTAAAAGACGGTCACCATAAAATCAATGACAAGAGACTTGAACAAGCTGGGGATGTGCTACAGAACAGATCAAATCTTGAGCTGTCATTGGCAATGGATGGTCTGGAAATTCCATGGGAGGATCTCATTTTGAAGGAACGGATTGGTGCTGGTTCTTTTGGAACAGTGCATCGTGCTGACTGGCATGGA
TCAGATGTTGCAGTGAAGATTCTCGTAGATCAAGAAATATACGAAGAACGACTCAAGGAGTTTCTTAGAGAGCATCCCAACTTGTCAATAGTGACCGAGTATTTACCAAGG


>TRINITY_DN48355_c0_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:
CGGCAAAATCGGCGGCGACAGGCACAGAGACAAATAGAAAACGCTTTCGTTGTATTATTTCTGCAATTCCAGGGGCGGCAAGTGACTTAAAATAAGGTCTGTACAGAATCGTGACGTCTTACAGGCAGCCGTTGGCAATTAGCTTTCTGGGTTTTGTTTTTGTTTGTATCAACCGTGGTTATTCGCGGTCACTAATCCCA
CGGACCCGTGTTCGAATCTCATTCCCGTTTTGGTCACCGCCTTCAGCGCTTTGCTGCAGCAGCACGAGGGTCCGGATCCTTGATTGGACGAGGCTGCTGCTTGCATTATACCCGTGGTGGCGGAAATAAAGTTGGTTTAGATTTCCTTAGGTTCTCAGTTTGCTTTTGTTTCTCGGAAGTTACATATTATTGTCGTTTGT
GATTCAATTTCACGATCTCCGAGGGGGTCGAAGCGTGAGGGCTTTTTAATTTTACAGCTTGCAGATGCCAGGAGTCGGCCCAGCGACATACAGATTAGGAGGAGGCTTTGTCAGGCGATTTGAACTTTGAATTCGTGGAATCAGTGAATGGATCAGCAGTACTGGTTTGAAGTTCTGAAGATAACAGCGGTGCATAAAGC
TTCTGTAGAAAGTTATAAGCTTCGCGGGGATTTTGCTTTTGGTCGACAAATTGGAGCCTTTGAAATCGAGGTTTGAATTTCAGTCCGTGCTTTAAGATGATCGGGTTTTGCATTTCAAAAACGTTAGGATTTGAAAAAATGGCCTCTGGAACGATAAACTAAAGCTTCTTGAGAAATCTGTTTCAAGTGATTTTGAACTC
GAGGTAAATTAAAGCATCCAATGTCGATCTTTGGAATCATTGGTTTTCGCAGTGAAGAAGCGTCAGGGATTTCAAGAAAATTGGTCGCTGGGAAAAACAAATAAGACTCTTTGGTTAGTTTTATTTCATGTGAATTTGAGCTTTGATAAATGAAAGCCTCCAAAGTCGACCTCTAATCTAAAACCAACGGCTTCTTTCAG
TTAAGAAGCGTCAGGGATATGTAGAAAATTGGCCACTGGAACACCAAACCAAAGCTTTCCTAAGCGGCAGCGATACGGATAAAATTGTCCGCTCGAACAACAAATCAAAGCTTCGTAAGCTTTTTGTTTTAAGAGAAGAAGCTAGACAAAACAAAGCCTTCAATGTCGTCCTTTAAATTTGATGGCTTTTGCAGTGCAGA
AGCGTCATGGATTTGAGGAAAGTCGGCCGCTGAGACAACAAAATAAAGCTTATTCACAGATTTGTTTCAAGTGAATTTGAATTTTGTCTAATTAAAGCCTTCAATGCCAACCTTTAAAATCAATGCCATTTGCAGTGCAGAAGCGCCATGGATTCAAAGAGAATTTGATGCTGAGACAAGAAATTAGAACCTCATCAGAG
GTTTGTTTCGAGTGCATTTGCAGACAAATTAGAGCTCCAAAGTCAACCTTTAATTCTCATTCCCTGTTTTGGAAGCACAATTTTTTCCGACAGTTCAGAGGAAGTCAGGGGAAGTTCAGGCCTCAGAAAATTACTTCGCTTTAAATTGCAGCCAGGTTCGAGTTCCACGTCGCGGCGGTTTATAATGGACGACTTGTTAG
TGTGGTTTTGGGGTTATTCGAGCCTTGAACCTCATCCTAATTAGTTTATTTCGCTGAAGGACAGGGAATCGGGTCTTGAATGTGCGCAGGATGCTGCGACCGGGCTCGGAGAATCTCAGCCGTCAATCCGATGGGTTCCCTCGACACGCAAATCCGTAGGTCGGAGTACATGCTGCTGAACCAGGTCCCCGCCGATCTTC
CTGCACGTCCCCCGCAGAATTGCGTTGCGGATTTCTTCAAAACTCGAAACATTTACCGCGCACAGCAGCTGGAACCACCGCTGCGTCAGCCAGTGCAGCACCATTCCCGACGCCATTCGAGCGCAGACAGGATCCTATATGAGAATGGACCCGGTGTCATTGATGACGATAGAATTGTTCACGAGGTTAGCAATCCTATT
ACTGCAGATAATGCTTCTTTCTCATCCAATAGCCACAGCAGAAATCTTTATTATGATGATCGGAGTGCCCGGGCGCCCGTTGAACACCCAATTGAAAACAAAAGCTTCCACGGGACTCCAAGAGATACAGAGTGGGCACCTCTGTACAAAAGATCGGGGCTTTATTCTGACAAGAAATCCTCATGCCGCTCGGCTGACCA
TCTGATCTCAATCGACCACGGAATACCGGCTTTTTCTTCTTCTATGAATGATGTGGCCACAATTGATGTCAGAAATCCAGCTTACTCTTCGGTAGACCTTGGGAACGCAATCGACCACCACCGAAGGCAGACCTACTCCCTAACAGAGCATGCGCTGGTTGAGCAGGTAAAGTCATCTTATTCCCTCCCTGAACATGTTG
CTGTGAACGAGCAGATGCAACTGGCTGCTTCGACCGTGGACCATGTCAGTATCCTTGGTGAATGCGGTCTTCACAGGGTTAATGCCTGGCCTGGTGAGAGGAGCTCAAGTGGAAGTAACAGTTATGGAGGGCTAGTCCATAATCCGCCATTGACTGGACTGCAGAGGGAATCCAGTGGAAGCAGCTTTGCAGACAGTCTT
CGTTCCTGGGATTTTCCCCTTACCAACCACTCGCCCAGTGTGTCTCTGAATGTTAGTGATTCTGCCTTCCTCAATGCCTTTTATGATGAAGGATATAAATATGATGATACCGGGCAGAACGGTGAGTCTAAGAAGAACTGGGCACAACAGACTGAAGAGAGTTACAATTTGCAGCTTACTCTTGCTCTTCGACTTACTGC
GGAAGCTTCATTAGCAGAGGACCTTCATTTCCTTGGCAGACACGTTCAAGCAACGCCTAATATCTCGTGTACGGGTTCTGCTAAAAAGTCAGCTGTGGCTCTATCTCATCGTTTTTGGGTAAATGGTAGCTTGTCATATTATGACAAGATTCAAGATGGGTTTTATCATATATGGGGGATGAATCCCTATGTTTGGACAA
TGTGCAATCACGTAGAAGAAAGTGGCCAGATGCCATCATTGGAATCACTGCGATCCATTGATGCAACTGATTCACCAATAGAGGTGGTTTTGATAGATAAGCAGGAGGATTCACACTGGAGGGAACTTGAGAACAAGGCACTTGGACTGGCTTATGATTGTTCTAGCACAAAAGAAGTTGTCGAACAACTTGGTAAACTT
GTTTGCATGCTGATGGGGGGGACATATTTCACTGAGCATGGAGATCTAAAGATGCGCTGGAAAGTAAATAGTAAAATGCTGAAAGAATGTCTAAAGAGCGTTGTCCTCCCCATAGGTAGTATCTCTGTGGGTTTGTGCAGGCATCGAGCTTTGCTTTTTAAGGCCCTAGCTGATGTCATTGACTTACCTTGTCGGATTGC
TCAAGGTTGCAAGTACTGTGGGATGGCTGATGGGTCATCTTGTATGGTACAATGTGGTCTTGACAGGGAATACCTGGTTGATTTAATTGGGAAACCAGGAGAATTGTGTGACTCTTACATGAATGATATAGCTTCTTTGTCAATTGCTTCACCTATGCGTCTTCCAGAGTTCAAACCCTTACATATCACGAACGAGGTTA
GATCTTTGGCTAGGCAGTATGCCTCTGATAGCAAATTATTGGGCAGTTTGTTAAACATTACCACCTCACATCAAGTGGCAGGGCCAATGGAAGATAGCACTAGAGTCTCATTTACTTCCTCATCAAATCACATGGGCACTGCACCGGTGGTCTCCTCATGCATTATGTGCACACGCACTGAACCAAGTGCAGAATGTTCT
TATACTGCCAATTTTGCGGGCAACATGCCAGTGCAGAATGTTGCATTTCAATGTTTGAAGGAAGAGTTGAGAGGGACAGTGGATACAAATCAGGTTACCCATGAATGCATAATTCCCACTGACATAAATGGCACAAAATATCAGAATCTACCAGATCTGTCTGTAAATCTGGGTGGAGTGAAAGCGAACATACATGTGAA
TTCCAAATCTAATGGTGATCATCTTCTGCAGAGGTCCTTGCAAGTGAACAAGAAAGGAGATGTACATGCAAAAACTAATATTGAAGAATCCTTTGAGCACAAATGCTTGGAGGGTCACAAACACAGAATTGAACATGGGGAAACTGGCAATACAGAATGCCTTCAGGAAACGGTGTTGCAGTCCTACAAGCATATAGATG
AGCAATCTAAGTTAAAAGACGGTCACCATAAAATCAATGACAAGAGACTTGAACAAGCTGGGGATGTGCTACAGAACAGATCAAATCTTGAGCTGTCATTGGCAATGGATGGTCTGGAAATTCCATGGGAGGATCTCATTTTGAAGGAACGGATTGGTGCTGGTTCTTTTGGAACAGTGCATCGTGCTGACTGGCATGGA
TCAGATGTTGCAGTGAAGATTCTCGTAGATCAAGAAATATACGAAGAACGACTCAAGGAGTTTCTTAGAGAGgtttctatcatgaaacgattgcgacatccgaatgttgttcttttcatgggcgctgtaacaaagCATCCCAACTTGTCAATAGTGACCGAGTATTTACCAAGGGGTAGCTTGTACCGTATTATTCATAG
AGCAGGTGCAAGGGAGTTGCTGGATGAAAGACGTCGCTTACGTATGGCACTTGATGTGGCCAAGGGAATAAATTATTTGCATCGGCTTAACCCTCCCATTGTTCATCGAGATCTAAAGTCTCCAAATTTGCTGGTTGACAAGACATGGACAGTGAAGGTTTGTGATTTTGGCTTATCACGATTCAAGGCAAACACATTCA
TTTCCTCCAAGTCTGCAGCTGGAACGCCCGAATGGATGGCTCCTGAAGTACTCCGTGATGAGCCATCAAATGAGAAATCTGATGTCTATAGTTTTGGTGTAATTCTGTGGGAGCTTGTCACTATGCAACAACCATGGAGTGGCTTAAGTCCAGCACAGGTTGTTGGAGCTGTTGGCTTTCAAAACAGGAGGCTTCCAATT
CCAGAAGATATGAATCCCACGATAGCTTCTATAATAGAATCTTGTTGGGCTAATGACCCAAGACAGCGGTTATCATTTTCAAGCATTATGGGTTCTTTGAAGCCATTGGTAACCACAAAACCTCCATCCACACAACCCATACATGGCATGGATACGTCACTCTCATAAGGGATACACATGTCGAGGACATGTTTTTTTCC
TTGATTATACTATCTGCAGGTTGTTTTCCTTTCTGACAGTTGGTAGTAGAATAGATCGAGATATTGGATTTGAAGACAATGATAGTTTATTTTGAGGTGGATAGCTTCTTGAAGTGCAGTAGCTTGTGTATTCGATAAAAGCATAGCAGAAAATGTAAATTAAAAAATCTATTTATTCTTTTGAACCATCTTCCGGATAT
TTACCAAGTGTACTCTGTATATATGGGAGTTCATACTATTGAAAGAACGGATTCAAGAGTGTTGGCTTGTTAGTTCAGAAACAACATGGAAGCTTTCATTACTTTTCTTTAAATTGTGATTAATATGGCTTTAAATTTAAAAAAAAAAGGTTATATTTGAAGCCTTTCTGGATTGTGTTTAGCTTAATTTCTTGAAGGTG
C



Intron 6 GTAAGCTTTT ... GCTTTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN48355_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform
CGGCAAAATCGGCGGCGACAGGCACAGAGACAAATAGAAAACGCTTTCGTTGTATTATTTCTGCAATTCCAGGGGCGGCAAGTGACTTAAAATAAGGTCTGTACAGAATCGTGACGTCTTACAGGCAGCCGTTGGCAATTAGCTTTCTGGGTTTTGTTTTTGTTTGTATCAACCGTGGTTATTCGCGGTCACTAATCCCA
CGGACCCGTGTTCGAATCTCATTCCCGTTTTGGTCACCGCCTTCAGCGCTTTGCTGCAGCAGCACGAGGGTCCGGATCCTTGATTGGACGAGGCTGCTGCTTGCATTATACCCGTGGTGGCGGAAATAAAGTTGGTTTAGATTTCCTTAGGTTCTCAGTTTGCTTTTGTTTCTCGGAAGTTACATATTATTGTCGTTTGT
GATTCAATTTCACGATCTCCGAGGGGGTCGAAGCGTGAGGGCTTTTTAATTTTACAGCTTGCAAATGCTAGGAGTCGGCCCAGCTACATACAGATTAGGAGGAGGCTTTGTCAGGCGATTTGAACTTTGAATTCGTGGAATCAGTGAATGGATCAGCAGTACTGGTTTGAAGTTCTGAAGATAACAGCGGTGCATAAAGC
TTCTGTAGAAAGTTATAAGCTTCGCGGGGATTTTGCTTTTGGTCGACAAATTGGAGCCTTTGAAATCGAGTGAAGAAGCGTCAGGGATTTCAAGAAAATTGGTCGCTGGGAAAAACAAATAAGACTCTTTGTTAAGAAGCGTCAGGGATATGTAGAAAATTGGCCACTGGAACACCAAACCAAAGCTTTCCTAAGCGGCA
GCGATACGGATAAAATTGTCCGCTCGAACAACAAATCAAAGCTTCTGCAGAAGCGTCATGGATTTGAGTGCAGAAGCGCCATGGATTCAAAGAGAATTTGATGCTGAGACAAGAAATTAGAACCTCATCAGAGGTTTGTTTCGAGTGCATTTGCAGACAAATTAGAGCTCCAAAGTCAACCTTTAATTCTCATTCCCTGT
TTTGGAAGCACAATTTTTTCCGACAGTTCAGAGGAAGTCAGGGGAAGTTCAGGCCTCAGAAAATTACTTCGCTTTAAATTGCAGCCAGGTTCGAGTTCCACGTCGCGGCGGTTTATAATGGACGACTTGTTAGTGTGGTTTTGGGGTTATTCGAGCCTTGAACCTCATCCTAATTAGTTTATTTCGCTGAAGGACAGGGA
ATCGGGTCTTGAATGTGCGCAGGATGCTGCGACCGGGCTCGGAGAATCTCAGCCGTCAATCCGATGGGTTCCCTCGACACGCAAATCCGTAGGTCGGAGTACATGCTGCTGAACCAGGTCCCCGCCGATCTTCCTGCACGTCCCCCGCAGAATTGCGTTGCGGATTTCTTCAAAACTCGAAACATTTACCGCGCACAGCA
GCTGGAACC


>TRINITY_DN48355_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:
CGGCAAAATCGGCGGCGACAGGCACAGAGACAAATAGAAAACGCTTTCGTTGTATTATTTCTGCAATTCCAGGGGCGGCAAGTGACTTAAAATAAGGTCTGTACAGAATCGTGACGTCTTACAGGCAGCCGTTGGCAATTAGCTTTCTGGGTTTTGTTTTTGTTTGTATCAACCGTGGTTATTCGCGGTCACTAATCCCA
CGGACCCGTGTTCGAATCTCATTCCCGTTTTGGTCACCGCCTTCAGCGCTTTGCTGCAGCAGCACGAGGGTCCGGATCCTTGATTGGACGAGGCTGCTGCTTGCATTATACCCGTGGTGGCGGAAATAAAGTTGGTTTAGATTTCCTTAGGTTCTCAGTTTGCTTTTGTTTCTCGGAAGTTACATATTATTGTCGTTTGT
GATTCAATTTCACGATCTCCGAGGGGGTCGAAGCGTGAGGGCTTTTTAATTTTACAGCTTGCAGATGCCAGGAGTCGGCCCAGCGACATACAGATTAGGAGGAGGCTTTGTCAGGCGATTTGAACTTTGAATTCGTGGAATCAGTGAATGGATCAGCAGTACTGGTTTGAAGTTCTGAAGATAACAGCGGTGCATAAAGC
TTCTGTAGAAAGTTATAAGCTTCGCGGGGATTTTGCTTTTGGTCGACAAATTGGAGCCTTTGAAATCGAGGTTTGAATTTCAGTCCGTGCTTTAAGATGATCGGGTTTTGCATTTCAAAAACGTTAGGATTTGAAAAAATGGCCTCTGGAACGATAAACTAAAGCTTCTTGAGAAATCTGTTTCAAGTGATTTTGAACTC
GAGGTAAATTAAAGCATCCAATGTCGATCTTTGGAATCATTGGTTTTCGCAGTGAAGAAGCGTCAGGGATTTCAAGAAAATTGGTCGCTGGGAAAAACAAATAAGACTCTTTGGTTAGTTTTATTTCATGTGAATTTGAGCTTTGATAAATGAAAGCCTCCAAAGTCGACCTCTAATCTAAAACCAACGGCTTCTTTCAG
TTAAGAAGCGTCAGGGATATGTAGAAAATTGGCCACTGGAACACCAAACCAAAGCTTTCCTAAGCGGCAGCGATACGGATAAAATTGTCCGCTCGAACAACAAATCAAAGCTTCgtaagctttttgttttaagagaagaagctagacaaaacaaagccttcaatgtcgtcctttaaatttgatggcttttgcagTGCAGA

AGCGTCATGGATTTGAGGAAAGTCGGCCGCTGAGACAACAAAATAAAGCTTATTCACAGATTTGTTTCAAGTGAATTTGAATTTTGTCTAATTAAAGCCTTCAATGCCAACCTTTAAAATCAATGCCATTTGCAGTGCAGAAGCGCCATGGATTCAAAGAGAATTTGATGCTGAGACAAGAAATTAGAACCTCATCAGAG
GTTTGTTTCGAGTGCATTTGCAGACAAATTAGAGCTCCAAAGTCAACCTTTAATTCTCATTCCCTGTTTTGGAAGCACAATTTTTTCCGACAGTTCAGAGGAAGTCAGGGGAAGTTCAGGCCTCAGAAAATTACTTCGCTTTAAATTGCAGCCAGGTTCGAGTTCCACGTCGCGGCGGTTTATAATGGACGACTTGTTAG
TGTGGTTTTGGGGTTATTCGAGCCTTGAACCTCATCCTAATTAGTTTATTTCGCTGAAGGACAGGGAATCGGGTCTTGAATGTGCGCAGGATGCTGCGACCGGGCTCGGAGAATCTCAGCCGTCAATCCGATGGGTTCCCTCGACACGCAAATCCGTAGGTCGGAGTACATGCTGCTGAACCAGGTCCCCGCCGATCTTC
CTGCACGTCCCCCGCAGAATTGCGTTGCGGATTTCTTCAAAACTCGAAACATTTACCGCGCACAGCAGCTGGAACCACCGCTGCGTCAGCCAGTGCAGCACCATTCCCGACGCCATTCGAGCGCAGACAGGATCCTATATGAGAATGGACCCGGTGTCATTGATGACGATAGAATTGTTCACGAGGTTAGCAATCCTATT
ACTGCAGATAATGCTTCTTTCTCATCCAATAGCCACAGCAGAAATCTTTATTATGATGATCGGAGTGCCCGGGCGCCCGTTGAACACCCAATTGAAAACAAAAGCTTCCACGGGACTCCAAGAGATACAGAGTGGGCACCTCTGTACAAAAGATCGGGGCTTTATTCTGACAAGAAATCCTCATGCCGCTCGGCTGACCA
TCTGATCTCAATCGACCACGGAATACCGGCTTTTTCTTCTTCTATGAATGATGTGGCCACAATTGATGTCAGAAATCCAGCTTACTCTTCGGTAGACCTTGGGAACGCAATCGACCACCACCGAAGGCAGACCTACTCCCTAACAGAGCATGCGCTGGTTGAGCAGGTAAAGTCATCTTATTCCCTCCCTGAACATGTTG
CTGTGAACGAGCAGATGCAACTGGCTGCTTCGACCGTGGACCATGTCAGTATCCTTGGTGAATGCGGTCTTCACAGGGTTAATGCCTGGCCTGGTGAGAGGAGCTCAAGTGGAAGTAACAGTTATGGAGGGCTAGTCCATAATCCGCCATTGACTGGACTGCAGAGGGAATCCAGTGGAAGCAGCTTTGCAGACAGTCTT
CGTTCCTGGGATTTTCCCCTTACCAACCACTCGCCCAGTGTGTCTCTGAATGTTAGTGATTCTGCCTTCCTCAATGCCTTTTATGATGAAGGATATAAATATGATGATACCGGGCAGAACGGTGAGTCTAAGAAGAACTGGGCACAACAGACTGAAGAGAGTTACAATTTGCAGCTTACTCTTGCTCTTCGACTTACTGC
GGAAGCTTCATTAGCAGAGGACCTTCATTTCCTTGGCAGACACGTTCAAGCAACGCCTAATATCTCGTGTACGGGTTCTGCTAAAAAGTCAGCTGTGGCTCTATCTCATCGTTTTTGGGTAAATGGTAGCTTGTCATATTATGACAAGATTCAAGATGGGTTTTATCATATATGGGGGATGAATCCCTATGTTTGGACAA
TGTGCAATCACGTAGAAGAAAGTGGCCAGATGCCATCATTGGAATCACTGCGATCCATTGATGCAACTGATTCACCAATAGAGGTGGTTTTGATAGATAAGCAGGAGGATTCACACTGGAGGGAACTTGAGAACAAGGCACTTGGACTGGCTTATGATTGTTCTAGCACAAAAGAAGTTGTCGAACAACTTGGTAAACTT
GTTTGCATGCTGATGGGGGGGACATATTTCACTGAGCATGGAGATCTAAAGATGCGCTGGAAAGTAAATAGTAAAATGCTGAAAGAATGTCTAAAGAGCGTTGTCCTCCCCATAGGTAGTATCTCTGTGGGTTTGTGCAGGCATCGAGCTTTGCTTTTTAAGGCCCTAGCTGATGTCATTGACTTACCTTGTCGGATTGC
TCAAGGTTGCAAGTACTGTGGGATGGCTGATGGGTCATCTTGTATGGTACAATGTGGTCTTGACAGGGAATACCTGGTTGATTTAATTGGGAAACCAGGAGAATTGTGTGACTCTTACATGAATGATATAGCTTCTTTGTCAATTGCTTCACCTATGCGTCTTCCAGAGTTCAAACCCTTACATATCACGAACGAGGTTA
GATCTTTGGCTAGGCAGTATGCCTCTGATAGCAAATTATTGGGCAGTTTGTTAAACATTGCCACCTCACATCAAGTGGCAGGTGCAGGGCCAATGGAAGATAGCACTAGAGTCTCATTTACTTCCTCATCAAATCACATGGGCACTGCACCGGTGGTCTCCTCATGCATTATGTGCACACGCACTGAACCAAGTGCAGAA
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TGTGAATTCCAAATCTAATGGTGATCATCTTCTGCAGAGGTCCTTGCAAGTGAACAAGAAAGGAGATGTACATGCAAAAACTAATATTGAAGAATCCTTTGAGCACAAATGCTTGGAGGGTCACAAACACAGAATTGAACATGGGGAAACTGGCAATACAGAATGCCTTCAGGAAACGGTGTTGCAGTCCTACAAGCATA
TAGATGAGCAATCTAAGTTAAAAGACGGTCACCATAAAATCAATGACAAGAGACTTGAACAAGCTGGGGATGTGCTACAGAACAGATCAAATCTTGAGCTGTCATTGGCAATGGATGGTCTGGAAATTCCATGGGAGGATCTCATTTTGAAGGAACGGATTGGTGCTGGTTCTTTTGGAACAGTGCATCGTGCTGACTGG
CATGGATCAGATGTTGCAGTGAAGATTCTCGTAGATCAAGAAATATACGAAGAACGACTCAAGGAGTTTCTTAGAGAG



Intron 7 GTACGTTTTG ... TAATGTATAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A576.47245
A668.181123
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>TRINITY_DN45079_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform
TATAGTGTTTTTGACACAATTGTGGAAGCATACTCTTGAAGCAATAGATTCGAGAGAATTGGTTAGTGCAGCACAGATGTGCTTGTTGTACACTGTTCTCTTTGTTAGGAAATGTCTGCCTTTGCAGATGTGGAGTTGCAGGGGGCTTTGAGTGTCATTGCGGTTGACTTTGGGGTTCTGTCTCCTCGTGCTTCAGAGAG
GATATTGAACTGCAAAACAACACCCCAGTTGTTTCTTTTGGCAGTATTGATTTTGGATCATTGGCCACATATCTGTGAGTACAATGTGGTTGTCTTCAACTAACTATTAAATTTGAACAATATAATCATTTACAACTAGAAGAATGTAGAAATCCTTCTAAACATTATGCATTTCTTGAAAGAAATGTTGCCAATGATCC
TAGAAAGTACAGTAAAGGGAATACATGTTCATAAGCTAACAACAGCTCCGAATTGAGTTTCTCCAGATGCCCGCAATAGTGTTTGTTTATTTGCAGCGCTATAGATATATGGCTAATTTTCTGATAAATTGGCCTATATTTCTAAACTAGAATGATTTATTGCATATGGAGTGTTTTAATTGGCGTTAAATACATCTGGC
TAGCATTCAGGTTTCACTTGTTTGGTGAGAGTATTGATTACTTAGTTGCAAAGGTCTGTATGTGCATCTAGTAGAAGATTAAGATATCTGCATCTGGAAGGAAAGGAATTCACAATTTTGTTTAACTCAGTCATGTTAAAATAATGAAGTGGTCTTTTGACACTCTAAACAAACATTGAGCAAAC


>TRINITY_DN45079_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:
TGTGGGTTTCACATTAATTTTTAAGAAAATAAAGGACTGAAAGAAAGGATAGTTAAGATTATAAAGCATGTGTTGTCTGGAGAAAGTTAGTGAAAGTCAAATCTGCAAGGAGTGATCACAAGGCTACAATAGTAGAGCATTATAAGGGTGTATAGTGATGTGATTTCTAGTATATCAAGGGGGGAACTATCGGGGCTAGG
TGTAGTCTTACTGTGCATTAACAATGCAGGGGGTTGATCTGATTCAGGTTTTATCTTCAACCAAAAATGTTGTCAGTAGAGTTTATAACAATACACAAATCAACATTTAATCAGATGGGAGTCTGAGTTGGACTGTGTTCATTCTTTTATTTTCTCCCCTTCAAAAGCTTTATGCCCATTTTCAAATGAAGACAACTGTT
AGCTAGTAATGACTGTATGTTCATCATATTTGTGGAAAATATTTTAGGTTTCTATCATGAAACGATTGCGACATCCGAATGTTGTTCTTTTCATGGGCGCTGTAACAAAGCATCCCAACTTGTCAATAGTGACCGAGTATTTACCAAGGTACCGTCACATTGTAATTTTCTTTATTGCCTTTTCACCACTGAAGACTGCA
TTATTTAATCTATCATTATCTTTATTAATTGCCACACTGTGTCTGGATTAGGGGTAGCTTGTACCGTATTATTCATAGAGCAGGTGCAAGGGAGTTGCTGGATGAAAGACGTCGCTTACGTATGGCACTTGATGTGGCCAAGGGAATAAATTATTTGCATCGGCTTAACCCTCCCATTGTTCATCGAGATCTAAAGTCTC
CAAATTTGCTGGTTGACAAGACATGGACAGTGAAGGTTTGTGATTTTGGCTTATCACGATTCAAGGCAAACACATTCATTTCCTCCAAGTCTGCAGCTGGAACGCCCGAATGGATGGCTCCTGAAGTACTCCGTGATGAGCCATCAAATGAGAAATCTGATGTCTATAGTTTTGGTGTAATTCTGTGGGAGCTTGTCACT
ATGCAACAACCATGGAGTGGCTTAAGTCCAGCACAGGTTGTTGGAGCTGTTGGCTTTCAAAACAGAAGGCTTCAGATTCCAAAAGATGTTAAGCCCGAGATAGCTGCTATAATTGAGTCTTGCTGGGCCAATGATCCACGGAAGCGGCCATCATTTGCAAGTATTATGGAATTGTTGAAGCCTTTAGTAAAACCTCCAAC
CTCACAACCAATCCGAGGGGTAACGCTGCCGCCATCTTGAAAGATGTTCTCATGAAAGATACCAAAAATCTGCTTACGTACTGTCTGAAATTGATGCTTTTGCTGATATTTGTTTTGTGAAGATAACTCCAGTGTACATTACGACTCTTCATAGATCTATAGTGTTTTTGACACAATTgtacgttttgaggtggatatat
attgacgaattgcaatgatctcatagcttaacccagtcgacccaaaaatgtaaaatacatattatattacttattcttttggccttgtgctcattgtaatgtatagGTGGAAGCATACTCTTGAAGCAATAGATTCGAGAGAATTGGTTAGTGCAGCACAGATGTGCTTGTTGTACACTGTTCTCTTTGTTAGGAAATGT
CTGCCTTTGCAGATGTGGAGTTGCAGGGGGCTTTGAGTGTCATTGCGGTTGACTTTGGGGTTCTGTCTCCTCGTGCTTCAGAGAGGATATTGAACTGCAAAACAACACCCCAGTTGTTTCTTTTGGCAGTATTGATTTTGGATCATTGGCCACATATCTGTGAGTACAATGTGGTTGTCTTCAACTAACTATTAAATTTG
AACAATATAATCATTTACAACTAGAAGAATGTAGAAATCCTTCTAAACATTATGCATTTCTTGAAAGAAATGTTGCCAATGATCCTAGAAAGTACAGTAAAGGGAATACATGTTCATAAGCTAACAACAGCTCCGAATTGAGTTTCTCCAGATGCCCGCAATAGTGTTTGTTTATTTGCAGCGCTATAGATATATGGCTA
ATTTTCTGATAAATTGGCCTATATTTCTAAACTAGAATGATTTATTGCATATGGAGTGTTTTAATTGGCGTTAAATACATCTGGCTAGCATTCAGGTTTCACTTGTTTGGTGAGAGTATTGATTACTTAGTTGCAAAGGTCTGTATGTGCATCTAGTAGAAGATTAAGATATCTGCATCTGGAAGGAAAGGAATTCACAA
TTTTGTTTAACTCAGTCATGTTAAAATAATGAAGTGGTCTTTTGACACTCTAAACAAACATTGAGCAAAC



Intron 8 GTACCGTCAC ... TCTGGATTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A114.71585.510
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A1037.139423



>TRINITY_DN48355_c0_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoform
CGGCAAAATCGGCGGCGACAGGCACAGAGACAAATAGAAAACGCTTTCGTTGTATTATTTCTGCAATTCCAGGGGCGGCAAGTGACTTAAAATAAGGTCTGTACAGAATCGTGACGTCTTACAGGCAGCCGTTGGCAATTAGCTTTCTGGGTTTTGTTTTTGTTTGTATCAACCGTGGTTATTCGCGGTCACTAATCCCA
CGGACCCGTGTTCGAATCTCATTCCCGTTTTGGTCACCGCCTTCAGCGCTTTGCTGCAGCAGCACGAGGGTCCGGATCCTTGATTGGACGAGGCTGCTGCTTGCATTATACCCGTGGTGGCGGAAATAAAGTTGGTTTAGATTTCCTTAGGTTCTCAGTTTGCTTTTGTTTCTCGGAAGTTACATATTATTGTCGTTTGT
GATTCAATTTCACGATCTCCGAGGGGGTCGAAGCGTGAGGGCTTTTTAATTTTACAGCTTGCAGATGCCAGGAGTCGGCCCAGCGACATACAGATTAGGAGGAGGCTTTGTCAGGCGATTTGAACTTTGAATTCGTGGAATCAGTGAATGGATCAGCAGTACTGGTTTGAAGTTCTGAAGATAACAGCGGTGCATAAAGC
TTCTGTAGAAAGTTATAAGCTTCGCGGGGATTTTGCTTTTGGTCGACAAATTGGAGCCTTTGAAATCGAGGTTTGAATTTCAGTCCGTGCTTTAAGATGATCGGGTTTTGCATTTCAAAAACGTTAGGATTTGAAAAAATGGCCTCTGGAACGATAAACTAAAGCTTCTTGAGAAATCTGTTTCAAGTGATTTTGAACTC
GAGGTAAATTAAAGCATCCAATGTCGATCTTTGGAATCATTGGTTTTCGCAGTGAAGAAGCGTCAGGGATTTCAAGAAAATTGGTCGCTGGGAAAAACAAATAAGACTCTTTGGTTAGTTTTATTTCATGTGAATTTGAGCTTTGATAAATGAAAGCCTCCAAAGTCGACCTCTAATCTAAAACCAACGGCTTCTTTCAG
TTAAGAAGCGTCAGGGATATGTAGAAAATTGGCCACTGGAACACCAAACCAAAGCTTTCCTAAGCGGCAGCGATACGGATAAAATTGTCCGCTCGAACAACAAATCAAAGCTTCGTAAGCTTTTTGTTTTAAGAGAAGAAGCTAGACAAAACAAAGCCTTCAATGTCGTCCTTTAAATTTGATGGCTTTTGCAGTGCAGA
AGCGTCATGGATTTGAGGAAAGTCGGCCGCTGAGACAACAAAATAAAGCTTATTCACAGATTTGTTTCAAGTGAATTTGAATTTTGTCTAATTAAAGCCTTCAATGCCAACCTTTAAAATCAATGCCATTTGCAGTGCAGAAGCGCCATGGATTCAAAGAGAATTTGATGCTGAGACAAGAAATTAGAACCTCATCAGAG
GTTTGTTTCGAGTGCATTTGCAGACAAATTAGAGCTCCAAAGTCAACCTTTAATTCTCATTCCCTGTTTTGGAAGCACAATTTTTTCCGACAGTTCAGAGGAAGTCAGGGGAAGTTCAGGCCTCAGAAAATTACTTCGCTTTAAATTGCAGCCAGGTTCGAGTTCCACGTCGCGGCGGTTTATAATGGACGACTTGTTAG
TGTGGTTTTGGGGTTATTCGAGCCTTGAACCTCATCCTAATTAGTTTATTTCGCTGAAGGACAGGGAATCGGGTCTTGAATGTGCGCAGGATGCTGCGACCGGGCTCGGAGAATCTCAGCCGTCAATCCGATGGGTTCCCTCGACACGCAAATCCGTAGGTCGGAGTACATGCTGCTGAACCAGGTCCCCGCCGATCTTC
CTGCACGTCCCCCGCAGAATTGCGTTGCGGATTTCTTCAAAACTCGAAACATTTACCGCGCACAGCAGCTGGAACCACCGCTGCGTCAGCCAGTGCAGCACCATTCCCGACGCCATTCGAGCGCAGACAGGATCCTATATGAGAATGGACCCGGTGTCATTGATGACGATAGAATTGTTCACGAGGTTAGCAATCCTATT
ACTGCAGATAATGCTTCTTTCTCATCCAATAGCCACAGCAGAAATCTTTATTATGATGATCGGAGTGCCCGGGCGCCCGTTGAACACCCAATTGAAAACAAAAGCTTCCACGGGACTCCAAGAGATACAGAGTGGGCACCTCTGTACAAAAGATCGGGGCTTTATTCTGACAAGAAATCCTCATGCCGCTCGGCTGACCA
TCTGATCTCAATCGACCACGGAATACCGGCTTTTTCTTCTTCTATGAATGATGTGGCCACAATTGATGTCAGAAATCCAGCTTACTCTTCGGTAGACCTTGGGAACGCAATCGACCACCACCGAAGGCAGACCTACTCCCTAACAGAGCATGCGCTGGTTGAGCAGGTAAAGTCATCTTATTCCCTCCCTGAACATGTTG
CTGTGAACGAGCAGATGCAACTGGCTGCTTCGACCGTGGACCATGTCAGTATCCTTGGTGAATGCGGTCTTCACAGGGTTAATGCCTGGCCTGGTGAGAGGAGCTCAAGTGGAAGTAACAGTTATGGAGGGCTAGTCCATAATCCGCCATTGACTGGACTGCAGAGGGAATCCAGTGGAAGCAGCTTTGCAGACAGTCTT
CGTTCCTGGGATTTTCCCCTTACCAACCACTCGCCCAGTGTGTCTCTGAATGTTAGTGATTCTGCCTTCCTCAATGCCTTTTATGATGAAGGATATAAATATGATGATACCGGGCAGAACGGTGAGTCTAAGAAGAACTGGGCACAACAGACTGAAGAGAGTTACAATTTGCAGCTTACTCTTGCTCTTCGACTTACTGC
GGAAGCTTCATTAGCAGAGGACCTTCATTTCCTTGGCAGACACGTTCAAGCAACGCCTAATATCTCGTGTACGGGTTCTGCTAAAAAGTCAGCTGTGGCTCTATCTCATCGTTTTTGGGTAAATGGTAGCTTGTCATATTATGACAAGATTCAAGATGGGTTTTATCATATATGGGGGATGAATCCCTATGTTTGGACAA
TGTGCAATCACGTAGAAGAAAGTGGCCAGATGCCATCATTGGAATCACTGCGATCCATTGATGCAACTGATTCACCAATAGAGGTGGTTTTGATAGATAAGCAGGAGGATTCACACTGGAGGGAACTTGAGAACAAGGCACTTGGACTGGCTTATGATTGTTCTAGCACAAAAGAAGTTGTCGAACAACTTGGTAAACTT
GTTTGCATGCTGATGGGGGGGACATATTTCACTGAGCATGGAGATCTAAAGATGCGCTGGAAAGTAAATAGTAAAATGCTGAAAGAATGTCTAAAGAGCGTTGTCCTCCCCATAGGTAGTATCTCTGTGGGTTTGTGCAGGCATCGAGCTTTGCTTTTTAAGGCCCTAGCTGATGTCATTGACTTACCTTGTCGGATTGC
TCAAGGTTGCAAGTACTGTGGGATGGCTGATGGGTCATCTTGTATGGTACAATGTGGTCTTGACAGGGAATACCTGGTTGATTTAATTGGGAAACCAGGAGAATTGTGTGACTCTTACATGAATGATATAGCTTCTTTGTCAATTGCTTCACCTATGCGTCTTCCAGAGTTCAAACCCTTACATATCACGAACGAGGTTA
GATCTTTGGCTAGGCAGTATGCCTCTGATAGCAAATTATTGGGCAGTTTGTTAAACATTACCACCTCACATCAAGTGGCAGGGCCAATGGAAGATAGCACTAGAGTCTCATTTACTTCCTCATCAAATCACATGGGCACTGCACCGGTGGTCTCCTCATGCATTATGTGCACACGCACTGAACCAAGTGCAGAATGTTCT
TATACTGCCAATTTTGCGGGCAACATGCCAGTGCAGAATGTTGCATTTCAATGTTTGAAGGAAGAGTTGAGAGGGACAGTGGATACAAATCAGGTTACCCATGAATGCATAATTCCCACTGACATAAATGGCACAAAATATCAGAATCTACCAGATCTGTCTGTAAATCTGGGTGGAGTGAAAGCGAACATACATGTGAA
TTCCAAATCTAATGGTGATCATCTTCTGCAGAGGTCCTTGCAAGTGAACAAGAAAGGAGATGTACATGCAAAAACTAATATTGAAGAATCCTTTGAGCACAAATGCTTGGAGGGTCACAAACACAGAATTGAACATGGGGAAACTGGCAATACAGAATGCCTTCAGGAAACGGTGTTGCAGTCCTACAAGCATATAGATG
AGCAATCTAAGTTAAAAGACGGTCACCATAAAATCAATGACAAGAGACTTGAACAAGCTGGGGATGTGCTACAGAACAGATCAAATCTTGAGCTGTCATTGGCAATGGATGGTCTGGAAATTCCATGGGAGGATCTCATTTTGAAGGAACGGATTGGTGCTGGTTCTTTTGGAACAGTGCATCGTGCTGACTGGCATGGA
TCAGATGTTGCAGTGAAGATTCTCGTAGATCAAGAAATATACGAAGAACGACTCAAGGAGTTTCTTAGAGAGGTTTCTATCATGAAACGATTGCGACATCCGAATGTTGTTCTTTTCATGGGCGCTGTAACAAAGCATCCCAACTTGTCAATAGTGACCGAGTATTTACCAAGGGGTAGCTTGTACCGTATTATTCATAG
AGCAGGTGCAAGGGAGTTGCTGGATGAAAGACGTCGCTTACGTATGGCACTTGATGTGGCCAAGGGAATAAATTATTTGCATCGGCTTAACCCTCCCATTGTTCATCGAGATCTAAAGTCTCCAAATTTGCTGGTTGACAAGACATGGACAGTGAAGGTTTGTGATTTTGGCTTATCACGATTCAAGGCAAACACATTCA
TTTCCTCCAAGTCTGCAGCTGGAACGCCCGAATGGATGGCTCCTGAAGTACTCCGTGATGAGCCATCAAATGAGAAATCTGATGTCTATAGTTTTGGTGTAATTCTGTGGGAGCTTGTCACTATGCAACAACCATGGAGTGGCTTAAGTCCAGCACAGGTTGTTGGAGCTGTTGGCTTTCAAAACAGGAGGCTTCCAATT
CCAGAAGATATGAATCCCACGATAGCTTCTATAATAGAATCTTGTTGGGCTAATGACCCAAGACAGCGGTTATCATTTTCAAGCATTATGGGTTCTTTGAAGCCATTGGTAACCACAAAACCTCCATCCACACAACCCATACATGGCATGGATACGTCACTCTCATAAGGGATACACATGTCGAGGACATGTTTTTTTCC
TTGATTATACTATCTGCAGGTTGTTTTCCTTTCTGACAGTTGGTAGTAGAATAGATCGAGATATTGGATTTGAAGACAATGATAGTTTATTTTGAGGTGGATAGCTTCTTGAAGTGCAGTAGCTTGTGTATTCGATAAAAGCATAGCAGAAAATGTAAATTAAAAAATCTATTTATTCTTTTGAACCATCTTCCGGATAT
TTACCAAGTGTACTCTGTATATATGGGAGTTCATACTATTGAAAGAACGGATTCAAGAGTGTTGGCTTGTTAGTTCAGAAACAACATGGAAGCTTTCATTACTTTTCTTTAAATTGTGATTAATATGGCTTTAAATTTAAAAAAAAAAGGTTATATTTGAAGCCTTTCTGGATTGTGTTTAGCTTAATTTCTTGAAGGTG
C


>TRINITY_DN48355_c0_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:
GCAGGGCCAATGGAAGATAGCACTAGAGTCTCATTTACTTCCTCATCAAATCACATGGGCACTGCACCGGTGGTCTCCTCATGCATTATGTGCACACGCACTGAACCAAGTGCAGAATGTTCTTATACTGCCAATTTTGCGGGCAACATGCCAGTGCAGAATGTTGCATTTCAATGTTTGAAGGAAGAGTTGAGAGGGAC
AGTGGATACAAATCAGGTTACCCATGAATGCATAATTCCCACTGACATAAATGGCACAAAATATCAGAATCTACCAGATCTGTCTGTAAATCTGGGTGGAGTGAAAGCGAACATACATGTGAATTCCAAATCTAATGGTGATCATCTTCTGCAGAGGTCCTTGCAAGTGAACAAGAAAGGAGATGTACATGCAAAAACTA
ATATTGAAGAATCCTTTGAGCACAAATGCTTGGAGGGTCACAAACACAGAATTGAACATGGGGAAACTGGCAATACAGAATGCCTTCAGGAAACGGTGTTGCAGTCCTACAAGCATATAGATGAGCAATCTAAGTTAAAAGACGGTCACCATAAAATCAATGACAAGAGACTTGAACAAGCTGGGGATGTGCTACAGAAC
AGATCAAATCTTGAGCTGTCATTGGCAATGGATGGTCTGGAAATTCCATGGGAGGATCTCATTTTGAAGGAACGGATTGGTGCTGGTTCTTTTGGAACAGTGCATCGTGCTGACTGGCATGGATCAGATGTTGCAGTGAAGATTCTCGTAGATCAAGAAATATACGAAGAACGACTCAAGGAGTTTCTTAGAGAGGTTTC
TATCATGAAACGATTGCGACATCCGAATGTTGTTCTTTTCATGGGCGCTGTAACAAAGCATCCCAACTTGTCAATAGTGACCGAGTATTTACCAAGgtaccgtgacattgtaattttctttattgccttttcaccactgaagactgcattatttaatctatcattatctttattaattgccacactgtgtctggattagG
GGTAGCTTGTACCGTATTATTCATAGAGCAGGTGCAAGGGAGTTGCTGGATGAAAGACGTCGCTTACGTATGGCACTTGATGTGGCCAAGGGAATAAATTATTTGCATCGGCTTAACCCTCCCATTGTTCATCGAGATCTAAAGTCTCCAAATTTGCTGGTTGACAAGACATGGACAGTGAAGGTTTGTGATTTTGGCTT
ATCACGATTCAAGGCAAACACATTCATTTCCTCCAAGTCTGCAGCTGGAACGCCCGAATGGATGGCTCCTGAAGTACTCCGTGATGAGCCATCAAATGAGAAATCTGATGTCTATAGTTTTGGTGTAATTCTGTGGGAGCTTGTCACTATGCAACAACCATGGAGTGGCTTAAGTCCAGCACAGGTTGTTGGAGCTGTTG
GCTTTCAAAACAGGAGGCTTCCAATTCCAGAAGATATGAATCCCACGATAGCTTCTATAATAGAATCTTGTTGGGCTAATGACCCAAGACAGCGGTTATCATTTTCAAGCATTATGGGTTCTTTGAAGCCATTGGTAACCACAAAACCTCCATCCACACAACCCATACATGGCATGGATACGTCACTCTCATAAGGGATA
CACATGTCGAGGACATGTTTTTTTCCTTGATTATACTATCTGCAGGTTGTTTTCCTTTCTGACAGTTGGTAGTAGAATAGATCGAGATATTGGATTTGAAGACAATGATAGTTTATTTTGAGGTGGATAGCTTCTTGAAGTGCAGTAGCTTGTGTATTCGATAAAAGCATAGCAGAAAATGTAAATTAAAAAATCTATTT
ATTCTTTTGAACCATCTTCCGGATATTTACCAAGTGTACTCTGTATATATGGGAGTTCATACTATTGAAAGAACGGATTCAAGAGTGTTGGCTTGTTAGTTCAGAAACAACATGGAAGCTTTCATTACTTTTCTTTAAATTGTGATTAATATGGCTTTAAATTTAAAAAAAAAAGGTTATATTTGAAGCCTTTCTGGATT
GTGTTTAGCTTAATTTCTTGAAGGTGC



Intron 9 GTAAAGAGCT ... CTGTTTGCAG

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A1022.2242012



>TRINITY_DN45079_c0_g1_i8 from sample A8 / Example spliced isoform
TGTGGGTTTCACATTAATTTTTAAGAAAATAAAGGACTGAAAGAAAGGATAGTTAAGATTATAAAGCATGTGTTGTCTGGAGAAAGTTAGTGAAAGTCAAATCTGCAAGGAGTGATCACAAGGCTACAATAGTAGAGCATTATAAGGGTGTATAGTGATGTGATTTCTAGTATATCAAGGGGGGAACTATCGGGGCTAGG
TGTAGTCTTACTGTGCATTAACAATGCAGGGGGTTGATCTGATTCAGGTTTTATCTTCAACCAAAAATGTTGTCAGTAGAGTTTATAACAATACACAAATCAACATTTAATCAGATGGGAGTCTGAGTTGGACTGTGTTCATTCTTTTATTTTCTCCCCTTCAAAAGCTTTATGCCCATTTTCAAATGAAGACAACTGTT
AGCTAGTAATGACTGTATGTTCATCATATTTGTGGAAAATATTTTAGGTTTCTATCATGAAACGATTGCGACATCCGAATGTTGTTCTTTTCATGGGCGCTGTAACAAAGCATCCCAACTTGTCAATAGTGACCGAGTATTTACCAAGGTACCGTCACATTGTAATTTTCTTTATTGCCTTTTCACCACTGAAGACTGCA
TTATTTAATCTATCATTATCTTTATTAATTGCCACACTGTGTCTGGATTAGGGGTAGCTTGTACCGTATTATTCATAGAGCAGGTGCAAGGGAGTTGCTGGATGAAAGACGTCGCTTACGTATGGCACTTGATGTGGCCAAGGGAATAAATTATTTGCATCGGCTTAACCCTCCCATTGTTCATCGAGATCTAAAGTCTC
CAAATTTGCTGGTTGACAAGACATGGACAGTGAAGGTTTGTGATTTTGGCTTATCACGATTCAAGGCAAACACATTCATTTCCTCCAAGTCTGCAGCTGGAACGCCCGAATGGATGGCTCCTGAAGTACTCCGTGATGAGCCATCAAATGAGAAATCTGATGTCTATAGTTTTGGTGTAATTCTGTGGGAGCTTGTCACT
ATGCAACAACCATGGAGTGGCTTAAGTCCAGCACAGGTTGTTGGAGCTGTTGGCTTTCAAAACAGGAGGCTTCCAATTCCAGAAGATATGAATCCCACGATAGCTTCTTTAATAGAATCTTGTTGGGCTAATGACCCAAGACAGCGGTTATCATTTTCAAGCATTATGGGTTCTTTGAAGCCATTGGTAACCACAAAACC
TCCATCCACACAACCCATACATGGCATGGATACGTCACTCTCATAAGGGATACACATGTCGAGGACATGTTTTTTTCCTTGATTATACTATCTGCAGGTTGTTTTCCTTTCTGACAGTTGGTAGTAGAATAGATCGAGATATTGGATTTGAAGACAATGATAGTTTATTTTGAGGTGGATAGCTTCTTGAAGTGCAGTAG
CTTGTGTATTCGATAAAAGCATAGCAGAAAATGTAAATTAAAAAATCTATTTATTCTTTTGAACCATCTTCCGGATATTTTCCAAGTGTACTCTGTATATATGGGAGTTCATACTATTGAAAGAACGGATTCAAGAGTGTTGGCTTGTTAGTTCAGAAACAACATGGAAGCTTTCATTACTTTTCTTTAAATTGTGATTA
GTATGGCTTTAAATTTAAAAAAAAAGGTTATATTTCAAGCCTTTCTGGATTGTGTTTAGCTTAATTTCTTGAAGGTGTATGATAACTGTAATTTTTGGTATTCTTGATTCATGACTTAAATTGGTTGGATTAGTCTCAAATCCATTAAATGTGAAAAGTGCCTGTTCATTTTGAATTGTAGGTATCAAAGTCAAATGAGC
AGGTGCATTTTGTTCAGTTATTTGAAATACACCTTGATAGAAATAATTTTTTTGTTAG


>TRINITY_DN45079_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:
GTAGAATAGATCGAGgtaaagagctcagttcattacactctcatgtcaattgccttattttaagaatgcagttttactgatcatagctttgaatcctttgtataactgatttccattcttttgtggagattaggcatttatttttggtctgtctttaaaagcataagcatacttatatctgtactgcattctagattcca
ttgttttctttgctaacatatatcttctgtttgcagATATTGGATTTGAAGACAATGATAGTTTATTTTGAGGTGGATAGCTTCTTGAAGTGCAGTAGCTTGTGTATTCGATAAAAGCATAGCAGAAAATGTAAATTAAAAAATCTATTTATTCTTTTGAACCATCTTCCGGATATTTTCCAAGTGTACTCTGTATATAT
GGGAGTTCATACTATTGAAAGAACGGATTCAAGAGTGTTGGCTTGTTAGTTCAGAAACAACATGGAAGCTTTCATTACTTTTCTTTAAATTGTGATTAGTATGGCTTTAAATTTAAAAAAAAAGGTTATATTTCAAGCCTTTCTGGATTGTGTTTAGCTTAATTTCTTGAAGGTGTATGATAACTGTAATTTTTGGTATT
CTTGATTCATGACTTAAATTGGTTGGATTAGTCTCAAATCCATTAAATGTGAAAAGTGCCTGTTCATTTTGAATTGTAGGTATCAAAGTCAAATGAGCAGGTGCATTTTGTTCAGTTATTTGAAATACACCTTGATAGAAATAATTTTTTTGTTAG



Intron 10 GTAAGATAAT ... TTATTTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN112425_c0_g1_i9 from sample A5 / Example spliced isoform
TGTATTTGCGTCAGGCCACGGCAAAATCGGCGGCGACAGGCACAGAGACAAATAGAAAACGCTTTCGTTGTATTATTTCTGCAATTCCAGGGGCGGCAAGTGACTTAAAATAAGGTCTGTACAGAATCGTGACGTCTTACAGGCAGCCGTTGGCAATTAGCTTTCTGGGTTTTGTTTTTGATTGTATCATCCGTGGTTAT
TCGCGGTCACTAATCCCACGGACCCGTGTTCGAATCTCATTCCCGTTTTGGTCACCGCCTTCAGCGCTTTGCTGCAGCAGCACGAGGGTCCGGATCCTTGATTGGACGAGGCTGCTGCTTGCATTATACCCGTGGTGGCGGAAATAAAGTTGGTTTAGATTTCCTTAGGTTCTCAGTTTGCTTTTGTTTCTCGGAAGTTA
CATATTATTGTCGTTTGTGATTCAATTTCACGATCTCCGAGGGGGTCGAAGCGTGAGGGCTTTTTAATTTTACAGCTTGCAAATGCTAGGAGTCGGCCCAGCTACATACAGATTAGGAGGAGGCTTTGTCAGGCGATTTGAACTTTGAATTCGTGGAATCAGTGAATGGATCAGCAGTACTGGTTTGAAGTTCTGAAGAT
AACAGCGGTGCATAAAGCTTCTGTAGAAAGTTATAAGCTTCGCGGGGATTTTGCTTTTGGTCGACAAATTGGAGCCTTTGAAATCGAGTGAAGAAGCGTCAGGGATTTCAAGAAAATTGGTCGCTGGGAAAAACAAATAAGACTCTTTGTTAAGAAGCGTCAGGGATATGTAGAAAATTGGCCACTGGAACACCAAACCA
AAGCTTTCCTAAGCGGCAGCGATACGGATAAAATTGTCCGCTCGAACAACAAATCAAAGCTTCGTAAGCTTTTTGTTTTAAGAGAAGAAGCTAGACAAAACAAAGCCTTCAATGTCGTCCTTTAAATTTGATGGCTTTTGCAGTGCAGAAGCGTCATGGATTTGAGGAAAGTCGGCCGCCGAGACAGCAAAATAAAGCTT
ATTCACAGATTTGTTTCAAGTGAATTTGAATTTTGTCTAATTAAAGCCTTCAATGCCAACCTTTAAAATCAATGCCATTTGCAGTGCAGAAGCGCCATGGATTCAAAGAGAATTTGATGCTGAGACAAGAAATTAGAACTTCATCAGAGGTTTGTTTCGAGTGCATTTGCAGACAAATTAGAGCTCCAAAGTCAACCTTT
AATTCTCAGTCCCTGTTTTGGAAGCACAATTTTTTCCGACAGTTCAGAGGAAGTCAGGGGAAGTTCAGGCCTCAGAAAATTACTTCGCTTTAAATTGCAGCCAGGTTCGAGTTCCACGTCGCGGCGGTTTATAATGGACGACTTGTTAGTGTGGTTTTGGGGTTATTCGAGCCTTGAACCTCATCCTAATTAGTTTATTT
CGCTGAAGGACAGGGAATCGGGTCTTGAATGTGCGCAGGATGCTGCGACCGGGCTCGGAGAATCTCAGCCGTCAATCCGATGGGTTCCCTCGACACGCAAATCCGTAGGTCGGAGTACATGCTGCTGAACCAGGTCCCCGCCGATCTTCCTGCACGTCCCCCGCAGAATTGCGTTGCGGATTTCTTCAAAACTCGAAACA
TTTACCGCGCACAGCAGCTGGAACCACCGCTGCGTCAGCCAGTGCAGCACCATTCCCGACGCCATTCGAGCGCAGACAGGATCCTATATGAGAATGGACCCGGTGTCATTGATGACGATAGAATTGTTCACGAGGTTAGCAATCCTATTACTGCAGATAATGCTTCTTTCTCATCCAATAGCCACAGCAGAAATCTTTAT
TATGATGATCGGAGTGCCCGGGCGCCCGTTGAACACCCAATTGAAAACCAAAGCTTCCACGGGACTCCAAGAGATACAGAGTGGGCACCTCTGTACAAAAGATCGGGGCTTTATTCTGACAAGAAATCCTCATGCCGCTCGGCTGACCATCTGATCTCAATCGACCACGGAATACCGGCTTTTTCTTCTTCTATGAATGA
TGTGGCCACAATTGATGTCAGAAATCCAGCTTACTCTTCGGTAGACCTTGGGAACGCAATCGACCACCACCGAAGGCAGACCTACTCCCTAACAGAGCATGCGCTGGTTGAGCAGGTAAAGTCATCTTATTCCCTCCCTGAACATGTTGCTGTGAACGAGCAGATGCAACTGGCTGCTTCGACCGTGGACCATGTCAGTA
TCCTTGGTGAATGCGGTCTTCACAGGGTTAATGCCTGGCCTGGTGAGAGGAGCTCAAGTGGAAGTAACAGTTATGGAGGGCTAGTCCATAATCCGCCATTGACTGGACTGCAGAGGGAATCCAGTGGAAGCAGCTTTGCAGACAGTCTTCGTTCTTGGGATTTTCCCCTTACCAACCACTCGCCCAGTGTGTCTCTGAAT
GTTAGTGATTCTGCCTTCCTCAATGCCTTTTATGATGAAGGATATAAATATGATGATACCGGGCAGAACGGTGAGTCTAAGAAGAACTGGGCACAACAGACTGAAGAGAGTTACAATTTGCAGCTTACTCTTGCTCTTCGACTTACTGCGGAAGCTTCATTAGCAGAGGACCTTCATTTCCTTGGCAGACACGTTCAAGC
AACGCCTAATATCTCGTGTACGGGTTCTGCTAAAAAGTCAGCTGTGGCTCTATCTCATCGTTTTTGGGTAAATGGTAGCTTGTCATATTATGACAAGATTCAAGATGGGTTTCATCATATATGGGGGATGAATCCCTATGTTTGGACAATGTGCAATCACGTAGAAGAAAGTGGCCAGATGCCATCATTGGAATCACTGC
GATCCGTTGATGCAACTGATTCACCAATAGAGGTGGTTTTGATAGATAAGCAGGAGGATTCACACTGGAGGGAACTTGAGAACAAGGCACTTGGACTGGCTTATGATTGTTCTAGCACAAAAGAAGTTGTCGAACAACTTGGTAAACTTGTTTGCATGCTGATGGGGGGGACATATTTCACTGAGCATGGAGATCTAAAG
ATGCGCTGGAAAGTAAATAGTAAAATGCTGAAAGAATGTCTAAAGAGCGTTGTCCTCCCCATAGGTAGTATCTCTGTGGGTTTGTGCAGGCATCGAGCTTTGCTTTTTAAGGCCCTAGCCGATGTCATTGACTTACCTTGTCGGATTGCTCAAGGTTGCAAGTACTGTGGGATGGCTGATGGGTCATCTTGTATGGTACA
ATGTGGTCTTGACAGGGAATACCTGGTTGATTTAATTGGGAAACCAGGAGAATTGTGTGACTCTTACATGAATGATATAGCTTCTTTGTCAATTGCTTCACCTATGCGTCTTCCAGAGTTCAAACCCTTACATATCACGAACGAGGTTAGATCTTTGGCTAGGCAGTATGCCTCTGATAGCAAATTATTGGGCAGTTTGT
TAAACATTGCCACCTCACATCAAGTGGCAGGTGCAGGGCCAATGGAAGATAGCACTAGAGTCTCATTTACTTCCTCATCAAATCACATGGGCACTGCACCGGTGGTCTCCTCATGCATTATGTGCACACGCACTGAACCAAGTGCAGAATGTTCTTATACTGCCAATTTTGCGGGCAACATGCCAGTGCAGAATGTTGCA
TTTCAATGTTTGAAGGAAGAGTTGAGAGGGACAGTGGATACAAATCAGGTTACCCATGAATGCATAATTCCCACTGACATAAATGGCACAAAATATCAGAATCTACCAGATCTGTCTGTAAATCTGGGTGGAGTGAAAGCGAACATACATGTGAATTCCAAATCTAATGGTGATCATCTTCTGCAGAGGTCCTTGCAAGT
GAACAAGAAAGAAGATGTACATGCAAAAACTAATATTGAAGAATCCTTTGAGCACAAATGCTTGGAGGGTCACAAACACAGAATTGAACATGGGGAAACTGGCAATACAGAATGCCTTCAGGAAACGGTGTTGCAGTCCTACAAGCATATAGATGAGCAATCTAAGTTAAAAGACGGTCACCATAAAATCAATGACAAGA
GACTTGAACAAGCTGGGGATGTGCTACAGAACAGATCAAATCTTGAGCTGTCATTGGCAATGGATGGTCTGGAAATTCCATGGGAGGATCTCATTTTGAAGGAACGGATTGGTGCTGGTTCTTTTGGAACAGTGCATCGTGCTGACTGGCATGGATCAGATGTTGCAGTGAAGATTCTCGTAGATCAAGAAATATACGAA
GAACGACTCAAGGAGTTTCTTAGAGAGGTTTCTATCATGAAACGATTGCGACATCCGAATGTTGTTCTTTTCATGGGCGCTGTAACAAAGCATCCCAACTTGTCAATAGTGACCGAGTATTTACCAAGGGGTAGCTTGTACCGTATTATTCATAGAGCAGGTGCAAGGGAGTTGCTGGATGAAAGACGTCGCTTACGTAT
GGCACTTGATGTGGCCAAGGGAATAAATTATTTGCATCGGCTTAACCCTCCCATTGTTCATCGAGATCTAAAGTCTCCAAATTTGCTGGTTGACAAGACATGGACAGTGAAGGTTTGTGATTTTGGCTTATCACGATTCAAGGCAAACACATTCATTTCCTCCAAGTCTGCAGCTGGAACGCCCGAATGGATGGCTCCTG
AAGTACTCCGTGATGAGCCATCAAATGAGAAATCTGATGTCTATAGTTTTGGTGTAATTCTGTGGGAGCTTGTCACTATGCAACAACCATGGAGTGGCTTAAGTCCAGCACAGGTTGTTGGAGCTGTTGGCTTTCAAAACAGGAGGCTTCCAATTCCAGAAGATATGAATCCCACGATAGCTTCTATAATAGAATCTTGT
TGGGCTAATGACCCAAGACAGCGGTTATCATTTTCAAGCATTATGGGTTCTTTGAAGCCATTGGTAACCACAAAACCTCCATCCACACAACCCATACATGGCATGGATACGTCACTCTCATAAGGGATACACATGTCGAGGACATGTTTTTTTCCTTGATTATACTATCTGCAGGTTGTTTTCCTTTCTGACAGTTGGTA
GTAGAATAGATCGAGATATTGGATTTGAAGACAATGATAGTTTATTTTGAGGTGGATAGCTTCTTGAAGTGCAGTAGCTTGTGTATTCGATAAAAGCATAGCAGAAAATGTAAATTAAAAAATCTATTTATTCTTTTGAACCATCTTCCGGATATTTACCAAGTGTACTCTGTATATATGGGAGTTCATACTATTGAAAG
AACGGATTCAAGAGTGTTGGCTTGTTAGTTCAGAAACAACATGGAAGCTTTCATTACTTTTCTTTAAATTGTGATTAATATGGCTTTAAATTTAAAAAAAAAAGGTTATATTTGAA


>TRINITY_DN112425_c0_g1_i10 from sample A5 / Example unspliced isoform:
TGTATTTGCGTCAGGCCACGGCAAAATCGGCGGCGACAGGCACAGAGACAAATAGAAAACGCTTTCGTTGTATTATTTCTGCAATTCCAGGGGCGGCAAGTGACTTAAAATAAGGTCTGTACAGAATCGTGACGTCTTACAGGCAGCCGTTGGCAATTAGCTTTCTGGGTTTTGTTTTTGATTGTATCATCCGTGGTTAT
TCGCGGTCACTAATCCCACGGACCCGTGTTCGAATCTCATTCCCGTTTTGGTCACCGCCTTCAGCGCTTTGCTGCAGCAGCACGAGGGTCCGGATCCTTGATTGGACGAGGCTGCTGCTTGCATTATACCCGTGGTGGCGGAAATAAAGTTGGTTTAGATTTCCTTAGGTTCTCAGTTTGCTTTTGTTTCTCGGAAGTTA
CATATTATTGTCGTTTGTGATTCAATTTCACGATCTCCGAGGGGGTCGAAGCGTGAGGGCTTTTTAATTTTACAGCTTGCAAATGCTAGGAGTCGGCCCAGCTACATACAGATTAGGAGGAGGCTTTGTCAGGCGATTTGAACTTTGAATTCGTGGAATCAGTGAATGGATCAGCAGTACTGGTTTGAAGTTCTGAAGAT
AACAGCGGTGCATAAAGCTTCTGTAGAAAGTTATAAGCTTCGCGGGGATTTTGCTTTTGGTCGACAAATTGGAGCCTTTGAAATCGAGTGAAGAAGCGTCAGGGATTTCAAGAAAATTGGTCGCTGGGAAAAACAAATAAGACTCTTTGTTAAGAAGCGTCAGGGATATGTAGAAAATTGGCCACTGGAACACCAAACCA
AAGCTTTCCTAAGCGGCAGCGATACGGATAAAATTGTCCGCTCGAACAACAAATCAAAGCTTCGTAAGCTTTTTGTTTTAAGAGAAGAAGCTAGACAAAACAAAGCCTTCAATGTCGTCCTTTAAATTTGATGGCTTTTGCAGTGCAGAAGCGTCATGGATTTGAGGAAAGTCGGCCGCCGAGACAGCAAAATAAAGCTT
ATTCACAGATTTGTTTCAAGTGAATTTGAATTTTGTCTAATTAAAGCCTTCAATGCCAACCTTTAAAATCAATGCCATTTGCAGTGCAGAAGCGCCATGGATTCAAAGAGAATTTGATGCTGAGACAAGAAATTAGAACTTCATCAGAGGTTTGTTTCGAGTGCATTTGCAGACAAATTAGAGCTCCAAAGTCAACCTTT
AATTCTCAGTCCCTGTTTTGGAAGCACAATTTTTTCCGACAGTTCAGAGGAAGTCAGGGGAAGTTCAGGCCTCAGAAAATTACTTCGCTTTAAATTGCAGCCAGGTTCGAGTTCCACGTCGCGGCGGTTTATAATGGACGACTTGTTAGTGTGGTTTTGGGGTTATTCGAGCCTTGAACCTCATCCTAATTAGTTTATTT
CGCTGAAGGACAGGGAATCGGGTCTTGAATGTGCGCAGGATGCTGCGACCGGGCTCGGAGAATCTCAGCCGTCAATCCGATGGGTTCCCTCGACACGCAAATCCGTAGGTCGGAGTACATGCTGCTGAACCAGGTCCCCGCCGATCTTCCTGCACGTCCCCCGCAGAATTGCGTTGCGGATTTCTTCAAAACTCGAAACA
TTTACCGCGCACAGCAGCTGGAACCACCGCTGCGTCAGCCAGTGCAGCACCATTCCCGACGCCATTCGAGCGCAGACAGGATCCTATATGAGAATGGACCCGGTGTCATTGATGACGATAGAATTGTTCACGAGGTTAGCAATCCTATTACTGCAGATAATGCTTCTTTCTCATCCAATAGCCACAGCAGAAATCTTTAT
TATGATGATCGGAGTGCCCGGGCGCCCGTTGAACACCCAATTGAAAACCAAAGCTTCCACGGGACTCCAAGAGATACAGAGTGGGCACCTCTGTACAAAAGATCGGGGCTTTATTCTGACAAGAAATCCTCATGCCGCTCGGCTGACCATCTGATCTCAATCGACCACGGAATACCGGCTTTTTCTTCTTCTATGAATGA
TGTGGCCACAATTGATGTCAGAAATCCAGCTTACTCTTCGGTAGACCTTGGGAACGCAATCGACCACCACCGAAGGCAGACCTACTCCCTAACAGAGCATGCGCTGGTTGAGCAGGTAAAGTCATCTTATTCCCTCCCTGAACATGTTGCTGTGAACGAGCAGATGCAACTGGCTGCTTCGACCGTGGACCATGTCAGTA
TCCTTGGTGAATGCGGTCTTCACAGGGTTAATGCCTGGCCTGGTGAGAGGAGCTCAAGTGGAAGTAACAGTTATGGAGGGCTAGTCCATAATCCGCCATTGACTGGACTGCAGAGGGAATCCAGTGGAAGCAGCTTTGCAGACAGTCTTCGTTCTTGGGATTTTCCCCTTACCAACCACTCGCCCAGTGTGTCTCTGAAT
GTTAGTGATTCTGCCTTCCTCAATGCCTTTTATGATGAAGGATATAAATATGATGATACCGGGCAGAACGGTGAGTCTAAGAAGAACTGGGCACAACAGACTGAAGAGAGTTACAATTTGCAGCTTACTCTTGCTCTTCGACTTACTGCGGAAGCTTCATTAGCAGAGGACCTTCATTTCCTTGGCAGACACGTTCAAGC
AACGCCTAATATCTCGTGTACGGGTTCTGCTAAAAAGTCAGCTGTGGCTCTATCTCATCGTTTTTGGGTAAATGGTAGCTTGTCATATTATGACAAGATTCAAGATGGGTTTCATCATATATGGGGGATGAATCCCTATGTTTGGACAATGTGCAATCACGTAGAAGAAAGTGGCCAGATGCCATCATTGGAATCACTGC
GATCCGTTGATGCAACTGATTCACCAATAGAGGTGGTTTTGATAGATAAGCAGGAGGATTCACACTGGAGGGAACTTGAGAACAAGGCACTTGGACTGGCTTATGATTGTTCTAGCACAAAAGAAGTTGTCGAACAACTTGGTAAACTTGTTTGCATGCTGATGGGGGGGACATATTTCACTGAGCATGGAGATCTAAAG
ATGCGCTGGAAAGTAAATAGTAAAATGCTGAAAGAATGTCTAAAGAGCGTTGTCCTCCCCATAGGTAGTATCTCTGTGGGTTTGTGCAGGCATCGAGCTTTGCTTTTTAAGGCCCTAGCCGATGTCATTGACTTACCTTGTCGGATTGCTCAAGGTTGCAAGTACTGTGGGATGGCTGATGGGTCATCTTGTATGGTACA
ATGTGGTCTTGACAGGGAATACCTGGTTGATTTAATTGGGAAACCAGGAGAATTGTGTGACTCTTACATGAATGATATAGCTTCTTTGTCAATTGCTTCACCTATGCGTCTTCCAGAGTTCAAACCCTTACATATCACGAACGAGGTTAGATCTTTGGCTAGGCAGTATGCCTCTGATAGCAAATTATTGGGCAGTTTGT
TAAACATTGCCACCTCACATCAAGTGGCAGGTGCAGGGCCAATGGAAGATAGCACTAGAGTCTCATTTACTTCCTCATCAAATCACATGGGCACTGCACCGGTGGTCTCCTCATGCATTATGTGCACACGCACTGAACCAAGTGCAGAATGTTCTTATACTGCCAATTTTGCGGGCAACATGCCAGTGCAGAATGTTGCA
TTTCAATGTTTGAAGGAAGAGTTGAGAGGGACAGTGGATACAAATCAGGTTACCCATGAATGCATAATTCCCACTGACATAAATGGCACAAAATATCAGAATCTACCAGATCTGTCTGTAAATCTGGGTGGAGTGAAAGCGAACATACATGTGAATTCCAAATCTAATGGTGATCATCTTCTGCAGAGGTCCTTGCAAGT
GAACAAGAAAGAAGATGTACATGCAAAAACTAATATTGAAGAATCCTTTGAGCACAAATGCTTGGAGGGTCACAAACACAGAATTGAACATGGGGAAACTGGCAATACAGAATGCCTTCAGGAAACGGTGTTGCAGTCCTACAAGCATATAGATGAGCAATCTAAGTTAAAAGACGGTCACCATAAAATCAATGACAAGA
GACTTGAACAAGCTGGGGATGTGCTACAGAACAGATCAAATCTTGAGCTGTCATTGGCAATGGATGGTCTGGAAATTCCATGGGAGGATCTCATTTTGAAGGAACGGATTGGTGCTGGTTCTTTTGGAACAGTGCATCGTGCTGACTGGCATGGATCAGATGTTGCAGTGAAGATTCTCGTAGATCAAGAAATATACGAA
GAACGACTCAAGGAGTTTCTTAGAGAGGTTTCTATCATGAAACGATTGCGACATCCGAATGTTGTTCTTTTCATGGGCGCTGTAACAAAGCATCCCAACTTGTCAATAGTGACCGAGTATTTACCAAGGGGTAGCTTGTACCGTATTATTCATAGAGCAGGTGCAAGGGAGTTGCTGGATGAAAGACGTCGCTTACGTAT
GGCACTTGATGTGGCCAAGGGAATAAATTATTTGCATCGGCTTAACCCTCCCATTGTTCATCGAGATCTAAAGTCTCCAAATTTGCTGGTTGACAAGACATGGACAGTGAAGGTTTGTGATTTTGGCTTATCACGATTCAAGGCAAACACATTCATTTCCTCCAAGTCTGCAGCTGGAACGgtaagataatgtagttatg
cagtgtccttaatgatataatatcatggatagattgaactgcattttcaatatttgtttttttgttattttcagCCCGAATGGATGGCTCCTGAAGTACTCCGTGATGAGCCATCAAATGAGAAATCTGATGTCTATAGTTTTGGTGTAATTCTGTGGGAGCTTGTCACTATGCAACAACCATGGAGTGGCTTAAGTCCA
GCACAGGTTGTTGGAGCTGTTGGCTTTCAAAACAGGAGGCTTCCAATTCCAGAAGATATGAATCCCACGATAGCTTCTATAATAGAATCTTGTTGGGCTAATGACCCAAGACAGCGGTTATCATTTTCAAGCATTATGGGTTCTTTGAAGCCATTGGTAACCACAAAACCTCCATCCACACAACCCATACATGGCATGGA
TACGTCACTCTCATAAGGGATACACATGTCGAGGACATGTTTTTTTCCTTGATTATACTATCTGCAGGTTGTTTTCCTTTCTGACAGTTGGTAGTAGAATAGATCGAGATATTGGATTTGAAGACAATGATAGTTTATTTTGAGGTGGATAGCTTCTTGAAGTGCAGTAGCTTGTGTATTCGATAAAAGCATAGCAGAAA
ATGTAAATTAAAAAATCTATTTATTCTTTTGAACCATCTTCCGGATATTTACCAAGTGTACTCTGTATATATGGGAGTTCATACTATTGAAAGAACGGATTCAAGAGTGTTGGCTTGTTAGTTCAGAAACAACATGGAAGCTTTCATTACTTTTCTTTAAATTGTGATTAATATGGCTTTAAATTTAAAAAAAAAAGGTT
ATATTTGAA



Intron 11 GTACCGTGAC ... TCTGGATTAG

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>TRINITY_DN123044_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform
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CGGACCCGTGTTCGAATCTCATTCCCGTTTTGGTCACCGCCTTCAGCGCTTTGCTGCAGCAGCACGAGGGTCCGGATCCTTGATTGGACGAGGCTGCTGCTTGCATTATACCCGTGGTGGCGGAAATAAAGTTGGTTTAGATTTCCTTAGGTTCTCAGTTTGCTTTTGTTTCTCGGAAGTTACATATTATTGTCGTTTGT
GATTCAATTTCACGATCTCCGAGGGGGTCGAAGCGTGAGGGCTTTTTAATTTTACAGCTTGCAGATGCCAGGAGTCGGCCCAGCGACATACAGATTAGGAGGAGGCTTTGTCAGGCGATTTGAACTTTGAATTCGTGGAATCAGTGAATGGATCAGCAGTACTGGTTTGAAGTTCTGAAGATAACAGCGGTGCATAAAGC
TTCTGTAGAAAGTTATAAGCTTCGCGGGGATTTTGCTTTTGGTCGACAAATTGGAGCCTTTGAAATCGAGGTTTGAATTTCAGTCCGTGCTTTAAGATGATCGGGTTTTGCATTTCAAAAACGTTAGGATTTGAAAAAATGGCCTCTGGAACAATAAACTAAAGCTTCTTGAGAAATCTGTTTCAAGTGATTTCGAACTC
GAGGTAAATTAAAGCATCCAATGTCGATCTTTGGAATCATTGGTTTTCGCAGTGAAGAAGCGTCAGGGATTTCAAGAAAATTGGTCGCTGGGAAAAACAAATAAGACTCTTTGGTTAGTTTTATTTCATGTGAATTTGAGCTTTGATAAATGAAAGCCTCCAAAGTCGACCTCTAATCTAAAATCAACGGCTTCTTTCAG
TTAAGAAGCGTCAGGGATATGTAGAAAATTGGCCACTGGAACACCAAACCAAAGCTTTCCTAAGCGGCAGCGATACGGATAAAATTGTCCGCTCGAACAACAAATCAAAGCTTCGTAAGCTTTTTGTTTTAAGAGAAGAAGCTAGACAAAACAAAGCCTTCAATGTCGTCCTTTAAATTTGATGGCTTTTGCAGTGCAGA
AGCGTCATGGATTTGAGGAAAGTCGGCCGCTGAGACAACAAAATAAAGCTTATTCACAGATTTGTTTCAAGTGAATTTGAATTTTGTCTAATTAAAGCCTTCAATGCCAACCTTTAAAATCAATGCCATTTGCAGTGCAGAAGCGCCATGGATTCAAAGAGAATTTGATGCTGAGACAAGAAATTAGAACCTCATCAGAG
GTTTGTTTCGAGTGCATTTGCAGACAAATTAGAGCTCCAAAGTCAACCTTTAATTCTCATTCCCTGTTTTGGAAGCACAATTTTTTCCGACAGTTCAGAGGAAGTCAGGGGAAGTTCAGGCCTCAGAAAATTACTTCGCTTTAAATTGCAGCCAGGTTCGAGTTCCACGTCGCGGCGGTTTATAATGGACGACTTGTTAG
TGTGGTTTTGGGGTTATTCGAGCCTTGAACCTCATCCTAATTAGTTTATTTCGCTGAAGGACAGGGAATCGGGTCTTGAATGTGCGCAGGATGCTGCGACCGGGCTCGGAGAATCTCAGCCGTCAATCCGATGGGTTCCCTCGACACGCAAATCCGTAGGTCGGAGTACATGCTGCTGAACCAGGTCCCCGCCGATCTTC
CTGCACGTCCCCCGCAGAATTGCGTTGCGGATTTCTTCAAAACTCGAAACATTTACCGCGCACAGCAGCTGGAACCGCCGCTGCTTCAGCCAGTGCAGCACCATTCCCGACGCCATTCGAGCGCAGACAGGATCCTATATGAGAATGGACCCGGTGTCATTGATGACGATAGAATTGTTCACGAGGTTAGCAATCTTGTT
ACTGCAGATAATGCTTCTTTCTCATCCAATAGCCACAGCAGAAATCTTTATTATGATGATCGGAGTGCCCGGGCGCCCGTTGAACACCCAATTGAAAACAAAAGCTTCCACGGGACTCCAAGAGATACAGAGTGGGCACCTCTGTACAAAAGATCGGGGCTTTATTCTGACAAGAAATCCTCATGCCGCTCGGCTGACCA
TCTGATCTCAATCGACCACGGAATACCGGCTTTTTCTTCTTCTATGAATGATGTGGCCACAATTGATGTCAGAAATCCAGCTTACTCTTCGGTAGACCTTGGGAACGCAATCGACCACCACCGAAGGCAGACCTACTCCCTAACAGAGCATGCGCTGGTTGAGCAGGTAAAGTCATCTTATTCCCTCCCTGAACATGTTG
CTGTGAACGAGCAGATGCAACTGGCTGCTTCGACCGTGGACCATGTCAGTATCCTTGGTGAATGCGGTCTTCACAGGGTTAATGCCTGGCCTGGTGAGAGGAGCTCAAGTGGAAGTAACAGTTATGGAGGGCTAGTCCATAATCCGCCATTGACTGGACTGCAGAGGGAATCCAGTGGAAGCAGCTTTGCAGACAGTCTT
CGTTCTTGGGATTTTCCCCTTACCAACCACTCGCCCAGTGTGTCTCTGAATGTTAGTGATTCTGCCTTCCTCAATGCCTTTTATGATGAAGGATATAAATATGATGATACCGGGCAGAACGGTGAGTCTAAGAAGAACTGGGCACAACAGACTGAAGAGAGTTACAATTTGCAGCTTACTCTTGCTCTTCGACTTACTGC
GGAAGCTTCATTAGCAGAGGACCTTCATTTCCTTGGCAGACACGTTCAAGCAACGCCTAATATCTCGTGTACGGGTTCTGCTAAAAAGTCAGCTGTGGCTCTATCTCATCGTTTTTGGGTAAATGGTAGCTTGTCATATTATGACAAGATTCAAGATGGGTTTCATCATATATGGGGGATGAATCCCTATGTTTGGACAA
TGTGCAATCACGTAGAAGAAAGTGGCCAGATGCCATCATTGGAATCACTGCGATCCGTTGATGCAACTGATTCACCAATAGAGGTGGTTTTGATAGATAAGCAGGAGGATTCACACTGGAGGGAACTTGAGAACAAGGCACTTGGACTGGCTTATGATTGTTCTAGCACAAAAGAAGTTGTCGAACAACTTGGTAAACTT
GTTTGCATGCTGATGGGGGGGACATATTTCACTGAGCATGGAGATCTAAAGATGCGCTGGAAAGTAAATAGTAAAATGCTGAAAGAATGTCTAAAGAGCGTTGTCCTCCCCATAGGTAGTATCTCTGTGGGTTTGTGCAGGCATCGAGCTTTGCTTTTTAAGGCCCTAGCCGATGTCATTGACTTACCTTGTCGGATTGC
TCAAGGTTGCAAGTACTGTGGGATGGCTGATGGGTCATCTTGTATGGTACAATGTGGTCTTGACAGGGAATACCTGGTTGATTTAATTGGGAAACCAGGAGAATTGTGTGACTCTTACATGAATGATATAGCTTCTTTGTCAATTGCTTCACCTATGCGTCTTCCAGAGTTCAAACCCTTACATATCACGAACGAGGTTA
GATCTTTGGCTAGGCAGTATGCCTCTGATAGCAAATTATTGGGCAGTTTGTTAAACATTGCCACCTCACATCAAGTGGCAGGTGCAGGGCCAATGGAAGATAGCACTAGAGTCTCATTTACTTCCTCATCAAATCACATGGGCACTGCACCGGTGGTCTCCTCATGCATTATGTGCACATGCACTGAACCAAGTGCAGAA
TGTTCTTATACTGCCAATTTTGCGGGCAACATGCCAGTGCAGAATGTTGCATTTCAATGTTTGAAGGAAGAGTTGAGAGGGACAGTGGATACAAATCAGGTTACCCATGAATGCATAATTCCCACTGACATAAATGGCACAAAATATCAGAATCTACCAGATCTGTCTGTAAATCTGGGTGGAGTGAAAGCGAACATACA
TGTGAATTCCAAATCTAATGGTGATCATCTTCTGCAGAGGTCCTTGCAAGTGAACAAGAAAGGAGATGTACATGCAAAAACTAATATTGAAGAATCCTTTGAGCACAAATGCTTGGAGGGTCACAAACACAGAATTGAACATGGGGAAACTGGCAATACAGAATGCCTTCAGGAAACGGTGTTGCAGTCCTACAAGCATA
TAGATGAGCAATCTAAGTTAAAAGACGGTCACCATAAAATCAATGACAAGAGACTTGAACAAGCTGGGGATGTGCTACAGAACAGATCAAATCTTGAGCTGTCATTGGCAATGGATGGTCTGGAAATTCCATGGGAGGATCTCATTTTGAAGGAACGGATTGGTGCTGGTTCTTTTGGAACAGTGCATCGTGCTGACTGG
CATGGATCAGATGTTGCAGTGAAGATTCTCGTAGATCAAGAAATATACGAAGAACGACTCAAGGAGTTTCTTAGAGAGGTTTCTATCATGAAACGATTGCGACATCCGAATGTTGTTCTTTTCATGGGCGCTGTAACAAAGCATCCCAACTTGTCAATAGTGACCGAGTATTTACCAAGGGGTAGCTTGTACCGTATTAT
TCATAGAGCAGGTGCAAGGGAGTTGCTGGATGAAAGACGTCGCTTACGTATGGCACTTGATGTGGCCAAGGGAATAAATTATTTGCATCGGCTTAACCCTCCCATTGTTCATCGAGATCTAAAGTCTCCAAATTTGCTGGTTGACAAGACATGGACAGTGAAGGTTTGTGATTTTGGCTTATCACGATTCAAGGCAAACA
CATTCATTTCCTCCAAGTCTGCAGCTGGAACGCCCGAATGGATGGCTCCTGAAGTACTCCGTGATGAGCCATCAAATGAGAAATCTGATGTCTATAGTTTTGGTGTAATTCTGTGGGAGCTTGTCACTATGCAACAACCGTGGAGTGGCTTAAGTCCAGCACAGGTTGTTGGAGCTGTTGGCTTTCAAAACAGGAGGCTT
CCAATTCCAGAAGATATGAATCCCACGATAGCTTCTATAATAGAATCTTGTTGGGCTAATGACCCAAGACAGCGGTTATCATTTTCAAGCATTATGGGTTCTTTGAAGCCATTGGTAACCACAAAACCTCCATCCACACAACCCATACATGGCATGGATACGTCACTCTCATAAGGGATACACATGTCGAGGACATGTTT
TTTTCCTTGATTATACTATCTGCAGGTTGTTTTCCTTTCTGACAGTTGGTAGTAGAATAGATCGAGATATTGGATTTGAAGACAATGATAGTTTATTTTGAGGTGGATAGCTTCTTGAAGTGCAGTAGCTTGTGTATTCGATAAAAGCATAGCAGAAAATGTAAATTAAAAAATCTATTTATTCTTTTGAACCATCTTCC
GGATATTTTCCAAGTGTACTCTGTATATATGGGAGTTCATACTATTGAAAGAACGGATTCAAGAGTGTTGGCTTGTTAGTTCAGAAACAACATGGAAGCTTTCATTACTTTTCTTTAAATTGTGATTAATATGGCTTTAAATTTAAAAAAAAAAGGTTATATTTGAAGCCTTTC


>TRINITY_DN123044_c0_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:
TTTTCTCCCCTTCAAAAGCTTTATGCCCATTTTCAAATGAAGACAACTGTTAGCTAGTAATGACTGTATGTTCATCATATTTGTGGAAAATATTTTAGGTTTCTATCATGAAACGATTGCGACATCCGAATGTTGTTCTTTTCATGGGCGCTGTAACAAAGCATCCCAACTTGTCAATAGTGACCGAGTATTTACCAAGg
taccgtgacattgtaattttctttattgccttttcaccactgaagactgcattatttaatctatcattatctttattaattgccacactgtctggattagGGGTAGCTTGTACCGTATTATTCATAGAGCAGGTGCAAGGGAGTTGCTGGATGAAAGACGTCGCTTACGTATGGCACTTGATGTGGCCAAGGGAATAAAT
TATTTGCATCGGCTTAACCCTCCCATTGTTCATCGAGATCTAAAGTCTCCAAATTTGCTGGTTGACAAGACATGGACAGTGAAGGTTTGTGATTTTGGCTTATCACGATTCAAGGCAAACACATTCATTTCCTCCAAGTCTGCAGCTGGAACGCCCGAATGGATGGCTCCTGAAGTACTCCGTGATGAGCCATCAAATGA
GAAATCTGATGTCTATAGTTTTGGTGTAATTCTGTGGGAGCTTGTCACTATGCAACAACCGTGGAGTGGCTTAAGTCCAGCACAGGTTGTTGGAGCTGTTGGCTTTCAAAACAGGAGGCTTCCAATTCCAGAAGATATGAATCCCACGATAGCTTCTATAATAGAATCTTGTTGGGCTAATGACCCAAGACAGCGGTTAT
CATTTTCAAGCATTATGGGTTCTTTGAAGCCATTGGTAACCACAAAACCTCCATCCACACAACCCATACATGGCATGGATACGTCACTCTCATAAGGGATACACATGTCGAGGACATGTTTTTTTCCTTGATTATACTATCTGCAGGTTGTTTTCCTTTCTGACAGTTGGTAGTAGAATAGATCGAGATATTGGATTTGA
AGACAATGATAGTTTATTTTGAGGTGGATAGCTTCTTGAAGTGCAGTAGCTTGTGTATTCGATAAAAGCATAGCAGAAAATGTAAATTAAAAAATCTATTTATTCTTTTGAACCATCTTCCGGATATTTTCCAAGTGTACTCTGTATATATGGGAGTTCATACTATTGAAAGAACGGATTCAAGAGTGTTGGCTTGTTAG
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Intron 12 GTTTGAATTT ... GTTTTCGCAG

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>TRINITY_DN109850_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoform
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CGGACCCGTGTTCGAATCTCATTCCCGTTTTGGTCACCGCCTTCAGCGCTTTGCTGCAGCAGCACGAGGGTCCGGATCCTTGATTGGACGAGGCTGCTGCTTGCATTATACCCGTGGTGGCGGAAATAAAGTTGGTTTAGATTTCCTTAGGTTCTCAGTTTGCTTTTGTTTCTCGGAAGTTACATATTATTGTCGTTTGT
GATTCAATTTCACGATCTCCGAGGGGGTCGAAGCGTGAGGGCTTTTTAATTTTACAGCTTGCAGATGCCAGGAGTCGGCCCAGCGACATACAGATTAGGAGGAGGCTTTGTCAGGCGATTTGAACTTTGAATTCGTGGAATCAGTGAATGGATCAGCAGTACTGGTTTGAAGTTCTGAAGATAACAGCGGTGCATAAAGC
TTCTGTAGAAAGTTATAAGCTTCGCGGGGATTTTGCTTTTGGTCGACAAATTGGAGCCTTTGAAATCGAGTGAAGAAGCGTCAGGGATTTCAAGAAAATTGGTCGCTGGGAAAAACAAATAAGACTCTTTGTTAAGAAGCGTCAGGGATATGTAGAAAATTGGCCACTGGAACACCAAACCAAAGCTTTCCTAAGCGGCA
GCGATACGGATAAAATTGTCCGCTCGAACAACAAATCAAAGCTTCGTAAGCTTTTTGTTTTAAGAGAAGAAGCTAGACAAAACAAAGCCTTCAATGTCGTCCTTTAAATTTGATGGCTTTTGCAGTGCAGAAGCGTCATGGATTTGAGGAAAGTCGGCCGCCGAGACAGCAAAATAAAGCTTATTCACAGATTTGTTTCA
AGTGAATTTGAATTTTGTCTAATTAAAGCCTTCAATGCCAACCTTTAAAATCAATGCCATTTGCAGTGCAGAAGCGCCATGGATTCAAAGAGATTTTGATGCTGAGACAAGAAATTAGAACTTCATCAGAGGTTTGTTTCGAGTGCATTTGCAGACAAATTAGAGCTCCAAAGTCAACCTTTAATTCTCAGTCCCTGTTT
TGGAAGCACAATTTTTTCCGACAGTTCAGAGGAAGTCAGGGGAAGTTCAGGCCTCAGAAAATTACTTCGCTTTAAATTGCAGCCAGGTTCGAGTTCCACGTCGCGGCGGTTTATAATGGACGACTTGTTAGTGTGGTTTTGGGGTTATTCGAGCTTTGAACCTCATCCTAATTAGTTTATTTCGCTGAAGGACAGGGAAT
CGGGTCTTGAATGTGCGCAGGATGCTGCGACCGGGCTCGGAGAATCTCAGCCGTCAATCCGATGGGTTCCCTCGACACGCAAATCCGTAGGTCGGAGTACATGCTGCTGAACCAGGTCCCCGCCGATCTTCCTGCACGTCCCCCGCAGAATTGCGTTGCGGATTTCTTCAAAACTCGAAACATTTACCGCGCACAGCAGC
TGGAACCGCCGCTGCTTCAGCCAGTGCAGCACCATTCCCGACGCCATTCGAGCGCAGACAGGATCCTATATGAGAATGGACCCGGTGTCATTGATGACGATAGAATTGTTCACGAGGTTAGCAATCTTGTTACTGCAGATAATGCTTCTTTCTCATCCAATAGCCACAGCAGAAATCTTTATTATGATGATCGGAGTGCC
CGGGCGCCCGTTGAACACCCAATTGAAAACAAAAGCTTCCACGGGACTCCAAGAGATACAGAGTGGGCACCTCTGTACAAAAGATCGGGGCTTTATTCTGACAAGAAATCCTCATGCCGCTCGGCTGACCATCTGATCTCAATCGACCACGGAATACCGGCTTTTTCTTCTTCTATGAATGATGTGGCCACAATTGATGT
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TTCACAGGGTTAATGCCTGGCCTGGTGAGAGGAGCTCAAGTGGAAGTAACAGTTATGGAGGGCTAGTCCATAATCCGCCATTGACTGGACTGCAGAGGGAATCCAGTGGAAGCAGCTTTGCAGACAGTCTTCGTTCCTGGGATTTTCCCCTTACCAACCACTCGCCCAGTGTGTCTCTGAATGTTAGTGATTCTGCCTTC
CTCAATGCCTTTTATGATGAAGGATATAAATATGATGATACCGGGCAGAACGGTGAGTCTAAGAAGAACTGGGCACAACAGACTGAAGAGAGTTACAATTTGCAGCTTACTCTTGCTCTTCGACTTACTGCGGAAGCTTCATTAGCAGAGGACCTTCATTTCCTTGGCAGACACGTTCAAGCAACGCCTAATATCTCGTG
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ATTCACCAATAGAGGTGGTTTTGATAGATAAGCAGGAGGATTCACACTGGAGGGAACTTGAGAACAAGGCACTTGGACTGGCTTATGATTGTTCTAGCACAAAAGAAGTTGTCGAACAACTTGGTAAACTTGTTTGCATGCTGATGGGGGGGACATATTTCACTGAGCATGGAGATCTAAAGATGCGCTGGAAAGTAAAT
AGTAAAATGCTGAAAGAATGTCTAAAGAGCGTTGTCCTCCCCATAGGTAGTATCTCTGTGGGTTTGTGCAGGCATCGAGCTTTGCTTTTTAAGGCCCTAGCCGATGTCATTGACTTACCTTGTCGGATTGCTCAAGGTTGCAAGTACTGTGGGATGGCTGATGGGTCATCTTGTATGGTACAATGTGGTCTTGACAGGGA
ATACCTGGTTGATTTAATTGGGAAACCAGGAGAATTGTGTGACTCTTACATGAATGATATAGCTTCTTTGTCAATTGCTTCACCTATGCGTCTTCCAGAGTTCAAACCCTTACATATCACGAACGAGGTTAGATCTTTGGCTAGGCAGTATGCCTCTGATAGCAAATTATTGGGCAGTTTGTTAAACATTGCCACCTCAC
ATCAAGTGGCAGGTGCAGGGCCAATGGAAGATAGCACTAGAGTCTCATTTACTTCCTCATCAAATCACATGGGCACTGCACCGGTGGTCTCCTCATGCATTATGTGCACACGCACTGAACCAAGTGCAGAATGTTCTTATACTGCCAATTTTGCGGGCAACATGCCAGTGCAGAATGTTGCATTTCAATGTTTGAAGGAA
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ATGTGCTACAGAACAGATCAAATCTTGAGCTGTCATTGGCAATGGATGGTCTGGAAATTCCATGGGAGGATCTCATTTTGAAGGAACGGATTGGTGCTGGTTCTTTTGGAACAGTGCATCGTGCTGACTGGCATGGATCAG


>TRINITY_DN109850_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:
CGGCAAAATCGGCGGCGACAGGCACAGAGACAAATAGAAAACGCTTTCGTTGTATTATTTCTGCAATTCCAGGGGCGGCAAGTGACTTAAAATAAGGTCTGTACAGAATCGTGACGTCTTACAGGCAGCCGTTGGCAATTAGCTTTCTGGGTTTTGTTTTTGATTGTATCATCCGTGGTTATTCGCGGTCACTAATCCCA
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GATTCAATTTCACGATCTCCGAGGGGGTCGAAGCGTGAGGGCTTTTTAATTTTACAGCTTGCAGATGCCAGGAGTCGGCCCAGCGACATACAGATTAGGAGGAGGCTTTGTCAGGCGATTTGAACTTTGAATTCGTGGAATCAGTGAATGGATCAGCAGTACTGGTTTGAAGTTCTGAAGATAACAGCGGTGCATAAAGC
TTCTGTAGAAAGTTATAAGCTTCGCGGGGATTTTGCTTTTGGTCGACAAATTGGAGCCTTTGAAATCGAGgtttgaatttcagtccgtgcttttagatgatcgggttttgcatttcaaaaacgttaggatttgaaaaaatggcctctggaacgataaactaaagcttcttgagaaatctgtttcaagtgatttcgaactc
gaggtaaattaaagcatccaatgtcgatctttggaatcattggttttcgcagTGAAGAAGCGTCAGGGATTTCAAGAAAATTGGTCGCTGGGAAAAACAAATAAGACTCTTTGGTTAGTTTTATTTCATGTGAATTTGAACTTTGATAAATGAAAGCCTCCAAAGTCGACCTCTAAAATCAACGGCTTCTTTCAGTTAAG
AAGCGTCAGGGATATGTAGAAAATTGGCCACTGGAACACCAAACCAAAGCTTTCCTAAGCGGCAGCGATACGGATAAAATTGTCCGCTCGAACAACAAATCAAAGCTTCGTAAGCTTTTTGTTTTAAGAGAAGAAGCTAGACAAAACAAAGCCTTCAATGTCGTCCTTTAAATTTGATGGCTTTTGCAGTGCAGAAGCGT
CATGGATTTGAGGAAAGTCGGCCGCCGAGACAGCAAAATAAAGCTTATTCACAGATTTGTTTCAAGTGAATTTGAATTTTGTCTAATTAAAGCCTTCAATGCCAACCTTTAAAATCAATGCCATTTGCAGTGCAGAAGCGCCATGGATTCAAAGAGATTTTGATGCTGAGACAAGAAATTAGAACTTCATCAGAGGTTTG
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TTTTGGGGTTATTCGAGCTTTGAACCTCATCCTAATTAGTTTATTTCGCTGAAGGACAGGGAATCGGGTCTTGAATGTGCGCAGGATGCTGCGACCGGGCTCGGAGAATCTCAGCCGTCAATCCGATGGGTTCCCTCGACACGCAAATCCGTAGGTCGGAGTACATGCTGCTGAACCAGGTCCCCGCCGATCTTCCTGCA
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TCTCAATCGACCACGGAATACCGGCTTTTTCTTCTTCTATGAATGATGTGGCCACAATTGATGTCAGAAATCCAGCTTACTCTTCGGTAGACCTTGGGAACGCAATCGACCACCACCGAAGGCAGACCTACTCCCTAACAGAGCATGCGCTGGTTGAGCAGGTAAAGTCATCTTATTCCCTCCCTGAACATGTTGCTGTG
AACGAGCAGATGCAACTGGCTGCTTCGACCGTGGACCATGTCAGTATCCTTGGTGAATGCGGTCTTCACAGGGTTAATGCCTGGCCTGGTGAGAGGAGCTCAAGTGGAAGTAACAGTTATGGAGGGCTAGTCCATAATCCGCCATTGACTGGACTGCAGAGGGAATCCAGTGGAAGCAGCTTTGCAGACAGTCTTCGTTC
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TTGGCTAGGCAGTATGCCTCTGATAGCAAATTATTGGGCAGTTTGTTAAACATTGCCACCTCACATCAAGTGGCAGGTGCAGGGCCAATGGAAGATAGCACTAGAGTCTCATTTACTTCCTCATCAAATCACATGGGCACTGCACCGGTGGTCTCCTCATGCATTATGTGCACACGCACTGAACCAAGTGCAGAATGTTC
TTATACTGCCAATTTTGCGGGCAACATGCCAGTGCAGAATGTTGCATTTCAATGTTTGAAGGAAGAGTTGAGAGGGACAGTGGATACAAATCAGGTTACCCATGAATGCATAATTCCCACTGACATAAATGGCACAAAATATCAGAATCTACCAGATCTGTCTGTAAATCTGGGTGGAGTGAAAGCGAACATACATGTGA
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GCTGGAACC


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