sp|Q6ID77|MED11_ARATH ----> Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

Intron 1 GTATTAATAA ... TTTGCAGAAG

Found issues: Low number of reads

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	-1	0	0	0
A2	-1	0	0	0
A3	-1	0	0	0
A4	-1	0	0	0
A5	100	0	0	1
A6	44	7	9	2
A7	33.33	3	2	1
A8	100	0	2	1
A9	60	2	6	0
A10	81.82	1	5	4

>TRINITY_DN25835_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

CCACGATGAAAAAATAGACTGTATCTAAGGCCAAAATTGGTGGGAACGCATGTACAAAATATTCTAATCCAGGATCCAAATGCTCCAGTTTAGGCCAGATATTCTCCAGGAGAACCCGTACCATTTCCAACTCGTTCTTCGCTTGCTCCTTGCTTGTAATTACATGTCTTAGTCTGAAGTAACCTCAACAAGCTAGATGC
GCAAATATTAATGAGCCTGCTGGAGATAGTCCATGCTCTGGAGCTATCCGGAATTGTAATGGAGGAATTTTCAAATGTCTCAGGTTCCAGGATGGACGTCGTTAACAATCAA

>TRINITY_DN25835_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCACGATGAAAAAATAGACTGTATCTAAGGCCAAAATTGGTGGGAACGCATGTACAAAATATTCTAATCCAGGATCCAAATGCTCCAGTTTAGGCCAGATATTCTCCAGGAGAACCCGTACCATTTCCAACTCGTTCTTCGCTTGCTCCTTGCTTGTAATTACATGTCTTAGTCTGAAGTAACCTCAACAAGCTAGATGC
GCAAATATTAATGAGCCTGCTGGAGgtattaataattctactctacccgaacaattatctgcaccgcttcttctgtaatcaagtgagctatcctcaacagatctggtgtagaccaactctgcacatcggttgcttgtcctgtcagcacaatcgcagctacacaatctacatcgttgcaatgcctctatcacatcgagaag
ctacccacagacttctcttaaattacccagcgggactatttgaattggattatataattatgggtatatttcttgtttgtttgcagaagATAGTCCATGCTCTGGAGCTATCCGGAATTGTAATGGAGGAATTTTCAAATGTCTCAGGTTCCAGGATGGACGTCGTTAACAATCAA

Intron 2 GTATTAATAA ... TTGTTTGCAG

Found issues: Low number of reads

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	0	1
A2	33.33	2	0	2
A3	-1	0	0	0
A4	100	0	0	3
A5	100	0	0	2
A6	42.86	8	9	3
A7	40	3	2	2
A8	100	0	2	1
A9	53.85	3	6	1
A10	81.82	1	5	4

>TRINITY_DN29208_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

AAAAAATAGACTGTATCTAAGGCCAAAATTGGTGGGAACGCATGTACAAAATATTCTAATCCAGGATCCAAATGCTCCAGTTTAGGCCAGATATTCTCCAGGAGAACCCGTACCATTTCCAACTCGTTCTTCGCTTGCTCCTTGCTTGTAATTACATGTCTTAGTCTGAAGTAACCTCAACAAGCTAGATGCGCAAATAT
TAATGAGCCTGCTGGAGAAGATAGTCCATGCTCTGGAGCTATCCGGAATTGTAATGGAGGAATTTTCAAATGTCTCAGGTTCCAGGATGGACGTCGTTAACAATCAATGCTGTTAGTTCATGTAGTCTATCAAGGTTCTCTTGGATAACCCACGCTATCGTGGTAGATCTCATGTGTCCGCAAATTATGCAACCATAATC
ATCATCAATTATATTCTTTTAAAGTCTTCAACGTGGAACCTTTGGTTGTGATTAACATTAACTATGCCAGCTTTGGTTGGAAGCGACCTACAACTACCAAGTTACGTGTTATATTTTTGTGATTCATAACCTTGCACAAAGTTTATGTGTTTATTTTGAATATTGTGTATTCGTATGATTTCCCTCTTATGTTTAAAATG
GGGTTTTCACCACACTGTTCAAACTTAAATTGTTTAGTTTTAATAATCGT

>TRINITY_DN29208_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AAAAAATAGACTGTATCTAAGGCCAAAATTGGTGGGAACGCATGTACAAAATATTCTAATCCAGGATCCAAATGCTCCAGTTTAGGCCAGATATTCTCCAGGAGAACCCGTACCATTTCCAACTCGTTCTTCGCTTGCTCCTTGCTTGTAATTACATGTCTTAGTCTGAAGTAACCTCAACAAGCTAGATGCGCAAATAT
TAATGAGCCTGCTGGAGgtattaataattctactctacccgaacaattatctgcaccgcttcttctgtaatcaagtgagctatcctcaacagatctggtgtagaccaactctgcacatcggttgcttgtcctgtcagcacaatcgcagctacacaatctacatcgttgcaatgcctctatcacatcgagaagctacccac
agacttctcttaaattacccagcgggactatttgaattggattatataattatgggtatatttcttgtttgtttgcagAAGATAGTCCATGCTCTGGAGCTATCCGGAATTGTAATGGAGGAATTTTCAAATGTCTCAGGTTCCAGGATGGACGTCGTTAACAATCAATGCTGTTAGTTCATGTAGTCTATCAAGGTTCT
CTTGGATAACCCACGCTATCGTGGTAGATCTCATGTGTCCGCAAATTATGCAACCATAATCATCATCAATTATATTCTTTTAAAGTCTTCAACGTGGAACCTTTGGTTGTGATTAACATTAACTATGCCAGCTTTGGTTGGAAGCGACCTACAACTACCAAGTTACGTGTTATATTTTTGTGATTCATAACCTTGCACAA
AGTTTATGTGTTTATTTTGAATATTGTGTATTCGTATGATTTCCCTCTTATGTTTAAAATGGGGTTTTCACCACACTGTTCAAACTTAAATTGTTTAGTTTTAATAATCGT

Intron 3 GTATATTTCT ... AATGTCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	1	2
A2	100	0	0	4
A3	-1	0	0	0
A4	33.33	3	3	0
A5	100	0	2	2
A6	55.56	2	2	3
A7	50	2	3	1
A8	47.37	5	1	8
A9	100	0	0	6
A10	58.33	5	4	10

>TRINITY_DN31984_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

CTAGTTTCCTCCACGATGAAAAAATAGACTGTATCTAAGGCCAAAATTGGTGGGAACGCATGTACAAAATATTCTAATCCAGGATCCAAATGCTCCAGTTTAGGCCAGATATTCTCCAGGAGAACCCGTACCATTTCCAACTCGTTCTTCGCTTGCTCCTTGCTTGTAATTACATGTCTTAGTCTGAAGTAACCTCAACA
AGCTAGATGCGCAAATATTAATGAGCCTGCTGGAGGTATTAATAATTCTACTCTACCCGAACAATTATCTGCACCGCTTCTTCTGTAATCAAGTGAGCTATCCTCAACAGATCTGGTGTAGACCAACTCTGCACATCGGTTGCTTGTCCTGTCAGCACAATCGCAGCTACACAATCTACATCGTTGCAATGCCTCTATCA
CATCGAGAAGCTACCCACAGACTTCTCTTAAATTACCCAGCGGGACTATTTGAATTGGATTATATAATTATGGGTTCCAGGATGGACGTCGTTAACAATCAATGCTGTTAGTTCATGTAGTCTATCAAGGTTCTCTTGGATAACCCACGCTATCGTGGTAGATCTCATGTGTCCGCAAATTATGCAACCATAATCATCAT
CAATTATATTCTTTTAAAGTCTTCAACGTGGAACCTTTGGTTGTGATTAACATTAACTATGCCAGCTTTGGTTGGAAGCGACCTACAACTACCAAGTTACGTGTTATATTTTTGTGATTCATAACCTTGCACAAAGTTTATGTGTTTATTTTGAATATTGTGTATTCGTATGATTTCCCTCTTATGTTTAAAATGGGGTT
TTCACCACACTGTTCAAACTTAAATTGTTTAGTTTTAATAATCGTG

>TRINITY_DN31984_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CTAGTTTCCTCCACGATGAAAAAATAGACTGTATCTAAGGCCAAAATTGGTGGGAACGCATGTACAAAATATTCTAATCCAGGATCCAAATGCTCCAGTTTAGGCCAGATATTCTCCAGGAGAACCCGTACCATTTCCAACTCGTTCTTCGCTTGCTCCTTGCTTGTAATTACATGTCTTAGTCTGAAGTAACCTCAACA
AGCTAGATGCGCAAATATTAATGAGCCTGCTGGAGGTATTAATAATTCTACTCTACCCGAACAATTATCTGCACCGCTTCTTCTGTAATCAAGTGAGCTATCCTCAACAGATCTGGTGTAGACCAACTCTGCACATCGGTTGCTTGTCCTGTCAGCACAATCGCAGCTACACAATCTACATCGTTGCAATGCCTCTATCA
CATCGAGAAGCTACCCACAGACTTCTCTTAAATTACCCAGCGGGACTATTTGAATTGGATTATATAATTATGGgtatatttcttgtttgtttgcagaagatagtccatgctctggagctatccggaattgtaatggaggaattttcaaatgtctcagGTTCCAGGATGGACGTCGTTAACAATCAATGCTGTTAGTTCAT
GTAGTCTATCAAGGTTCTCTTGGATAACCCACGCTATCGTGGTAGATCTCATGTGTCCGCAAATTATGCAACCATAATCATCATCAATTATATTCTTTTAAAGTCTTCAACGTGGAACCTTTGGTTGTGATTAACATTAACTATGCCAGCTTTGGTTGGAAGCGACCTACAACTACCAAGTTACGTGTTATATTTTTGTG
ATTCATAACCTTGCACAAAGTTTATGTGTTTATTTTGAATATTGTGTATTCGTATGATTTCCCTCTTATGTTTAAAATGGGGTTTTCACCACACTGTTCAAACTTAAATTGTTTAGTTTTAATAATCGTG