sp|P51566|AFC1_ARATH ----> Serine/threonine-protein kinase AFC1

Intron 1 GTGAGCTTAG ... TTTACAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	49.23	33	33	31
A2	31.51	25	13	10
A3	31.65	27	16	9
A4	61.54	10	18	14
A5	66.1	10	22	17
A6	28.4	29	15	8
A7	33.88	40	30	11
A8	38.78	30	22	16
A9	35.48	20	15	7
A10	36.23	22	13	12

>TRINITY_DN133985_c0_g2_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGGTATGAGAGTATTTTCTTTTCTGATGCTGTACTTTGCTGTGCTA
TTTTCACATGCACAATTTAATAAATGGACATGTTGGGTAATATGCTATAAGGATTTCTTGATTTAAACATATATTCTTAGAACTTTCAAATGATCTTTATTTTCTTTATTCAAACCTGAGATGTATGGCCTTTCCCAATACAGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTTGCATAGTCAGTAT
TCTGTAGCAATTCATACCTTAATTCTTTTTTTCTTTACAAACGCCTAAGAGTAGTCTGCATTATGTATATGGTTGTTAGAGTGTGTGTTTAAGGTTGTGGATGGATGTAAAAACAGGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGATCTTGTACGGGAG
GTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGCGAAGGTTCCAGATTGCAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCAC
CACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGGTGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAACTTGGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTAG
GGCCTTTGCCACATCATATGATTAAGAAATCAGATAGAAGATATGTGAAATATTTTAGACATGGAACACGATTGAATTGGCCTGAAGGAGCATCCTCTAGAGAGAGCATCAGAGCAGTCAGGAAGTTACCAAAACTTAG

>TRINITY_DN133985_c0_g2_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGGTATGAGAGAGTATCTTCTTTTCTGATGCTGTACTTTACTGTGC
TATTTTTACATGCACAATTTAATAAATGGACATGTTGGGTAATATGCTATAAGGATTTCTTGATTTAAACATATATTCTTAGAACTTTCAAATGATCTTTATTTTCTTTATTCAAACCTGAGATGTATGGCCTTTCCCAATACAGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTTGCATAGTCAGT
ATTCTGTAGCAATTCATACCTTAATTCTTTTTTCTTTACAAACGCCTAAGAGTAGTCTGCATTATGTATATGGTTGTTAGAGTGTGTGTTTAAGGTTGTGGATGGATGTAAAAACAGGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGATCTTGTACGGGA
GGTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATGTGTGTAGACGATACTTGCACTTATCTTTACATTTGATGTGGGAGGGCTTAAACATATAATTTAATTTTTTAAGGATTGCTTGTCCACTGCCATAACTAGATTGCTTCGTTGGTCATGTTAGCTCACATTTTATGAGGCTAGATTGGGCCTTTATAAGGGTGTTCATA
ACATCTGTCTAGGATTTTCTTCTCCTAATATTGCCAATGATCTGTGGCAGATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGTGAAGGTTCCAGATTGCAAGGTAGATTGCTCGCGTGTTGTTACTGAATATAATTGAATTTGTCATGGTTGGCATATTA
TATGTTGCCGACATGGCTCAACTCAGTTGATAATATTGTTTATTATTATAGTAGCTCCAGCAAAAAGCTGGTGTATGAAATAACATATTGTTTCTTTGTATTTTTATGCCTTCTACTGTTAACAATCGTTACGATCAAACATTTTAACATATTGCTAAGATCAACATTCTAACATGCATTTATCTCAATGAATGAACTCT
GATAACATTATTGTTGTTCAAAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGgtgagcttagaaagattgttctatggtt
tagccagcagtttgaaaggaccaatgtcaattcaatcatatgttgaatccaaacccctttgtatttacaatttatgttttacaacagGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGTAAACTTTTTAGACTAGTTTATCTTATGTTAAAATTTTACATAGATA
CCTGCAGGAATGATATTTATGCTACCTGCATTTTAAATTTTCAGGGTGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAACTTGGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTAGGGCCTTTGCCACATCATATGATTAAGAAATCAGAGATTTAATAATGCAGCATGCAGATCACTCTGCAGGTTTATTTATAGACTTGTTGCAGG
GTCTTCTTAAGTTTGAAC

Intron 2 GTAGATTGCT ... TGTTCAAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48.62	28	31	22
A2	39.85	40	37	16
A3	42.47	21	20	11
A4	41.75	30	22	21
A5	42.86	22	15	18
A6	39.53	13	7	10
A7	40.91	26	15	21
A8	39.53	13	6	11
A9	44.26	17	16	11
A10	38.71	19	11	13

>TRINITY_DN133985_c0_g2_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGGTATGAGAGTATTTTCTTTTCTGATGCTGTACTTTGCTGTGCTA
TTTTCACATGCACAATTTAATAAATGGACATGTTGGGTAATATGCTATAAGGATTTCTTGATTTAAACATATATTCTTAGAACTTTCAAATGATCTTTATTTTCTTTATTCAAACCTGAGATGTATGGCCTTTCCCAATACAGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTTGCATAGTCAGTAT
TCTGTAGCAATTCATACCTTAATTCTTTTTTTCTTTACAAACGCCTAAGAGTAGTCTGCATTATGTATATGGTTGTTAGAGTGTGTGTTTAAGGTTGTGGATGGATGTAAAAACAGGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGATCTTGTACGGGAG
GTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGCGAAGGTTCCAGATTGCAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCAC
CACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGGTGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAACTTGGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTAG
GGCCTTTGCCACATCATATGATTAAGAAATCAGATAGAAGATATGTGAAATATTTTAGACATGGAACACGATTGAATTGGCCTGAAGGAGCATCCTCTAGAGAGAGCATCAGAGCAGTCAGGAAGTTACCAAAACTTAG

>TRINITY_DN133985_c0_g2_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTT
GCATAGTCAGTATTCTGTAGCAATTCATACCTTAATTCTTTTTTCTTTACAAACGCCTAAGAGTAGTCTGCATTATGTATATGGTTGTTAGAGTGTGTGTTTAAGGTTGTGGATGGATGTAAAAACAGGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGAT
CTTGTACGGGAGGTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATGTGTGTAGACGATACTTGCACTTATCTTTACATTTGATGTGGGAGGGCTTAAACATATAATTTAATTTTTTAAGGATTGCTTGTCCACTGCCATAACTAGATTGCTTCGTTGGTCATGTTAGCTCACATTTTATGAGGCTAGATTGGGCCTTTATAA
GGGTGTTCATAACATCTGTCTAGGATTTTCTTCTCCTAATATTGCCAATGATCTGTGGCAGATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGTGAAGGTTCCAGATTGCAAGgtagattgctcgcgtgttgttactgaatataattgaatttgtcatgg
ttggcatattatatgttgccgacatggctcaactcagttgataatattgtttattattatagtagctccagcaaaaagctggtgtatgaaataacatattgtttctttgtatttttatgccttctactgttaacaatcgttacgatcaaacattttaacatattgctaagatcaacattctaacatgcatttatctcaat
gaatgaactctgataacattattgttgttcaaaagGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTGAGCTTAGAAAGATT
GTTCTATGGTTTAGCCAGCAGTTTGAAAGGACCAATGTCAATTCAATCATATGTTGAATCCAAACCCCTTTGTATTTACAATTTATGTTTTACAACAGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGTAAACTTTTTAGACTAGTTTATCTTATGTTAAAATT
TTACATAGATACCTGCAGGAATGATATTTATGCTACCTGCATTTTAAATTTTCAGGGTGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAACTTGGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTAGGGCCTTTGCCACATCATATGATTAAGAAATCAGAGATTTAATAATGCAGCATGCAGATCACTCTGCAGGTTTATTTATAGA
CTTGTTGCAGGGTCTTCTTAAGTTTGAAC

Intron 3 GTGAGTATTT ... CTGTCAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	49.06	27	38	14
A2	63.64	8	22	6
A3	43.24	21	15	17
A4	48.15	14	13	13
A5	23.08	15	2	7
A6	39.68	19	16	9
A7	46.27	18	21	10
A8	50.82	15	17	14
A9	55.56	18	24	21
A10	68.63	8	18	17

>TRINITY_DN133985_c0_g2_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGGTATGAGAGTATTTTCTTTTCTGATGCTGTACTTTGCTGTGCTA
TTTTCACATGCACAATTTAATAAATGGACATGTTGGGTAATATGCTATAAGGATTTCTTGATTTAAACATATATTCTTAGAACTTTCAAATGATCTTTATTTTCTTTATTCAAACCTGAGATGTATGGCCTTTCCCAATACAGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTTGCATAGTCAGTAT
TCTGTAGCAATTCATACCTTAATTCTTTTTTTCTTTACAAACGCCTAAGAGTAGTCTGCATTATGTATATGGTTGTTAGAGTGTGTGTTTAAGGTTGTGGATGGATGTAAAAACAGGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGATCTTGTACGGGAG
GTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGCGAAGGTTCCAGATTGCAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCAC
CACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGGTGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAACTTGGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTAG
GGCCTTTGCCACATCATATGATTAAGAAATCAGATAGAAGATATGTGAAATATTTTAGACATGGAACACGATTGAATTGGCCTGAAGGAGCATCCTCTAGAGAGAGCATCAGAGCAGTCAGGAAGTTACCAAAACTTAG

>TRINITY_DN133985_c0_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGGTATGAGAGAGTATCTTCTTTTCTGATGCTGTACTTTACTGTGC
TATTTTTACATGCACAATTTAATAAATGGACATGTTGGGTAATATGCTATAAGGATTTCTTGATTTAAACATATATTCTTAGAACTTTCAAATGATCTTTATTTTCTTTATTCAAACCTGAGATGTATGGCCTTTCCCAATACAGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTTGCATAGTCAGT
ATTCTGTAGCAATTCATACCTTAATTCTTTTTTCTTTACAAACGCCTAAGAGTAGTCTGCATTATGTATATGGTTGTTAGAGTGTGTGTTTAAGGTTGTGGATGGATGTAAAAACAGGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGATCTTGTACGGGA
GGTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGCGAAGGTTCCAGATTGCAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCA
CCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGGTGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAACTTGGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTA
GGGCCTTTGCCACATCATATGATTAAGAAATCAGAgtgagtatttttatgtttgccgaggaactgttacctcaatcagattattagacacgctataaaattcaatatgcccatggtaaaccgtaattttcaatgtcatcctgtcaacagTAGAAGATATGTGAAATATTTTAGACATGGAACACGATTGAATTGGCCTGA
AGGAGCATCCTCTAGAGAGAGCATCAGAGCAGTCAGGAAGTTACCAAAACTTAG

Intron 4 GTCAGTATTC ... GTAAAAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	63.87	28	38	61
A2	57.48	27	22	51
A3	60.71	22	21	47
A4	53.9	28	17.5	48
A5	47.36	15	11	16
A6	46.66	24	11	31
A7	54.43	18	10	33
A8	62.02	11	15	21
A9	46.9	15	9.5	17
A10	43.79	16	5	20

>TRINITY_DN133985_c0_g2_i9 from sample A1 / Example spliced isoform

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTT
GCATAGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGATCTTGTACGGGAGGTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATGTGTGTAGACGATACTTGCACTTATCTTTACATTTGATGTGGGAGGGCTTAAACATATAATTTAATTTTTTAAGGATTGC
TTGTCCACTGCCATAACTAGATTGCTTCGTTGGTCATGTTAGCTCACATTTTATGAGGCTAGATTGGGCCTTTATAAGGGTGTTCATAACATCTGTCTAGGATTTTCTTCTCCTAATATTGCCAATGATCTGTGGCAGATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCT
TCAGACTATGTGAAGGTTCCAGATTGCAAGGTAGATTGCTCGCGTGTTGTTACTGAATATAATTGAATTTGTCATGGTTGGCATATTATATGTTGCCGACATGGCTCAACTCAGTTGATAATATTGTTTATTATTATAGTAGCTCCAGCAAAAAGCTGGTGTATGAAATAACATATTGTTTCTTTGTATTTTTATGCCTT
CTACTGTTAACAATCGTTACGATCAAACATTTTAACATATTGCTAAGATCAACATTCTAACATGCATTTATCTCAATGAATGAACTCTGATAACATTATTGTTGTTCAAAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCACCACATATGAAG
ATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTGAGCTTAGAAAGATTGTTCTATGGTTTAGCCAGCAGTTTGAAAGGACCAATGTCAATTCAATCATATGTTGAATCCAAACCCCTTTGTATTTACAATTTATGTTTTACAACAGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGA
TATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGTAAACTTTTTAGACTAGTTTATCTTATGTTAAAATTTTACATAGATACCTGCAGGAATGATATTTATGCTACCTGCATTTTAAATTTTCAGGGTGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAACTTGGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTAGGGCC
TTTGCCACATCATATGATTAAGAAATCAGAGATTTAATAATGCAGCATGCAGATCACTCTGCAGGTTTATTTATAGACTTGTTGCAGGGTCTTCTTAAGTTTGAAC

>TRINITY_DN133985_c0_g2_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGGTATGAGAGAGTATCTTCTTTTCTGATGCTGTACTTTACTGTGC
TATTTTTACATGCACAATTTAATAAATGGACATGTTGGGTAATATGCTATAAGGATTTCTTGATTTAAACATATATTCTTAGAACTTTCAAATGATCTTTATTTTCTTTATTCAAACCTGAGATGTATGGCCTTTCCCAATACAGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTTGCATAgtcagt
attctgtagcaattcataccttaattcttttttctttacaaacgcctaagagtagtctgcattatgtatatggttgttagagtgtgtgtttaaggttgtggatggatgtaaaaacagGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGATCTTGTACGGGA
GGTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATGTGTGTAGACGATACTTGCACTTATCTTTACATTTGATGTGGGAGGGCTTAAACATATAATTTAATTTTTTAAGGATTGCTTGTCCACTGCCATAACTAGATTGCTTCGTTGGTCATGTTAGCTCACATTTTATGAGGCTAGATTGGGCCTTTATAAGGGTGTTCATA
ACATCTGTCTAGGATTTTCTTCTCCTAATATTGCCAATGATCTGTGGCAGATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGTGAAGGTTCCAGATTGCAAGGTAGATTGCTCGCGTGTTGTTACTGAATATAATTGAATTTGTCATGGTTGGCATATTA
TATGTTGCCGACATGGCTCAACTCAGTTGATAATATTGTTTATTATTATAGTAGCTCCAGCAAAAAGCTGGTGTATGAAATAACATATTGTTTCTTTGTATTTTTATGCCTTCTACTGTTAACAATCGTTACGATCAAACATTTTAACATATTGCTAAGATCAACATTCTAACATGCATTTATCTCAATGAATGAACTCT
GATAACATTATTGTTGTTCAAAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTGAGCTTAGAAAGATTGTTCTATGGTT
TAGCCAGCAGTTTGAAAGGACCAATGTCAATTCAATCATATGTTGAATCCAAACCCCTTTGTATTTACAATTTATGTTTTACAACAGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGTAAACTTTTTAGACTAGTTTATCTTATGTTAAAATTTTACATAGATA
CCTGCAGGAATGATATTTATGCTACCTGCATTTTAAATTTTCAGGGTGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAACTTGGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTAGGGCCTTTGCCACATCATATGATTAAGAAATCAGAGATTTAATAATGCAGCATGCAGATCACTCTGCAGGTTTATTTATAGACTTGTTGCAGG
GTCTTCTTAAGTTTGAAC

Intron 5 GTGAGCTTAG ... TTTACAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	47.2	33	33	26
A2	31.51	25	13	10
A3	30.77	27	16	8
A4	60	10	18	12
A5	67.21	10	26	15
A6	27.5	29	15	7
A7	37.98	40	30	19
A8	36.17	30	22	12
A9	33.33	20	15	5
A10	38.89	22	13	15

>TRINITY_DN133985_c0_g2_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGGTATGAGAGTATTTTCTTTTCTGATGCTGTACTTTGCTGTGCTA
TTTTCACATGCACAATTTAATAAATGGACATGTTGGGTAATATGCTATAAGGATTTCTTGATTTAAACATATATTCTTAGAACTTTCAAATGATCTTTATTTTCTTTATTCAAACCTGAGATGTATGGCCTTTCCCAATACAGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTTGCATAGTCAGTAT
TCTGTAGCAATTCATACCTTAATTCTTTTTTTCTTTACAAACGCCTAAGAGTAGTCTGCATTATGTATATGGTTGTTAGAGTGTGTGTTTAAGGTTGTGGATGGATGTAAAAACAGGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGATCTTGTACGGGAG
GTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGCGAAGGTTCCAGATTGCAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCAC
CACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGGTGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAACTTGGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTAG
GGCCTTTGCCACATCATATGATTAAGAAATCAGATAGAAGATATGTGAAATATTTTAGACATGGAACACGATTGAATTGGCCTGAAGGAGCATCCTCTAGAGAGAGCATCAGAGCAGTCAGGAAGTTACCAAAACTTAG

>TRINITY_DN133985_c0_g2_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGgtgagcttagaaagattgttctatggtttagccagcagtttgaaaggac
caatgtcaattcaatcatgttgaatccaaacccctttgtatttacaatttatgttttacaacagGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGGTGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAACTTGGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTAGGGCCTTT
GCCACATCATATGATTAAGAAATCAGATAGAAGATATGTGAAATATTTTAGACATGGAACACGATTGAATTGGCCTGAAGGAGCATCCTCTAGAGAGAGCATCAGAGCAGTCAGGAAGTTACCAAAACTTAG

Intron 6 GTATGAGAGA ... CCCAATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50.95	37.5	42	35
A2	42.74	31.5	33	14
A3	38.56	24.3	22	8
A4	66.43	10.3	32	8
A5	52.73	18	26	14
A6	33.11	18.3	8	10
A7	47.82	14.3	13	13
A8	41.18	15	8	13
A9	37.27	13.5	8	8
A10	44.55	26.5	36	6

>TRINITY_DN133985_c0_g2_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTT
GCATAGTCAGTATTCTGTAGCAATTCATACCTTAATTCTTTTTTTCTTTACAAACGCCTAAGAGTAGTCTGCATTATGTATATGGTTGTTAGAGTGTGTGTTTAAGGTTGTGGATGGATGTAAAAACAGGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGA
TCTTGTACGGGAGGTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGCGAAGGTTCCAGATTGCAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTG
ATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGGTGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAACTTGGAACATCTTGCCATGATG
GAAAGGGTCTTAGGGCCTTTGCCACATCATATGATTAAGAAATCAGATAGAAGATATGTGAAATATTTTAGACATGGAACACGATTGAATTGGCCTGAAGGAGCATCCTCTAGAGAGAGCATCAGAGCAGTCAGGAAGTTACCAAAACTTAG

>TRINITY_DN133985_c0_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGgtatgagagagtatcttcttttctgatgctgtactttactgtgc
tatttttacatgcacaatttaataaatggacatgttgggtaatatgctataaggatttcttgatttaaacatatattcttagaactttcaaatgatctttattttctttattcaaacctgagatgtatggcctttcccaatacagCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTTGCATAGTCAGT
ATTCTGTAGCAATTCATACCTTAATTCTTTTTTCTTTACAAACGCCTAAGAGTAGTCTGCATTATGTATATGGTTGTTAGAGTGTGTGTTTAAGGTTGTGGATGGATGTAAAAACAGGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGATCTTGTACGGGA
GGTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGCGAAGGTTCCAGATTGCAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCA
CCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGGTGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAACTTGGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTA
GGGCCTTTGCCACATCATATGATTAAGAAATCAGAGTGAGTATTTTTATGTTTGCCGAGGAACTGTTACCTCAATCAGATTATTAGACACGCTATAAAATTCAATATGCCCATGGTAAACCGTAATTTTCAATGTCATCCTGTCAACAGTAGAAGATATGTGAAATATTTTAGACATGGAACACGATTGAATTGGCCTGA
AGGAGCATCCTCTAGAGAGAGCATCAGAGCAGTCAGGAAGTTACCAAAACTTAG

Intron 7 GTATGAGAGT ... CCCAATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	49.04	40	42	35
A2	43.12	31	33	14
A3	40.54	22	22	8
A4	68.97	9	32	8
A5	54.05	17	26	14
A6	32.14	19	8	10
A7	46.43	15	13	13
A8	41.18	15	8	13
A9	38.1	13	8	8
A10	46.07	24	35	6

>TRINITY_DN133985_c0_g2_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTT
GCATAGTCAGTATTCTGTAGCAATTCATACCTTAATTCTTTTTTTCTTTACAAACGCCTAAGAGTAGTCTGCATTATGTATATGGTTGTTAGAGTGTGTGTTTAAGGTTGTGGATGGATGTAAAAACAGGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGA
TCTTGTACGGGAGGTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGCGAAGGTTCCAGATTGCAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTG
ATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGGTGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAACTTGGAACATCTTGCCATGATG
GAAAGGGTCTTAGGGCCTTTGCCACATCATATGATTAAGAAATCAGATAGAAGATATGTGAAATATTTTAGACATGGAACACGATTGAATTGGCCTGAAGGAGCATCCTCTAGAGAGAGCATCAGAGCAGTCAGGAAGTTACCAAAACTTAG

>TRINITY_DN133985_c0_g2_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGgtatgagagtattttcttttctgatgctgtactttgctgtgcta
ttttcacatgcacaatttaataaatggacatgttgggtaatatgctataaggatttcttgatttaaacatatattcttagaactttcaaatgatctttattttctttattcaaacctgagatgtatggcctttcccaatacagCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTTGCATAGTCAGTAT
TCTGTAGCAATTCATACCTTAATTCTTTTTTTCTTTACAAACGCCTAAGAGTAGTCTGCATTATGTATATGGTTGTTAGAGTGTGTGTTTAAGGTTGTGGATGGATGTAAAAACAGGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGATCTTGTACGGGAG
GTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGCGAAGGTTCCAGATTGCAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCAC
CACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGGTGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAACTTGGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTAG
GGCCTTTGCCACATCATATGATTAAGAAATCAGATAGAAGATATGTGAAATATTTTAGACATGGAACACGATTGAATTGGCCTGAAGGAGCATCCTCTAGAGAGAGCATCAGAGCAGTCAGGAAGTTACCAAAACTTAG

Intron 8 GTGTGTAGAC ... TCTGTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.75	39	37.7	46
A2	44.64	38	30.3	31
A3	56.99	21	29.7	26
A4	46.97	38	37.3	30
A5	46.31	16	15.7	12
A6	36.25	17	12.3	7
A7	32.13	38	19	17
A8	36.81	14	10.3	6
A9	57.14	11	10.3	19
A10	53.57	13	17	13

>TRINITY_DN133985_c0_g2_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGGTATGAGAGTATTTTCTTTTCTGATGCTGTACTTTGCTGTGCTA
TTTTCACATGCACAATTTAATAAATGGACATGTTGGGTAATATGCTATAAGGATTTCTTGATTTAAACATATATTCTTAGAACTTTCAAATGATCTTTATTTTCTTTATTCAAACCTGAGATGTATGGCCTTTCCCAATACAGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTTGCATAGTCAGTAT
TCTGTAGCAATTCATACCTTAATTCTTTTTTTCTTTACAAACGCCTAAGAGTAGTCTGCATTATGTATATGGTTGTTAGAGTGTGTGTTTAAGGTTGTGGATGGATGTAAAAACAGGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGATCTTGTACGGGAG
GTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGCGAAGGTTCCAGATTGCAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCAC
CACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGGTGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAACTTGGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTAG
GGCCTTTGCCACATCATATGATTAAGAAATCAGATAGAAGATATGTGAAATATTTTAGACATGGAACACGATTGAATTGGCCTGAAGGAGCATCCTCTAGAGAGAGCATCAGAGCAGTCAGGAAGTTACCAAAACTTAG

>TRINITY_DN133985_c0_g2_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTT
GCATAGTCAGTATTCTGTAGCAATTCATACCTTAATTCTTTTTTCTTTACAAACGCCTAAGAGTAGTCTGCATTATGTATATGGTTGTTAGAGTGTGTGTTTAAGGTTGTGGATGGATGTAAAAACAGGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGAT
CTTGTACGGGAGGTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATgtgtgtagacgatacttgcacttatctttacatttgatgtgggagggcttaaacatataatttaattttttaaggattgcttgtccactgccataactagattgcttcgttggtcatgttagctcacattttatgaggctagattgggcctttataa
gggtgttcataacatctgtctaggattttcttctcctaatattgccaatgatctgtggcagATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGTGAAGGTTCCAGATTGCAAGGTAGATTGCTCGCGTGTTGTTACTGAATATAATTGAATTTGTCATGG
TTGGCATATTATATGTTGCCGACATGGCTCAACTCAGTTGATAATATTGTTTATTATTATAGTAGCTCCAGCAAAAAGCTGGTGTATGAAATAACATATTGTTTCTTTGTATTTTTATGCCTTCTACTGTTAACAATCGTTACGATCAAACATTTTAACATATTGCTAAGATCAACATTCTAACATGCATTTATCTCAAT
GAATGAACTCTGATAACATTATTGTTGTTCAAAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTGAGCTTAGAAAGATT
GTTCTATGGTTTAGCCAGCAGTTTGAAAGGACCAATGTCAATTCAATCATATGTTGAATCCAAACCCCTTTGTATTTACAATTTATGTTTTACAACAGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGTAAACTTTTTAGACTAGTTTATCTTATGTTAAAATT
TTACATAGATACCTGCAGGAATGATATTTATGCTACCTGCATTTTAAATTTTCAGGGTGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAACTTGGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTAGGGCCTTTGCCACATCATATGATTAAGAAATCAGAGATTTAATAATGCAGCATGCAGATCACTCTGCAGGTTTATTTATAGA
CTTGTTGCAGGGTCTTCTTAAGTTTGAAC

Intron 9 GTAAACTTTT ... AAATTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	40.86	44.4	33	28
A2	41.87	23	14	19
A3	34.46	23	12	12
A4	18.67	26.2	9	3
A5	45.45	9	8	7
A6	20.8	25.4	6	7
A7	18.42	62.2	14	14
A8	28.78	33.4	14	12
A9	33.09	32.6	15	17
A10	11.37	43	6	5

>TRINITY_DN133985_c0_g2_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGGTATGAGAGTATTTTCTTTTCTGATGCTGTACTTTGCTGTGCTA
TTTTCACATGCACAATTTAATAAATGGACATGTTGGGTAATATGCTATAAGGATTTCTTGATTTAAACATATATTCTTAGAACTTTCAAATGATCTTTATTTTCTTTATTCAAACCTGAGATGTATGGCCTTTCCCAATACAGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTTGCATAGTCAGTAT
TCTGTAGCAATTCATACCTTAATTCTTTTTTTCTTTACAAACGCCTAAGAGTAGTCTGCATTATGTATATGGTTGTTAGAGTGTGTGTTTAAGGTTGTGGATGGATGTAAAAACAGGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGATCTTGTACGGGAG
GTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGCGAAGGTTCCAGATTGCAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCAC
CACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGGGTGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAACTTGGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTAG
GGCCTTTGCCACATCATATGATTAAGAAATCAGATAGAAGATATGTGAAATATTTTAGACATGGAACACGATTGAATTGGCCTGAAGGAGCATCCTCTAGAGAGAGCATCAGAGCAGTCAGGAAGTTACCAAAACTTAG

>TRINITY_DN133985_c0_g2_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGGAACATTTGGTCAAGTTTTGGAATGTTGGGATCGAAAATTAAAAGATCTCGTGGCCATTAAAATCGTACGCGGCTTACAAAAGTACCGAGAGGCTGCAATGATAGAAGTTGATGTGCTTCGTCAAGTTGGCAAATACGATAGAAATGGCACACGGTATGAGAGAGTATCTTCTTTTCTGATGCTGTACTTTACTGTGC
TATTTTTACATGCACAATTTAATAAATGGACATGTTGGGTAATATGCTATAAGGATTTCTTGATTTAAACATATATTCTTAGAACTTTCAAATGATCTTTATTTTCTTTATTCAAACCTGAGATGTATGGCCTTTCCCAATACAGCTGTGTGCAGATGCGCGAATGGTTTGACTATCGGAATCACACTTGCATAGTCAGT
ATTCTGTAGCAATTCATACCTTAATTCTTTTTTCTTTACAAACGCCTAAGAGTAGTCTGCATTATGTATATGGTTGTTAGAGTGTGTGTTTAAGGTTGTGGATGGATGTAAAAACAGGTCTTTGAGAAGCTTGGCCCAAGCTTATATGATTTCCTACGGAAAAACAATTACAGCCCATTTCCCATTGATCTTGTACGGGA
GGTTGGAAGGCAACTGTTGGAATCTGTAGCATGTGTGTAGACGATACTTGCACTTATCTTTACATTTGATGTGGGAGGGCTTAAACATATAATTTAATTTTTTAAGGATTGCTTGTCCACTGCCATAACTAGATTGCTTCGTTGGTCATGTTAGCTCACATTTTATGAGGCTAGATTGGGCCTTTATAAGGGTGTTCATA
ACATCTGTCTAGGATTTTCTTCTCCTAATATTGCCAATGATCTGTGGCAGATATGCATGAGTTGAAACTCGTTCACACGGATTTAAAGCCTGAAAATATACTTTTTGTTTCTTCAGACTATGTGAAGGTTCCAGATTGCAAGGTAGATTGCTCGCGTGTTGTTACTGAATATAATTGAATTTGTCATGGTTGGCATATTA
TATGTTGCCGACATGGCTCAACTCAGTTGATAATATTGTTTATTATTATAGTAGCTCCAGCAAAAAGCTGGTGTATGAAATAACATATTGTTTCTTTGTATTTTTATGCCTTCTACTGTTAACAATCGTTACGATCAAACATTTTAACATATTGCTAAGATCAACATTCTAACATGCATTTATCTCAATGAATGAACTCT
GATAACATTATTGTTGTTCAAAAGGGTGTGAAGGGATCTCCAGATGACTTTAAAAGGTTGCCAAAGTCAAGTGCAATAAAGTTAATTGATTTTGGAAGCACCACATATGAAGATCAAGATCACACCTCAGTGGTCTCAACAAGGCATTATCGGGCCCCTGAAGTTATTTTGGGTGAGCTTAGAAAGATTGTTCTATGGTT
TAGCCAGCAGTTTGAAAGGACCAATGTCAATTCAATCATATGTTGAATCCAAACCCCTTTGTATTTACAATTTATGTTTTACAACAGGTCTTGGATGGAACTACCCTTGTGATATTTGGAGTGTAGGGTGCATACTTGTGGAGCTCTGCTCGgtaaactttttagactagtttatcttatgttaaaattttacatagata
cctgcaggaatgatatttatgctacctgcattttaaattttcagGGTGAGACTTTGTTTCAAACCCATGAGAACTTGGAACATCTTGCCATGATGGAAAGGGTCTTAGGGCCTTTGCCACATCATATGATTAAGAAATCAGAGATTTAATAATGCAGCATGCAGATCACTCTGCAGGTTTATTTATAGACTTGTTGCAGG
GTCTTCTTAAGTTTGAAC