sp|Q84UC7|BAC1_ARATH ----> Mitochondrial arginine transporter BAC1
Intron 1 GTAATCAGAA ... TGTCTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 34.36 | 28.5 | 14.9 | 14.5 |
| A2 | 30.97 | 13.2 | 4.9 | 7 |
| A3 | 27.16 | 20.7 | 6 | 9.5 |
| A4 | 33.33 | 4 | 1 | 3 |
| A5 | 16.78 | 6 | 1.9 | 0.5 |
| A6 | 33.38 | 42.2 | 14.9 | 27.4 |
| A7 | 17.73 | 81 | 24.9 | 10 |
| A8 | 20.16 | 58.8 | 13.9 | 16 |
| A9 | 36.23 | 50.6 | 23 | 34.6 |
| A10 | 14.35 | 60.7 | 8 | 12.5 |
>TRINITY_DN115782_c7_g3_i1 from sample A1 / Example spliced isoformAATTCCCGGTGAGGAGTACTACAGCGGTCAGCATTACAAAATTATTAAACCCACTGAAGGCATGAAAACGTACACATTGTCCTGAGAGCGTATACATCCTCGTAAGGCTGGAGATCGGGTGACTATTTGTTCAGTTGAGAAGAGAAAATGGAAGATGCACTGAAAGACTACGCAGCCGGATGTGCAGCAGGAATCGCTAC
TGTCATCACAGGCCACCCTTTCGACACAGTCAAGGTGAAGCTCCAGGTACAAAATACAGAAGCCCATGCGTTTAAGTACCGAAATGCATTACACTGCACTACACACATTCTGAGGACGGAAGGGGTGAAGGGTCTCTACAGAGGTGCAACCTCATCTTTTGTGGGCATGGCTTTTGAAAGTTCACTTCTTTTTGGTGTTT
ATTCTCAAATGAAACTAGCTTTACAGGGAGGAGATCCTAGCAGTGGCAGGCCAAAACTTGAGATTGTTGTTCCTTCTGCAGCTTGTGGGGGAGCACTCATTAGTTTTGTACTATGCCCAGCAGAGCTGGTGAAGTGTAGATTGCAAGTTCAGGCAAAAGACAGTGGGGCACTCATGAAGCATCATTGGAGATACGAGGGG
CCTTTGGATTGTGCACTGAAAACTATTAGAAATGAAGGGATACAAGGTTTATTTTGTGGTGGTTTAGCTACATTCTTGAGAGAGTCAATTGGAAATGCAATATTCTTCAGCACTTATGAAATGACTCGTTACTATATGCTTTCAACTATTGGCACGCATTCTAAACTCGACAACCAAGCAGGTGCCCAGTCTTCACAGTT
TATCAATCACTCTTCTAAAATTCTCATAGATACAGGAGTTGGAATTTTTAGTGGTGGGCTTGCAGGTATTGCGTTTTGGTCTGCAGTTTTGCCACTTGATGTTGCAAAAACCCGTATTCAGACAGCTCCAAATACTAACGTGAGGAGAAACCCTGTACACACACTCAATGCGATTTATAGAGAGCTTGGTTTCAAAGGAT
TATACGCTGGTTTAGGGCCTACATTAGTGAGGGCCTTTCCTGCTAATGCTGCTGCAATTGTCACTTGGGAGCTTACAGCAAATTTGCTGGGGGTTAAGCGTTCGTAAACACTCGACCTTTAAAAATAAATCCTATTAGCTTTAATGAAGATAATCTGTTGTGGTGGCAACTGGTTTAGAATATTCTTAAATGCATTCTTA
ATGTAACTCTTGATAACATAATGTGTAAATGATTTGCTTCATGCCTGTTGGTAAGGGAAGCTTCTTCTCTGGGTTGTTGACTCTGTTTTCCTTCTTGGGATACATTCTGCCTTCGCATTGGGACATGCTTTCTGGGATTAATTTCATTAGTGGTGCTTCTCTAGGATGGGCAAATGGATATATTTTAAGGTCATGAATTC
ATGGAACCCAAACTCTGGGTTTTGATGCCTTTAAGTAATTATTTTTTTCAATGGTATTAAACTAC
>TRINITY_DN115782_c7_g3_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:AATTCCCGGTGAGGAGTACTACAGCGGTCAGCATTACAAAATTATTAAACCCACTGAAGGCATGAAAACGTACACATTGTCCTGAGAGCGTATACATCCTCGTAAGGCTGGAGATCGGGTGACTATTTGTTCAGTTGAGAAGAGAAAATGGAAGATGCACTGAAAGACTACGCAGCCGGATGTGCAGCAGGAATCGCTAC
TGTCATCACAGGCCACCCTTTCGACACAGTCAAGGTGAAGCTCCAGGTACAAAATACAGAAGCCCATGCGTTTAAGTACCGAAATGCATTACACTGCACTACACACATTCTGAGGACGGAAGGGGTGAAGGGTCTCTACAGAGGTGCAACCTCATCTTTTGTGGGCATGGCTTTTGAAAGTTCACTTCTTTTTGGTGTTT
ATTCTCAAATGAAACTAGCTTTACAGTTAGGTAGTTTATGTCTGGAGGCCTGATGGGGTAGTATTTGGCATGGTGGTTCTTTGGCAAGGGAGGAGATCCTAGCAGTGGCAGGCCAAAACTTGAGATTGTTGTTCCTTCTGCAGCTTGTGGGGGAGCACTCATTAGTTTTGTACTATGCCCAGCAGAGCTGGTGAAGgtaa
tcagaattagaatttgtatgtgctatgggtacgcattgagatgttcttattgtaccagtggatatgtgttgtttgtgttgtcttgtagTGTAGATTGCAAGTTCAGGCAAAAGACAGTGGGGCACTCATGAAGCATCATTGGAGATACGAGGGGCCTTTGGATTGTGCACTGAAAACTATTAGAAATGAAGGGATACAAG
GTTTATTTTGTGGTGGTTTAGCTACATTCTTGAGAGAGTCAATTGGAAATGCAATATTCTTCAGCACTTATGAAATGACTCGTTACTATATGCTTTCAACTATTGGCACGCATTCTAAACTCGACAACCAAGCAGGTGCCCAGTCTTCACAGTTTATCAATCACTCTTCTAAAATTCTCATAGATACAGGAGTTGGAATT
TTTAGTGGTGGGCTTGCAGGTATTGCGTTTTGGTCTGCAGTTTTGCCACTTGATGTTGCAAAAACCCGTATTCAGACAGCTCCAAATACTAACGTGAGGAGAAACCCTGTACACACACTCAATGCGATTTATAGAGAGCTTGGTTTCAAAGGATTATACGCTGGTTTAGGGCCTACATTAGTGAGGGCCTTTCCTGCTAA
TGCTGCTGCAATTGTCACTTGGGAGCTTACAGCAAATTTGCTGGGGGTTAAGCGTTCGTAAACACTCGACCTTTAAAAATAAATCCTATTAGCTTTAATGAAGATAATCTGTTGTGGTGGCAACTGGTTTAGAATATTCTTAAATGCATTCTTAATGTAACTCTTGATAACATAATGTGTAAATGATTTGCTTCATGCCT
GTTGGTAAGGGAAGCTTCTTCTCTGGGTTGTTGACTCTGTTTTCCTTCTTGGGATACATTCTGCCTTCGCATTGGGACATGCTTTCTGGGATTAATTTCATTAGTGGTGCTTCTCTAGGATGGGCAAATGGATATATTTTAAGGTCATGAATTCATGGAACCCAAACTCTGGGTTTTGATGCCTTTAAGTAATTATTTTT
TTCAATGGTATTAAACTAC
Intron 2 GTAGTTTATG ... CTTTGGCAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 67.74 | 10 | 14 | 28 |
| A2 | 54.17 | 1.8 | 0 | 4 |
| A3 | 56.32 | 10.5 | 13 | 14 |
| A4 | 0 | 2 | 0 | 0 |
| A5 | 33.33 | 2 | 0 | 2 |
| A6 | 21.78 | 16.3 | 2 | 7 |
| A7 | 41.02 | 36.8 | 17 | 34 |
| A8 | 42.69 | 21.5 | 8 | 24 |
| A9 | 47.91 | 18.5 | 11 | 23 |
| A10 | 51.09 | 25.5 | 26 | 27 |
>TRINITY_DN46816_c0_g1_i9 from sample A10 / Example spliced isoformTGGATTGCAAACCCATTTAAATTCCAATTCCCGGTGAGGAGTACTACAGCGGTCAGCATTACAAAATTATTAAACCCACTGAAGGCATGAAAACGTACACATTGTCCTGAGAGCGTATACATCCTCGTAAGGCTGGAGATCGGGTGACTATTTGTTCAGTTGAGAAGAGAAAATGGAAGATGCACTGAAAGACTACGCAG
CCGGATGTGCAGCAGGAATCGCTACTGTCATCACAGGCCACCCTTTCGACACAGTCAAGGTGAAGCTCCAGGTACAAAATACAGAAGCCCATGCGTTTAAGTACCGAAATGCATTACACTGCACTACACACATTCTGAGGACGGAAGGGGTTGCTTGCACTGGGCTTTCATTAACATATCAAGAAGCAGATGAAGATGCT
GATTGATAAGCTTTGGTGAAGGGTCTCTACAGAGGTGCAACCTCATCTTTTGTGGGCATGGCTTTTGAAAGTTCACTTCTTTTTGGTGTTTATTCTCAAATGAAACTAGCTTTACAGGGAGGAGATCCTAGCAGTGGCAGGCCAAAACTTGAGATTGTTGTTCCTTCTGCAGCTTGTGGGGGAGCACTCATTAGTTTTGT
ACTATGCCCAGCAGAGCTGGTGAAGTGTAGATTGCAAGTTCAGGCAAAAGACAGTGGGGCACTCATGAAGCATCATTGGAGATACGAGGGGCCTTTGGATTGTGCACTGAAAACTATTAGAAATGAAGGGATACAAGGTTTATTTTGTGGTGGTTTAGCTACATTCTTGAGAGAGTCAATTGGAAATGCAATATTCTTCA
GCACTTATGAAATGACTCGTTACTATATGCTTTCAACTATTGGCACGCATTCTAAACTCGACAACCAAGCAGGTGCCCAGTCTTCACAGTTTATCAATCACTCTTCTAAAATTCTCATAGATACAGGAGTTGGAATTTTTAGTGGTGGGCTTGCAGGTATTGCGTTTTGGTCTGCAGTTTTGCCACTTGATGTTGCAAAA
ACCCGTATTCAGACAGCTCCAAATACTAATGTGAGGAGAAACCCTGTACACACACTCAATGCGATTTATAGAGAGCTTGGTTTCAAAGGATTATACGCTGGTTTAGGGCCTACATTAGTGAGGGCCTTTCCTGCTAATGCTGCTGCAATTGTCACTTGGGAGCTTACAGCAAATTTGCTGGGGGTTAAGCGTTCGTAAAC
ACTCGACCTTTAAAAATAAATCCTATTAGCTTTAATGAAGATAATCTGTTGTGGTGGCAACTGGTTTAGATTATTCTTAATTGCATTCTTAATGTAACTGTTGATAACATAATGTGTAAATTATTTGCTTCATGCCTGTTGGTAAGGGAAGCTTCTTCTCTGGGTTGTTGACTCTGTTTTCCTTCTTGGGATACATTCTG
CCTTCGCATTGGGACATGATTTCTGGGATTAAGTTCATTAGTGGTGCTTCTCTAGGATGGGCAAATGGATATTTTTTAAGGTCATGAATTCATGGAACCCAAACTCAGGGTTTTGATGCCTTTAAGTAATTATTTTTTTCAATGGTATTAAACTACTCTGCTATGTTTACAATGAATTATGTACGACATAAAGTTATATT
AAAATAGTTCAAAGAATTTGGTCC
>TRINITY_DN46816_c0_g1_i12 from sample A10 / Example unspliced isoform:TGGATTGCAAACCCATTTAAATTCCAATTCCCGGTGAGGAGTACTACAGCGGTCAGCATTACAAAATTATTAAACCCACTGAAGGCATGAAAACGTACACATTGTCCTGAGAGCGTATACATCCTCGTAAGGCTGGAGATCGGGTGACTATTTGTTCAGTTGAGAAGAGAAAATGGAAGATGCACTGAAAGACTACGCAG
CCGGATGTGCAGCAGGAATCGCTACTGTCATCACAGGCCACCCTTTCGACACAGTCAAGGTGAAGCTCCAGGTACAAAATACAGAAGCCCATGCGTTTAAGTACCGAAATGCATTACACTGCACTACACACATTCTGAGGACGGAAGGGGTTGCTTGCACTGGGCTTTCATTAACATATCAAGAAGCAGATGAAGATGCT
GATTGATAAGCTTTGGTGAAGGGTCTCTACAGAGGTGCAACCTCATCTTTTGTGGGCATGGCTTTTGAAAGTTCACTTCTTTTTGGTGTTTATTCTCAAATGAAACTAGCTTTACAGgtagtttatgtctggaggcctgatggggtagtatttggcatggtggttctttggcaagGGAGGAGATCCTAGCAGTGGCAGGC
CAAAACTTGAGATTGTTGTTCCTTCTGCAGCTTGTGGGGGAGCACTCATTAGTTTTGTACTATGCCCAGCAGAGCTGGTGAAGTGTAGATTGCAAGTTCAGGCAAAAGACAGTGGGGCACTCATGAAGCATCATTGGAGATACGAGGGGCCTTTGGATTGTGCACTGAAAACTATTAGAAATGAAGGGATACAAGGTTTA
TTTTGTGGTGGTTTAGCTACATTCTTGAGAGAGTCAATTGGAAATGCAATATTCTTCAGCACTTATGAAATGACTCGTTACTATATGCTTTCAACTATTGGCACGCATTCTAAACTCGACAACCAAGCAGGTGCCCAGTCTTCACAGTTTATCAATCACTCTTCTAAAATTCTCATAGATACAGGAGTTGGAATTTTTAG
TGGTGGGCTTGCAGGTATTGCGTTTTGGTCTGCAGTTTTGCCACTTGATGTTGCAAAAACCCGTATTCAGACAGCTCCAAATACTAATGTGAGGAGAAACCCTGTACACACACTCAATGCGATTTATAGAGAGCTTGGTTTCAAAGGATTATACGCTGGTTTAGGGCCTACATTAGTGAGGGCCTTTCCTGCTAATGCTG
CTGCAATTGTCACTTGGGAGCTTACAGCAAATTTGCTGGGGGTTAAGCGTTCGTAAACACTCGACCTTTAAAAATAAATCCTATTAGCTTTAATGAAGATAATCTGTTGTGGTGGCAACTGGTTTAGATTATTCTTAATTGCATTCTTAATGTAACTGTTGATAACATAATGTGTAAATTATTTGCTTCATGCCTGTTGG
TAAGGGAAGCTTCTTCTCTGGGTTGTTGACTCTGTTTTCCTTCTTGGGATACATTCTGCCTTCGCATTGGGACATGATTTCTGGGATTAAGTTCATTAGTGGTGCTTCTCTAGGATGGGCAAATGGATATTTTTTAAGGTCATGAATTCATGGAACCCAAACTCAGGGTTTTGATGCCTTTAAGTAATTATTTTTTTCAA
TGGTATTAAACTACTCTGCTATGTTTACAATGAATTATGTACGACATAAAGTTATATTAAAATAGTTCAAAGAATTTGGTCC
Intron 3 GTAAGTAACT ... TGCATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20 | 8 | 1 | 3 |
| A2 | 40 | 6 | 3 | 5 |
| A3 | 21.74 | 18 | 4 | 6 |
| A4 | 9.09 | 20 | 2 | 2 |
| A5 | 15.38 | 11 | 1 | 3 |
| A6 | 16.28 | 36 | 4 | 10 |
| A7 | 13.6 | 54 | 6 | 11 |
| A8 | 13.4 | 84 | 5 | 21 |
| A9 | 16.47 | 71 | 8 | 20 |
| A10 | 10.24 | 57 | 5 | 8 |
>TRINITY_DN47496_c1_g3_i4 from sample A7 / Example spliced isoformAATTTGGATTGCAAACCCATTTAAATTCCAATTCCCGGTGAGGAGTACTACAGCGGTCAGCATTACAAAATTATTAAACCCACTGAAGGCATGAAAACGTACACATTGTCCTGAGAGCGTATACATCCTCGTAAGACTGGAGATCGGGTGACTGTTTGTTCAGTTGAGAAGAGAAAATGGAAGATGCACTGAAAGACTAC
GCAGCCGGATGTGCAGCAGGAATCGCTACTGTCATCACAGGCCACCCTTTCGACACAGTCAAGGTGAAGCTCCAGGTACAAAATACAGAAGCCCATGCGTTTAAGTACCGAAATGCATTACACTGCACTACACACATTCTGAGGACGGAAGGGGTGAAGGGTCTCTACAGAGGTGCAACCTCATCTTTTGTGGGCATGGC
TTTTGAAAGTTCACTTCTTTTTGGTGTTTATTCTCAAATGAAACTAGCTTTACAGTTAGGTAGTTTATGTCTGGAGGCCTGATGGGGTAGTATTTGGCATGGTGGTTCTTTGGCAAGGGAGGAGATCCTAGCAGTGGCAGGCCAAAACTTGAGATTGTTGTTCCTTCTGCAGCTTGTGGGGGAGCACTCATTAGTTTTGT
ACTATGCCCAGCAGAGCTGGTGAAGGTAATCAGAATTAGAATTTGTATGTGCTATGGGTACGCATTGAGATGTTCTTATTGTACCAGTGGATATGTGTTGTTTGTGTTGTCTTGTAGTGTAGATTGCAAGTTCAGGCAAAAGACAGTGGGGCACTCATGAAGCATCATTGGAGATACGAGGGGCCTTTGGATTGTGCACT
GAAAACTATTAGAAATGAAGGGATACAAGGTTTATTTTGTGGTGGTTTAGCTACATTCTTGAGAGAGTCAATTGGAAATGCAATATTCTTCAGCACTTATGAAATGACTCGTTACTATATGCTTTCAACTATTGGCACGCATTCTAAACTGGACAACCAAGCAGGTGCCCAGTCTTCACAGTTTATCAATCACTCTTCTA
AAATTCTCATAGATACAGGAGTTGGAATTTTTAGTGGTGGGCTTGCAGGTATTGCGTTTTGGTCTGCAGTTTTGCCACTTGATGTTGCAAAAACCCGTATTCAGACAGCTCCAAATACTAACGTGAGGAGAAACCCTGTACACACACTCAATGCGATTTATAGAGAGCTTGGTTTCAAAGGATTATACGCTGGTTTAGGG
CCTACATTAGTGAGGGCCTTTCCTGCTAATGCTGCTGCAATTGTCACTTGGGAGCTTACAGCAAATTTGCTGGGGGTTAAGCGTTCGTAAACACTCGACCTTTAAAAATAAATCCTATTAGCTTTAATGAAGATAATCTGTTGTGGTGGCAACTGGTTTAGATTATTCTTAATTGCATTCTTAATGTAACTGTTGATAAC
ATAATGTGTAAATTATTTGCTTCATGCCTGTTGGTAAGGGAAGCTTCTTCTCTGGGTTGTTGACTCTGTTTTCCTTCTTGGGATACATTCTGCCTTCGCATTGGGACATGATTTCTGGGATTAAGTTCATTAGTGGTGCTTCTCTAGGATGGGCAAATGGATATTTTTTAAGGTCATGAATTCATGGAACCCAAACTCAG
GGTTTTGATGCCTTTAAGTAATTATTTTTTTCAATGGTATTAAACTACTCTGCTATGTTTACAATGAATTATGTACGACATAAAGTTATATTAAAATAGTTCAAAGAATTTGGCCCG
>TRINITY_DN47496_c1_g3_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:AATTTGGATTGCAAACCCATTTAAATTCCAATTCCCGGTGAGGAGTACTACAGCGGTCAGCATTACAAAATTATTAAACCCACTGAAGGCATGAAAACGTACACATTGTCCTGAGAGCGTATACATCCTCGTAAGACTGGAGATCGGGTGACTGTTTGTTCAGTTGAGAAGAGAAAATGGAAGATGCACTGAAAGACTAC
GCAGCCGGATGTGCAGCAGGAATCGCTACTGTCATCACAGGCCACCCTTTCGACACAGTCAAGGTGAAGCTCCAGGTACAAAATACAGAAGCCCATGCGTTTAAGTACCGAAATGCATTACACTGCACTACACACATTCTGAGGACGGAAGGGGTGAAGGGTCTCTACAGAGGTGCAACCTCATCTTTTGTGGGCATGGC
TTTTGAAAGTTCACTTCTTTTTGGTGTTTATTCTCAAATGAAACTAGCTTTACAGTTAGGTAGTTTATGTCTGGAGGCCTGATGGGGTAGTATTTGGCATGGTGGTTCTTTGGCAAGGGAGGAGATCCTAGCAGTGGCAGGCCAAAACTTGAGATTGTTGTTCCTTCTGCAGCTTGTGGGGGAGCACTCATTAGTTTTGT
ACTATGCCCAGCAGAGCTGGTGAAGGTAATCAGAATTAGAATTTGTATGTGCTATGGGTACGCATTGAGATGTTCTTATTGTACCAGTGGATATGTGTTGTTTGTGTTGTCTTGTAGTGTAGATTGCAAGTTCAGGCAAAAGACAGTGGGGCACTCATGAAGCATCATTGGAGATACGAGGGGCCTTTGGATTGTGCACT
GAAAACTATTAGAAATGAAGGGGTAAGCATGGTTTGGTTGTTAAAGCCCTGATACTATGTGATGCCTATTAGTGCCTGCACAATCCATATACTTAAAAAATGTTATATTTTAATAAACAACTTGTTGACATTTGATCCCTTTTCATTCGTTTGTAAAATTTCTCAGATACAAGGTTTATTTTGTGGTGGTTTAGCTACAT
TCTTGAGAGAGTCAATTGGAAATGCAATATTCTTCAGCACTTATGAAATGACTCGTTACTATATGCTTTCAACTATTGGCACGCATTCTAAACTGGACAACCAAGCAGGTGCCCAGTCTTCACAGTTTATCAATCACTCTTCTAAAATTCTCATAGATACAGGAGTTGGAATTTTTAGTGGTGGGCTTGCAGGTATTGCG
gtaagtaactaggaactgcaaacatgtttatgtttacaggctttaaagtttgaagtttagccaaattaatatagattcaatgtatgttgattgaacccacgatttgcattgcagTTTTGGTCTGCAGTTTTGCCACTTGATGTTGCAAAAACCCGTATTCAGACAGCTCCAAATACTAACGTGAGGAGAAACCCTGTACA
CACACTCAATGCGATTTATAGAGAGCTTGGTTTCAAAGGATTATACGCTGGTTTAGGGCCTACATTAGTGAGGGCCTTTCCTGCTAATGCTGCTGCAATTGTCACTTGGGAGCTTACAGCAAATTTGCTGGGGGTTAAGCGTTCGTAAACACTCGACCTTTAAAAATAAATCCTATTAGCTTTAATGAAGATAATCTGTT
GTGGTGGCAACTGGTTTAGATTATTCTTAATTGCATTCTTAATGTAACTGTTGATAACATAATGTGTAAATTATTTGCTTCATGCCTGTTGGTAAGGGAAGCTTCTTCTCTGGGTTGTTGACTCTGTTTTCCTTCTTGGGATACATTCTGCCTTCGCATTGGGACATGATTTCTGGGATTAAGTTCATTAGTGGTGCTTC
TCTAGGATGGGCAAATGGATATTTTTTAAGGTCATGAATTCATGGAACCCAAACTCAGGGTTTTGATGCCTTTAAGTAATTATTTTTTTCAATGGTATTAAACTACTCTGCTATGTTTACAATGAATTATGTACGACATAAAGTTATATTAAAATAGTTCAAAGAATTTGGCCCG
Intron 4 GTAATCAGAA ... TGTAGTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 29.02 | 35 | 15 | 13.7 |
| A2 | 28.66 | 14 | 5 | 6.3 |
| A3 | 24.43 | 23 | 6 | 9 |
| A4 | 21.77 | 7 | 1 | 3 |
| A5 | 16.19 | 6 | 2 | 0.3 |
| A6 | 31.32 | 45 | 15 | 26.3 |
| A7 | 16.22 | 91 | 25 | 10.3 |
| A8 | 17.54 | 63 | 14 | 13 |
| A9 | 33.92 | 56 | 23 | 34.7 |
| A10 | 13.79 | 62 | 8 | 12 |
>TRINITY_DN42452_c0_g1_i8 from sample A6 / Example spliced isoformTGCTTGCACTGGGCTTTCATTAACATATCAAGAAGCAGATGAAGATGCTGATTGATAAGCTTTGGTGAAGGGTCTCTACAGAGGTGCAACCTCATCTTTTGTGGGCATGGCTTTTGAAAGTTCACTTCTTTTTGGTGTTTATTCTCAAATGAAACTAGCTTTACAGGTCTGTCCTGGTAAATGCCTACTTTTGCATTGGA
CCAGGCAATGCTCCTAGACTTTGCTGTAGGTTCATATATTGACAGCAAATGGAGCTCATCTGTTTTGCATTTGTTCTCTTTGTTGCAATTTTTTGATGTTTATTGTTCACTTTTTGTAGTTAGGTAGTTTATGTCTGGAGGCCTGATGGGGTAGTATTTGGCATGGTGGTTCTTTGGCAAGGGAGGAGATCCTAGCAGTG
GCAGGCCAAAACTTGAGATTGTTGTTCCTTCTGCAGCTTGTGGGGGAGCACTCATTAGTTTTGTACTATGCCCAGCAGAGCTGGTGAAGATTGCAAGTTCAGGCAAAAGACAGTGGGGCACTCATGAAGCATCATTGGAGATACGAGGGGCCTTTGGATTGTGCACTGAAAACTATTAGAAATGAAGGGATACAAGGTTT
ATTTTGTGGTTCTTTGGCAAGGGAGGAGATCCTAGCAGTGGC
>TRINITY_DN42452_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:TGCTTGCACTGGGCTTTCATTAACATATCAAGAAGCAGATGAAGATGCTGATTGATAAGCTTTGGTGAAGGGTCTCTACAGAGGTGCAACCTCATCTTTTGTGGGCATGGCTTTTGAAAGTTCACTTCTTTTTGGTGTTTATTCTCAAATGAAACTAGCTTTACAGGTCTGTCCTGGTAAATGCCTACTTTTGCATTGGA
CCAGGCAATGCTCCTAGACTTTGCTGTAGGTTCATATATTGACAGCAAATGGAGCTCATCTGTTTTGCATTTGTTCTCTTTGTTGCAATTTTTTGATGTTTATTGTTCACTTTTTGTAGTTAGGTAGTTTATGTCTGGAGGCCTGATGGGGTAGTATTTGGCATGGTGGTTCTTTGGCAAGGGAGGAGATCCTAGCAGTG
GCAGGCCAAAACTTGAGATTGTTGTTCCTTCTGCAGCTTGTGGGGGAGCACTCATTAGTTTTGTACTATGCCCAGCAGAGCTGGTGAAGgtaatcagaattagaatttgtatgtgctatgggtacgcattgagatgttcttattgtaccagtggatatgtgttgtttgtgttgtcttgtagtgtagATTGCAAGTTCAGG
CAAAAGACAGTGGGGCACTCATGAAGCATCATTGGAGATACGAGGGGCCTTTGGATTGTGCACTGAAAACTATTAGAAATGAAGGGGTAAGCATGTGTTGGTTGTTAAAGCCCTGATACTATCTGATGCCTATTAGTGCCTGCACAATCCATATACTTCAAAAATGTTATATTTTAATAAACA
Intron 5 GTAAGCATGT ... AATTTCTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 35.5 | 27.3 | 1 | 15 |
| A2 | 29.88 | 30.5 | 4.8 | 13 |
| A3 | 28.57 | 30 | 1.5 | 12 |
| A4 | 37.72 | 21.5 | 1 | 13 |
| A5 | 42.95 | 21.3 | 0 | 16 |
| A6 | 29.92 | 70.3 | 12 | 30 |
| A7 | 35.95 | 108.7 | 11.4 | 61 |
| A8 | 32.99 | 93.5 | 11.8 | 46 |
| A9 | 32.87 | 94 | 15.5 | 46 |
| A10 | 38.87 | 113.3 | 9.5 | 72 |
>TRINITY_DN106609_c0_g2_i2 from sample A2 / Example spliced isoformGCCTACTTTTGCATTGGACCAGGCAATGCTCCTAGACTTTGCTGTAGGTTCATATATTGACAGCAAATGGAGCTCATCTGTTTTGCATTTGTTCTCTTTGTTGCAATTTTTTGATGTTTATTGTTCACTTTTTGTAGTTAGGTAGTTTATGTCTGGAGGCCTTATGGGGTAGTATTTGGCATGGTGGTTCTTTGGCAAGG
GAGGAGATCCTAGCAGTGGCAGGCCAAAACTTGAGATTGTTGTTCCTTCTGCAGCTTGTGGGGGAGCACTCATTAGTTTTGTACTATGCCCAGCAGAGCTGGTGAAGTGTAGATTGCAAGTTCAGGCAAAAGACAGTGGGGCACTCATGAAGCATCATTGGAGATACGAGGGGCCTTTGGATTGTGCACTGAAAACTATT
AGAAATGAAGGGATACAAGGTTTATTTTGTGGTGGTTTAGCTACATTCTTGAGAGAGTCAATTGGAAATGCAATATTCTTCAGCACTTATGAAATGACTCGTTACTATATGCTTTCAACTATTGGCACGCATTCTAAACTCGACAACCAAGCAGGTGCCCAGTCTTCACAGTTTATCAATCACTCTTCTAAAATTCTCAT
AGATACAGGAGTTGGAATTTTTAGTGGTGGGCTTGCAGGTATTGCGTTTTGGTCTGCAGTTTTGCCACTTGATGTTGCAAAAACCCGTATTCAGACAGCTCCAAATACTAATGTGAGGAGAAACCCTGTACACACACTCAATGCGATTTATAGAGAGCTTGGTTTCAAAGGATTATACGCTGGTTTAGGGCCTACATTAG
TGAGGGCCTTTCCTGCTAATGCTGCTGCAATTGTCACTTGGGAGCTTACAGCAAATTTGCTGGGGGTTAAGCGTTTGTAAAACGCTCAACCTTTAAAAATAAATCCTATTAGCTTTAATGAAGATAATCTGTTGTGGTGGCAACTGGTTTAGAATATTCTTAAATGCATTCTTAATGTAACTCTTGATAACATAATGTGT
AAATGATTTGCTTCATGCCTGTTGGTAAGGGAAGCTTCTTCTCTGGGTTGTTGACTCTGTTTTCCTTCTTGGGATACATTCTGCCTTCGCATTGGGACATGATTTCTGGGATTAAGTTCATTAGTGGTGCTTCTCTAGGATGGGCAAATGGATATTTTTTAAGGTCATGAATTCATGGAACCCAAACTCAGGGTTTTGAT
GCCTTTAAGTAATTATTTTTTTCAATGGTATTAAACTACTCTGCTATGTTTACAATGAAT
>TRINITY_DN106609_c0_g2_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:GTTCTTATTGTACCAGTGGATATGTGTTGTTTGTGTTGTCTTGTAGTGTAGATTGCAAGTTCAGGCAAAAGACAGTGGGGCACTCATGAAGCATCATTGGAGATACGAGGGGCCTTTGGATTGTGCACTGAAAACTATTAGAAATGAAGGGgtaagcatgtgttggttgttaaagccctgatactatctgatgcctatta
gtgcctgcacaatccatatacttcaaaaatgttatattttaataaacaacttgttgacatttgatcccttttcatttgtttgtaaaatttctcagATACAAGGTTTATTTTGTGGTGGTTTAGCTACATTCTTGAGAGAGTCAATTGGAAATGCAATATTCTTCAGCACTTATGAAATGACTCGTTACTATATGCTTTCA
ACTATTGGCACGCATTCTAAACTCGACAACCAAGCAGGTGCCCAGTCTTCACAGTTTATCAATCACTCTTCTAAAATTCTCATAGATACAGGAGTTGGAATTTTTAGTGGTGGGCTTGCAGGTATTGCGGTAAGTAACTAGGAACTGCAAACATGTTTATGTTTACAGGCTTTAAAGTTTGAAGTTTAGCCAAATTAATA
TAGATTCAATGTATGTTTGATTGAACCCACGATTTGCATTGCAGTTTTGGTCTGCAGTTTTGCCACTTGATGTTGCAAAAACCCGTATTCAGACAGCTCCAAATACTAATGTGAGGAGAAACCCTGTACACACACTCAATGCGATTTATAGAGAGCTTGGTTTCAAAGGATTATACGCTGGTTTAGGGCCTACATTAGTG
AGGGCCTTTCCTGCTAATGCTGCTGCAATTGTCACTTGGGAGCTTACAGCAAATTTGCTGGGGGTTAAGCGTTTGTAAAACGCTCAACCTTTAAAAATAAATCCTATTAGCTTTAATGAAGATAATCTGTTGTGGTGGCAACTGGTTTAGAATATTCTTAAATGCATTCTTAATGTAACTCTTGATAACATAATGTGTAA
ATGATTTGCTTCATGCCTGTTGGTAAGGGAAGCTTCTTCTCTGGGTTGTTGACTCTGTTTTCCTTCTTGGGATACATTCTGCCTTCGCATTGGGACATGATTTCTGGGATTAAGTTCATTAGTGGTGCTTCTCTAGGATGGGCAAATGGATATTTTTTAAGGTCATGAATTCATGGAACCCAAACTCAGGGTTTTGATGC
CTTTAAGTAATTATTTTTTTCAATGGTATTAAACTACTCTGCTATGTTTACAATGAAT
Intron 6 GTCTGTCCTG ... CTTTGGCAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 58.33 | 10 | 0 | 14 |
| A2 | 78.57 | 1.7 | 0 | 6 |
| A3 | 24.29 | 9.7 | 1 | 3 |
| A4 | 0 | 2 | 0 | 0 |
| A5 | 66.67 | 2 | 3 | 4 |
| A6 | 24.41 | 15.7 | 2 | 5 |
| A7 | 35.33 | 36.7 | 7 | 20 |
| A8 | 37.89 | 21.3 | 4 | 13 |
| A9 | 51.96 | 17.7 | 3 | 19 |
| A10 | 28.77 | 25 | 0 | 10 |
>TRINITY_DN41166_c0_g1_i5 from sample A9 / Example spliced isoformTGACAGATGGATGAGTGCTAAAATTGGGAAACTTAGGTAGCGAAATCACATTCAGGATTCATGTTCTGAAATGTGTTTCATGCATACCTCAAGTTTTTTATAGATACCATCTCTTTGAAGATATATTTGCATTTGTGAAGGGTCTCTACAGAGGTGCAACCTCATCTTTTGTGGGCATGGCTTTTGAAAGTTCACTTCTT
TTTGGTGTTTATTCTCAAATGAAACTAGCTTTACAGGGAGGAGATCCTAGCAGTGGCAGGCCAAAACTTGAGATTGTTGTTCCTTCTGCAGCTTGTGGGGGAGCACTCATTAGTTTTGTACTATGCCCAGCAGAGCTGGTGAAGTGTAGATTGCAAGTTCAGGCAAAAGACAGTGGGGCACTCATGAAGCATCATTGGAG
ATACGAGGGGCCTTTGGATTGTGCACTGAAAACTATTAGAAATGAAGGGATACAAGGTTTATTTTGTGGTGGTTTAGCTACATTCTTGAGAGAGTCAATTGGAAATGCAATATTCTTCAGCACTTATGAAATGACTCGTTACTATATGCTTTCAACTATTGGCACGCATTCTAAACTCGACAACCAAGCAGGTGCCCAGT
CTTCACAGTTTATCAATCACTCTTCTAAAATTCTCATAGATACAGGAGTTGGAATTTTTAGTGGTGGGCTTGCAGGTATTGCGTTTTGGTCTGCAGTTTTGCCACTTGATGTTGCAAAAACCCGTATTCAGACAGCTCCAAATACTAATGTGAGGAGAAACCCTGTACACACACTCAATGCG
>TRINITY_DN41166_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:TGACAGATGGATGAGTGCTAAAATTGGGAAACTTAGGTAGCGAAATCACATTCAGGATTCATGTTCTGAAATGTGTTTCATGCATACCTCAAGTTTTTTATAGATACCATCTCTTTGAAGATATATTTGCATTTGTGAAGGGTCTCTACAGAGGTGCAACCTCATCTTTTGTGGGCATGGCTTTTGAAAGTTCACTTCTT
TTTGGTGTTTATTCTCAAATGAAACTAGCTTTACAGgtctgtcctggtaaatgcctacttttgcattggaccaggcaatgctcctagactttgctgtaggttcatatattgacagcaaatggagctcatctgttttgcatttgttctctttgttgcaattttttgatgtttattgttcactttttgtagttaggtagttt
atgtctggaggcctgatggggtagtatttggcatggtggttctttggcaagGGAGGAGATCCTAGCAGTGGCAGGCCAAAACTTGAGATTGTTGTTCCTTCTGCAGCTTGTGGGGGAGCACTCATTAGTTTTGTACTATGCCCAGCAGAGCTGGTGAAGGTAATCAGAATTAGAATTTGTATGTGCTATGGGTACGCATT
GAGATGTTCTTATTGTACCAGTGGATATGTGTTGTTTGTGTTGTCTTGTAGTGTAGATTGCAAGTTCAGGCAAAAGACAGTGGGGCACTCATGAAGCATCATTGGAGATACGAGGGGCCTTTGGATTGTGCACTGAAAACTATTAGAAATGAAGGGGTAAGCATGTGTTGGTTGTTAAAGCCCTGATACTATCTGATGCC
TATTAGTGCCTGCACAATCCATATACTTCAAAAATGTTATATTTTAATAAACAACTTGTTGACATTTGATCCCTTTTCATTTGTTTGTAAAATTTCTCAGATACAAGGTTTATTTTGTGGTGGTTTAGCTACATTCTTGAGAGAGTCAATTGGAAATGCAATATTCTTCAGCACTTATGAAATGACTCGTTACTATATGC
TTTCAACTATTGGCACGCATTCTAAACTCGACAACCAAGCAGGTGCCCAGTCTTCACAGTTTATCAATCACTCTTCTAAAATTCTCATAGATACAGGAGTTGGAATTTTTAGTGGTGGGCTTGCAGGTATTGCGTTTTGGTCTGCAGTTTTGCCACTTGATGTTGCAAAAACCCGTATTCAGACAGCTCCAAATACTAAT
GTGAGGAGAAACCCTGTACACACACTCAATGCG
Intron 7 GTCTGTCCTG ... CTTTTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 7.66 | 14.6 | 0.4 | 2 |
| A2 | 88.57 | 0.3 | 0.1 | 3 |
| A3 | 8.98 | 13.3 | 2.7 | 0 |
| A4 | 14.29 | 0.6 | 0.3 | 0 |
| A5 | 100 | 0 | 3 | 3 |
| A6 | 41.48 | 4.3 | 3.4 | 1 |
| A7 | 21.38 | 18.4 | 8 | 2 |
| A8 | 29.41 | 10.6 | 5.3 | 3 |
| A9 | 33.09 | 13.7 | 4.3 | 9 |
| A10 | 10.8 | 27.9 | 1.9 | 5 |
>TRINITY_DN42452_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoformCATTTAAATTCCAATTCCCGGTGAGGAGTACTACAGCGGTCAGCATTACAAAATTATTAAACCCACTGAAGGCATGAAAACGTACACATTGTCCTGAGAGCGTATACATCCTCGTAAGGCTGGAGATCGGGTGACTATTTGTTCAGTTGAGAAGAGAAAATGGAAGATGCACTGAAAGACTACGCAGCCGGATGTGCAGC
AGGAATCGCTACTGTCATCACAGGCCACCCTTTCGACACAGTCAAGGTGAAGCTCCAGGTACAAAATACAGAAGCCCATGCGTTTAAGTACCGAAATGCATTACACTGCACTACACACATTCTGAGGACGGAAGGGGTTGCTTGCACTGGGCTTTCATTAACATATCAAGAAGCAGATGAAGATGCTGATTGATAAGCTT
TGGTGAAGGGTCTCTACAGAGGTGCAACCTCATCTTTTGTGGGCATGGCTTTTGAAAGTTCACTTCTTTTTGGTGTTTATTCTCAAATGAAACTAGCTTTACAGTTAGGTAGTTTATGTCTGGAGGCCTGATGGGGTAGTATTTGGCATGGTGGTTCTTTGGCAAGGGAGGAGATCCTAGCAGTGGCAGGCCAAAACTTG
AGATTGTTGTTCCTTCTGCAGCTTGTGGGGGAGCACTCATTAGTTTTGTACTATGCCCAGCAGAGCTGGTGAAGTGTAGATTGCAAGTTCAGGCAAAAGACAGTGGGGCACTCATGAAGCATCATTGGAGATACGAGGGGCCTTTGGATTGTGCACTGAAAACTATTAGAAATGAAGGGATACAAGGTTTATTTTGTGGT
GGTTTAGCTACATTCTTGAGAGAGTCAATTGGAAATGCAATATTCTTCAGCACTTATGAAATGACTCGTTACTATATGCTTTCAACTATTGGCACGCATTCTAAACTCGACAACCAAGCAGGTGCCCAGTCTTCACAGTTTATCAATCACTCTTCTAAAATTCTCATAGATACAGGAGTTGGAATTTTTAGTGGTGGGCT
TGCAGGTATTGCGTTTTGGTCTGCAGTTTTGCCACTTGATGTTGCAAAAACCCGTATTCAGACAGCTCCAAATACTAATGTGAGGAGAAACCCTGTACACACACTCAATGCGATTTATAGAGAGCTTGGTTTCAAAGGATTATACGCTGGTTTAGGGCCTACATTAGTGAGGGCCTTTCCTGCTAATGCTGCTGCAATTG
TCACTTGGGAGCTTACAGCAAATTTGCTGGGGGTTAAGCGTTCGTAAACACTCGACCTTTAAAAATAAATCCTATTAGCTTTAATGAAGATAATCTGTTGTGGTGGCAACTGGTTTAGATTATTCTTAATTGCATTCTTAATGTAACTGTTGATAACATAATGTGTAAATTATTTGCTTCATGCCTGTTGGTAAGGGAAG
CTTCTTCTCTGGGTTGTTGACTCTGTTTTCCTTCTTGGGATACATTCTGCCTTCGCATTGGGACATGATTTCTGGGATTAAGTTCATTAGTGGTGCTTCTCTAGGATGGGCAAATGGATATTTTTTAAGGTCATGAATTCATGGAACCCAAACTCAGGGTTTTGATGCCTTTAAGTAATTATTTTTTTCAATGGTATTAA
ACTACTCTGCTATGTTTACAATGAATTATGTACGACATAAAGTTATATTAAAATAGTTCAAAGAGTTTGGTCC
>TRINITY_DN42452_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:TGCTTGCACTGGGCTTTCATTAACATATCAAGAAGCAGATGAAGATGCTGATTGATAAGCTTTGGTGAAGGGTCTCTACAGAGGTGCAACCTCATCTTTTGTGGGCATGGCTTTTGAAAGTTCACTTCTTTTTGGTGTTTATTCTCAAATGAAACTAGCTTTACAGgtctgtcctggtaaatgcctacttttgcattgga
ccaggcaatgctcctagactttgctgtaggttcatatattgacagcaaatggagctcatctgttttgcatttgttctctttgttgcaattttttgatgtttattgttcactttttgtagTTAGGTAGTTTATGTCTGGAGGCCTGATGGGGTAGTATTTGGCATGGTGGTTCTTTGGCAAGGGAGGAGATCCTAGCAGTG
GCAGGCCAAAACTTGAGATTGTTGTTCCTTCTGCAGCTTGTGGGGGAGCACTCATTAGTTTTGTACTATGCCCAGCAGAGCTGGTGAAGGTAATCAGAATTAGAATTTGTATGTGCTATGGGTACGCATTGAGATGTTCTTATTGTACCAGTGGATATGTGTTGTTTGTGTTGTCTTGTAGTGTAGATTGCAAGTTCAGG
CAAAAGACAGTGGGGCACTCATGAAGCATCATTGGAGATACGAGGGGCCTTTGGATTGTGCACTGAAAACTATTAGAAATGAAGGGATACAAGGTTTATTTTGTGGTGGTTTAGCTACATTCTTGAGAGAGTCAATTGGAAATGCAATATTCTTCAGCACTTATGAAATGACTCGTTACTATATGCTTTCAACTATTGGC
ACGCATTCTAAACTCGACAACCAAGCAGTTTTGGTCTGCAGTTTTGCCACTTGATGTTGCAAAAACCCGTATTCAGACAGCTCCAAATACTAATGTGAGGAGAAACCCTGTACACACACTCAATGCGATTTATAGAGAGCTTGGTTTCAAAGGATTATACGCTGGTTTAGGGCCTACATTAGTGAGGGCCTTTCCTGCTA
ATGCTGCTGCAATTGTCACTTGGGAGCTTACAGCAAATTTGCTGGGGGTTAAGCGTTCGTAAACACTCGACCTTTAAAAATAAATCCTATTAGCTTTAATGAAGATAATCTGTTGTGGTGGCAACTGGTTTAGATTATTCTTAATTGCATTCTTAATGTAACTGTTGATAACATAATGTGTAAATTATTTGCTTCATGCC
TGTTGGTAAGGGAAGCTTCTTCTCTGGGTTGTTGACTCTGTTTTCCTTCTTGGGATACATTCTGCCTTCGCATTGGGACATGATTTCTGGGATTAAGTTCATTAGTGGTGCTTCTCTAGGATGGGCAAATGGATATTTTTTAAGGTCATGAATTCATGGAACCCAAACTCAGGGTTTTGATGCCTTTAAGTAATTATTTT
TTTCAATGGTATTAAACTACTCTGCTATGTTTACAATGAATTATGTACGACATAAAGTTATATTAAAATAGTTCAAAGAGTTTGGTCC
Intron 8 GTAAGTAACT ... TGCATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20 | 8 | 1 | 3 |
| A2 | 40 | 6 | 3 | 5 |
| A3 | 21.74 | 18 | 4 | 6 |
| A4 | 9.09 | 20 | 2 | 2 |
| A5 | 15.38 | 11 | 1 | 3 |
| A6 | 16.28 | 36 | 4 | 10 |
| A7 | 13.6 | 54 | 6 | 11 |
| A8 | 13.4 | 84 | 5 | 21 |
| A9 | 16.47 | 71 | 8 | 20 |
| A10 | 10.24 | 57 | 5 | 8 |
>TRINITY_DN47496_c1_g3_i4 from sample A7 / Example spliced isoformAATTTGGATTGCAAACCCATTTAAATTCCAATTCCCGGTGAGGAGTACTACAGCGGTCAGCATTACAAAATTATTAAACCCACTGAAGGCATGAAAACGTACACATTGTCCTGAGAGCGTATACATCCTCGTAAGACTGGAGATCGGGTGACTGTTTGTTCAGTTGAGAAGAGAAAATGGAAGATGCACTGAAAGACTAC
GCAGCCGGATGTGCAGCAGGAATCGCTACTGTCATCACAGGCCACCCTTTCGACACAGTCAAGGTGAAGCTCCAGGTACAAAATACAGAAGCCCATGCGTTTAAGTACCGAAATGCATTACACTGCACTACACACATTCTGAGGACGGAAGGGGTGAAGGGTCTCTACAGAGGTGCAACCTCATCTTTTGTGGGCATGGC
TTTTGAAAGTTCACTTCTTTTTGGTGTTTATTCTCAAATGAAACTAGCTTTACAGTTAGGTAGTTTATGTCTGGAGGCCTGATGGGGTAGTATTTGGCATGGTGGTTCTTTGGCAAGGGAGGAGATCCTAGCAGTGGCAGGCCAAAACTTGAGATTGTTGTTCCTTCTGCAGCTTGTGGGGGAGCACTCATTAGTTTTGT
ACTATGCCCAGCAGAGCTGGTGAAGGTAATCAGAATTAGAATTTGTATGTGCTATGGGTACGCATTGAGATGTTCTTATTGTACCAGTGGATATGTGTTGTTTGTGTTGTCTTGTAGTGTAGATTGCAAGTTCAGGCAAAAGACAGTGGGGCACTCATGAAGCATCATTGGAGATACGAGGGGCCTTTGGATTGTGCACT
GAAAACTATTAGAAATGAAGGGATACAAGGTTTATTTTGTGGTGGTTTAGCTACATTCTTGAGAGAGTCAATTGGAAATGCAATATTCTTCAGCACTTATGAAATGACTCGTTACTATATGCTTTCAACTATTGGCACGCATTCTAAACTGGACAACCAAGCAGGTGCCCAGTCTTCACAGTTTATCAATCACTCTTCTA
AAATTCTCATAGATACAGGAGTTGGAATTTTTAGTGGTGGGCTTGCAGGTATTGCGTTTTGGTCTGCAGTTTTGCCACTTGATGTTGCAAAAACCCGTATTCAGACAGCTCCAAATACTAACGTGAGGAGAAACCCTGTACACACACTCAATGCGATTTATAGAGAGCTTGGTTTCAAAGGATTATACGCTGGTTTAGGG
CCTACATTAGTGAGGGCCTTTCCTGCTAATGCTGCTGCAATTGTCACTTGGGAGCTTACAGCAAATTTGCTGGGGGTTAAGCGTTCGTAAACACTCGACCTTTAAAAATAAATCCTATTAGCTTTAATGAAGATAATCTGTTGTGGTGGCAACTGGTTTAGATTATTCTTAATTGCATTCTTAATGTAACTGTTGATAAC
ATAATGTGTAAATTATTTGCTTCATGCCTGTTGGTAAGGGAAGCTTCTTCTCTGGGTTGTTGACTCTGTTTTCCTTCTTGGGATACATTCTGCCTTCGCATTGGGACATGATTTCTGGGATTAAGTTCATTAGTGGTGCTTCTCTAGGATGGGCAAATGGATATTTTTTAAGGTCATGAATTCATGGAACCCAAACTCAG
GGTTTTGATGCCTTTAAGTAATTATTTTTTTCAATGGTATTAAACTACTCTGCTATGTTTACAATGAATTATGTACGACATAAAGTTATATTAAAATAGTTCAAAGAATTTGGCCCG
>TRINITY_DN47496_c1_g3_i15 from sample A7 / Example unspliced isoform:AATTTGGATTGCAAACCCATTTAAATTCCAATTCCCGGTGAGGAGTACTACAGCGGTCAGCATTACAAAATTATTAAACCCACTGAAGGCATGAAAACGTACACATTGTCCTGAGAGCGTATACATCCTCGTAAGACTGGAGATCGGGTGACTGTTTGTTCAGTTGAGAAGAGAAAATGGAAGATGCACTGAAAGACTAC
GCAGCCGGATGTGCAGCAGGAATCGCTACTGTCATCACAGGCCACCCTTTCGACACAGTCAAGGTGAAGCTCCAGGTACAAAATACAGAAGCCCATGCGTTTAAGTACCGAAATGCATTACACTGCACTACACACATTCTGAGGACGGAAGGGGTGAAGGGTCTCTACAGAGGTGCAACCTCATCTTTTGTGGGCATGGC
TTTTGAAAGTTCACTTCTTTTTGGTGTTTATTCTCAAATGAAACTAGCTTTACAGGGAGGAGATCCTAGCAGTGGCAGGCCAAAACTTGAGATTGTTGTTCCTTCTGCAGCTTGTGGGGGAGCACTCATTAGTTTTGTACTATGCCCAGCAGAGCTGGTGAAGTGTAGATTGCAAGTTCAGGCAAAAGACAGTGGGGCAC
TCATGAAGCATCATTGGAGATACGAGGGGCCTTTGGATTGTGCACTGAAAACTATTAGAAATGAAGGGATACAAGGTTTATTTTGTGGTGGTTTAGCTACATTCTTGAGAGAGTCAATTGGAAATGCAATATTCTTCAGCACTTATGAAATGACTCGTTACTATATGCTTTCAACTATTGGCACGCATTCTAAACTGGAC
AACCAAGCAGGTGCCCAGTCTTCACAGTTTATCAATCACTCTTCTAAAATTCTCATAGATACAGGAGTTGGAATTTTTAGTGGTGGGCTTGCAGGTATTGCGgtaagtaactaggaactgcaaacatgtttatgtttacaggcttactttaaagtttgaagtttagccaaattaatatagattcaatgtatgttgattga
acccacgatttgcattgcagTTTTGGTCTGCAGTTTTGCCACTTGATGTTGCAAAAACCCGTATTCAGACAGCTCCAAATACTAACGTGAGGAGAAACCCTGTACACACACTCAATGCGATTTATAGAGAGCTTGGTTTCAAAGGATTATACGCTGGTTTAGGGCCTACATTAGTGAGGGCCTTTCCTGCTAATGCTGCT
GCAATTGTCACTTGGGAGCTTACAGCAAATTTGCTGGGGGTTAAGCGTTCGTAAACACTCGACCTTTAAAAATAAATCCTATTAGCTTTAATGAAGATAATCTGTTGTGGTGGCAACTGGTTTAGATTATTCTTAATTGCATTCTTAATGTAACTGTTGATAACATAATGTGTAAATTATTTGCTTCATGCCTGTTGGTA
AGGGAAGCTTCTTCTCTGGGTTGTTGACTCTGTTTTCCTTCTTGGGATACATTCTGCCTTCGCATTGGGACATGATTTCTGGGATTAAGTTCATTAGTGGTGCTTCTCTAGGATGGGCAAATGGATATTTTTTAAGGTCATGAATTCATGGAACCCAAACTCAGGGTTTTGATGCCTTTAAGTAATTATTTTTTTCAATG
GTATTAAACTACTCTGCTATGTTTACAATGAATTATGTACGACATAAAGTTATATTAAAATAGTTCAAAGAATTTGGCCCG
Intron 9 GTAAGTAACT ... TGCATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.33 | 8 | 1.9 | 3 |
| A2 | 36.36 | 7 | 3 | 5 |
| A3 | 14.29 | 18 | 0 | 6 |
| A4 | 4.76 | 20 | 0 | 2 |
| A5 | 15.38 | 11 | 1 | 3 |
| A6 | 13.25 | 36 | 3 | 8 |
| A7 | 15.62 | 54 | 9 | 11 |
| A8 | 14.72 | 84 | 7 | 22 |
| A9 | 15.98 | 71 | 7 | 20 |
| A10 | 10.94 | 57 | 6 | 8 |
>TRINITY_DN106609_c0_g2_i2 from sample A2 / Example spliced isoformGCCTACTTTTGCATTGGACCAGGCAATGCTCCTAGACTTTGCTGTAGGTTCATATATTGACAGCAAATGGAGCTCATCTGTTTTGCATTTGTTCTCTTTGTTGCAATTTTTTGATGTTTATTGTTCACTTTTTGTAGTTAGGTAGTTTATGTCTGGAGGCCTTATGGGGTAGTATTTGGCATGGTGGTTCTTTGGCAAGG
GAGGAGATCCTAGCAGTGGCAGGCCAAAACTTGAGATTGTTGTTCCTTCTGCAGCTTGTGGGGGAGCACTCATTAGTTTTGTACTATGCCCAGCAGAGCTGGTGAAGTGTAGATTGCAAGTTCAGGCAAAAGACAGTGGGGCACTCATGAAGCATCATTGGAGATACGAGGGGCCTTTGGATTGTGCACTGAAAACTATT
AGAAATGAAGGGATACAAGGTTTATTTTGTGGTGGTTTAGCTACATTCTTGAGAGAGTCAATTGGAAATGCAATATTCTTCAGCACTTATGAAATGACTCGTTACTATATGCTTTCAACTATTGGCACGCATTCTAAACTCGACAACCAAGCAGGTGCCCAGTCTTCACAGTTTATCAATCACTCTTCTAAAATTCTCAT
AGATACAGGAGTTGGAATTTTTAGTGGTGGGCTTGCAGGTATTGCGTTTTGGTCTGCAGTTTTGCCACTTGATGTTGCAAAAACCCGTATTCAGACAGCTCCAAATACTAATGTGAGGAGAAACCCTGTACACACACTCAATGCGATTTATAGAGAGCTTGGTTTCAAAGGATTATACGCTGGTTTAGGGCCTACATTAG
TGAGGGCCTTTCCTGCTAATGCTGCTGCAATTGTCACTTGGGAGCTTACAGCAAATTTGCTGGGGGTTAAGCGTTTGTAAAACGCTCAACCTTTAAAAATAAATCCTATTAGCTTTAATGAAGATAATCTGTTGTGGTGGCAACTGGTTTAGAATATTCTTAAATGCATTCTTAATGTAACTCTTGATAACATAATGTGT
AAATGATTTGCTTCATGCCTGTTGGTAAGGGAAGCTTCTTCTCTGGGTTGTTGACTCTGTTTTCCTTCTTGGGATACATTCTGCCTTCGCATTGGGACATGATTTCTGGGATTAAGTTCATTAGTGGTGCTTCTCTAGGATGGGCAAATGGATATTTTTTAAGGTCATGAATTCATGGAACCCAAACTCAGGGTTTTGAT
GCCTTTAAGTAATTATTTTTTTCAATGGTATTAAACTACTCTGCTATGTTTACAATGAAT
>TRINITY_DN106609_c0_g2_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:GTTCTTATTGTACCAGTGGATATGTGTTGTTTGTGTTGTCTTGTAGTGTAGATTGCAAGTTCAGGCAAAAGACAGTGGGGCACTCATGAAGCATCATTGGAGATACGAGGGGCCTTTGGATTGTGCACTGAAAACTATTAGAAATGAAGGGGTAAGCATGTGTTGGTTGTTAAAGCCCTGATACTATCTGATGCCTATTA
GTGCCTGCACAATCCATATACTTCAAAAATGTTATATTTTAATAAACAACTTGTTGACATTTGATCCCTTTTCATTTGTTTGTAAAATTTCTCAGATACAAGGTTTATTTTGTGGTGGTTTAGCTACATTCTTGAGAGAGTCAATTGGAAATGCAATATTCTTCAGCACTTATGAAATGACTCGTTACTATATGCTTTCA
ACTATTGGCACGCATTCTAAACTCGACAACCAAGCAGGTGCCCAGTCTTCACAGTTTATCAATCACTCTTCTAAAATTCTCATAGATACAGGAGTTGGAATTTTTAGTGGTGGGCTTGCAGGTATTGCGgtaagtaactaggaactgcaaacatgtttatgtttacaggctttaaagtttgaagtttagccaaattaata
tagattcaatgtatgtttgattgaacccacgatttgcattgcagTTTTGGTCTGCAGTTTTGCCACTTGATGTTGCAAAAACCCGTATTCAGACAGCTCCAAATACTAATGTGAGGAGAAACCCTGTACACACACTCAATGCGATTTATAGAGAGCTTGGTTTCAAAGGATTATACGCTGGTTTAGGGCCTACATTAGTG
AGGGCCTTTCCTGCTAATGCTGCTGCAATTGTCACTTGGGAGCTTACAGCAAATTTGCTGGGGGTTAAGCGTTTGTAAAACGCTCAACCTTTAAAAATAAATCCTATTAGCTTTAATGAAGATAATCTGTTGTGGTGGCAACTGGTTTAGAATATTCTTAAATGCATTCTTAATGTAACTCTTGATAACATAATGTGTAA
ATGATTTGCTTCATGCCTGTTGGTAAGGGAAGCTTCTTCTCTGGGTTGTTGACTCTGTTTTCCTTCTTGGGATACATTCTGCCTTCGCATTGGGACATGATTTCTGGGATTAAGTTCATTAGTGGTGCTTCTCTAGGATGGGCAAATGGATATTTTTTAAGGTCATGAATTCATGGAACCCAAACTCAGGGTTTTGATGC
CTTTAAGTAATTATTTTTTTCAATGGTATTAAACTACTCTGCTATGTTTACAATGAAT