NA ----> NA
Intron 1 ATGTAAATAT ... TTCAGAGCAC
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 58.33 | 5 | 7 | 1 |
| A2 | 46.15 | 7 | 6 | 4 |
| A3 | 69.57 | 7 | 16 | 0 |
| A4 | 0 | 1 | 0 | 2 |
| A5 | 83.33 | 1 | 5 | 0 |
| A6 | 58.62 | 24 | 34 | 19 |
| A7 | 75 | 8 | 24 | 5 |
| A8 | 64.86 | 13 | 24 | 10 |
| A9 | 78.79 | 7 | 26 | 8 |
| A10 | 60 | 16 | 24 | 3 |
>TRINITY_DN40561_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoformCAGAGGCCGATGGACTGGGACTCAATCATCTCCTTTGATTTTGATCAGATGATTGTGGTTAATTCTCAGTTGTTGAAGTTGCATTTATCTAGGGCTTTCTGAGTCATTTCTCATTCCCCTTTGCAAATTTAGAGACTGTGCGTCCTCTCGCCGTAAGTTTGGTTAGCGGTTGTGCCTTTAGGAGATTGTCGCTGATTCCA
GTTACCATTAGCCCCGTGAGCTCGGGACTGAAGGCATTGAGCCTAGAAGCTTGCCTTGGAGTTCACTTTGTTTGGTTTGAGGTGGATTTGTGGAGGCTTGAAGCTCCTGGTTGGATTTTGGCTAGGCATTGTTCATCAACTGGGTTCGTTTTGGCAAGAGTGGGGTTCCTGCGCCAAGTTTTCTGCAGGGTGAAGTTTCT
GCACCAAGTTTGCAAAGTGGGGTTTCTGCTCTGACATTTTGTAGAAGATGATCTCATCTTCTCTGAGTATGATTATTTCTGGCTGGCCAAGAAGCTGTTCAGGTTTTGTTCAACAATCATTCGGTAACAAGCCGAAGTTTGGAATGAACACTAGTTATACAAAGAGCTTAAATACAAACCTGCGATATCGGCTGACTTCA
GAACTAAAGACAGCGACTCTTACACTACTTCTGGTGATGCTTCTAATTATTTTCTTGTCCTCTGTTGATTCGGCTCTGAGTTATTTCCTTGTGTCAACCTTACGGCGCAGCTCTTGAAAGAAGTTGTTTGTGACCCTCTCTTTAATACAGAAAATAGAGCTTCACAAGCAAGAGGATTTGATTTAATTCTGTCCTTTGGC
AAGGCTGTATATTAGGTAAGATTATTTGGAGCCTATGCTGATTTTGGATAGCATCTGGTCTAATAGAGAGTTGGAAAAGTATCATGCTTAGTGGCACATATAGGATTTGGGTATTAATTACAAGTGTCGAATCTCATTTAGAGACTTCTAAAAGTGAAGTCAAAAGTTCAGCGTTACAAACCCTGCATTCCTTCTTAAGA
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>TRINITY_DN40561_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:CAGAGGCCGATGGACTGGGACTCAATCATCTCCTTTGATTTTGATCAGATGATTGTGGTTAATTCTCAGTTGTTGAAGTTGCATTTATCTAGGGCTTTCTGAGTCATTTCTCATTCCCCTTTGCAAATTTAGAGACTGTGCGTCCTCTCGCCGTAAGTTTGGTTAGCGGTTGTGCCTTTAGGAGATTGTCGCTGATTCCA
GTTACCATTAGCCCCGTGAGCTCGGGACTGAAGGCATTGAGCCTAGAAGCTTGCCTTGGAGTTCACTTTGTTTGGTTTGAGGTGGATTTGTGGAGGCTTGAAGCTCCTGGTTGGATTTTGGCTAGGCATTGTTCATCAACTGGGTTCGTTTTGGCAAGAGTGGGGTTCCTGCGCCAAGTTTTCTGCAGGGTGAAGTTTCT
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cattgagtggccatcctttcagagcacACTAAAGACAGCGACTCTTACACTACTTCTGGTGATGCTTCTAATTATTTTCTTGTCCTCTGTTGATTCGGCTCTGAGTTATTTCCTTGTGTCAACCTTACGGCGCAGCTCTTGAAAGAAGTTGTTTGTGACCCTCTCTTTAATACAGAAAATAGAGCTTCACAAGCAAGAGG
ATTTGATTTAATTCTGTCCTTTGGCAAGGCTGTATATTAGGTAAGATTATTTGGAGCCTATGCTGATTTTGGATAGCATCTGGTCTAATAGAGAGTTGGAAAAGTATCATGCTTAGTGGCACATATAGGATTTGGGTATTAATTACAAGTGTCGAATCTCATTTAGAGACTTCTAAAAGTGAAGTCAAAAGTTCAGCGTT
ACAAACCCTGCATTCCTTCTTAAGAGGGAAAGGCTTGTGCAGCAGAGGGCCTGAAAAAGGGTCAATCAATGGACATGGAAGGTGACTGAAGCATAGTTACAAATAGCCAGACATGTGTAGAACATCACCTTCCTGTTTCCTGTTGGAAGGAGTCGGGAATTTATCTGTATAAAAAGTTGTTTCATATTCTTTTTGCTTTG
TGTTAGAGTCTTTGCTTGCTCTCCAGTTTGACAACCAAGTTGATTATTAAAGATTTCAGTTGTGCCTTTAATGTTTTTTGTAAACTATAAATCTTTTCGTTTAAGACTAAATTAATCTAGTGATATGACG
Intron 2 GTATGGGTGC ... AGCTTCTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 46.67 | 4 | 7 | 0 |
| A2 | 36.36 | 7 | 5 | 3 |
| A3 | 46.15 | 7 | 10 | 2 |
| A4 | 33.33 | 1 | 0 | 1 |
| A5 | 33.33 | 1 | 1 | 0 |
| A6 | 46.51 | 23 | 28 | 12 |
| A7 | 60.98 | 8 | 11 | 14 |
| A8 | 48 | 13 | 17 | 7 |
| A9 | 54.84 | 7 | 9 | 8 |
| A10 | 48.39 | 16 | 18 | 12 |
>TRINITY_DN40561_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoformCAGAGGCCGATGGACTGGGACTCAATCATCTCCTTTGATTTTGATCAGATGATTGTGGTTAATTCTCAGTTGTTGAAGTTGCATTTATCTAGGGCTTTCTGAGTCATTTCTCATTCCCCTTTGCAAATTTAGAGACTGTGCGTCCTCTCGCCGTAAGTTTGGTTAGCGGTTGTGCCTTTAGGAGATTGTCGCTGATTCCA
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GCACCAAGTTTGCAAAGTGGGGTTTCTGCTCTGACATTTTGTAGAAGATGATCTCATCTTCTCTGAGTATGATTATTTCTGGCTGGCCAAGAAGCTGTTCAGGTTTTGTTCAACAATCATTCGGTAACAAGCCGAAGTTTGGAATGAACACTAGTTATACAAAGAGCTTAAATACAAACCTGCGATATCGGCTGACTTCA
GAACTAAAGACAGCGACTCTTACACTACTTCTGGTGATGCTTCTAATTATTTTCTTGTCCTCTGTTGATTCGGCTCTGAGTTATTTCCTTGTGTCAACCTTACGGCGCAGCTCTTGAAAGAAGTTGTTTGTGACCCTCTCTTTAATACAGAAAATAGAGCTTCACAAGCAAGAGGATTTGATTTAATTCTGTCCTTTGGC
AAGGCTGTATATTAGGTAAGATTATTTGGAGCCTATGCTGATTTTGGATAGCATCTGGTCTAATAGAGAGTTGGAAAAGTATCATGCTTAGTGGCACATATAGGATTTGGGTATTAATTACAAGTGTCGAATCTCATTTAGAGACTTCTAAAAGTGAAGTCAAAAGTTCAGCGTTACAAACCCTGCATTCCTTCTTAAGA
GGGAAAGGCTTGTGCAGCAGAGGGCCTGAAAAAGGGTCAATCAATGGACATGGAAGGTGACTGAAGCATAGTTACAAATAGCCAGACATGTGTAGAACATCACCTTCCTGTTTCCTGTTGGAAGGAGTCGGGAATTTATCTGTATAAAAAGTTGTTTCATATTCTTTTTGCTTTGTGTTAGAGTCTTTGCTTGCTCTCCA
GTTTGACAACCAAGTTGATTATTAAAGATTTCAGTTGTGCCTTTAATGTTTTTTGTAAACTATAAATCTTTTCGTTTAAGACTAAATTAATCTAGTGATATGACG
>TRINITY_DN40561_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:CAGAGGCCGATGGACTGGGACTCAATCATCTCCTTTGATTTTGATCAGATGATTGTGGTTAATTCTCAGTTGTTGAAGTTGCATTTATCTAGGGCTTTCTGAGTCATTTCTCATTCCCCTTTGCAAATTTAGAGACTGTGCGTCCTCTCGCCGTAAGTTTGGTTAGCGGTTGTGCCTTTAGGAGATTGTCGCTGATTCCA
GTTACCATTAGCCCCGTGAGCTCGGGACTGAAGGCATTGAGCCTAGAAGCTTGCCTTGGAGTTCACTTTGTTTGGTTTGAGGTGGATTTGTGGAGGCTTGAAGCTCCTGGTTGGATTTTGGCTAGGCATTGTTCATCAACTGGGTTCGTTTTGGCAAGAGTGGGGTTCCTGCGCCAAGTTTTCTGCAGGGTGAAGTTTCT
GCACCAAGTTTGCAAAGTGGGGTTTCTGCTCTGACATTTTGTAGAAGATGATCTCATCTTCTCTGAGTATGATTATTTCTGGCTGGCCAAGAAGCTGTTCAGGTTTTGTTCAACAATCATTCGGTAACAAGCCGAAGTTTGGAATGAACACTAGTTATACAAAGAGCTTAAATACAAACCTGCGATATCGGCTGACTTCA
GAAgtatgggtgccaccttcgtccaacttgaaattgaaatgtaaatatccttcctcgaagattcaaagccaacagggatcttccagaatcacggcaactagagcagacagaccatatttatcagttgataatgatatggacacaaaccccttcttgttatggcttggaaaggagcttctcagCTAAAGACAGCGACTCTT
ACACTACTTCTGGTGATGCTTCTAATTATTTTCTTGTCCTCTGTTGATTCGGCTCTGAGTTATTTCCTTGTGTCAACCTTACGGCGCAGCTCTTGAAAGAAGTTGTTTGTGACCCTCTCTTTAATACAGAAAATAGAGCTTCACAAGCAAGAGGATTTGATTTAATTCTGTCCTTTGGCAAGGCTGTATATTAGGTAAGA
TTATTTGGAGCCTATGCTGATTTTGGATAGCATCTGGTCTAATAGAGAGTTGGAAAAGTATCATGCTTAGTGGCACATATAGGATTTGGGTATTAATTACAAGTGTCGAATCTCATTTAGAGACTTCTAAAAGTGAAGTCAAAAGTTCAGCGTTACAAACCCTGCATTCCTTCTTAAGAGGGAAAGGCTTGTGCAGCAGA
GGGCCTGAAAAAGGGTCAATCAATGGACATGGAAGGTGACTGAAGCATAGTTACAAATAGCCAGACATGTGTAGAACATCACCTTCCTGTTTCCTGTTGGAAGGAGTCGGGAATTTATCTGTATAAAAAGTTGTTTCATATTCTTTTTGCTTTGTGTTAGAGTCTTTGCTTGCTCTCCAGTTTGACAACCAAGTTGATTA
TTAAAGATTTCAGTTGTGCCTTTAATGTTTTTTGTAAACTATAAATCTTTTCGTTTAAGACTAAATTAATCTAGTGATATGACG