sp|Q1W2L8|GSH1_TOBAC ----> Glutamate--cysteine ligase, chloroplastic
Intron 1 GTAAAAACTT ... AAAATGATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 52.85 | 29 | 24 | 41 |
| A2 | 46.15 | 21 | 13 | 23 |
| A3 | 40 | 30 | 14 | 26 |
| A4 | 49.49 | 25 | 18 | 31 |
| A5 | 63.93 | 11 | 16 | 23 |
| A6 | 25 | 9 | 0 | 6 |
| A7 | 20 | 14 | 0 | 7 |
| A8 | 15.79 | 8 | 1 | 2 |
| A9 | 16.67 | 5 | 0 | 2 |
| A10 | 32.26 | 21 | 0 | 20 |
>TRINITY_DN131736_c7_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformTATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCACTGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGCTAAGGGTCTCGACCCTGATACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAAT
TACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTTCTATTTAAATTTCATGTGAAGAAAATTTGATACTGGTGGATCTATGCTATGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTCCTATTCAAATTTCATGTC
AAGAAATTGGATCTGGTGGATTAAGGTGGATTTATGCTAGTTACGTCTATCTTCAGTCCAGGTTTAAGAACATTTTGGTCGTTCTACCATTGAAATTATATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCACTGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGCTAAGGGTCTCGACCCTGATACTGT
TCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTTTATTTTCTTTTAAAGAACAGAGGCAAAGGCCTCTCGGCTACCATGGCTCTTTGGTTAATTTTACAGTTCGTTAATAGACCGAAACCTTAGCTCGACGCAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAGCCTCAAGCAAATGTAAACACTACTTTC
AGTTCATTACTCTGCTCATTCTTGTTAAGTAAAAATATTTCTTTTGTTTGTTGAAGAATCTAACCGGGTGATAACACTGGACATTATATGTTTGCAAGCGGGCCGGCCTCCTCTTTTATCTAGTTCCTTTTTGTGCAAGGTTAAACCCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCACCTGGGTTTTAAACC
TTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTACGGGGTCGACTTTGGAAGCAACCCGGTCTAAGATAAGTCGAACTGTAAGTCGACTACAGGGTTGTTTTCAATCTTGTCCTTGCTCTTGACGTTAGCTTGATTCTACCTCTGTAACATATTTTGATAATATTAACAAGATAATTACTGCTCCCTTTTCTACGTTT
TAGACTTCTTGTGGACATTTGCAAGTATATATATATATATATATCAGTTATATCTCTATAATATTATGAGATGAGCACTCAGAGCTGTGTGCTCATCTTAGCTGTTGCTAGTAATATTATAGAGATAGAACTGGTCTCTTTCACTCAGAGCTGTGTGCTCATCTTAGCTGTTGCTAGTAATATTATAGAGATATAATATA
ACTCTCTTTCACTCAGAGCTGTGTGCTCATCTTAGCTGTTGCTAGTAATATTATAGAGATATAATATAACTCTCTTTCACTCAGAGCTGT
>TRINITY_DN131736_c7_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:TATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCACTGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGCTAAGGGTCTCGACCCTGATACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAAT
TACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTTCTATTTAAATTTCATGTGAAGAAAATTTGATACTGGTGGATCTATGCTATGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTCCTATTCAAATTTCATGTC
AAGAAATTGGATCTGGTGGATTAAGGTGGATTTATGCTAGTTACGTCTATCTCCAGTCCAGGTTTAAGAACATTTTGGTCGTTCTACCATTGAAATTATATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCACTGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGCTAAGGGTCTCGACCCTGATACTGT
TCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTTTATTTTCTTTTAAAGAACAGAGGCAAAGGCCTCTCGGCTACCATGGCTCTTTGGTTAATTTTACAGTTCGTTAATAGACCGAAACCTTAGCTCGACGCAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAGCCTCAAGCAAATGTAAACACTACTTTC
AGTTCATTACTCTGCTCATTCTTGTTAAGTAAAAATATTTCTTTTGTTTGTTGAAGAATCTAACCGGGTGATAACACTGGACATTATATGTTTGCAAGCGGGCCGGCCTCCTCTTTTATCTAGgtaaaaacttatacttgctttcaaaagctcttttcacctgtagcttttaacaaaagagtaaaattactctgcatcta
accaaaatgatagTTCCTTTTTGTGCAAGGTTAAACCCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCACCTGGGTTTTAAACCTTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTACGGGGTCGACTTTGGAAGCAACCCGGTCTAAGATAAGTCGAACTGTAAGTCGACTACAGGGTTGTTTTCAATCT
TGTCCTTGCTCTTGACGTTAGCTTGATTCTACTTTAAATCTGTAGACCTAGGATGGAAAAGGGAAAGGTCTACCTCTGTAACATATTTTGATAATATTAACAAGATAATTACTGCTCCCTTTTCTACGTTTTAGACTTCTTGTGGACATTTGCAAGTATATATATATATATATATCAGTTATATCTCTATAATATTATGA
GATGAGCACTCAGAGCTGTGTGCTCATCTTAGCTGTTGCTAGTAATATTATAGAGATAGAACTGGTCTCTTTCACTCAGAGCTGTGTGCTCATCTTAGCTGTTGCTAGTAATATTATAGAGATATAATATAACTCTCTTTCACTCAGAGCTGTGTGCTCATCTTAGCTGTTGCTAGTAATATTATAGAGATATAATATAA
CTCTCTTTCACTCAGAGCTGT
Intron 2 GTAAACACTA ... TGTTTGCAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 41.71 | 38.5 | 32 | 23 |
| A2 | 37.71 | 25 | 15 | 15 |
| A3 | 26.81 | 45 | 13 | 20 |
| A4 | 37.09 | 33 | 21 | 18 |
| A5 | 36.63 | 19 | 15 | 7 |
| A6 | 15.99 | 9.5 | 1 | 3 |
| A7 | 12.95 | 34 | 4 | 6.5 |
| A8 | 23.66 | 16.5 | 6 | 4.5 |
| A9 | 9.96 | 45 | 7 | 3 |
| A10 | 13.08 | 52.5 | 11 | 5 |
>TRINITY_DN131736_c7_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoformTATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCACTGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGCTAAGGGTCTCGACCCTGATACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAAT
TACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTTCTATTTAAATTTCATGTGAAGAAAATTTGATACTGGTGGATCTATGCTATGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTCCTATTCAAATTTCATGTC
AAGAAATTGGATCTGGTGGATTAAGGTGGATTTATGCTAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTAGGCAAAGGCCTCTCGGCTACCATGGCTCTTTGGTTAATTTTACTGTTCGTTAATAGAACGAAACCTTAGCTCGACGCAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAGCCTCAAGCAAATCGGGCCGGCCTCC
TCTTTTATCTAGGTTAAACCCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCACCTGGGTTTTAAACCTTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTACGGGGTCGACTTTGGAAGCAACCCGGTCTAAGATAAGTCGAACTGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCG
CCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCTGAGTTATCATGCTAACAAACTGACCACTAGAAGTTACAATGCCATAAGTTCGGAGCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGAGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAATTATATGCATAAAGGAAGGGGCAATCTTCTG
>TRINITY_DN131736_c7_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:TATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCACTGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGCTAAGGGTCTCGACCCTGATACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAAT
TACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTTCTATTTAAATTTCATGTGAAGAAAATTTGATACTGGTGGATCTATGCTATGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTCCTATTCAAATTTCATGTC
AAGAAATTGGATCTGGTGGATTAAGGTGGATTTATGCTAGTTACGTCTATCTTCAGTCCAGGTTTAAGAACATTTTGGTCGTTCTACCATTGAAATTATATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCACTGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGCTAAGGGTCTCGACCCTGATACTGT
TCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTTTATTTTCTTTTAAAGAACAGAGGCAAAGGCCTCTCGGCTACCATGGCTCTTTGGTTAATTTTACAGTTCGTTAATAGACCGAAACCTTAGCTCGACGCAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAGCCTCAAGCAAATgtaaacactactttc
agttcattactctgctcattcttgttaagtaaaaatatttcttttgtttgttgaagaatctaaccgggtgataacactggacattatatgtttgcaagCGGGCCGGCCTCCTCTTTTATCTAGTTCCTTTTTGTGCAAGGTTAAACCCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCACCTGGGTTTTAAACC
TTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTACGGGGTCGACTTTGGAAGCAACCCGGTCTAAGATAAGTCGAACTGTAAGTCGACTACAGGGTTGTTTTCAATCTTGTCCTTGCTCTTGACGTTAGCTTGATTCTACCTCTGTAACATATTTTGATAATATTAACAAGATAATTACTGCTCCCTTTTCTACGTTT
TAGACTTCTTGTGGACATTTGCAAGTATATATATATATATATATCAGTTATATCTCTATAATATTATGAGATGAGCACTCAGAGCTGTGTGCTCATCTTAGCTGTTGCTAGTAATATTATAGAGATAGAACTGGTCTCTTTCACTCAGAGCTGTGTGCTCATCTTAGCTGTTGCTAGTAATATTATAGAGATATAATATA
ACTCTCTTTCACTCAGAGCTGTGTGCTCATCTTAGCTGTTGCTAGTAATATTATAGAGATATAATATAACTCTCTTTCACTCAGAGCTGT
Intron 3 GTAAAAACTT ... TTTGTGCAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 44.5 | 45.7 | 24 | 49 |
| A2 | 44.07 | 21.7 | 13 | 21 |
| A3 | 29.27 | 57 | 14 | 33 |
| A4 | 42.76 | 35.7 | 18 | 35 |
| A5 | 52.46 | 17 | 16 | 21 |
| A6 | 19.58 | 17.3 | 0 | 8 |
| A7 | 17.34 | 32.7 | 0 | 13 |
| A8 | 16.93 | 10.3 | 1 | 3 |
| A9 | 7.54 | 31.7 | 0 | 4 |
| A10 | 18.76 | 48.7 | 0 | 22 |
>TRINITY_DN131736_c7_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoformTATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCACTGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGCTAAGGGTCTCGACCCTGATACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAAT
TACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTTCTATTTAAATTTCATGTGAAGAAAATTTGATACTGGTGGATCTATGCTATGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTCCTATTCAAATTTCATGTC
AAGAAATTGGATCTGGTGGATTAAGGTGGATTTATGCTAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTAGGCAAAGGCCTCTCGGCTACCATGGCTCTTTGGTTAATTTTACTGTTCGTTAATAGAACGAAACCTTAGCTCGACGCAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAGCCTCAAGCAAATCGGGCCGGCCTCC
TCTTTTATCTAGGTTAAACCCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCACCTGGGTTTTAAACCTTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTACGGGGTCGACTTTGGAAGCAACCCGGTCTAAGATAAGTCGAACTGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCG
CCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCTGAGTTATCATGCTAACAAACTGACCACTAGAAGTTACAATGCCATAAGTTCGGAGCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGAGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAATTATATGCATAAAGGAAGGGGCAATCTTCTG
>TRINITY_DN131736_c7_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:TATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCACTGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGCTAAGGGTCTCGACCCTGATACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAAT
TACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTTCTATTTAAATTTCATGTGAAGAAAATTTGATACTGGTGGATCTATGCTATGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTCCTATTCAAATTTCATGTC
AAGAAATTGGATCTGGTGGATTAAGGTGGATTTATGCTAGTTACGTCTATCTCCAGTCCAGGTTTAAGAACATTTTGGTCGTTCTACCATTGAAATTATATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCACTGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGCTAAGGGTCTCGACCCTGATACTGT
TCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTTTATTTTCTTTTAAAGAACAGAGGCAAAGGCCTCTCGGCTACCATGGCTCTTTGGTTAATTTTACAGTTCGTTAATAGACCGAAACCTTAGCTCGACGCAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAGCCTCAAGCAAATGTAAACACTACTTTC
AGTTCATTACTCTGCTCATTCTTGTTAAGTAAAAATATTTCTTTTGTTTGTTGAAGAATCTAACCGGGTGATAACACTGGACATTATATGTTTGCAAGCGGGCCGGCCTCCTCTTTTATCTAGgtaaaaacttatacttgctttcaaaagctcttttcacctgtagcttttaacaaaagagtaaaattactctgcatcta
accaaaatgatagttcctttttgtgcaagGTTAAACCCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCACCTGGGTTTTAAACCTTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTACGGGGTCGACTTTGGAAGCAACCCGGTCTAAGATAAGTCGAACTGTAAGTCGACTACAGGGTTGTTTTCAATCT
TGTCCTTGCTCTTGACGTTAGCTTGATTCTACTTTAAATCTGTAGACCTAGGATGGAAAAGGGAAAGGTCTACCTCTGTAACATATTTTGATAATATTAACAAGATAATTACTGCTCCCTTTTCTACGTTTTAGACTTCTTGTGGACATTTGCAAGTATATATATATATATATATCAGTTATATCTCTATAATATTATGA
GATGAGCACTCAGAGCTGTGTGCTCATCTTAGCTGTTGCTAGTAATATTATAGAGATAGAACTGGTCTCTTTCACTCAGAGCTGTGTGCTCATCTTAGCTGTTGCTAGTAATATTATAGAGATATAATATAACTCTCTTTCACTCAGAGCTGTGTGCTCATCTTAGCTGTTGCTAGTAATATTATAGAGATATAATATAA
CTCTCTTTCACTCAGAGCTGT
Intron 4 GTTAAGTCTA ... TCAACATGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 98.22 | 0.8 | 28.8 | 43.6 |
| A2 | 95.77 | 1.3 | 33.3 | 22.9 |
| A3 | 94.01 | 2.3 | 33.3 | 38.1 |
| A4 | 91.75 | 4 | 46.9 | 43.3 |
| A5 | 100 | 0 | 8.6 | 23.4 |
| A6 | 100 | 0 | 16.6 | 18.9 |
| A7 | 91.05 | 1 | 10.6 | 10.1 |
| A8 | 100 | 0 | 9 | 11.1 |
| A9 | 86.87 | 2.5 | 18 | 14.6 |
| A10 | 98.53 | 0.3 | 20 | 10.1 |
>TRINITY_DN131736_c7_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoformTATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCACTGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGCTAAGGGTCTCGACCCTGATACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAAT
TACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTTCTATTTAAATTTCATGTGAAGAAAATTTGATACTGGTGGATCTATGCTATGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTCCTATTCAAATTTCATGTC
AAGAAATTGGATCTGGTGGATTAAGGTGGATTTATGCTAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTAGGCAAAGGCCTCTCGGCTACCATGGCTCTTTGGTTAATTTTACTGTTCGTTAATAGAACGAAACCTTAGCTCGACGCAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAGCCTCAAGCAAATCGGGCCGGCCTCC
TCTTTTATCTAGGTTAAACCCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCACCTGGGTTTTAAACCTTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTACGGGGTCGACTTTGGAAGCAACCCGGTCTAAGATAAGTCGAACTGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCG
CCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCTGAGTTATCATGCTAACAAACTGACCACTAGAAGTTACAATGCCATAAGTTCGGAGCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGAGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAATTATATGCATAAAGGAAGGGGCAATCTTCTG
>TRINITY_DN131736_c7_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:TATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCACTGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGCTAAGGGTCTCGACCCTGATACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAAT
TACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTTCTATTTAAATTTCATGTGAAGAAAATTTGATACTGGTGGATCTATGCTAgttaagtctatctccagtccaggtttaagaacattctggtcgttctaccattgaaattatatagtctttaaggtttcttgcactggcttgagtttttcatcttggcgagtaatcgtttagactgt
agtaattttggttaagggtctcgaccctggtactgttctgtcctcaacatgagTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTCCTATTCAAATTTCATGTCAAGAAATTGGATCTGGTGGATT
AAGGTGGATTTATGCTAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTGTATTTTCTTTTAAACAACAGAGGCAAAGGCCTCTCGGCTACCATGGCTCTTTGGTTAATTTTACTGTTCGTTAATAGAACGAAACCTTAGCTCGACGCAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAGCCTCAAGCAAATCGGGCCGGCCTCCT
CTTTTATCTAGGTTAAACCCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCACCTGGGTTTTAAACCTTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTACGGGGTCGACTTTGGAAGCAACCCGGTCTAAGATAAGTCGAACTGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCGC
CATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCTGAGTTATCATGCTAACAAACTGACCACTAGAAGTTACAATGCCATAAGTTCGGAGCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGAGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAATTATATGCATAAAGGAAGGGGCAATCTTCTG
Intron 5 GTTACGTCTA ... TTCAGTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 42.68 | 12.3 | 10 | 5 |
| A2 | 46.83 | 14.7 | 16 | 9 |
| A3 | 46.3 | 7 | 5 | 5 |
| A4 | 57.27 | 7 | 7 | 7 |
| A5 | 70.37 | 2.7 | 1 | 1 |
| A6 | 60.72 | 5 | 9 | 6 |
| A7 | 62.77 | 3.3 | 5 | 5 |
| A8 | 60 | 3.7 | 4 | 4 |
| A9 | 57.98 | 7.3 | 11 | 9 |
| A10 | 44.76 | 3.7 | 2 | 1 |
>TRINITY_DN131736_c7_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoformTATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCACTGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGCTAAGGGTCTCGACCCTGATACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAAT
TACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTTCTATTTAAATTTCATGTGAAGAAAATTTGATACTGGTGGATCTATGCTATGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTCCTATTCAAATTTCATGTC
AAGAAATTGGATCTGGTGGATTAAGGTGGATTTATGCTAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTAGGCAAAGGCCTCTCGGCTACCATGGCTCTTTGGTTAATTTTACTGTTCGTTAATAGAACGAAACCTTAGCTCGACGCAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAGCCTCAAGCAAATCGGGCCGGCCTCC
TCTTTTATCTAGGTTAAACCCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCACCTGGGTTTTAAACCTTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTACGGGGTCGACTTTGGAAGCAACCCGGTCTAAGATAAGTCGAACTGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCG
CCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCTGAGTTATCATGCTAACAAACTGACCACTAGAAGTTACAATGCCATAAGTTCGGAGCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGAGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAATTATATGCATAAAGGAAGGGGCAATCTTCTG
>TRINITY_DN131736_c7_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:TATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCACTGGCTTGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGCTAAGGGTCTCGACCCTGATACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAAT
TACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTTCTATTTAAATTTCATGTGAAGAAAATTTGATACTGGTGGATCTATGCTATGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTATGAGAAAATGGGTCTTATGTTCTCTTGGTTCAAAGTACATCTCAGAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTCCTATTCAAATTTCATGTC
AAGAAATTGGATCTGGTGGATTAAGGTGGATTTATGCTAgttacgtctatcttcagtccagGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCGCCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCTGAGTTATCATGCTAACAAACTGACCACTAGA
AGTTACAATGCCATAAGTTCGGAGCTTAAAGAATTAAAAATTCAGCAACATCAAGGAATACTGTCCTATGGAGGAGGAAAAAGAGAGAATAATTTGTATCAGAATTATATGCATAAAGGAAGGGGCAATCTTCTG