NA ----> NA

Intron 1 GTATGATATG ... ATTGTCCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	67.78	3	10	1.3
A2	74.18	2.3	8	4.7
A3	75	2	4	6.3
A4	89.75	0.7	4	7
A5	31.43	6	0	6
A6	68.41	7.3	11	20.7
A7	73.59	7.7	22	18
A8	68	15	26	34
A9	71.26	12.3	29	30
A10	71.22	6.7	17	15

>TRINITY_DN40857_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

AAAAAACTGTTCTGTTATGCATCCAGACAGCGCCAGAAAGTAAAACTGCAAAATCAGTCTATTCTTTTGGGCAAAGATAGTGTTGTCCTTACGACATTGGGTTCTGCCTTCCAGACAGCAAGCAGAGCAGCATGGAGATCACGTGCCTCAGATGGGCAACAAGTTGAGGGTCAGGTTACAGAAATTGATGCTTCCAACAA
TCAGAATGATTACGAGGGTAGAGATAATTTATCAAGTACAGAAGTTGGAACTTCCAACGGGATTGTACAGTCAGTTTTCAAATCAGCTCTACAACGGGCTGGGACCCTTGGGTGGTCTGGCAGCAGCATTGATGAGAGCACACCTCAAAATGGTGATAGGATGTTAGCAAGGGGCTCCTCTTCCGAGACTCTTGAAGCTG
ATGTAGCTGTTAGTTCAGCACATAATGCAAGTACCATGCTACAAACTTCTATGTCTGCAGCTAAAACAGTTCAACTTGAAAATTTGAATGCCATGACAATGCTGATACACAGTAGCAGAGAGGTGGAAGGAGAAAACCTTCTTCCTGTTGACATGGTTTCGGAGTTGAGTGATCAGGTCTTAGAACAGAGCGAAAATTTC
GAGCAGTATCAAGCAGAGTGTGCAGCAAAGTTAGAAGCATGGTTGAGTGAGGCTGATGAAGGCAGTATTACTACTGTTCAAGAATGAAAATTGGGGCTTGTTGATTGTTTATTGTAGCTGAATCTTCATTTTTTATTCATTATGATATCTCAAGGCTATTTTCTGTCTTTATTTCCGAATACGAGGATGGACTATATCAG
TGCAACCTGAATTTAGGAGGCATATCAAATTTTTTTTACCATATTCTCTCAACTTTTCTAACCTCTTTATTTTAATGAAACATTATTTGTATGCTATGCTATCTAGCATCTTTGGGCACATGCTCAGATGTTTCTTTATAGTCAATATTTTACTGCTGCTGCCGTTGACAG

>TRINITY_DN40857_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

AAAAAACTGTTCTGTTATGCATCCAGACAGCGCCAGAAAGTAAAACTGCAAAATCAGTCTATTCTTTTGGGCAAAGATAGTGTTGTCCTTACGACATTGGGTTCTGCCTTCCAGACAGCAAGCAGAGCAGCATGGAGATCACGTGCCTCAGATGGGCAACAAGTTGAGGGTCAGGTTACAGAAATTGATGCTTCCAACAA
TCAGAATGATTACGAGGGTAGAGATAATTTATCAAGTACAGAAGTTGGAACTTCCAACGGGATTGTACAGTCAGTTTTCAAATCAGCTCTACAACGGGCTGGGACCCTTGGGTGGTCTGGCAGCAGCATTGATGAGAGCACACCTCAAAATGGTGATAGGATGTTAGCAAGGGGCTCCTCTTCCGAGACTCTTGAAGCTG
ATGTAGCTGTTAGTTCAGCACATAATGCAAGTACCATGCTACAAACTTCTATGTCTGCAGCTAAAACAGTTCAACTTGAAAATTTGAATGCCATGACAATGCTGATACACAGTAGCAGAGAGGTGGAAGGAGAAAACCTTCTTCCTGTTGACATGGTTTCGGAGTTGAGTGATCAGGTCTTAGAACAGAGCGAAAATTTC
GAGCAGTATCAAGCAGAGTGTGCAGCAAAGTTAGAAGCATGGTTGAGTGAGGCTGATGAAGGCAGTATTACTACTGTTCAAGAgtatgatatgaggccagtggtttagtttgatttatacagaggaatctttgtacactgaaaaagtatcacattattcctttgtggttattctggactgctctaagtcataaatttctg
tattgtcccagATGAAAATTGGGGCTTGTTGATTGTTTATTGTAGCTGAATCTTCATTTTTTATTCATTATGATATCTCAAGGCTATTTTCTGTCTTTATTTCCGAATACGAGGATGGACTATATCAGTGCAACCTGAATTTAGGAGGCATATCAAATTTTTTTTACCATATTCTCTCAACTTTTCTAACCTCTTTATTT
TAATGAAACATTATTTGTATGCTATGCTATCTAGCATCTTTGGGCACATGCTCAGATGTTTCTTTATAGTCAATATTTTACTGCTGCTGCCGTTGACAG

Intron 2 GTACACTTCC ... TTTAACGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	0	2	0	0
A2	45.45	3	2	3
A3	50	1	2	0
A4	63.64	2	5	2
A5	0	7	0	0
A6	24.32	14	4	5
A7	21.43	11	4	2
A8	13.04	20	3	3
A9	36	16	11	7
A10	33.33	9	4	5

>TRINITY_DN41765_c1_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

GGCAGTATTACTACTGTTCAAGAATGAAAATTGGGGCTTGTTGATTGTTTATTGTAGCTGAATCTTCATTTTTTATTCATTATGATATCTCAAGGCTATTTTCTGTCTTTATTTCCGAATACGAGGATGGACTATATCAGTGCAACCTGAATTTAGGAGGCATATCAAATTTTTTTTACCATATTCTCTCAACTTTTCTA
ACCTCTTTATTTCAATTTTTTTTTACCATATTCTCTCAACTTTTCTAACCTCTTTATTTTAATGAAACATTATTTGTATGCTATGCTATCTAGCATCTTTGGGCACATGCTCAGATGTTTCTTTATAGTCAATATTTTACTGCTGCTGCCGTTGACAGGATCGTTATTGACATGTTCTATTACATATCTCATGTTTGGAA
TAGTGATCAAGCAGTGTGGGTTGAGTTTCCTATTCATGTGGCTCCTTTGAAATAAAATATTTTCTGGCTTTAGGCTTTTAGGTTTGAGGCTATTATGTTGTGCTTACTGCAGACCAATTTAAATTTCAACAAGGAAACACTTACTGTATTCCATCGGGCTTAACCTCTGTCAAGGCCCACTTGCGTTTATTTATTGTTAG
ATGAAATAGACGGTTAAAGTTTATCCTGAGCTAAGTTGTGCTCTTCTCAAAGTGATTGTATGCGTTATTATTTTGAAGATAATTTAGCGACTTG

>TRINITY_DN41765_c1_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCTAGTTCGTGGGGCCAAGAATTAGCCTGGGTGCATAAAATGTGGCATCCATCCTTTGCTTCCCGCGGGGCGCGATTTTTTTTGCCAGCCGAGTCTTGATGAGTATGACTGCGAGTTTGGCCGAGTTCCACGATTATACGAGTCAGGCCGAGTAAAAGCAAGTCCGCGAGTATGCAAACGAGTCTTCGGTGGTTACGCGG
GGAAGGCATCCACTTGGCAAGACTCATGGGTACTCGCGAGTATGCCCTGAGTGGTGCTTCATTGATATGCGCCAGAAAGTAAAACTGCAAAATCAGTCTATTCTTTTGGGCAAAGATAGTGTTGTCCTTACGACATTGGGTTCTGCCTTCCAGACAGCAAGCAGAGCAGCATGGAGATCACGTGCCTCAGATGGGCAACA
AGTTGAGGGTCAGGTTACAGAAATTGATGCTTCCAACAATCAGAATGATTACGAGGGTAGAGATAATTTGTCAGGTTACAGAAATTGATGCTTCCAACAATCAGAATGATTACGAGGGTAGAGATAATTTATCAAGTACAGAAGTTGGAACTTCCAACGGGATTGTACAGTCAGTTTTCAAATCAGCTCTACAACGGGCT
GGGACCCTTGGGTGGTCTGGCAGCAGCATTGATGAGAGCACACCTCAAAATGGTGATAGGATGTTAGCAAGGGGCTCCTCTTCCGAGACTCTTGAAGCTGATGTAGCTGTTAGTTCAGCACATAATGCAAGTACCATGCTACAAACTTCTATGTCTGCAGCTAAAACAGTTCAACTTGAAAATTTGAATGCCATGACAAT
GCTGATACACAGTAGCAGAGAGGTGGAAGGAGAAAACCTTCTTCCTGTTGACATGGTTTCGGAGTTGAGTGATCAGGTCTTAGAACAGAGCGAAAATTTCGAGCAGTATCAAGCAGAGTGTGCAGCAAAGTTAGAAGCATGGTTGAGTGAGGCTGATGAAGGCAGTATTACTACTGTTCAAGAGTATGATATGAGGCCAG
TGGTTTAGTTTGATTTATACAGAGGAATCTTTGTACACTGAAAAAGTATCACATTATTCCTTTGTGGTTATTCTGGACTGCTCTAAGTCATAAATTTCTGTATTGTCCCAGATGAAAATTGGGGCTTGTTGATTGTTTATTGTAGCTGAATCTTCATTTTTTATTCATTATGATATCTCAAGgtacacttcctttttatc
ttttgattatgcttgttgaaagctagatgtcatcttgttctgctgctccaaatgcatcaaatttatgaaatgtacgactaaactattaatttgttttaacgcagGCTATTTTCTGTCTTTATTTCCGAATACGAGGATGGACTATATCAGTGCAACCTGAATTTAGGAGGCATATCAAATTTTTTTTACCATATTCTCTC
AACTTTTCTAACCTCTTTATTTCAATTTTTTTTTACCATATTCTCTCAACTTTTCTAACCTCTTTATTTTAATGAAACATTATTTGTATGCTATGCTATCTAGCATCTTTGGGCACATGCTCAGATGTTTCTTTATAGTCAATATTTTACTGCTGCTGCCGTTGACAGGATCGTTATTGACATGTTCTATTACATATCTC
ATGTTTGGAATAGTGATCAAGCAGTGTGGGTTGAGTTTCCTATTCATGTGGCTCCTTTGAAATAAAATATTTTCTGGCTTTAGGCTTTTAGGTTTGAGGCTATTATGTTGTGCTTACTGCAGACCAATTTAAATTTCAACAAGGAAACACTTACTGTATTCCATCGGGCTTAACCTCTGTCAAGGCCCACTTGCGTTTAT
TTATTGTTAGATGAAATAGACGGTTAAAGTTTATCCTGAGCTAAGTTGTGCTCTTCTCAAAGTGATTGTATGCGTTATTATTTTGAAGATAATTTAGCGACTTG

Intron 3 GTGCCCCAGT ... GAAAATTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	69.23	4	11	7
A2	100	0	1	2
A3	100	0	8	8
A4	75	1	3	3
A5	77.78	1	4	3
A6	62.96	5	11	6
A7	62.5	3	4	6
A8	68.42	3	6	7
A9	50	7	8	6
A10	71.43	1	3	2

>TRINITY_DN41765_c1_g1_i8 from sample A7 / Example spliced isoform

GCGGGGACGAAAAGTTAAAGCGTCCGTCGTGTATAAGCGAAGGCATCCATTTATACTCGCGTCCACTTCAACTAATGCATGTTTTTAATGCTTCGCTGCATTCGACCGGGCGATCTATGGAGCATCACTTTTCATATTTATAATCGGTCATCGAAGGATCGGACAAGGGCGATGCAGTGGATGAGAATATAGCATAGATG
ATAGAACAGGGGGCAGAAAACCATCAGCGGGGCTGTTTTATGTTCAGCAACATATTCAAATTTCGCACAAAATTAAGGATTTGGGCTACAACTTAGGGGCAGTTATTCATGCTTCAGGTGACTAGAATAAAAATGCACCATTATTTGGGCATTGAAGGCTTTGAAGAAGTGCATGAGAATATATCAGAGATGATAAAGCA
GGTGGCAAATGAACCCTCAGTGGGACTTTTCTATGTCCAACAACATATTCACAATGCTGTTCCAATTTTGCATGAAATTAAGGCTAAAGTTGTGGATACCACTCAGGAAGAATTTATCTGCACAGAGGATATGAAAGATGCTATCAGGTCTGTCAAATCAATGAAAGGATGTGGACCTCCTATTATTGAACAAATGATAA
AGAAACTCAATTCTTCAATTTCATTGATGTCGTCTATGCAGCAACTTAGAGGACAGCGCCAGAAAGTAAAACTGCAAAATCAGTCTATTCTTTTGGGCAAAGATAGTGTTGTCCTTACGACATTGGGTTCTGCCTTCCAGACAGCAAGCAGAGCAGCATGGAGATCACGTGCCTCAGATGGGCAACAAGTTGAGGGTCAG
GTTACAGAAATTGATGCTTCCAACAATCAGAATGATTACGAGGGTAGAGATAATTTGTCAGGTTACAGAAATTGATGCTTCCAACAATCAGAATGATTACGAGGGTAGAGATAATTTATCAAGTACAGAAGTTGGAACTTCCAACGGGATTGTACAGTCAGTTTTCAAATCAGCTCTACAACGGGCTGGGACCCTTGGGT
GGTCTGGCAGCAGCATTGATGAGAGCACACCTCAAAATGGTGATAGGATGTTAGCAAGGGGCTCCTCTTCCGAGACTCTTGAAGCTGATGTAGCTGTTAGTTCAGCACATAATGCAAGTACCATGCTACAAACTTCTATGTCTGCAGCTAAAACAGTTCAACTTGAAAATTTGAATGCCATGACAATGCTGATACACAGT
AGCAGAGAGGTGGAAGGAGAAAACCTTCTTCCTGTTGACATGGTTTCGGAGTTGAGTGATCAGGTCTTAGAACAGAGCGAAAATTTCGAGCAGTATCAAGCAGAGTGTGCAGCAAAGTTAGAAGCATGGTTGAGTGAGGCTGATGAAGGCAGTATTACTACTGTTCAAGAGTATGATATGAGGCCAGTGGTTTAGTTTGA
TTTATACAGAGGAATCTTTGTACACTGAAAAAGTATCACATTATTCCTTTGTGGTTATTCTGGACTGCTCTAAGTCATAAATTTCTGTATTGTCCCAGATGAAAATTGGGGCTTGTTGATTGTTTATTGTAGCTGAATCTTCATTTTTTATTCATTATGATATCTCAAGGTACACTTCCTTTTTATCTTTTGATTATGCT
TGTTGAAAGCTAGATGTCATCTTGTTCTGCTGCTCCAAATGCATCAAATTTATGAAATGTACGACTAAACTATTAATTTGTTTTAACGCAGGCTATTTTCTGTCTTTATTTCCGAATACGAGGATGGACTATATCAGTGCAACCTGAATTTAGGAGGCATATCAAATTTTTTTTACCATATTCTCTCAACTTTTCTAACC
TCTTTATTTCAATTTTTTTTTACCATATTCTCTCAACTTTTCTAACCTCTTTATTTTAATGAAACATTATTTGTATGCTATGCTATCTAGCATCTTTGGGCACATGCTCAGATGTTTCTTTATAGTCAATATTTTACTGCTGCTGCCGTTGACAGGATCGTTATTGACATGTTCTATTACATATCTCATGTTTGGAATAG
TGATCAAGCAGTGTGGGTTGAGTTTCCTATTCATGTGGCTCCTTTGAAATAAAATATTTTCTGGCTTTAGGCTTTTAGGTTTGAGGCTATTATGTTGTGCTTACTGCAGACCAATTTAAATTTCAACAAGGAAACACTTACTGTATTCCATCGGGCTTAACCTCTGTCAAGGCCCACTTGCGTTTATTTATTGTTAGATG
AAATAGACGGTTAAAGTTTATCCTGAGCTAAGTTGTGCTCTTCTCAAAGTGATTGTATGCGTTATTATTTTGAAGATAATTTAGCGACTTG

>TRINITY_DN41765_c1_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GCGGGGACGAAAAGTTAAAGCGTCCGTCGTGTATAAGCGAAGGCATCCATTTATACTCGCGTCCACTTCAACTAATGCATGTTTTTAATGCTTCGCTGCATTCGACCGGGCGATCTATGGAGCATCACTTTTCATATTTATAATCGGTCATCGAAGGATCGGACAAGGGCGATGCAGTGGATGAGAATATAGCATAGATG
ATAGAACAGGGGGCAGAAAACCATCAGCGGGGCTGTTTTATGTTCAGCAACATATTCAAATTTCGCACAAAATTAAGGATTTGGGCTACAACTTAGGGGCAGTTATTCATGCTTCAGgtgccccagtttattccacaatctaactgatcaccaatgaaaatttagGTGACTAGAATAAAAATGCACCATTATTTGGGCAT
TGAAGGCTTTGAAGAAGTGCATGAGAATATATCAGAGATGATAAAGCAGGTGGCAAATGAACCCTCAGTGGGACTTTTCTATGTCCAACAACATATTCACAATGCTGTTCCAATTTTGCATGAAATTAAGGCTAAAGTTGTGGATACCACTCAGGAAGAATTTATCTGCACAGAGGATATGAAAGATGCTATCAGGTCTG
TCAAATCAATGAAAGGATGTGGACCTCCTATTATTGAACAAATGATAAAGAAACTCAATTCTTCAATTTCATTGATGTCGTCTATGCAGCAACTTAGAGGACAGCGCCAGAAAGTAAAACTGCAAAATCAGTCTATTCTTTTGGGCAAAGATAGTGTTGTCCTTACGACATTGGGTTCTGCCTTCCAGACAGCAAGCAGA
GCAGCATGGAGATCACGTGCCTCAGATGGGCAACAAGTTGAGGGTCAGGTTACAGAAATTGATGCTTCCAACAATCAGAATGATTACGAGGGTAGAGATAATTTGTCAGGTTACAGAAATTGATGCTTCCAACAATCAGAATGATTACGAGGGTAGAGATAATTTATCAAGTACAGAAGTTGGAACTTCCAACGGGATTG
TACAGTCAGTTTTCAAATCAGCTCTACAACGGGCTGGGACCCTTGGGTGGTCTGGCAGCAGCATTGATGAGAGCACACCTCAAAATGGTGATAGGATGTTAGCAAGGGGCTCCTCTTCCGAGACTCTTGAAGCTGATGTAGCTGTTAGTTCAGCACATAATGCAAGTACCATGCTACAAACTTCTATGTCTGCAGCTAAA
ACAGTTCAACTTGAAAATTTGAATGCCATGACAATGCTGATACACAGTAGCAGAGAGGTGGAAGGAGAAAACCTTCTTCCTGTTGACATGGTTTCGGAGTTGAGTGATCAGGTCTTAGAACAGAGCGAAAATTTCGAGCAGTATCAAGCAGAGTGTGCAGCAAAGTTAGAAGCATGGTTGAGTGAGGCTGATGAAGGCAG
TATTACTACTGTTCAAGAGTATGATATGAGGCCAGTGGTTTAGTTTGATTTATACAGAGGAATCTTTGTACACTGAAAAAGTATCACATTATTCCTTTGTGGTTATTCTGGACTGCTCTAAGTCATAAATTTCTGTATTGTCCCAGATGAAAATTGGGGCTTGTTGATTGTTTATTGTAGCTGAATCTTCATTTTTTATT
CATTATGATATCTCAAGGTACACTTCCTTTTTATCTTTTGATTATGCTTGTTGAAAGCTAGATGTCATCTTGTTCTGCTGCTCCAAATGCATCAAATTTATGAAATGTACGACTAAACTATTAATTTGTTTTAACGCAGGCTATTTTCTGTCTTTATTTCCGAATACGAGGATGGACTATATCAGTGCAACCTGAATTTA
GGAGGCATATCAAATTTTTTTTACCATATTCTCTCAACTTTTCTAACCTCTTTATTTCAATTTTTTTTTACCATATTCTCTCAACTTTTCTAACCTCTTTATTTTAATGAAACATTATTTGTATGCTATGCTATCTAGCATCTTTGGGCACATGCTCAGATGTTTCTTTATAGTCAATATTTTACTGCTGCTGCCGTTGA
CAGGATCGTTATTGACATGTTCTATTACATATCTCATGTTTGGAATAGTGATCAAGCAGTGTGGGTTGAGTTTCCTATTCATGTGGCTCCTTTGAAATAAAATATTTTCTGGCTTTAGGCTTTTAGGTTTGAGGCTATTATGTTGTGCTTACTGCAGACCAATTTAAATTTCAACAAGGAAACACTTACTGTATTCCATC
GGGCTTAACCTCTGTCAAGGCCCACTTGCGTTTATTTATTGTTAGATGAAATAGACGGTTAAAGTTTATCCTGAGCTAAGTTGTGCTCTTCTCAAAGTGATTGTATGCGTTATTATTTTGAAGATAATTTAGCGACTTG