sp|Q9SKN0|S404_ARATH ----> Protein S40-4

Intron 1 GTAATTTTTG ... TGGCTACTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	91	2	25.4	15
A2	66.67	3	10	2
A3	81.58	3	14.6	12
A4	77.78	2	10	4
A5	82.27	2	11.6	7
A6	85.59	6	37.3	34
A7	79.55	12	57.3	36.1
A8	78.95	16	60	60
A9	65.29	23	48.7	38
A10	92.43	3	42.3	31

>TRINITY_DN42131_c3_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

GAAACACCTCAGCAAAAACCTGAATCCCATGGGAAAGCAAAACTTCATCTAGACGCCTCGTCATCTCCTCACGCGATCTGCAGGGCACTTTTTCGGGTTTTGAAACCCAGGAATTCAGGTTTGGGAAGGTAAACTGAGAAAAAATTACTAGAACTTTGAAAAACAAGGATGGTATTATAAAATCCCCTTAAATCCAAGCT
TGAAATCCGATCCGCATGGGGGGCCAACTATAAATATAGAGGAGAAGTTCCATCTTCCAGACATTATCCATAAGAGGTCAGATCTGTTTTAATGGACTGCAACCAGATATCCGTATAAGGACAGAAGGCCCCTTTTCACTGAACTGTATTTTGAGCCTCCCTATACATTATCCACATTACAGGTCTATGTACTGTTATGA
GATTTGAACCCAAATTTAGTTTGCAGCCATGGAACGCAGGAATTCTTACTTGGGTAGGGCTGGTTTATACAGTTTATCATCTTCGATCAGTACTCAAATGGAGAATCCTGCAGAAGAATTCGAGGAGGAGGAAATCTGGGACGTTGTTCCGTCTGAGCCCAATGCCAGAGATTCTAGGCTCAAATCCCAGGAGATCAAGA
AGGTCAGAGAAATCGCCTCTACTCGGCGGCTTCCCACGGCCTCGCGGATGATTCCTCGCAGCCTCGCGAATGAAGAGAACGGTAATAGTGTTACGCGCATAAGGCATCAATCCGCCCCTGTGAATATACCCGACTGGTCGAGAGTACAGAGAAGGGGAAATCATAAGAGGATTCCCGCAATTGAGGACGATTTTGGTATC
GATGAAGATGATGGGGTAGAGGAGGATGATGAGGACGAGAGAATCCCACCGCATGAATTGATTGCTCGGCAGCTCGCCAGAAGCCAGATGACGTCGTTTTCTGTGTTTGAAGGAGCGGGGAGGACTCTCAAAGGCAGAGATCTCAGCAGGGTTCGAAATGCGGTCTTAACACGAACGGGGTTTCTCGAATAGTTCTTCTA
ACTATTCACCACTAGTACCGTTTTTTTGTGGGTTGGGAAGTGGGGGCGTGCAGGGTAATGGGTTCCTGCTATTAATGTTTCGGAATAATTATGTTTTGTAGAAATGAAGTGGGTAGGGATGGATTCTTTTTTCATCACCATGAATCCTCTCCGAATCACCACATGGGGGTCTGTGAAACACCATGCTTTTGGGTTTTTGG
AAGATATGGTCAAGGGCATGCTAGATTTTGGAAGATCTCTTGCGGTGGAGATGTTCGATCATTCTTGGTTGTTAAAGTTCCCGTCATTAGGGTGCTATGAGGTACACAGGGCAATTGGCTATTCCTGGAGGTCCAAACATTGATGGTATATAACATATGCCACATGATATTCTGTATCTTACTAACTTGGATGCAAGCCT
TCAAAGACAGTGAGGCAGCTTGATTACCAAATTGAAAGAAGTTGCTTCTATCTAAATTAAAAACACCTTCATTTATGTTAATTAAATTGAAGACTATTTACTAATGTCAGAGTAATTGTTACTTAATTTAGAGAGGAGTGATCTAAGGTGCAGTACCCCTCTCGAGGTTATATATCTTGATAGTGTTGTAAATGATCTAT
AACAGGGAAAATCTTATGGTCTGTTATGACAAATTGGTTATTAGTAGCATGGATCCATCATCCACCATCTTATCCCTGGATCTATTAAGTGCTGAGTGAGATAAAAAACATGAGGTTTAAACCTCACGTTTTTTTATATGATCCAAATGTTAAGATGGATCTAGGTCAGTTTATTCATAATTGTTTAATAATGTATATTT
TTTGTTTGTTTTGGCATTATGGTAATTATTTAGAGAAATAAGACGCAGGC

>TRINITY_DN42131_c3_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GAAACACCTCAGCAAAAACCTGAATCCCATGGGAAAGCAAAACTTCATCTAGACGCCTCGTCATCTCCTCACGCGATCTGCAGGGCACTTTTTCGGGTTTTGAAACCCAGGAATTCAGGTTTGGGAAGGTAAACTGAGAAAAAATTACTAGAACTTTGAAAAACAAGGATGGTATTATAAAATCCCCTTAAATCCAAGCT
TGAAATCCGATCCGCATGGGGGGCCAACTATAAATATAGAGGAGAAGTTCCATCTTCCAGACATTATCCATAAGAGGTCAGATCTGTTTTAATGGACTGCAACCAGATATCCGTATAAGGACAGAAGGCCCCTTTTCACTGAACTGTATTTTGAGCCTCCCTATACATTATCCACATTACAGGTCTATGTACTGTTATGA
GATTTGAACCCAAATTTAGTTTGCAGCCATGGAACGCAGGAATTCTTACTTGGGTAGGGCTGGTTTATACAGTTTATCATCTTCGATCAGTACTCAAATGGAGAATCCTGCAGAAGAATTCGAGGAGGAGGAAATCTGGGACGTTGTTCCGTCTGAGCCCAATGCCAGAGATTCTAGGCTCAAATCCCAGGAGATCAAGA
AGGTCAGAGAAATCGCCTCTACTCGGCGGCTTCCCACGGCCTCGCGGATGATTCCTCGCAGCCTCGCGAATGAAGAGAACGGTAATAGTGTTACGCGCATAAGGCATCAATCCGCCCCTGTGAATATACCCGACTGGTCGAGAGTACAGAGAAGGGGAAATCATAAGAGGATTCCCGCAATTGAGGACGATTTTGGTATC
GATGAAGATGATGGGGTAGAGGAGGATGATGAGGACGAGAGAATCCCACCGCATGAATTGATTGCTCGGCAGCTCGCCAGAAGCCAGATGACGTCGTTTTCTGTGTTTGAAGGAGCGGGGAGGACTCTCAAAGGCAGAGATCTCAGCAGGGTTCGAAATGCGGTCTTAACACGAACGGGGTTTCTCGAATAGTTCTTCTA
ACTATTCACCACTAGTACCGTTTTTTTGTGGGTTGGGAAGTGGGGGCGTGCAGGGTAATGGGTTCCTGCTATTAATGTTTCGGAATAATTATGTTTTGTAGAAATGAAGTGGGTAGGGATGGATTCTTTTTTCATCACCATGAATCCTCTCCGAATCACCACATGGGGGTCTGTGAAACACCATGCTTTTGGGTTTTTGG
AAGATATGGTCAAGGGCATGCTAGATTTTGGAAGATCTCTTGCGGTGGAGATGTTCGATCATTCTTGGTTGTTAAAGTTCCCGTCATTAGGGTGCTATGAGGTACACAGgtaatttttgtttaaaagttcctatgacaggttattgcaaaatagtgaaagcccggtgtgttgtgtctgtttttgagagtcttgtttgaaa
tctccttccattccactaacagtttctggctactagGGCAATTGGCTATTCCTGGAGGTCCAAACATTGATGGTATATAACATATGCCACATGATATTCTGTATCTTACTAACTTGGATGCAAGCCTTCAAAGACAGTGAGGCAGCTTGATTACCAAATTGAAAGAAGTTGCTTCTATCTAAATTAAAAACACCTTCATT
TATGTTAATTAAATTGAAGACTATTTACTAATGTCAGAGTAATTGTTACTTAATTTAGAGAGGAGTGATCTAAGGTGCAGTACCCCTCTCGAGGTTATATATCTTGATAGTGTTGTAAATGATCTATAACAGGGAAAATCTTATGGTCTGTTATGACAAATTGGTTATTAGTAGCATGGATCCATCATCCACCATCTTAT
CCCTGGATCTATTAAGTGCTGAGTGAGATAAAAAACATGAGGTTTAAACCTCACGTATTTTTATATGATGCAAATGTTAAGATGGATCTAGGTCAGTTTATTCATAATTGTTTAATAATGTATATTTTTTGTTTGTTTTGGCATTATGGTAATTATTTAGAGAAATAAGACGCAGGC

Intron 2 GTAATTTTTG ... CCACTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	91.01	2	25.5	15
A2	100	0	10	4
A3	93.65	1	14.5	15
A4	87.5	1	10	4
A5	90.24	1	11.5	7
A6	81.71	8	37.5	34
A7	84.87	9	57	44
A8	91.43	6	60	68
A9	81.09	10	48	38
A10	92.68	3	42	34

>TRINITY_DN38972_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

GGGTGCTATGAGGTACACAGTTTCTGGCTACTAGGGCAATTGGCTATTCCTGGAGGTCCAAACATTGATGGTATATAACATATGCCACATGATATTCTGTATCTTACTAACTTGGATGCAAGCCTTCAAAGACAGTGAGGCAGCTTGATTACCAAATTGAAAGAAGTTGCTTCTATCTAAATTAAAAACACCTTCATTTA
TGTTAATTAAATGGAAGACTATTTACTAATGTCAGAGTAATTGTTACTTAATTTAGAGAGGAGTGATCTAAGGTGCAGTACCCCTCTCGAGGTTATATATCTTGATAGTGTTGTAAATGATCTATAACAGGGAAAATCTTATGGTCTGTTATGACAAATTGGTTATTAGTAGCATGGATCCATCATCCACCATCTTATCC
CTGGATCTATTAAGTGCTGAGTGAGATAAAAAACATGAGGTTTAAACCTCACGTTTTTTTATATGATCCAAATGTTAAGATGGATCTAGGTCAGTTTATTCATAATTGTTTAATAATGTATATTTTTTGTTTGTTTTGGCATTATGGTAATTATTTAGAGAAATAAGACGCAGGCTCTTTTTTCCATTTCTCTAGCATAT
TACATGCATGCACACACACGAACAAAGTTTTGAAAATGTCCC

>TRINITY_DN38972_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TGGGAAAGCAAAACTTCATCTAGACGCCTCGTCATCTCCTCACGCGATCTGCAGGGCACTTTTTCGGGTTTTGAAACCCAGGAATTCAGGTTTGGGAAGGTAAACTGAGAAAAAATTACTAGAACTTTGAAAAACAAGGATGGTATTATAAAATCCCCTTAAATCCAAGCTTGAAATCCGATCCGCATGGGGGGCCAACT
ATAAATATAGAGGAGAAGTTCCATCTTCCAGACATTATCCATAAGAGGTCAGATCTGTTTTAATGGACTGCAACCAGATATCCGTATAAGGACAGAAGGCCCCTTTTCACTGAACTGTATTTTGAGCCTCCCTATACATTATCCACATTACAGGTCTATGTACTGTTATGAGATTTGAACCCAAATTTAGTTTGCAGCCA
TGGAACGCAGGAATTCTTACTTGGGTAGGGCTGGTTTATACAGTTTATCATCTTCGATCAGTACTCAAATGGAGAATCCTGCAGAAGAATTCGAGGAGGAGGAAATCTGGGACGTTGTTCCGTCTGAGCCCAATGCCAGAGATTCTAGGCTCAAATCCCAGGAGATCAAGAAGGTCAGAGAAATCGCCTCTACTCGGCGG
CTTCCCACGGCCTCGCGGATGATTCCTCGCAGCCTCGCGAATGAAGAGAACGGTAATAGTGTTACGCGCATAAGGCATCAATCCGCCCCTGTGAATATACCCGACTGGTCGAGAGTACAGAGAAGGGGAAATCATAAGAGGATTCCCGCAATTGAGGACGATTTTGGTATCGATGAAGATGATGGGGTAGAGGAGGATGA
TGAGGACGAGAGAATCCCACCGCATGAATTGATTGCTCGGCAGCTCGCCAGAAGCCAGATGACGTCGTTTTCTGTGTTTGAAGGAGCGGGGAGGACTCTCAAAGGCAGAGATCTCAGCAGGGTTCGAAATGCGGTCTTAACACGAACGGGGTTTCTCGAATAGTTCTTCTAACTATTCACCACTAGTACCGTTTTTTTGT
GGGTTGGGAAGTGGGGGCGTGCAGGGTAATGGGTTCCTGCTATTAATGTTTCGGAATAATTATGTTTTGTAGAAATGAAGTGGGTAGGGATGGATTCTTTTTTCATCACCATGAATCCTCTCCGAATCACCACATGGGTGTCTGTGAAACACCATGCTTTTGGGTTTTTGGAAGATATGGTCAAGGGCATGCTAGATTTT
GGAAGATCTCTTGCGGTGGAGATGTTCGATCATTCTTGGTTGTTAAAGTTCCCGTCATTAGGGTGCTATGAGGTACACAGgtaatttttgtttaaaagttcctatgacaggttattgcaaaatagtgaaagcccggtgtgttgtgtctgtttttgagagtcttgtttgaaatctccttccattccactaacagTTTCTGG
CTACTAGGGCAATTGGCTATTCCTGGAGGTCCAAACATTGATGGTATATAACATATGCCACATGATATTCTGTATCTTACTAACTTGGATGCAAGCCTTCAAAGACAGTGAGGCAGCTTGATTACCAAATTGAAAGAAGTTGCTTCTATCTAAATTAAAAACACCTTCATTTATGTTAATTAAATGGAAGACTATTTACT
AATGTCAGAGTAATTGTTACTTAATTTAGAGAGGAGTGATCTAAGGTGCAGTACCCCTCTCGAGGTTATATATCTTGATAGTGTTGTAAATGATCTATAACAGGGAAAATCTTATGGTCTGTTATGACAAATTGGTTATTAGTAGCATGGATCCATCATCCACCATCTTATCCCTGGATCTATTAAGTGCTGAGTGAGAT
AAAAAACATGAGGTTTAAACCTCACGTTTTTTTATATGATCCAAATGTTAAGATGGATCTAGGTCAGTTTATTCATAATTGTTTAATAATGTATATTTTTTGTTTGTTTTGGCATTATGGTAATTATTTAGAGAAATAAGACGCAGGCTCTTTTTTCCATTTCTCTAGCATATTACATGCATGCACACACACGAACAAAG
TTTTGAAAATGTCCC