NA ----> NA

Intron 1 GTAAGATAAC ... GTATTTTGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.55	201	36	43.8
A2	16.41	233	46	45.5
A3	16.69	247	63	36
A4	14.13	171	28	28.3
A5	16.15	122	32	15
A6	16.04	2445.8	504	430.3
A7	16.13	2212	479	372.3
A8	15.93	2371	431	467
A9	16.41	2269.5	472	418.8
A10	16.96	1744	422	290.5

>TRINITY_DN104952_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

GTGTGAATCTGCCCGCAGAGAGGTTTGGCCTTTCAGAATATATTGCTTATAAAGGATCACATTGGTTCTTCGAGCGATTTGGGCAAACGCAATCAACCATATTCCGAATAGTATTGTTGTTCGATCCCGGGACTCGCAGCCATGGCAGGCGGAATGGAAGTGCAAAAGAATAAATACATCGAAGAGTGGGGGACGGCCAG
GGAAAATCTGGAGAAGAATTTTCGCTGGACCAGGAAGAATTTGGCCATCTGTGGTATCTTCGGCCTTCTTGTACCCTATCTAGTCTACAAGGGAGCTGTCAAAGATTTTCATATGCAAGATGAGGATGCAGGGAGACCACCCCGCAAGTTTATCTTTTAGACAGAAATTTGCACACCTGACAGTGGTTCGGTTTGACCAG
AATTTTATTAATCAAGACAATTTTTGATATCAGACCACCATAATGTTTGGCAGTGTCGACTTTCCTTAATTTGATCACTCTTAAATTCATCTGCTCTTTACTTTTTTATTTCTATTTTACGAGGCTGTTTACTGGGCAAAAGACATTTGAAGGGAAACAGCTTTCAGGACAATAATGTTTTGTGTACTCTTGAAAGTAGA
CAGTATGACATTAAATAACTTATTGTGTTTAATGTCAAGTTCAAGTTTGAGCAGACAGTTATCTTGTGTACCCTGAATGGATATTTTCAAATATTTCAAGGTTCTTTCAGTTTGCTGACATACATTGTAAGTCCTATAGTGATGAATGCTTGGATGAATTTATTGTTGTAGAAATGTATCTGTGCCTAAGAGCAAACAAA
ATGACGCATGGATTTATGTGAAACTTCACAGCTATACGAGCACAGTGTCACCATTAATTCAGTGAACGAGTTGGATTAATTTTATATTCAACTTATTAATGGCTCTGGTTATTAACATGAAAAAAA

>TRINITY_DN104952_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTGTGAATCTGCCCGCAGAGAGGTTTGGCCTTTCAGAATATATTGCTTATAAAGGATCACATTGGTTCTTCGAGCGATTTGGGCAAACGCAATCAACCATATTCCGAATAGTATTGTTGTTCGATCCCGGGACTCGCAGCCATGGCAGGCGGAATGGAAGTGCAAAAGAATAAATACATCGAAGAGTGGGGGACGGCCAG
GGAAAATCTGGAGAAGAATTTTCGCTGGACCAGGAAGAATTTGGCCATCTGTGGTATCTTCGGCCTTCTTGTACCCTATCTAGTCTACAAGGGAGCTGTCAAAGATTTTgtaagataactttctcaattttaagtttatttgtgttaaacttgccgatcaccgaaagttttatggttacgaggtgatctggatcgacgcg
aagcttatcatatgcgattattttgccagagccatttgggtcatttcccatatattgttgtattttgagCATATGCAAGATGAGGATGCAGGGAGACCACCCCGCAAGTTTATCTTTTAGACAGAAATTTGCACACCTGACAGTGGTTCGGTTTGACCAGAATTTTATTAATCAAGACAATTTTTGATATCAGACCACCA
TAATGTTTGGCAGTGTCGACTTTCCTTAATTTGATCACTCTTAAATTCATCTGCTCTTTACTTTTTTATTTCTATTTTACGAGGCTGTTTACTGGGCAAAAGACATTTGAAGGGAAACAGCTTTCAGGACAATAATGTTTTGTGTACTCTTGAAAGTAGACAGTATGACATTAAATAACTTATTGTGTTTAATGTCAAGT
TCAAGTTTGAGCAGACAGTTATCTTGTGTACCCTGAATGGATATTTTCAAATATTTCAAGGTTCTTTCAGTTTGCTGACATACATTGTAAGTCCTATAGTGATGAATGCTTGGATGAATTTATTGTTGTAGAAATGTATCTGTGCCTAAGAGCAAACAAAATGACGCATGGATTTATGTGAAACTTCACAGCTATACGAG
CACAGTGTCACCATTAATTCAGTGAACGAGTTGGATTAATTTTATATTCAACTTATTAATGGCTCTGGTTATTAACATGAAAAAAA

Intron 2 GTATCTTCGG ... TGGTTACGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	72.71	40.3	101	11.3
A2	75.88	39	114	6.8
A3	77.73	44.3	142	5.3
A4	80.06	17	64	5.5
A5	77.63	29.3	94	4.5
A6	76.84	434.5	1321	26
A7	76.84	477	1449	31.3
A8	76.51	408.8	1222	29
A9	75.71	491.5	1390	24.8
A10	77.36	394	1240	26.3

>TRINITY_DN114527_c11_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

TTCGGTTTGAAGGCATCCATGGAAAATTACCTTTATCGGCATTACTAGTCAATGTGTGAATCTGCCCGCAGAGAGGTTTGGCCTTTCAGAATATATTGCTTATAAAGGATCACATTCACATTGGTTCTTCAAGCGATTTGGGCAAACGCAATCAAGCATTTTCCGAATAGTATTGTTGTTCGATCCCGGGACTCGCAGCC
ATGGCAGGCGGAATGGAAGTGCAAAAGAATAAATACATCGAAGAGTGGGGGACGGCCAGGGAAAATCTGGAGAAGAATTTTCGCTGGACCAGGAAGAATTTGGCCATCTGTGGTGATCTGGATCGACGCGAAGCTTATCATATGCGATTATTTTGCCAGAGCCATTTGGGTCATTTCCCATATATTGTTGTATTTTGAGC
ATATGCAAGATGAGGATGCAGGGAGACCACCCCGCAAGTTTATCTTTTAGACAGAAATTTGCACACCTGACAATGGTTCGGTTTGACCAGAATTTTATTAATCAAGACAATTTTTGATATCAGACCACCATAATGTTTGGCAGTGTCGAGTTTCCTTAATTTGATCACTCTTAAATTCATCTGCTCTTTACTTTTATTTT
TATTTTACGAGGCTGTTTACTGGGCAAAAGACATTTGAAGGGAAACAGCTTTCAGGACAATAATGTTTTGTGTACTCTTGAAAGTAGACAGTATGACATTAAATAACTTATGTGTTTAATGTCAAGTTCAAGTTTGAGCAGACAGTTATCTTGTGTACCCTGAATGGATATTTTCAAATATTTCAAGGTTCTTTCAGTTG
CTGACATACATTGTAAGTCCTATAGTGATGAATGCTTGGATGAATTTATTGTTGTAGAAATGTATCTGTGCCTAAGAGCAAACAAAATGACGCATGGATTTATGTGAAACTTCACAGCTATACGAGCACAGTGTCACCATTAATTCAGCGAACGAGTTGGATTAATTTTATATTCAACTTATTAATGGCTCTGC

>TRINITY_DN114527_c11_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTCGGTTTGAAGGCATCCATGGAAAATTACCTTTATCGGCATTACTAGTCAATGTGTGAATCTGCCCGCAGAGAGGTTTGGCCTTTCAGAATATATTGCTTATAAAGGATCACATTCACATTGGTTCTTCAAGCGATTTGGGCAAACGCAATCAAGCATTTTCCGAATAGTATTGTTGTTCGATCCCGGGACTCGCAGCC
ATGGCAGGCGGAATGGAAGTGCAAAAGAATAAATACATCGAAGAGTGGGGGACGGCCAGGGAAAATCTGGAGAAGAATTTTCGCTGGACCAGGAAGAATTTGGCCATCTGTGgtatcttcggccttcttgtaccctatctagtctacaagggagctgtcaaagattttgtaagataactttctcatttttaagtttattt
gtgttaaacttgccgatcaccgaaagttttatggttacgagGTGATCTGGATCGACGCGAAGCTTATCATATGCGATTATTTTGCCAGAGCCATTTGGGTCATTTCCCATATATTGTTGTATTTTGAGGTAAATTATAATGTGCGAATACCATCAGGTCTCTAAACCCAATACCCAAATACTGCTTTGCAAAAGCTAAAT
TTTCTGGCTAAGTCTTATTAAGCCTTTTACATCACATTGCTTATAGGGATATTTCCTTGTAAATTGTTTACATAGCATAGTACAAAAACACTTCACATTATTCCAAGAATTTCTCGTATCTAGCAAGCGTGCATCGGTAACTCGGGGCTTTATTTCGTTTTATCTCTCTCTTTCTCAATTATATCGATTGGATTTTCTTC
CCCGAGTGAGCGTGGGCGAGCTTAAGGATGGTGCTGCCTGTTTCCTTAGAGCTCCTGCATAAGAGGGGTTTGAGATGGTGGGGACCTCTCCTGGTACCAGTGGGCGAGGGGCTGGATTGCCTTTTAGAGTTGGAGTTTCTCTTGCCTTTTCCAATGCAGCAGCCTTGCTGTAATTACATGCAGTGGGGCAATTCATGAAA
AATTGAAATTTCACCTTCTTCCTAAAAAGGTTTCCCAAATCTTAGCCATAGAACATTCAGCCTTAGGATTGCTGTAAATTAGAGTATAAAACAGCAGCAGAAAGATCACAATAATTATCTTCAAACAGCTCTAAACTTCTTGGTGATTCAAGG