NA ----> NA

Intron 1 GTAATGGAGT ... TTGGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	45.75	9.5	2	8
A2	50.48	5.5	2	5
A3	46.75	5	5	4
A4	46.43	7	1	6
A5	34.31	11.5	1	6
A6	40.95	101	6	69
A7	45.44	45	1	36
A8	41.76	60	13	42
A9	39.2	55.5	5	35
A10	33.95	41	5	21

>TRINITY_DN46227_c2_g1_i9 from sample A8 / Example spliced isoform

ATCGAAAGGGACGGTTTTGGACAAGCTGACAACTCCATGAGTCCAGTAGCACAGTCTGCGATATTGATGAGCAGGGTTTAAACACCCAGAGGTGGTTGTTTTATCCATTTTCCTCTGCATGTTGCTGTGATATTGATGCTGAGGGTGTGCTTCCTGTGCAGAAATAGCTAAATCGATGGATTACACTGATTACAGTTGTT
TTCTTATTTTAAAAAAGAAATTAATTTGGGTTATCTGTTGTACTGCTTTAATGTTGCTAGTTGAAAGCAATTATTCTGATATTAATTCTTTGGTGCAAGCCTCAAAGCCTCCCTTGGCACGTAGATTGTAATATTTCAAAGTACTTATCAGCTGGGAATAAATTTGTCCGATGATGTAATCTTAAACTGGTTAGAATGAA
GTGGCTGTAAGTGCCTTCCTGGCAAGCCCCAGCTTAAGATGCCTTCCTTCTAAGCCCCAAAACACAGATCCATATAATCCGTGTTAATCACTGGATTTTTTAAGCTACTTTCGCACAGATATATCTTCAGAGCACTGATCAATCTTCACAACATTTTAAACCTGGATTTTTACTAGGTTCATTAGGAGCAATCTTCACTG
C

>TRINITY_DN46227_c2_g1_i15 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTGATATTGATGCTGAGGgtaatggagtctttttatccattttcctctgcattttctttcattttcctgtcttgtgttgggtagcgtcaacttcttcaattcggggcttttctgtccatgctttgcaatcctatcagcggccgtaattattggtggcaaactgcttattgttggttgcagGTGTGCTTCCTGTGCAGAAA
TAGCTAAATCGATGGATTACACTGATTACAGTTGTTTTCTTATTTTAAAAAAGAAATTAATTTGGGTTATCTGTTGTACTGCTTTAATGTTGCTAGTTGAAAGCAATTATTCTGATATTAATTCTTTGGTG

Intron 2 GTGGTTGTTT ... TTGGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	88.69	1.5	9.5	13.5
A2	71.55	3.5	9.5	7
A3	60.78	6.8	12.8	7
A4	74.94	4.5	14	6.5
A5	51.19	5	2	8.5
A6	58.58	68.3	98.8	75.5
A7	56.15	43.5	54.3	47
A8	60.27	48.5	82	47.5
A9	59.41	49.8	78.8	47.5
A10	49.16	32.3	34.5	26

>TRINITY_DN46227_c2_g1_i8 from sample A8 / Example spliced isoform

ATCGAAAGGGACGGTTTTGGACAAGCTGACAACTCCATGAGTCCAGTAGCACAGTCTGCGATATTGATGAGCAGGGTTTAAACACCCAGAGGTGTGCTTCCTGTGCAGAAATAGCTAAATCGATGGATTACACTGATTACAGTTGTTTTCTTATTTTAAAAAAGAAATTAATTTGGGTTATCTGTTGTACTGCTTTAATG
TTGCTAGTTGAAAGCAATTATTCTGATATTAATTCTTTGGTGCAAGCCTCAAAGCCTCCCTTGGCACGTAGATTGTAATATTTCAAAGTACTTATCAGCTGGGAATAAATTTGTCCGATGATGTAATCTTAAACTGGTTAGAATGAAGTGGCTGTAAGTGCCTTCCTGGCAAGCCCCAGCTTAAGATGCCTTCCTTCTAA
GCCCCAAAACACAGATCCATATAATCCGTGTTAATCACTGGATTTTTTAAGCTACTTTCGCACAGATATATCTTCAGAGCACTGATCAATCTTCACAACATTTTAAACCTGGATTTTTACTAGGTTCATTAGGAGCAATCTTCACTGC

>TRINITY_DN46227_c2_g1_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:

ATCGAAAGGGACGGTTTTGGACAAGCTGACAACTCCATGAGTCCAGTAGCACAGTCTGCGATATTGATGAGCAGGGTTTAAACACCCAGAGgtggttgttttatccattttcctctgcatgttgctgtgatattgatgctgagggtaatagaggttttttatccattttcctctgcattttctttcattttcctgtcctg
tgttgagtagcgtcaacttcttcaattcggggcttttctgtccatgctttgcaatcctatcagcggccgtaattcttgccgatgtggcaaactgcttattgttggttgcagGTGTGCTTCCTGTGCAGAAATAGCTAAATCGATGGATTACACTGATTACAGTTGTTTTCTTATTTTAAAAAAGAAATTAATTTGGGTTA
TCTGTTGTACTGCTTTAATGTTGCTAGTTGAAAGCAATTATTCTGATATTAATTCTTTGGTGCAAGCCTCAAAGCCTCCCTTGGCACGTAGATTGTAATATTTCAAAGTACTTATCAGCTGGGAATAAATTTGTCCGATGATGTAATCTTAAACTGGTTAGAATGAAGTGGCTGTAAGTGCCTTCCTGGCAAGCCCCAGC
TTAAGATGCCTTCCTTCTAAGCCCCAAAACACAGATCCATATAATCCGTGTTAATCACTGGATTTTTTAAGCTACTTTCGCACAGATATATCTTCAGAGCACTGATCAATCTTCACAACATTTTAAACCTGGATTTTTACTAGGTTCATTAGGAGCAATCTTCACTGC