NA ----> NA

Intron 1 GTGAGTCATC ... GGGAAATGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	79.33	65	351	148
A2	77.43	65	318	128
A3	81.71	48	297	132
A4	70.53	47	154	71
A5	81.06	25	155	59
A6	53.25	18	31	10
A7	67.94	67	200	84
A8	77.55	33	167	61
A9	62.29	33	82	27
A10	68.36	28	97	24

>TRINITY_DN117273_c2_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

CTCTATGTGAGGAAGAGAGCACATTGCAGCAAAGATGATGTACACAAAGAGAAGACGTTTGCATTTTTTTGTTTGTTGTTGGATGCTTGTTTTTGTTTTGTTGAGTTCGAGCATGGCCATGCTTTTTGTTTGTTTGTTATGTGTTAAATACTTGTTTTCCTTTCTTTTGCTTTTTTTTCCTTTCTTTTATTTTGTAGTTT
GGTTGTGTTGTTTGGTTTGTTGGGCGGAAAAGGAAGGTGATGTGAGAAGAGAATGGAAAGGGTGAGATATGGTTACTGTTCACAAATGAAGTAAATGACTAAACTAGAGTGTAACAAGTTCGGGGGGTGAAGATACCATTTGCATTGCAAATGTACAACAAAGGATGGATGGTCGGTTTTAGTGTGGATGAGTAGTTGAA
ATACAAATTGGACTCTCTATCAGTATAAAACAAACTATATGCGAGGTGGTCGATTTTAGTGTGGA

>TRINITY_DN117273_c2_g1_i8 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTCTATGTGAGGAAGAGAGCACATTGCAGCAAAGATGATGTACACAAAGAGAAGACGTTTGCATTTTTTTGTTTGTTGTTGGATGCTTGTTTTTGTTTTGTTGAGTTCGAGCATGGCCATGCTTTTTGTTTGTTTGTTATGTGTTAAATACTTGTTTTCCTTTCTTTTGCTTTTTTTTCCTTTCTTTTATTTTGTAGTTT
GGTTGTGTTGTTTGGTTTGTTGGGCGGAAAAGGAAGGTGATGTGAGAAGAGAATGGAAAGGGTGAGATATGGTTACTGTTCACAAATGAAGgtgagtcatcctatcctgtacatggtggcttcaatttaaattttctatggttgatggttccttaggagtgggcgttgatgagggaaatgagTAAATGACTAAACTAGAG
TGTAACAAGTTCGGGGGGTGAAGATACCATTTGCATTGCAAATGTACAACAAAGGATGGATGGTCGGTTTTAGTGTGGATGAGTAGTTGAAATACAAATTGGACTCTCTATCAGTATAAAACAAACTATATGCGAGGTGGTCGATTTTAGTGTGGA

Intron 2 GTGAGTAGTG ... TCTATTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.71	115	93	29
A2	55	81	99	25
A3	44.65	88	71	22
A4	45	66	54	27
A5	36.46	61	35	17
A6	34.29	23	12	0
A7	22.64	82	24	8
A8	37.74	66	40	4
A9	35.42	31	17	2
A10	36.51	40	23	1

>TRINITY_DN117273_c2_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

CTCTATGTGAGGAAGAGAGCACATTGCAGCAAAGATGATGTACACAAAGAGAAGACGTTTGCATTTTTTTGTTTGTTGTTGGATGCTTGTTTTTGTTTTGTTGAGTTCGAGCATGGCCATGCTTTTTGTTTGTTTGTTATGTGTTAAATACTTGTTTTCCTTTCTTTTGCTTTTTTTTCCTTTCTTTTATTTTGTAGTTT
GGTTGTGTTGTTTGGTTTGTTGGGCGGAAAAGGAAGGTGATGTGAGAAGAGAATGGAAAGGGTGAGATATGGTTACTGTTCACAAATGAAGTAAATGACTAAACTAGAGTGTAACAAGTTCGGGGGGTGAAGATACCATTTGCATTGCAAATGTACAACAAAGGATGGATGGTCGGTTTTAGTGTGGATGAGTAGTTGAA
ATACAAATTGGACTCTCTATCAGTATAAAACAAACTATATGCGAGGTGGTCGATTTTAGTGTGGA

>TRINITY_DN117273_c2_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTCTATGTGAGGAAGAGAGCACATTGCAGCAAAGATGATGTACACAAAGAGAAGACGTTTGCATTTTTTTGTTTGTTGTTGGATGCTTGTTTTTGTTTTGTTGAGTTCGAGCATGGCCATGCTTTTTGTTTGTTTGTTATGTGTTAAATACTTGTTTTCCTTTCTTTTGCTTTTTTTTCCTTTCTTTTATTTTGTAGTTT
GGTTGTGTTGTTTGGTTTGTTGGGCGGAAAAGGAAGGTGATGTGAGAAGAGAATGGAAAGGGTGAGATATGGTTACTGTTCACAAATGAAGGTGAGTCATCCTATCCCGTACATGGTGGCTTCAATTTAAATTTTCTATGGTTGATGTTGGTTCCTTAGGAGTGGGTGTTGATGAGGGAAATGAGGTATGTACGGTTAAT
TCAACATTCTATTTATTTGTTATTTAATGTGTTCTATGTTTTTGTTATTGTCTTGTACTCAATGATATTTATCTACTTGATGTAGTGAGTGACTAAACCTGTAGAGTGTAAGAAGTTCGGGTGGTGAAGATACCATTTGCATTGCAAATGTACAACAAAGGATGGgtgagtagtgcctttcttctacaaaataatattat
cttttaacctaacaacatattgtgttgtctaaatgaattcagatagttccttaatggaatggaagtaagttgttgatagtttcttcccttcaattttttaatttaactagttattacaattctaaaattttattatgtatctattccaagtggtcggttttagtgtggataagtagttgaaatacaaattggactctcta
tcagtataaaacaaactctatgcgaggtatgttcccttttatgaaaaattaatggaatggaagtaagttgttgatagtttcttcccttcaattttttaatttaactagttattacaattcttaaattttattatgtatctattgtagATGGTCGGTTTTAGTGTGGATGAGTAGTTGAAATACAAATTGGACTCTCTATC
AGTATAAAACAAACTATATGCGAGGTGGTCGATTTTAGTGTGGA