sp|F8RP11|HSOP_WHEAT ----> Hsp70-Hsp90 organizing protein
Intron 1 GCAAGGAAGC ... GACTGTGGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 59.18 | 10 | 11 | 18 |
| A2 | 60 | 4 | 7 | 5 |
| A3 | 79.49 | 4 | 11 | 20 |
| A4 | 52.38 | 5 | 3 | 8 |
| A5 | 56.52 | 5 | 8 | 5 |
| A6 | 42.86 | 2 | 2 | 1 |
| A7 | 33.33 | 2 | 2 | 0 |
| A8 | 76.47 | 2 | 6 | 7 |
| A9 | 100 | 0 | 2 | 3 |
| A10 | 71.43 | 1 | 3 | 2 |
>TRINITY_DN95102_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoformAAAAGGGCGTACGAACTTTCAGTTTTCTTTCAAAATTACAAACAGCAACTACCTAAACCAGAGGATCACGGAATATCATACACAATTTGTCTGATTGAGTTCAAGGTCAAGGGAGATTTTGTGCAAAGTCTGCAAGCTAAGAGCTCCGAATGATGGTCATGTGACATGCAATAGGGTCGAGGCAACAGAAAAATGATACA
TCATGAAGGATGATTTTTCCTTCAAGGCGATAGCTGTTTAATTAAATTGGAAGTGTTCTGGGCTATCAAACTTATGATTATGATGGAGAAGCTCAAGGCAATGGTTCCTGGCCACCTCATTGACATGATAGGTGACAGTGGTACCGATGATCTCCCTTCCACATGCTCTGCGCTGCTTCACTATCTGCACCCACTTGAAC
ATTTTCGTCAGCTGGCGAAGCAATTGAGTGACCCAGCTGCCACAACATGCGGAAAGGATCCATCTGCTGCCTCCCAGTGGAAGCTCGAGGGCAACGTTGCTTTTGCAAAAGGAGATTACCGCCAAGCTATAAAGTGCTACACCAAGGCTTTGCAATCTATACCTTTAAGCTTGGAGAAGATTGATAAGATTATGGTTGCG
ACACTGTACTTGAATAGAGCTTCCACCATGCATAAAATGGGAGTGTTGAAAGAATCCATCAGGGACTGCAGTCGTGCTATTGAGCTCCATCCATCGTACTCAAAGGCATGGTACCGTAGGGGGCAGGTACATGGCAACATGAAAAATTATGAAGATGCCATTAATGATATGCATATGGCCCTTGCATTTGAGACTTCTTC
TATAGGAAAGGCTCAAGTCAGAATTCAGCTTGAAAATATGGAGCAGTCAAGAAATGATTATGAAGTTGAGTTACCAGAAATAGCTCAATTGAGTAGAATTTTAACGGCAGACAGAGGCTGGGAAAATCAGGCAAAGAACAACATTCTACCTGGTGGTCTAGTACTGCATGAAGAACCATATGTGGCGGTAATTTTGAAGC
ATTGTCGAGATACACACTGCCACTTCTGCTTCAAGGAGCTTCCAGGGGATTCTGTGCCTTGTGGATTTTGTGCTGTACCATTATATTGTTCTGAATACTGCAGAAACCATGCTGTGGGAAATCCATCTGTGACTAAGCATTCTGAGAATAGATCATTGTCTGAGCAAATCTTAGATGATTCCCATTGTGAGATTGGAACT
CTAAGCTTGTTTGAGAATGATTCATGCAAAACATCACCAATGGACCTAAAGGATGTGAATTGGTTTGAGCATAAGCATGAATGTGGAGGCATGAGCTGGGCCGCAGTGCTCCCAACAGAAGTTACTTTGGCTGCTCGCATGTTAATCAAGTCCATACACAGTCAATCTTTGGGGAATTACGATCATCATTCAACTAGCAT
GTTTCCGAACCTTTGCCATCACTATGAGAGGATGGAACTGGCAGATAAATTGGAGTTGCATATATTTGCTATTGTTCTTGCATTCTGTCTTCAATCATCAATTCCAGATATGTTTCAGTTAACCAATACTTTTATCTCAAAGCTTGTATTACTTATAGCACAAGTCAAAGTGAATGCTATGGCAATCATGCATGTTTCAT
CTCTGGAATCAGTTGGTAAGCCTGCAGTATCAAGAACATTTCCTACAGTTGCAGAGAATATAACATGTTCTGTTGAACAGGTGCATGTTGCACAAGCTGTTTATCTTAGAGGGAGTATGTTCAATCATTCATGTGATCCTAACATCCATGCTTCATTTATTTCACGAAGTCTTTTTGTCCATGCAATCAAACCCTTACCT
CCAGGCTCACCCCTTGAGCTATGCTATGGCCCACAGGTTGGAGAGTCCAGGCTTGAAGATAGGCAAAGATGGTTGGAAGAACGCTACTTTTTTTCATGCAAGTGCAGGGCATGTTCAGAGTTGAACCTTTCAGATCTCTGCCTGTCTTCATTTCGATGTGCAAAGCAAAATTGCCAGGGGGTAATCTTGGATAAAGCTGT
TGTGAGGTTTGACAAATTGGTTGGAACTGATTTTGTATCATATGCTAACGTATTTACACGGGACCTAGCATTGCCTGTTGATGAGCAGCTGCGCCAATCAATCAATAATGTTGCCCATCTTCTTATTGCGACAACAGAAAATGATAGTATGAGACATATAAGTCCGGGACACTGCTTGAATTGTGGATCTATTTGTGATC
TAGAAAAAATGCAAAAGGTAGCAAACCAGGGTTTGGAATACCTTATAAGAGTTCAAGGTGAGATACGTTTAGCATCATCTACTGGTATCAAGAAACAAAAGCTGTTAGATGAGGCATTAGAATTTCTTCAATCATTGGAATCTGTGTTGCATGCCTTCAACAAAGATATTGCCAAGGCAGAGGATATTATTGCTGAGATG
TTTTGTTTGACTCTGCAACCACAATCTGCTATTCACCACTGTAAAAAATCAATTCAGATTCTG
>TRINITY_DN95102_c0_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:AAAAGGGCGTACGAACTTTCAGTTTTCTTTCAAAATTACAAACAGCAACTACCTAAACCAGAGGATCACGGAATATCATACACAATTTGTCTGATTGAGTTCAAGGTCAAGGGAGATTTTGTGCAAAGTCTGCAAGCTAAGAGCTCCGAATGATGGTCATGTGACATGCAATAGGGTCGAGGCAACAGAAAAATGATACA
TCATGAAGGATGATTTTTCCTTCAAGGCGATAGCTGTTTAATTAAATTGGAAGTGTTCTGGGCTATCAAACTTATGATTATGATGGAGAAGCTCAAGGCAATGGTTCCTGGCCACCTCATTGACATGATAGGTGACAGTGGTACCGATGATCTCCCTTCCACATGCTCTGCGCTGCTTCACTATCTGCACCCACTTGAAC
ATTTTCGTCAGCTGGCGAAGCAATTGAGTGACCCAGCTGCCACAACATGCGGAAAGGATCCATCTGCTGCCTCCCAGTGGAAGCTCGAGGGCAACGTTGCTTTTGCAAAAGGAGATTACCGCCAAGCTATAAAGTGCTACACCAAGGCTTTGCAATCTATACCTTTAAGCTTGGAGAAGATTGATAAGATTATGGTTGCG
ACACTGTACTTGAATAGAGCTTCCACCATGCATAAAATGGGAGTGTTGAAAGAATCCATCAGGGACTGCAGTCGTGCTATTGAGCTCCATCCATCGTACTCAAAGGCATGGTACCGTAGGGGGCAGGTACATGGCAACATGAAAAATTATGAAGATGCCATTAATGATATGCATATGGCCCTTGCATTTGAGACTTCTTC
TATAGGAAAGGCTCAAGTCAGAATTCAGCTTGAAAATATGGAGCAGTCAAGAAATGgcaaggaagcactaacatcccatcatatagatagtacaaatgattttgactgtggagATTATGAAGTTGAGTTACCAGAAATAGCTCAATTGAGTAGAATTTTAACGGCAGACAGAGGCTGGGAAAATCAGGCAAAGAACAACA
TTCTACCTGGTGGTCTAGTACTGCATGAAGAACCATATGTGGCGGTAATTTTGAAGCATTGTCGAGATACACACTGCCACTTCTGCTTCAAGGAGCTTCCAGGGGATTCTGTGCCTTGTGGATTTTGTGCTGTACCATTATATTGTTCTGAATACTGCAGAAACCATGCTGTGGGAAATCCATCTGTGACTAAGCATTCT
GAGAATAGATCATTGTCTGAGCAAATCTTAGATGATTCCCATTGTGAGATTGGAACTCTAAGCTTGTTTGAGAATGATTCATGCAAAACATCACCAATGGACCTAAAGGATGTGAATTGGTTTGAGCATAAGCATGAATGTGGAGGCATGAGCTGGGCCGCAGTGCTCCCAACAGAAGTTACTTTGGCTGCTCGCATGTT
AATCAAGTCCATACACAGTCAATCTTTGGGGAATTACGATCATCATTCAACTAGCATGTTTCCGAACCTTTGCCATCACTATGAGAGGATGGAACTGGCAGATAAATTGGAGTTGCATATATTTGCTATTGTTCTTGCATTCTGTCTTCAATCATCAATTCCAGATATGTTTCAGTTAACCAATACTTTTATCTCAAAGC
TTGTATTACTTATAGCACAAGTCAAAGTGAATGCTATGGCAATCATGCATGTTTCATCTCTGGAATCAGTTGGTAAGCCTGCAGTATCAAGAACATTTCCTACAGTTGCAGAGAATATAACATGTTCTGTTGAACAGGTGCATGTTGCACAAGCTGTTTATCTTAGAGGGAGTATGTTCAATCATTCATGTGATCCTAAC
ATCCATGCTTCATTTATTTCACGAAGTCTTTTTGTCCATGCAATCAAACCCTTACCTCCAGGCTCACCCCTTGAGCTATGCTATGGCCCACAGGTTGGAGAGTCCAGGCTTGAAGATAGGCAAAGATGGTTGGAAGAACGCTACTTTTTTTCATGCAAGTGCAGGGCATGTTCAGAGTTGAACCTTTCAGATCTCTGCCT
GTCTTCATTTCGATGTGCAAAGCAAAATTGCCAGGGGGTAATCTTGGATAAAGCTGTTGTGAGGTTTGACAAATTGGTTGGAACTGATTTTGTATCATATGCTAACGTATTTACACGGGACCTAGCATTGCCTGTTGATGAGCAGCTGCGCCAATCAATCAATAATGTTGCCCATCTTCTTATTGCGACAACAGAAAATG
ATAGTATGAGACATATAAGTCCGGGACACTGCTTGAATTGTGGATCTATTTGTGATCTAGAAAAAATGCAAAAGGTAGCAAACCAGGGTTTGGAATACCTTATAAGAGTTCAAGGTGAGATACGTTTAGCATCATCTACTGGTATCAAGAAACAAAAGCTGTTAGATGAGGCATTAGAATTTCTTCAATCATTGGAATCT
GTGTTGCATGCCTTCAACAAAGATATTGCCAAGGCAGAGGATATTATTGCTGAGATGTTTTGTTTGACTCTGCAACCACAATCTGCTATTCACCACTGTAAAAAATCAATTCAGATTCTG
Intron 2 GTACATACAT ... ATTTGGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25 | 18 | 0 | 6 |
| A2 | 28.57 | 5 | 0 | 2 |
| A3 | 11.11 | 8 | 0 | 1 |
| A4 | 16.67 | 5 | 0 | 1 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 0 | 3 | 0 | 0 |
| A7 | 42.11 | 11 | 4 | 8 |
| A8 | 44 | 14 | 2 | 11 |
| A9 | 25 | 9 | 0 | 3 |
| A10 | 36.36 | 7 | 0 | 4 |
>TRINITY_DN42099_c1_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoformCATGCAAAACATCACCAATGGACCTAAAGGATGTGAATTGGTTTGAGCATAAGCATGAATGTGGAGGCATGAGCTGGGCCGCAGTGCTCCCAACAGAAGTTACTTTGGCTGCTCGCATGTTAATCAAGTCCATACACAGTCAATCTTTGGGGAATTACGATCATCATTCAACTAGCATGTTTCCGAACCTTTGCCATCAC
TATGAGAGGATGGAACTGGCAGATAAATTGGAGTTGCATATATTTGCTATTGTTCTTGCATTCTGTCTTCAATCATCAATTCCAGATATGTTTCAGTTAACCAATACTTTTATCTCAAAGCTTGTATTACTTATAGCACAAGTCAAAGTGAATGCTATGGCAATCATGCATGTTTCATCTCTGGAATCAGTTGGTAAGCC
TGCAGTATCAAGAACATTTCCTACAGTTGCAGAGAATATAACATGTTCTGTTGAACAGGTGCATGTTGCACAAGCTGTTTATCTTAGAGGGAGTATGTTCAATCATTCATGTGATCCTAACATCCATGCTTCATTTATTTCACGAAGTCTTTTTGTCCATGCAATCAAACCCTTACCTCCAGGCTCACCCCTTGAGCTAT
GCTATGGCCCACAGGTTGGAGAGTCCAGGCTTGAAGATAGGCAAAGATGGTTGGAAGAACGCTACTTTTTTTCATGCAAGTGCAGGGCATGTTCAGAGTTGAACCTTTCAGATCTCTGCCTGTCTTCATTTCGATGTGCAAAGCAAAATTGCCAGGGGGTAATCTTGGATAAAGCTGTTGTGAGGTTTGACAAATTGGTT
GGAACTGATTTTGTATCATATGCTAACGTATTTACACGGGACCTAGCATTGCCTGTTGATGAGCAGCTGCGCCAATCAATCAATAATGTTGCCCATCTTCTTATTGCGACAACAGAAAATGATAGTATGAGACATATAAGTCCGGGACACTGCTTGAATTGTGGATCTATTTGTGATCTAGAAAAAATGCAAAAGGTAGC
AAACCAGGGTTTGGAATACCTTATAAGAGTTCAAGGTGAGATACGTTTAGCATCATCTACTGGTATCAAGAAACAAAAGCTGTTAGATGAGGCATTAGAATTTCTTCAATCATTGGAATCTGTGTTGCATGCCTTCAACAAAGATATTGCCAAGGCAGAGGATATTATTGCTGAGATGTTTTGTTTGACTCTGCAACCAC
AATCTGCTATTCACCACTGTAAAAAATCAATTCAGATTCTGGAAAAATTATATCACAGTGATCATATTGCCATTGGGAATGAGCTTGTGAAATTGGTATCAATTGGGCTCTCAATGAACAAATATGTTTCTTCCAAGAATAAACTTGCAAGAATTGATCATATATTCAGCAGACATTATGGTTGTAACTATGTTAAAATG
TTTCCATACTTGAGAACTTTGCAAAGGTAGGCTCAGAAACATCAAGGCCTTGTAAAAGAAAAATACAACAAACAAAGTTTTTCGCTGTAGAGCCTAATTTCATGTTATTCTACATGCTTAGTTGTAGTAAAGTTAGGTTCAGTGATCAACTAATTTATGTATTTTTTTCGAAGGAAAACCTTATGGGGAAACCTCTAGGC
ACTTACCTGCACTTTGCGGATGGTACCCACTGTAAACCTGTTGGCACTGGTTATGGTGCTTGACCCAATAAAGACATTGAGTGAGGCACGCAACAGAGGCAGCCAACCTGGGAGATCAACCCTGAGAGCTCCTGCATGAAGCTGAAAGCACTCAACCAGTCAAGCTAGCCCACCTGGCTGACTAATTTATGTATTAAATT
ACTATCTATTTTATTTGATTAAAACCATCTGAATCAATCATTCAATGCATGAACCAATAATTGTCTTTTGTTCATGTCAGCTGAGGATTTTAGGATTGCAAATATTTTTTAGTGTCCTTTATTCATATAATACGGTTTCTCATTTTGAATATTTAATGTTTCAGTGCTGTGAAACAAGCAAATATTAATGTTGCCAGATC
TGATGCCACGAGAACACAAATGTAACTTATACAAATGATTCAGAGCCAAGTCTTAAAAACATGAAAGCCATGAAAGCCCTGTATCTGAAATACTACTCTCGTCCTGGTTGTGTAATTGTGAAAAAAATGAAGCAAACAAACTATATTCAGAAAAGTGTTTGTTTTGGTGTCAAA
>TRINITY_DN42099_c1_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:GTAAATTTGTAATACTTACAACATAACTAAGGTAATGGCCTAACATACTAGATAAGTGAAACTAAGGTTTCTTGAAAAATTAGTACTGATGCTTTACAATTCTACCTAGTTTTTGTGAATTCTTGTGTGTCTGATGTATTTATGCCTGCTGCAGAGTTCAAGGTGAGATACGTTTAGCATCATCTACTGGTATCAAGAAA
CAAAAGCTGTTAGATGAGGCATTAGAATTTCTTCAATCATTGGAATCTGTGTTGCATGCCTTCAACAAAGATATTGCCAAGGTATGGGATAACATTTCCATTTCAGACAAATACAAAACCTATATTCTAAGGAGCAAGATTGCCAAGGGTCCAGTTTGCTAAACAGGTAAATCAACCTGGAAGGATGGGACAGTCATGTT
ATGGGTGACAACTAATGATCTTGGCTACCAGGATTACATATCCATCAAATCCCACTGTGACTCCTATCTTGACTTAATTAGCTTGATTGCAGCTATGACATGCTTTTTTGGATAGTAAAATCAATGGCATCTTTGTGATACACCCTAAATATTGAAGAAACAAGATTTCTTTATCCCTTCTGATTTGGAAGACTTTTTAT
GTTAATGCAGGCAGAGGATATTATTGCTGAGATGTTTTGTTTGACTCTGCAACCACAATCTGCTATTCACCACTGTAAAAAATCAATTCAGgtacatacatatctcaggtcaaaggctagtgaattaaatatgttatagatattagaataaattatttttagtcaatgttctgaaatttattagatattttaaagctgtt
aacttattgagataagcttgcctattttgtttggttgtaatgggcttcacattctatgatttggacagATTCTGGAAAAATTATATCACAGTGATCATATTGCCATTGGGAATGAGCTTGTGAAATTGGTATCAATTGGGCTCTCAATGAACAAATATGTTTCTTCCAAGAATAAACTTGCAAGAATTGATCATATATTC
AGCAGACATTATGGTTGTAACTATGTTAAAATGTTTCCATACTTGAGAACTTTGCAAAGGTAGGCTCAGAAACATCAAGGCCTTGTAAAAGAAAAATACAACAAACAAAGTTTTTCGCTGTAGAGCCTAATTTCATGTTATTCTACATGCTTAGTTGTAGTAAAGTTAGGTTCAGTGATCAACTAATTTATGTATTTTTT
TCGAAGGAAAACCTTATGGGGAAACCTCTAGGCACTTACCTGCACTTTGCGGATGGTACCCACTGTAAACCTGTTGGCACTGGTTATGGTGCTTGACCCAATAAAGACATTGAGTGAGGCACGCAACAGAGGCAGCCAACCTGGGAGATCAACCCTGAGAGCTCCTGCATGAAGCTGAAAGCACTCAACCAGTCAAGCTA
GCCCACCTGGCTGACTAATTTATGTATTAAATTACTATCTATTTTATTTGATTAAAACCATCTGAATCAATCATTCAATGCATGAACCAATAATTGTCTTTTGTTCATGTCAGCTGAGGATTTTAGGATTGCAAATATTTTTTAGTGTCCTTTATTCATATAATACGGTTTCTCATTTTGAATATTTAATGTTTCAGTGC
TGTGAAACAAGCAAATATTAATGTTGCCAGATCTGATGCCACGAGAACACAAATGTAACTTATACAAATGATTCAGAGCCAAGTCTTAAAAACATGAAAGCCATGAAAGCCCTGTATCTGAAATACTACTCTCGTCCTGGTTGTGTAATTGTGAAAAAAATGAAGCAAACAAACTATATTCAGAAAAGTGTTTGTTTTGG
TGTCAAA
Intron 3 GTATGGGATA ... GTTAATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 7.32 | 19 | 2 | 1 |
| A2 | 0 | 3 | 0 | 0 |
| A3 | 10.34 | 13 | 3 | 0 |
| A4 | 16.67 | 10 | 4 | 0 |
| A5 | 33.33 | 1 | 1 | 0 |
| A6 | 6.67 | 7 | 1 | 0 |
| A7 | 28.57 | 10 | 2 | 6 |
| A8 | 40 | 9 | 6 | 6 |
| A9 | 18.75 | 13 | 6 | 0 |
| A10 | 16.67 | 5 | 2 | 0 |
>TRINITY_DN42099_c1_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoformCATGCAAAACATCACCAATGGACCTAAAGGATGTGAATTGGTTTGAGCATAAGCATGAATGTGGAGGCATGAGCTGGGCCGCAGTGCTCCCAACAGAAGTTACTTTGGCTGCTCGCATGTTAATCAAGTCCATACACAGTCAATCTTTGGGGAATTACGATCATCATTCAACTAGCATGTTTCCGAACCTTTGCCATCAC
TATGAGAGGATGGAACTGGCAGATAAATTGGAGTTGCATATATTTGCTATTGTTCTTGCATTCTGTCTTCAATCATCAATTCCAGATATGTTTCAGTTAACCAATACTTTTATCTCAAAGCTTGTATTACTTATAGCACAAGTCAAAGTGAATGCTATGGCAATCATGCATGTTTCATCTCTGGAATCAGTTGGTAAGCC
TGCAGTATCAAGAACATTTCCTACAGTTGCAGAGAATATAACATGTTCTGTTGAACAGGTGCATGTTGCACAAGCTGTTTATCTTAGAGGGAGTATGTTCAATCATTCATGTGATCCTAACATCCATGCTTCATTTATTTCACGAAGTCTTTTTGTCCATGCAATCAAACCCTTACCTCCAGGCTCACCCCTTGAGCTAT
GCTATGGCCCACAGGTTGGAGAGTCCAGGCTTGAAGATAGGCAAAGATGGTTGGAAGAACGCTACTTTTTTTCATGCAAGTGCAGGGCATGTTCAGAGTTGAACCTTTCAGATCTCTGCCTGTCTTCATTTCGATGTGCAAAGCAAAATTGCCAGGGGGTAATCTTGGATAAAGCTGTTGTGAGGTTTGACAAATTGGTT
GGAACTGATTTTGTATCATATGCTAACGTATTTACACGGGACCTAGCATTGCCTGTTGATGAGCAGCTGCGCCAATCAATCAATAATGTTGCCCATCTTCTTATTGCGACAACAGAAAATGATAGTATGAGACATATAAGTCCGGGACACTGCTTGAATTGTGGATCTATTTGTGATCTAGAAAAAATGCAAAAGGTAGC
AAACCAGGGTTTGGAATACCTTATAAGAGTTCAAGGTGAGATACGTTTAGCATCATCTACTGGTATCAAGAAACAAAAGCTGTTAGATGAGGCATTAGAATTTCTTCAATCATTGGAATCTGTGTTGCATGCCTTCAACAAAGATATTGCCAAGGCAGAGGATATTATTGCTGAGATGTTTTGTTTGACTCTGCAACCAC
AATCTGCTATTCACCACTGTAAAAAATCAATTCAGATTCTGGAAAAATTATATCACAGTGATCATATTGCCATTGGGAATGAGCTTGTGAAATTGGTATCAATTGGGCTCTCAATGAACAAATATGTTTCTTCCAAGAATAAACTTGCAAGAATTGATCATATATTCAGCAGACATTATGGTTGTAACTATGTTAAAATG
TTTCCATACTTGAGAACTTTGCAAAGGTAGGCTCAGAAACATCAAGGCCTTGTAAAAGAAAAATACAACAAACAAAGTTTTTCGCTGTAGAGCCTAATTTCATGTTATTCTACATGCTTAGTTGTAGTAAAGTTAGGTTCAGTGATCAACTAATTTATGTATTTTTTTCGAAGGAAAACCTTATGGGGAAACCTCTAGGC
ACTTACCTGCACTTTGCGGATGGTACCCACTGTAAACCTGTTGGCACTGGTTATGGTGCTTGACCCAATAAAGACATTGAGTGAGGCACGCAACAGAGGCAGCCAACCTGGGAGATCAACCCTGAGAGCTCCTGCATGAAGCTGAAAGCACTCAACCAGTCAAGCTAGCCCACCTGGCTGACTAATTTATGTATTAAATT
ACTATCTATTTTATTTGATTAAAACCATCTGAATCAATCATTCAATGCATGAACCAATAATTGTCTTTTGTTCATGTCAGCTGAGGATTTTAGGATTGCAAATATTTTTTAGTGTCCTTTATTCATATAATACGGTTTCTCATTTTGAATATTTAATGTTTCAGTGCTGTGAAACAAGCAAATATTAATGTTGCCAGATC
TGATGCCACGAGAACACAAATGTAACTTATACAAATGATTCAGAGCCAAGTCTTAAAAACATGAAAGCCATGAAAGCCCTGTATCTGAAATACTACTCTCGTCCTGGTTGTGTAATTGTGAAAAAAATGAAGCAAACAAACTATATTCAGAAAAGTGTTTGTTTTGGTGTCAAA
>TRINITY_DN42099_c1_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:GTAAATTTGTAATACTTACAACATAACTAAGGTAATGGCCTAACATACTAGATAAGTGAAACTAAGGTTTCTTGAAAAATTAGTACTGATGCTTTACAATTCTACCTAGTTTTTGTGAATTCTTGTGTGTCTGATGTATTTATGCCTGCTGCAGAGTTCAAGGTGAGATACGTTTAGCATCATCTACTGGTATCAAGAAA
CAAAAGCTGTTAGATGAGGCATTAGAATTTCTTCAATCATTGGAATCTGTGTTGCATGCCTTCAACAAAGATATTGCCAAGgtatgggataacatttccatttcagacaaatacaaaacctatattctaaggagcaagattgccaagggtccagtttgctaaacaggtaaatcaacctggaaggatgggacagtcatgtt
atgggtgacaactaatgatcttggctaccaggattacatatccatcaaatcccactgtgactcctatcttgacttaattagcttgattgcagctatgacatgcttttttggatagtaaaatcaatggcatctttgtgatacaccctaaatattgaagaaacaagatttctttatcccttctgatttggaagactttttat
gttaatgcagGCAGAGGATATTATTGCTGAGATGTTTTGTTTGACTCTGCAACCACAATCTGCTATTCACCACTGTAAAAAATCAATTCAGGTACATACATATCTCAGGTCAAAGGCTAGTGAATTAAATATGTTATAGATATTAGAATAAATTATTTTTAGTCAATGTTCTGAAATTTATTAGATATTTTAAAGCTGTT
AACTTATTGAGATAAGCTTGCCTATTTTGTTTGGTTGTAATGGGCTTCACATTCTATGATTTGGACAGATTCTGGAAAAATTATATCACAGTGATCATATTGCCATTGGGAATGAGCTTGTGAAATTGGTATCAATTGGGCTCTCAATGAACAAATATGTTTCTTCCAAGAATAAACTTGCAAGAATTGATCATATATTC
AGCAGACATTATGGTTGTAACTATGTTAAAATGTTTCCATACTTGAGAACTTTGCAAAGGTAGGCTCAGAAACATCAAGGCCTTGTAAAAGAAAAATACAACAAACAAAGTTTTTCGCTGTAGAGCCTAATTTCATGTTATTCTACATGCTTAGTTGTAGTAAAGTTAGGTTCAGTGATCAACTAATTTATGTATTTTTT
TCGAAGGAAAACCTTATGGGGAAACCTCTAGGCACTTACCTGCACTTTGCGGATGGTACCCACTGTAAACCTGTTGGCACTGGTTATGGTGCTTGACCCAATAAAGACATTGAGTGAGGCACGCAACAGAGGCAGCCAACCTGGGAGATCAACCCTGAGAGCTCCTGCATGAAGCTGAAAGCACTCAACCAGTCAAGCTA
GCCCACCTGGCTGACTAATTTATGTATTAAATTACTATCTATTTTATTTGATTAAAACCATCTGAATCAATCATTCAATGCATGAACCAATAATTGTCTTTTGTTCATGTCAGCTGAGGATTTTAGGATTGCAAATATTTTTTAGTGTCCTTTATTCATATAATACGGTTTCTCATTTTGAATATTTAATGTTTCAGTGC
TGTGAAACAAGCAAATATTAATGTTGCCAGATCTGATGCCACGAGAACACAAATGTAACTTATACAAATGATTCAGAGCCAAGTCTTAAAAACATGAAAGCCATGAAAGCCCTGTATCTGAAATACTACTCTCGTCCTGGTTGTGTAATTGTGAAAAAAATGAAGCAAACAAACTATATTCAGAAAAGTGTTTGTTTTGG
TGTCAAA
Intron 4 GTAGGCTCAG ... TTTTTCGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 66.67 | 3 | 5 | 7 |
| A2 | 57.14 | 3 | 4 | 4 |
| A3 | 60 | 2 | 4 | 2 |
| A4 | 33.33 | 2 | 2 | 0 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 54.29 | 8 | 8 | 11 |
| A7 | 53.57 | 13 | 16 | 14 |
| A8 | 62.79 | 8 | 15 | 12 |
| A9 | 36 | 24 | 14 | 13 |
| A10 | 45.1 | 14 | 16 | 7 |
>TRINITY_DN48789_c1_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoformGTAAAATCAATGGCATCTTTGTGATACACCCTAAATATTGAAGAAACAAGATTTCTTTATCCCTTCTGATTTGGAAGACTTTTTATGTTAATGCAGGCAGAGGATATTATTGCTGAGATGTTTTGTTTGACTCTGCAACCACAATCTGCTATTCACCACTGTAAAAAATCAATTCAGATTCTGGAAAAATTATATCACAG
TGATCATATTGCCATTGGGAATGAGCTTGTGAAATTGGTATCAATTGGGCTCTCAATGAACAAATATGTTTCTTCCAAGAATAAACTTGCAAGAATTGATCATATATTCAGCAGACATTATGGTTGTAACTATGTTAAAATGTTTCCATACTTGAGAACTTTGCAAAGGAAAACCTTATGGGGAAACCTCTAGGCACTTA
CCTGCACTTTGCGGATGGTACCCACTGTAAACCTGTTGGCACTGGTTATGGTGCTTGACCCAATAAAGACATTGAGTGAGGCACGCAACAGAGGCAGCCAACCTGGGAGATCAACCCTGAGAGCTCCTGCATGAAGCTGAAAGCACTCAACCAGTCAAGCTAGCCCACCTGGCTGACTAATTTATGTATTAAATTACTAT
CTATTTTATTTGATTAAAACCATCTGAATCAATCATTCAATGCATGAACCAATAATTGTCTTTTGTTCATGTCAGCTGAGGATTTTAGGATTGCAAATATTTTTTAGTGTCCTTTATTCATATAATACGGTTTCTCATTTTGAATATTTAATGTTTCAGTGCTGTGAAACAAGCAAATATTAATGTTGCCAGATCTGATG
CCACGAGAACACAAATGTAACTTATACAAATGATTCAGAGCCAAGTCTTAAAAACATGAAAGCCATGAAAGCCCTGTATCTGAAATACTACTCTCGTCCTGGTTGTGTAATTGTGAAAAAAATGAAGCAAAC
>TRINITY_DN48789_c1_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:CACGACAGCGAGTAGGCCCGTGCAATAAAAGGGCGTACGAACTTTCAGTTTTCTTTCAAAATTACAAACAGCAACTACCTAAACCAGAGGATCACGGAATATCATACACAATTTGTCTGATTGAGTTCAAGGTCAAGGGAGATTTTGTGCAAAGTCTGCAAGCTAAGAGCTCCGAATGATGGTCATGTGACATGCAATAG
GGTCGAGGCAACAGAAAAATGATACATCATGAAGGATGATTTTTCCTTCAAGGCGATAGCTGTTTAATTAAATTGGAAGTGTTCTGGGCTATCAAACTTATGATTATGATGGAGAAGCTCAAGGCAATGGTTCCTGGCCACCTCATTGACATGATAGGTGACAGTGGTACCGATGATCTCCCTTCCACATGCTCTGCGCT
GCTTCACTATCTGCACCCACTTGAACATTTTCGTCAGCTGGCGAAGCAATTGAGTGACCCAGCTGCCACAACATGCGGAAAGGATCCATCTGCTGCCTCCCAGTGGAAGCTCGAGGGCAACGTTGCTTTTGCAAAAGGAGATTACCGCCAAGCTATAAAGTGCTACACCAAGGCTTTGCAATCTATACCTTTAAGCTTGG
AGAAGATTGATAAGATTATGGTTGCGACACTGTACTTGAATAGAGCTTCCACCATGCATAAAATGGGAGTGTTGAAAGAATCCATCAGGGACTGCAGTCGTGCTATTGAGCTCCATCCATCGTACTCAAAGGCATGGTACCGTAGGGGGCAGGTACATGGCAACATGAAAAATTATGAAGATGCCATTAATGATATGCAT
ATGGCCCTTGCATTTGAGACTTCTTCTATAGGAAAGGCTCAAGTCAGAATTCAGCTTGAAAATATGGAGCAGTCAAGAAATGGCAAGGAAGCACTAACATCCCATCATATAGATAGTACAAATGATTTTGACTGTGGAGATTATGAAGTTGAGTTACCAGAAATAGCTCAATTGAGTAGAATTTTAACGGCAGACAGAGG
CTGGGAAAATCAGGCAAAGAACAACATTCTACCTGGTGGTCTAGTACTGCATGAAGAACCATATGTGGCGGTAATTTTGAAGCATTGTCGAGATACACACTGCCACTTCTGCTTCAAGGAGCTTCCAGGGGATTCTGTGCCTTGTGGATTTTGTGCTGTACCATTATATTGTTCTGAATACTGCAGAAACCATGCTGTGG
GAAATCCATCTGTGACTAAGCATTCTGAGAATAGATCATTGTCTGAGCAAATCTTAGATGATTCCCATTGTGAGATTGGAACTCTAAGCTTGTTTGAGAATGATTCATGCAAAACATCACCAATGGACCTAAAGGATGTGAATTGGTTTGAGCATAAGCATGAATGTGGAGGCATGAGCTGGGCCGCAGTGCTCCCAACA
GAAGTTACTTTGGCTGCTCGCATGTTAATCAAGTCCATACACAGTCAATCTTTGGGGAATTACGATCATCATTCAACTAGCATGTTTCCGAACCTTTGCCATCACTATGAGAGGATGGAACTGGCAGATAAATTGGAGTTGCATATATTTGCTATTGTTCTTGCATTCTGTCTTCAATCATCAATTCCAGATATGTTTCA
GTTAACCAATACTTTTATCTCAAAGCTTGTATTACTTATAGCACAAGTCAAAGTGAATGCTATGGCAATCATGCATGTTTCATCTCTGGAATCAGTTGGTAAGCCTGCAGTATCAAGAACATTTCCTACAAATGCAGAGAATATAACATGTTCTGTTGAACAGGTGCATGTTGCACAAGCTGTTTATCTTAGAGGGAGTA
TGTTCAATCATTCATGTGATCCTAACATCCATGCTTCATTTATTTCACGAAGTCTTTTTGTCCATGCAATCAAACCCTTACCTCCAGGCTCACCCCTTGAGCTATGCTATGGCCCACAGGTTGGAGAGTCCAGGCTTGAAGATAGGCAAAGATGGTTGGAAGAACGCTACTTTTTTTCATGCAAGTGCAGGGCATGTTCA
GAGTTGAACCTTTCAGATCTCTGCCTGTCTTCATTTCGATGTGCAAAGCAAAATTGCCAGGGGGTAATCTTGGATAAAGCTGTTGTGAGGTTTGACAAATTGGTTGGAACTGATTTTGTATCATATGCTAACGTATTTACACGGGACCTAGCATTGCCTGTTGATGAGCAGCTGCGCCAATCAATCAATAATGTTGCCCA
TCTTCTTATTGCGACAACAGAAAATGATAGTATGAGACATATAAGTCCGGGACACTGCTTGAATTGTGGATCTATTTGTGATCTAGAAAAAATGCAAAAGGTAGCAAACCAGGGTTTGGAATACCTTATAAGAGTTCAAGGTGAGATACGTTTAGCATCATCTACTGGTATCAAGAAACAAAAGCTGTTAGATGAGGCAT
TAGAATTTCTTCAATCATTGGAATCTGTGTTGCATGCCTTCAACAAAGATATTGCCAAGGCAGAGGATATTATTGCTGAGATGTTTTGTTTGACTCTGCAACCACAATCTGCTATTCACCACTGTAAAAAATCAATTCAGATTCTGGAAAAATTATATCACAGTGATCATATTGCCATTGGGAATGAGCTTGTGAAATTG
GTATCAATTGGGCTCTCAATGAACAAATATGTTTCTTCCAAGAATAAACTTGCAAGAATTGATCATATATTCAGCAGACATTATGGTTGTAACTATGTTAAAATGTTTCCATACTTGAGAACTTTGCAAAGgtaggctcagaaacatcaaggccttgtaaaagaaaaatacaacaaacaaagtttttcgctgtagagcct
aatttcatgttattctacatgcttagttgtagtaaagttaggttcagtgatcaactaatttatgtatttttttcgaagGAAAACCTTATGGGGAAACCTCTAGGCACTTACCTGCACTTTGCGGATGGTACCCACTGTAAACCTGTTGGCACTGGTTATGGTGCTTGACCCAATAAAGACATTGAGTGAGGCACGCAACA
GAGGCAGCCAACCTGGGAGATCAACCCTGAGAGCTCCTGCATGAAGCTGAAAGCACTCAACCAGTCAAGCTAGCCCACCTGGCTGACTAATTTATGTATTAAATTACTATCTATTTTATTTGATTAAAACCATCTGAATCAATCATTCAATGCATGAACCAATAATTGTCTTTTGTTCATGTCAGCTGAGGATTTTAGGA
TTGCAAATATTTTTTAGTGTCCTTTATTCATATAATACGGTTTCTCATTTTGAATATTTAATGTTTCAGTGCTGTGAAACAAGCAAATATTAATGTTGCCAGATCTGATGCCACGAGAACACAAATGTAACTTATACAAATGATTCAGAGCCAAGTCTTAAAAACATGAAAGCCATGAAAGCCCTGTATCTGAAATACTA
CTCTCGTCCTGGTTGTGTAATTGTGAAAAAAATGAAGCAAAC
Intron 5 GTATTAAATT ... AATGTTTCAG
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| A1 | 100 | 0 | 5 | 0 |
| A2 | 100 | 0 | 3 | 0 |
| A3 | 80 | 1 | 5 | 3 |
| A4 | 75 | 1 | 6 | 0 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 70.21 | 7 | 25 | 8 |
| A7 | 72.97 | 5 | 15 | 12 |
| A8 | 82.93 | 7 | 48 | 20 |
| A9 | 57.5 | 17 | 31 | 15 |
| A10 | 77.78 | 1 | 6 | 1 |
>TRINITY_DN42099_c1_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoformCATGCAAAACATCACCAATGGACCTAAAGGATGTGAATTGGTTTGAGCATAAGCATGAATGTGGAGGCATGAGCTGGGCCGCAGTGCTCCCAACAGAAGTTACTTTGGCTGCTCGCATGTTAATCAAGTCCATACACAGTCAATCTTTGGGGAATTACGATCATCATTCAACTAGCATGTTTCCGAACCTTTGCCATCAC
TATGAGAGGATGGAACTGGCAGATAAATTGGAGTTGCATATATTTGCTATTGTTCTTGCATTCTGTCTTCAATCATCAATTCCAGATATGTTTCAGTTAACCAATACTTTTATCTCAAAGCTTGTATTACTTATAGCACAAGTCAAAGTGAATGCTATGGCAATCATGCATGTTTCATCTCTGGAATCAGTTGGTAAGCC
TGCAGTATCAAGAACATTTCCTACAGTTGCAGAGAATATAACATGTTCTGTTGAACAGGTGCATGTTGCACAAGCTGTTTATCTTAGAGGGAGTATGTTCAATCATTCATGTGATCCTAACATCCATGCTTCATTTATTTCACGAAGTCTTTTTGTCCATGCAATCAAACCCTTACCTCCAGGCTCACCCCTTGAGCTAT
GCTATGGCCCACAGGTTGGAGAGTCCAGGCTTGAAGATAGGCAAAGATGGTTGGAAGAACGCTACTTTTTTTCATGCAAGTGCAGGGCATGTTCAGAGTTGAACCTTTCAGATCTCTGCCTGTCTTCATTTCGATGTGCAAAGCAAAATTGCCAGGGGGTAATCTTGGATAAAGCTGTTGTGAGGTTTGACAAATTGGTT
GGAACTGATTTTGTATCATATGCTAACGTATTTACACGGGACCTAGCATTGCCTGTTGATGAGCAGCTGCGCCAATCAATCAATAATGTTGCCCATCTTCTTATTGCGACAACAGAAAATGATAGTATGAGACATATAAGTCCGGGACACTGCTTGAATTGTGGATCTATTTGTGATCTAGAAAAAATGCAAAAGGTAGC
AAACCAGGGTTTGGAATACCTTATAAGAGTTCAAGGTGAGATACGTTTAGCATCATCTACTGGTATCAAGAAACAAAAGCTGTTAGATGAGGCATTAGAATTTCTTCAATCATTGGAATCTGTGTTGCATGCCTTCAACAAAGATATTGCCAAGGCAGAGGATATTATTGCTGAGATGTTTTGTTTGACTCTGCAACCAC
AATCTGCTATTCACCACTGTAAAAAATCAATTCAGATTCTGGAAAAATTATATCACAGTGATCATATTGCCATTGGGAATGAGCTTGTGAAATTGGTATCAATTGGGCTCTCAATGAACAAATATGTTTCTTCCAAGAATAAACTTGCAAGAATTGATCATATATTCAGCAGACATTATGGTTGTAACTATGTTAAAATG
TTTCCATACTTGAGAACTTTGCAAAGGAAAACCTTATGGGGAAACCTCTAGGCACTTACCTGCACTTTGCGGATGGTACCCACTGTAAACCTGTTGGCACTGGTTATGGTGCTTGACCCAATAAAGACATTGAGTGAGGCACGCAACAGAGGCAGCCAACCTGGGAGATCAACCCTGAGAGCTCCTGCATGAAGCTGAAA
GCACTCAACCAGTCAAGCTAGCCCACCTGGCTGACTAATTTATTGCTGTGAAACAAGCAAATATTAATGTTGCCAGATCTGATGCCACGAGAACACAAATGTAACTTATACAAATGATTCAGAGCCAAGTCTTAAAAACATGAAAGCCATGAAAGCCCTGTATCTGAAATACTACTCTCGTCCTGGTTGTGTAATTGTGA
AAAAAATGAAGCAAACAAACTATATTCAGAAAAGTGTTTGTTTTGGTGTCAAA
>TRINITY_DN42099_c1_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:GTAAATTTGTAATACTTACAACATAACTAAGGTAATGGCCTAACATACTAGATAAGTGAAACTAAGGTTTCTTGAAAAATTAGTACTGATGCTTTACAATTCTACCTAGTTTTTGTGAATTCTTGTGTGTCTGATGTATTTATGCCTGCTGCAGAGTTCAAGGTGAGATACGTTTAGCATCATCTACTGGTATCAAGAAA
CAAAAGCTGTTAGATGAGGCATTAGAATTTCTTCAATCATTGGAATCTGTGTTGCATGCCTTCAACAAAGATATTGCCAAGGTATGGGATAACATTTCCATTTCAGACAAATACAAAACCTATATTCTAAGGAGCAAGATTGCCAAGGGTCCAGTTTGCTAAACAGGTAAATCAACCTGGAAGGATGGGACAGTCATGTT
ATGGGTGACAACTAATGATCTTGGCTACCAGGATTACATATCCATCAAATCCCACTGTGACTCCTATCTTGACTTAATTAGCTTGATTGCAGCTATGACATGCTTTTTTGGATAGTAAAATCAATGGCATCTTTGTGATACACCCTAAATATTGAAGAAACAAGATTTCTTTATCCCTTCTGATTTGGAAGACTTTTTAT
GTTAATGCAGGCAGAGGATATTATTGCTGAGATGTTTTGTTTGACTCTGCAACCACAATCTGCTATTCACCACTGTAAAAAATCAATTCAGGTACATACATATCTCAGGTCAAAGGCTAGTGAATTAAATATGTTATAGATATTAGAATAAATTATTTTTAGTCAATGTTCTGAAATTTATTAGATATTTTAAAGCTGTT
AACTTATTGAGATAAGCTTGCCTATTTTGTTTGGTTGTAATGGGCTTCACATTCTATGATTTGGACAGATTCTGGAAAAATTATATCACAGTGATCATATTGCCATTGGGAATGAGCTTGTGAAATTGGTATCAATTGGGCTCTCAATGAACAAATATGTTTCTTCCAAGAATAAACTTGCAAGAATTGATCATATATTC
AGCAGACATTATGGTTGTAACTATGTTAAAATGTTTCCATACTTGAGAACTTTGCAAAGGTAGGCTCAGAAACATCAAGGCCTTGTAAAAGAAAAATACAACAAACAAAGTTTTTCGCTGTAGAGCCTAATTTCATGTTATTCTACATGCTTAGTTGTAGTAAAGTTAGGTTCAGTGATCAACTAATTTATGTATTTTTT
TCGAAGGAAAACCTTATGGGGAAACCTCTAGGCACTTACCTGCACTTTGCGGATGGTACCCACTGTAAACCTGTTGGCACTGGTTATGGTGCTTGACCCAATAAAGACATTGAGTGAGGCACGCAACAGAGGCAGCCAACCTGGGAGATCAACCCTGAGAGCTCCTGCATGAAGCTGAAAGCACTCAACCAGTCAAGCTA
GCCCACCTGGCTGACTAATTTATgtattaaattactatctattttatttgattaaaaccatctgaatcaatcattcaatgcatgaaccaataattgtcttttgttcatgtcagctgaggattttaggattgcaaatattttttagtgtcctttattcatataatacggtttctcattttgaatatttaatgtttcagTGC
TGTGAAACAAGCAAATATTAATGTTGCCAGATCTGATGCCACGAGAACACAAATGTAACTTATACAAATGATTCAGAGCCAAGTCTTAAAAACATGAAAGCCATGAAAGCCCTGTATCTGAAATACTACTCTCGTCCTGGTTGTGTAATTGTGAAAAAAATGAAGCAAACAAACTATATTCAGAAAAGTGTTTGTTTTGG
TGTCAAA