NA ----> NA

Intron 1 GTAAAATGCA ... CATACTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	6	4.5
A2	74.45	3	8	9.5
A3	57.78	2	4	1.5
A4	65.35	5	7	12
A5	100	0	2	0.5
A6	48.05	30	37	18.5
A7	60.39	10	19	11.5
A8	53.98	13	15	15.5
A9	52.94	16	23	13
A10	80.22	4	21	11.5

>TRINITY_DN40148_c2_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

TCTTATGGGAGTAGTGGAAATGGGTAAATTGAAAAGGCCTCTGCAGATTATTCTTTTGCTTAATGGATGTGGCGGTCTTTTCAGTTCTACCCATTCCTGCTACTTCACTAAGTTAAAAAAATACCGCTGGTTTTGGCTTTCGACTACAGCGGTGGTTGAACATCCAGGGTTCAGAAGTGTTCTGCAAGCCACTGACGTAT
TCCAGAGCGACAATTACTATGTGTGTATTTAGAGGATTTTTGAATCGAAATGAACCGAGCTTCCAAGGTTTTGTTCAGGTTAGAATTCCCGAGGATGCATGTTTTGCTTCGTGGGCAGCTTGAGTACTCCAAGAAACTGGTGCAAGTCTTAAGAACGGCGAAGGTCTTCAACTTGTGTAAGTTGTCTGGGCCAGTTGCTA
GTCCTGGAGAAATTTGGCAAACGAGGGATCTACATATAGCCTTATTTTTG

>TRINITY_DN40148_c2_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TCTTATGGGAGTAGTGGAAATGGGTAAATTGAAAAGGCCTCTGCAGATTATTCTTTTGCTTAATGGATGTGGCGGTCTTTTCAGTTCTACCCATTCCTGCTACTTCACTAAGTTAAAAAAATACCGCTGGTTTTGGCTTTCGACTACAGCGGTGGTTGAACATCCAGGGTTCAGAAGTGTTCTGCAAGCCACTGACGTAT
TCCAGAGCGACAATTACTATGTGTGTATTTAGAGGATTTTTGAATCGAAATGAACCGAGCTTCCAAGGTTTTGTTCAGgtaaaatgcatgggatgcgagtttgaagcatcgtaatcgggcatttttctttcgatgtgatatgggggtttgcctatttgggggtttgcgtttttaataaaaagcgagtgaacagtttgggt
tcttgagtaggtatatgtcaagagggtttctccacatcactcagaaagtttaaattcaaatttaagcaaatttgtgcatcatttgtgtctagttcttttgtttccatgtctttaataagcatggtatctgcatatggacttctccatatcactctgaaagtttaaattcaaatttaataagcaaagtatctgcatatgga
catgcagtttgcttgcacaatacatggaatggttttatatttgatcattggaatgttgttattattcgttggtttgggttagataaaccatgagtgtttcatactccagGTTAGAATTCCCGAGGATGCATGTTTTGCTTCGTGGTCAGCTTGAGTTGTCCAAGAAACTGGTGCAAGTCTTAAGAACGGCGAAGGTCTTC
AACTTGTGTAAGTTGTCTGGGCCAGTTGCTAGTCCTGGAGAAATTTGGCAAACGAGGGATCTACATATAGCCTTATTTTTG

Intron 2 GTAAAATGCA ... TCTTGAGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	83.33	1	5	0
A2	72.73	3	8	2
A3	66.67	2	4	0
A4	58.33	5	7	0
A5	100	0	2	2
A6	53.85	30	35	5
A7	65.52	10	19	8
A8	53.57	13	15	7
A9	58.97	16	23	3
A10	84	4	21	2

>TRINITY_DN47012_c0_g2_i11 from sample A7 / Example spliced isoform

GCGATCAAAATTGGTTGATCTCTCTCTAAAGAAAGGAATTCTTATGGGAGTAGTGGAAATGGGTAAATTGAAAAGGCCTCTGCAGATTATTCTTTTGCTTAATGGATATGTCGGTCTTTTCAGTTCTACCCATTCCTGCTACTTCACTAAGTTAAAAAATTACCGCTGGTTTTGGCTTTCGAGTACAGCGGTGGTTGAAC
ATCCAGGGTTCAGAAGTGTTTTGCAAGCCACTAACGTATTCCAGAGCGACAATTACTATGTGTGTATTTAGAGGATTTTTGAATCGAAATGAACCGAGCTTCCAAGGTTTTGTTCAGGTTAGAATTCCCGAGGATGCATGTTTTGCTTCGTGGGCAGCTTGAGTACTCCAAGAAACTGGTGCAAGTCTTAAGAACGGCGA
AGGTCATCAACTTGTGTAAGTTGTCTGGGCCAGTTGCTAGTCCTGGAGAAATTTGGCAAACGAGGTATCTACATATAGCCTTATTTTTGTCATTTTAGCGAAGGGATCTTATGATAGTTACACAAGCTGGATAAATGTCAAGATATTTTGGATTAAAACAGCCTGTATGTTTCGCTGTCATCTAAAATTCTGTCAAATGC
CTCCTTTTATATGCAATCTTGTGTGCAATTTGAGACTAATGAAGGAATTGGAGCTTTGTTTGGTGGTTGTTGGTAACTCATATTCGTCGATGTTTCAATATGGAGGCGGATGGCTTGTCCAAACAAGCGCTGGGAATGATGGATGCTGATCGCTGCTCTCATCAGTACTCTGTGACTCTCTGTTTTTATTGGTCTTGGGC
TTAAATTTACCGGATTACTGTTGTTCTGTCGCATTGATTTAGTCACGTAGGAGAAGATTAAAAGGGTCTTTTCGTCATTCTGTTTTTGAAACCCTGTATGCGGGTATACTTATCTTTTGGCCCTGTTGGGTATAAAATGTTGCTTCAGGTTTGGTTGAATCACTTCAGAATTTTTGCTGTGCAACGGTT

>TRINITY_DN47012_c0_g2_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GCGATCAAAATTGGTTGATCTCTCTCTAAAGAAAGGAATTCTTATGGGAGTAGTGGAAATGGGTAAATTGAAAAGGCCTCTGCAGATTATTCTTTTGCTTAATGGATATGTCGGTCTTTTCAGTTCTACCCATTCCTGCTACTTCACTAAGTTAAAAAATTACCGCTGGTTTTGGCTTTCGAGTACAGCGGTGGTTGAAC
ATCCAGGGTTCAGAAGTGTTTTGCAAGCCACTAACGTATTCCAGAGCGACAATTACTATGTGTGTATTTAGAGGATTTTTGAATCGAAATGAACCGAGCTTCCAAGGTTTTGTTCAGgtaaaatgcatgggatgcgagtttgaagcatcgtaatcgggcatttttctttcgatgtgatatgggggtttgcctatttgggg
gtttgcgtttttaataaaaagcgagtgaacagtttgggttcttgagtagGTTAGAATTCCCGAGGATGCATGTTTTGCTTCGTGGGCAGCTTGAGTACTCCAAGAAACTGGTGCAAGTCTTAAGAACGGCGAAGGTCATCAACTTGTGTAAGTTGTCTGGGCCAGTTGCTAGTCCTGGAGAAATTTGGCAAACGAGGTAT
CTACATATAGCCTTATTTTTGTCATTTTAGCGAAGGGATCTTATGATAGTTACACAAGCTGGATAAATGTCAAGATATTTTGGATTAAAACAGCCTGTATGTTTCGCTGTCATCTAAAATTCTGTCAAATGCCTCCTTTTATATGCAATCTTGTGTGCAATTTGAGACTAATGAAGGAATTGGAGCTTTGTTTGGTGGTT
GTTGGTAACTCATATTCGTCGATGTTTCAATATGGAGGCGGATGGCTTGTCCAAACAAGCGCTGGGAATGATGGATGCTGATCGCTGCTCTCATCAGTACTCTGTGACTCTCTGTTTTTATTGGTCTTGGGCTTAAATTTACCGGATTACTGTTGTTCTGTCGCATTGATTTAGTCACGTAGGAGAAGATTAAAAGGGTC
TTTTCGTCATTCTGTTTTTGAAACCCTGTATGCGGGTATACTTATCTTTTGGCCCTGTTGGGTATAAAATGTTGCTTCAGGTTTGGTTGAATCACTTCAGAATTTTTGCTGTGCAACGGTT

Intron 3 GTAAAATGCA ... CATACTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	86.67	1	8	5
A2	73.91	3	9	8
A3	60	2	4	2
A4	67.74	5	7	14
A5	100	0	2	1
A6	46.55	31	35	19
A7	61.4	11	23	12
A8	55.17	13	16	16
A9	54.29	16	25	13
A10	83.33	4	27	13

>TRINITY_DN40148_c2_g1_i8 from sample A8 / Example spliced isoform

TCTTATGGGAGTAGTGGAAATGGGTAAATTGAAAAGGCCTCTGCAGATTATTCTTTTGCTTAATGGATATGTCGGTCTTTTCAGTTCTACCCATTCCTGCTACTTCACTAAGTTAAAAAAATACCGCTGGTTTTGGCTTTCGACTACAGCGGTGGTTGAACATCCAGGGTTCAGAAGTGTTTTGCAAGCCACTAACGTAT
TCCAGAGCGACAATTACTATGTGTGTATTTAGAGGATTTTTCTATCGAAATGAACCGAGCTTCCAAGGTTTTGTTCAGGTTAGAATTCCCGAGGATGCATGTTTTGCTTCGTGGTCAGCTTGAGTTGTCCAAGAAACTGGTGCAAGTCTTAAGAACGGCGAAGGTCTTCAACTTGTGTAAGTTGTCTGGGCCAGTTGCTA
GTCCTGGAGAAATTTGGCAAACGAGGGATCTACATATAGCCTTATTTTTG

>TRINITY_DN40148_c2_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TCTTATGGGAGTAGTGGAAATGGGTAAATTGAAAAGGCCTCTGCAGATTATTCTTTTGCTTAATGGATATGTCGGTCTTTTCAGTTCTACCCATTCCTGCTACTTCACTAAGTTAAAAAAATACCGCTGGTTTTGGCTTTCGACTACAGCGGTGGTTGAACATCCAGGGTTCAGAAGTGTTTTGCAAGCCACTAACGTAT
TCCAGAGCGACAATTACTATGTGTGTATTTAGAGGATTTTTCTATCGAAATGAACCGAGCTTCCAAGGTTTTGTTCAGgtaaaatgcatgggatgcgagtttgaagcatcgtaatcgggcatttttctttctatgtgatatgggggtctgcctattggggggtttgcgttttaataaaaagcgagtgaacagtttgggtt
cttgagtaggtatatgtcaagagggtttctccacatcactcagaaagtttaaattcaaatttaagcaaatttgtgcatcatttgtgtctagttcttttgtttccatgtctttaataagcatggtatctgcatatggacttctccatatcactctgaaagtttaaattcaaatttaataagcaaagtatctgcatatggac
atgcagtttgcttgcacaatacatggaatggttttatatttgatcattggaatgttgttattattcgttggtttgggttagataaaccatgagtgtttcatactccagGTTAGAATTCCCGAGGATGCATGTTTTGCTTCGTGGTCAGCTTGAGTTGTCCAAGAAACTGGTGCAAGTCTTAAGGTAATGTGGCTGTTTAG
ACACTCCCCTTCTGCTGTTTTAGCTGTAGGGATATCTGTATAGACACACCGCTCTCTGCAGATGTTTTGAGAGTGTAAGTTATTTGTATGCTTCCAGAACGGCGAAGGTCTTCAACTTGTGTAAGTTGTCTGGGCCAGTTGCTAGTCCTGGAGAAATTTGGCAAACGAGGGATCTACATATAGCCTTATTTTTG

Intron 4 GTAATGTGGC ... ATGCTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	2	1
A2	20	2	1	0
A3	100	0	7	3
A4	77.78	1	7	0
A5	100	0	1	0
A6	62.04	9.7	20	10
A7	44.86	14	15.7	7
A8	39.6	8.7	10	1
A9	64.14	6.3	12.3	9
A10	75	1	4	2

>TRINITY_DN40148_c2_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

TCTTATGGGAGTAGTGGAAATGGGTAAATTGAAAAGGCCTCTGCAGATTATTCTTTTGCTTAATGGATGTGGCGGTCTTTTCAGTTCTACCCATTCCTGCTACTTCACTAAGTTAAAAAAATACCGCTGGTTTTGGCTTTCGACTACAGCGGTGGTTGAACATCCAGGGTTCAGAAGTGTTCTGCAAGCCACTGACGTAT
TCCAGAGCGACAATTACTATGTGTGTATTTAGAGGATTTTTGAATCGAAATGAACCGAGCTTCCAAGGTTTTGTTCAGGTTAGAATTCCCGAGGATGCATGTTTTGCTTCGTGGGCAGCTTGAGTACTCCAAGAAACTGGTGCAAGTCTTAAGAACGGCGAAGGTCTTCAACTTGTGTAAGTTGTCTGGGCCAGTTGCTA
GTCCTGGAGAAATTTGGCAAACGAGGGATCTACATATAGCCTTATTTTTG

>TRINITY_DN40148_c2_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TCTTATGGGAGTAGTGGAAATGGGTAAATTGAAAAGGCCTCTGCAGATTATTCTTTTGCTTAATGGATGTGGCGGTCTTTTCAGTTCTACCCATTCCTGCTACTTCACTAAGTTAAAAAAATACCGCTGGTTTTGGCTTTCGACTACAGCGGTGGTTGAACATCCAGGGTTCAGAAGTGTTCTGCAAGCCACTGACGTAT
TCCAGAGCGACAATTACTATGTGTGTATTTAGAGGATTTTTGAATCGAAATGAACCGAGCTTCCAAGGTTTTGTTCAGGTAAAATGCATGGGATGCGAGTTTGAAGCATCGTAATCGGGCATTTTTCTTTCGATGTGATATGGGGGTTTGCCTATTTGGGGGTTTGCGTTTTTAATAAAAAGCGAGTGAACAGTTTGGGT
TCTTGAGTAGGTATATGTCAAGAGGGTTTCTCCACATCACTCAGAAAGTTTAAATTCAAATTTAAGCAAATTTGTGCATCATTTGTGTCTAGTTCTTTTGTTTCCATGTCTTTAATAAACAAAGTATCTGCATATGGACTTCTCCATATCACTCTGAAAGTTTAAATTCAAATTTAATAAGCAAAGTATCTGCATATGGA
CATGCAGTTTGCTTGCACAAAACATGGAATGGTTTTATATTTGATCATTGGAATGTTGTTATTATTCGTTGGTTTGGGTTAGATAAACCATGAGTGTTTCATACTCCAGGTTAGAATTCCCGAGGATGCATGTTTTGCTTCGTGGGCAGCTTGAGTACTCCAAGAAACTGGTGCAAGTCTTAAGgtaatgtggctgttta
gacactccccttctgctgttttagctgtagggatatctgtatagacacaccgctctctgcagatgttttgagagtgtaagttatttgtatgcttccagAACGGCGAAGGTCTTCAACTTGTGTAAGTTGTCTGGGCCAGTTGCTAGTCCTGGAGAAATTTGGCAAACGAGGGATCTACATATAGCCTTATTTTTG