NA ----> NA

Intron 1 GTAACATGTC ... GAAGGAAGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	2	0
A2	100	0	1	2
A3	40	3	4	0
A4	100	0	0	2
A5	-1	0	0	0
A6	35.48	10	6	5
A7	37.25	16	10	9
A8	36.36	7	3	5
A9	50	14	14	14
A10	30.77	9	6	2

>TRINITY_DN38849_c0_g2_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

TTTCGAGTCATATCAAATGTTTGCTAGATGCATGAATTGGTTTTGACAGTGCGATGTCACACGTAAGAACAAGTCTAGGGTTTTCATGTGATTTTTCACAAAGACGAATAGGGTTTCATTATGCCTATTGAATCCTGCATACCTATTCCTTCGGTTTTTACGACGCCGTATCATTCTTGGTTGAAGAAGAAACCAGAGAT
AGGTGAAATGGCTCTGTTGTGTCGAATTAAACCATCTGGTGATGAGCTACTGGAAGCAGATCCTGACGTTTCACTACAATTTGAGAAAATCGGTTGGAGAAAGTTCTTTGCAAGTTTTGATGGTTACAACACAGAGGTTTCATAGCAAAATGAATTTTCAATTTTGAAGTTGTTCACTACGTTAATATGTTGCCAACAAA
TGTTGAAGTTTGCTTCAAGTTCGGATAATAGGATGCCAAATGTCAAAAGTTGGTTACTGTTTACCTTCAACATGGACGAGTTGTTTTTCAGAGATAAGATCGTAGTTATGAAAGTGATGATCACGTCTACCAGGTGCCTTCCTTTGAGGAGTTCGTATGCAACAAATGATGATAGGGATTTTTGTCTTTATTATGTAACA
AGTTGTCGGGGATCAAATGTTTATTTTTAGAATGAGTTGTTACATAGAAAACTCAAAAGAGTTATTAGCCTTTGCTATATAAACCATGAAGACTTATTGTAAAACAGGATGGAGGTATGATAGAAGAAATTTTATATTGAAATAACACTTGACTGGCTGTTTCGTTCCTCTTGGGATTTTTCTTACTGGAAGTTGACAAG
CTTTTATCTAGG

>TRINITY_DN38849_c0_g2_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TTTCGAGTCATATCAAATGTTTGCTAGATGCATGAATTGGTTTTGACAGTGCGATGTCACACGTAAGAACAAGTCTAGGGTTTTCATGTGATTTTTCACAAAGACGAATAGGGTTTCATTATGCCTATTGAATCCTGCATACCTATTCCTTCGGTTTTTACGACGCCGTATCATTCTTGGTTGAAGAAGAAACCAGAGAT
AGGTGAAATGGCTCTGTTGTGTCGAATTAAACCATCTGGTGATGAGCTACTGGAAGCAGATCCTGACGTTTCACTACAATTTGAGAAAATCGGTTGGAGAAAGTTCTTTGCAAGTTTTGATGGTTACAACACAGAGgtaacatgtcgattggcattatatttgaatgataatgtttcctagataggggatttaaccctgt
ttttgtcagaagacttcatcgctagggcaacccagcttccacaaattgggggaaaatggtttaagaaggaagagGTTTCATAGCAAAATGAATTTTCAATTTTGAAGTTGTTCACTACGTTAATATGTTGCCAACAAATGTTGAAGTTTGCTTCAAGTTCGGATAATAGGATGCCAAATGTCAAAAGTTGGTTACTGTTT
ACCTTCAACATGGACGAGTTGTTTTTCAGAGATAAGATCGTAGTTATGAAAGTGATGATCACGTCTACCAGGTGCCTTCCTTTGAGGAGTTCGTATGCAACAAATGATGATAGGGATTTTTGTCTTTATTATGTAACAAGTTGTCGGGGATCAAATGTTTATTTTTAGAATGAGTTGTTACATAGAAAACTCAAAAGAGT
TATTAGCCTTTGCTATATAAACCATGAAGACTTATTGTAAAACAGGATGGAGGTATGATAGAAGAAATTTTATATTGAAATAACACTTGACTGGCTGTTTCGTTCCTCTTGGGATTTTTCTTACTGGAAGTTGACAAGCTTTTATCTAGG

Intron 2 GTAACATGTC ... TTGTCAGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	2	2
A2	50	2	1	3
A3	45.45	3	4	1
A4	0	2	0	0
A5	-1	0	0	0
A6	60	3	6	3
A7	48.39	8	10	5
A8	38.46	4	3	2
A9	50.94	13	14	13
A10	33.33	6	6	0

>TRINITY_DN35252_c0_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoform

GTTTGCTAGATGCATGAATTGGTTTTGACAGTGCGATGTCACACGTAAGAACAAGTCTAGGGTTTTCATGTGATTTTTCACAAAGACGAATAGGGTTTCATTATGCCTATTGAATCCTGCATACCTATTCCTTCGGTTTTTACGACGCCGTATCATTCTTGGTTGAAGAAGAAACCAGAGATAGGTGAAATGGCTCTGTT
GTGTCGAATTAAACCATCTGGTGATGAGCTACTGGAAGCAGATCCTGACGTTTCACTACAATTTGAGAAAATCGGTTGGAGAAAGTTCTTTGCAAGTTTTGATGGTTACAACACAGAGACTTCATCGCTAGGGCAACCCAGCTTCCACAAATTGGGGGAAAATGGTTTAAGAAGGAAGAGGTTTCATAGCAAAATGAATT
TTCAATTTTGAAGTTGTTCACTACGTTAATATGTTGCCAACAAATGTTGAAGTTTGCTTCAAGTTCGGATAATAGGATGCCAAATGTCAAAAGTTGGTTACTGTTTACCTTCAACATGGACGAGTTGTTTTTCAGAGATAAGATCGTAGTTATGAAAGTGATGATCACGTCTACCAGGTGCCTTCCTTTGAGGAGTTCGT
ATGCAACAAATGATGATAGGGATTTTTGTCTTTATTATGTAACAAGTTGTCGGGGATCAAATGTTTATTTTTAGAATGAGTTGTTACATAGAAAACTCAAAAGAGTTATTAGCCTTTGCTATATAAACCATGAAGACTTATTGTAAAACAGGATGGAGGTATGATAGAAGAAATTTTATATTGAAATAACACTTGACTGG
CTGTTTCGTTCCTCTTGGGATTTTTCTTACTGGAAGTTGACAAGCTTTTATCTAGG

>TRINITY_DN35252_c0_g1_i5 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GTTTGCTAGATGCATGAATTGGTTTTGACAGTGCGATGTCACACGTAAGAACAAGTCTAGGGTTTTCATGTGATTTTTCACAAAGACGAATAGGGTTTCATTATGCCTATTGAATCCTGCATACCTATTCCTTCGGTTTTTACGACGCCGTATCATTCTTGGTTGAAGAAGAAACCAGAGATAGGTGAAATGGCTCTGTT
GTGTCGAATTAAACCATCTGGTGATGAGCTACTGGAAGCAGATCCTGACGTTTCACTACAATTTGAGAAAATCGGTTGGAGAAAGTTCTTTGCAAGTTTTGATGGTTACAACACAGAGgtaacatgtcgattggcattatatttgaatgataatgtttcctagataggggatttaaccctgtttttgtcagaagACTTCA

TCGCTAGGGCAACCCAGCTTCCACAAATTGGGGGAAAATGGTTTAAGAAGGAAGAGGTTTCATAGCAAAATGAATTTTCAATTTTGAAGTTGTTCACTACGTTAATATGTTGCCAACAAATGTTGAAGTTTGCTTCAAGTTCGGATAATAGGATGCCAAATGTCAAAAGTTGGTTACTGTTTACCTTCAACATGGACGAG
TTGTTTTTCAGAGATAAGATCGTAGTTATGAAAGTGATGATCACGTCTACCAGGTGCCTTCCTTTGAGGAGTTCGTATGCAACAAATGATGATAGGGATTTTTGTCTTTATTATGTAACAAGTTGTCGGGGATCAAATGTTTATTTTTAGAATGAGTTGTTACATAGAAAACTCAAAAGAGTTATTAGCCTTTGCTATAT
AAACCATGAAGACTTATTGTAAAACAGGATGGAGGTATGATAGAAGAAATTTTATATTGAAATAACACTTGACTGGCTGTTTCGTTCCTCTTGGGATTTTTCTTACTGGAAGTTGACAAGCTTTTATCTAGG