sp|Q9LU46|RH35_ARATH ----> DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 35

Intron 1 GTGAGTCAAT ... TGCTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.69	11	2	15
A2	78.95	4	2	15
A3	64.71	6	2	11
A4	81.82	6	2	27
A5	57.14	6	1	8
A6	85.71	2	2	12
A7	70.45	13	3	31
A8	59.09	9	4	13
A9	70.21	14	10	33
A10	78.57	6	1	22

>TRINITY_DN39562_c3_g6_i5 from sample A9 / Example spliced isoform

ATTAAACCCATCTTCAAAATCAAATAGATGACAGGGTCGATTCCATGGAGGATGCGACAGCGTTTGCCACTTCGTCGCGCTCCGGCCTCCGATTAGAGCCGAACCTGAAAACAGAGTAATCTTCGCAGAATTTGAAATCCAGATCCGCCAGTCATTTGGTCGCATGCTGGCCCTAATGGCGTAGAGTTTGAAGGGATAGC
GCCCTCTGATCCGATTGCAGAACGGTTTTGTCCTCCAAATCTCTTCAAGTTCTGGTCAGATTCAAGTTTGCCATTTCAAATTACGGAGATAACATTTTTGCCAATAAAATGGAGGTGGAGGATGTTCGAACGGACGAAAATGGCGGTGTAAGTCCCTCAAACCCTAAAATCTCCAAAAGAAAATTTCACTTTGAAGCCGG
AACCAAAATGCAAGCCAACAATTCAGAGCTGAACGGTACTGGAAAAAAATCACACGGTTTAAACAGCTCGGACTTAAAAATTGAATGGAGAAAATCGCGAAAATCCTTCAGAAAACGCCGAAGAAGATGAAGATTACGTAGAGTATATCCCCGTCAAGAAGCGAAGAATGATGGAAGCTCAAAAAATTCTTCAGAGAAAG
GGCAAGGGCTCTCTGTCAGAAGATGCAGAACATGCCAAAGAAGCCGAGTCAAAACCTAGTTTGCTTGTAAAGGCTTCACAGTTGAAGAAAGATTTGCCTGAAATCAGTCCCATGGAGCAGCTTGTACAGCAGGAAAAGGATATGATCGAGCGGCTTTCAGACAGGAAGACGCTGATGTCTGTGAGGGAATTGGCCAAGGG
AATTCAGTATCACGAACCTATGGTGACCGGCTGGAAACCTCCCACAGCTATTCGCCATTTAAGCGAGAAGGAATGCGAGGCAATACGGAAGCAGTGGCATATTCTCGTCGAAGGAGGAGGTGTCTATGCCGATAATTCCCGGCGAAGGACCCTTCGGATTGGTGATTTGCCCCTCTCGCGAGCTTGCGAGGCAGACGTTC
GAGGTCGTGGAGAAGTTTGTGGGCGTGTTGCGGGAGCGGGGTTATCCGGACCTGCCGCCAATGCTTTGCATCGGTGTAAATGATATGAAATCTCAATTAGAAATTGTGAAGAAAGGTGTGCACATTGTGATAGCAACACCGGGTCGGTTGAAGGACATGCTGGCGAAGAAGAAGATGAACCTTGACGATTGCAGCGACCT
GTTTTACCAACTATTCTCCTGGAAGCTGCTGCTATAGATGGTAGTGGAGACGCTGGATATACTGGAGAAGCTGGATCTGGCTCTTTATATAGAACTGGATATGGAACTGGGTAACCCGGGTCTATAGGTTCTGCTTAGGTGCTGGATCTCGTGCTGTTGGTGGAACCGTGCTAAGGGAAGCGTAGGGGTATGGCTTTGGA
ACCGCGTATGCCACTGGTGCTACAGCTGCTGTTGGATCAGATACTATATACGATGCTGTTGCTGCTAGTTGGTAGGGGTGATTAAAGGCCAACTGATTCACAGAAAAAATGCTAATTCAACAATTCAGTGTGTAACTATAATTATGATATTTGGGTTGATATAGTGGGTGGTTTTATACATTCATTATTAATTTGGGTTG
ATATAGTGGGTTGTTTTATAGAGTCAATATTAATACTTATATTTACAATTATTGTGTGGTTATTGATGTGTTATTAATTTGGGTTGATATAGTGGGTTGTTTTATA

>TRINITY_DN39562_c3_g6_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATTAAACCCATCTTCAAAATCAAATAGATGACAGGGTCGATTCCATGGAGGATGCGACAGCGTTTGCCACTTCGTCGCGCTCCGGCCTCCGATTAGAGCCGAACCTGAAAACAGAGTAATCTTCGCAGAATTTGAAATCCAGATCCGCCAGTCATTTGGTCGCATGCTGGCCCTAATGGCGTAGAGTTTGAAGGGATAGC
GCCCTCTGATCCGATTGCAGAACGGTTTTGTCCTCCAAATCTCTTCAAGTTCTGGTCAGATTCAAGTTTGCCATTTCAAATTACGGAGATAACATTTTTGCCAATAAAATGGAGGTGGAGGATGTTCGAACGGACGAAAATGGCGGTGTAAGTCCCTCAAACCCTAAAATCTCCAAAAGAAAATTTCACTTTGAAGCCGG
AACCAAAATGCAAGCCAACAATTCAGAGCTGAACGGTACTGGAAAAAAATCACACGGTTTAAACAGCTCGGACTTAAAAATTGAATGGAGAAAATCGCGAAAATCCTTCAGAAAACGCCGAAGAAGATGAAGATTACGTAGAGTATATCCCCGTCAAGAAGCGAAGAATGATGGAAGCTCAAAAAATTCTTCAGAGAAAG
GGCAAGGGCTCTCTGTCAGAAGATGCAGAACATGCCAAAGAAGCCGAGTCAAAACCTAGTTTGCTTGTAAAGGCTTCACAGTTGAAGAAAGATTTGCCTGAAATCAGTCCCATGGAGCAGCTTGTACAGCAGGAAAAGGATATGATCGAGCGGCTTTCAGACAGGAAGACGCTGATGTCTGTGAGGGAATTGGCCAAGGG
AATTCAGTATCACGAACCTATGGTGACCGGCTGGAAACCTCCCACAGCTATTCGCCATTTAAGCGAGAAGGAATGCGAGGCAATACGGAAGCAGTGGCATATTCTCGTCGAAGgtgagtcaattcctcctcctattaagaattttaaggacatgaggctaccggagccgatattgaagaaactcaaagctaaaggaatcg
ttcagccgactcctatacaggtccagggacttcctgtggtgctttcagctagagacatgatcggtattgcctttactggttccagcaaaactctggtctttatccttcctttaattatgactgctttgcagGAGGAGGTGTCTATGCCGATAATTCCCGGCGAAGGACCCTTCGGATTGGTGATTTGCCCCTCTCGCGAG
CTTGCGAGGCAGACGTTCGAGGTCGTGGAGAAGTTTGTGGGCGTGTTGCGGGAGCGGGGTTATCCGGACCTGCCGCCAATGCTTTGCATCGGTGTAAATGATATGAAATCTCAATTAGAAATTGTGAAGAAAGGTGTGCACATTGTGATAGCAACACCGGGTCGGTTGAAGGACATGCTGGCGAAGAAGAAGATGAACCT
TGACGATTGCAGCGACCTGTTTTACCAACTATTCTCCTGGAAGCTGCTGCTATAGATGGTAGTGGAGACGCTGGATATACTGGAGAAGCTGGATCTGGCTCTTTATATAGAACTGGATATGGAACTGGGTAACCCGGGTCTATAGGTTCTGCTTAGGTGCTGGATCTCGTGCTGTTGGTGGAACCGTGCTAAGGGAAGCG
TAGGGGTATGGCTTTGGAACCGCGTATGCCACTGGTGCTACAGCTGCTGTTGGATCAGATACTATATACGATGCTGTTGCTGCTAGTTGGTAGGGGTGATTAAAGGCCAACTGATTCACAGAAAAAATGCTAATTCAACAATTCAGTGTGTAACTATAATTATGATATTTGGGTTGATATAGTGGGTGGTTTTATACATT
CATTATTAATTTGGGTTGATATAGTGGGTTGTTTTATAGAGTCAATATTAATACTTATATTTACAATTATTGTGTGGTTATTGATGTGTTATTAATTTGGGTTGATATAGTGGGTTGTTTTATA

Intron 2 GTAAGGAAAT ... GAAACTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	3	4	2
A2	42.86	6	4	5
A3	25.93	10	5	2
A4	100	0	2	0
A5	100	0	0	5
A6	45.45	3	2	3
A7	33.33	11	6	5
A8	42.86	10	11	4
A9	41.67	7	5	5
A10	45.71	19	21	11

>TRINITY_DN39562_c3_g6_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

TGAGTCAATTCCTCCTCCTATTAAGAATTTTAAGGACATGAGGCTACCGGAGCCGATATTGAAGAAACTCAAAGCTAAAGGAATCGTTCAGCCGACTCCTATACAGGTCCAGGGACTTCCTGTGGTGCTTTCAGCTAGAGACATGATCGGTATTGCCTTTACTGGTTCCAGCAAAACTCTGGTCTTTATCCTTCCTTTAA
TTATGACTGCTTTGCAGGAGGAGGTGTCTATGCCGATAATTCCCGGCGAAGGACCCTTCGGATTGGTGATTTGCCCCTCTCGCGAGCTTGCGAGGCAGACGTTCGAGGTCGTGGAGAAGTTTGTGGGCGTGTTGCGGGAGCGGGGTTATCCGGACCTGCCGCCAATGCTTTGCATCGGTGTAAATGATATGAAATCTCAA
TTAGAAATTGTGAAGAAAGGTGTGCACATTGTGATAGCAACACCGGGTCGGTTGAAGGACATGCTGGCGAAGAAGAAGATGAACCTTGACGATTGCAGTGTGGCAAAACTCGCCGGCATCGAGCTATCCAGTGATCGGCGGGTCAATCTGTAGCTCAGAAATTGGCTGAAAGAATAGCCTGAAATTGGATTTTTTCAAAA
AATACGACCTGTTTTACCAACTATTCTCCTGGAAGCTGCTGCTATAGATGGTAGTGGAGACGCTGGATATACTGGAGAAGCTGGATCTGGCTCTTTATATAGAACTGGATATGGAACTGGGTAACCCGGGTCTATAGGTTCTGCTTAGGTGCTGGATCTCGTGCTGTTGGTGGAACCGTGCTAAGGGAAGCGTAGGGGTA
TGGCTTTGGAACCGCGTATGCCACTGGTGCTACAGCTGCTGTTGGATCAGATACTATATACGATGCTGTTGCTGCTAGTTGGTAGGGGTGATTAAAGGCCAACTGATTCACAGAAAAAATGCTAATTCAACAATTCAGTGTGTAACTATAATTATGATATTTGGGTTGATATAGTGGGTGGTTTTATACATTCATTATTA
ATTTGGGTTGATATAGTGGGTTGTTTTATAGAGTCAATATTAATACTTATATTTACAATTATTGTGTGGTTATTGATGTGTTATTAATTTGGGTTGATATAGTGGGTTGTTTTATA

>TRINITY_DN39562_c3_g6_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGAGTCAATTCCTCCTCCTATTAAGAATTTTAAGGACATGAGGCTACCGGAGCCGATATTGAAGAAACTCAAAGCTAAAGGAATCGTTCAGCCGACTCCTATACAGGTCCAGGGACTTCCTGTGGTGCTTTCAGCTAGAGACATGATCGGTATTGCCTTTACTGGTTCCAGCAAAACTCTGGTCTTTATCCTTCCTTTAA
TTATGACTGCTTTGCAGGAGGAGGTGTCTATGCCGATAATTCCCGGCGAAGGACCCTTCGGATTGGTGATTTGCCCCTCTCGCGAGCTTGCGAGGCAGACGTTCGAGGTCGTGGAGAAGTTTGTGGGCGTGTTGCGGGAGCGGGGTTATCCGGACCTGCCGCCAATGCTTTGCATCGGTGTAAATGATATGAAATCTCAA
TTAGAAATTGTGAAGAAAGGTGTGCACATTGTGATAGCAACACCGGGTCGGTTGAAGGACATGCTGGCGAAGAAGAAGATGAACCTTGACGATTGCAGgtaaggaaattcagtttcaattcgaaatattttgtgaatctctgttatagagcgcagcaattgaatgcacagaaaagctctgaagtgttaaacttgaatcat
tgaaacttcagTGTGGCAAAACTCGCCGGCATCGAGCTATCCAGTGATCGGCGGGTCAATCTGTAGCTCAGAAATTGGCTGAAAGAATAGCCTGAAATTGGATTTTTTCAAAAAATACGACCTGTTTTACCAACTATTCTCCTGGAAGCTGCTGCTATAGATGGTAGTGGAGACGCTGGATATACTGGAGAAGCTGGATC
TGGCTCTTTATATAGAACTGGATATGGAACTGGGTAACCCGGGTCTATAGGTTCTGCTTAGGTGCTGGATCTCGTGCTGTTGGTGGAACCGTGCTAAGGGAAGCGTAGGGGTATGGCTTTGGAACCGCGTATGCCACTGGTGCTACAGCTGCTGTTGGATCAGATACTATATACGATGCTGTTGCTGCTAGTTGGTAGGG
GTGATTAAAGGCCAACTGATTCACAGAAAAAATGCTAATTCAACAATTCAGTGTGTAACTATAATTATGATATTTGGGTTGATATAGTGGGTGGTTTTATACATTCATTATTAATTTGGGTTGATATAGTGGGTTGTTTTATAGAGTCAATATTAATACTTATATTTACAATTATTGTGTGGTTATTGATGTGTTATTAA
TTTGGGTTGATATAGTGGGTTGTTTTATA