sp|Q9ZVJ4|CYP22_ARATH ----> Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP22

Intron 1 GTTACATTCT ... GTTGTTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.77	47.5	0	16
A2	34.03	42	3	21
A3	30	49	0	21
A4	22.86	22	0	6
A5	31.37	28.5	0	13
A6	29.69	338	0	142
A7	32.2	305.5	0	144
A8	34.25	263.5	0	137
A9	30.93	283	4	126
A10	28.38	233.5	0	92

>TRINITY_DN40140_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

TAACAGTTGAACCCCAAAACGCCCTCCAATTTAGTAATAAAACGTCAGCAGATGCTGTGGTCCTCACACCGCTGCCAACCGCACCGGGGAGAATATAAACCAGTGACCAGTTAAGAATATTTAACCCGCCGAAACCGTGAAAGTAACCCCAAACAGCGTGACGCATTCAACGGTTTCCAAAATAACTCATTTTAGTGTTT
TGTAACGGCATTCCAGCAGCTATTTCAGATGGCCGCAGTGAAGTTCTTCAATCCACGCCCGTAGAAAACCTGCAGAAACCCTCGCCTGTAGAAACCCTCCCATCGCTCGCTCCTCATTTCTTTGATAGAAAGAAATGATCATGTCTATAAATACCTTGTGAGAACACTTCTATATATTTCCGTCTTGTTTCTAGTTTCTG
CAAGTTAGAGCGAGCAAGAGTATACTATCCCAGAGAGTAGGATTCATCTAAATATGGCAAGTGGAGCAGCGGCAGGGGTGGTAGAATGGCACCAGAAGCCTCCAAACCCAAAGAATCCTGTCGTCTTTTTCGATGTAACGATAGGCACCATTCCAGCAGGACGAATTAAGATGGAGCTCTTCGCCGATATTGTTCCCAGG
ACAGCTGAAAACTTTCGGCAGTTCTGCACAGGGGAATACAGGAAAGCAGGCATTCCTATTGGCTATAAAGGCTGCCATTTTCACAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAAGCTGGTGATTTTGTGAAGGGAGATGGAAGTGGATGCATCTCTATCTATGGTAGCAAGTTTGAAGATGAAAACTTCATAGCTAAACATAC
AGGTCCTGGTCTCCTCTCTATGGCAAATAGTGGACCTAATACTAATGGATCCCAGTTTTTTTTAACTTGTGCAAAATGTGATTGGCTGGACAATAAGCATGTGGTTTTTGGGAGAGTGCTAGGAGAAGGACTTTTGGTTTTGAGGAAAATTGAAAATGTCCAGACTGGGCCCAATAATCGACCCAAGCTACCTTGTGTTA
TTGCTGAGTGTGGTGAAATGTAACAATCATTTGCCTGCCGATATTATGTCATGGGATGATTGCTCATGAATGTTAATTTGACAAGCCTGAGTTTTATCTATTTTTAGTTCCCGCAGTCAATGAAATGAGTAGACCATTGCTTACATATATATGGGTCTATTATTAGCAGAGCCATGATTGTTTATGGACATAAACAATGG
TAATGCATTAGCTTGAATGTGTTCAAGCTCTCCTGTTTATTTTAATGGTATTGTGGACTTATCTAAATCAGTAAATCAGTCCTTTGTTGCTTGGGTTTACCAAATTTGGTGTAGAACATAATTATCTATCGAGTCCAGTGATATGGGTCTATTACTAGTAGATTGAATTCTTTATAGGCAAAAACAACGGTAATGCATTA
GCTTGAATGTGTTCAAGCTCTCCTGCTTGTTTTAATTACATTTTGGACTTTTCTAAATCAGTAGACCAGTCCTTTGTTGCTGTAATTACCAAATTTGGTGTAGAACATAATTACCTATACATTCCATTGATATTAAACCCC

>TRINITY_DN40140_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TCAAGCTGGTGATTTTGTGAAGgttacattcttctatatcacttgggatgacatatctatgtaatatttagtaataaatccttcaagaaaaaaagtcttacttgtttcttaaatagaccaggaagatgaagcatgatagttactttgttagatcattcgatgttattttgggcaaatcaaatcagcagcatcctcattaa
tattgtttaattcctgttcgttcttgttgtatgatattattgttcgatagatgttttttgttgttttagGGAGATGGAAGTGGATGCATCTCTATCTATGGTAGCAAGTTTGAAGATGAAAACTTCATAGCTAAACATACAGGTCCTGGTCTCCTCTCTATGGCAAATAGTGGACCTAATACTAATGGATCCCAGTTTTT
TTTTAACTTGTGCAAAATGTGATTGGCTGGACAATAAGCATGTGGTTTTTGGGACTTGATGGACTTCCACTTTTATTGGTCAGAGAGTGCTAGGAGAAGGACTTTTGGTTTTGAGGAAAATTGAAAATGTCCAGACTGGGCCCAATAATCGACCCAAGCTACCTTGTGTTATTGCTGAGTGTGGTGAAATGTAACAATCA
TTTGCCTGCCGATATTATGTCATGGGATGATTGCTCATGAATGTTAATTTGACAAGCCTGAGTTTTATCTATTTTTAGTTCCCGCAGTCAATGAAATGAGTAGACCATTGCTTACATATATATGGGTCTATTATTAGCAGAGCCATGATTGTTTATGGACATAAACAATGGTAATGCATTAGCTTGAATGTGTTCAAGCT
CTCCTGTTTATTTTAATGGTATTGTGGACTTATCTAAATCAGTAAATCAGTCCTTTGTTGCTTGGGTTTACCAAATTTGGTGTAGAACATAATTATCTATCGAGTCCAGTGATATGGGTCTATTACTAGTAGATTGAATTCTTTATAGGCAAAAACAACGGTAATGCATTAGCTTGAATGTGTTCAAGCTCTCCTGCTTG
TTTTAATTACATTTTGGACTTTTCTAAATCAGTAGACCAGTCCTTTGTTGCTGTAATTACCAAATTTGGTGTAGAACATAATTACCTATACATTCCATTGATATTAAACCCC

Intron 2 GTGAGTTTCC ... AACATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	12.5	14	0	2
A2	5.56	17	1	1
A3	16.67	10	0	2
A4	50	2	0	2
A5	0	3	0	0
A6	1.94	101	0	2
A7	10.68	92	1	11
A8	11.9	74	2	10
A9	5.49	86	3	5
A10	8.57	32	1	3

>TRINITY_DN40140_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

TCAAGCTGGTGATTTTGTGAAGGTTACATTCTTCTATATCACTTGGGATGACATATCTATGTAATATTTAGTAATAAATCCTTCAAGAAAAAAAGTCTTACTTGTTTCTTAAATAGACCAGGAAGATGAAGCATGATAGTTACTTTGTTAGATCATTCGATGTTATTTTGGGCAAATCAAATCAGCAGCATCCTCATTAA
TATTGTTTAATTCCTGTTCGTTCTTGTTGTATGATATTATTGTTCGATAGATGTTTTTTGTTGTTTTAGGGAGATGGAAGTGGATGCATCTCTATCTATGGTAGCAAGTTTGAAGATGAAAACTTCATAGCTAAACATACAGGTCCTGGTCTCCTCTCTATGGCAAATAGTGGACCTAATACTAATGGATCCCAGTTTTT
TTTTAACTTGTGCAAAATGTGATTGGCTGGACAATAAGCATGTGGTTTTTGGGACTTGATGGACTTCCACTTTTATTGGTCAGAGAGTGCTAGGAGAAGGACTTTTGGTTTTGAGGAAAATTGAAAATGTCCAGACTGGGCCCAATAATCGACCCAAGCTACCTTGTGTTATTGCTGAGTGTGGTGAAATGTAACAATCA
TTTGCCTGCCGATATTATGTCATGGGATGATTGCTCATGAATGTTAATTTGACAAGCCTGAGTTTTATCTATTTTTAGTTCCCGCAGTCAATGAAATGAGTAGACCATTGCTTACATATATATGGGTCTATTATTAGCAGAGCCATGATTGTTTATGGACATAAACAATGGTAATGCATTAGCTTGAATGTGTTCAAGCT
CTCCTGTTTATTTTAATGGTATTGTGGACTTATCTAAATCAGTAAATCAGTCCTTTGTTGCTTGGGTTTACCAAATTTGGTGTAGAACATAATTATCTATCGAGTCCAGTGATATGGGTCTATTACTAGTAGATTGAATTCTTTATAGGCAAAAACAACGGTAATGCATTAGCTTGAATGTGTTCAAGCTCTCCTGCTTG
TTTTAATTACATTTTGGACTTTTCTAAATCAGTAGACCAGTCCTTTGTTGCTGTAATTACCAAATTTGGTGTAGAACATAATTACCTATACATTCCATTGATATTAAACCCC

>TRINITY_DN40140_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

ACAATAAGCATGTGGTTTTTGGGgtgagtttcccaattggtgttcttctcaaacaggttctgaaactttgtttaacaattacagaagagtttccttggatctttttgtaattttctgctatatatctttgttctttctatacttgtatttcaacattgcagACTTGATGGACTTCCACTTTTATTGGTCAGAGAGTGCTA
GGAGAAGGACTTTTGGTTTTGAGGAAAATTGAAAATGTCCAGACTGGGCCCAATAATCGACCCAAGCTACCTTGTGTTATTGCTGAGTGTGGTGAAATGTAACAATCATTTGCCTGCCGATATTATGTCATGGGATGATTGCTCATGAATGTTAATTTGACAAGCCTGAGTTTTATCTATTTTTAGTTCCCGCAGTCAAT
GAAATGAGTAGACCATTGCTTACATATATATGGGTCTATTATTAGCAGAGCCATGATTGTTTATGGACATAAACAATGGTAATGCATTAGCTTGAATGTGTTCAAGCTCTCCTGTTTATTTTAATGGTATTGTGGACTTATCTAAATCAGTAAATCAGTCCTTTGTTGCTTGGGTTTACCAAATTTGGTGTAGAACATAA
TTATCTATCGAGTCCAGTGATATGGGTCTATTACTAGTAGATTGAATTCTTTATAGGCAAAAACAACGGTAATGCATTAGCTTGAATGTGTTCAAGCTCTCCTGCTTGTTTTAATTACATTTTGGACTTTTCTAAATCAGTAGACCAGTCCTTTGTTGCTGTAATTACCAAATTTGGTGTAGAACATAATTACCTATACA
TTCCATTGATATTAAACCCC

Intron 3 GTGAGTTTCC ... TATTGGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	12.08	34.5	5	10
A2	13.11	59.8	9.5	11
A3	9.17	38	4	8
A4	2.71	17.8	0.5	4.5
A5	6.98	18.8	1.5	5
A6	10.42	336.5	41.5	61
A7	11.47	288.3	39.5	54
A8	9.36	304.3	33	65
A9	12.22	273.3	40	46.5
A10	8.66	185	18.5	28

>TRINITY_DN40140_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

TAACAGTTGAACCCCAAAACGCCCTCCAATTTAGTAATAAAACGTCAGCAGATGCTGTGGTCCTCACACCGCTGCCAACCGCACCGGGGAGAATATAAACCAGTGACCAGTTAAGAATATTTAACCCGCCGAAACCGTGAAAGTAACCCCAAACAGCGTGACGCATTCAACGGTTTCCAAAATAACTCATTTTAGTGTTT
TGTAACGGCATTCCAGCAGCTATTTCAGATGGCCGCAGTGAAGTTCTTCAATCCACGCCCGTAGAAAACCTGCAGAAACCCTCGCCTGTAGAAACCCTCCCATCGCTCGCTCCTCATTTCTTTGATAGAAAGAAATGATCATGTCTATAAATACCTTGTGAGAACACTTCTATATATTTCCGTCTTGTTTCTAGTTTCTG
CAAGTTAGAGCGAGCAAGAGTATACTATCCCAGAGAGTAGGATTCATCTAAATATGGCAAGTGGAGCAGCGGCAGGGGTGGTAGAATGGCACCAGAAGCCTCCAAACCCAAAGAATCCTGTCGTCTTTTTCGATGTAACGATAGGCACCATTCCAGCAGGACGAATTAAGATGGAGCTCTTCGCCGATATTGTTCCCAGG
ACAGCTGAAAACTTTCGGCAGTTCTGCACAGGGGAATACAGGAAAGCAGGCATTCCTATTGGCTATAAAGGCTGCCATTTTCACAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAAGCTGGTGATTTTGTGAAGGGAGATGGAAGTGGATGCATCTCTATCTATGGTAGCAAGTTTGAAGATGAAAACTTCATAGCTAAACATAC
AGGTCCTGGTCTCCTCTCTATGGCAAATAGTGGACCTAATACTAATGGATCCCAGTTTTTTTTAACTTGTGCAAAATGTGATTGGCTGGACAATAAGCATGTGGTTTTTGGGAGAGTGCTAGGAGAAGGACTTTTGGTTTTGAGGAAAATTGAAAATGTCCAGACTGGGCCCAATAATCGACCCAAGCTACCTTGTGTTA
TTGCTGAGTGTGGTGAAATGTAACAATCATTTGCCTGCCGATATTATGTCATGGGATGATTGCTCATGAATGTTAATTTGACAAGCCTGAGTTTTATCTATTTTTAGTTCCCGCAGTCAATGAAATGAGTAGACCATTGCTTACATATATATGGGTCTATTATTAGCAGAGCCATGATTGTTTATGGACATAAACAATGG
TAATGCATTAGCTTGAATGTGTTCAAGCTCTCCTGTTTATTTTAATGGTATTGTGGACTTATCTAAATCAGTAAATCAGTCCTTTGTTGCTTGGGTTTACCAAATTTGGTGTAGAACATAATTATCTATCGAGTCCAGTGATATGGGTCTATTACTAGTAGATTGAATTCTTTATAGGCAAAAACAACGGTAATGCATTA
GCTTGAATGTGTTCAAGCTCTCCTGCTTGTTTTAATTACATTTTGGACTTTTCTAAATCAGTAGACCAGTCCTTTGTTGCTGTAATTACCAAATTTGGTGTAGAACATAATTACCTATACATTCCATTGATATTAAACCCC

>TRINITY_DN40140_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

ACAATAAGCATGTGGTTTTTGGGgtgagtttcccaattggtgttcttctcaaacaggttctgaaactttgtttaacaattacagaagagtttccttggatctttttgtaattttctgctatatatctttgttctttctatacttgtatttcaacattgcagacttgatggacttccacttttattggtcagAGAGTGCTA
GGAGAAGGACTTTTGGTTTTGAGGAAAATTGAAAATGTCCAGACTGGGCCCAATAATCGACCCAAGCTACCTTGTGTTATTGCTGAGTGTGGTGAAATGTAACAATCATTTGCCTGCCGATATTATGTCATGGGATGATTGCTCATGAATGTTAATTTGACAAGCCTGAGTTTTATCTATTTTTAGTTCCCGCAGTCAAT
GAAATGAGTAGACCATTGCTTACATATATATGGGTCTATTATTAGCAGAGCCATGATTGTTTATGGACATAAACAATGGTAATGCATTAGCTTGAATGTGTTCAAGCTCTCCTGTTTATTTTAATGGTATTGTGGACTTATCTAAATCAGTAAATCAGTCCTTTGTTGCTTGGGTTTACCAAATTTGGTGTAGAACATAA
TTATCTATCGAGTCCAGTGATATGGGTCTATTACTAGTAGATTGAATTCTTTATAGGCAAAAACAACGGTAATGCATTAGCTTGAATGTGTTCAAGCTCTCCTGCTTGTTTTAATTACATTTTGGACTTTTCTAAATCAGTAGACCAGTCCTTTGTTGCTGTAATTACCAAATTTGGTGTAGAACATAATTACCTATACA
TTCCATTGATATTAAACCCC