NA ----> NA

Intron 1 GTAAGATTCC ... TTGTTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	81.82	1	6	3
A2	33.33	7	3	4
A3	77.78	1	4	3
A4	70	3	8	6
A5	83.33	1	5	5
A6	82.61	8	42	34
A7	92.45	2	27	22
A8	95.56	1	22	21
A9	83.87	5	30	22
A10	95.24	1	24	16

>TRINITY_DN60127_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

GTGGTGGTTCTGTTCATAACCCATTCTGGTATACTCCATTGTTGAAATGCAAGCATGTCTCCTTAATGGTTGCCCAAAATTGTGATTGATGACCTCGTTTAATGGTTGATTCTCATTATTGGTTGTTTTGGCAGTTTGGAGGCGAAATGCAGTTCCCTCGCTTGGTGAGGGGTGGTTTGGTGGCCAAAACGATGAGAAAT
CTGTCTAGGTCGTTTTCATGGATACTTCAAGTTGTGGCTTTAGTTTCCATGTGTTTGCTCTCATGGGTTTTTCTAATGGGCTTGGAAAACCTGGAAAACCTCCTGCTATCTACTAATGGAC

>TRINITY_DN60127_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GTGGTGGTTCTGTTCATAACCCATTCTGGTATACTCCATTGTTGAAATGCAAGCATGTCTCCTTAATGGTTGCCCAAAATTGTGATTGATGACCTCGTTTAATGGTTGATTCTCATTATTGGTTGTTTTGGCAGTTTGGAGGCGAAATGCAGTTCCCTCGCTTGGTGAGGGGTGGTTTGGTGGCCAAAACGATGAGAAAT
CTGgtaagattccaatcctaccgacttttactgttcttcaacacatcaatactcgctgtggaaatttgactcattttttggcatagtgggttgtttcgatggagatttttgttaaggtttagttttctcgtgttttctctaatgggtttcttctagcgtgttcggaaaacctcatgcattgtgctaattgacaaagtata
ttgtcgttgcaaagtaatggtcattggatatgaagaaaaacaattaaggttttttgtttgtagTCTAGGTCGTTTTCATGGATACTTCAAGTTGTGGCTTTAGTTTCCATGTGTTTGCTCTCATGGGTTTTTCTAATGGGCTTGGAAAACCTGGAAAACCTCCTGCTATCTACTAATGGAC

Intron 2 GTAAGATTCC ... TGTAGTCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	86.74	0.8	6.5	3
A2	60	3	3	4
A3	77.09	1	3.8	3
A4	89.46	0.8	6.3	6
A5	83.33	1	5	5
A6	69.34	17.8	42	38
A7	76.6	7.8	28	22
A8	83.89	4.3	22.8	21
A9	69.89	13	35	22.5
A10	80.48	5.3	26	17

>TRINITY_DN36990_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

CTCTTCTTGCAATGGTTGTGCATGTGGGTGTTGTGGGTGGTGGTGACCCAAGTCATTTGTCGTGTTTGCTTGGTGGTGCTACAATCCCTATTGATGTGTGGGTTGTTAAATTCGTTCGACGTGGTGGTTCTTAGCGATGGCTCAATGGTTTCTCAAAGTCGTTGTGGTGGCTCTTGGCATTAGCTCAATGGTTTCTCGAC
ATCATTGTGGTGGTTCTTAACATTGGCTCATTGGTTGCTTGGCATCAGTGTGGTGGTTCTGTTCATAACCCATTCTGTTTGGAGGCGAAATGCAGTTCCCTCGCTTGGTGAGGGGTGGTTTGGTGGCCAAAACGATGAGAAATCTGGTCGTTTTCATGGATACTTCAAGTTGTGGCTTTAGTTTCCATGTGTTTGCTCTC
ATGGGTTTTTCTAATGGGCTTGGAAAACCTGGAAAACCTCCTGCTATCTACTAATGGACAGGGCATGTTGTCCTTTACAAAAATACGAATTAAAGTTTTTCTTTGTTAGTGGCTTCAATGTTCATGTATTTGTTGACATGGAATTCTTAGACCTTGCACACTACGCCGTAATTTTTTGTAAGTTCTACCAATTGACTTGT
AATATCCATGGTTTCTGCTGGAGTTGGTCTTTCTTCATCTTTAAATTGTATGTAAATATATATTGCTTTTTATGTTGCTAAAACCCTAGCTGTATCAGAAGGACTAATACTTGGACTATAATTATAACCTCCTTTCCGTGAAAACTATGTTACCTGTATCCATTAGTGGTTAGCTTGGGAATTGTTGGGTTGAGTACTGT
GGCTTATAGGGCAGCCGGTAAACACTCTTTTTGTAGGGTTAGAGATATAGTTTGTAGGTTTAGGGATATTTGCTGAAGCCGGACAATAGTATAGGCCTCATGTTGACTCATGTTGTCTAGGCATGTACTGCCTTGCTTGGACCTTACATCTCTGTAACTGGGTCTCTAATATGCCAATTTCGGCTTTTATATGGGCG

>TRINITY_DN36990_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CTCTTCTTGCAATGGTTGTGCATGTGGGTGTTGTGGGTGGTGGTGACCCAAGTCATTTGTCGTGTTTGCTTGGTGGTGCTACAATCCCTATTGATGTGTGGGTTGTTAAATTCGTTCGACGTGGTGGTTCTTAGCGATGGCTCAATGGTTTCTCAAAGTCGTTGTGGTGGCTCTTGGCATTAGCTCAATGGTTTCTCGAC
ATCATTGTGGTGGTTCTTAACATTGGCTCATTGGTTGCTTGGCATCAGTGTGGTGGTTCTGTTCATAACCCATTCTGTTTGGAGGCGAAATGCAGTTCCCTCGCTTGGTGAGGGGTGGTTTGGTGGCCAAAACGATGAGAAATCTGgtaagattccaatcctaccgacttttactgttcttcaacacatcaatactcgct
gtggaaatttgactcattttttggcatagtgggttgtttcgatggagatttttgttaaggtttagttttctcgtgttttctctaatgggtttcttctagcgtgttcggaaaacctcatgcattgtgctaattgacaaagtatattgtcgttgcaaagtaatggtcattggatatgaagaaaaacaattaaggttttttgt
ttgtagtctagGTCGTTTTCATGGATACTTCAAGTTGTGGCTTTAGTTTCCATGTGTTTGCTCTCATGGGTTTTTCTAATGGGCTTGGAAAACCTGGAAAACCTCCTGCTATCTACTAATGGACAGGGCATGTTGTCCTTTACAAAAATACGAATTAAAGTTTTTCTTTGTTAGTGGCTTCAATGTTCATGTATTTGTTG
ACATGGAATTCTTAGACCTTGCACACTACGCCGTAATTTTTTGTAAGTTCTACCAATTGACTTGTAATATCCATGGTTTCTGCTGGAGTTGGTCTTTCTTCATCTTTAAATTGTATGTAAATATATATTGCTTTTTATGTTGCTAAAACCCTAGCTGTATCAGAAGGACTAATACTTGGACTATAATTATAACCTCCTTT
CCGTGAAAACTATGTTACCTGTATCCATTAGTGGTTAGCTTGGGAATTGTTGGGTTGAGTACTGTGGCTTATAGGGCAGCCGGTAAACACTCTTTTTGTAGGGTTAGAGATATAGTTTGTAGGTTTAGGGATATTTGCTGAAGCCGGACAATAGTATAGGCCTCATGTTGACTCATGTTGTCTAGGCATGTACTGCCTTG
CTTGGACCTTACATCTCTGTAACTGGGTCTCTAATATGCCAATTTCGGCTTTTATATGGGCG