NA ----> NA

Intron 1 GTCAGAGTAT ... AAATTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	41.82	16	6	17
A2	30.56	25	12	10
A3	27.47	33	23	2
A4	23.64	21	7	6
A5	26.53	18	7	6
A6	23.5	197	69	52
A7	21.55	142	44	34
A8	17.01	100	17	24
A9	21.5	168	51	41
A10	20	102	29	22

>TRINITY_DN43296_c0_g1_i6 from sample A6 / Example spliced isoform

CCGGTTCCTCTACGATTGAAAAAACCAAAAACCTCTGGATAATACCTTACCTTTATCCTTTACTTAATACCTTTATCCTTTACTTAATAATCACTGGACAAAGAAAGAAAAAGAAGACATTTTGATTTTTGATGGCCAAGTTGAGAGTGATGAATATATCTTCTTACTTTCTAAGCATTCTTGATCTTACTTGGCGCGTA
GGCAACAGACATTGAATAGGTCAGTTGTTGTGTTGGGGCATCATTTGGAGAAGTCAATATGAATTTACGGACAAACACGTGCTCAAACCACAGTATTTCTCCTTGTCTCAGATCGAGGCACCATCATGTGGATCCTTAAGGGATTGCATAGATGGGGTCATGCCATATTCCAACAAGAATTCATAGCAGTGGAAGGGTCT
GGCCTTTTTGGGATGATGACTCTAATGTATTAAACTCAACTCTGACCGAAGGGAACACTGTCTCCACAAACGAATCGTTTCAGAAAGGTTGATTTCTCTATAGCGAGTTCTATTGGGAAGGAATTGTGCTTCAATTGCATGGGATATTAAAAAACATTAGTCTGTGAAGGGTTTCTTCAATTTTATTATCTGGTGAAACT
GCTCTTCTGGAAGTAAAATGGTTTTCAACACCCCTGCAATAGTATCGGTCGCAACGTGGTCTGCAAGTGCATGCCAGTTGCTATCATGTAATCCAGAGCGTCTTAGCAGTGACCATGTATTAAGTCTTATCTGCTGTCTTCCGTACAGACAGCTCGGAAGACTTGTTGTTTGTGTGTGGTCCTTTTTCTGCGTTTGGCAT
CCGGAGTTCTTTCTGGATTCCGATGATGATTATTCAGACTCGGATTCAGAATCTTACCACAATGATTCCCATTCTGACTGATGTTGCGGAAATGGGTTTTTGCCTTCTTGGCAGTTTTCATAGATGTTGCAGATAGGCTTTACGTGTGAGTTGTAGATCACTTTCTTGTAACATCGCTCAAAGGTTAGAGCTGCTTGTTT
GTTAAAAAAATTGATGGGATCTGTGTCATTCCCTTTATGCGGGGAAGCGATGCTACCTTAATAAGCTAAAGCTTTCTAGATGTATTTCATAACAGGTTTTAGTGAAAAATAATGGTGGGATCACTGTTAGAGTTTCTCTGTGAAAAATATAGGATGCATGTTAAGCATACTAAATTATTCTCTTGATTGTGGGTTCAACC
TGTTTGGATAACCAACTCAGGAAATTGTGTCTATATTAATTGTACCCTGCTACTGGATTCATTTTATGCTCGTTGTCTTCTTTGCTGCTTGCAATTATCTAAGAATATTATGGCTATTTGGCAGATCAACAAGAAGAAATGCCACAGCCTAAGCACACATGAGTTTTAGTTATCCAGTCATAAAAAG

>TRINITY_DN43296_c0_g1_i10 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CCGGTTCCTCTACGATTGAAAAAACCAAAAACCTCTGGATAATACCTTACCTTTATCCTTTACTTAATACCTTTATCCTTTACTTAATAATCACTGGACAAAGAAAGAAAAAGAAGACATTTTGATTTTTGATGGCCAAGTTGAGAGTGATGAATATATCTTCTTACTTTCTAAGCATTCTTGATCTTACTTGGCGCGTA
GGCAACAGACATTGAATAGGTCAGTTGTTGTGTTGGGGCATCATTTGGAGAAGTCAATATGAATTTACGGACAAACACGTGCTCAAACCACAGTATTTCTCCTTGTCTCAGATCGAGGCACCATCATGTGGATCCTTAAGGGATTGCATAGATGGGGTCATGCCATATTCCAACAAGAATTCATAGCAGTGGAAGGGTCT
GGCCTTTTTGGGATGATGACTCTAATGTATTAAACTCAACTCTGACCGAAGGGAACACTGTCTCCACAAACGAATCGTTTCAGgtcagagtatatttctttcgtttcaggtcagagtatatttcttttcctttccagataaggaatgacatagatcttcagcataaataggttagttagtataatgtgctcaattccatt
ttaaacaaaggtttgattttccgaagccgaaacattgatttcatgaagtgggctcaatccagatttactgtaatttctaaaactgtttcgatcaaaatttgcagAAAGGTTGATTTCTCTATAGCGAGTTCTATTGGGAAGGAATTGTGCTTCAATTGCATGGGATATTAAAAAACATTAGTCTGTGAAGGGTTTCTTCA
ATTTTATTATCTAGTGAAACTGCTCTTCTGGAG

Intron 2 GTCAGAGTAT ... AAATTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	54.32	11	12	14
A2	57.14	20.7	26.3	7
A3	44.33	29	22.7	1.3
A4	42.22	15.3	8.7	6
A5	53.66	14.7	15.3	3.7
A6	43.41	152	104	40.3
A7	32.92	117.7	53	28.7
A8	30.69	74.3	25	16.3
A9	38.5	128.7	67.7	27.7
A10	34.18	77.3	33	15.7

>TRINITY_DN114045_c0_g2_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

CGTAGGCAACAGACATTGAATAGGTCAGTTGTTGTGATGGGGCATCATTTGGAGAAGTCAATATGAATTTACGGACAAACACGTGCTCAAACCACAGTATTTCTCCTTGTCTCAGATCGAGGCACCATCATGTGGATCCTTAAGGGATTGCATAGATGGGGTCATGCCATATTCCAACAAGAATTCATAGCAGTGGAAGG
GTCTGGCCTTTTTGGGATGATGACTCTAATGTATTAAACTCAACTCTGACCGAAGGGAACACTGTCTCCACAAACGAATCGTTTCAGAAAGATTGATTTCTCTATAGCTAGTTCTATTGGGAAGGAATTGTGCTTCAATTGCATGGGATATTAAAAAACATTAGTCTGTGAAGGGTTTCTTCAGTTTTATTATCTGGTGA
AACTGCTCTTCTGGAAGTAAAATGGTTTTCAACACCCCTACAATAGTATCGGTCGCAACGTGGTCTGCAAGTGCATGCCAGTTGCTATCATGTAATCCAGAGCGTCTTAGCAGTGACCATGTATTAAGTCTTATCTGCTGTCTTCCGTACAGACAGCTCGGAAGACTTGTTGTTTGTGTGTGGTCCTTTTTCTGCGTTTG
GCATCCGGAGTTCTTTCTGGATTCCGATGATGATTATTCAGACTCGGATTCAGAATCTTACCACAATGATTCCCATTCTGACTGATGTTGCGGAAATGGGTTTTTGCCTTCTTGGCAGTTTTCATAGATGTTGCAGATAGGCTTTACGTGTGAGTTGTAGATCACTTTCTTGTAACATCGCTCAAAGGTTAGAGCTGCTT
GTTTGTTAAAAAAATTGATGGGATCTGTGTCATTCCCTTTATGCGGGGAAGCGATGCTACCTTAATAAGCTAAAGCTTTCTAGATGTATTTCATAACAGGTTTTAGTGAAAAATAATGGTGGGATCACTGTTAGAGTTTCTCTGTGAAAAATATAGGATGCATGTTAAGCATACTAAATTATTCTCTTGATTGTGGGTTC
AACCTGTTTGGATAACCAACTCAGGAAATTGTGTCTATATTAATTGTACCCTGCTACTGGATTCATTTTATGCTCGTTGTCTTCTTTGCTGCTTGCAATTATCTAAGAATATTATGGCTATTTGGCAGATCAACAAGAAGAAATGCCACAGCCTAAGCACACATGAGTTTTAGTTAT

>TRINITY_DN114045_c0_g2_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CGTAGGCAACAGACATTGAATAGGTCAGTTGTTGTGATGGGGCATCATTTGGAGAAGTCAATATGAATTTACGGACAAACACGTGCTCAAACCACAGTATTTCTCCTTGTCTCAGATCGAGGCACCATCATGTGGATCCTTAAGGGATTGCATAGATGGGGTCATGCCATATTCCAACAAGAATTCATAGCAGTGGAAGG
GTCTGGCCTTTTTGGGATGATGACTCTAATGTATTAAACTCAACTCTGACCGAAGGGAACACTGTCTCCACAAACGAATCGTTTCAGgtcagagtatatttctttgcctttccagataaggaatgacatagatcttcagcataaataggttagttagtataatgtgctcaattccattttaaacaaaggtttgattttcc
gaagccgaaacattgatttcatgaagtgggctcgatccagatttactgtaatttctaaaactgtttcgatcaaaatttgcagAAAGATTGATTTCTCTATAGCTAGTTCTATTGGGAAGGAATTGTGCTTCAATTGCATGGGATATTAAAAAACATTAGTCTGTGAAGGGTTTCTTCAGTTTTATTATCTGGTGAAACTG
CTCTTCTGGAAGTAAAATGGTTTTCAACACCCCTACAATAGTATCGGTCGCAACGTGGTCTGCAAGTGCATGCCAGTTGCTATCATGTAATCCAGAGCGTCTTAGCAGTGACCATGTATTAAGTCTTATCTGCTGTCTTCCGTACAGACAGCTCGGAAGACTTGTTGTTTGTGTGTGGTCCTTTTTCTGCGTTTGGCATC
CGGAGTTCTTTCTGGATTCCGATGATGATTATTCAGACTCGGATTCAGAATCTTACCACAATGATTCCCATTCTGACTGATGTTGCGGAAATGGGTTTTTGCCTTCTTGGCAGTTTTCATAGATGTTGCAGATAGGCTTTACGTGTGAGTTGTAGATCACTTTCTTGTAACATCGCTCAAAGGTTAGAGCTGCTTGTTTG
TTAAAAAAATTGATGGGATCTGTGTCATTCCCTTTATGCGGGGAAGCGATGCTACCTTAATAAGCTAAAGCTTTCTAGATGTATTTCATAACAGGTTTTAGTGAAAAATAATGGTGGGATCACTGTTAGAGTTTCTCTGTGAAAAATATAGGATGCATGTTAAGCATACTAAATTATTCTCTTGATTGTGGGTTCAACCT
GTTTGGATAACCAACTCAGGAAATTGTGTCTATATTAATTGTACCCTGCTACTGGATTCATTTTATGCTCGTTGTCTTCTTTGCTGCTTGCAATTATCTAAGAATATTATGGCTATTTGGCAGATCAACAAGAAGAAATGCCACAGCCTAAGCACACATGAGTTTTAGTTAT