sp|O82239|RFI2_ARATH ----> E3 ubiquitin-protein ligase RFI2
Intron 1 GTCTGATCTT ... ACTCTTTAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 40.91 | 13 | 8 | 10 |
| A2 | 36.26 | 29 | 13 | 20 |
| A3 | 50 | 4 | 3 | 5 |
| A4 | 48.39 | 8 | 6 | 9 |
| A5 | 33.33 | 20 | 4 | 16 |
| A6 | 32 | 34 | 13 | 19 |
| A7 | 36.62 | 45 | 19 | 33 |
| A8 | 50.77 | 16 | 13 | 20 |
| A9 | 26.79 | 41 | 8 | 22 |
| A10 | 35.85 | 34 | 17 | 21 |
>TRINITY_DN45746_c5_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoformTGAGGCAGTCACAGACAAGGGTGACAGGTCAATTGCCAAGCTCAAGTGTAGCCACCAGTTTCATCTAGGGGTAATTTTGCCTTAATAAGGCTGATTTGAAGAAAAATCAGGCATGCTGAGCGATTTAGAAGCTTTGTTGATCATTTTGGGCACTCTGTCATCTCTTCGCAGCAGTGAAAAAATGAAGTTCTGGGCACTGT
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GCACACCTTTCAAAAGCATGGGATAGTCAGAAAAATCTGTAAGCAATCATCATTTTTTTGTAGCAGCCTGTAGGAGAGCATTAGGGCACACTTTCAGCCCTATTTCAGATTTCCTGTGGCAGTTGCAGAGGTGTGCCCCATCACTGTTGACATTGGGCAGAGATTTAGGATGCATCAGGACAGGCCGCAGCAGTAAGGAG
ATACATTGAGCACAGATATCAGCCTCAGCCAAAACACAGTATAGAAGAAGCATTTTGAGGAGCCGTGTGCCCTTAAAAGGTGGCAAGTTCAGTCCGAGAAGGAGGCACTCTTCCTTGAAGGGGTACCTTGTACATTTCTGAGATCGTTTGCCTTGCTGTTCCAGCCCTGTTTGCATAAGTTTCAAGGGTCCTGTTGAAGA
AATTGACTCAGCTTCTAAAGGAACTTCACATTTACTTTATGCTTTATATAGATATATACATATCATGTCTCATAACCTATTGATGAAGCGTGCCTCTTGGTTACTATTGGGTAATATTTAGCTTTATTTGAAGCCTTAATCGAGAGCCACCCCTCTTTGGAGATGAGGTATCTTGGATTGGTTGGCAAGTGGAGATATAT
GATTTGCCTTGTGGACAACATTGTTGGCTTGAACCCCTTTTTAGACCTTGCGTGGACATCATGTGGTTGCTAGGTGGACTTGGTTGGTTGAAGACCACACTTGGAGAGGGGCTTTGAGGTGTTCTTGTGGACATGTCTTGGAGCACATTCTTTGGAGTTGCCTTTGGAGGTCATGTGGCATCATCACCAACTAATTGTTC
CCTTGTTTGTTGGAGACATCCCCTCATTGAGGGGCCCCATGTATTTTTGTAATTTACAAGTGGCTTTGACCACCACTTTTATGTATTTTTTAGGAGTTAGTTGATTGAAGTGAGGATTTTGTTGTATTTTACCCCACCCTAGGCTAGATCTTAGGAAATAATGGATATTTTATTTTAGAGGAAGTTTTAGACTCTCCTAT
AAATAGAGAGCTGCTTCCTCATTTCATTTCATGGTTGGATTTTGAGAGCTCTCTCTTTTGGAGCCTAACTGACATATCTTTTAATGGATCATTTTGAAGTTCAAGGGTTTTCTTGGACGGCTTAATATTCAGGTGACATACTATTTTTATCATTGTAAGGTTTATGCTCCTAGTTCGTTGAAAGAGTATGTTTGCTCCGA
TGGAATGATTAATTCATTTTGTGGTTTAGTTTTGCTGCTGGTCTGTAGTTTGCCTACCTTTGTAGAGGCTGCATATTTGGTGGCATAAGCTAGGTCCCGATTCTCTATCATTGTTATCACACTTAAGAGTTGGTTTGTTATCATTACTGACATATCTTGTATTACATGCCTTAGCATGGGATAATCTTTCCACCATGTTA
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TGAAAAAATGAAGTTCTGGGCACTGTAGCAGCCCTAAAGAGCAGGTCAGGGTGTTTTGATGGACATTCTGAGCACCTTCCAGCAGTAAAAAGGGTCAATTCTATGCCTTGAACAAACAGTAAATCAGCATCTGAGCATAAAAGTCAGGTCTGTGCATGAGCAGCAGTATCAAGCAGTTACCTACAGCCATGAAAAAGCAT
GATATAAGGTGTAACAGTAAGTCTGGGCTATTTTAGGGAGAAATCATCATCCCAACTGTCGTAATAAGCATTCTAGGGTTGAAAAATCAGTAAGGCAGCCTCAGATCTGTGCATAGAATGGGTTTTCTCTGAGACAGTTTCATGTAGCAGGTCTTTGTGCGTCTTTCTTTCAGTTTGGAGCTCATCATATAGTGGATCAA
CAAAAATGGAGTAAGAAGGCAGCTCAGCACACCTTTCAAAAGCATGGGATAGTCAGAAAAATCTGTAAGCAATCATCATTTTTTTGTAGCAGCCTGTAGGAGAGCATTAGGGCACACTTTCAGCCCTATTTCAGATTTCCTGTGGCAGTTGCAGAGGTGTGCCCCATCACTGTTGACATTGGGCAGAGATTTAGGATGCA
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ATAAGTTTCAAGGGTCCTGTTGAAGAAATTGACTCAGCTTCTAAAGGAACTTCACATTTACTTTATGCTTTATATAGATATATACATATCATGTCTCATAACCTATTGATGAAGCGTGCCTCTTGGTTACTATTGGGTAATATTTAGCTTTATTTGAAGCCTTAATCGAGAGCCACCCCTCTTTGGAGATGAGGTATCTT
GGATTGGTTGGCAAGTGGAGATATATGATTTGCCTTGTGGACAACATTGTTGGCTTGAACCCCTTTTTAGACCTTGCGTGGACATCATGTGGTTGCTAGGTGGACTTGGTTGGTTGAAGACCACACTTGGAGAGGGGCTTTGAGGTGTTCTTGTGGACATGTCTTGGAGCACATTCTTTGGAGTTGCCTTTGGAGGTCAT
GTGGCATCATCACCAACTAATTGTTCCCTTGTTTGTTGGAGACATCCCCTCATTGAGGGGCCCCATGTATTTTTGTAATTTACAAGTGGCTTTGACCACCACTTTTATGTATTTTTTAGGAGTTAGTTGATTGAAGTGAGGATTTTGTTGTATTTTACCCCACCCTAGGCTAGATCTTAGGAAATAATGGATATTTTATT
TTAGAGGAAGTTTTAGACTCTCCTATAAATAGAGAGCTGCTTCCTCATTTCATTTCATGGTTGGATTTTGAGAGCTCTCTCTTTTGGAGCCTAACTGACATATCTTTTAATGGATCATTTTGAAGTTCAAGGGTTTTCTTGGACGGCTTAATATTCAGGTGACATACTATTTTTATCATTGTAAGGTTTATGCTCCTAGT
TCGTTGAAAGAGTATGTTTGCTCCGATGGAATGATTAATTCATTTTGTGGTTTAGTTTTGCTGCTGGTCTGTAGTTTGCCTACCTTTGTAGAGGCTGCATATTTGGTGGCATAAGCTAGGTCCCGATTCTCTATCATTGTTATCACACTTAAGAGTTGGTTTGTTATCATTACTGACATATCTTGTATTACATGCCTTAG
CATGGGATAATCTTTCCACCATGTTATACAACTATAACTACATTGCAAGCTAGCTCATAAATACACATGAATTTAT
Intron 2 GTCTGATCTT ... TTCGCAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 60.42 | 19 | 8 | 29 |
| A2 | 65.71 | 12 | 13 | 23 |
| A3 | 54.55 | 10 | 3 | 12 |
| A4 | 82.14 | 5 | 6 | 23 |
| A5 | 85.71 | 4 | 4 | 24 |
| A6 | 64.58 | 17 | 13 | 31 |
| A7 | 59.09 | 45 | 19 | 65 |
| A8 | 61.9 | 16 | 13 | 26 |
| A9 | 66.67 | 29 | 8 | 58 |
| A10 | 50 | 44 | 17 | 44 |
>TRINITY_DN45746_c5_g1_i6 from sample A8 / Example spliced isoformTGAGGCAGTCACAGACAAGGGTGACAGGTCAATTGCCAAGCTCAAGTGTAGCCACCAGTTTCATCTAGTGAAAAAATGAAGTTCTGGGCACTGTAGCAGCCCTAAAGAGCAGGTCAGGGTGTTTTGATGGACATTCTGAGCACCTTCCAGCAGTAAAAAGGGTCAATTCTATGCCTTGAACAAACAGTAAATCAGCATCT
GAGCATAAAAGTCAGGTCTGTGCATGAGCAGCAGTATCAAGCAGTTACCTACAGCCATGAAAAAGCATGATATAAGGTGTAACAGTAAGTCTGGGCTATTTTAGGGAGAAATCATCATCCCAACTGTCGTAATAAGCATTCTAGGGTTGAAAAATCAGTAAGGCAGCCTCAGATCTGTGCATAGAATGGGTTTTCTCTGA
GACAGTTTCATGTAGCAGGTCTTTGTGCGTCTTTCTTTCAGTTTGGAGCTCATCATATAGTGGATCAACAAAAATGGAGTAAGAAGGCAGCTCAGCACACCTTTCAAAAGCATGGGATAGTCAGAAAAATCTGTAAGCAATCATCATTTTTTTGTAGCAGCCTGTAGGAGAGCATTAGGGCACACTTTCAGCCCTATTTC
AGATTTCCTGTGGCAGTTGCAGAGGTGTGCCCCATCACTGTTGACATTGGGCAGAGATTTAGGATGCATCAGGACAGGCCGCAGCAGTAAGGAGATACATTGAGCACAGATATCAGCCTCAGCCAAAACACAGTATAGAAGAAGCATTTTGAGGAGCCGTGTGCCCTTAAAAGGTGGCAAGTTCAGTCCGAGAAGGAGGC
ACTCTTCCTTGAAGGGGTACCTTGTACATTTCTGAGATCGTTTGCCTTGCTGTTCCAGCCCTGTTTGCATAAGTTTCAAGGGTCCTGTTGAAGAAATTGACTCAGCTTCTAAAGGAACTTCACATTTACTTTATGCTTTATATAGATATATACATATCATGTCTCATAACCTATTGATGAAGCGTGCCTCTTGGTTACTA
TTGGGTAATATTTAGCTTTATTTGAAGCCTTAATCGAGAGCCACCCCTCTTTGGAGATGAGGTATCTTGGATTGGTTGGCAAGTGGAGATATATGATTTGCCTTGTGGACAACATTGTTGGCTTGAACCCCTTTTTAGACCTTGCGTGGACATCATGTGGTTGCTAGGTGGACTTGGTTGGTTGAAGACCACACTTGGAG
AGGGGCTTTGAGGTGTTCTTGTGGACATGTCTTGGAGCACATTCTTTGGAGTTGCCTTTGGAGGTCATGTGGCATCATCACCAACTAATTGTTCCCTTGTTTGTTGGAGACATCCCCTCATTGAGGGGCCCCATGTATTTTTGTAATTTACAAGTGGCTTTGACCACCACTTTTATGTATTTTTTAGGAGTTAGTTGATT
GAAGTGAGGATTTTGTTGTATTTTACCCCACCCTAGGCTAGATCTTAGGAAATAATGGATATTTTATTTTAGAGGAAGTTTTAGACTCTCCTATAAATAGAGAGCTGCTTCCTCATTTCATTTCATGGTTGGATTTTGAGAGCTCTCTCTTTTGGAGCCTAACTGACATATCTTTTAATGGATCATTTTGAAGTTCAAGG
GTTTTCTTGGACGGCTTAATATTCAGGTGACATACTATTTTTATCATTGTAAGGTTTATGCTCCTAGTTCGTTGAAAGAGTATGTTTGCTCCGATGGAATGATTAATTCATTTTGTGGTTTAGTTTTGCTGCTGGTCTGTAGTTTGCCTACCTTTGTAGAGGCTGCATATTTGGTGGCATAAGCTAGGTCCCGATTCTCT
ATCATTGTTATCACACTTAAGAGTTGGTTTGTTATCATTACTGACATATCTTGTATTACATGCCTTAGCATGGGATAATCTTTCCACCATGTTATACAACTATAACTACATTGCAAGCTAGCTCATAAATACACATGAATTTAT
>TRINITY_DN45746_c5_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:TGAGGCAGTCACAGACAAGGGTGACAGGTCAATTGCCAAGCTCAAGTGTAGCCACCAGTTTCATCTAGgtctgatcttaatcacactctttaaggggtaattttgccttaataaggctgatttgaagaaaaatcaggcatgctgagcgatttagaagctttgttgatcattttgggcactctgtcatctcttcgcagcag
TGAAAAAATGAAGTTCTGGGCACTGTAGCAGCCCTAAAGAGCAGGTCAGGGTGTTTTGATGGACATTCTGAGCACCTTCCAGCAGTAAAAAGGGTCAATTCTATGCCTTGAACAAACAGTAAATCAGCATCTGAGCATAAAAGTCAGGTCTGTGCATGAGCAGCAGTATCAAGCAGTTACCTACAGCCATGAAAAAGCAT
GATATAAGGTGTAACAGTAAGTCTGGGCTATTTTAGGGAGAAATCATCATCCCAACTGTCGTAATAAGCATTCTAGGGTTGAAAAATCAGTAAGGCAGCCTCAGATCTGTGCATAGAATGGGTTTTCTCTGAGACAGTTTCATGTAGCAGGTCTTTGTGCGTCTTTCTTTCAGTTTGGAGCTCATCATATAGTGGATCAA
CAAAAATGGAGTAAGAAGGCAGCTCAGCACACCTTTCAAAAGCATGGGATAGTCAGAAAAATCTGTAAGCAATCATCATTTTTTTGTAGCAGCCTGTAGGAGAGCATTAGGGCACACTTTCAGCCCTATTTCAGATTTCCTGTGGCAGTTGCAGAGGTGTGCCCCATCACTGTTGACATTGGGCAGAGATTTAGGATGCA
TCAGGACAGGCCGCAGCAGTAAGGAGATACATTGAGCACAGATATCAGCCTCAGCCAAAACACAGTATAGAAGAAGCATTTTGAGGAGCCGTGTGCCCTTAAAAGGTGGCAAGTTCAGTCCGAGAAGGAGGCACTCTTCCTTGAAGGGGTACCTTGTACATTTCTGAGATCGTTTGCCTTGCTGTTCCAGCCCTGTTTGC
ATAAGTTTCAAGGGTCCTGTTGAAGAAATTGACTCAGCTTCTAAAGGAACTTCACATTTACTTTATGCTTTATATAGATATATACATATCATGTCTCATAACCTATTGATGAAGCGTGCCTCTTGGTTACTATTGGGTAATATTTAGCTTTATTTGAAGCCTTAATCGAGAGCCACCCCTCTTTGGAGATGAGGTATCTT
GGATTGGTTGGCAAGTGGAGATATATGATTTGCCTTGTGGACAACATTGTTGGCTTGAACCCCTTTTTAGACCTTGCGTGGACATCATGTGGTTGCTAGGTGGACTTGGTTGGTTGAAGACCACACTTGGAGAGGGGCTTTGAGGTGTTCTTGTGGACATGTCTTGGAGCACATTCTTTGGAGTTGCCTTTGGAGGTCAT
GTGGCATCATCACCAACTAATTGTTCCCTTGTTTGTTGGAGACATCCCCTCATTGAGGGGCCCCATGTATTTTTGTAATTTACAAGTGGCTTTGACCACCACTTTTATGTATTTTTTAGGAGTTAGTTGATTGAAGTGAGGATTTTGTTGTATTTTACCCCACCCTAGGCTAGATCTTAGGAAATAATGGATATTTTATT
TTAGAGGAAGTTTTAGACTCTCCTATAAATAGAGAGCTGCTTCCTCATTTCATTTCATGGTTGGATTTTGAGAGCTCTCTCTTTTGGAGCCTAACTGACATATCTTTTAATGGATCATTTTGAAGTTCAAGGGTTTTCTTGGACGGCTTAATATTCAGGTGACATACTATTTTTATCATTGTAAGGTTTATGCTCCTAGT
TCGTTGAAAGAGTATGTTTGCTCCGATGGAATGATTAATTCATTTTGTGGTTTAGTTTTGCTGCTGGTCTGTAGTTTGCCTACCTTTGTAGAGGCTGCATATTTGGTGGCATAAGCTAGGTCCCGATTCTCTATCATTGTTATCACACTTAAGAGTTGGTTTGTTATCATTACTGACATATCTTGTATTACATGCCTTAG
CATGGGATAATCTTTCCACCATGTTATACAACTATAACTACATTGCAAGCTAGCTCATAAATACACATGAATTTAT