NA ----> NA

Intron 1 GTGTCAATTG ... TCGTCGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61.98	50	85	78
A2	78.52	16	57	60
A3	59.76	34	45	56
A4	66.29	15	33	26
A5	55.84	17	23	20
A6	69.55	58	132	133
A7	70.79	91	243	198
A8	65.3	135	263	245
A9	69.84	76	171	181
A10	64.38	78	134	148

>TRINITY_DN43563_c0_g2_i5 from sample A8 / Example spliced isoform

TATTGACGGTCCCCCACTTAATCGCGCCATATTTCTTGTCTACAGAGGTCGCATCCGTCATCAGATGAATGAAAGGAAATCGAGGCAACTTTAGCAAATTCTTGTGGCAAATCTTAAATGGTTTAAATATATCAAAAGATGTCAGAAACCTGCTCTCCTGATTTCAGCATGTGGACCACAGAAGATGATTTGTTACTCAA
GAATGCAGTTGAGGCAGGTGCAGCTTTGGAGGCTCTTGCAAAAGGTGCTATACGTTTTTCTCGTCGCTTTACAATCAAAGAACTGCAGGAACGGTGGCATGCTCTCCTTTATACTCCGGATATATCAGCAAAGGCTGCTGCTCGTATGGTTGAGTTTGAATTGTCTCAGATGGAACTTCCAAAACCAACTCGATCTAACA
AGTTGAAGAGGAATGAAGAGGTTGTTCGAAAACAAAGACCTGAGAGTGTACATAATCGTTACTATCACATGAGAAAGAGAATTGATGCAGAAAGAATTTTGTCTCTAGATGATAATTGTATTTTTGCAAATGACAGTGCTGTTACTTGCATTGGTAGTGCAAATGGAAGTTTTCAGGAAGCAGCTGCAACAATCGATGCA
GTATTTCCTGCCACAGTTGACATGGAAGGAACAGATGTCGCTCCATCTTTTGGGCTTTCAGGCTCAAGCCTTGATATTGAAGATCGAACCTTTTCTCAGATGGTTAGCTTTTTAGCCGCCGGGGGAGTTGAAGCTGTTGGAAGTGCATTTACAACTAACAGTATGGATTCACTGGAAGTGAATTCTGCAGGTGTGAGTGC
TACACCTAATGGCTGTTATGACTTTTCAAGGCATGATCCTTCTAATATGCTTAGTGCCACAGCTGTAGGTAGTTGCAGTGATCCTGTTTCTGTGGAGAATGGTAGTCATTTGGTGGAAGATATGCCCCAAGCCATTGTGGAGAATGCAGCTACCATCCATCACATGCCATATATTGTAGAATCCAGGATGCCCTTGGCTG
CAACAGGCACTGCTTTAACTGTTGACAATGTACCTATTGTGAACCCAGTGCCCGTGTTTCATCATGATCCTGGTGACTGTAAGACCATCGACACAAGATTTGTTAGAACAGGACTTATGCAAGAAGCTTCAGCAGAACATGTTTCAACTTTAGGTATGTTGTCACAGCCACGCATCAGAGATTGGGAAGCTGATGCTGCG
CTTTTAATGCCTTCCACGACTGCTCCTATGAAAGATAATGCTGATGAACAGATTAAAGGTGCTGATGACAAGGCAGATGGCAGTGGACTCAAAGAACCCCAGAGAGATGGATGTTTAATGTCGAACTCATTCACTACTAAAGAGGATATTCATCTTCCAAGTGAAGGATTGGAACAATCCTTAGTTATGATGCCACAACA
TGAATCTCTTGAACAATCAGCTTTTCATTTTTTGTCTACCAGTAGTGAAGGACCCCATGTACATGGATCAGGAGATGGATATGACATGTTAGATAAGGCGAAATGCCTGAATATAAGCTATAATATTTCAGTTACTCCTGTAAAGGTTGAGCCACAACCTGAACCTTCAAGGTTTCTGAACATTAAAGCTGTAGATTGTT
TGGCCAACTCTGTATCGGAAAAATTAGTCTGTGAGCAATGTCGAGATCTTGACACTGTGTGTGCATCTCCATGCATGTCACCTGTCCTCACACAGGTTGGTCAAGAGTGCATGAATGATGCAGCTAAGTTGGGAGGAGCATCATTCACTTTTCATGACACCCGCCAGCCACATCTGTTTGTTCATGGACCCATGGTTTGC
ACGTTGAACACAGAGGACACTGATGTGCCTTGCAATGATGACTTCGTTCCACTAGTATATCAGGAGCTCTCACCTATATCGGCTCTTGTTAAGTTCAGTTATAGTGATCAAATTTCTGGTGGAGTGTCTCTGACAGCTAAAGATTTGCTGGGCAACCAAGGGAGCCTTTTTTCAGGATCAGGTATTGTGAAGAAAGAGCC
TGAAACATTAGAAAAGCTTATGGAAGCAGATAATGAATTGCGGCCAGCAGCCTGCATAGATGAGGAGAGTAACAAGTCTTGTACTGGTTATAATGGAGTTAAAATGGAGGTGTTTGAGTTCACTGCACCATCCGCAGTTTGTCAAGAAGAGGTTACAAGGAAGGATGATTGCAATCCTGGGATTCCATCTTCTACAGTTT
TCAACACTGTTGTGACAAATGTTTTACAAGAAGGGATTTCGACAGTAGCTTCAGTAGGGGAAAACAATTCTGGAGATAAATTTGATTTGTTAGCCCCACATGAATCCATTGAAGGCCCTGTACATGATGGCTCTATAGACTTTATGAGACCTTTCAAATTTGAAGGCACATTCCCTGCTACTCAAGATAATTTAGTGCAG
GTCTGTCAAGCTGAGTCCCTTGCTCCCATTGAGGTTGGATTTAAGGATTCTCAAGTAATGAACTCTGAAGAGGCAGCAGTACATCAATTTCCAGGGAGTCAACAGGATCTTTTTTCAGATAGTGATGAAGAATTGCCGCAGTTTTCTGATGTTGAAGCCATGATACTGGATATGGATTTGGATCCTGGGGAGGACGAGTC
CTTTTCTGCAATAGCAGAATCCAAGCGTCTTTACAAGCATCACAAGAGGGTACTTGTCAGGTTAGAACAAGCTGCAAATTCTGCCATGCAAAGATCTCTTGCCTCCAACGGAGCCTTTGCAATCTTATATGGCCGCCATTTAAAATATTTTATCAAAAAGAATGAGGCAACGATAAAGCTAAAGGAAGATGGAGTATTTT
ATATAGAGAACCATGGCAAGCGTACAATTGCTGTAAATAGCCATAACATTGCAAGTGGGCGATGCATTCGTTTGGGTTCTAATTGCTTGATAGAGGTTTTCTACATCACCTTTCTAATAAATGAATTATTTGTCTGAGTTCCACAAAAGTTTTGAAACCTCAATAACCGTAACTTATAATTATACATCCATCTTGCACAG
TGCAATTGCTTTAATAATTTCTTATTAGTATAGTCATCATTGTGGGGGGAGGGGGGGAGTGAGTGGAAGCTCTAGCATACTAGGTGCATGTTTAGTTGTCGAGGCTTGTGACATTTATCAGTGAGAACCCTTTGTCCCTTTTTAGTTAGGTCAGATATGCCTTCAGACAGGTTTTCCGGTTCAAATGCTTGATGTTTGCT
AGTTATACCCTTCCTTCTTCCTTCTGGAGTATTATCTGTGATTCATCGTAAAGATTGCTTTAGGAGTGACAATATATTCACGACAATCCATGTTGACTTAACCCTTCTGCTACCCCCTCTATCTTGGATATTCAAGCACTTAGAGCAAGTATTCAAAATCACTTTTTGTCACTGCCATTCATTGCAAGTATTCACAATCA
CCTTTGTCACTGTCATTTGTTGCCTTTGTTTCATCGGGGTTAGCATTTTTATTTCACTTTCTTGAAGAGTAAATGGTCCACATTCATTTTCATGTACACTCCACAGAAAATCTCTAACATATTCTTGTAAGAAGGAATTCTATGTATAATCTTCAAAAGAATAGATTTTTTATTTCCGAG

>TRINITY_DN43563_c0_g2_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TATTGACGGTCCCCCACTTAATCGCGCCATATTTCTTGTCTACAGAGGTCGCATCCGTCATCAGATGAATGAAAGGAAATCGAGGCAACTTTAGCAAATTCTTGTGGCAAATCTTAAATGGTTTAAATATATCAAAAGATGTCAGAAACCTGCTCTCCTGATTTCAGCATGTGGACCACAGAAGATGATTTGTTACTCAA
GAATGCAGTTGAGGCAGGTGCAGCTTTGGAGGCTCTTGCAAAAGGTGCTATACGTTTTTCTCGTCGCTTTACAATCAAAGAACTGCAGGAACGGTGGCATGCTCTCCTTTATACTCCGGATATATCAGCAAAGGCTGCTGCTCGTATGGTTGAGTTTGAATTGTCTCAGATGGAACTTCCAAAACCAACTCGATCTAACA
AGTTGAAGAGGAATGAAGAGGTTGTTCGAAAACAAAGACCTGAGAGTGTACATAATCGTTACTATCACATGAGAAAGAGAATTGATGCAGAAAGAATTTTGTCTCTAGATGATAATTGTATTTTTGCAAATGACAGTGCTGTTACTTGCATTGGTAGTGCAAATGGAAGTTTTCAGGAAGCAGCTGCAACAATCGATGCA
GTATTTCCTGCCACAGTTGACATGGAAGGAACAGATGTCGCTCCATCTTTTGGGCTTTCAGGCTCAAGCCTTGATATTGAAGATCGAACCTTTTCTCAGATGGTTAGCTTTTTAGCCGCCGGGGGAGTTGAAGCTGTTGGAAGTGCATTTACAACTAACAGTATGGATTCACTGGAAGTGAATTCTGCAGGTGTGAGTGC
TACACCTAATGGCTGTTATGACTTTTCAAGGCATGATCCTTCTAATATGCTTAGTGCCACAGCTGTAGGTAGTTGCAGTGATCCTGTTTCTGTGGAGAATGGTAGTCATTTGGTGGAAGATATGCCCCAAGCCATTGTGGAGAATGCAGCTACCATCCATCACATGCCATATATTGTAGAATCCAGGATGCCCTTGGCTG
CAACAGGCACTGCTTTAACTGTTGACAATGTACCTATTGTGAACCCAGTGCCCGTGTTTCATCATGATCCTGGTGACTGTAAGACCATCGACACAAGATTTGTTAGAACAGGACTTATGCAAGAAGCTTCAGCAGAACATGTTTCAACTTTAGGTATGTTGTCACAGCCACGCATCAGAGATTGGGAAGCTGATGCTGCG
CTTTTAATGCCTTCCACGACTGCTCCTATGAAAGATAATGCTGATGAACAGATTAAAGGTGCTGATGACAAGGCAGATGGCAGTGGACTCAAAGAACCCCAGAGAGATGGATGTTTAATGTCGAACTCATTCACTACTAAAGAGGATATTCATCTTCCAAGTGAAGGATTGGAACAATCCTTAGTTATGATGCCACAACA
TGAATCTCTTGAACAATCAGCTTTTCATTTTTTGTCTACCAGTAGTGAAGGACCCCATGTACATGGATCAGGAGATGGATATGACATGTTAGATAAGGCGAAATGCCTGAATATAAGCTATAATATTTCAGTTACTCCTGTAAAGGTTGAGCCACAACCTGAACCTTCAAGGTTTCTGAACATTAAAGCTGTAGATTGTT
TGGCCAACTCTGTATCGGAAAAATTAGTCTGTGAGCAATGTCGAGATCTTGACACTGTGTGTGCATCTCCATGCATGTCACCTGTCCTCACACAGGTTGGTCAAGAGTGCATGAATGATGCAGCTAAGTTGGGAGGAGCATCATTCACTTTTCATGACACCCGCCAGCCACATCTGTTTGTTCATGGACCCATGGTTTGC
ACGTTGAACACAGAGGACACTGATGTGCCTTGCAATGATGACTTCGTTCCACTAGTATATCAGGAGCTCTCACCTATATCGGCTCTTGTTAAGTTCAGTTATAGTGATCAAATTTCTGGTGGAGTGTCTCTGACAGCTAAAGATTTGCTGGGCAACCAAGGGAGCCTTTTTTCAGGATCAGGTATTGTGAAGAAAGAGCC
TGAAACATTAGAAAAGCTTATGGAAGCAGATAATGAATTGCGGCCAGCAGCCTGCATAGATGAGGAGAGTAACAAGTCTTGTACTGGTTATAATGGAGTTAAAATGGAGGTGTTTGAGTTCACTGCACCATCCGCAGTTTGTCAAGAAGAGGTTACAAGGAAGGATGATTGCAATCCTGGGATTCCATCTTCTACAGTTT
TCAACACTGTTGTGACAAATGTTTTACAAGAAGGGATTTCGACAGTAGCTTCAGTAGGGGAAAACAATTCTGGAGATAAATTTGATTTGTTAGCCCCACATGAATCCATTGAAGGCCCTGTACATGATGGCTCTATAGACTTTATGAGACCTTTCAAATTTGAAGGCACATTCCCTGCTACTCAAGATAATTTAGTGCAG
GTCTGTCAAGCTGAGTCCCTTGCTCCCATTGAGGTTGGATTTAAGGATTCTCAAGTAATGAACTCTGAAGAGGCAGCAGTACATCAATTTCCAGGGAGTCAACAGGATCTTTTTTCAGATAGTGATGAAGAATTGCCGCAGTTTTCTGATGTTGAAGCCATGATACTGGATATGGATTTGGATCCTGGGGAGGACGAGTC
CTTTTCTGCAATAGCAGAATCCAAGCGTCTTTACAAGCATCACAAGAGGGTACTTGTCAGGTTAGAACAAGCTGCAAATTCTGCCATGCAAAGATCTCTTGCCTCCAACGGAGCCTTTGCAATCTTATATGGCCGCCATTTAAAATATTTTATCAAAAAGAATGAGgtgtcaattggaaggctaacacaagagaacattg
ttgatattgatttgggcaaggaaggccgtgctaataaagtatctcgtcggcagGCAACGATAAAGCTAAAGGAAGATGGAGTATTTTATATAGAGAACCATGGCAAGCGTACAATTGCTGTAAATAGCCATAACATTGCAAGTGGGCGATGCATTCGTTTGGGTTCTAATTGCTTGATAGAGATTGGAGGTATGAGATTC
ATTTTTGAGATGGATAAGAGGCTTGCAAAGAAACAAATTGAACCAATACTTCAGGCCAGATTTTGTGGTTAATATGTAAGTAGATCTTAGTCAGGTTTTTCAAGCAAGGCATTTATTGAAATAATTTGCTCTCCACATCAGTATTTTGTTGCTATAGTAAACAATAAGAGTGCTATTGCCCAAAGCCTTTCTTTCAGCTC
TTGGAATGTAGTTTATCTGTTTCATTGCTAATTGATTCTGTTTTCTTGCTCTAAAGTCCCTTCAAATATCATTTAACATCCTTATGGCAAGCAGTTGAGTTCATGGTGCATTCTAATTTTCCAAGGACAGTGTTTGACATCAATAGTATATTGTGTATGCTTAAAATAAGAAAACAGAATCATTGAATATTATGAGTGCT
CGAGTGGGTTGTGTCCCTTCGCTTCTCTCACTTTGTTAGTTGAGTGCACCTTGGGGAGGCAGTATGTGTATTAGAAATACAGACATTTCCATTGGTAACAATGCAGCAACAATTTCAATGACAGAAATGTGATTTCAACATTCAAATCATAGAGGTATGTTTTACAACTTATGTTTTGATTGTGATACCAGATTTACACT
CTTGGAGTTCATGTTTCTCCACTAAAATGAAATGAAGGTATTCATGAGATCTATAGAGCATGAGTTTAAGCAAGAGTTTTTCTTTTGCTCTATTTTATATTGTCCCACAGTGCTTAATATGTCTTGTCTTCATTATTTGTATGTCTGGGGGTTGATAAATTTACAGGAATTATAACATCCATGCAATGACCATTGAGTTT
ATGTATTTGA