sp|Q8H1D9|TYDP1_ARATH ----> Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

Intron 1 GTATGTGTCC ... TTTCTTACAG

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A7	27.85	189.3	73	33.6
A8	36.39	269.3	154	36
A9	30.04	207.4	89	53.2
A10	24.09	129.3	41	18.1

>TRINITY_DN131153_c1_g1_i21 from sample A1 / Example spliced isoform

CCAAAGTTGACCTGTCGAGGTGCTTCAATTTCTATGCAAGAAAGAACCAATTCTATGTTATCTGAGCAACTACTATGAAATGTTCAACAAATAAACTACAACCCTAGGAAAAGTGGATTTTGTGGCTTCTGATATGGTGGGGATAATCATAGCAAACAAAAATAACACCTGAACCTCAACTTTGTTTTTTGAACTAGCAG
AAAGCAGAATAAGACATCATCTTGGTTTTCCCAAAATTGGTAAATATCAGAGACCTGCTTACCTAAACACATCAAACAAAACACAAGATATTGTAAATTAACAATGTTGGTGTCAAGTTGAATCCTAAAACCCAGCAGAGAGACAGTTGTCAAAACATTTTACAGCTGGGGATTTCTTATGTAGGATGTTTCTATTTGCC
TTATTTATGTTGAGCTCCCTGAAGTTTTAGATGTTTCTTTCTCTGATTTATCTTGAGCTCCCTAATGTGGAATTTTACAAGAAATTCAAGAGCAAATTTTCATGCTGAGAACAATGATGGCGGAGTGCATACAAAGTAGTTTCTGATTACCTGAGCATTAGATGAATTTAATGCTCGGCGTTGATTTTCAGTATTCAGTA
TAGCTGTTAATCCAAAAGATAATAAAAAGTGATAGTCTTTTACGAACTTATACTTACTTCCACGATATCCTTGCCCCAGTTCATGACACGACATGAATGTTTGTAATCATGCATCTCATCTCAGCTCATCCACAGGTGATGTAACTGGGATTATATTAATTAGCATGATTCTCTCATATGCAGAAATGGAGATTGGAGAA
TTAAATGAAAATCCTATCTAAACTCCACTTGTTTGATGCACGAGTATAGATTGGACGTTTATAATCTTGTTAATTGTACTTGTCATATTTGTCTAATTTTAATCTGATAATATTCAGGGAAATGTTCGTGGAAACTATTGCTCCCAGTTAGTCACTCTTTGTTGGCAAGGAGAAAAAAGCAGAGAATCAACATCCTCCGA
AATTGTCACTCTGCCTGTGCCTTACAGATTACCTCCACTTCCCTACACATCCGAAGATGTACCATGGTCGTGGGATAGGCAATATCGCAAACCTGATGTGTATGGGGAGCTTTGGCCACGTTCCGTCAAATTGTATACAAATCAATAATAATAATAAGCAAATCGGAAATGAGATTAAACTACGTCACGTAGCATGTTTT
TGTCGGTTTTTCTAGTGTTCATGCTTAACAAAGCCATTGATGGGCAAAATCTTCCTGTCTCTTTACTATTATTTTGCTCATCTCTCTCATGCGCGCACATACGAACTGTCCATCTAGTAGAGAACCTGGACGTAGATCTATGCTAAAAAGTAATGTTGCCATGCAAATGTCCGATGGTTGGTCTTCTTAGGAGTTTAAAT
TCAACTCTAATGTTAATTTTCATGAGTTCATTCCTCCTCAGTTGCATCCTACAAAGATGAGAGTAGATGAGAAGATACAATCTTATTTGCATTGGTACTAGATTATACTCATTCGAGTCTACTATACATTACTGCCATTTTAGTGAATAGGGATGGTGCATATTATTTCCATTTTAGTGAATGGGGATGGTGCATATTAT
TTGTGTAAGGGACTGTGATGCACTTTATTTGTCATGTAATGTTTTGGACAGTTTGTTATCCTTTCTTAAAAACCATTTTATTTCAAATTAAATTTTACAGTTGTGTCATCCTTTGTTTTAAACTATTTATAGAGATACTCCTTTCATTCTTTGCAGATACAAGTATTTGTCATATTTTCAGAGAATCAAATACTGTTGCA
GATGAACTTTCGAAAAGGTCAATTGCAAGGAATGAAGGAATTCTATACTTTGAGGAATTTGTGGAGGATTCTCTTTCTTCAAATGGCTGTCTTTTTTCTTACTTAGCATGTTCAAGTTGTTACTTTTGGTTGGATTGTATATTTTCAGAATCCTTGTAGTCTCTCTAGCTATGTTTGAGAGATAATTGTGAACTTTGAGT
GATAGCAAGTTTTTTGATCTTTTGCTCTTTTGGATGGTAAGGGGACCGTCTTTATCGTCATTTCTAGATAGATCATTAGCTGATGGTGCCATCTGCTATTATGCTTTTTGATCTATGTATTGTCCATACGTTCTCTTTGATTCTTAATGAATACCAAGAAACATGGTTTTTTCTGCTTGAAAAAAGGTAAATTATAGTAA
AGTGGGTCTTGCAAGAAGCCATCACCAAAATGGGTTATTATGATGAAGCTCAAGTTGAGGGTTATTGCTATGAAGATGGGATTGAAAAGTCTCAAAAAGGAATTAGGGAATAAAATTGACATGTTAATTGAAGATTCCAAAAGGCGATGGCTAGGCTCAATAAGAGGTATCAATGACAAGAACAAACTGTTGATGATAAT
TAATAAGCATAGAGAAAGGATTTACACAATCTGAAAGACAAGATTAGTCAAACGATTGAACCTAAGTTGCCAGGAAACGTGGGTATAGGGATGGGTACTGGTACGGGGACGGGGAGGCCACTTTTTGAAACATGGTTCTTGGGTATGTCGGGGGTACTATAGACACACACACACACAAAGATATATATATAAATTAAAAA
TTTTAAAAAATAAAACATGTCACAATCACATCATACATGCATATTTCAGATTTCTTCATAAATTATGAAGCATGATTCATAATTCTAAACTCAATGATTCA

>TRINITY_DN131153_c1_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TACAGCATGACGTAGATATAGATTATACTCATAGTTGCTTCTGTCATTTGATTTTCCTTGGCAAATTTTAAGTATTGTTGCTTTATATACAGGGATTTTTCCTTTCATTGCCTAAGAATTAGAACTATCTTTATTATCTTGTAGGATAATAGCACCCAAAAGTTTAAAATACAACCCACTGTCTTCTTGAACATGTGTGT
AAATAGGAAGCACTTCATTTGGAAGAAGATATTCAAATACCTTGGGTTGTGGCACAAATTCTTGGCTCTTTCTACCGGAGGGTGGGAAGATTTGCTGAAAACTAAAAAAAACAAAATCTTGACAGCTGGTTATGGAAGTAATAACACTGGGAGTTTTTATTTGGACAGAAAAGGAAAATCCTCAGCTATGGGTAAGTAAA
TAATTGTGATATCATCAACATTCAGTCAACCTATGCAAACTATGAAAACTTGTGTTTTTTTTGAGCAGTATATGACAAAGATTATACCTGTCAAATTTCTGCAATCAAGAGTGGGTTTTCCTGATTTTTACAAATCTAAATTGTTAGCTAATTATTATTAAAGTACAAATAGAAAGAAATAAAACAGGAGTAGATTACAG
ACGTGTCCCAAATTTGTTCATTCATGTGAGGTAACGTGGAAGAAATTTAACCTGAAAGGTGGTCTGCAATGTATATGAATCCCAATTGTGCCTCTTTACAAGCCACGCTCTATGATTTATTTGTTACTTGTAAGAAATAGCTATGTTTTCCTGAGATACATATACAAATTGCAAATTGCTTTTTAATTGTTCTGGAATTT
TTTCTGGACAGCTTGTCCACTTCTAAGGACAATTCCTCGTGTGTTGGTAATACATGGAGAAAGTGATCACGCATTTGCACATATGAAGAAGGAAAAACCTACAAGCTGGTTGCTTTACAAGCCACCGTTGCGCATTTCTTATGGGACACATCACTCCAAAGCCATGCTTCTGGTGTACTCAAGAGGAGTTCGAGTTGTTG
TGCACACATCAAATTTAATTTATGTTGACTGGAATAACAAGACTCAGGGTCTTTGGATGCAAGACTTCCCTGTAAAAGAGAAAAAAGATATTGGGAAAACGTCACCATTTGAAAATGATCTCGTTGAATATCTTGAGGCTTTGGAGTGGTCTGGATGCAATGCCACATTACCGCAAATTGGTGATGTCAAGATCAATGCA
GCATACTTCAGGAGGTTTGACTATAGCAGTGCATCGGTCCGTTTGGTGGCATCTGTGCCTGGCTATCATAAAGGTACTAAGCTGAAAAAGTGGGGGCATATGAAGCTTCGAACAATCTTGCAAGAGCAATGCTTTGAAAATGAATTCCAAGGTTCTCCACTTGTCTATCAGTTTTCTTCTCTTGGATCTTTGGATGAGAA
GTGGATGACAGAGTTAGCTTCATCAATGTGCTCAGGATCTACTTTGGATAAGCAACCTTTAGGTTCTGGAAGCGTGCAAATAATTTGGCCTACAGTTGAAGATGTTCGATGCTCAATTGAGGGTTATGCTGCTGGTAATGCAATTCCTAGCCCCCAAAAGAATGTGGAAAAGGAATTTTTGAAGAAATACTGGGCTCGGT
GGCAAGCTAATCACACAGGCCGATGTCGTGCGATGCCTCATATAAAAACATATGCACGCCACAATGGCCAAGCCCTTGCATGGTTTCTTCTCACTTCTTCAAATCTCAGCAAAGCTGCTTGGGGTGCACTTCAGAAAAATGGTTCTCAACTGATGATCCGTTCTTATGAGCTAGGTGTTATCTTCTTGCCATCTCTTGTT
TTAAAGTCGGGCATAAAGTTTTCCTGTACAGATGATTATGGCCCTCAGCAGGGAAATGTTCGTGGAAACTATTGCTCCCAGTTAGTCACTCTTTGTTGGCAAGGAGAAAAAAGCAGAGAATCAACATCCTCCGAAATTGTCACTCTGCCTGTGCCTTACAGATTACCTCCACTTCCTTACACATCCGAAGATGTACCATG
GTCGTGGGATAGGCAATATCGCAAACCTGATGTGTATGGGGAGCTTTGGCCACGTTCCGTCAAATTGTATACAAATCAATAATAATAATAAGCAAATCGGAAATGAGATTAAACTACGTCACGTAGCATGTTTTTGTCGGTTTTTCTAGTGTTCATGCTTAACAAAGCCATTGATGGGCAAAATCTTCCTGTCTCTTTAC
TATTATTTTGgtatgtgtcctgttcttctagtttagtccgagccttgcaatgtgaatgaaaaatatagttttcttttactttttcaaattgataattgtatgtttcctgaatgtttgtacggctgaatgtattttcttacagCTCATCTCTCTCATGCGCGCACATACGAACTGTCCATCTAGTAGAGAACCTGGACGTA
GATCTATGCTAAAAAGTAATGTTGCCATGCAAATGTCCGATGGTTGGTCTTCTTAGGAGTTTAAATTCAACTCTAATGTTAATTTTCATGAGTTCATTCCTCCTCAGTTGCATCCTACAAAGATGAGAGTAGATGAGAAGATACAATCTTATTTGCATTGGTACTAGATTATACTCATTCGAGTCTACTATACATTACTG
CCATTTTAGTGAATAGGGATGGTGCATATTATTTCCATTTTAGTGAATGGGGATGGTGCATATTATTTGTGTAAGGGACTGTGATGCACTTTATTTGTCATGTAATGTTTTGGACAGTTTGTTATCCTTTCTTAAAAACCATTTTATTTCAAATTAAATTTTACAGTTGTGTCATCCTTTGTTTTAAACTATTTATAGAG
ATACTCCTTTCATTCTTTGCAGATACAAGTATTTGTCATATTTTCAGAGAATCAAATACTGTTGCAGATGAACTTTCGAAAAGGTCAATTGCAAGGAATGAAGGAATTCTATACTTTGAGGAATTTGTGGAGGATTCTCTTTCTTCAAATGGCTGTCTTTTTTCTTACTTAGCATGTTCAAGTTGTTACTTTTGGTTGGA
TTGTATATTTTCAGAATCCTTGTAGTCTCTCTAGCTATGTTTGAGAGATAATTGTGAACTTTGAGTGATAGCAAGTTTTTTGATCTTTTGCTCTTTTGGATGGTAAGGGGACCGTCTTTATCGTCATTTCTAGATAGATCATTAGCTGATGGTGCCATCTGCTATTATGCTTTTTGATCTATGTATTGTCCATACGTTCT
CTTTGATTCTTAATGAATACCAAGAAACATGGTTTTTTCTGCTTGAAAAAAGGTAAATTATAGTAAAGTGGGTCTTGCAAGAAGCCATCACCAAAATGGGTTATTATGATGAAGCTCAAGTTGAGGGTTATTGCTATGAAGATGGGATTGAAAAGTCTCAAAAAGGAATTAGGGAATAAAATTGACATGTTAATTGAAGA
TTCCAAAAGGCGATGGCTAGGCTCAATAAGAGGTATCAATGACAAGAACAAACTGTTGATGATAATTAATAAGCATAGAGAAAGGATTTACACAATCTGAAAGACAAGATTAGTCAAACGATTGAACCTAAGTTGCCAGGAAACGTGGGTATAGGGATGGGTACTGGTACGGGGACGGGGAGGCCACTTTTTGAAACATG
GTTCTTGGGTATGTCGGGGGTACTATAGACACACACACACACAAAGATATATATATAAATTAAAAATTTTAAAAAATAAAACATGTCACAATCACATCATACATGCATATTTCAGATTTCTTCATAAATTATGAAGCATGATTCATAATTCTAAACTCAATGATTCA

Intron 2 GTAAGAGTTG ... TCAAACACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	80.98	29	137	110
A2	74.36	45	143	118
A3	73.02	46	124	125
A4	69.92	47	103.5	115
A5	79.38	25	97.5	95
A6	74.58	15	45	43
A7	80.13	31	115	135
A8	72.41	8	16	26
A9	70.56	53	139	115
A10	82.61	22	96	113

>TRINITY_DN45591_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

CAGGGGTTTTGATGTTTTTTGTTTTGGTGTCAATTACAATACTGAAGCTTTCAACTTTCGTCCCATTACAGGAGATGGCGTGCCAATAGAAGCATGTTCTCATTGAATTAAGCTTTTAACACCACACGCGTGCACTTGGTAAACAGATTGAATGTAAGAGCATTATCGAGCAGGAGCATTCTCAGTCTCTGCAGGATTTC
CGCCATGGCCGAACCCCGGTTGGGCGCAATGACCTACCAATGGCCAATAAGCAAGTTAGCCGCAAGCATATCCATTTGAATGGTTTAGCAGACGGGTCTGCTGAAATTTTCGTGGAAGGTCAGAATCCAGTCAGTCTTAGGTCAGGAAACTCAAGAAAAAGGCTCTCTCCACATGAACAAGGTGCTCTTGGAGATGGAGA
TATTTTAGAATTGATTCCAGGAAAACTCCCTTTCAAGTATAAGGTTGCAGTCGATGAGAGGGAAAAAGATCCTCCATCAGCACAATGTGGAGAAGCCAATGACCACTTTGAGTCCTCAGTTGATGTTAAAGAATTAATTGAAGTTGAAAAACACTTGCTCAAACGGAAACGGCAGGTTCTTGACGATGAAGCTTTTGCAA
GGACTTTGCAGGCCATTGAAATTGAACAAGCAACTGGTGGTTCGAGAATGGCTTCTACGTCAATGAATGCAAGGAATGCCAGTGATGACCAAGGTTTAATGCATGATGTTGGCTTGAAAGATGAGAATGGTTCAGTTAATAATGGTGGGTCAAGGCCAATTCGATGCTTTAATATCCCTAAAGAAATTCAGTCTTCAACA
TTTCAACTCATGCGAGTTCAAGGTTTGCCCACATGGGCCAATTCTGGATCGGTTTCAATTTCTGATGTGATTCAGGGCGATGTGCTTGTGGCAATCCTTTCGAACTACATGGTCGACATGGACTGGCTTCTGTCGGCTTGTCCACTTCTAAGGACAATTCCTCGTGTGTTGGTAATACATGGAGAAAGTGATCACGCATT
TGCACATATGAAGAAGGAAAAACCTACAAGCTGGTTGCTTTACAAGCCACCGTTGCGCATTTCTTATGGGACACATCACTCCAAAGCCATGCTTCTGGTGTACTCAAGAGGAGTTCGAGTTGTTGTGCACACATCAAATTTAATTTATGTTGACTGGAATAACAAGACTCAGGGTCTTTGGATGCAAGACTTCCCTGTAA
AAGAGAAAAAAGATATTGGGAAAACGTCACCATTTGAAAATGATCTCGTTGAATATCTTGAGGCTTTGGAGTGGTCTGGATGCAATGCCACATTACCGCAAATTGGTGATGTCAAGATCAATGCAGCATACTTCAGGAGGTTTGACTATAGCAGTGCATCGGTCCGTTTGGTGGCATCTGTGCCTGGCTATCATAAAGGT
ACTAAGCTGAAAAAGTGGGGGCATATGAAGCTTCGAACAATCTTGCAAGAGCAATGCTTTGAAAATGAATTCCAAGGTTCTCCACTTGTCTATCAGTTTTCTTCTCTTGGATCTTTGGATGAGAAGTGGATGACAGAGTTAGCTTCATCAATGTGCTCAGGATCTACTTTGGATAAGCAACCTTTAGGTTCTGGAAGCGT
GCAAATAATTTGGCCTACAGTTGAAGATGTTCGATGCTCAATTGAGGGTTATGCTGCTGGTAATGCAATTCCTAGCCCCCAAAAGAATGTGGAAAAGGAATTTTTGAAGAAATACTGGGCTCGGTGGCAAGCTAATCACACAGGCCGATGTCGTGCGATGCCTCATATAAAAACATATGCACGCCACAATGGCCAAGCCC
TTGCATGGTTTCTTCTCACTTCTTCAAATCTCAGCAAAGCTGCTTGGGGTGCACTTCAGAAAAATGGTTCTCAACTGATGATCCGTTCTTATGAGCTAGGTGTTATCTTCTTGCCATCTCTTGTTTTAAAGTCGGGCATAAAGTTTTCCTGTACAGATGATTATGGCCCTCAGCAGGGAAATGTTCGTGGAAACTATTGC
TCCCAGTTAGTCACTCTTTGTTGGCAAGGAGAAAAAAGCAGAGAATCAACATCCTCCGAAATTGTCACTCTGCCTGTGCCTTACAGATTACCTCCACTTCCCTACACATCCGAAGATGTACCATGGTCGTGGGATAGGCAATATCGCAAACCTGATGTGTATGGGGAGCTTTGGCCACGTTCCGTCAAATTGTATACAAA
TCAATAATAATAATAAGCAAATCGGAAATGAGATTAAACTACGTCACGTAGCATGTTTTTGTCGGTTTTTCTAGTGTTCATGCTTAACAAAGCCATTGATGGGCAAAATCTTCCTGTCTCTTTACTATTATTTTGGTATGTGTCCTGTTCTTCTAGTTTAGTCCGAGCCTTGCAATGTGAATGAAAAATATAGTTTTCTT
TTACTTTTTCAAATTGATAATTGTATGTTTCCTGAATGTTTGTACGGCTGAATGTATTTTCTTACAGCTCATCTCTCTCATGCGCGCACATACGAACTGTCCATCTAGTAGAGAACCTGGACGTAGATCTATGCTAAAAAGTAATGTTGCCTTGCAAATGTCCGATGGTTGGTCTTCTTAGGAGTTTAAATTCAACTCTA
ATGTTAATTTTCATGAGTTCATTCCTCCTCAGTTGCATCCTACAAAGATGAGAGTAGATGAGAAACAATCTTATTTGCATTGGTACTAGATTATACTCATTCGAGTATACTATACATTACTGCCATTTTAGTGAATAGGGATGGTGCATATTATTTCCATTTTAGTGAATGGGGATGGTGCATATTATTTGTGTAAGGGA
CTGTGATGCACTTTATTTGTCATGTAATGTTTTGGACAGTTTGTTATCCTTTCTTAAAAACCATTTTATTTCAAATTAAATTTTATAGTTGTGTCATCCTTTGTTTTAAACTATTTATAGAGATACTCCTTTCTATCTTTGCAG

>TRINITY_DN45591_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGGATTTAAAAAGTTTGCTCTCGTGCTACGTGTAGTCTGCAAATCAGAGGCTTTGTTAAAAATGCATGAAGCACAATGTGAAATTCGATTTGATCATTTCTATAGAGCGGAACACATAAATTGAGAAAGGCCCGAGAGGAAACGGTGGATCCAAGATGGGAGATGGCGTGCCAATAGAAGCATGTTCTCATTGAATTAAG
CTTTTAACACCACACGCGTGCACTTGGTAAACAGATTAAATGTAAGAGCATTATCGAGCAGGAGCATTCTCAGTCTCTGCAGGATTTCCGCCATGGCCGAACCCCGGgtaagagttggtgttttagtgccattgaaagacaatgaagaagaagactcttcaatctgtcctttaacaatttttcaaggttcaaacacagTT
GGGCGCAATGACCTACCAATGGCCAATAAGCAAGTTAGCCGCAAGCATATCCATTTGAATGGTTTAGCAGACGGGTCTGCTGAAATTTTCGTGGAAGGTCAGAATCCAGTCAGTCTTAGGTCAGGAAACTCAAGAAAAAGGCTCTCTCCACATGAACAAGGTGCTCTTGGAGATGGAGATATTTTAGAATTGATTCCAGG
AAAACTCCCTTTCAAGTATAAGGTTGCAGTCGATGAGAGGGAAAAAGATCCTCCATCAGCACAATGTGGAGAAGCCAATGACCACTTTGAGTCCTCAGTTGATGTTAAAGAATTAATTGAAGTTGAAAAACACTTGCTCAAACGGAAACGGCAGGTTCTTGACGATGAAGCTTTTGCAAGGACTTTGCAGGCCATTGAAA
TTGAACAAGCAACTGGTGGTTCGAGAATGGCTTCTACGTCAATGAATGCAAGGAATGCCAGTGATGACCAAGGTTTAATGCATGATGTTGGCTTGAAAGATGAGAATGGTTCAGTTAATAATGGTGGGTCAAGGCCAATTCGATGCTTTAATATCCCTAAAGAAATTCAGTCTTCAACATTTCAACTCATGCGAGTTCAA
GGTTTGCCCACATGGGCCAATTCTGGATCGGTTTCAATTTCTGATGTGATTCAGGGCGATGTGCTTGTGGCAATCCTTTCGAACTACATGGTCGACATGGACTGGCTTCTGTCGGCTTGTCCACTTCTAAGGACAATTCCTCGTGTGTTGGTAATACATGGAGAAAGTGATCACGCATTTGCACATATGAAGAAGGAAAA
ACCTACAAGCTGGTTGCTTTACAAGCCACCGTTGCGCATTTCTTATGGGACACATCACTCCAAAGCCATGCTTCTGGTGTACTCAAGAGGAGTTCGAGTTGTTGTGCACACATCAAATTTAATTTATGTTGACTGGAATAACAAGACTCAGGGTCTTTGGATGCAAGACTTCCCTGTAAAAGAGAAAAAAGATATTGGGA
AAACGTCACCATTTGAAAATGATCTCGTTGAATATCTTGAGGCTTTGGAGTGGTCTGGATGCAATGCCACATTACCGCAAATTGGTGATGTCAAGATCAATGCAGCATACTTCAGGAGGTTTGACTATAGCAGTGCATCGGTCCGTTTGGTGGCATCTGTGCCTGGCTATCATAAAGGTACTAAGCTGAAAAAGTGGGGG
CATATGAAGCTTCGAACAATCTTGCAAGAGCAATGCTTTGAAAATGAATTCCAAGGTTCTCCACTTGTCTATCAGTTTTCTTCTCTTGGATCTTTGGATGAGAAGTGGATGACAGAGTTAGCTTCATCAATGTGCTCAGGATCTACTTTGGATAAGCAACCTTTAGGTTCTGGAAGCGTGCAAATAATTTGGCCTACAGT
TGAAGATGTTCGATGCTCAATTGAGGGTTATGCTGCTGGTAATGCAATTCCTAGCCCCCAAAAGAATGTGGAAAAGGAATTTTTGAAGAAATACTGGGCTCGGTGGCAAGCTAATCACACAGGCCGATGTCGTGCGATGCCTCATATAAAAACATATGCACGCCACAATGGCCAAGCCCTTGCATGGTTTCTTCTCACTT
CTTCAAATCTCAGCAAAGCTGCTTGGGGTGCACTTCAGAAAAATGGTTCTCAACTGATGATCCGTTCTTATGAGCTAGGTGTTATCTTCTTGCCATCTCTTGTTTTAAAGTCGGGCATAAAGTTTTCCTGTACAGATGATTATGGCCCTCAGCAGGGAAATGTTCGTGGAAACTATTGCTCCCAGTTAGTCACTCTTTGT
TGGCAAGGAGAAAAAAGCAGAGAATCAACATCCTCCGAAATTGTCACTCTGCCTGTGCCTTACAGATTACCTCCACTTCCCTACACATCCGAAGATGTACCATGGTCGTGGGATAGGCAATATCGCAAACCTGATGTGTATGGGGAGCTTTGGCCACGTTCCGTCAAATTGTATACAAATCAATAATAATAATAAGCAAA
TCGGAAATGAGATTAAACTACGTCACGTAGCATGTTTTTGTCGGTTTTTCTAGTGTTCATGCTTAACAAAGCCATTGATGGGCAAAATCTTCCTGTCTCTTTACTATTATTTTGGTATGTGTCCTGTTCTTCTAGTTTAGTCCGAGCCTTGCAATGTGAATGAAAAATATAGTTTTCTTTTACTTTTTCAAATTGATAAT
TGTATGTTTCCTGAATGTTTGTACGGCTGAATGTATTTTCTTACAGCTCATCTCTCTCATGCGCGCACATACGAACTGTCCATCTAGTAGAGAACCTGGACGTAGATCTATGCTAAAAAGTAATGTTGCCTTGCAAATGTCCGATGGTTGGTCTTCTTAGGAGTTTAAATTCAACTCTAATGTTAATTTTCATGAGTTCA
TTCCTCCTCAGTTGCATCCTACAAAGATGAGAGTAGATGAGAAACAATCTTATTTGCATTGGTACTAGATTATACTCATTCGAGTATACTATACATTACTGCCATTTTAGTGAATAGGGATGGTGCATATTATTTCCATTTTAGTGAATGGGGATGGTGCATATTATTTGTGTAAGGGACTGTGATGCACTTTATTTGTC
ATGTAATGTTTTGGACAGTTTGTTATCCTTTCTTAAAAACCATTTTATTTCAAATTAAATTTTATAGTTGTGTCATCCTTTGTTTTAAACTATTTATAGAGATACTCCTTTCTATCTTTGCAGATACAAGTATTTGTCATATTTTCAGAGAATCAAATACTGTTGCAGATGAACTTTCGAAAAGGTCAATTGCAAGGAAT
GAAGGAATTCTATACTTTGAGGAATTTGTGGAGGATTCTCTATCTTCGAATGGCTGTCTTTTTTCTTACTTAGCATGTTCAAGTTGTTACTTTTGGTTGGATTGTATATTTTCAGAATCCTTGTAGTCTCTCTAGCTATGTTTGAGAGATAATTGTGAACTTTGAGTGATAGCAAGTTTTTTTTATCTTTGGTCTTTTGG
ATGGTAAGGTGACTGACTTTATCATCACTGCTAGATAGATCATTAGCTGATGGTGCCATCTGCTATGATGCTTTTTGAACTATGTATTGTCCATATGTTTTCTTTGATTCTTAATGAATACCAAGAAAACATGGTTTTTTTCTGCTTGAAAAAAAGCTATTTAATATCAAATTTAAAATATTTTGGTGGGG

Intron 3 GTAATGTTGC ... ATCTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55.43	20	26.4	9
A2	55.72	22	29.8	2
A3	50.42	14	14.8	0
A4	60.54	12	19.8	3
A5	82.91	5	24.4	1
A6	62.73	89	158.2	4
A7	62.89	68	122.6	2
A8	60.15	101	160.6	5
A9	65.66	76	149.8	2
A10	60.26	51	80.6	6

>TRINITY_DN45591_c0_g1_i15 from sample A8 / Example spliced isoform

CAGGGGTTTTGATGTTTTTTGTTTTGGTGTCAATTACAATACTGAAGCTTTCAACTTTCGTCCCATTACAGGAGATGGCGTGCCAATAGAAGCATGTTCTCATTGAATTAAGCTTTTAACACCACACGCGTGCACTTGGTAAACAGATTGAATGTAAGAGCATTATCGAGCAGGAGCATTCTCAGTCTCTGCAGGATTTC
CGCCATGGCCGAACCCCGGGTAAGAGTTGGTGTTTTAGTGCCATTGAAAGACAATGAAGAAGAAGACTCTTCAATCTGTCCTTTAACAATTTTTCAAGGTTCAAACACAGTTGGGCGCAATGACCTACCAATGGCCAATAAGCAAGTTAGCCGCAAGCATATCCATTTGAATGGTTTAGCAGACGGGTCTGCTGAAATTT
TCGTGGAAGGTCAGAATCCAGTCAGTCTTAGGTCAGGAAACTCAAGAAAAAGGCTCTCTCCACATGAACAAGGTGCTCTTGGAGATGGAGATATTTTAGAATTGATTCCAGGAAAACTCCCTTTCAAGTATAAGGTTGCAGTCGATGAGAGGGAAAAAGATCCTCCATCAGCACAATGTGGAGAAGCCAATGACCACTTT
GAGTCCTCAGTTGATGTTAAAGAATTAATTGAAGTTGAAAAACACTTGCTCAAACGGAAACGGCAGGTTCTTGACGATGAAGCTTTTGCAAGGACTTTGCAGGCCATTGAAATTGAACAAGCAACTGGTGGTTCGAGAATGGCTTCTACGTCAATGAATGCAAGGAATGCCAGTGATGACCAAGGTTTAATGCATGATGT
TGGCTTGAAAGATGAGAATGGTTCAGTTAATAATGGTGGGTCAAGGCCAATTCGATGCTTTAATATCCCTAAAGAAATTCAGTCTTCAACATTTCAACTCATGCGAGTTCAAGGTTTGCCCACATGGGCCAATTCTGGATCGGTTTCAATTTCTGATGTGATTCAGGGCGATGTGCTTGTGGCAATCCTTTCGAACTACA
TGGTCGACATGGACTGGCTTCTGTCGGCTTGTCCACTTCTAAGGACAATTCCTCGTGTGTTGGTAATACATGGAGAAAGTGATCACGCATTTGCACATATGAAGAAGGAAAAACCTACAAGCTGGTTGCTTTACAAGCCACCGTTGCGCATTTCTTATGGGACACATCACTCCAAAGCCATGCTTCTGGTGTACTCAAGA
GGAGTTCGAGTTGTTGTGCACACATCAAATTTAATTTATGTTGACTGGAATAACAAGACTCAGGGTCTTTGGATGCAAGACTTCCCTGTAAAAGAGAAAAAAGATATTGGGAAAACGTCACCATTTGAAAATGATCTCGTTGAATATCTTGAGGCTTTGGAGTGGTCTGGATGCAATGCCACATTACCGCAAATTGGTGA
TGTCAAGATCAATGCAGCATACTTCAGGAGGTTTGACTATAGCAGTGCATCGGTCCGTTTGGTGGCATCTGTGCCTGGCTATCATAAAGGTACTAAGCTGAAAAAGTGGGGGCATATGAAGCTTCGAACAATCTTGCAAGAGCAATGCTTTGAAAATGAATTCCAAGGTTCTCCACTTGTCTATCAGTTTTCTTCTCTTG
GATCTTTGGATGAGAAGTGGATGACAGAGTTAGCTTCATCAATGTGCTCAGGATCTACTTTGGATAAGCAACCTTTAGGTTCTGGAAGCGTGCAAATAATTTGGCCTACAGTTGAAGATGTTCGATGCTCAATTGAGGGTTATGCTGCTGGTAATGCAATTCCTAGCCCCCAAAAGAATGTGGAAAAGGAATTTTTGAAG
AAATACTGGGCTCGGTGGCAAGCTAATCACACAGGCCGATGTCGTGCGATGCCTCATATAAAAACATATGCACGCCACAATGGCCAAGCCCTTGCATGGTTTCTTCTCACTTCTTCAAATCTCAGCAAAGCTGCTTGGGGTGCACTTCAGAAAAATGGTTCTCAACTGATGATCCGTTCTTATGAGCTAGGTGTTATCTT
CTTGCCATCTCTTGTTTTAAAGTCGGGCATAAAGTTTTCCTGTACAGATGATTATGGCCCTCAGCAGGGAAATGTTCGTGGAAACTATTGCTCCCAGTTAGTCACTCTTTGTTGGCAAGGAGAAAAAAGCAGAGAATCAACATCCTCCGAAATTGTCACTCTGCCTGTGCCTTACAGATTACCTCCACTTCCCTACACAT
CCGAAGATGTACCATGGTCGTGGGATAGGCAATATCGCAAACCTGATGTGTATGGGGAGCTTTGGCCACGTTCCGTCAAATTGTATACAAATCAATAATAATAATAAGCAAATCGGAAATGAGATTAAACTACGTCACGTAGCATGTTTTTGTCGGTTTTTCTAGTGTTCATGCTTAACAAAGCCATTGATGGGCAAAAT
CTTCCTGTCTCTTTACTATTATTTTGCTCATCTCTCTCATGCGCGCACATACGAACTGTCCATCTAGTAGAGAACCTGGACGTAGATCTATGCTAAAAAATACAAGTATTTGTCATATTTTCAGAGAATCAAATACTGTTGCAGATGAACTTTCGAAAAGGTCAATTGCAAGGAATGAAGGAATTCTATACTTTGAGGAA
TTTGTGGAGGATTCTCTTTCTTCAAATGGCTGTCTTTTTTCTTACTTAGCATGTTCAAGTTGTTACTTTTGGTTGGATTGTATATTTTCAGAATCCTTGTAGTCTCTCTAGCTATGTTTGAGAGATAATTGTGAACTTTGAGTGATAGCAAGTTTTTTTTATCTTTGGTCTTTTGGATGGTAAGGTGACTGACTTTATCA
TCACTGCTAGATAGATCATTAGCTGATGGTGCCATCTGCTATGATGCTTTTTGAACTATGTATTGTCCATATGTTTTCTTTGATTCTTAATGAATACCAAGAAAACATGGTTTTTTTCTGCTTGAAAAAAAGCTATTTAATATCAAATTTAAAATATTTTGGTGGGG

>TRINITY_DN45591_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGGATTTAAAAAGTTTGCTCTCGTGCTACGTGTAGTCTGCAAATCAGAGGCTTTGTTAAAAATGCATGAAGCACAATGTGAAATTCGATTTGATCATTTCTATAGAGCGGAACACATAAATTGAGAAAGGCCCGAGAGGAAACGGTGGATCCAAGATGGGAGATGGCGTGCCAATAGAAGCATGTTCTCATTGAATTAAG
CTTTTAACACCACACGCGTGCACTTGGTAAACAGATTAAATGTAAGAGCATTATCGAGCAGGAGCATTCTCAGTCTCTGCAGGATTTCCGCCATGGCCGAACCCCGGGTAAGAGTTGGTGTTTTAGTGCCATTGAAAGACAATGAAGAAGAAGACTCTTCAATCTGTCCTTTAACAATTTTTCAAGGTTCAAACACAGTT
GGGCGCAATGACCTACCAATGGCCAATAAGCAAGTTAGCCGCAAGCATATCCATTTGAATGGTTTAGCAGACGGGTCTGCTGAAATTTTCGTGGAAGGTCAGAATCCAGTCAGTCTTAGGTCAGGAAACTCAAGAAAAAGGCTCTCTCCACATGAACAAGGTGCTCTTGGAGATGGAGATATTTTAGAATTGATTCCAGG
AAAACTCCCTTTCAAGTATAAGGTTGCAGTCGATGAGAGGGAAAAAGATCCTCCATCAGCACAATGTGGAGAAGCCAATGACCACTTTGAGTCCTCAGTTGATGTTAAAGAATTAATTGAAGTTGAAAAACACTTGCTCAAACGGAAACGGCAGGTTCTTGACGATGAAGCTTTTGCAAGGACTTTGCAGGCCATTGAAA
TTGAACAAGCAACTGGTGGTTCGAGAATGGCTTCTACGTCAATGAATGCAAGGAATGCCAGTGATGACCAAGGTTTAATGCATGATGTTGGCTTGAAAGATGAGAATGGTTCAGTTAATAATGGTGGGTCAAGGCCAATTCGATGCTTTAATATCCCTAAAGAAATTCAGTCTTCAACATTTCAACTCATGCGAGTTCAA
GGTTTGCCCACATGGGCCAATTCTGGATCGGTTTCAATTTCTGATGTGATTCAGGGCGATGTGCTTGTGGCAATCCTTTCGAACTACATGGTCGACATGGACTGGCTTCTGTCGGCTTGTCCACTTCTAAGGACAATTCCTCGTGTGTTGGTAATACATGGAGAAAGTGATCACGCATTTGCACATATGAAGAAGGAAAA
ACCTACAAGCTGGTTGCTTTACAAGCCACCGTTGCGCATTTCTTATGGGACACATCACTCCAAAGCCATGCTTCTGGTGTACTCAAGAGGAGTTCGAGTTGTTGTGCACACATCAAATTTAATTTATGTTGACTGGAATAACAAGACTCAGGGTCTTTGGATGCAAGACTTCCCTGTAAAAGAGAAAAAAGATATTGGGA
AAACGTCACCATTTGAAAATGATCTCGTTGAATATCTTGAGGCTTTGGAGTGGTCTGGATGCAATGCCACATTACCGCAAATTGGTGATGTCAAGATCAATGCAGCATACTTCAGGAGGTTTGACTATAGCAGTGCATCGGTCCGTTTGGTGGCATCTGTGCCTGGCTATCATAAAGGTACTAAGCTGAAAAAGTGGGGG
CATATGAAGCTTCGAACAATCTTGCAAGAGCAATGCTTTGAAAATGAATTCCAAGGTTCTCCACTTGTCTATCAGTTTTCTTCTCTTGGATCTTTGGATGAGAAGTGGATGACAGAGTTAGCTTCATCAATGTGCTCAGGATCTACTTTGGATAAGCAACCTTTAGGTTCTGGAAGCGTGCAAATAATTTGGCCTACAGT
TGAAGATGTTCGATGCTCAATTGAGGGTTATGCTGCTGGTAATGCAATTCCTAGCCCCCAAAAGAATGTGGAAAAGGAATTTTTGAAGAAATACTGGGCTCGGTGGCAAGCTAATCACACAGGCCGATGTCGTGCGATGCCTCATATAAAAACATATGCACGCCACAATGGCCAAGCCCTTGCATGGTTTCTTCTCACTT
CTTCAAATCTCAGCAAAGCTGCTTGGGGTGCACTTCAGAAAAATGGTTCTCAACTGATGATCCGTTCTTATGAGCTAGGTGTTATCTTCTTGCCATCTCTTGTTTTAAAGTCGGGCATAAAGTTTTCCTGTACAGATGATTATGGCCCTCAGCAGGGAAATGTTCGTGGAAACTATTGCTCCCAGTTAGTCACTCTTTGT
TGGCAAGGAGAAAAAAGCAGAGAATCAACATCCTCCGAAATTGTCACTCTGCCTGTGCCTTACAGATTACCTCCACTTCCCTACACATCCGAAGATGTACCATGGTCGTGGGATAGGCAATATCGCAAACCTGATGTGTATGGGGAGCTTTGGCCACGTTCCGTCAAATTGTATACAAATCAATAATAATAATAAGCAAA
TCGGAAATGAGATTAAACTACGTCACGTAGCATGTTTTTGTCGGTTTTTCTAGTGTTCATGCTTAACAAAGCCATTGATGGGCAAAATCTTCCTGTCTCTTTACTATTATTTTGGTATGTGTCCTGTTCTTCTAGTTTAGTCCGAGCCTTGCAATGTGAATGAAAAATATAGTTTTCTTTTACTTTTTCAAATTGATAAT
TGTATGTTTCCTGAATGTTTGTACGGCTGAATGTATTTTCTTACAGCTCATCTCTCTCATGCGCGCACATACGAACTGTCCATCTAGTAGAGAACCTGGACGTAGATCTATGCTAAAAAgtaatgttgccttgcaaatgtccgatggttggtcttcttaggagtttaaattcaactctaatgttaattttcatgagttca
ttcctcctcagttgcatcctacaaagatgagagtagatgagaaacaatcttatttgcattggtactagattatactcattcgagtatactatacattactgccattttagtgaatagggatggtgcatattatttccattttagtgaatggggatggtgcatattatttgtgtaagggactgtgatgcactttatttgtc
atgtaatgttttggacagtttgttatcctttcttaaaaaccattttatttcaaattaaattttatagttgtgtcatcctttgttttaaactatttatagagatactcctttctatctttgcagATACAAGTATTTGTCATATTTTCAGAGAATCAAATACTGTTGCAGATGAACTTTCGAAAAGGTCAATTGCAAGGAAT
GAAGGAATTCTATACTTTGAGGAATTTGTGGAGGATTCTCTATCTTCGAATGGCTGTCTTTTTTCTTACTTAGCATGTTCAAGTTGTTACTTTTGGTTGGATTGTATATTTTCAGAATCCTTGTAGTCTCTCTAGCTATGTTTGAGAGATAATTGTGAACTTTGAGTGATAGCAAGTTTTTTTTATCTTTGGTCTTTTGG
ATGGTAAGGTGACTGACTTTATCATCACTGCTAGATAGATCATTAGCTGATGGTGCCATCTGCTATGATGCTTTTTGAACTATGTATTGTCCATATGTTTTCTTTGATTCTTAATGAATACCAAGAAAACATGGTTTTTTTCTGCTTGAAAAAAAGCTATTTAATATCAAATTTAAAATATTTTGGTGGGG

Intron 4 GTAAGCCAGG ... TGGTAAACAG

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A10	63.71	45	0	79

>TRINITY_DN121280_c1_g1_i13 from sample A2 / Example spliced isoform

ATTCGATTTGATCATTTCTATAGAGCGGAACACATAAATTGAGAAAGGCCCGAGAGGAAACGGTGGCTCCAAGATGGATTGAATGTAAGAGCATTATCGAGCAGGAGCATTCTCAGTCTCTGCAGGATTTCCGCCATGGCCGAACCCCGGGTAAGAGTTGGTGTTTTAGTGCCATTGAAAGACAATGAAGAAGAAGACTC
TTCAATCTGTCCTTTAACAATTTTTCAAGGTTCAAACACAGTTGGGCGCAATGACCTACCAATGGCCAATAAGCAAGTTAGCCGCAAGCATATCCATTTGAATGGTTTAGCAGACGGGTCTGCTGAAATTTTCGTGGAAGGTCAGAATCCAGTCAGTCTTAGGTCAGGAAACTCAAGAAAAAGGCTCTCTCCACATGAAC
AAGGTGCTCTTGGAGATGGAGATATTTTAGAATTGATTCCAGGAAACCTCCCTTTCAAGTATAAGGTTGCAGTCGATGAGAGGGAAAAAGATCCTCCATCAGCACAATGTGGAGAAGCCAATGACCACTTTGAGTCCTCAGTTGATGTTAAAGAATTAATTGAAGTTGAAAAACACTTGCTCAAACGGAAACGGCAGGTT
CTTGACGATGAAGCTTTTGCAAGGACTTTGCAGGCCATTGAAATTGAACAAGCAACTGGTGGTTCGAGAATGGCTTCTACGTCAATGAATGCAAGGAATGCCAGTGATGACCAAGGTTTAATGCATGATGTTGGCTTGAAAGATGAGAATGGTTCAGTTAATAATGGTGGGTCAAGGCCAATTCGATGCTTTAATATCCC
TAAAGAAATTCAGTCTTCAACATTTCAACTCATGCGAGTTCAAGGTTTGCCCACATGGGCCAATTCTGGATCGGTTTCAATTTCTGATGTGATTCAGGGCGATGTGCTTGTGGCAATCCTTTCGAACTACATGGTCGACATGGACTGGCTTCTGTCGGCTTGTCCACTTCTAAGGACAATTCCTCGTGTGTTGGTAATAC
ATGGAGAAAGTGATCACGCATTTGCACATATGAAGAAGGAAAAACCTACAAGCTGGTTGCTTTACAAGCCACCGTTGCGCATTTCTTATGGGACACATCACTCCAAAGCCATGCTTCTGGTGTACTCAAGAGGAGTTCGAGTTGTTGTGCACACATCAAATTTAATTTATGTTGACTGGAATAACAAGACTCAGGGTCTT
TGGATGCAAGACTTCCCTGTAAAAGAGAAAAAAGATATTGGGAAAACGTCACCATTTGAAGAGGATCTCGTTGAATATCTTGAGGCTTTGGAGTGGTCTGGATGCAATGCCACATTACCGCAAATTGGTGATGTCAAGATCAATGCAGCATACTTCAGGAGGTTTGACTATAGCAGTGCATCGGTCCGTTTGGTGGCATC
TGTGCCTGGCTATCATAAAGGTACTAAGCTGAAAAAGTGGGGGCATATGAAGCTTCGAACAATCTTGCAAGAGCAATGCTTTGAAAATGAATTCCAAGGTTCTCCACTTGTCTATCAGTTTTCTTCTCTTGGATCTTTGGATGAGAAGTGGATGACAGAATTAGCTTCATCAATGTGCTCAGGATCTACTTTGGATAAGC
AACCTTTAGGTTCTGGAAGCGTGCAAATAATTTGGCCTACAGTTGAAGATGTTCGATGCTCAATTGAGGGTTATGCTGCTGGTAATGCAATTCCTAGCCCCCAAAAGAATGTGGAAAAGGAATTTTTGAAGAAATACTGGGCTCGGTGGCAAGCTAATCACACAGGCCGATGTCGTGCGATGCCTCATATAAAAACATAT
GCACGCCACAATGGCCAAGCCCTTGCATGGTTTCTTCTCACTTCTTCAAATCTCAGCAAAGCTGCTTGGGGTGCACTTCAGAAAAATGGTTCTCAACTGATGATCCGTTCTTATGAGCTAGGTGTTATCTTCTTGCCATCTCTTGTTTTAAAGTCGGGCATAAAGTTTTCCTGTACAGATGATTATGGCCCTCAGCAGGG
AAATGTTCGTGGAAACTATTGCTCCCAGTTAGTCACTCTTTGTTGGCAAGGAGAAAAAAGCAGAGAATCAACATCCTCCGAAATTGTCACTCTGCCTGTGCCTTACAGATTACCTCCACTTCCTTACACATCCGAAGATGTACCATGGTCGTGGGATAGGCAATATCGCAAACCTGATGTGTATGGGGAGCTTTGGCCAC
GTTCCGTCAAATTGTATACAAATCAATAATAATAATAAGCAAATCGGAAATGAGATTAAACTACGTCACGTAGCATGTTTTTGTCGGTTTTTCTAGTGTTCATGCTTAACAAAGCCATTGATGGGCAAAATCTTCCTGTCTCTTTACTATTATTTTGCTCATCTCTCTCATGCGCGCACATACGAACTGTCCATCTAGTA
GAGAACCTGGACGTAGATCTATGCTAAAAAGTAATGTTGCCATGCAAATGTCCGATGGTTGGTCTTCTTAGGAGTTTAAATTCAACTCTAATGTTAATTTTCATGAGTTCATTCCTCCTCAGTTGCATCCTACAAAGATGAGAGTAGATGAGAAACAATCTTATTTGCATTGGTACTAGATTATACTCATTCGAGTATAC
TATACATTACTGCCATTTTAGTGAATAGGGATGGTGCATATTATTTCCATTTTAGTGAATGGGGATGGTGCATATTATTTGTGTAAGGGACTGTGATGCACTTTATTTGTCATGTAATGTTTTGGACAGTTTGTTATCCTTTCTTAAAAACCATTTTATTTCAAATTAAAAAA

>TRINITY_DN121280_c1_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CGTGGCTCCAAGATGGgtaagccaggggttttgatgttttttgttttggtgtcaattacaatactgaagctttcaactttcgtcccattacaggagatggcgtgccaatagaagcatgttctcattgaattaagcttttaacaccacacgcgtgcacttggtaaacagATTGAATGTAAGAGCATTATCGAGCAGGAGCA
TTCTCAGTCTCTGCAGGATTTCCGCCATGGCCGAACCCCGGGTAAGAGTTGGTGTTTTAGTGCCATTGAAAGACAATGAAGAAGAAGACTCTTCAATCTGTCCTTTAACAATTTTTCAAGGTTCAAACACAGTTGGGCGCAATGACCTACCAATGGCCAATAAGCAAGTTAGCCGCAAGCATATCCATTTGAATGGTTTA
GCAGACGGGTCTGCTGAAATTTTCGTGGAAGGTCAGAATCCAGTCAGTCTTAGGTCAGGAAACTCAAGAAAAAGGCTCTCTCCACATGAACAAGGTGCTCTTGGAGATGGAGATATTTTAGAATTGATTCCAGGAAACCTCCCTTTCAAGTATAAGGTTGCAGTCGATGAGAGGGAAAAAGATCCTCCATCAGCACAATG
TGGAGAAGCCAATGACCACTTTGAGTCCTCAGTTGATGTTAAAGAATTAATTGAAGTTGAAAAACACTTGCTCAAACGGAAACGGCAGGTTCTTGACGATGAAGCTTTTGCAAGGACTTTGCAGGCCATTGAAATTGAACAAGCAACTGGTGGTTCGAGAATGGCTTCTACGTCAATGAATGCAAGGAATGCCAGTGATG
ACCAAGGTTTAATGCATGATGTTGGCTTGAAAGATGAGAATGGTTCAGTTAATAATGGTGGGTCAAGGCCAATTCGATGCTTTAATATCCCTAAAGAAATTCAGTCTTCAACATTTCAACTCATGCGAGTTCAAGGTTTGCCCACATGGGCCAATTCTGGATCGGTTTCAATTTCTGATGTGATTCAGGGCGATGTGCTT
GTGGCAATCCTTTCGAACTACATGGTCGACATGGACTGGCTTCTGTCGGCTTGTCCACTTCTAAGGACAATTCCTCGTGTGTTGGTAATACATGGAGAAAGTGATCACGCATTTGCACATATGAAGAAGGAAAAACCTACAAGCTGGTTGCTTTACAAGCCACCGTTGCGCATTTCTTATGGGACACATCACTCCAAAGC
CATGCTTCTGGTGTACTCAAGAGGAGTTCGAGTTGTTGTGCACACATCAAATTTAATTTATGTTGACTGGAATAACAAGACTCAGGGTCTTTGGATGCAAGACTTCCCTGTAAAAGAGAAAAAAGATATTGGGAAAACGTCACCATTTGAAGAGGATCTCGTTGAATATCTTGAGGCTTTGGAGTGGTCTGGATGCAATG
CCACATTACCGCAAATTGGTGATGTCAAGATCAATGCAGCATACTTCAGGAGGTTTGACTATAGCAGTGCATCGGTCCGTTTGGTGGCATCTGTGCCTGGCTATCATAAAGGTACTAAGCTGAAAAAGTGGGGGCATATGAAGCTTCGAACAATCTTGCAAGAGCAATGCTTTGAAAATGAATTCCAAGGTTCTCCACTT
GTCTATCAGTTTTCTTCTCTTGGATCTTTGGATGAGAAGTGGATGACAGAATTAGCTTCATCAATGTGCTCAGGATCTACTTTGGATAAGCAACCTTTAGGTTCTGGAAGCGTGCAAATAATTTGGCCTACAGTTGAAGATGTTCGATGCTCAATTGAGGGTTATGCTGCTGGTAATGCAATTCCTAGCCCCCAAAAGAA
TGTGGAAAAGGAATTTTTGAAGAAATACTGGGCTCGGTGGCAAGCTAATCACACAGGCCGATGTCGTGCGATGCCTCATATAAAAACATATGCACGCCACAATGGCCAAGCCCTTGCATGGTTTCTTCTCACTTCTTCAAATCTCAGCAAAGCTGCTTGGGGTGCACTTCAGAAAAATGGTTCTCAACTGATGATCCGTT
CTTATGAGCTAGGTGTTATCTTCTTGCCATCTCTTGTTTTAAAGTCGGGCATAAAGTTTTCCTGTACAGATGATTATGGCCCTCAGCAGGGAAATGTTCGTGGAAACTATTGCTCCCAGTTAGTCACTCTTTGTTGGCAAGGAGAAAAAAGCAGAGAATCAACATCCTCCGAAATTGTCACTCTGCCTGTGCCTTACAGA
TTACCTCCACTTCCTTACACATCCGAAGATGTACCATGGTCGTGGGATAGGCAATATCGCAAACCTGATGTGTATGGGGAGCTTTGGCCACGTTCCGTCAAATTGTATACAAATCAATAATAATAATAAGCAAATCGGAAATGAGATTAAACTACGTCACGTAGCATGTTTTTGTCGGTTTTTCTAGTGTTCATGCTTAA
CAAAGCCATTGATGGGCAAAATCTTCCTGTCTCTTTACTATTATTTTGCTCATCTCTCTCATGCGCGCACATACGAACTGTCCATCTAGTAGAGAACCTGGACGTAGATCTATGCTAAAAAGTAATGTTGCCATGCAAATGTCCGATGGTTGGTCTTCTTAGGAGTTTAAATTCAACTCTAATGTTAATTTTCATGAGTT
CATTCCTCCTCAGTTGCATCCTACAAAGATGAGAGTAGATGAGAAACAATCTTATTTGCATTGGTACTAGATTATACTCATTCGAGTATACTATACATTACTGCCATTTTAGTGAATAGGGATGGTGCATATTATTTCCATTTTAGTGAATGGGGATGGTGCATATTATTTGTGTAAGGGACTGTGATGCACTTTATTTG
TCATGTAATGTTTTGGACAGTTTGTTATCCTTTCTTAAAAACCATTTTATTTCAAATTAAAAAA

Intron 5 GTTGGTCTTC ... ATCTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	67.13	9	18.4	9
A2	80.3	5	20.4	2
A3	65.89	6	11.6	0
A4	78.59	4	14.8	3
A5	92.05	2	23.2	1
A6	74.4	45	131.4	4
A7	79.73	25	98.8	2
A8	77.86	38	134	5
A9	83.05	25	122.6	2
A10	83.51	12	60.8	6

>TRINITY_DN45591_c0_g1_i12 from sample A8 / Example spliced isoform

CAGGGGTTTTGATGTTTTTTGTTTTGGTGTCAATTACAATACTGAAGCTTTCAACTTTCGTCCCATTACAGGAGATGGCGTGCCAATAGAAGCATGTTCTCATTGAATTAAGCTTTTAACACCACACGCGTGCACTTGGTAAACAGATTGAATGTAAGAGCATTATCGAGCAGGAGCATTCTCAGTCTCTGCAGGATTTC
CGCCATGGCCGAACCCCGGGTAAGAGTTGGTGTTTTAGTGCCATTGAAAGACAATGAAGAAGAAGACTCTTCAATCTGTCCTTTAACAATTTTTCAAGGTTCAAACACAGTTGGGCGCAATGACCTACCAATGGCCAATAAGCAAGTTAGCCGCAAGCATATCCATTTGAATGGTTTAGCAGACGGGTCTGCTGAAATTT
TCGTGGAAGGTCAGAATCCAGTCAGTCTTAGGTCAGGAAACTCAAGAAAAAGGCTCTCTCCACATGAACAAGGTGCTCTTGGAGATGGAGATATTTTAGAATTGATTCCAGGAAAACTCCCTTTCAAGTATAAGGTTGCAGTCGATGAGAGGGAAAAAGATCCTCCATCAGCACAATGTGGAGAAGCCAATGACCACTTT
GAGTCCTCAGTTGATGTTAAAGAATTAATTGAAGTTGAAAAACACTTGCTCAAACGGAAACGGCAGGTTCTTGACGATGAAGCTTTTGCAAGGACTTTGCAGGCCATTGAAATTGAACAAGCAACTGGTGGTTCGAGAATGGCTTCTACGTCAATGAATGCAAGGAATGCCAGTGATGACCAAGGTTTAATGCATGATGT
TGGCTTGAAAGATGAGAATGGTTCAGTTAATAATGGTGGGTCAAGGCCAATTCGATGCTTTAATATCCCTAAAGAAATTCAGTCTTCAACATTTCAACTCATGCGAGTTCAAGGTTTGCCCACATGGGCCAATTCTGGATCGGTTTCAATTTCTGATGTGATTCAGGGCGATGTGCTTGTGGCAATCCTTTCGAACTACA
TGGTCGACATGGACTGGCTTCTGTCGGCTTGTCCACTTCTAAGGACAATTCCTCGTGTGTTGGTAATACATGGAGAAAGTGATCACGCATTTGCACATATGAAGAAGGAAAAACCTACAAGCTGGTTGCTTTACAAGCCACCGTTGCGCATTTCTTATGGGACACATCACTCCAAAGCCATGCTTCTGGTGTACTCAAGA
GGAGTTCGAGTTGTTGTGCACACATCAAATTTAATTTATGTTGACTGGAATAACAAGACTCAGGGTCTTTGGATGCAAGACTTCCCTGTAAAAGAGAAAAAAGATATTGGGAAAACGTCACCATTTGAAAATGATCTCGTTGAATATCTTGAGGCTTTGGAGTGGTCTGGATGCAATGCCACATTACCGCAAATTGGTGA
TGTCAAGATCAATGCAGCATACTTCAGGAGGTTTGACTATAGCAGTGCATCGGTCCGTTTGGTGGCATCTGTGCCTGGCTATCATAAAGGTACTAAGCTGAAAAAGTGGGGGCATATGAAGCTTCGAACAATCTTGCAAGAGCAATGCTTTGAAAATGAATTCCAAGGTTCTCCACTTGTCTATCAGTTTTCTTCTCTTG
GATCTTTGGATGAGAAGTGGATGACAGAGTTAGCTTCATCAATGTGCTCAGGATCTACTTTGGATAAGCAACCTTTAGGTTCTGGAAGCGTGCAAATAATTTGGCCTACAGTTGAAGATGTTCGATGCTCAATTGAGGGTTATGCTGCTGGTAATGCAATTCCTAGCCCCCAAAAGAATGTGGAAAAGGAATTTTTGAAG
AAATACTGGGCTCGGTGGCAAGCTAATCACACAGGCCGATGTCGTGCGATGCCTCATATAAAAACATATGCACGCCACAATGGCCAAGCCCTTGCATGGTTTCTTCTCACTTCTTCAAATCTCAGCAAAGCTGCTTGGGGTGCACTTCAGAAAAATGGTTCTCAACTGATGATCCGTTCTTATGAGCTAGGTGTTATCTT
CTTGCCATCTCTTGTTTTAAAGTCGGGCATAAAGTTTTCCTGTACAGATGATTATGGCCCTCAGCAGGGAAATGTTCGTGGAAACTATTGCTCCCAGTTAGTCACTCTTTGTTGGCAAGGAGAAAAAAGCAGAGAATCAACATCCTCCGAAATTGTCACTCTGCCTGTGCCTTACAGATTACCTCCACTTCCCTACACAT
CCGAAGATGTACCATGGTCGTGGGATAGGCAATATCGCAAACCTGATGTGTATGGGGAGCTTTGGCCACGTTCCGTCAAATTGTATACAAATCAATAATAATAATAAGCAAATCGGAAATGAGATTAAACTACGTCACGTAGCATGTTTTTGTCGGTTTTTCTAGTGTTCATGCTTAACAAAGCCATTGATGGGCAAAAT
CTTCCTGTCTCTTTACTATTATTTTGCTCATCTCTCTCATGCGCGCACATACGAACTGTCCATCTAGTAGAGAACCTGGACGTAGATCTATGCTAAAAAGTAATGTTGCCATGCAAATGTCCGATGATACAAGTATTTGTCATATTTTCAGAGAATCAAATACTGTTGCAGATGAACTTTCGAAAAGGTCAATTGCAAGG
AATGAAGGAATTCTATACTTTGAGGAATTTGTGGAGGATTCTCT

>TRINITY_DN45591_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CAGGGGTTTTGATGTTTTTTGTTTTGGTGTCAATTACAATACTGAAGCTTTCAACTTTCGTCCCATTACAGGAGATGGCGTGCCAATAGAAGCATGTTCTCATTGAATTAAGCTTTTAACACCACACGCGTGCACTTGGTAAACAGATTGAATGTAAGAGCATTATCGAGCAGGAGCATTCTCAGTCTCTGCAGGATTTC
CGCCATGGCCGAACCCCGGGTAAGAGTTGGTGTTTTAGTGCCATTGAAAGACAATGAAGAAGAAGACTCTTCAATCTGTCCTTTAACAATTTTTCAAGGTTCAAACACAGTTGGGCGCAATGACCTACCAATGGCCAATAAGCAAGTTAGCCGCAAGCATATCCATTTGAATGGTTTAGCAGACGGGTCTGCTGAAATTT
TCGTGGAAGGTCAGAATCCAGTCAGTCTTAGGTCAGGAAACTCAAGAAAAAGGCTCTCTCCACATGAACAAGGTGCTCTTGGAGATGGAGATATTTTAGAATTGATTCCAGGAAAACTCCCTTTCAAGTATAAGGTTGCAGTCGATGAGAGGGAAAAAGATCCTCCATCAGCACAATGTGGAGAAGCCAATGACCACTTT
GAGTCCTCAGTTGATGTTAAAGAATTAATTGAAGTTGAAAAACACTTGCTCAAACGGAAACGGCAGGTTCTTGACGATGAAGCTTTTGCAAGGACTTTGCAGGCCATTGAAATTGAACAAGCAACTGGTGGTTCGAGAATGGCTTCTACGTCAATGAATGCAAGGAATGCCAGTGATGACCAAGGTTTAATGCATGATGT
TGGCTTGAAAGATGAGAATGGTTCAGTTAATAATGGTGGGTCAAGGCCAATTCGATGCTTTAATATCCCTAAAGAAATTCAGTCTTCAACATTTCAACTCATGCGAGTTCAAGGTTTGCCCACATGGGCCAATTCTGGATCGGTTTCAATTTCTGATGTGATTCAGGGCGATGTGCTTGTGGCAATCCTTTCGAACTACA
TGGTCGACATGGACTGGCTTCTGTCGGCTTGTCCACTTCTAAGGACAATTCCTCGTGTGTTGGTAATACATGGAGAAAGTGATCACGCATTTGCACATATGAAGAAGGAAAAACCTACAAGCTGGTTGCTTTACAAGCCACCGTTGCGCATTTCTTATGGGACACATCACTCCAAAGCCATGCTTCTGGTGTACTCAAGA
GGAGTTCGAGTTGTTGTGCACACATCAAATTTAATTTATGTTGACTGGAATAACAAGACTCAGGGTCTTTGGATGCAAGACTTCCCTGTAAAAGAGAAAAAAGATATTGGGAAAACGTCACCATTTGAAAATGATCTCGTTGAATATCTTGAGGCTTTGGAGTGGTCTGGATGCAATGCCACATTACCGCAAATTGGTGA
TGTCAAGATCAATGCAGCATACTTCAGGAGGTTTGACTATAGCAGTGCATCGGTCCGTTTGGTGGCATCTGTGCCTGGCTATCATAAAGGTACTAAGCTGAAAAAGTGGGGGCATATGAAGCTTCGAACAATCTTGCAAGAGCAATGCTTTGAAAATGAATTCCAAGGTTCTCCACTTGTCTATCAGTTTTCTTCTCTTG
GATCTTTGGATGAGAAGTGGATGACAGAGTTAGCTTCATCAATGTGCTCAGGATCTACTTTGGATAAGCAACCTTTAGGTTCTGGAAGCGTGCAAATAATTTGGCCTACAGTTGAAGATGTTCGATGCTCAATTGAGGGTTATGCTGCTGGTAATGCAATTCCTAGCCCCCAAAAGAATGTGGAAAAGGAATTTTTGAAG
AAATACTGGGCTCGGTGGCAAGCTAATCACACAGGCCGATGTCGTGCGATGCCTCATATAAAAACATATGCACGCCACAATGGCCAAGCCCTTGCATGGTTTCTTCTCACTTCTTCAAATCTCAGCAAAGCTGCTTGGGGTGCACTTCAGAAAAATGGTTCTCAACTGATGATCCGTTCTTATGAGCTAGGTGTTATCTT
CTTGCCATCTCTTGTTTTAAAGTCGGGCATAAAGTTTTCCTGTACAGATGATTATGGCCCTCAGCAGGGAAATGTTCGTGGAAACTATTGCTCCCAGTTAGTCACTCTTTGTTGGCAAGGAGAAAAAAGCAGAGAATCAACATCCTCCGAAATTGTCACTCTGCCTGTGCCTTACAGATTACCTCCACTTCCCTACACAT
CCGAAGATGTACCATGGTCGTGGGATAGGCAATATCGCAAACCTGATGTGTATGGGGAGCTTTGGCCACGTTCCGTCAAATTGTATACAAATCAATAATAATAATAAGCAAATCGGAAATGAGATTAAACTACGTCACGTAGCATGTTTTTGTCGGTTTTTCTAGTGTTCATGCTTAACAAAGCCATTGATGGGCAAAAT
CTTCCTGTCTCTTTACTATTATTTTGCTCATCTCTCTCATGCGCGCACATACGAACTGTCCATCTAGTAGAGAACCTGGACGTAGATCTATGCTAAAAAGTAATGTTGCCATGCAAATGTCCGATGgttggtcttcttaggagtttaaattcaactctaatgttaattttcatgagttcattcctcctcagttgcatcct
acaaagatgagagtagatgagaaacaatcttatttgcattggtactagattatactcattcgagtatactatacattactgccattttagtgaatagggatggtgcatattatttccattttagtgaatggggatggtgcatattatttgtgtaagggactgtgatgcactttatttgtcatgtaatgttttggacagtt
tgttatcctttcttaaaaaccattttatttcaaattaaattttatagttgtgtcatcctttgttttaaactatttatagagatactcctttctatctttgcagATACAAGTATTTGTCATATTTTCAGAGAATCAAATACTGTTGCAGATGAACTTTCGAAAAGGTCAATTGCAAGGAATGAAGGAATTCTATACTTTGA
GGAATTTGTGGAGGATTCTCTATCTTCGAATGGCTGTCTTTTTTCTTACTTAGCATGTTCAAGTTGTTACTTTTGGTTGGATTGTATATTTTCAGAATCCTTGTAGTCTCTCTAGCTATGTTTGAGAGATAATTGTGAACTTTGAGTGATAGCAAGTTTTTTTTATCTTTGGTCTTTTGGATGGTAAGGTGACTGACTTT
ATCATCACTGCTAGATAGATCATTAGCTGATGGTGCCATCTGCTATGATGCTTTTTGAACTATGTATTGTCCATATGTTTTCTTTGATTCTTAATGAATACCAAGAAAACATGGTTTTTTTCTGCTTGAAAAAAAGCTATTTAATATCAAATTTAAAATATTTTGGTGGGG