sp|Q94JZ8|PUX7_ARATH ----> Plant UBX domain-containing protein 7

Intron 1 GTAATGCCCA ... TGCATGCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	74.57	37	85	132
A2	84.69	15	66	100
A3	69.32	54	122	122
A4	82.01	17	61	94
A5	79.78	9	37	34
A6	73.75	34	81	110
A7	70.55	67	122	199
A8	78.35	21	62	90
A9	71.87	64	118	209
A10	69.47	87	176	220

>TRINITY_DN35930_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

CGCTAACTTTCCAAATTCCCACAAAACCCTCGGAGGAAAGTGTATCTTTAGAGCACAGTTGTCCAATCATAATATATAGAGTAGATTAATAAATGAAACAGTAGGCATTCCCCAGTGACCCGAGCCATGTCTATAAAATAAAAACTTCTTGGTGGTTGGTTGATTATATGGATACAGAACTCTCGGGCTCCCCTTTAACC
TATCTTTGATTCCACCGATAGAAGACGGATTTTGTGTGTTTGAGTGGTTTTGTAATACCACATAATCTAATATCTGCATCATTCGGATGGGTACAGTACGCTATCTAATTATCTGTTGATTTGCCAATCGCAACTAAATCCAATGGAGAACTCGGCAGATATCGAAAAGCAGGGTAAGATTGCTTCTTTTGTCGAAATAG
TTGGGGATTCCACAGACAAAGCGCGACAGTTTTTGCAGGTCAGTGTTTATTTATTATTATTAGATATTGGGTTGCTGTGGTAAATCTCTGTATATCATTAATGTACGCTAATCTAAGAATAATTTTACATTTGATGGGAATTGGACTGGTTGTTTTTGAAGTTTTACTGGGCCCATGTAAAATCCGAC

>TRINITY_DN35930_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CGCTAACTTTCCAAATTCCCACAAAACCCTCGGAGGAAAGTGTATCTTTAGAGCACAGTTGTCCAATCATAATATATAGAGTAGATTAATAAATGAAACAGTAGGCATTCCCCAGTGACCCGAGCCATGTCTATAAAATAAAAACTTCTTGGTGGTTGGTTGATTATATGGATACAGAACTCTCGGGCTCCCCTTTAACC
TATCTTTGATTCCACCGATAGAAGACGGATTTTGTGTGTTTGAGTGGTTTTGTAATACCACATAATCTAATATCTGCATCATTCGGATGGGTACAGTACGCTATCTAATTATCTGTTGATTTGCCAATCGgtaatgcccattttaagatttccgagttgtctgtctgtcttcaggcagtaagggtccgttttccaggcgt
ttgtttcgccattttcgcaggtatattatatcttattttacccttctttgcatgcaagCAACTAAATCCAATGGAGAACTCGGCAGATATCGAAAAGCAGGGTAAGATTGCTTCTTTTGTCGAAATAGTTGGGGATTCCACAGACAAAGCGCGACAGTTTTTGCAGGCAACCAATTGGCAGCTAGATGAAGCAATACAGC
TATTCTATGCTGATAATGAAGGTGGAGCCGGGACATCTTTTACTGCTCCATCAGAAAGTGGATCTCAGGCATCTCCATCGACTCAAAACAGGGAAAACAATACAGCAGGAGAGTATGTACGTCCACCATTACCTGTGAAGAGGGAAGCATTGTATGATGATGTTTTCCAATATAGAGCACAACGGTTGGCACAGTTGTCC
AATCAACCAAATTCTGTGGATGCCTTTCGGAACTTTGAGGATGAGGCAAAATATCGCTCTGTATGGGCATCTGATCCAAATGGAAACTCTTCGATGGATGGAGCCAAAGATAATCTTGCAGCTCTTTATCGGCCACCTTTTGCACTGATGTTCCAAGGCAGTTTTGAGCAGGCAAAATTAGAGGCTTCGGGACAGGGAAA
ATGGCTCCTAGCAAATATACAATCCACGAAAGAGTTCAGCTCTTATATGCTTAATAGGGACACATGGGCCAATGAAGCCGTGAAGGAGACTATCAATACAAGTTTCATTTTCTGGCAGATATATGACGACACTGAAGAGGGAAGAAAGGTGTGCACTTACTATCATTTGACGAAGATGCCAACAACACTTGTTATTGATC
CTATCACTGGACAAAAAATGCGAGCTTGGAATGGCATGATTGATCCAGAGCGATTGTTAGAGGACTTGATACCTTATATGGATAAGGGCCCCATGGAGCGCCATCCAACCCTTCCTCATAAAAGACAAAGAGAAGTTGATGAGAGGACTGCATCAAATGCAAATGATAAACAAGAACCAGATGATGAACTCCAGCAAGCC
TTGGCTGCCTCTCTGGAAGGAATAAATCAACCTGCTGTTAAAGTGAATGGTTCTCAAGACTCACATGCGTGCTTGAAAGATCAAGTTCCAGATATTCAGAAGGTACCAGCTGCATCATCACAAAAAGTCAAACGGCAGTACCCACCTCTCCCAGAGGAGCCACAAGGTGATAAAGGAGTGATTTGTAGGGTAGGTGTCCG
TTTCCCAGATGGCAAGAGGGTGCAGAGGAGGTTTCTGTGCACTGATCCAATACAGTTACTTTGGTCCTTCTGTTGCTCTCAAGTCAAAGAAGCTACAGATGGCCGGCAATTTAGATTGGCTCACACAGTTCCTGGTGCAACAGAAACATTAGATTATGATAGCAACGTAAGCTTTGGAGATTCTGGAGTTTCCAATTCAG
TCATTTCTATGACCTGGGATTGATATTTGGAAACCATGAACACTACATAGTTTTGGGCCATTTTGCCTGTTTTGTAATTTTACATGTAAAAATTTCAGCCTTCAAGCTTCAATCATTTCTGGATTTATCCTGTTGATATATCGCCCATAGTGCTTATGTTTTATAATAAGAAATTATAAGGTGCCGATTATTTGTGTTCA
ATTGTGTTGGTTACGGGTAAAGTAGACATTGTTACATTTGTCATCTGACGTCTTATGTGCTCTGGTTTGGAATTCAGCACATTCCTACGAGGAAGGCTTGTTTTTATGTAAATTGTTTTGCCAACATGGTATATCATCCTTGATTGTCTAAAATGCTTGAACTTGTAAGATGCTCCCATTTATCAACCTTGACTTGGATT
TTATCTTGGTTATATTCATGTCTATTAATCTGTGATTTTAAA

Intron 2 GTAAGCAGCA ... TGGTGCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	13.09	130	21	14.3
A2	17.1	92	20.7	6.7
A3	14.98	96	18.3	6.7
A4	20.22	81	21.7	14.3
A5	11.59	38	5.3	6.3
A6	13.79	184	32	14.7
A7	13.48	296.3	50	22.3
A8	12.46	248	38	22
A9	14.38	280.3	51.3	19.3
A10	12.69	251	39.3	14

>TRINITY_DN116811_c0_g3_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

CCTATTCATGGCTAAGAGTCTTTTATTTTACACTGGTAGGATTTAATTCACTTGATGCTGATAAATTTTATCATATCTGGATCAGAGCACAACGGTTGGCACAGTTGTCCAATCAACCAAATTCTGTGGATGCCTTTCGGAACTTTGAGGATGAGGCAAAATATCGCTCTGTATGGGCATCTGATCCAAATGGAAACTCT
TCGATGGATGGAGCCAAAGATAATCTTGCAGCTCTTTATCGGCCACCTTTTGCACTGATGTTCCAAGGCAGTTTTGAGCAGGCAAAATTAGAGGCTTCGGGACAGGGAAAATGGCTCCTAGCAAATATACAATCCACGAAAGAGTTCAGCTCTTATATGCTTAATAGGGACACATGGGCCAATGAAGCCGTGAAGGAGAC
TATCAATACAAGTTTCATTTTCTGGCAGATATATGACGACACTGAAGAGGGAAGAAAGGTGTGCACTTACTATCATTTGACGAAGATGCCAACAACACTTGTTATTGATCCTATCACTGGACAAAAAATGCGAGCTTGGAATGGCATGATTGATCCAGAGCGATTGTTAGAGGACTTGATACCTTATATGGATAAGGGCC
CCATGGAGCGCCATCCAACCCTTCCTCATAAAAGACAAAGAGAAGTTGATGAGAGGACTGCATCAAATGCAAATGATAAACAAGAACCAGATGATGAACTCCAGCAAGCCTTGGCTGCCTCTCTGGAAGGAATAAATCAACCTGCTGTTAAAGTGAATGGTTCTCAAGACTCACATGCGTGCTTGAAAGATCAAGTTCCA
GATATTCAGAAGGTACCAGCTGCATCATCACAAAAAGTCAAACGGCAGTACCCACCTCTCCCAGAGGAGCCACAAGGTGATAAAGGAGTGATTTGTAGGGTAGGTGTCCGTTTCCCAGATGGCAAGAGGGTGCAGAGGAGGTTTCTGTGCACTGATCCAATACAGTTACTTTGGTCCTTCTGTTGCTCTCAAGTCAAAGA
AGCTACAGATGGCCGGCAATTTAGATTGGCTCACACAGTTCCTGGTGCAACAGAAACATTAGATTATGATAGCAACGTAAGCTTTGGAGATTCTGGAGTTTCCAATTCAGTCATTTCTATGACCTGGGATTGATATTTGGAAACCATGAACACTACATAGTTTTGGGCCATTTTGCCTGTTTTGTAATTTTACATGTAAA
AATTTCAGCCTTCAAGCTTCAATCATTTCTGGATTTATCCTGTTGATATATCGCCCATAGTGCTTATGTTTTATAATAAGAAATTATAAGGTGCCGATTATTTGTGTTCAATTGTGTTGGTTACGGGTAAAGTAGACATTGTTACATTTGTCATCTGACGTCTTATGTGCTCTGGTTTGGAATTCAG

>TRINITY_DN116811_c0_g3_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGAGTTCAGCTCTTATATGgtaagcagcattttaatgtaatacttgaataccgctgcacattcaccttttgctcacagttactagcataaatgtgcctaatctgctatggtgcacagCTTAATAGGGACACATGGGCCAATGAAGCCGTGAAGGAGACTATCAATACAAGTTTCATTTTCTGGCAGATATATGACGACAC
TGAAGAGGGAAGAAAGGTGTGCACTTACTATCATTTGACGAAGATGCCAACAACACTTGTTATTGATCCTATCACTGGACAAAAAATGCGAGCTTGGAATGGCATGATTGATCCAGAGCGATTGTTAGAGGACTTGATACCTTATATGGATAAGGGCCCCATGGAGCGCCATCCAACCCTTCCTCATAAAAGACAAAGAG
AAGTTGATGAGAGGACTGCATCAAATGCAAATGATAAACAAGAACCAGATGATGAACTCCAGCAAGCCTTGGCTGCCTCTCTGGAAGGAATAAATCAACCTGCTGTTAAAGTGAATGGTTCTCAAGACTCACATGCGTGCTTGAAAGATCAAGTTCCAGATATTCAGAAGGTACCAGCTGCATCATCACAAAAAGTCAAA
CGGCAGTACCCACCTCTCCCAGAGGAGCCACAAGGTGATAAAGGAGTGATTTGTAGGGTAGGTGTCCGTTTCCCAGATGGCAAGAGGGTGCAGAGGAGGTTTCTGTGCACTGATCCAATACAGTTACTTTGGTCCTTCTGTTGCTCTCAAGTCAAAGAAGCTACAGATGGCCGGCAATTTAGATTGGCTCACACAGTTCC
TGGTGCAACAGAAACATTAGATTATGATAGCAACGTAAGCTTTGGAGATTCTGGAGTTTCCAATTCAGTCATTTCTATGACCTGGGATTGATATTTGGAAACCATGAACACTACATAGTTTTGGGCCATTTTGCCTGTTTTGTAATTTTACATGTAAAAATTTCAGCCTTCAAGCTTCAATCATTTCTGGATTTATCCTG
TTGATATATCGCCCATAGTGCTTATGTTTTATAATAAGAAATTATAAGGTGCCGATTATTTGTGTTCAATTGTGTTGGTTACGGGTAAAGTAGACATTGTTACATTTGTCATCTGACGTCTTATGTGCTCTGGTTTGGAATTCAG

Intron 3 GTGAAACACT ... GGTGCTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.97	65	9	24
A2	19.39	79	17	19
A3	18.09	77	15	17
A4	24.73	70	11	23
A5	30	35	9	15
A6	25.63	470	36	162
A7	20.86	531	52	140
A8	26.05	741	51	261
A9	26.3	552	47	197
A10	21.69	390	41	108

>TRINITY_DN27830_c0_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

TAGCTATTGATATTTAATTATTAAAACTTAATAAGTTTTTTCAATATTGTGGAATTCAATTACTGAAATTGCGTATTGAGATGTTTTGAGAATTTCAGCATTTACGCTAACTTTCCAAATTCCCACAAAACCCTCGGAGGAAAGTGTATCTTTAGAGCACAGTTGTCCAATCATAATATATAGAGTAGATTAATAAATGA
AACAGTAGGCATTCCCCAGTGACCCGAGCCATGTCTATAAAATAAAAACTTCTTGGTGGTTGGTTGATTATATGGATACAGAACTCTCGGGCTCCCCTTTAACCTATCTTTGATTCCACCGATAGAAGACGGATTTTGTGTGTTTGAGTGGTTTTGTAATACCACATAATCTAATATCTGCATCATTCGGATGGGTACAG
TACGCTATCTAATTATCTGTTGATTTGCCAATCGGTAATGCCCATTTTAAGATTTCCGAGTTGTCTGTCTGTCTTCAGGCAGTAAGGGTCCGTTTTCCAGGCGTTTGTTTCGCCATTTTCGCAGGTATATTATATCTTATTTTACCCTTCTTTGCATGCAAGCAACTAAATCCAATGGAGAACTCGGCAGATATCGAAAA
GCAGGGTAAGATTGCTTCTTTTGTCGAAATAGTTGGGGATTCCACAGACAAAGCGCGACAGTTTTTGCAGGCAACCAATTGGCAGCTAGATGAAGCAATACAGCTATTCTATGCTGATAATGAAGGTGGAGCCGGGACATCTTTTACTGCTCCATCAGAAAGTGGATCTCAGGCATCTCCATCGACTCAAAACAGGGAAA
ACAATACAGCAGGAGAGTATGTACGTCCACCATTACCTGTGAAGAGGGAAGCATTGTATGATGATGTTTTCCAATATAGAGCACAACGGTTGGCACAGTTGTCCAATCAACCAAATTCTGTGGATGCCTTTCGGAACTTTGAGGATGAGGCAAAATATCGCTCTGTATGGGCATCTGATCCAAATGGAAACTCTTCGATG
GATGGAGCCAAAGATAATCTTGCAGCTCTTTATCGGCCACCTTTTGCACTGATGTTCCAAGGCAGTTTTGAGCAGGCAAAATTAGAGGCTTCGGGACAGGGAAAATGGCTCCTAGCAAATATACAATCCACGAAAGAGTTCAGCTCTTATATGCTTAATAGGGACACATGGGCCAATGAAGCCGTGAAGGAGACTATCAA
TACAAGTTTCATTTTCTGGCAGATATATGACGACACTGAAGAGGGAAGAAAGGTGTGCACTTACTATCATTTGACGAAGATGCCAACAACACTTGTTATTGATCCTATCACTGGACAAAAAATGCGAGCTTGGAATGGCATGATTGATCCAGAGCGATTGTTAGAGGACTTGATACCTTATATGGATAAGGGCCCCATGG
AGCGCCATCCAACCCTTCCTCATAAAAGACAAAGAGAAGTTGATGAGAGGACTGCATCAAATGCAAATGATAAACAAGAACCAGATGATGAACTCCAGCAAGCCTTGGCTGCCTCTCTGGAAGGAATAAATCAACCTGCTGTTAAAGTGAATGGTTCTCAAGACTCACATGCGTGCTTGAAAGATCAAGTTCCAGATATT
CAGAAGGTACCAGCTGCATCATCACAAAAAGTCAAACGGCAGTACCCACCTCTCCCAGAGGAGCCACAAGGTGATAAAGGAGTGATTTGTAGGGTAGGTGTCCGTTTCCCAGATGGCAAGAGGGTGCAGAGGAGGTTTCTGTGCACTGATCCAATACAGTTACTTTGGTCCTTCTGTTGCTCTCAAGTCAAAGAAGCTAC
AGATGGCCGGCAATTTAGATTGGCTCACACAGTTCCTGGTGCAACAGAAACATTAGATTATGATAGCAACGTAAGCTTTGGAGATTCTGGAGTTTCCAATTCAGTCATTTCTATGACCTGGGATTGATATTTGGAAACCATGAACACTACATAGTTTTGGGCCATTTTGCCTGTTTTGTAATTTTACATGTAAAAATTTC
AGCCTTCAAGCTTCAATCATTTCTGGATTTATCCTGTTGATATATCGCCCATAGTGCTTATGTTTTATAATAAGAAATTATAAGGTGCCGATTATTTGTGTTCAATTGTGTTGGTTACGGGTAAAGTAGACATTGTTACATTTGTCATCTGACGTCTTATGTGCTCTGGTTTGGAATTCAGCACATTCCTACGAGGAAGG
CTTGTTTTTATGTAAATTGTTTTGCCAACATGGTATATCATCCTTGATTGTCTAAAATGCTTGAACTTGTAAGATGCTCCCATTTATCAACCTTGACTTGGATTTTATCTTGGTTATATTCATG

>TRINITY_DN27830_c0_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TAGCTATTGATATTTAATTATTAAAACTTAATAAGTTTTTTCAATATTGTGGAATTCAATTACTGAAATTGCGTATTGAGATGTTTTGAGAATTTCAGCATTTACGCTAACTTTCCAAATTCCCACAAAACCCTCGGAGGAAAGTGTATCTTTAGAGCACAGTTGTCCAATCATAATATATAGAGTAGATTAATAAATGA
AACAGTAGGCATTCCCCAGTGACCCGAGCCATGTCTATAAAATAAAAACTTCTTGGTGGTTGGTTGATTATATGGATACAGAACTCTCGGGCTCCCCTTTAACCTATCTTTGATTCCACCGATAGAAGACGGATTTTGTGTGTTTGAGTGGTTTTGTAATACCACATAATCTAATATCTGCATCATTCGGATGGGTACAG
TACGCTATCTAATTATCTGTTGATTTGCCAATCGGTAATGCCCATTTTAAGATTTCCGAGTTGTCTGTCTGTCTTCAGGCAGTAAGGGTCCGTTTTCCAGGCGTTTGTTTCGCCATTTTCGCAGGTATATTATATCTTATTTTACCCTTCTTTGCATGCAAGCAACTAAATCCAATGGAGAACTCGGCAGATATCGAAAA
GCAGGGTAAGATTGCTTCTTTTGTCGAAATAGTTGGGGATTCCACAGACAAAGCGCGACAGTTTTTGCAGGCAACCAATTGGCAGCTAGATGAAGCAATACAGCTATTCTATGCTGATAATGAAGGTGGAGCCGGGACATCTTTTACTGCTCCATCAGAAAGTGGATCTCAGGCATCTCCATCGACTCAAAACAGGGAAA
ACAATACAGCAGGAGAGTATGTACGTCCACCATTACCTGTGAAGAGGGAAGCATTGTATGATGATGTTTTCCAATATAGAGCACAACGGTTGGCACAGTTGTCCAATCAACCAAATTCTGTGGATGCCTTTCGGAACTTTGAGGATGAGGCAAAATATCGCTCTGTATGGGCATCTGATCCAAATGGAAACTCTTCGATG
GATGGAGCCAAAGATAATCTTGCAGCTCTTTATCGGCCACCTTTTGCACTGATGTTCCAAGGCAGTTTTGAGCAGGCAAAATTAGAGGCTTCGGGACAGGGAAAATGGCTCCTAGCAAATATACAATCCACGAAAGAGTTCAGCTCTTATATGCTTAATAGGGACACATGGGCCAATGAAGCCGTGAAGGAGACTATCAA
TACAAGTTTCATTTTCTGGCAGATATATGACGACACTGAAGAGGGAAGAAAGGTGTGCACTTACTATCATTTGACGAAGATGCCAACAACACTTGTTATTGATCCTATCACTGGACAAAAAATGCGAGCTTGGAATGGCATGATTGATCCAGAGCGATTGTTAGAGGACTTGATACCTTATATGGATAAGGGCCCCATGG
AGCGCCATCCAACCCTTCCTCATAAAAGACAAAGAGAAGTTGATGAGAGGACTGCATCAAATGCAAATGATAAACAAGAACCAGATGATGAACTCCAGCAAGCCTTGGCTGCCTCTCTGGAAGGAATAAATCAACCTGCTGTTAAAGTGAATGGTTCTCAAGACTCACATGCGTGCTTGAAAGATCAAGTTCCAGATATT
CAGAAGGTACCAGCTGCATCATCACAAAAAGTCAAACGGCAGTACCCACCTCTCCCAGAGGAGCCACAAGGTGATAAAGGAGTGATTTGTAGGGTAGGTGTCCGTTTCCCAGATGGCAAGAGGGTGCAGAGGAGGTTTCTGTGCACTGATCCAATACAGgtgaaacacttgttttattgcttgtctattactatgttttt
tatatgtttaattgaatccttattggctacttgcacattccttgtgggtgctacagTTACTTTGGTCCTTCTGTTGCTCTCAAGTCAAAGAAGCTACAGATGGCCGGCAATTTAGATTGGCTCACACAGTTCCTGGTGCAACAGAAACATTAGATTATGATAGCAACGTAAGCTTTGGAGATTCTGGAGTTTCCAATTCA
GTCATTTCTATGACCTGGGATTGATATTTGGAAACCATGAACACTACATAGTTTTGGGCCATTTTGCCTGTTTTGTAATTTTACATGTAAAAATTTCAGCCTTCAAGCTTCAATCATTTCTGGATTTATCCTGTTGATATATCGCCCATAGTGCTTATGTTTTATAATAAGAAATTATAAGGTGCCGATTATTTGTGTTC
AATTGTGTTGGTTACGGGTAAAGTAGACATTGTTACATTTGTCATCTGACGTCTTATGTGCTCTGGTTTGGAATTCAGCACATTCCTACGAGGAAGGCTTGTTTTTATGTAAATTGTTTTGCCAACATGGTATATCATCCTTGATTGTCTAAAATGCTTGAACTTGTAAGATGCTCCCATTTATCAACCTTGACTTGGAT
TTTATCTTGGTTATATTCATG