NA ----> NA


Intron 1 GTAAGGAGCC ... TGTTCTGCAG

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>TRINITY_DN33283_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform
CTTATTTTTTCTCTCTTATATTAAAAATAAGATGAGTCCCCACTGCCCATGTTATGTTCTCGTTTTTCCCTTTGAATCTTCCTTCCTCTATTTCCGCCCTTTTCTGCAGCTTAGCGGTCTTCTTCTTCGTCTTCGTCTTCGTCTTCGAGCTGCAGTGCAGTCTTTGGGTCGGAGAGAATTCAAGGATTAGGGTTTATAAG
ATCTTGTTTGATTGCCGCTTATCTCGGTTGCACAAGTTGCGCTGTTTTGACAGAGTATTCCGAGGATTTTGAGCTTCCTTCTGAGTTCAGTTTCTGGCTTTCAGGTTTTCCCAGATTGTTGGAAGCTCTGGTTTGGTGTTTTTAATGGCGTGTGAAGAAGGGGGTTATGTTGTGCCGAACTTGGTCGATGGTGAGTTCTG
GTTGCCGTCTGATTTTCTCAGCGACGAGGTCACGCCGCTCCCGAAGAATTCCGGTTTCGACCATGGCCGTCTTCCCTATGAATGGGGTTTGGGGTCTGTTGGCTTTCAGGTCGATTCTCCGGTAGAGTCTCCCCCGGCTGGGCTTAGTGAAACTGACGAAGAAGATGACTATGTTGCTGGATTAGCCGAGCGGGTCGCTT
ATGCGTTTCTGGATGACGATGAAAACTGTCAGCAGGGTGTTGATGTAGGCGTGGGTGTTCATGCTGCCATGAACTGGGCTTCATCCCAGAACCGAGTTTTTGGGGACCATACTAATGCAAAGTGTCAAATGTCGAGGTCACCGCAGTCTACTTTACGCGGCGGGCTAGGGAGGAGTCGTTGCTTGCCTATGGAGGGTTCG
AGAGTTACGAGCAACGCTGCCGGCGATGATGCTTGGGAATTGATTCAAATGGCCGCAGACCAGGTTGTTCGGCTCAATATGGTGGCTCCTGAGAACGCCGACAGGTATAAAGCACCGGTGAAGGGCTTTACTGTAACCCCTGGAGGAGGGGAATCTCAATTCCAGTGGAGTCAAAATGTTACGGACTATCAGAACGGCAG
TTCGACCTTTTCCGGGTTCGATTCCGGTTATAATGCTTCCCACCATGGCCAGCAGAGGCCTTGGAACCCTCGTCCAAGGGCTGAAGATCGCAAGATTCCCGCTCAACAGAGTCATCAGTATATACAGGCGAAGCAATCGATGACAAGACAAGGCAGACTACAAGCAATACAGACGCAGCAAGGGCAGAACCGGTGCGGGC
ATGCCAAGCCGGCAAGTCGTATTTACTCGGCGTGCCCTCCTAGTCAGCAGGTTGCCGGTGGTTCGGGAATGAGGGCTGTATTTCTCGGCTCCAATGGACCTGGACGAGAATCTGGAGGGACTGGTGTTTTTCTGCCGCGCAGGATGGATAATGGCCATGCTGTCAAGCAGAAGCCAGCATGCTCGACAGTTCTCCTCCCA
GCAAGGATAGTACAGGCTTTGAACCTTAATGTGGAGGACTTGCGCTCGAAGCCATGTGGTTTGTCAGAGACCTCGCTTAATCGACGGGCCTACACGAGGGCAGCCGAGCATCAGAAGGCGGTGGGAGGAGAAATGTGGCCCGTGAATGAGCAGAAATTGGGGTTTTATCCTGGTTGTTCCGAGGTCCAGTCATCGTCAGC
TGATATCAGTTTGCCTCATGAATGGACTTATTAGCAGCAGCTTCATCTTTCCAACTGACTTTAATGCTAACGTCTAAAGTCTAACTTCTGTAGTTTTCTCAGACACCAAGGCTCAGAGTCCCTCTGCTATTATCATTTCCAGGAAGAGCCATTCTGTTGCTTGAGCTGTTGTTCTTAATAAGTCTCTGCTGATGATGTTT
TACAAGGGGCATACTGATTAACATGGAATAGTAGTAAGTTTAGGTGGGTTAATGCCCTCATTTTCTTTTGCTAACACATATAGACACTCACTTGTACAGTAAGTGGAGTCTCGGCCAGTTTAGTAGTTAGCATTGCTGCTTTTGGTGTTTGGGAAATGTAATGCCAGCAATGAATAATGGTTGTTCCCAAGCTCATGGCA
TGTATTTTATGCCATGGAGGAAAAAACTGTCCCAACATTTTGTAATAAGCAGAATAATGGAATAAATACAGCAGATATTCTCCATCTGTGTCTCTGGCTAATTTATGTGTTTGTATAATATGGAGTTTCAATAATCAAAGAATGACATAAGTGCGGC


>TRINITY_DN33283_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:
CTTATTTTTTCTCTCTTATATTAAAAATAAGATGAGTCCCCACTGCCCATGTTATGTTCTCGTTTTTCCCTTTGAATCTTCCTTCCTCTATTTCCGCCCTTTTCTGCAGCTTAGCGGTCTTCTTCTTCGTCTTCGTCTTCGTCTTCGAGCTGCAGTGCAGTCTTTGGGTCGGAGAGAATTCAAGGATTAGGGTTTATAAG
ATCTTGTTTGATTGCCGCTTATCTCGGTTGCACAAGTTGCGCTGTTTTGACAGAGTATTCCGAGGATTTTGAGCTTCCTTCTGAGTTCAGTTTCTGGCTTTCAGGTTTTCCCAGATTGTTGGAAGCTCTGGTTTGGTGTTTTTAATGGCGTGTGAAGAAGGGGGTTATGTTGTGCCGAACTTGGTCGATGGTGAGTTCTG
GTTGCCGTCTGATTTTCTCAGCGACGAGGTCACGCCGCTCCCGAAGAATTCCGGTTTCGACCATGGCCGTCTTCCCTATGAATGGGGTTTGGGGTCTGTTGGCTTTCAGGTCGATTCTCCGGTAGAGTCTCCCCCGGCTGGGCTTAGTGAAACTGACGAAGAAGATGACTATGTTGCTGGATTAGCCGAGCGGGTCGCTT
ATGCGTTTCTGGATGACGATGAAAACTGTCAGCAGGGTGTTGATGTAGGCGTGGGTGTTCATGCTGCCATGAACTGGGCTTCATCCCAGAACCGAGTTTTTGGGGACCATACTAATGCAAAGTGTCAAATGTCGAGGTCACCGCAGTCTACTTTACGCGGCGGGCTAGGGAGGAGTCGTTGCTTGCCTATGGAGGGTTCG
AGAGTTACGAGCAACGCTGCCGGCGATGATGCTTGGGAATTGATTCAAATGGCCGCAGACCAGGTTGTTCGGCTCAATATGGTGGCTCCTGAGAACGCCGACAGGTATAAAGCACCGGTGAAGGGCTTTACTGTAACCCCTGGAGGAGGGGAATCTCAATTCCAGTGGAGTCAAAATGTTACGGACTATCAGAACGGCAG
TTCGACCTTTTCCGGGTTCGATTCCGGTTATAATGCTTCCCACCATGGCCAGCAGAGGCCTTGGAACCCTCGTCCAAGGGCTGAAGATCGCAAGATTCCCGCTCAACAGAGTCATCAGTATATACAGGCGAAGCAATCGATGACAAGACAAGGCAGACTACAAGCAATACAGACGCAGCAAGGGCAGAACCGGTGCGGGC
ATGCCAAGCCGGCAAGTCGTATTTACTCGGCGTGCCCTCCTAGTCAGCAGGTTGCCGGTGGTTCGGGAATGAGGGCTGTATTTCTCGGCTCCAATGGACCTGGACGAGAATCTGGAGGGACTGGTGTTTTTCTGCCGCGCAGGATGGATAATGGCCATGCTGTCAAGCAGAAGCCAGCATGCTCGACAGTTCTCCTCCCA
GCAAGGATAGTACAGGCTTTGAACCTTAATGTGGAGGACTTGCGCTCGAAGCCATGTGGTTTGTCAGAGACCTCGCTTAATCGACGGGgtaaggagcctctcttgacgatgaatccctgacagattcttttggtgaatgattctttggtttatacatatgattattttagggtttataaatattatgacaatggaaataa
acaaaccaaacatttcatgtttgttctgcagCCTACACGAGGGCAGCCGAGCATCAGAAGGCGGTGGGAGGAGAAATGTGGCCCGTGAATGAGCAGAAATTGGGGTTTTATCCTGGTTGTTCCGAGGTCCAGTCATCGTCAGCTGATATCAGTTTGCCTCATGAATGGACTTATTAGCAGCAGCTTCATCTTTCCAACTG
ACTTTAATGCTAACGTCTAAAGTCTAACTTCTGTAGTTTTCTCAGACACCAAGGCTCAGAGTCCCTCTGCTATTATCATTTCCAGGAAGAGCCATTCTGTTGCTTGAGCTGTTGTTCTTAATAAGTCTCTGCTGATGATGTTTTACAAGGGGCATACTGATTAACATGGAATAGTAGTAAGTTTAGGTGGGTTAATGCCC
TCATTTTCTTTTGCTAACACATATAGACACTCACTTGTACAGTAAGTGGAGTCTCGGCCAGTTTAGTAGTTAGCATTGCTGCTTTTGGTGTTTGGGAAATGTAATGCCAGCAATGAATAATGGTTGTTCCCAAGCTCATGGCATGTATTTTATGCCATGGAGGAAAAAACTGTCCCAACATTTTGTAATAAGCAGAATAA
TGGAATAAATACAGCAGATATTCTCCATCTGTGTCTCTGGCTAATTTATGTGTTTGTATAATATGGAGTTTCAATAATCAAAGAATGACATAAGTGCGGC



Intron 2 GTATGCTTAT ... TCTGTTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN44823_c0_g3_i2 from sample A7 / Example spliced isoform
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AGTTCTGGTTGCCGTCTGATTTTCTCAGCGACGAGGTCACGCCGCTCCCGAAGAATTCCGGTTTCGACCATGGCCGTCTTCCCTATGAATGGGGTTTGGGGTCTGTTGGCTTTCAGGTCGATTCTCCGGTAGAGTCTCCCCCGGCTGGGCTTAGTGAAACTGACGAAGAAGATGACTATGTTGCTGGATTAGCCGAGCGG
GTCGCTTATGCGTTTCTGGATGACGATGAAAACTGTCAGCAGGGTGTTGATGTAGGCGTGGGTGTTCATGCTGCCATGAACTGGGCTTCATCCCAGAACCGAGTTTTTGGGGACCATACTAATGCAAAGTGTCAAATGTCGAGGTCACCGCAGTCTACTTTACGCGGCGGGCTAGGGAGGAGTCGTTGCTTGCCTATGGA
GGGTTCGAGAGTTACGAGCAACGCTGCCGGCGATGATGCTTGGGAATTGATTCAAATGGCCGCAGACCAGGTTGTTCGGCTCAATATGGTGGCTCCTGAGAACGCCGACAGGTATAAAGCACCGGTGAAGGGCTTTACTGTAACCCCTGGAGGAGGGGAATCTCAATTCCAGTGGAGTCAAAATGTTACGGACTATCAGA
ACGGCAGTTCGACCTTTTCCGGGTTCGATTCCGGTTATAATGCTTCCCACCATGGCCAGCAGAGGCCTTGGAACCCTCGTCCAAGGGCTGAAGATCGCAAGATTCCCGCTCAACAGAGTCATCAGTATATACAGGCGAAGCAATCGATGACAAGACAAGGCAGACTACAAGCAATACAGACGCAGCAAGGGCAGAACCGG
TGCGGGCATGCCAAGCCGGCAAGTCGTATTTACTCGGCGTGCCCTCCTAGTCAGCAGGTTGCCGGTGGTTCGGGAATGAGGGCTGTATTTCTCGGCTCCAATGGACCTGGACGAGAATCTGGAGGGACTGGTGTTTTTCTGCCGCGCAGGATGGATAATGGCCATGCTGTCAAGCAGAAGCCAGCATGCTCGACAGTTCT
CCTCCCAGCAAGGATAGTACAGGCTTTGAACCTTAATGTGGAGGACTTGCGCTCGAAGCCATGTGGTTTGTCAGAGACCTCGCTTAATCGACGGGCCTACACGAGGGCAGCCGAGCATCAGAAGGCGGTGGGAGGAGAAATGTGGCCCGTGAATGAGCAGAAATTGGGGTTTTATCCTGGTTGTTCCGAGGTCCAGTCAT
CGTCAGCTGATATCAGTTTGCCTCATGAATGGACTTATTAGCAGCAGCTTCATCTTTCCAACTGACTTTAATGCTAACGTCTAAAGTCTAACTTCTGTAGTTTTCTCAGACACCAAGGCTCAGAGTCCCTCTGCTATTATCATTTCCAGGAAGAGCCATTCTGTTGCTTGAGCTGTTGTTCTTAATAAGTCTCTGCTGAT
GATGTTTTACAAGGGGCATACTGATTAACATGGAATAGTAGTAAGTTTAGGTGGGTTAATGCCCTCATTTTCTTTTGCTAACACATATAGACACTCACTTGTACAGTAAGTGGAGTCTCGGCCAGTTTAGTAGTTAGCATTGCTGCTTTTGGTGTTTGGGAAATGTAATGCCAGCAATGAATAATGGTTGTTCCCAAGCT
CATGGCATGTATTTTATGCCATGGAGGAAAAAACTGTCCCAACATTTTGTAATAAGCAGAATAATGGAATAAATACAGCAGATATTCTCCATCTGTGTCTCTGGCTAATTTATGTGTTTGTATAATATGGAGTTTCAATAATCAAAGAATGACATAAGTGCGGTA


>TRINITY_DN44823_c0_g3_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:
GACATGTGCTTTGCCCTTCTTTATTTTTTCTCTCTTATATTAAAAATAAGATGAGTCCCCACTGCCCATGTTATGTTCTCGTTTTTCCCTTTGAATCTTCCTTCCTCTATTTCCGCCCTTTTCTGCAGCTTAGCGGTCTTCTTCTTCGTCTTCGAGCTGCAGTGCAGTCTTTGGGTCGGAGAGGATTCAAGGATTAGGGT
TTATAAGATCTTGTTTGATTGCCGCTTATCTCGGTTGCACAAGTTGCGCTGTTTTGACAGAGTATTCCGAGGATTTTGAGCTTCCTTCTGAGTTCAGTTTCTGGCTTTCAGGTTTTCCCAGATTGTTGGAAGCTCTGGTTTGGTGTTTTTAATGGCGTGTGAAGAAGGGGGTTATGTTGTGCCGAACTTGGTCGATGGTG
AGTTCTGGTTGCCGTCTGATTTTCTCAGCGACGAGGTCACGCCGCTCCCGAAGAATTCCGGTTTCGACCATGGCCGTCTTCCCTATGAATGGGGTTTGGGGTCTGTTGGCTTTCAGGTCGATTCTCCGGTAGAGTCTCCCCCGGCTGGGCTTAGTGAAACTGACGAAGAAGATGACTATGTTGCTGGATTAGCCGAGCGG
GTCGCTTATGCGTTTCTGGATGACGATGAAAACTGTCAGCAGGGTGTTGATGTAGGCGTGGGTGTTCATGCTGCCATGAACTGGGCTTCATCCCAGAACCGAGTTTTTGGGGACCATACTAATGCAAAGgtatgcttatggttttacttttttgttgcgttatgaaattcgggaatgggctctcatgatatttttgcctt
tggactctgtttcagTGTCAAATGTCGAGGTCACCGCAGTCTACTTTACGCGGCGGGCTAGGGAGGAGTCGTTGCTTGCCTATGGAGGGTTCGAGAGTTACGAGCAACGCTGCCGGCGATGATGCTTGGGAATTGATTCAAATGGCCGCAGACCAGGTTGTTCGGCTCAATATGGTGGCTCCTGAGAACGCCGACAGGTA
TAAAGCACCGGTGAAGGGCTTTACTGTAACCCCTGGAGGAGGGGAATCTCAATTCCAGTGGAGTCAAAATGTTACGGACTATCAGAACGGCAGTTCGACCTTTTCCGGGTTCGATTCCGGTTATAATGCTTCCCACCATGGCCAGCAGAGGCCTTGGAACCCTCGTCCAAGGGCTGAAGATCGCAAGATTCCCGCTCAAC
AGAGTCATCAGTATATACAGGCGAAGCAATCGATGACAAGACAAGGCAGACTACAAGCAATACAGACGCAGCAAGGGCAGAACCGGTGCGGGCATGCCAAGCCGGCAAGTCGTATTTACTCGGCGTGCCCTCCTAGTCAGCAGGTTGCCGGTGGTTCGGGAATGAGGGCTGTATTTCTCGGCTCCAATGGACCTGGACGA
GAATCTGGAGGGACTGGTGTTTTTCTGCCGCGCAGGATGGATAATGGCCATGCTGTCAAGCAGAAGCCAGCATGCTCGACAGTTCTCCTCCCAGCAAGGATAGTACAGGCTTTGAACCTTAATGTGGAGGACTTGCGCTCGAAGCCATGTGGTTTGTCAGAGACCTCGCTTAATCGACGGGCCTACACGAGGGCAGCCGA
GCATCAGAAGGCGGTGGGAGGAGAAATGTGGCCCGTGAATGAGCAGAAATTGGGGTTTTATCCTGGTTGTTCCGAGGTCCAGTCATCGTCAGCTGATATCAGTTTGCCTCATGAATGGACTTATTAGCAGCAGCTTCATCTTTCCAACTGACTTTAATGCTAACGTCTAAAGTCTAACTTCTGTAGTTTTCTCAGACACC
AAGGCTCAGAGTCCCTCTGCTATTATCATTTCCAGGAAGAGCCATTCTGTTGCTTGAGCTGTTGTTCTTAATAAGTCTCTGCTGATGATGTTTTACAAGGGGCATACTGATTAACATGGAATAGTAGTAAGTTTAGGTGGGTTAATGCCCTCATTTTCTTTTGCTAACACATATAGACACTCACTTGTACAGTAAGTGGA
GTCTCGGCCAGTTTAGTAGTTAGCATTGCTGCTTTTGGTGTTTGGGAAATGTAATGCCAGCAATGAATAATGGTTGTTCCCAAGCTCATGGCATGTATTTTATGCCATGGAGGAAAAAACTGTCCCAACATTTTGTAATAAGCAGAATAATGGAATAAATACAGCAGATATTCTCCATCTGTGTCTCTGGCTAATTTATG
TGTTTGTATAATATGGAGTTTCAATAATCAAAGAATGACATAAGTGCGGTA