sp|Q9LIC2|TMN7_ARATH ----> Transmembrane 9 superfamily member 7


Intron 1 GTGAGTATTT ... CATGTGTCAG

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>TRINITY_DN118780_c0_g2_i8 from sample A2 / Example spliced isoform
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ATAAGTTAAAGAAATACAGGTGCCGGACGTGAAGGGACTATCAACCGGGTTTAAATTGCCACGGTAATATAATTTTCCTCGAGTACATGGCTTCTACTTCTTATGTTGCAGCGTAAACCCTTTGATTCTCAATACCAAAGCATATCAGAGCAGAGACAGATCTCCATCAGCCAGAAGCAGTGATGGCGTCCATGGGGTTC
CTGCAAGCCCTTGTATGGCCCTTGCTGCTTCTTCACCTTCTGCTGGCTTCCCCAGTAAATTCGTTTTATCTTCCAGGGGTCGCTCCTCAGGACTTTTCCAAGGGTGATGAGCTGCAAGTGAAAGCAAACAAGTTAACCTCCACCAAGACACAACTGCCTTATGATTTCTATTATTTGGAATACTGCAAGCCAACTGAAAT
TGTCAACAGTGCTGAAAATCTGGGGGAAGTTCTTCGTGGTGACCGCATTGAAAACTCTCCATATGTTTTTCAAATGAGAGAAAACAAGCTGTGCAACTACGTTTGCACTAAGAAACTGGACTCAAAGTCTGCAAAGAAGTTCAAGGATAAAATAGATGATGAATATCATGTGAACATGATACTGGATAATCTTCCTCTCG
TTATAGCCAAGAAAAGGGCAGATGGAAGCCAAGCTACCTCCTATGAACATGGTTCCCGGGTGGGGTTCAAAGCTAGTTATGCAGGGAGTTCAGAAGAGAGATATTTTATCCACAATCATCTAGCTTTCACTGTAAAGTATCATAGGGACACTGAGACTGATACTGCACGCATTGTTGGTTTTGAAGTCGTACCTTTCAGT
GTGAAGCATGAATATGAACAGCCTTGGGATCCTGAGAAGCCACAGTTAACAACCTGCAATGCAAATACAAAACGTTATGTTTCGGTTGTTGATGCTCCCCAGGAAGTGGAGGAAGGTAAAGAGGTCATCTTCACGTATGATGTTAACTTCGAGGAAAGTCCTGTGAAATGGGCATCCCGATGGGATACATACCTTCTGAT
GACAGATGACCAGATACACTGGTTCTCTATCATTAATTCACTGATGATTGTTCTCTTCCTTTCTGGTATGGTGGCAATGATCATGATGAGAACTTTGTATAGGGATATCTCTAAATACAACCAGTTGGAGACACAAGATGAAGCCCAAGAAGAAACAGGATGGAAATTGGTCCATGGAGATGTGTTCAGGCCTCCTACTC
ATTCTAGCTTGCTGTGTGTGTATGTGGGAACTGGTGTTCAGTTTTTTGGAATGACACTTGTGACAATGATATTTGCTTTGCTTGGTTTCCTTTCTCCTTCCAACCGTGGTGGCTTGATGACAGCTATGGTTCTACTGTGGGTGTTCATGGGTTTGTTCGCTGGCTACTCTTCTGCTCGGCTATATAAGATGTTCAAGGGT
TCAGAATGGAAGAAAAACACACTAAAGACTGCTTTCATGTTTCCTGGAATTGTTTTCTGCATTTTCTTTGTATTGAATGCATTGATATGGGGCGAGAAATCATCTGGTGCTGTACCTTTTGGGACTATGTTTGCTTTGGTCTTTTTATGGTTTGGAATTTCTGTACCCTTGGTTTTTGTTGGCAGCTATTTCGGCTACAA
GAAACCTGCAATTGAAGATCCAGTGAAAACAAACAAAATTCCCAGGCAAATTCCAGAACAGGCTTGGTACATGCAACCCGTTTTCTCCGTACTCATTGGTGGCATATTGCCGTTTGGAGCTGTTTTCATTGAGCTGTTTTTCATCCTGACTTCTATATGGCTGAATCAGTTCTACTACATCTTTGGGTTCTTGTTTATAG
TCTTTGTTATCCTGCTCGTCACTTGTGCAGAGATCACCATTGTTCTCTGCTACTTCCAGCTATGCAGTGAAGACTATCACTGGTGGTGGAGAGCATATCTAACTTCAGGCTCTTCGGCACTCTACTTGTTTCTATACGCAATATTTTACTTCTTCACGAAACTTGAGATTACTAAACTTGTTTCTGGCATTTTGTACTTC
GGCTACATGACGATCATTTCATATGCTTTCTTTGTATTGACGGGTACTATCGGCTTCTATGCATGCTTCTGGTTTGTCCGAAAAATTTACTCATCGGTGAAGATTGACTAAAGCTGCCTGGCATGTCTAGTTTTTTCGCAAAATTACAAAGGGTTATATGGTTAATGGCAAGGAAGCAGAGAATAGCAGAGAATACTTAC
GTGTACAAGTTACTCGTTATTCGGAACTGCCAGGTCGCATGCAAAGAAAAGCCGACTTGTAGAAAAGTAAGAGCTATGTGGTGAATGCTACTTCTTGATGCCTTTATGATGAAGGCTACCAATTTGCTGAAGCCACTATGGAAATTTCTGTTAGTTTGCTTTGTATTTAGAAAATTGTGTTAGTATTAACATTTATTTCT
TTGATTCTCAGATTCAACATTATTTTGATCAAAAGTGATCCAGCTAGTGTTTTGTTTTTAGGAATGGCAGAAAATGCAAACACCGCAGCTTTTTGAGTCTGAATATTTGCATTTCTTTTCTTCACCGCAAAGTAATTGGTTGTAATCGTTTCTTTGTAGTTTTGGGGTATTGGGTGGGTGATCCATTCTGTCAAAGTATT
ATGCAAAATGCTCACATGATTGATTTGAGGCTTTGGATAGCCACATAACTTTAGGTGACTTACAATATTCTGCAAGTATCTGAGAAGGTATCTGAGAAGGCAACATGTTTTATGCCAT


>TRINITY_DN118780_c0_g2_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:
GTGGGGGTGACTATCCGGTCAACTGTGCTTGCTATACGGATGTGCTTGCTATACGGTTGGGTGGGGTGGGTTCCCGGTCACGAAAAAAAAATATATATACTTAGAATTTGACCTTAGAGAGACGTTGCTCACCAAAATTAGATATATAATAAATATTTGAGAAAGGTCCAGCACACCTATCACACAGCAGGTCGTGAATC
ATAAGTTAAAGAAATACAGGTGCCGGACGTGAAGGGACTATCAACCGGGTTTAAATTGCCACGGTAATATAATTTTCCTCGAGTACATGGCTTCTACTTCTTATGTTGCAGCGTAAACCCTTTGATTCTCAATACCAAAGCATATCAGAGCAGAGACAGATCTCCATCAGCCAGAAGCAGTGATGGCGTCCATGGGGTTC
CTGCAAGCCCTTGTATGGCCCTTGCTGCTTCTTCACCTTCTGCTGGCTTCCCCAGTAAATTCGTTTTATCTTCCAGGGGTCGCTCCTCAGGACTTTTCCAAGGGTGATGAGCTGCAAGTGAAAGCAAACAAGTTAACCTCCACCAAGACACAACTGCCTTATGATTTCTATTATTTGGAATACTGCAAGCCAACTGAAAT
TGTCAACAGTGCTGAAAATCTGGGGGAAGTTCTTCGTGGTGACCGCATTGAAAACTCTCCATATGTTgtgagtatttttatgggctacattttttttcttttcctttcaatttggcacttgttcgtcttgtcatatttttgtatggttcaaaatcgttatttgcatgtgtcagTTTCAAATGAGAGAAAACAAGCTGTGC
AACTACGTTTGCACTAAGAAACTGGACTCAAAGTCTGCAAAGAAGTTCAAGGATAAAATAGATGATGAATATCATGTGAACATGATACTGGATAATCTTCCTCTCGTTATAGCCAAGAAAAGGGCAGATGGAAGCCAAGCTACCTCCTATGAACATGGTTCCCGGGTGGGGTTCAAAGCTAGTTATGCAGGGAGTTCAGA
AGAGAGATATTTTATCCACAATCATCTAGCTTTCACTGTAAAGTATCATAGGGACACTGAGACTGATACTGCACGCATTGTTGGTTTTGAAGTCGTACCTTTCAGTGTGAAGCATGAATATGAACAGCCTTGGGATCCTGAGAAGCCACAGTTAACAACCTGCAATGCAAATACAAAACGTTATGTTTCGGTTGTTGATG
CTCCCCAGGAAGTGGAGGAAGGTAAAGAGGTCATCTTCACGTATGATGTTAACTTCGAGGAAAGTCCTGTGAAATGGGCATCCCGATGGGATACATACCTTCTGATGACAGATGACCAGATACACTGGTTCTCTATCATTAATTCACTGATGATTGTTCTCTTCCTTTCTGGTATGGTGGCAATGATCATGATGAGAACT
TTGTATAGGGATATCTCTAAATACAACCAGTTGGAGACACAAGATGAAGCCCAAGAAGAAACAGGATGGAAATTGGTCCATGGAGATGTGTTCAGGCCTCCTACTCATTCTAGCTTGCTGTGTGTGTATGTGGGAACTGGTGTTCAGTTTTTTGGAATGACACTTGTGACAATGATATTTGCTTTGCTTGGTTTCCTTTC
TCCTTCCAACCGTGGTGGCTTGATGACAGCTATGGTTCTACTGTGGGTGTTCATGGGTTTGTTCGCTGGCTACTCTTCTGCTCGGCTATATAAGATGTTCAAGGGTTCAGAATGGAAGAAAAACACACTAAAGACTGCTTTCATGTTTCCTGGAATTGTTTTCTGCATTTTCTTTGTATTGAATGCATTGATATGGGGCG
AGAAATCATCTGGTGCTGTACCTTTTGGGACTATGTTTGCTTTGGTCTTTTTATGGTTTGGAATTTCTGTACCCTTGGTTTTTGTTGGCAGCTATTTCGGCTACAAGAAACCTGCAATTGAAGATCCAGTGAAAACAAACAAAATTCCCAGGCAAATTCCAGAACAGGCTTGGTACATGCAACCCGTTTTCTCCGTACTC
ATTGGTGGCATATTGCCGTTTGGAGCTGTTTTCATTGAGCTGTTTTTCATCCTGACTTCTATATGGCTGAATCAGTTCTACTACATCTTTGGGTTCTTGTTTATAGTCTTTGTTATCCTGCTCGTCACTTGTGCAGAGATCACCATTGTTCTCTGCTACTTCCAGCTATGCAGTGAAGACTATCACTGGTGGTGGAGAGC
ATATCTAACTTCAGGCTCTTCGGCACTCTACTTGTTTCTATACGCAATATTTTACTTCTTCACGAAACTTGAGATTACTAAACTTGTTTCTGGCATTTTGTACTTCGGCTACATGACGATCATTTCATATGCTTTCTTTGTATTGACGGGTACTATCGGCTTCTATGCATGCTTCTGGTTTGTCCGAAAAATTTACTCAT
CGGTGAAGATTGACTAAAGCTGCCTGGCATGTCTAGTTTTTTCGCAAAATTACAAAGGGTTATATGGTTAATGGCAAGGAAGCAGAGAATAGCAGAGAATACTTACGTGTACAAGTTACTCGTTATTCGGAACTGCCAGGTCGCATGCAAAGAAAAGCCGACTTGTAGAAAAGTAAGAGCTATGTGGTGAATGCTACTTC
TTGATGCCTTTATGATGAAGGCTACCAATTTGCTGAAGCCACTATGGAAATTTCTGTTAGTTTGCTTTGTATTTAGAAAATTGTGTTAGTATTAACATTTATTTCTTTGATTCTCAGATTCAACATTATTTTGATCAAAAGTGATCCAGCTAGTGTTTTGTTTTTAGGAATGGCAGAAAATGCAAACACCGCAGCTTTTT
GAGTCTGAATATTTGCATTTCTTTTCTTCACCGCAAAGTAATTGGTTGTAATCGTTTCTTTGTAGTTTTGGGGTATTGGGTGGGTGATCCATTCTGTCAAAGTATTATGCAAAATGCTCACATGATTGATTTGAGGCTTTGGATAGCCACATAACTTTAGGTGACTTACAATATTCTGCAAGTATCTGAGAAGGTATCTG
AGAAGGCAACATGTTTTATGCCAT




Intron 2 GTATTGCCCA ... TATCTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN44051_c0_g1_i5 from sample A6 / Example spliced isoform
ATAATATATGCTTAGAATTTGACGCTAGAGAGACGTTGCTCACCAAAATTAGCTATATAATAAATATTTGAGAAAGGTCCAGCACACCTATCACACAGCAGGTCGTGAATCATAAGTTAAAGAAATACAGGTGCCGGACGTGAAGGGACTATCAACCGGGTTTAAATTGCCACGGTAATATAATTTTCCTCGAGTACATG
GCTTCTACTTCTTATGTTGCAGCGTAAACCCTTTGATTCTCAATACCAAAGCATATCAGAGCAGAGACAGATCTCCATCAGCCAGAAGCAGTGATGGCGTCCATGGGGTTCCTGCAAGCCCTTTTATGGCCCTTGCTGCTTCTTCACCTTCTGCTGGCTTCCCCAGTAAATTCGTTTTATCTTCCAGGGGTCGCTCCTCA
GGACTTTTCCAAGGGTGATGAGCTGCAAGTGAAAGCAAACAAGTTAACCTCCACCAAGACACAACTGCCTTATGATTTCTATTATTTGGAATACTGCAAGCCAACTGAAATTGTCAACAGTGCTGAAAATCTGGGGGAAGTTCTTCGTGGTGACCGCATTGAAAACTCTCCATATGTTTTTCAAATGAGAGAAAACAAGC
TGTGCAACTACGTTTGCACTAAGAAACTGGACTCAAAGTCTGCAAAGAAGTTCAAGGATAAAATAGATGATGAATATCATGTGAACATGATACTGGATAATCTTCCTCTCGTTATAGCCAAGAAAAGGGCAGATGGAAGCCAAGCTACCTCCTATGAACATGGTTCCCGGGTGGGGTTCAAAGCTAGTTATGCAGGGAGT
TCAGAAGAGAGATATTTTATCCACAATCATCTAGCTTTCACTGTAAAGTATCATAGGGACACTGAGACTGATACTGCACGCATTGTTGGTTTTGAAGTCGTACCTTTCAGTGTGAAGCATGAATATGAACAGCCTTGGGATCCTGAGAAGCCACAGTTAACAACCTGCAATGCAAATACAAAACGTTATGTTTCGGTTGT
TGATGCTCCCCAGGAAGTGGAGGAAGGTAAAGAGGTCATCTTCACGTATGATGTTAACTTCGAGGAAAGTCCTGTGAAATGGGCATCCCGATGGGATACATACCTTCTGATGACAGATGACCAGATACACTGGTTCTCTATCATTAATTCACTGATGATTGTTCTCTTCCTTTCTGGTATGGTGGCAATGATCATGATGA
GAACTTTGTATAGGGATATATCTAAATACAACCAGTTGGAGACACAAGATGAAGCCCAAGAAGAAACAGGATGGAAATTGGTCCATGGAGATGTGTTCAGGCCTCCTACTCATTCTAGCTTGCTGTGTGTGTATGTGGGAACTGGTGTTCAGTTTTTTGGAATGACACTTGTGACAATGATATTTGCTTTGCTTGGTTTC
CTTTCTCCTTCCAACCGTGGTGGCTTGATGACAGCTATGGTTCTACTGTGGGTGTTCATGGGTTTGTTCGCTGGCTACTCTTCTGCTCGGCTATATAAGATGTTCAAGGGTTCAGAATGGAAGAAAAACACACTAAAGACTGCTTTCATGTTTCCTGGAATTGTTTTCTGCATTTTCTTTGTATTGAATGCATTGATATG
GGGCGAGAAATCATCTGGTGCTGTACCTTTTGGGACTATGTTTGCTTTGGTCTTTTTATGGTTTGGAATTTCTGTACCCTTGGTTTTTGTTGGCAGCTATTTCGGCTACAAGAAACCTGCAATTGAAGATCCAGTGAAAACAAACAAAATTCCCAGGCAAATTCCAGAACAGGCTTGGTACATGCAACCCGTTTTCTCCG
TACTCATTGGTGGCATATTGCCGTTTGGAGCTGTTTTCATTGAGCTGTTTTTCATCCTGACTTCTATATGGCTGAATCAGTTCTACTACATCTTTGGGTTCTTGTTTATAGTCTTTGTTATCCTGCTCGTCACTTGTGCAGAGATCACCATTGTTCTCTGCTACTTCCAGCTATGCAGTGAAGACTATCACTGGTGGTGG
AGAGCATATCTGACTTCAGGCTCTTCGGCACTCTACTTGTTTCTATACGCAATATTTTACTTCTTCACGAAACTTGAGATTACTAAACTTGTTTCTGGCATTTTGTACTTCGGCTACATGACGATCATTTCTTATGCTTTCTTTGTATTGACGGGTACTATCGGCTTCTATGCATGCTTCTGGTTTGTCCGAAAAATTTA
CTCATCGGTGAAGATTGACTAAAGCTGCCTGGCATGTCTAGTTTTTTCGCAAAATTACAAAGGGTTATATGGTTAATGGCAAGGAAGCAGAGAATAGCAGAGAATACTTACGTGTACAAGTTACTCGTTATTCGGAACTGCCAGGTCGCATGCAAAGAAAAGCCGACTTGTAGAAAAGTAAGAGCTATGTGGTGAATGCT
ACTTCTTGATGCCTTTATGATGAAGGCTACCAATTTGCTGAAGCCACTATGGAAATTTCTGTTAGTTTGCTTTGTATTTAGAAAATTGTGTTAGTATTAACATTTATTTCTTTGATTCTCAGATTCAACATTATTTTGATCAAAAGTGATCCAGCTAGTGTTTTGTTTTTAGGAATGGCAGAAAATGCAAACACCGCAGC
TTTTTGAGTCTGAATATTTGCATTTCTTTTCTTCACCGCAAAGTAATTGGTTGTAATCGTTTCTTTGTAGTTTTGGGGTATTGGGTGGGTGATCCATTCTGTCAAAGTATTATGCAAAATACTCACATGATTGATTTGAGGCTTTGGATAGCCACATAACTTTAGGTGACTTACAATATTCTGCAAGTATCTGAGAAGGT
ATCTGAGAAGGCAACATGTTTTATGCCATTAGTTTGGAACCATATTAGTGGAGTTTTTGGTTATTTAATTCATTTCAGACAAGAATGTAGATTAAAAATCAGCTATTTGTAGTTTCCCCTCTAGGTTTGAATTTTGACATTCTTCTGGACAGTGTTGTCGTATATTAGTTACCATGGTGAGAATCTACTTTCCCATGGGG
ATAAACTGAGCAATTTCTGCAGATACAGGAATAAGTTGCCTCGCAGGCCAACTGAGGGACAATCAAAAGGCTATGTGAGAGAAACAATGTTCAGTTAAGCCAACATTCTTGAAGTAAGAATAATCCAATGGCATGTAGGGGATGAATTCAAACTAGACCACCGCGTCTGAAGCCATCATCTGATAATAAATCATAGTCAT
CACGTAGCGCTGACAATTAGGAGCAAGTTGAAGGATGCCCAAGCTGCAAGATTAAATTACCGCCCAATAGGTTGTCAAAAAAGCCAGCGCTGCCATTTAAGGCATCAAAAAAGCAATTACACTCAGCTGGGCTGCAAGGACATCTTCCCAAGCATAGTCCAACAAGGTCCACTAACAGTTAAGATTCTAGGTAGCACACG
GGGTTCTAACAATTAAGAATCGGTTGGGTTCTAACAATTAAGAGTCATTTTGTGATCTCTCATAATCTAACGAACCTAATAGTTATCCATGTGCATTTGCATCGTGCAGGACGAAGTGTGTCATTACACTAAAGAATCATTAAATTTTGGTAGCGGGGTGATGACGATGAGTCAGACTTATCTTTTATCAAAATCTATGT
GCATTTTCATCATGTAGGATGAAGAGCGTCATTACACTAATGACTAAAGTATCATGAAATTTTCGTAGTGGGTAATGATCTGTTTTATAAATCCTTTCCAAGGTTCAATTGTATATTTTGAAATTTAA


>TRINITY_DN44051_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:
CACGTATGATGTTAACTTCGAGgtattgcccaaatgttttgtaatggtttaattgatatttctgtttttgttctactgtagagaaatgcttgtaggtttttttccaatgaacatcgtgcttgcatatttatagtcagctaatatggtggtatcttgcagGAAAGTCCTGTGAAATGGGCATCCCGATGGGATACATACCT
TCTGATGACAGATGACCAGATACACTGGTTCTCTATCATTAATTCACTGATGATTGTTCTCTTCCTTTCTGGTATGGTGGCAATGATCATGATGAGAACTTTGTATAGGGATATATCTAAATACAACCAGTTGGAGACACAAGATGAAGCCCAAGAAGAAACAGGATGGAAATTGGTCCATGGAGATGTGTTCAGGCCTC
CTACTCATTCTAGCTTGCTGTGTGTGTATGTGGGAACTGGTGTTCAGTTTTTTGGAATGACACTTGTGACAATGATATTTGCTTTGCTTGGTTTCCTTTCTCCTTCCAACCGTGGTGGCTTGATGACAGCTATGGTTCTACTGTGGGTGTTCATGGGTTTGTTCGCTGGCTACTCTTCTGCTCGGCTATATAAGATGTTC
AAGGGTTCAGAATGGAAGAAAAACACACTAAAGACTGCTTTCATGTTTCCTGGAATTGTTTTCTGCATTTTCTTTGTATTGAATGCATTGATATGGGGCGAGAAATCATCTGGTGCTGTACCTTTTGGGACTATGTTTGCTTTGGTCTTTTTATGGTTTGGAATTTCTGTACCCTTGGTTTTTGTTGGCAGCTATTTCGG
CTACAAGAAACCTGCAATTGAAGATCCAGTGAAAACAAACAAAATTCCCAGGCAAATTCCAGAACAGGCTTGGTACATGCAACCCGTTTTCTCCGTACTCATTGGTGGCATATTGCCGTTTGGAGCTGTTTTCATTGAGCTGTTTTTCATCCTGACTTCTATATGGCTGAATCAGTTCTACTACATCTTTGGGTTCTTGT
TTATAGTCTTTGTTATCCTGCTCGTCACTTGTGCAGAGATCACCATTGTTCTCTGCTACTTCCAGCTATGCAGTGAAGACTATCACTGGTGGTGGAGAGCATATCTGACTTCAGGCTCTTCGGCACTCTACTTGTTTCTATACGCAATATTTTACTTCTTCACGAAACTTGAGATTACTAAACTTGTTTCTGGCATTTTG
TACTTCGGCTACATGACGATCATTTCTTATGCTTTCTTTGTATTGACGGGTACTATCGGCTTCTATGCATGCTTCTGGTTTGTCCGAAAAATTTACTCATCGGTGAAGATTGACTAAAGCTGCCTGGCATGTCTAGTTTTTTCGCAAAATTACAAAGGGTTATATGGTTAATGGCAAGGAAGCAGAGAATAGCAGAGAAT
ACTTACGTGTACAAGTTACTCGTTATTCGGAACTGCCAGGTCGCATGCAAAGAAAAGCCGACTTGTAGAAAAGTAAGAGCTATGTGGTGAATGCTACTTCTTGATGCCTTTATGATGAAGGCTACCAATTTGCTGAAGCCACTATGGAAATTTCTGTTAGTTTGCTTTGTATTTAGAAAATTGTGTTAGTATTAACATTT
ATTTCTTTGATTCTCAGATTCAACATTATTTTGATCAAAAGTGATCCAGCTAGTGTTTTGTTTTTAGGAATGGCAGAAAATGCAAACACCGCAGCTTTTTGAGTCTGAATATTTGCATTTCTTTTCTTCACCGCAAAGTAATTGGTTGTAATCGTTTCTTTGTAGTTTTGGGGTATTGGGTGGGTGATCCATTCTGTCAA
AGTATTATGCAAAATACTCACATGATTGATTTGAGGCTTTGGATAGCCACATAACTTTAGGTGACTTACAATATTCTGCAAGTATCTGAGAAGGTATCTGAGAAGGCAACATGTTTTATGCCATTAGTTTGGAACCATATTAGTGGAGTTTTTGGTTATTTAATTCATTTCAGACAAGAATGTAGATTAAAAATCAGCTA
TTTGTAGTTTCCCCTCTAGGTTTGAATTTTGACATTCTTCTGGACAGTGTTGTCGTATATTAGTTACCATGGTGAGAATCTACTTTCCCATGGGGATAAACTGAGCAATTTCTGCAGATACAGGAATAAGTTGCCTCGCAGGCCAACTGAGGGACAATCAAAAGGCTATGTGAGAGAAACAATGTTCAGTTAAGCCAACA
TTCTTGAAGTAAGAATAATCCAATGGCATGTAGGGGATGAATTCAAACTAGACCACCGCGTCTGAAGCCATCATCTGATAATAAATCATAGTCATCACGTAGCGCTGACAATTAGGAGCAAGTTGAAGGATGCCCAAGCTGCAAGATTAAATTACCGCCCAATAGGTTGTCAAAAAAGCCAGCGCTGCCATTTAAGGCAT
CAAAAAAGCAATTACACTCAGCTGGGCTGCAAGGACATCTTCCCAAGCATAGTCCAACAAGGTCCACTAACAGTTAAGATTCTAGGTAGCACACGGGGTTCTAACAATTAAGAATCGGTTGGGTTCTAACAATTAAGAGTCATTTTGTGATCTCTCATAATCTAACGAACCTAATAGTTATCCATGTGCATTTGCATCGT
GCAGGACGAAGTGTGTCATTACACTAAAGAATCATTAAATTTTGGTAGCGGGGTGATGACGATGAGTCAGACTTATCTTTTATCAAAATCTATGTGCATTTTCATCATGTAGGATGAAGAGCGTCATTACACTAATGACTAAAGTATCATGAAATTTTCGTAGTGGGTAATGATCTGTTTTATAAATCCTTTCCAAGGTT
CAATTGTATATTTTGAAATTTAA




Intron 3 GTAAGAGCTA ... CATCGTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A173.5444812457
A270.143929217
A370.963839361
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A572.611664401
A676.53224973355
A776.022392758419
A877.0234951171733
A975.72246576868
A1073.95151943118



>TRINITY_DN44026_c0_g5_i1 from sample A9 / Example spliced isoform
TATCTAAATACAACCAGTTGGAGACACAAGATGAAGCCCAAGAAGAAACAGGATGGAAATTGGTCCATGGAGATGTGTTCAGGCCTCCTACTCATTCTAGCTTGCTGTGTGTGTATGTGGGAACTGGTGTTCAGTTTTTTGGAATGACACTTGTGACAATGATATTTGCTTTGCTTGGTTTCCTTTCTCCTTCCAACCGT
GGTGGCTTGATGACAGCTATGGTTCTACTGTGGGTGTTCATGGGTTTGTTCGCTGGCTACTCTTCTGCTCGGCTATATAAGATGTTCAAGGGTTCAGAATGGAAGAAAAACACACTAAAGACTGCTTTCATGTTTCCTGGAATTGTTTTCTGCATTTTCTTTGTATTGAATGCATTGATATGGGGCGAGAAATCATCTGG
TGCTGTACCTTTTGGGACTATGTTTGCTTTGGTCTTTTTATGGTTTGGAATTTCTGTACCCTTGGTTTTTGTTGGCAGCTATTTCGGCTACAAGAAACCTGCAATTGAAGATCCAGTGAAAACAAACAAAATTCCCAGGCAAATTCCAGAACAGGCTTGGTACATGCAACCCGTTTTCTCCGTACTCATTGGTGGCATAT
TGCCGTTTGGAGCTGTTTTCATTGAGCTGTTTTTCATCCTGACTTCTATATGGCTGAATCAGTTCTACTACATCTTTGGGTTCTTGTTTATAGTCTTTGTTATCCTGCTCGTCACTTGTGCAGAGATCACCATTGTTCTCTGCTACTTCCAGCTATGCAGTGAAGACTATCACTGGTGGTGGAGAGCATATCTGACTTCA
GGCTCTTCGGCACTCTACTTGTTTCTATACGCAATATTTTACTTCTTCACGAAACTTGAGATTACTAAACTTGTTTCTGGCATTTTGTACTTCGGCTACATGACGATCATTTCTTATGCTTTCTTTGTATTGACGGGTACTATCGGCTTCTATGCATGCTTCTGGTTTGTCCGAAAAATTTACTCATCGGTGAAGATTGA
CTAAAGCTGCCTGGCATGTCTAGTTTTTTCGCAAAATTACAAAGGGTTATATGGTTAATGGCAAGGAAGCAGAGAATAGCAGAGAATACTTACGTGTACAAGTTACTCGTTATTCGGAACTGCCAGGTCGCATGCAAAGAAAAGCCGACTTGTAGAAAAGACGAAGTGTGTCATTACACTAAAGAATCATTAAATTTTGG
TAGCGGGGTGATGACGATGAGTCAGACTTATCTTTTATCAAAATCCATGTGCATTTGCATCATGTAGGATGAAGAGCGTCATTACACTAATGACTAAAGTATCATGAAATTTTCGTAGTGGGTAATGATCTGTTTTATAAATCCTTTCCAAGGTTCAATTGTATATTTTGAAATTTAAAATCCAGTTTAGTTGATTTTGT
TGTTTATTGATG


>TRINITY_DN44026_c0_g5_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:
GGGGTGGGTTCCCGGTCAGGAAAAAGAATAATATATGCTTAGAATTTGACGCTAGAGAGACGTTGCTCACCAAAATTAGCTATATAATAAATATTTGAGAAAGGTCCAGCACACCTATCACACAGCAGGTCGTGAATCACAAGTTAAAGAAATACAGGTGCCGGACGTGAAGGGACTATCAACCGGGTTTAAATTGCCAC
GGTAATATAATTTTCCTCGAGTACATGGCTTCTACTTCTTATGTTGCAGCGTAAACCCTTTGATTCTCAATACCAAAGCATATCAGAGCAGAGACAGATCTCCATCAGCCAGAAGCAGTGATGGTGTCCATGGGGTTCCTGCAAGCCCTTTTATGGCCCTTGCTGCTTCTTCACCTTCTGCTGGCTTCCCCAGTAAATTC
GTTTTATCTTCCAGGGGTCGCTCCTCAGGACTTTTCCAAGGGTGATGAGCTGCAAGTGAAAGCAAACAAGTTAACCTCCACCAAGACACAACTGCCTTATGATTTCTATTATTTGGAATACTGCAAGCCAACTGAAATTGTCAACAGTGCTGAAAATCTGGGGGAAGTTCTTCGTGGTGACCGCATTGAAAACTCTCCAT
ATGTTTTTCAAATGAGAGAAAACAAGCTGTGCAACTACGTTTGCACTAAGAAACTGGACTCAAAGTCTGCAAAGAAGTTCAAGGATAAAATAGATGATGAATATCATGTGAACATGATACTGGATAATCTTCCTCTCGTTATAGCCAAGAAAAGGGCAGATGGAAGCCAAGCTACCTCCTATGAACATGGTTCCCGGGTG
GGGTTCAAAGCTAGTTATGCAGGGAGTTCAGAAGAGAGATATTTTATCCACAATCATCTAGCTTTCACTGTAAAGTATCATAGGGACACTGAGACTGATACTGCACGCATTGTTGGTTTTGAAGTCGTACCTTTCAGTGTGAAGCATGAATATGAACAGCCTTGGGATCCTGAGAAGCCACAGTTAACAACCTGCAATGC
AAATACAAAACGTTATGTTTCGGTTGTTGATGCTCCCCAGGAAGTGGAGGAAGGTAAAGAGGTCATCTTCACGTATGATGTTAACTTCGAGGAAAGTCCTGTGAAATGGGCATCCCGATGGGATACATACCTTCTGATGACAGATGACCAGATACACTGGTTCTCTATCATTAATTCACTGATGATTGTTCTCTTCCTTT
CTGGTATGGTGGCAATGATCATGATGAGAACTTTGTATAGGGATATATCTAAATACAACCAGTTGGAGACACAAGATGAAGCCCAAGAAGAAACAGGATGGAAATTGGTCCATGGAGATGTGTTCAGGCCTCCTACTCATTCTAGCTTGCTGTGTGTGTATGTGGGAACTGGTGTTCAGTTTTTTGGAATGACACTTGTG
ACAATGATATTTGCTTTGCTTGGTTTCCTTTCTCCTTCCAACCGTGGTGGCTTGATGACAGCTATGGTTCTACTGTGGGTGTTCATGGGTTTGTTCGCTGGCTACTCTTCTGCTCGGCTATATAAGATGTTCAAGGGTTCAGAATGGAAGAAAAACACACTAAAGACTGCTTTCATGTTTCCTGGAATTGTTTTCTGCAT
TTTCTTTGTATTGAATGCATTGATATGGGGCGAGAAATCATCTGGTGCTGTACCTTTTGGGACTATGTTTGCTTTGGTCTTTTTATGGTTTGGAATTTCTGTACCCTTGGTTTTTGTTGGCAGCTATTTCGGCTACAAGAAACCTGCAATTGAAGATCCAGTGAAAACAAACAAAATTCCCAGGCAAATTCCAGAACAGG
CTTGGTACATGCAACCCGTTTTCTCCGTACTCATTGGTGGCATATTGCCGTTTGGAGCTGTTTTCATTGAGCTGTTTTTCATCCTGACTTCTATATGGCTGAATCAGTTCTACTACATCTTTGGGTTCTTGTTTATAGTCTTTGTTATCCTGCTCGTCACTTGTGCAGAGATCACCATTGTTCTCTGCTACTTCCAGCTA
TGCAGTGAAGACTATCACTGGTGGTGGAGAGCATATCTGACTTCAGGCTCTTCGGCACTCTACTTGTTTCTATACGCAATATTTTACTTCTTCACGAAACTTGAGATTACTAAACTTGTTTCTGGCATTTTGTACTTCGGCTACATGACGATCATTTCTTATGCTTTCTTTGTATTGACGGGTACTATCGGCTTCTATGC
ATGCTTCTGGTTTGTCCGAAAAATTTACTCATCGGTGAAGATTGACTAAAGCTGCCTGGCATGTCTAGTTTTTTCGCAAAATTACAAAGGGTTATATGGTTAATGGCAAGGAAGCAGAGAATAGCAGAGAATACTTACGTGTACAAGTTACTCGTTATTCGGAACTGCCAGGTCGCATGCAAAGAAAAGCCGACTTGTAG
AAAA
gtaagagctatgtggtgaatgctacttcttgatgcctttatgatgaaggctaccaatttgctgaagccactatggaaatttctgttagtttgctttgtatttagaaaattgtgttagtattaacatttatttctttgattctcagattcaacattattttgatcaaaagtgatccagctagtgttttgtttttagg
aatggcagaaaatgcaaacaccgcagctttttgagtctgaatatttgcatttcttttcttcaccgcaaagtaattggttgtaatcgtttctttgtagttttggggtattgggtgggtgatccattctgtcaaagtattatgcaaaatactcacatgattgatttgaggctttggatagccacataactttaggtgactta
caatattctccaagtatctgagaaggtatctgagaaggcaacatgttttatgccattagtttggaaccatattagtggagtttttggttatttaattcatttcagacaagaatgtagattaaaaatcagctatttgtagtttcccctctaggtttgaattttgacattcttctggacagtgttgtcgtatattagttacc
atggtgagaatctactttcccatggggataaactgagcaatttctgcagatacaggaataagttgcctcgcaggccaactgagggacaatcaaaaggctatgtgagagaaacaatgttcagttaagccaacattcttgaagtaagaataatccaatggcatgtaggggatgaattcaaactagaccaccgcgtctgaagc
catcatctgataataaatcatagtcatcacgtagcgctgacaattaggagcaagttgaaggatgcccaagctgcaagattaaattaccgcccaataggttgtcaaaaaagccagcgctgccatttaaggcatcaaaaaagcaattacactcagctgggctgcaaggacatcttcccaagcatagtccaacaaggtccact
aacagttaagattctaggtagcacacggggttctaacaattaagaatcggttgggttctaacaattaagagtcattttgtgatctctcataatctaacgaacctaatagttatccatgtgcatttgcatcgtgcag
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Intron 4 GTAAGATTTA ... ATTGCTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN118780_c0_g2_i8 from sample A2 / Example spliced isoform
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ATAAGTTAAAGAAATACAGGTGCCGGACGTGAAGGGACTATCAACCGGGTTTAAATTGCCACGGTAATATAATTTTCCTCGAGTACATGGCTTCTACTTCTTATGTTGCAGCGTAAACCCTTTGATTCTCAATACCAAAGCATATCAGAGCAGAGACAGATCTCCATCAGCCAGAAGCAGTGATGGCGTCCATGGGGTTC
CTGCAAGCCCTTGTATGGCCCTTGCTGCTTCTTCACCTTCTGCTGGCTTCCCCAGTAAATTCGTTTTATCTTCCAGGGGTCGCTCCTCAGGACTTTTCCAAGGGTGATGAGCTGCAAGTGAAAGCAAACAAGTTAACCTCCACCAAGACACAACTGCCTTATGATTTCTATTATTTGGAATACTGCAAGCCAACTGAAAT
TGTCAACAGTGCTGAAAATCTGGGGGAAGTTCTTCGTGGTGACCGCATTGAAAACTCTCCATATGTTTTTCAAATGAGAGAAAACAAGCTGTGCAACTACGTTTGCACTAAGAAACTGGACTCAAAGTCTGCAAAGAAGTTCAAGGATAAAATAGATGATGAATATCATGTGAACATGATACTGGATAATCTTCCTCTCG
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GTGAAGCATGAATATGAACAGCCTTGGGATCCTGAGAAGCCACAGTTAACAACCTGCAATGCAAATACAAAACGTTATGTTTCGGTTGTTGATGCTCCCCAGGAAGTGGAGGAAGGTAAAGAGGTCATCTTCACGTATGATGTTAACTTCGAGGAAAGTCCTGTGAAATGGGCATCCCGATGGGATACATACCTTCTGAT
GACAGATGACCAGATACACTGGTTCTCTATCATTAATTCACTGATGATTGTTCTCTTCCTTTCTGGTATGGTGGCAATGATCATGATGAGAACTTTGTATAGGGATATCTCTAAATACAACCAGTTGGAGACACAAGATGAAGCCCAAGAAGAAACAGGATGGAAATTGGTCCATGGAGATGTGTTCAGGCCTCCTACTC
ATTCTAGCTTGCTGTGTGTGTATGTGGGAACTGGTGTTCAGTTTTTTGGAATGACACTTGTGACAATGATATTTGCTTTGCTTGGTTTCCTTTCTCCTTCCAACCGTGGTGGCTTGATGACAGCTATGGTTCTACTGTGGGTGTTCATGGGTTTGTTCGCTGGCTACTCTTCTGCTCGGCTATATAAGATGTTCAAGGGT
TCAGAATGGAAGAAAAACACACTAAAGACTGCTTTCATGTTTCCTGGAATTGTTTTCTGCATTTTCTTTGTATTGAATGCATTGATATGGGGCGAGAAATCATCTGGTGCTGTACCTTTTGGGACTATGTTTGCTTTGGTCTTTTTATGGTTTGGAATTTCTGTACCCTTGGTTTTTGTTGGCAGCTATTTCGGCTACAA
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TCTTTGTTATCCTGCTCGTCACTTGTGCAGAGATCACCATTGTTCTCTGCTACTTCCAGCTATGCAGTGAAGACTATCACTGGTGGTGGAGAGCATATCTAACTTCAGGCTCTTCGGCACTCTACTTGTTTCTATACGCAATATTTTACTTCTTCACGAAACTTGAGATTACTAAACTTGTTTCTGGCATTTTGTACTTC
GGCTACATGACGATCATTTCATATGCTTTCTTTGTATTGACGGGTACTATCGGCTTCTATGCATGCTTCTGGTTTGTCCGAAAAATTTACTCATCGGTGAAGATTGACTAAAGCTGCCTGGCATGTCTAGTTTTTTCGCAAAATTACAAAGGGTTATATGGTTAATGGCAAGGAAGCAGAGAATAGCAGAGAATACTTAC
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>TRINITY_DN118780_c0_g2_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:
GTGGGGGTGACTATCCGGTCAACTGTGCTTGCTATACGGATGTGCTTGCTATACGGTTGGGTGGGGTGGGTTCCCGGTCACGAAAAAAAAATATATATACTTAGAATTTGACCTTAGAGAGACGTTGCTCACCAAAATTAGATATATAATAAATATTTGAGAAAGGTCCAGCACACCTATCACACAGCAGGTCGTGAATC
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CTGCAAGCCCTTGTATGGCCCTTGCTGCTTCTTCACCTTCTGCTGGCTTCCCCAGTAAATTCGTTTTATCTTCCAGGGGTCGCTCCTCAGGACTTTTCCAAGGGTGATGAGCTGCAAGTGAAAGCAAACAAGTTAACCTCCACCAAGACACAACTGCCTTATGATTTCTATTATTTGGAATACTGCAAGCCAACTGAAAT
TGTCAACAGTGCTGAAAATCTGGGGGAAGTTCTTCGTGGTGACCGCATTGAAAACTCTCCATATGTTTTTCAAATGAGAGAAAACAAGCTGTGCAACTACGTTTGCACTAAGAAACTGGACTCAAAGTCTGCAAAGAAGTTCAAGGATAAAATAGATGATGAATATCATGTGAACATGATACTGGATAATCTTCCTCTCG
TTATAGCCAAGAAAAGGGCAGATGGAAGCCAAGCTACCTCCTATGAACATGGTTCCCGGGTGGGGTTCAAAGCTAGTTATGCAGGGgtaagatttatatatcagagcgtggatggttaagcattgatctgagaattgattaagcatcggaattcttatttattattttgtggattgctgcagAGTTCAGAAGAGAGATAT
TTTATCCACAATCATCTAGCTTTCACTGTAAAGTATCATAGGGACACTGAGACTGATACTGCACGCATTGTTGGTTTTGAAGTCGTACCTTTCAGTGTGAAGCATGAATATGAACAGCCTTGGGATCCTGAGAAGCCACAGTTAACAACCTGCAATGCAAATACAAAACGTTATGTTTCGGTTGTTGATGCTCCCCAGGA
AGTGGAGGAAGGTAAAGAGGTCATCTTCACGTATGATGTTAACTTCGAGGAAAGTCCTGTGAAATGGGCATCCCGATGGGATACATACCTTCTGATGACAGATGACCAGATACACTGGTTCTCTATCATTAATTCACTGATGATTGTTCTCTTCCTTTCTGGTATGGTGGCAATGATCATGATGAGAACTTTGTATAGGG
ATATCTCTAAATACAACCAGTTGGAGACACAAGATGAAGCCCAAGAAGAAACAGGATGGAAATTGGTCCATGGAGATGTGTTCAGGCCTCCTACTCATTCTAGCTTGCTGTGTGTGTATGTGGGAACTGGTGTTCAGTTTTTTGGAATGACACTTGTGACAATGATATTTGCTTTGCTTGGTTTCCTTTCTCCTTCCAAC
CGTGGTGGCTTGATGACAGCTATGGTTCTACTGTGGGTGTTCATGGGTTTGTTCGCTGGCTACTCTTCTGCTCGGCTATATAAGATGTTCAAGGGTTCAGAATGGAAGAAAAACACACTAAAGACTGCTTTCATGTTTCCTGGAATTGTTTTCTGCATTTTCTTTGTATTGAATGCATTGATATGGGGCGAGAAATCATC
TGGTGCTGTACCTTTTGGGACTATGTTTGCTTTGGTCTTTTTATGGTTTGGAATTTCTGTACCCTTGGTTTTTGTTGGCAGCTATTTCGGCTACAAGAAACCTGCAATTGAAGATCCAGTGAAAACAAACAAAATTCCCAGGCAAATTCCAGAACAGGCTTGGTACATGCAACCCGTTTTCTCCGTACTCATTGGTGGCA
TATTGCCGTTTGGAGCTGTTTTCATTGAGCTGTTTTTCATCCTGACTTCTATATGGCTGAATCAGTTCTACTACATCTTTGGGTTCTTGTTTATAGTCTTTGTTATCCTGCTCGTCACTTGTGCAGAGATCACCATTGTTCTCTGCTACTTCCAGCTATGCAGTGAAGACTATCACTGGTGGTGGAGAGCATATCTAACT
TCAGGCTCTTCGGCACTCTACTTGTTTCTATACGCAATATTTTACTTCTTCACGAAACTTGAGATTACTAAACTTGTTTCTGGCATTTTGTACTTCGGCTACATGACGATCATTTCATATGCTTTCTTTGTATTGACGGGTACTATCGGCTTCTATGCATGCTTCTGGTTTGTCCGAAAAATTTACTCATCGGTGAAGAT
TGACTAAAGCTGCCTGGCATGTCTAGTTTTTTCGCAAAATTACAAAGGGTTATATGGTTAATGGCAAGGAAGCAGAGAATAGCAGAGAATACTTACGTGTACAAGTTACTCGTTATTCGGAACTGCCAGGTCGCATGCAAAGAAAAGCCGACTTGTAGAAAAGTAAGAGCTATGTGGTGAATGCTACTTCTTGATGCCTT
TATGATGAAGGCTACCAATTTGCTGAAGCCACTATGGAAATTTCTGTTAGTTTGCTTTGTATTTAGAAAATTGTGTTAGTATTAACATTTATTTCTTTGATTCTCAGATTCAACATTATTTTGATCAAAAGTGATCCAGCTAGTGTTTTGTTTTTAGGAATGGCAGAAAATGCAAACACCGCAGCTTTTTGAGTCTGAAT
ATTTGCATTTCTTTTCTTCACCGCAAAGTAATTGGTTGTAATCGTTTCTTTGTAGTTTTGGGGTATTGGGTGGGTGATCCATTCTGTCAAAGTATTATGCAAAATGCTCACATGATTGATTTGAGGCTTTGGATAGCCACATAACTTTAGGTGACTTACAATATTCTGCAAGTATCTGAGAAGGTATCTGAGAAGGCAAC
ATGTTTTATGCCAT