sp|A9TF79|SRK2A_PHYPA ----> Serine/threonine-protein kinase SRK2A

Intron 1 GCAAGGGATT ... TTGTGGTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	2	2	2
A2	-1	0	0	0
A3	39.13	7	4	5
A4	33.33	1	0	1
A5	100	0	0	1
A6	40.54	11	11	4
A7	46.15	7	2	10
A8	28.81	21	13	4
A9	44.12	19	18	12
A10	20.93	17	8	1

>TRINITY_DN43940_c1_g4_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

GGATGATGGAGCAGAGGCTCGGCTCTTTCAGGGGAGCGTACGCCTCGTGATATATTTTAAGGCAAGGCCGTACAAGGGTTTGAACGACGGACGATCGAACCTCTGGTTTGGCATATACACGTAAAACCGATTAGATTCAGACGATTATGAGCTCGAATTCATCTAATTTTCAAGATCTGCAACTCGGGTGCTTCAAATCG
ATGCCTTATTTGTGCAATTTGGCTCCCTTGGAACCAGGGTAGATTTGAATGTTGGCCGCGGATTTAATCAAGAAGAGAGCCATGGGTAATGAAAGCAATGCAGCAGAGAGACAGAAATCACATCTTTTGACTGTTCTTGGGCTGTGCATTAGGCAGGTTAATCAAACAATCCAAAAATAACTCCAAAGATCTTGTCCAAG
AAATAATACGATGGCAAGATTGTGGATGTGTGGTGGTGTGGTGTAACACTTTATGGAGCATATCCCTTCGAGGACCCAGATGATCCCAGGAATTTTATATAAACTATTGGGGTAAGATTGATGTTTGCACCTTGAGATTTTTTATATCTCTCTAATGGATCTTTGTACTTCCAGTTGTTAAACATGGATCTTGTACTTCT
TCTAAACATATCTGATACTTAAGTGAGTGTAACTATGAATTTATATGTGTTTTGATTTTGAAATATAGTGAATTTTGGGTGTGCAGTACACAATTCTAGATTATGTTTACGTATCTATAGAATGTTGG

>TRINITY_DN43940_c1_g4_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GGATGATGGAGCAGAGGCTCGGCTCTTTCAGGGGAGCGTACGCCTCGTGATATATTTTAAGGCAAGGCCGTACAAGGGTTTGAACGACGGACGATCGAACCTCTGGTTTGGCATATACACGTAAAACCGATTAGATTCAGACGATTATGAGCTCGAATTCATCTAATTTTCAAGATCTGCAACTCGGGTGCTTCAAATCG
ATGCCTTATTTGTGCAATTTGGCTCCCTTGGAACCAGGGTAGATTTGAATGTTGGCCGCGGATTTAATCAAGAAGAGAGCCATGGGTAATGAAAGCAATGCAGCAGAGAGACAGAAATCACATCTTTTGACTGTTCTTGGGCTGTGCATTAGGCAGGTTAATCAAACAATCCAAAAATAACTCCAAAGATCTTGTCCAAG
AAATAATACGATGGCAAGgcaagggattagactaaatttattatgaagtttccttttggatgactatctggaaaattataaaaaaatattaaagatcatcaaaatgcagtttttaatttcggaatctgatgttgtttgaatgtggggagattaagaaaatgcttgcctattgatctcttgactgttgtttttattgtatt
tttgtggttagATTGTGGATGTGTGGTGGTGTGGTGTAACACTTTATGGAGCATATCCCTTCGAGGACCCAGATGATCCCAGGAATTTTATATAAACTATTGGGGTAAGATTGATGTTTGCACCTTGAGATTTTTTATATCTCTCTAATGGATCTTTGTACTTCCAGTTGTTAAACATGGATCTTGTACTTCTTCTAAAC
ATATCTGATACTTAAGTGAGTGTAACTATGAATTTATATGTGTTTTGATTTTGAAATATAGTGAATTTTGGGTGTGCAGTACACAATTCTAGATTATGTTTACGTATCTATAGAATGTTGG

Intron 2 GCAGGTTAAT ... CGATGGCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75	1	4	2
A2	-1	0	0	0
A3	76.47	2	6	7
A4	100	0	1	1
A5	33.33	2	2	0
A6	74.36	5	18	11
A7	41.18	10	7	7
A8	90.48	2	17	21
A9	80	5	21	19
A10	64.71	9	16	17

>TRINITY_DN43236_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

TGACAAGTATCCCTATGGACGTTGCTAGAGCTATCCGTGAGATTATGCCCTTTGTGGAGAGGATTAGGTTCGACATTTACATAATAATATGACAGTGGATGATGGAGCAGAGGCTCGGCTCTTTCAGGGGAGCGTACGCCTCGTGATATATTTTAAGGCAAGGCCGTACAAGGGTTTGAACGACGGACGATCGAACCTCT
GGTTTGGCATATACACGTAAAACCGATTAGATTCAGACGATTATGAGCTCGAATTCATCTAATTTTCAAGATCTGCAACTCGGGTGCTTCAAATCGATGCCTTATTTGTGCAATTTGGCTCCCTTGGAACCAGGGTAGATTTGAATGTTGGCCGCGGATTTAATCAAGAAGAGAGCCATGGGTAATGAAAGCAATGCAGC
AGAGAGACAGAAATCACATCTTTTGACTGTTCTTGGGCTGTGCATTAGATTGTGGATGTGTGGTGGTGTGGTGTAACACTTTATGGAGCATATCCCTTCGAGGACCCAGATGATCCCAGGAATTTTATATAAACTATTGGGGTAAGATTGATGTTTGCACCTTGAGATTTTTTATATCTCTCTAATGGATCTTTGTACTT
CCAGTTGTTAAACATGGATCTTGTACTTCTTCTAAACATATCTGATACTTAAGTGAGTGTAACTATGAATTTATATGTGTTTTGATTTTGAAATATAGTGAATTTTGGGTGTGCAGTACAC

>TRINITY_DN43236_c0_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TGACAAGTATCCCTATGGACGTTGCTAGAGCTATCCGTGAGATTATGCCCTTTGTGGAGAGGATTAGGTTCGACATTTACATAATAATATGACAGTGGATGATGGAGCAGAGGCTCGGCTCTTTCAGGGGAGCGTACGCCTCGTGATATATTTTAAGGCAAGGCCGTACAAGGGTTTGAACGACGGACGATCGAACCTCT
GGTTTGGCATATACACGTAAAACCGATTAGATTCAGACGATTATGAGCTCGAATTCATCTAATTTTCAAGATCTGCAACTCGGGTGCTTCAAATCGATGCCTTATTTGTGCAATTTGGCTCCCTTGGAACCAGGGTAGATTTGAATGTTGGCCGCGGATTTAATCAAGAAGAGAGCCATGGGTAATGAAAGCAATGCAGC
AGAGAGACAGAAATCACATCTTTTGACTGTTCTTGGGCTGTGCATTAGgcaggttaatcaaacaatccaaaaataactccaaagatcttgtccaagaaataatacgatggcaagATTGTGGATGTGTGGTGGTGTGGTGTAACACTTTATGGAGCATATCCCTTCGAGGACCCAGATGATCCCAGGAATTTTATATAAAC
TATTGGGGTAAGATTGATGTTTGCACCTTGAGATTTTTTATATCTCTCTAATGGATCTTTGTACTTCCAGTTGTTAAACATGGATCTTGTACTTCTTCTAAACATATCTGATACTTAAGTGAGTGTAACTATGAATTTATATGTGTTTTGATTTTGAAATATAGTGAATTTTGGGTGTGCAGTACAC