sp|Q1W2L8|GSH1_TOBAC ----> Glutamate--cysteine ligase, chloroplastic

Intron 1 GTAAACACTA ... TGTTTGCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	40.98	39.5	31.1	23.6
A2	37.1	25.5	14.3	15.5
A3	29.46	44.5	12.6	25.3
A4	37.92	32.1	20.9	18.3
A5	37.14	18.9	14.1	8.3
A6	19.47	9.7	0.8	5.2
A7	13.28	33.6	4	6.8
A8	23.77	16.3	5.9	4.5
A9	12.53	44.4	8.6	4.2
A10	14.8	52.1	9.9	8.9

>TRINITY_DN108972_c0_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

CTCAGAAATTGGGTCTCAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTTCTATTTAAATTTCATGTGAAGAAAATTTGATACTGGTGGATCTATGCTAGTTAAGTCTATCTCCAGTCCAGGTTTAAGAACATTCTGGTCGTTCTACCATTGAAATTATATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCACTGGCTTGAGTTTTTCATCTTG
GCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGCTAAGGGTCTCGACCCTGATACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTGTATTTTCTTTTAAACAACAGAGGCAAAGGCCTCTCGGCTACCATGGCTCTTTGGTTAATTTTACTGTTCGTTAATAGAACGAAACCTTAGCTCG
ACGCAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAGCCTCAAGCAAATCGGGCCGGCCTCCTCTTTTATCTAGGTTAAACCCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCACCTGGGTTTTAAACCTTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTACGGGGTCGACTTTGGAAGCAACCCGGTCTAAGATAA
GTCGAACTGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCGCCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCAGAGTTA

>TRINITY_DN108972_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTCAGAAATTGGGTCTCAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTTCTATTTAAATTTCATGTGAAGAAAATTTGATACTGGTGGATCTATGCTAGTTAAGTCTATCTCCAGTCCAGGTTTAAGAACATTCTGGTCGTTCTACCATTGAAATTATATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCACTGGCTTGAGTTTTTCATCTTG
GCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGCTAAGGGTCTCGACCCTGATACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTGTATTTTCTTTTAAACAACAGAGGCAAAGGCCTCTCGGCTACCATGGCTCTTTGGTTAATTTTACTGTTCGTTAATAGAACGAAACCTTAGCTCG
ACGCAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAGCCTCAAGCAAATgtaaacactactttcagttcattactctgctcattcttgttaagtaaaaatatttcttttgtttgttgaagaatctaaccgggtgataacactggtcattatatgtttgcaagCGGGCCGGCCTCCTCTTTTATCTAGGTAAAAACTTATACTTACTT
TCAAAAGCTCTTTTCACCTGTAGCTTTTAACAAAAGAGTAAAATTACTCTGCATCTAACCAAAATGATAGTTCCTTTTTGTGCAAGGTTAAACCCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCACCTGGGTTTTAAACCTTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTACGGGGTCGACTTTGGAA
GCAACCCGGTCTAAGATAAGTCGAACTGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCGCCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCAGAGTTA

Intron 2 GTAAAAACTT ... AAAATGATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	49.8	33	24	41
A2	45.58	21.5	13	23
A3	33.7	41.5	14	26
A4	47.22	27.5	18	31
A5	58.67	14	16	23
A6	22.5	10.5	0	6
A7	15.22	22	0	7
A8	14.41	9	1	2
A9	9.65	21	0	2
A10	24.32	36	0	20

>TRINITY_DN114322_c10_g1_i6 from sample A3 / Example spliced isoform

TGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGTTAAGGGTCTCGACCCTGGTACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTGTATTTTCTTTTAAACAACAGAGGCAAAGGCCTCTCGGCTACCATGGCTCTTTGGTTAATTTTACTGTTCGTTAATAGA
ACGAAACCTTAGCTCGACGCAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAGCCTCAAGCAAATGTAAACACTACTTTCAGTTCATTACTCTGCTCATTCTTGTTAAGTAAAAATATTTCTTTTGTTTGTTGAAGAATCTAACCGGGTGATAACACTGGTCATTATATGTTTGCAAGCGGGCCGGCCTCCTCTTTTATCTAGTTCC
TTTTTGTGCAAGGTTAAACCCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCACCTGGGTTTTAAACCTTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTACGGGGTCGACTTTGGAAGCAACCCGGTCTAAGATAAGTCGAACTGTAAGTCGACTACAGGGTTGTTTTCAATCTTGTCCTTGCTCTTGACG
TTAGCTTGATTCTACTTTAAATCTGTAGACCTAGGATGGAAAAGGGAAAGGTCTACCTCTGTAACATATTTTGATAATATTAACAAGATAATTACTGCTCCCTTTTCTACGTTTTAGACTTCTTGTGGACATTTGCAAGTATATATATATATATATATCAGTTATATCTCTATAATATTATGAGATGAGCACTCAGAGCT
GTGTGCTCATCTTAGCTGTTGCTAGTAATATTATAGAGATATAA

>TRINITY_DN114322_c10_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TGAGTTTTTCATCTTGGCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGTTAAGGGTCTCGACCCTGGTACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTGTATTTTCTTTTAAACAACAGAGGCAAAGGCCTCTCGGCTACCATGGCTCTTTGGTTAATTTTACTGTTCGTTAATAGA
ACGAAACCTTAGCTCGACGCAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAGCCTCAAGCAAATGTAAACACTACTTTCAGTTCATTACTCTGCTCATTCTTGTTAAGTAAAAATATTTCTTTTGTTTGTTGAAGAATCTAACCGGGTGATAACACTGGTCATTATATGTTTGCAAGCGGGCCGGCCTCCTCTTTTATCTAGgtaa
aaacttatacttactttcaaaagctcttttcacctgtagcttttaacaaaagagtaaaattactctgcatctaaccaaaatgatagTTCCTTTTTGTGCAAGGTTAAACCCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCACCTGGGTTTTAAACCTTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTAC
GGGGTCGACTTTGGAAGCAACCCGGTCTAAGATAAGTCGAACTGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCGCCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCAGAGT

Intron 3 GTAAAAACTT ... TTTGTGCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.93	44.9	24	49
A2	44.6	21.2	13	21
A3	29.24	57	14	33
A4	43.49	34.7	18	35
A5	52.7	16.8	16	21
A6	19.49	17.1	0	8
A7	18.25	30.9	0	13
A8	15.96	10.8	1	3
A9	8.83	28.2	0	4
A10	19.69	46.2	0	22

>TRINITY_DN108972_c0_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

CTCAGAAATTGGGTCTCAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTTCTATTTAAATTTCATGTGAAGAAAATTTGATACTGGTGGATCTATGCTAGTTAAGTCTATCTCCAGTCCAGGTTTAAGAACATTCTGGTCGTTCTACCATTGAAATTATATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCACTGGCTTGAGTTTTTCATCTTG
GCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGCTAAGGGTCTCGACCCTGATACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTGTATTTTCTTTTAAACAACAGAGGCAAAGGCCTCTCGGCTACCATGGCTCTTTGGTTAATTTTACTGTTCGTTAATAGAACGAAACCTTAGCTCG
ACGCAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAGCCTCAAGCAAATCGGGCCGGCCTCCTCTTTTATCTAGGTTAAACCCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCACCTGGGTTTTAAACCTTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTACGGGGTCGACTTTGGAAGCAACCCGGTCTAAGATAA
GTCGAACTGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCGCCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCAGAGTTA

>TRINITY_DN108972_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTCAGAAATTGGGTCTCAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTTCTATTTAAATTTCATGTGAAGAAAATTTGATACTGGTGGATCTATGCTAGTTAAGTCTATCTCCAGTCCAGGTTTAAGAACATTCTGGTCGTTCTACCATTGAAATTATATAGTCTTTAAGGTTTCTTGCACTGGCTTGAGTTTTTCATCTTG
GCGAGTAATCGTTTAGACTGTAGTAATTTTGGCTAAGGGTCTCGACCCTGATACTGTTCTGTCCTCAACATGAGTGTTGAGCAATATAATGGAGGGTTTTTAATTGTATTTTCTTTTAAACAACAGAGGCAAAGGCCTCTCGGCTACCATGGCTCTTTGGTTAATTTTACTGTTCGTTAATAGAACGAAACCTTAGCTCG
ACGCAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAGCCTCAAGCAAATGTAAACACTACTTTCAGTTCATTACTCTGCTCATTCTTGTTAAGTAAAAATATTTCTTTTGTTTGTTGAAGAATCTAACCGGGTGATAACACTGGTCATTATATGTTTGCAAGCGGGCCGGCCTCCTCTTTTATCTAGgtaaaaacttatacttactt
tcaaaagctcttttcacctgtagcttttaacaaaagagtaaaattactctgcatctaaccaaaatgatagttcctttttgtgcaagGTTAAACCCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCACCTGGGTTTTAAACCTTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTACGGGGTCGACTTTGGAA
GCAACCCGGTCTAAGATAAGTCGAACTGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCGCCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCAGAGTTA

Intron 4 GTTAAGTCTA ... TAAACAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	87.53	11.8	15	82.6
A2	85.26	12	17	69.4
A3	94.43	4	21	67.8
A4	88.86	6.4	30	50.6
A5	90.07	3.2	4	28.8
A6	81.82	2	0	9
A7	52.38	12.2	7	13.4
A8	76.5	5.4	3	17
A9	62.76	13.2	8	22.2
A10	75.83	8.4	16	26

>TRINITY_DN108972_c0_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoform

CTCAGAAATTGGGTCTCAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTTCTATTTAAATTTCATGTGAAGAAAATTTGATACTGGTGGATCTATGCTAAGGCAAAGGCCTCTCGGCTACCATGGCTCTTTGGTTAATTTTACTGTTCGTTAATAGAACGAAACCTTAGCTCGACGCAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAG
CCTCAAGCAAATGTAAACACTACTTTCAGTTCATTACTCTGCTCATTCTTGTTAAGTAAAAATATTTCTTTTGTTTGTTGAAGAATCTAACCGGGTGATAACACTGGTCATTATATGTTTGCAAGCGGGCCGGCCTCCTCTTTTATCTAGGTTAAACCCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCACCTG
GGTTTTAAACCTTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTACGGGGTCGACTTTGGAAGCAACCCGGTCTAAGATAAGTCGAACTGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCGCCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCAGAGTTA

>TRINITY_DN108972_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTCAGAAATTGGGTCTCAAATTACATAAGAGGAAATTGGATCCTCTTCTATTTAAATTTCATGTGAAGAAAATTTGATACTGGTGGATCTATGCTAgttaagtctatctccagtccaggtttaagaacattctggtcgttctaccattgaaattatatagtctttaaggtttcttgcactggcttgagtttttcatcttg
gcgagtaatcgtttagactgtagtaattttggctaagggtctcgaccctgatactgttctgtcctcaacatgagtgttgagcaatataatggagggtttttaattgtattttcttttaaacaacagAGGCAAAGGCCTCTCGGCTACCATGGCTCTTTGGTTAATTTTACTGTTCGTTAATAGAACGAAACCTTAGCTCG
ACGCAGGGCCATGAAGCAAAATTTGAACAGCCTCAAGCAAATGTAAACACTACTTTCAGTTCATTACTCTGCTCATTCTTGTTAAGTAAAAATATTTCTTTTGTTTGTTGAAGAATCTAACCGGGTGATAACACTGGTCATTATATGTTTGCAAGCGGGCCGGCCTCCTCTTTTATCTAGGTAAAAACTTATACTTACTT
TCAAAAGCTCTTTTCACCTGTAGCTTTTAACAAAAGAGTAAAATTACTCTGCATCTAACCAAAATGATAGTTCCTTTTTGTGCAAGGTTAAACCCATACCTGGGCCAACTAAAGGGTTCGACGGTCAAACCACCTGGGTTTTAAACCTTTAGGGTGAGCTTGAACTCCAGCTACAGAAGAGTACGGGGTCGACTTTGGAA
GCAACCCGGTCTAAGATAAGTCGAACTGGATAAATAATGGCACTAATTTCCCAAAGCTATGTTCCATATAGCCGCCATGACATAGATATCCAGCACAAGTTGCAGAGTTA